Geleneksel kütük jel elektroforezi (SGE) deneyleri karmaşık bir aparat ve yüksek kimyasal tüketim gerektirir. Bu çalışma kısa bir zaman aralığında DNA parçalarını ayırmak için düşük maliyetli bir yöntemi açıklayan bir protokol sunmaktadır.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
Akıllı Telefon ile DNA Parçalarının Ayırılmasının Gerçek Zamanlı İzlenmesi
Bu makalede
Özet
Özet
Slab jel elektroforezi (SGE), DNA fragmanlarının ayrılması için en yaygın yöntemdir; Bu nedenle, biyoloji ve diğer alanlara genel olarak uygulanır. Bununla birlikte, geleneksel SGE protokolü oldukça sıkıcıdır ve deneyi uzun zaman almaktadır. Üstelik, SGE deneylerindeki kimyasal tüketim çok yüksektir. Bu çalışma, bir SGE çipine dayalı DNA fragmanlarının ayrılması için basit bir yöntem önermektedir. Çip bir gravür makinesi ile yapılır. Optik sinyalin uyarma ve emisyon dalga boyları için iki plastik levha kullanılır. DNA bantlarının floresan sinyali akıllı telefon ile toplanır. Bu yöntemi doğrulamak için 50, 100 ve 1.000 bp'lik DNA merdivenleri ayrılmıştır. Sonuçlar, 5.000 bp'den daha küçük bir DNA merdiveninin 12 dakika içinde çözünebileceğini ve bu yöntemi kullanırken yüksek özünürlükle çözülebildiğini gösteriyor, bu da bunun geleneksel SGE yönteminin ideal bir yerini belirttiğini gösteriyor.
Giriş
Slab jel elektroforezi (SGE), DNA fragman ayırma 1 , 2 , 3 , 4 , 5 için en etkili yöntemdir ve bu nedenle biyokimyasal ve biyolojik analizlerde 6 , 7 , 8 çok yönlü bir araç olarak kabul edilmektedir. Bununla birlikte, birçok deney, SGE'nin aşağıdaki dört problemle sınırlandığını göstermektedir: (1) ayrımlar birçok saat, hatta günler sürmektedir; (2) kimyasal tüketim çok yüksek; (3) karmaşık bir aparat ge....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Protokol
1. SGE Chip'in Temel Tasarımı
- Polimetilmetakrilat (PMMA) veya polikarbonat gibi şeffaf bir plastik kullanın.
Not: SGE yongası Şekil 1B'de gösterilmiştir. SGE yongası, TBE tamponu için silindirik delikler, DNA ayrılması için kanallar ve elektrot için delikler boyunca gömülü iki şeritten oluşur. - Bir lazer gravür makinesi kullanarak PMMA bloğundaki dizileri SGE kanalları oluşturun.
Not: Çipin geometrik parametreleri, ayrılması gereken DNA'nın boyutuna bağlıdır. Örneğin, DNA fragmanı 1,000 bp'den küçükse, SGE çipi için optimal kanal parametreleri 2,5 mm x 4,0 mm x 90 mm (genişlik x derinlik ....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Sonuçlar
Şekil 4 , Şekil 5 ve Şekil 6 , 50, 100 ve 1.000 bp DNA merdivenlerinin jel elektroforezinden sonra tipik bir sonucu temsil etmektedir. Deneyden sonra, DNA parçaları iyi ayrılmıştı. Ayrıca, aynı numuneler SGE çipinin 4 kanalında ayrıldı ve aynı boyuttaki DNA fragmanlarının her deneyde aynı mesafeyi hareket ettirdiğini gösterdi.
DNA merdiveninin ayırma performansı, göç mesafesi ile DNA büyüklüğünün .......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
Agaroz jel elektroforezi, DNA, RNA ve proteinin ayrılması için yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu çalışma, geleneksel jel elektroforez protokolünün yerini alacak yeni bir yöntem önermektedir. Sonuçlar, 50, 100 ve 1.000 bp'lik DNA merdivenlerinin böyle küçük bir şekilde monte edilmiş bir cihazda iyi ayrılabildiğini göstermektedir. Bu yöntemin en büyük avantajı, nükleik asitlerin az miktarda kimyasal tüketimi ile ayrılabilmesinin yanı sıra ayırma işlemini de kaydedebilmesidir. DNA fragmanları Şeki.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Açıklamalar
Çıkar çatışması ilan edilmez.
Teşekkürler
Çin Ulusal Doğal Bilim Vakfı (No: 21205078) ve Çin Yüksek Öğrenim Doktora Programı Araştırma Fonu (No: 20123120110002) arasındaki desteği memnuniyetle karşılıyoruz. Bu çalışma, Çin Ulusal Temel Araştırma ve Geliştirme Programı (2016YFB1102303), Çin Ulusal Temel Araştırma Programı (973Program 2015CB352001) ve Çin Ulusal Doğa Bilimleri Vakfı (61378060) tarafından kısmen desteklendi.
....Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| 10 kez; TBE | Beijing Solarbio Bilim & Teknoloji Co., Ltd. | T1051 | |
| 50 bp DNA merdiveni | Takara Bio Inc. | 3421A | |
| 100 bp DNA merdiveni | Takara Bio Inc. | 3422A | |
| 1 kbp DNA merdiveni | Takara Bio Inc. | 3426A SYBR | |
| YEŞİL | Takara Bio Inc. | 5760A | |
| Agarose | Sigma-Aldrich Kurumsal | V900510 |
Kaynaklar
- Carle, G. F., Olson, M. V. Separation of chromosomal DNA molecules from yeast by orthogonal-field-alternation gel electrophoresis. Nucleic. Acids. Res. 12 (14), 5647-5664 (1984).
- McDonell, M. W., Simon, M. N., Studier, F. W.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yeniden basım ve izinler
