Dizi tabanlı Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon için bir Platform verimli algılama varyasyonları kopya numarası hızlı nötron kaynaklı Medicago truncatula mutantlar içinde

Yuhui Chen; Xianfu Wang; Shunfei Lu; Hongcheng Wang; Shibo Li; Rujin Chen

doi:10.3791/56470

Method Article

Dizi tabanlı Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon için bir Platform verimli algılama varyasyonları kopya numarası hızlı nötron kaynaklı Medicago truncatula mutantlar içinde

DOI:

10.3791/56470

⸱

November 8th, 2017

Yuhui Chen¹ , Xianfu Wang² , Shunfei Lu³ , Hongcheng Wang² , Shibo Li² , Rujin Chen¹

¹Laboratory of Plant Genetics and Development, Noble Research Institute, ²Genetics Laboratory, University of Oklahoma Health Science Center, ³Medicine and Health School, Li Shui University

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu iletişim kuralı kopya numarası değişimler tüm genom dizi tabanlı Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (CGH) analizi yürütmektedir ilgilenen araştırmacılar için deneysel adımlar ve reaktifler, ekipman ve çözümleme araçları hakkında bilgi sağlar bitkiler.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Mutant gen işlevi çalışmalar için çok değerli genetik kaynaklardır. Mutant koleksiyonları oluşturmak için üç tür mutajen, dahil olmak üzere biyolojik T-DNA veya transposon gibi etil methanesulfonate (EMS) gibi kimyasal ya da fiziksel iyonlaşma radyasyonu gibi yararlı olabilir. Gözlenen mutasyon türü kullanılan alkil bağlı olarak değişir. İyonlaşma radyasyonu indüklenen mutantlar için silme, kopyalama veya yeniden mutasyonlar içerir. T-DNA veya mutagenesis transposon tabanlı dönüştürme için duyarlı türler için sınırlı olmakla birlikte, kimyasal veya fiziksel mutagenesis çok çeşitli türler için uygulanabilir. Ancak, geleneksel olarak kimyasal ve fiziksel mutagenesis türetilmiş mutasyonlar karakterizasyonu emek yoğun ve zaman alıcı olan bir harita tabanlı klonlama yaklaşım, dayanır. İşte, bir yüksek yoğunluklu genom Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (aCGH) dizi tabanlı platform etkili bir şekilde algılamak ve kopya numarası değişimler (CNVs) hızlı nötron bombardımanı (FNB) mutagenesis türetilen mutantlar karakterize uygulanabilir olduğunu göstermektedir Medicago truncatula, baklagil türler. Tüm genom dizi analizi orada 50.000'den fazla gen veya gen modellerin M. truncatulagöstermektedir. M. truncatula mevcut, FNB kaynaklı mutantlar, genom genlerin fonksiyonel çalışmalar için çok değerli genetik kaynakları temsil eden 150.000'den fazla M1 satırları türetilir. Burada açıklanan aCGH platformu FNB kaynaklı mutantlar M. truncatulaolarak karakterize için etkili bir araçtır.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Baklagiller (baklagiller) soya (Glycine max) ve yonca (Medicago sativa) gibi pek çok ekonomik açıdan önemli türler ile çiçekli bitkilerin üçüncü büyük aile vardır. Baklagil bitkileri genellikle hangi atmosferik diazot amonyak kullanmak için ana bitki tarafından azalır kök nodüller geliştirmeye Rhizobia adlandırılan toprak bakteriler, azot sabitleme ile etkileşim kurabilir. Bu nedenle, baklagil bitkileri ekimi azot gübreler küçük giriş gerektirir ve böylece sürdürülebilir tarım için katkıda bulunur. Baklagil bitkileri yaprak ve tohum mükemmel yem ve tahıl ürünleri hizmet veren yüksek protein içerikli üretmek. Ancak, ekili baklagil tü....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Not: şekil 1 gösterir dizi CGH protokolü için beş adım. Bunlar: 1) hazırlık bitki malzeme; 2) yüksek kalitede DNA örnekleri izole; 3) etiketleme ve DNA örnekleri arıtma; 4) hibridizasyon, yıkama ve tüm genom dizileri tarama; ve 5) CGH veri analizi. M. truncatula tüm genom döşeme dizileri 971,041 benzersiz oligo probları 50.000'den fazla gen veya gen modellerin genom (bkz: tablo malzemelerin) hedefleme toplam içerir. Benzersiz probları aralıklandırılmış yaklaşık olarak her 150 baz çifti (bp) eksonik bölgelerde ve 261 M. truncatula genom intronic bölgelerinde bp.

1. bitki hazır....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Şekil 2 tüm genom normalleştirilmiş günlük₂ oranları mutant WT sinyalleri karşı dağılımını gösterir. CGH veri analizi ortaya bir yaklaşık 22 kb silme tüm SUNN gen³³ ve diğer kapsayan kromozom 4 üzerinde açıklamalı genlerinde FN6191 mutant (Şekil 2, şekil 3). Aday silinen bölge 73 ardışık probları dizi üzerinde ortalama normalleştirilmiş günlük₂ o.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bir dizi tabanlı CGH platformu algılama ve hızlı nötron bombardımanı (FNB) karakterizasyonu için geliştirdiğimiz- M. truncatula cv. Jemalong A17 mutantlar indüklenen. Dizi içinde gen mutasyonlarının hafiye CGH yöntemi kullanımını göstermek için mutant S. meliloti Sm1021ile aşılanmış zaman vahşi türü bitkiler, aksine bir hiper-nodulation fenotip sergilenen FN6191 aCGH analizi yapılır. Segmentasyon analiz için bir kesimi, günlük₂ oranı demek segmentte probları olsaydı o verilen dizi karşılaştır.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarlar hiçbir rakip mali çıkarlarının bildirin.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu eser finansman bir grant tarafından kısmen NSF bitki genom araştırmaları (IOS-1127155) sağlanır.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
Name	Company	Catalog Number
Medicago truncatula genom dizisi, 1 x 1 M	Agilent	G4123A
Medicago truncatula FN6191 (mutant)	Evde	FN6191
Medicago truncatula Jemalong A17 (referans)	Kurum	içi A17
Sülfürik asit	Sigma-Aldrich	320501
DNeasy Tesisi Mini Kit	Qiagen	69104
Nanodrop Spektrofotometre	Thermo Scientific	1000D
SureTag DNA Etiketleme Kiti	Agilent	5190-3400
Rastgele astar	Agilent	5190-3399
Asetonitril	Sigma-Aldrich	271004-1L
Termodöngüleyici	MJ araştırma	PTC-200
Santrifüj	Labnet international Inc	Spectrafuge 24D
Stabilizasyon ve Kurutma Çözeltisi	Agilent	5185-5979
Oligo aCGH/ChIP-çip üzerinde Hibridizasyon Kiti	Agilent	5188-5380
Hibridizasyon Odası conta kızakları	Agilent	G2505
İnsan Karyolası-1 DNA	Agilent	5190-3393
Oligo aCGH/ChIP-on-chip Yıkama Tamponu 1 ve 2	Agilent	5188-5221
Hibridizasyon Odası, paslanmaz	Agilent	G2534A
Hibridizasyon fırını	Agilent	G2545A
Arıtma Kolonları	Agilent	5190-3391
Lazer tarayıcı	Roche	MS200
NimbleScan 2.6	Roche Nimblegen	5225035001
Sinyal Haritası 1.9	Roche Nimblegen	Sinyal Haritası1.9

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Tang, H., et al. An improved genome release (version Mt4.0) for the model legume Medicago truncatula. BMC Genomics. 15, 312(2014).
Young, N. D., et al. The Medicago genome provides insight into the evolution of rhizobial symbioses. ....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Dizi tabanlı Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon için bir Platform verimli algılama varyasyonları kopya numarası hızlı nötron kaynaklı Medicago truncatula mutantlar içinde

In This Article

Summary

Abstract

Introduction

Protocol

Results

Discussion

Disclosures

Acknowledgements

Materials

References

Reprints and Permissions

Tags

Related Articles