Burada, sadece üç reaktifler ve 7 min işleme gerektirir ve yüksek kaliteli SSR veri genetik analiz hızlı üretimi için uygundur Protokolü boyama basit ve düşük maliyetli bir gümüş raporu.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
* These authors contributed equally
Burada, sadece üç reaktifler ve 7 min işleme gerektirir ve yüksek kaliteli SSR veri genetik analiz hızlı üretimi için uygundur Protokolü boyama basit ve düşük maliyetli bir gümüş raporu.
Basit dizi tekrar (SSR) bitki ve hayvan genetik araştırma ve moleküler ıslah programlarında kullanılan en etkili işaretleri biridir. Gümüş boyama SSR işaretleri polyacrylamide jel içinde tespiti için yaygın olarak kullanılan bir yöntemdir. Ancak, gümüş boyama için geleneksel teknik olarak zor ve zaman alıcı iletişim kurallarıdır. Gibi birçok biyolojik laboratuvar teknikleri, iletişim kuralları boyama gümüş sürekli algılama verimliliği artırmak için optimize edilmiştir. Burada, önemli ölçüde reaktif maliyetlerini azaltır ve algılama çözünürlük ve görüntü netliğini artırır yöntem boyama basitleştirilmiş bir gümüş raporu. Yeni yöntem için sigara denaturing polyacrylamide jel iki önemli adım (emprenye ve geliştirme) ve üç reaktifler (Gümüş nitrat, sodyum hidroksit ve formaldehit) ve sadece 7 dakika işleme gerektirir. Daha önce raporlanmış iletişim kurallarına göre bu yeni yöntem daha hızlı, daha kolaydır ve daha az kimyasal reaktifler SSR algılama için kullanır. Bu nedenle, bu basit, düşük maliyetli ve verimli gümüş Protokolü boyama genetik haritalama ve marker-yardım etmek üreme SSR işaretçisi veri hızlı bir nesil tarafından yararlanacaktır.
PCR tabanlı işaretleri gelişimi bilim üreme1ve bitki genetik devrim yarattı. Basit sıralı tekrar (SSR) işaretleri arasında en sık kullanılan ve en çok yönlü DNA işaretlerine vardır. Onların geniş genom kapsamı, bereket, genom özgüllük ve tekrarlanabilirlik heterozigoz genotip2tespiti için ek olarak kendi codominant devralma SSR işaretleri yararları bazılarıdır. Çeşitli çalışmalarda SSR işaretleri genetik çeşitlilik araştırmak, soy izlemek, genetik bağlantı haritalar oluşturmak ve ekonomik açıdan önemli özellikleri3,4için gen eşlemek için kullandık.
PCR ürünleri SSR işaretleri kullanarak özel veya polyacrylamide Jel Elektroforez ve etidyum bromür ile boyama sonra gümüş boyama ile veya UV ışığı altında görüntülenir yaygın olarak ayrılır. Polyacrylamide jeller DNA parçalarının gümüş boyama diğer boyama yöntemleri5,'6 dan daha duyarlı ve yaygın olarak DNA parçalarının SSR işaretleri7gibi algılamak için kullanılan.
Gibi birçok biyolojik laboratuvar teknikleri, gümüş polyacrylamide jeller boyama giderek onun ilk bir parçası görselleştirme teknik 19798' olarak rapor ediliyor beri geliştirdi. Teknik DNA parçalarının tespiti için başlangıçta Bassam vd tarafından güncellenmiştir 6 1991 ve 1994 yılında Sanguinetti ve iş arkadaşlarınızla9 tarafından geliştirilmiş. Yöntem daha son birkaç on yıl6,7,9,10,11,12,13,14 ' te optimize , 15. ancak, iletişim kurallarının Güncellenme Zamanı bu sürümleri çoğu hala bu protokolleri7uygulama sınırı, yüksek teknik talep ve uzun süre fiksasyon için işleme ve6, montaj gibi bazı dezavantajları var 11. DNA parçası algılama yüksek verimlilik ile düşük maliyetli birleştiren bir en iyi Protokolü acilen biyolojik araştırmada boyama gümüş rutin uygulama için gereklidir.
Buna ek olarak, polyacrylamide jel denaturing ve sigara denaturing polyacrylamide jeller bölünmüş olabilir ve her ikisi de gümüş boyama yöntemi kullanarak SSR işaretleri tespiti için kullanılabilir. Etkisi ve kararlılık-in hangi önemli ölçüde farklı değildir, ama sigara denaturing polyacrylamide jeller süreci daha kolay ve daha az zaman16almak.
Önceki araştırma15temel alınarak, geçerli çalışmanın amacı ayrıntılı SSR işaretleri bir sigara denaturing polyacrylamide jel içinde hızlı, kolay ve düşük maliyetli algılanması için protokol boyama en iyi duruma getirilmiş bir gümüş tarif etmektir.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
1. SSR işaretleri PCR ürünlerinin hazırlanması
2. Polyacrylamide için çözümler hazırlanması döküm jelleri
3. hazırlanması Polyacrylamide Jel Elektroforez için
4. koşma jelleri
5. gümüş sigara-Polyacrylamide jel içinde SSR işaretleri algılamak için boyama
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
PCR amplicons çiçekli Çin lahanası ve tütün ilgili SSR astar çiftleri kullanılarak üretildi. Elektroforez sonra belirsizliğe yer bırakmadan SSR işaretleri (şekil 1) bantlama şekillerinin Algılandı iletişim kuralı boyama yukarıdaki gümüş kullanarak polyacrylamide jeller lekeli.
Farklı gümüş protokolleri boyama algılama verimliliğini karşılaştırmak için PCR ürünleri SSR işaretleri tütün ve çiçekli Çin...
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Jel yıkandıktan sonra emprenye kritik bir adımdır. Yetersiz yıkama zaman ve su hacmi plaka ve jel yüzeyi üzerinde emprenye çözüm eksik kaldırılmasına neden ve karanlık bir arka planda neden. Uygun gelişmekte olan zaman başka bir önemli adım, aşırı geliştirme koyu kahverengi arka plan DNA parçalarının düşük kontrast görüntü ile sonuçlanabilir. Buna ek olarak, emprenye adım DNA parçalarının boyama verimliliğini önemli ölçüde etkiler. Her ne kadar boyama kalite emprenye süresi 5 dk genişletme veya AgNO3 toplamına...
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yazarlar onlar rakip hiçbir mali çıkarları var bildirin.
Bu eser Guangdong doğal Bilim Vakfı Çin (2015A030313500), il anahtar uluslararası kooperatif araştırma platformu ve büyük bilimsel araştırma projesi, Guangdong Yükseköğretim (2015KGJHZ015), bilim tarafından finanse edildi ve Teknoloji planı Guangdong tütün tekel Yönetim (201403, 201705), bilim ve teknoloji planı Guangdong, Çin (2016B020201001), Ulusal İnovasyon eğitimi projesi için lisans öğrencileri (201711078001). Ticari adlar veya ticari ürünler bu yayındaki söz yalnızca belirli bilgileri sağlamak amacıyla ve tavsiye veya bize Tarım Bakanlığı tarafından onaylandığı anlamına gelmez. USDA bir fırsat eşitliği sağlayıcı ve işveren olduğunu.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| PCR ana karışımı (Yeşil Taq Karışımı) | Vazyme Biotech Co. Ltd, Çin | #P131-03 | |
| 50-2000 bp DNA Merdiven | Bio-Rad, ABD | # 170-8200 | |
| DL500 DNA işaretleyici | Takara Bio Inc., Japonya | #3590A | |
| Tris üssü | Sangon Biotech Şangay, Çin | # 77-86-1 | |
| Borik asit | Sangon Biotech Şangay, Çin | # 10043-35-3 | |
| EDTA-Na2 | Guangzhou Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin | # 6381-92-6 | |
| Akrilamid | Sangon Biotech Şangay, Çin | # 79-06-1 | |
| N, N'-metilen-bis-akrilamid | Sangon Biotech Şangay, Çin | # 110-26-9 | |
| N, N, N ', N'-Tetrametiletilendiamin | Sangon Biotech Şangay, Çin | # 110-18-9 | |
| Amonyum persülfat | Guangzhou Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin | # 7727-54-0 | |
| Bind-silan | Solarbio Pekin, Çin | #B8150 | |
| AgNO3< / sub> | Sinopharm Kimyasal Reaktif Beijing Co., Ltd, Çin | # 7761-88-8 | |
| Formaldehit | Tianjin DaMao Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin | # 50-00-0 | |
| NaOH | Guangzhou Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin | # 1310-73-2 | |
| Asetik asit | Guangzhou Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin | # 64-19-7 | |
| Na < > 2 < / sub > CO< sub> 3 < / sub > | Tianjin DaMao Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin | # 497-19-8 | |
| Etanol | Guangzhou Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin | # 64-17-5 | |
| HNO< sub>3 | Guangzhou Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin | # 7697-37-2 | |
| Na < sub > 2 < / sub > S< sub > 2 < / sub > O< sub> 3< / sub>.5H < sub>2 < / sub>O | Sinopharm Kimyasal Reaktif Beijing Co., Ltd, Çin | # 10102-17-7 | |
| Eriokrom siyah T (EBT) | Tianjin DaMao Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin | # 1787-61-7 | |
| Plastik tepsi | Shanghai Yi Chen Plastic Co., Ltd, | Çin-TS-1 | |
| Shaker | Qilinbeter JiangSu, | Çin-BenQ | |
| M800 Tarayıcı | BenQ, | ||
| Güç kaynağı | Pekin Liuyi Enstrüman Fabrikası, | Çin-Dikey | |
| jel sistemleri boyunca yüksek, JY-SCZF | Pekin Tunyi Elektroforez Co, Ltd, Çin | - |
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.