Bir hızlı gümüş boyama Protokolü etkinleştirme basit ve SSR bir sigara denaturing Polyacrylamide jel kullanarak işaretleri, verimli algılama

Ling Huang; Xiaohui Deng; Ronghua Li; Yanshi Xia; Guihua Bai; Kadambot H.M. Siddique; Peiguo Guo

doi:10.3791/57192

Method Article

Bir hızlı gümüş boyama Protokolü etkinleştirme basit ve SSR bir sigara denaturing Polyacrylamide jel kullanarak işaretleri, verimli algılama

DOI:

10.3791/57192

⸱

April 20th, 2018

Ling Huang*¹ , Xiaohui Deng*¹ , Ronghua Li¹ , Yanshi Xia¹ , Guihua Bai² , Kadambot H.M. Siddique³ , Peiguo Guo¹

¹College of Life Sciences, Guangzhou University, ²Hard Winter Wheat Genetics Research Unit, United States Department of Agriculture - Agricultural Research Service, ³The UWA Institute of Agriculture, University of Western Australia

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Burada, sadece üç reaktifler ve 7 min işleme gerektirir ve yüksek kaliteli SSR veri genetik analiz hızlı üretimi için uygundur Protokolü boyama basit ve düşük maliyetli bir gümüş raporu.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Basit dizi tekrar (SSR) bitki ve hayvan genetik araştırma ve moleküler ıslah programlarında kullanılan en etkili işaretleri biridir. Gümüş boyama SSR işaretleri polyacrylamide jel içinde tespiti için yaygın olarak kullanılan bir yöntemdir. Ancak, gümüş boyama için geleneksel teknik olarak zor ve zaman alıcı iletişim kurallarıdır. Gibi birçok biyolojik laboratuvar teknikleri, iletişim kuralları boyama gümüş sürekli algılama verimliliği artırmak için optimize edilmiştir. Burada, önemli ölçüde reaktif maliyetlerini azaltır ve algılama çözünürlük ve görüntü netliğini artırır yöntem boyama basitleştirilmiş bir gümüş raporu. Yeni yöntem için sigara denaturing polyacrylamide jel iki önemli adım (emprenye ve geliştirme) ve üç reaktifler (Gümüş nitrat, sodyum hidroksit ve formaldehit) ve sadece 7 dakika işleme gerektirir. Daha önce raporlanmış iletişim kurallarına göre bu yeni yöntem daha hızlı, daha kolaydır ve daha az kimyasal reaktifler SSR algılama için kullanır. Bu nedenle, bu basit, düşük maliyetli ve verimli gümüş Protokolü boyama genetik haritalama ve marker-yardım etmek üreme SSR işaretçisi veri hızlı bir nesil tarafından yararlanacaktır.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

PCR tabanlı işaretleri gelişimi bilim üreme¹ve bitki genetik devrim yarattı. Basit sıralı tekrar (SSR) işaretleri arasında en sık kullanılan ve en çok yönlü DNA işaretlerine vardır. Onların geniş genom kapsamı, bereket, genom özgüllük ve tekrarlanabilirlik heterozigoz genotip²tespiti için ek olarak kendi codominant devralma SSR işaretleri yararları bazılarıdır. Çeşitli çalışmalarda SSR işaretleri genetik çeşitlilik araştırmak, soy izlemek, genetik bağlantı haritalar oluşturmak ve ekonomik açıdan önemli özellikleri³^,⁴için gen eşlemek için kullandık.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. SSR işaretleri PCR ürünlerinin hazırlanması

Tüm kimyasallar ve Kimyasalları şablon DNA içeren PCR reaksiyonları için hazırlamak (30 ng/µL), 2 × PCR ana mix (2 × PCR arabellek, her dNTP, 3 mM MgCl₂, 0.1 U/µL Taq DNA polimeraz ve boyalar 0.4 mM içeren), her 10 µM ileriye ve geriye doğru astar ve distile veya deiyonize su (dH₂O).
Not: mevcut çalışmada kullanılan SSR işaretleri PT51333 idi (ileri astar sıra: 5 ' - GCACCTTTGGTTATCCGACA - 3' ve ters astar Sıralaması: 5 '- TGCTTTAAGTCATGTACCAAATTGA - 3') ve PT50903 (ileri astar sıra: 5 ' - AAATTTCTTTCGGTGTGATAACTG - 3' ve ters astar sıra: 5'-AGAGACTGCCGTTTGATTTGA-3 ') tütün ve CX-43 (ile....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

PCR amplicons çiçekli Çin lahanası ve tütün ilgili SSR astar çiftleri kullanılarak üretildi. Elektroforez sonra belirsizliğe yer bırakmadan SSR işaretleri (şekil 1) bantlama şekillerinin Algılandı iletişim kuralı boyama yukarıdaki gümüş kullanarak polyacrylamide jeller lekeli.

Farklı gümüş protokolleri boyama algılama verimliliğini karşılaştırmak için PCR ürünleri SSR işaretleri tütün ve çiçekli Çin.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Jel yıkandıktan sonra emprenye kritik bir adımdır. Yetersiz yıkama zaman ve su hacmi plaka ve jel yüzeyi üzerinde emprenye çözüm eksik kaldırılmasına neden ve karanlık bir arka planda neden. Uygun gelişmekte olan zaman başka bir önemli adım, aşırı geliştirme koyu kahverengi arka plan DNA parçalarının düşük kontrast görüntü ile sonuçlanabilir. Buna ek olarak, emprenye adım DNA parçalarının boyama verimliliğini önemli ölçüde etkiler. Her ne kadar boyama kalite emprenye süresi 5 dk genişletme veya AgNO₃ toplamına.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarlar onlar rakip hiçbir mali çıkarları var bildirin.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu eser Guangdong doğal Bilim Vakfı Çin (2015A030313500), il anahtar uluslararası kooperatif araştırma platformu ve büyük bilimsel araştırma projesi, Guangdong Yükseköğretim (2015KGJHZ015), bilim tarafından finanse edildi ve Teknoloji planı Guangdong tütün tekel Yönetim (201403, 201705), bilim ve teknoloji planı Guangdong, Çin (2016B020201001), Ulusal İnovasyon eğitimi projesi için lisans öğrencileri (201711078001). Ticari adlar veya ticari ürünler bu yayındaki söz yalnızca belirli bilgileri sağlamak amacıyla ve tavsiye veya bize Tarım Bakanlığı tarafından onaylandığı anlamına gelmez. USDA bir fırsat eşitliği sağlayıcı ve işveren olduğunu.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
Name	Company	Catalog Number
PCR ana karışımı (Yeşil Taq Karışımı)	Vazyme Biotech Co. Ltd, Çin	#P131-03
50-2000 bp DNA Merdiven	Bio-Rad, ABD	# 170-8200
DL500 DNA işaretleyici	Takara Bio Inc., Japonya	#3590A
Tris üssü	Sangon Biotech Şangay, Çin	# 77-86-1
Borik asit	Sangon Biotech Şangay, Çin	# 10043-35-3
EDTA-Na₂	Guangzhou Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin	# 6381-92-6
Akrilamid	Sangon Biotech Şangay, Çin	# 79-06-1
N, N'-metilen-bis-akrilamid	Sangon Biotech Şangay, Çin	# 110-26-9
N, N, N ', N'-Tetrametiletilendiamin	Sangon Biotech Şangay, Çin	# 110-18-9
Amonyum persülfat	Guangzhou Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin	# 7727-54-0
Bind-silan	Solarbio Pekin, Çin	#B8150
AgNO_{3< / sub>}	Sinopharm Kimyasal Reaktif Beijing Co., Ltd, Çin	# 7761-88-8
Formaldehit	Tianjin DaMao Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin	# 50-00-0
NaOH	Guangzhou Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin	# 1310-73-2
Asetik asit	Guangzhou Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin	# 64-19-7
Na < > 2 < / sub > CO< sub> 3 < / sub >	Tianjin DaMao Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin	# 497-19-8
Etanol	Guangzhou Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin	# 64-17-5
HNO< sub>3	Guangzhou Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin	# 7697-37-2
Na < sub > 2 < / sub > S< sub > 2 < / sub > O< sub> 3< / sub>.5H < sub>2 < / sub>O	Sinopharm Kimyasal Reaktif Beijing Co., Ltd, Çin	# 10102-17-7
Eriokrom siyah T (EBT)	Tianjin DaMao Kimyasal Reaktif Fabrikası, Çin	# 1787-61-7
Plastik tepsi	Shanghai Yi Chen Plastic Co., Ltd,	Çin-TS-1
Shaker	Qilinbeter JiangSu,	Çin-BenQ
M800 Tarayıcı	BenQ,
Güç kaynağı	Pekin Liuyi Enstrüman Fabrikası,	Çin-Dikey
jel sistemleri boyunca yüksek, JY-SCZF	Pekin Tunyi Elektroforez Co, Ltd, Çin	-

Çin-DYY-6C

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Jiang, G. L. Molecular markers and marker-assisted breeding in plants. Plant breeding from laboratories to fields. Anderson, S. B. , InTech Press. Croatia. 45-83 (2013).
Powell, W., Machray, G. C., Provan, J. Polymorphism revealed by simple sequence repeats. Trend Plant Sci. 1, 215-222 (1996).
Varshney, R. K., Graner, A., Sorrells, M. E.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Bir hızlı gümüş boyama Protokolü etkinleştirme basit ve SSR bir sigara denaturing Polyacrylamide jel kullanarak işaretleri, verimli algılama

In This Article

Summary

Abstract

Introduction

Protocol

Results

Discussion

Disclosures

Acknowledgements

Materials

References

Reprints and Permissions

Tags

Related Articles