Yöntem makalesi

Sıvı işleme bir yüksek üretilen iş ileri kimyasal genetik ekran Arabidopsis thaliana yapmak için Robot kullanımı en iyi duruma getirme

DOI:

10.3791/57393

⸱

30 Nisan 2018

 ,  , 
1Department of Horticulture, University of Kentucky

Bu makalede

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Sentetik küçük moleküllerin yüksek üretilen iş ekran modeli bitki türleri, Arabidopsis thalianayapılmıştır. Sıvı işleme robot için geliştirilen bu iletişim kuralı, ileri kimyasal genetik ekranlar, Bitki fizyolojisi etkileyen roman küçük moleküller keşfi hızlanan hızını artırır.

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Kimyasal genetik giderek gen artıklık veya ölümcül nedeniyle geleneksel genetik inatçı olabilir bitkiler özellikleri kodunu çözmek için istihdam olmak. Ancak, sentetik bağlanabilecek küçük bir moleküldür biyoaktif olma olasılığı düşüktür; Bu nedenle, moleküller binlerce ilgi bulmak için test gerekir. Robot sistemleri çok sayıda örnekleri, hangi ile kimyasal bir kütüphane en aza/hata standartlaştırılması ek olarak taranması hızı artan işlemek için tasarlanmıştır işleme sıvı. Bir tezgah üstü çok kanallı sıvı kullanarak kitaplığa Arabidopsis thaliana (Arabidopsis), üzerinde 50.000 küçük moleküllerin yüksek üretilen iş ileri kimyasal genetik ekranı ulaşmak için protokolleri robot işleme geliştirilmiş olup, tüm en az gerektiren teknisyen katılımı. Bu protokoller ile 3,271 küçük moleküller görünür fenotipik değişiklikler neden olduğu keşfedildi. 1,563 bileşikleri kısa kök, 1,148 bileşikler değişmiş renklendirme, 383 bileşikler neden kök saç ve diğer, Sigara kategorize, değişiklikler ve 177 bileşikler inhibe çimlenme indüklenen.

Giriş

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Son 20 yılda bitki Biyoloji alanındaki araştırmacılar hücre duvarı sentezi, sitoiskeleti, hormon sentezi anlayışımızı geliştirmek ve sinyal kimyasal genetik yaklaşımları, ileriye ve geriye doğru kullanarak büyük atılımlar yapmış, gravitropism, Patogenez, pürin biyosentezi ve1,2,3,4,5kaçakçılığı endomembrane. İleri kimyasal genetik teknikler kullanan fenotipleri ilgi kimliği sağlar ve belirli işlemleri genotypic temellerini anlamak araştırmacılar sağlar. Diğer taraftan, ters kimyasal genetik bir önceden belirlenmiş protein hedef6ile etkileşim kimyasallar arar. Eşlenen ve açıklamalı genomunu küçük olduğu için Arabidopsis bu keşifler bitki Biyoloji ön planda olmuştur. Bu kısa oluşturma süresi ve anormal hücre altı makine7tanımlaması kolaylaştırmak kullanılabilir birden çok mutant/muhabir hatları vardır.

İleri kimyasal genetik ekranlar ilerlemesini, ilk eleme süreci ve bileşik faiz8hedef belirleme yavaş iki önemli performans sorunları vardır. Küçük molekül seçimi hızını artırarak büyük bir yardım otomasyon ve otomatik ekipman9kullanmaktır. Sıvı işleme robotlar büyük kütüphaneler küçük moleküllerin işleme için mükemmel bir araçtır ve biyolojik bilimler10' ilerleme sürüş vesile olmuştur. Burada sunulan Protokolü biyoaktif küçük moleküller hızlı bir hızda. kimliği etkinleştirme tarama süreci ile ilgili performans sorunu hafifletmek için tasarlanmıştır Bu teknik emek ve zaman operatör adına da ilke araştırmacı için ekonomik maliyet azalan süre yükünü azaltır.

Şimdiye kadar en kimyasal kitaplıkları analiz 10.000 ve 20.000 bileşikleri, bazı kadar 150.000 ve bazı az 709,11,12,13,14, ile arasında düzenlenen 15 , 16. burada tanıttı protokolü 50.000 bileşikler (bkz. Tablo reçetesi) küçük molekül Kütüphanesi hayata geçirildi, bir büyük ileri kimyasal genetiğin ekranlar üzerinde yürütülen Arabidopsis bugüne. Özellikle ilgilidir gibi herbisit bulma, böcek ilacı bulma, mantar ilacı doğru artan verimlilik ve hız ile ilgili ileri kimyasal genetik, mevcut trendi ile bu iletişim kuralını uyar keşfetmek, ilaç keşif ve kanser Biyoloji17 ,18,19,20,21. Burada Arabidopsis ile uygulanan rağmen bu iletişim kuralı, kolayca olabilir hücre kültürleri, sporları ve potansiyel olarak bile böcekler için adapte 96, 384 veya 1536-şey tabak içinde sıvı ortamda. Kendi küçük boyutları nedeniyle, Arabidopsis mükellef taraması 96 iyi tabak içinde. Ancak, kuyular arasında eşit şekilde tohumu dağıtma bir mücadeledir. El tohum emek yoğun doğrudur ve tohum 96-şey kalıplara dağıtmak üzere tasarlanan aygıt olsa, onlar satın almak pahalıdır. İşte, nasıl bu adım küçük bir kayıp ile doğruluk atlatılabilmişlerdir göstermektedir.

Bu yöntem genel amacı doğruluğu, üzerinden bir sıvı işleme robot kullanımı ödün vermeden Arabidopsis daha yönetilebilir karşı büyük bir kimyasal Kütüphane eleme yapmaktı. İlk seyreltme serisi yönetimi ve örnekleri bir diseksiyon mikroskop altında ve hızlı hızlı görselleştirme izin sonraki fenotipik ekranlar tamamlamak için geçen süre azaltarak, bu yöntemin kullanılması araştırmacının daha etkili olmasını sağlar kimliği roman biyoaktif küçük moleküller. Şekil 1 4 adımda bu protokolün önemli sonuçlar gösterilmektedir.

figure-introduction-1
Şekil 1: genel iş akışı ileri kimyasal genetik ekranın. Bazı detay ile her 4 önemli adımlar için açıklanan protokol genel bir bakış. 1: kimyasal Kütüphane, 2 alma: seyreltme Kütüphane, 3 yapım: yapım eleme plakaları ve 4: kuluçka ve eleme kaplamalar görselleşebilme. Bu rakam daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayınız.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. seyreltme kitaplığı oluşturma

  1. 625 seyreltme Kütüphane plakaları el ile kimyasal kitaplığından kendi karşılık gelen plakasına eşleştikleri sağlanması etiketleyin. Ayrıca, bağlantı akışı ve akış hortumlar için çok kanallı ipucu yıkama otomatik aygıtlar Pozisyoner (ALP) dışarı 5 galon rezervuar konsol sürücü geçerek ( Tablo malzemelerigörmek).
  2. Bilgisayara erişmek ve çok kanallı ipucu yıkama ALP için aygıt denetleyicisi bağlantısı üzerinden yıkama pompası su geçirilip yorumlanması için dolaştırmak için açın. Bu protokol sonunda otomatik olarak kapanır.
  3. Yük, el, Stacker 10'ın Stacker Carousel, otel A - D (şekil 4, Stacker); aşağıdaki sırayla bağlı bir kutu AP96 P20 pipet ipuçları Oda 1, dört 96-şey V-Odalar 2-5 alt levha sipariş edilen Kütüphane ve iki alt plaka hisse senedi konsantrasyonları içeren iki üst plakalı boş (şekil 5, Stacker). Ayrıca, Oda 6 ve dört 96-şey V AP96 P20 pipet ipuçlarında, bir kutu yüklemek-Odalar 7-9 alt levha sipariş edilen Kütüphane ve iki alt plaka hisse senedi konsantrasyonları içeren iki üst plakalı boş (şekil 5, Stacker).
  4. P3, 300 mL % 70 alkol banyo P7 üzerinde üzerinde 300 mL su haznesi ile güverte, el ile ayarla ipucu yükleyici ALP (TL1) ve çok kanallı ipucu yıkama ALP (TW1) (şekil 4, güverte ve şekil 5, güverte).
  5. İşletim yazılımı kullanarak, Stacker 10'dan AP96 P20 pipet ipuçları sunmak ve ipucu yükleyici ALP taşıyın.
    Not: 1.5 1.12 tüm aracılığıyla robotun çalışma yazılım işleme sıvı ile yapılır; Tablo malzemelerigörmek.
  6. Mevcut Oda 2 otel a ve tüm dört 96-şey V ayrı-alt tabaklar güverte üzerinde alt yerleştirerek iki P4 ve P8 ve ilk iki P5 ve P9 (şekil 4).
  7. AP96 P20 pipet ipuçları ile uç yüklü ALP 96-kanal 200 µL baş üzerine yükleyin. 300 mL su rezervuar 90 µL Aspire edin ve 96-şey V dağıtmak-alt seyreltme plaka P4 üzerinde. P8 tabağa için bu adımı yineleyin.
  8. P5 kimyasal Kütüphane tabağa hkr alıyorum ve 15 µL üç kez dağıtımı ile karıştırın. Ayrıca, P5 kimyasal Kütüphane tabağa üzerinden 10 µL Aspire edin ve P4 seyreltme tabağın içine 10 µL dağıtmak.
  9. P4 tabağa çözümleri sürekli alıyorum ve 50 µL dağıtımı tarafından toplam üç kez karıştırın. Temiz karışınca alıyorum ve % 70 70 µL dağıtımı tarafından AP96 P20 pipet ipuçları sonra onları yıkama çok kanallı ipucu yıkama ALP alıyorum ve su dört bir %110 hacim dağıtımı tarafından alkol P7, üzerinden zaman.
  10. P8 ve P9 Tabaklarda ikinci çifti için 1,8 1,9 adımları yineleyin. İkinci 96-şey V oluşturma üzerine-alt seyreltme plaka, plaka ile aşağıdaki sırada alt üst yığını: P9, P5, P8 ve P4. Sonra yığının üzerinde bir boş statik ALP yer; P1, P2, P6, P10, P11, P12 veya P13.
  11. Oda 5 otel a boş 1.6-1,10 tamamlayana dek. Oda 6 ulaşan, yeni AP96 P20 pipet ipuçları için ipucu yükleyici ALP hareketli ve kullanılan AP96 P20 pipet ipuçları üzerinde boş bir statik ALP yerleştirerek üzerine 1.5 adımı yineleyin.
  12. Oda otel 9 A boş 1.6-1,10 tamamlayana dek. Ancak, otel B için devam etmek için tabakalar ve ipuçları güvertede otel A. yeniden yüklenmesi gerekir
  13. , El ile 300 mL su haznesi yeniden doldurun. Bu adım çok önemlidir ve bilgisayar programı 'devam, sonraki adımı gerçekleştirmeden önce' vurmak kullanıcı gerektiren bu mesajı ayrıntılı bir duraklama dahil edebilirsiniz.
  14. Sonraki Hotel'e devam etmeden önce her zaman bir tam 300 mL su haznesi sağlanması kalan otel 1.5-1,13 arasındaki adımları yineleyin.

2. medya-tohum karışımı plakaları eleme için ekleme

  1. ½ Murashige ve Skoog (MS) medya ile % 0,1 Agar 4.3 g MS Salts, 0.50 g MES, 1.0 g Agar 1 L DI H2O. eklenmesiyle ayarlamak pH 5,7 için yine de 5 M potasyum hidroksit ilavesi ile pH probe izleme sırasında.
  2. Onları % 1 çamaşır suyu ve SDS 15 ve 30 dk arasında sallayarak tohum sterilize ve sonra 4 kez Santrifüjü tarafından eşit bir su hacmi ile durulayın. Tohum steril olduğunda, onları vernilization için 7 gün 24 saat üzerinden 4 ° C yerleştirin. Arabidopsis biyolojik kaynak merkezi sterilizasyon, vernilization ve büyüme22ek yöntemlerini açıklar.
  3. Tohum medyaya bir yoğunluk 0,1 g/100 mL el ile ekleyin. Bu yoğunluğu 3-10 tohum iyi bir 96-şey plaka başına ortalama sonuçlanır.
  4. Yer, elle, dört 96-şey düz-Oda sayısı 1 ve 2 otel a (6 rakam, otel A) alt levha. İpucu yükleyici ALP AP96 P250 pipet ipuçları bir kutu yerleştirin, 2.1-2,3 üzerinde P3 adımlarda oluşturduğunuz medya-tohum karışımı ile 300 mL su deposu dolu ve 300 mL su deposu dolu ile % 70 alkol P7 üzerinde (şekil 4, güverte ve şekil 6 Güverte).
    Not: 2,5 ile 2,8 işletim yazılımı ile yapılır.
  5. Oda sayısı 1 ve 2 otel a mevcut ve dört tabak yığınları ayırın. Bir tabak her boş statik Alpler (P4, P5, P6, P8, P9, P10, P11 ve P12) üzerinde yerleştirin. AP96 P250 pipet ipuçları 96-kanal 200 µL kafasına yük.
  6. P3 üzerinde 300 mL medya-tohum rezervuar 90 µL Aspire edin ve ilk 96-şey düz dağıtmak-alt plaka. Tüm sekiz plakaları medya-tohum karışımı içeren kadar bu işlemi yineleyin.
  7. AP96 P250 pipet keyif alıyorum ve 70 µL % 70 ile dolu 300 mL rezervuar dağıtımı temizleyin alkol P7 üzerinde. İpuçları çok kanallı ipucu yıkama ALP içinde alıyorum ve su bir %110 hacim dört kez dağıtımı tarafından yıkama ipuçları TL1, kaldırma ve tabakları el ile toplamak.

3. küçük moleküller plakaları eleme için ekleme

  1. Yük, elle, bir kutu AP96 P250 pipet ipuçları Oda 1, otel haline A, iki 96-şey V-2, 4, 6 ve 8 oda ve iki 96 de düz-alt eleme kalıplara Odalar 3, 5, 7 ve 9 (şekil 4 alt seyreltme Kütüphane kalıplara Stacker ve Şekil 7, otel A). Ayrıca, hortumlar ve çok kanallı ipucu yıkama ALP 5 galon su deposu üzerinden bağlayın.
    Not: 3.10 üzerinden 3.2 işletim yazılımı ile yapılır.
  2. Güverte P7 bir 300 mL % 70 alkol yıkama rezervuar içeren yapılandırma; medya-tohum rezervuar P3, güvertede yaptı (şekil 4, güverte ve Şekil 7, güverte). Buna ek olarak, çok kanallı ipucu yıkama ALP suda dolaşmaya aygıt denetleyicisi bağlantısı üzerinden konsol sürücü açın. Bu protokol sonunda otomatik olarak kapanır.
  3. AP96 P250 pipet İpucu kutusunu Hotel A'dan sunmak ve ipucu yükleyici ALP taşıyın.
  4. 96-şey V mevcut-alt seyreltme Kütüphane plakaları otel Oda 2 A güverte ve statik ALP P4 ve P8 üstünde bir yer. 96-şey düz sunmak-alt tarama plakalar üzerinden Oda 3 otel a güverte ve bir statik ALP P5 ve P9 üstünde bir yer.
  5. AP96 P250 pipet ipuçları ile uç yüklü ALP 96-kanal 200 µL baş üzerine yükleyin.
  6. 96-şey V mix-alt seyreltme plaka alıyorum ve üç kez 50 µL dağıtımı P4 üzerinde. Bu, bu plaka 10 µL Aspire edin ve 96-şey düz dağıtmak-alt tarama plaka üzerinde P5.
  7. P5 plaka çözümlerinde alıyorum ve üç kez 50 µL dağıtımı ile karıştırın. AP96 P250 pipet ipuçları etanol ile temiz alıyorum ve % 70 70 µL dağıtımı tarafından alkol P7 ve sonra yıkama ipuçları çok kanallı ipucu yıkama alıyorum ve % 110 hacmi dağıtımı ALP, dört kez su rezervuar.
  8. İkinci 96-şey V için 3.5 ve 3.6 adımları yineleyin-alt seyreltme Kütüphane plaka (P8) ve 96-şey düz-alt tarama plaka (P9).
  9. Yığın iki 96-şey V-alt seyreltme Kütüphane tabak birlikte ve iki 96-şey düz alt tarama tabak birlikte. Tabakları statik ALPs P1, P2, P6, P10, P11, P12 veya P13 taşıyın.
  10. 3.4-3,9 üç kez adımları yineleyin, tarama için seyreltilmiş kimyasallar ekleyerek toplam sekiz kez tabaklar. Son olarak, her iyi görsel uyum aracılığıyla tarama plakaların tohumların numarayı denetleyin ve bu wells ile ek steril ve vernalized tohum tarafından üçten tohum ek.

4. kuluçka ve görselleştirme plakaları tarama

  1. 96-şey düz-alt eleme plakaları dört gün boyunca 22 ° c çevre bir odasında bir 16/8 açık/koyu döngüsünde bir kuruma geçirmez konteyner kuluçkaya. 96-şey düz-alt eleme plakaları diseksiyon mikroskop altında görselleştirin. Daha fazla araştırma yapılması için tüm anormal fenotipleri kaydedin.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Doğru ve verimli bir şekilde fenotipleri konsantrasyonları diseksiyon mikroskop altında eleme, küçük moleküller ilavesi dayalı karakterize bu yöntem Arabidopsis. üzerinde ileri kimyasal genetiğin sonu hedefi yeteneğidir Ne zaman tüm 50.000 bileşikler ekranlı gözlenen fenotipleri farklı ve çeşitli farklı sınıflar (Şekil 2) kırık. Şekil 3A -F diseksiyon mikroskop altında düşük büyütmede gözlendi fenotipler...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu iletişim kuralı araştırmacılar Arabidopsis ileri kimyasal genetik ekranda yerine getirmeye yardımcı olmak için tasarlanmıştır. Biz temsilcisi sonuçları sağlamak 50.000 bileşikleri (Şekil 2 ve şekil 3) ekranında, en büyük ileri kimyasal genetik ekranlar birini9,13,23bugüne kadar Arabidopsis üzerinde gerçekleştirilen. Sıvı işleme robot kullanımı etkin daha verimli seyr...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarlar onlar rakip hiçbir mali çıkarları var bildirin.

Teşekkürler

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Jozsef leylek, Mitchel Richmond, Jarrad Gollihue ve Andrea Sanchez yapıcı ve eleştirel tartışma için teşekkür ederiz. Dr. Sharyn Perry fenotipik fotoğraflar için. Bu malzeme Kooperatifi anlaşması No 1355438 altında Ulusal Bilim Vakfı tarafından desteklenen çalışma üzerine kuruludur.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
KlavyeYerel SağlayıcıN/AProtokol tasarımı ve işletilmesi için kullanılır Biomek FX
MouseYerel SağlayıcıN/AProtokol tasarımı ve işletimi için kullanılır Biomek FX
Bilgisayar EkranıYerel SağlayıcıN/AProtokol tasarımı ve işletimi için kullanılır Biomek FX
BilgisayarYerel SağlayıcısıN/AProtokol tasarımı ve işletimi için kullanılır Biomek FX
DIVERSet Çeşitli Tarama KütüphanesiChemBridgeN/AKimya kütüphanesi
Biomek YazılımıBeckman CoulterN/ABiomek FX Cihaz Kontrol Cihazını çalıştırır ve tasarlar
Beckman Coulter719366Su pompası/uç yıkama istasyonunu çalıştırır
İstifleyici Carousel SarkıkBeckman Coulter148240Biomek'in manuel kullanımı İstifleyici Atlıkarınca
Biomek İstifleyici AtlıkarıncaBeckman Coulter148520Tüm FX Stacker 10'ları barındıran döner ünite FX Stacker
10Beckman Coulter148522Ekran bileşenlerini barındıran asansör ünitesi
FX Stacker 10Beckman Coulter148522Ekran için bileşenleri barındıran asansör ünitesi
FX Stacker 10Beckman Coulter148522Ekran için bileşenleri barındıran asansör ünitesi
FX Stacker 10Beckman Coulter148522Ekran için bileşenleri barındıran asansör ünitesi
İstenilen işlemleri gerçekleştiren BiomekFXBeckman Coulterhttps://www.beckman.com/liquid-handlers
AccuframeArtisan Technology Group76853-4Bileşenleri doğru bir şekilde yerleştirmek için çerçeve kolu
Çerçeveleme FikstürüBeckman Coulter719415Accuframe'deki orta kol
Çok Kanallı Uç Yıkama ALPBeckman Coulter719662Etanol banyosundan sonra uçları yıkar
Uç Yükleyici ALPBeckman Coulter719356Uçları pnömatik olarak kola yükler
HavaKompresörü Yerel SağlayıcıN/APnömatik uç yüklemesi için hava sağlar
MasterFlex Konsol SürücüsüCole-Parmer77200-65Çok Kanallı Uç Yıkama Hava Hortumu boyunca su sirkülasyonu için kullanılan pompa
Yerel SağlayıcıN/AHava kompresöründen Uç Yükleyici
Su HortumunaYerel SağlayıcıN/A5 Galon Rezerviordan Uç Yıkayıcıya Su Sağlar
Statik ALP'denBeckman CoulterEkran için Biomek FXDestekleri Ekipmanı
5 Galon RezervYerel SağlayıcıN/AUçları temizleyerek kirli suyu yeniden sirküle eder
TutucularBeckman CoulterBiomek FX Kepçeleri ile birlikte gelirve ekipmanı doğru yerlere taşır
96 Kanallı 200 & L KafaBeckman Coulter,Biomek FX ile birlikte gelirEkranda kullanılan 96 ucu tutar
AP96 P200 Pipet UçlarıBeckman Coulter717251Tarama kitaplığını yapmak için kullanılır
96 Kuyulu Düz Alt PlakaCostar9018Ekranın görselleştirilmesine yardımcı olur
96 Kuyulu V-Alt PlakaCostar3897Seyreltme kütüphanesinin saklanmasına yardımcı olur
AlumaSeal 96 Sızdırmazlık FilmiMedSciF-96-100Hem kimyasal kütüphanesi hem de seyreltme kütüphanesi için contalar
Plastik kilitli sandviç poşetleriYerel SağlayıcıN/AEkran için nemli bir ortam sağlamak için kullanılır
AP96 P20 Pipet UçlarıBeckman Coulter717254Seyreltme kütüphanesi oluşturmada kullanılır
Büyüme OdasıPercivalAR36L3Fenotipik için tohumları çimlendirir görselleştirme
SpatulaYerel SağlayıcıN/ASıvı tohumlamanın başarısız olduğu kuyulara eklemek için tohumları tutar tohum yeterli Kürdan
Yerel SağlayıcıN/ATohumları spatuladan kuyulara iter
Murashige ve Skoog Bazal Tuz KarışımıFitoTeknoloji LaboratuvarlarıM524MS medya karışımına ekleyin
MES Serbest Asit MonohidratFisher ScientificICN19483580pH'ı düşürmek için MS ortamına eklenir
Agar TozuAlfa Aesar9002-18-0Tohum süspansiyonunu desteklemek için ortamın kalınlığını artırır
5M KOHSigma-Aldrich484016pH'ı yeterli seviyelere yükseltir
1L Medya Saklama ŞişesiCorning1395-1LBir ekran için yeterli ortamı tutar
Polipropilen Santrifüj TüpleriCorning431470Vernilatizasyondan önce tohumları sterilize eder
pHProbu Davis InstrumentsYX-58825-26Medya yapmak için kullanılır
ALP'ler (Otomatik Laboratuvar Yazılımları Konumlandırıcılar) Kullanım KılavuzuBeckman CoulterPN 987836Biomek FX için eşlik eden ekipmanın kurulumuna yardımcı olur
Biomek 2000 İstifleyici Atlıkarınca Kullanıcı KılavuzuBeckman Coulter609862-AAİstifleyici Karuselinin
kurulumuna yardımcı olurBiomek FX ve FXP Laboratuvar Otomasyon İş İstasyonları Kullanım KılavuzuBeckman CoulterPN 987834Çok Kanallı Podu çerçevelemek için kullanılır
Biomek FXP Laboratuvar Otomasyon İş İstasyonu Müşteri Başlangıç KılavuzuBeckman CoulterPN B32335ABBiomek FX'in kurulumuna yardımcı olmak için kullanılır
Biomek Yazılımı Kullanım KılavuzuBeckman CoulterPN 987835Kurmak ve anlamak için kullanılır Yazılım
Robotu hava sağlar , ile Birlikte Geliyor,

Kaynaklar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Blackwell, H. E., Zhao, Y. Chemical genetic approaches to plant biology. Plant Physiol. 133 (2), 448-455 (2003).
  2. Dejonghe, W., Russinova, E. Plant chemical genetics: From phenotype-based screens to synthetic biology. Plant Physiol. 174 (1), 5-20 (2017).
  3. McCourt, P., Desveaux, D. Plant chemical genetics. New Phytol. 185 (1), 15-26 (2010).
  4. Lumba, S., Cutler, S., McCourt, P. Plant nuclear hormone receptors: A role for small molecules in protein-protein interactions. Annu Rev Cell Dev Biol. 26, 445-469 (2010).
  5. Hicks, G. R., Raikhel, N. Opportunities and challenges in plant chemical biology. Nat Chem Biol. 5 (5), 268-272 (2009).
  6. De Rybel, B., et al. A role for the root cap in root branching revealed by the non-auxin probe naxillin. Nat Chem Biol. 8 (9), 798-805 (2012).
  7. Koornneef, M., Meinke, D. The development of Arabidopsis as a model plant. Plant J. 61 (6), 909-921 (2010).
  8. Serrano, M., Kombrink, E., Meesters, C. Considerations for designing chemical screening strategies in plant biology. Front Plant Sci. 6, 131(2015).
  9. Yoshitani, N., et al. A structure-based strategy for discovery of small ligands binding to functionally unknown proteins: Combination of in silico screening and surface plasmon resonance measurements. Proteomics. 5 (6), 1472-1480 (2005).
  10. Macarron, R., et al. Impact of high-throughput screening in biomedical research. Nat Rev Drug Discov. 10 (3), 188-195 (2011).
  11. DeBolt, S., et al. Morlin, an inhibitor of cortical microtubule dynamics and cellulose synthase movement. Proc Natl Acad Sci U S A. 104 (14), 5854-5859 (2007).
  12. Christian, M., Hannah, W. B., Luthen, H., Jones, A. M. Identification of auxins by a chemical genomics approach. J Exp Bot. 59 (10), 2757-2767 (2008).
  13. Drakakaki, G., et al. Clusters of bioactive compounds target dynamic endomembrane networks in vivo. PNAS. 108 (43), 17850-17855 (2011).
  14. Armstrong, J. I., Yuan, S., Dale, J. M., Tanner, V. N., Theologis, A. Identification of inhibitors of auxin transcriptional activation by means of chemical genetics in Arabidopsis. Proc Natl Acad Sci U S A. 101 (41), 14978-14983 (2004).
  15. Brown, L. A., et al. A small molecule with differential effects on the PTS1 and PTS2 peroxisome matrix import pathways. Plant J. 65 (6), 980-990 (2011).
  16. De Rybel, B., et al. Chemical inhibition of a subset of Arabidopsis thaliana GSK3-like kinases activates brassinosteroid signaling. Chem Biol. 16 (6), 594-604 (2009).
  17. Arkin, M. R., Tang, Y., Wells, J. A. Small-molecule inhibitors of protein-protein interactions: progressing toward the reality. Chem Biol. 21 (9), 1102-1114 (2014).
  18. St Onge, R., Schlecht, U., Scharfe, C., Evangelista, M. Forward chemical genetics in yeast for discovery of chemical probes targeting metabolism. Molecules. 17 (11), 13098-13115 (2012).
  19. Vassilev, L. T., et al. In vivo activation of the p53 pathway by small-molecule antagonists of MDM2. Science. 303 (5659), 844-848 (2004).
  20. Zhao, Y., et al. Chemical genetic interrogation of natural variation uncovers a molecule that is glycoactivated. Nat Chem Biol. 3 (11), 716-721 (2007).
  21. Walsh, T. A. The emerging field of chemical genetics: Potential applications for pesticide discovery. Pest Manag Sci. 63 (12), 1165-1171 (2007).
  22. Center, A. B. R. Seed Handling. , The Ohio State University. Available from: https://abrc.osu.edu/seed-handling (2013).
  23. Knoth, C., Salus, M. S., Girke, T., Eulgem, T. The synthetic elicitor 3,5-dichloroanthranilic acid induces NPR1-dependent and NPR1-independent mechanisms of disease resistance in Arabidopsis. Plant Physiol. 150 (1), 333-347 (2009).
  24. Conway, M. K., et al. Scalable 96-well Plate based iPSC culture and production using a robotic liquid handling system. J Vis Exp. , (2015).
  25. Daniszewski, M., et al. Automated cell culture systems and their applications to human pluripotent stem cell studies. SLAS Technol. , (2017).
  26. Popa-Burke, I., Russell, J. Compound precipitation in high-concentration DMSO solutions. J Biomol Screen. 19 (9), 1302-1308 (2014).
  27. Partridge, F. A., et al. An automated high-throughput system for phenotypic screening of chemical libraries on C. elegans and parasitic nematodes. Cold Spring Harb Protoc. , (2017).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya şekillerini yeniden kullanmak için izin iste

İzin iste

Etiketler

Y ksek Kapasiteli Taramaok Kanall Pipet Ucu Y kamaKimyasal K t phane SeyreltmeFide Fenotip Analizievresel Oda nk basyonuDiseksiyon Mikroskobu ile G r nt lemeSterilize Edilmi Vernalize Tohum

İlgili makaleler