Yöntem makalesi

Bir Protein Mikroarray tahlil antijen spesifik antikor yanıt aşağıdaki Clostridium difficile enfeksiyon serolojik belirlenmesi için

DOI:

10.3791/57399

⸱

15 Haziran 2018

 ,  , 
1Breast Surgery Group, Division of Medical Sciences and Graduate Entry Medicine, School of Medicine, Queen's Medical Centre, University of Nottingham, 2Medical Microbiology and Immunology Department, Faculty of Medicine, Mansoura University, 3Nottingham Digestive Diseases Centre and NIHR Nottingham Digestive Diseases Biomedical Research Centre, School of Medicine, Queen's Medical Centre, University of Nottingham

Bu makalede

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bir 7-plex panel humoral bağışıklık yanıtlarını yüksek profil oluşturma saf insan sera içinde Clostridium difficile antijenleri için bu makalede basit protein mikroarray yöntemi açıklanır. Protokol spesifik antikor yanıt müstahzarları poliklonal intravenöz immünglobulin belirlenmesi için genişletilebilir.

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Clostridium difficile antikor düzeyleri insan sera ve poliklonal intravenöz immünglobulin (IVIG) ayrı hazırlıklar belirlenmesi anti - için bir roman yüksek üretilen iş protein mikroarray tahlil ayrıntılı bir özetini sağlar. Protokol numune hazırlama, diziler, tahlil yordam ve veri analizi yazdırma ilgili metodolojik adımları açıklar. Ayrıca, bu iletişim kuralı plazma dahil olmak üzere çeşitli klinik örnekler dahil ve kültür supernatants hücre için daha fazla geliştirilebilir. Protein mikroarray izotip (IgA, IgG, IgM), alt sınıf (Igg1, Igg2, Igg3, Igg4, Iga1, Iga2) bir arada belirlemek için nasıl kullanılabileceğini göstermektedir ve zorlanma özel antikorlar için son derece saf tüm C. difficile toksinler A ve B (toxinotype 0, zorlanma VPI 10463, ribotype 087), toksin B bir C. difficile toksin B yalnızca ifade zorlanma (CCUG 20309), ikili toksin, pCDTb, ribotype özgü tüm yüzey katman protein B parçası habercisi şeklinde (SLPs; 001 002, 027) ve kontrol proteinler (tetanoz toksoidi ve Candida albicans). Deneme sırasında microarrays sera C. difficile enfeksiyon (CDI), kistik fibrozis (CF) ishal, sağlıklı kontrol (HC), olmadan kişilerle olan bireyler ve bireyler öncesi ve sonrası-IVIG tedavisi ile probed tedavi CDI, kombine immün yetmezlik hastalığı ve kronik inflamatuvar demiyelinizan polyradiculopathy. Hasta grupları, IVIG, ve sera önce ticari hazırlıkları ve aşağıdaki IVIG yönetim arasında önemli farklılıklar toksini nötralize efficacies ve multi-izotip spesifik antikor düzeyleri karşılaşıyoruz. Ayrıca, serum örneklerinde antitoksin IgG düzeyleri için Mikroarray ve enzim bağlı immunosorbent assay (ELISA) arasında önemli bir ilişki yoktur. Bu sonuçlar bu Mikroarray antikor yanıt C.difficile antijenleri aşı veya enfekte insanlar için profil oluşturma için umut verici bir araç haline gelebilir öneririz. İle arıtma antijen panelleri ve üretim maliyetleri azaltma biz Mikroarray teknoloji optimize etmek ve C. difficile enfeksiyon için en klinik olarak yararlı immunotherapies bir hastaya özgü şekilde seçin yardımcı olabilir tahmin.

Giriş

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu iletişim kuralı geliştirme ve tespiti için bir roman ve özelleştirilmiş protein mikroarray testin geçerliliği ve bakteriyel zorlanma ve C. difficile antijenleri izotip özgü antikor yanıt yarı miktar açıklanmaktadır. Başarılı bir şekilde bizim C. difficilekullanmak-belirli Mikroarray tahlil Kompozisyon bioanalysis hasta sera1,2, hazırlıklar IVIG3, spesifik antikor içerik için umut verici yeni bir araç olarak ve CDI4yoksul sonuçları ile ilişkili antikor özelliklerine tanımlaması. Biobanked serum numuneleri ve IVIG ticari hazırlıkları Mikroarray slaytlarda nasıl çözümlenebilir C. difficile patojen özgü antikor yanıt bu tahlil tekrarlanabilir yüksek kaliteli profilleme izin göstermektedir.

Birçok sağlıklı çocuk ve yetişkin tespit serum IgG ve IgA antikorları C. difficile toksinler A ve B5,6var. Bunlar bebeklik ve C. difficile maruz yetişkinlikte takip sırasında geçici pozlama ardından ortaya çıkan düşünülmektedir. Bu nedenle, poliklonal IVIG olmuştur dışı tekrarlayan ve fulminan CDI7,8,9tedavi etmek için kullanılır. Ancak, onun kesin rolünü ve eylem kalır belirsiz. C. difficile toksinler humoral bağışıklık yanıtı hastalığı sunum ve sonucu bir rol oynar çeşitli çalışmalar göstermiştir. Özellikle, asemptomatik Hastalar semptomatik hastalık10geliştirmek hastalara göre bir artan serum Anti-toksin A IgG konsantrasyon göster. Kanıtlanabilir bir dernek medyan Anti-toksin A IgG titreleri ve 30 günlük all-neden ölüm11için rapor edildi. Çeşitli raporlar da yineleme ve antikor yanıt toksin A, B ve birkaç sigara toksin antijenleri (Cwp66, Cwp84, FliC, hızlı ve yüzey katman proteinleri (SLPs)) karşı bir koruma ile bir ilişki ortaya koymuştur12,13 , 14 , 15. bu gözlemler son zamanlarda ABD Gıda ve ilaç idaresi ve Avrupa İlaç tarafından onaylanıp gelişme ilk pasif immünoterapi uyuşturucu hedefleme C. difficile toksini B (bezlotuxumab), mahmuzlu Tekrarlayan CDI16önlenmesi için Ajansı. Inaktif toksinler, uyuşturucu ve rekombinant toksin parçaları kullanarak aşılama stratejileri de vardır şu anda altında geliştirme17,18,19. Bu yeni tedavi yaklaşımları şüphesiz örneklerin boyutu büyük içinde birden çok antijenleri humoral bağışıklık yanıtlarını değerlendirmek için gereksinimin teşvik edecek.

Bugün, aynı anda bakteriyel zorlanma ve C. difficile antijenleri izotip özgü antikor yanıt değerlendirirken yetenekli ticari olarak mevcut yüksek üretilen iş deneyleri önemli bir eksikliği var. Gelecekteki araştırma çabalarını ve klinik uygulamaları kolaylaştırmak için bu tür deneyleri geliştirmek için bir karşılanmamış ihtiyaç vardır. Protein microarrays kişi20 veya olmayan bir kişi olabilir bir robotik sistem kullanarak çok sayıda tek tek saf protein lekelerin mikroskobik bir slayt tabanlı yüzeye dağınık şekilde organize bir dizi olarak hareketsiz için bir yöntemdir baskı aracı21. Noktalar hücre lysates, antikor, doku homogenates, endojen veya rekombinant proteinler veya peptidler, vücut sıvıları veya uyuşturucu22,23gibi karmaşık karışımlar temsil edebilir.

Protein mikroarray teknolojisi standart kurum içi ELISA ayrı avantaj geleneksel anti -C. difficile antikor yanıt değerlendirmek için kullanılan teknikleri sunar. Bunlar çok izotip özel antikorlar hedeflerinden protein, düşük hacim gereksinimleri antijenleri, örnekleri ve reaktifler, daha geniş bir panel karşı bir dizi tespit için artan bir kapasite dahil ve bir daha büyük dahil etmek için geliştirilmiş bir yetenek birden çok iç kalite kontrol (QC) yanı sıra teknik çoğaltır sayısı1ölçer. Microarrays bu nedenle daha doğru duyarlı ve tekrarlanabilir ve büyük bir dinamik alana sahip. Bu faktörler microarrays bilinen proteinler büyük ölçekli tespiti için ELISAs için potansiyel olarak uygun ve ucuz bir alternatif olun. Ancak, esas olarak bir panel yüksek oranda saflaştırılmış antijenleri kurulması ve teknolojik platformu kurma ile ilgili büyük ön maliyetleri Mikroarray teknoloji dezavantajları sonucu.

Protein microarrays klinik uygulamalarında tanılama ve temel araştırma aracı olarak son yirmi yılda yoğun olarak kullanılmaktadır. Belirli uygulamaları, enzim-substrat ilişkileri, biyomarker tarama, ana bilgisayar-mikrop etkileşimlerin analizi çalışma profil oluşturma ve antikor özgüllük23,24, profil oluşturma protein ifade 25,26,27,28. Birçok yeni patojen protein/antijen microarrays, sıtma (Plasmodium)29, HIV-130, grip31, şiddetli akut solunum Sendromu (SARS)32, viral kanamalı ateşi33 de dahil olmak üzere kurulmuş olan , herpesviruses34ve tüberküloz35.

Mevcut Protokolü doru, hassas ve belirli miktar multi-izotip ve C. zorlanma özgü antikor yanıt sağlayan bir kolay işletim C. difficile reaktif antijen Mikroarray yöntemi, kurulması ile ilgilidir difficile sera ve poliklonal IVIG antijenleri. Burada, ELISA yanı sıra tahlil hassasiyet ve tekrarlanabilirlik için profilleri karşılaştırıldığında bir kabul edilebilir Mikroarray tahlil performans için ilgili temsilcisi sonuçları içerir. Bu tahlil diğer klinik örnekler profil için daha fazla geliştirilebilir ve CDI moleküler temeli araştırma için yeni bir standart ayarlar.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. hazırlanması Mikroarray plaka

  1. C. difficile antijenleri Yazdırma arabelleği [PBS-ara-trehalose (50 mM)] ile (ki hasta sera çalıştırmadan önce önceden tanımlanmış) en iyi konsantrasyon, seyreltik: toksin bir (200 µg/mL) ve toksin B (100 µg/mL), pCDTb (200 µg/mL) ve arıtılmış yerli Tüm SLPs elde edilen ribotypes 001, 002 ve 027 (200 µg/mL).
    Not: Toksin B bir toksin B ifade zorlanma CCUG 20309 (90 µg/mL) elde edildi.
    1. Pozitif denetimleri, lysates C. albicansve tetanoz toksoidi 100 µg/mL, Yazdırma arabelleği ile sulandırmak. Son olarak, seri olarak test edilmiş antikor izotip eşleştirme, 50 µg/mL bir kalibrasyon eğrisi oluşturmak için Yazdırma arabelleği 10 dilutions arasında başlayan arıtılmış insan immünoglobulin oranında seyreltin.
  2. Yazdırma arabelleği dilutions 10 µL 384-şey plaka aktarın.
  3. Bir plaka mühür ve 5 min için 300 x g, santrifüj ile plaka kapak.

2. kişi bir Robot dizilerle yazdırma

  1. Isı her el gaz brülörlü 3 x 2 s kullanarak silikon PIN ve temiz su 3 x 3 s durulama.
  2. Mikrodizi plaka arrayer yükleme kartuşu yerleştirin.
  3. Aminosilane Slaytları Slayt tepsiye yerleştirin.
    Not: 27 Slaytları Slayt tepsi tutabilir: dokuz slayt üç sıra. Slaytları dikey yönlendirmeli alttaki sol taraftan başlayarak halinde düzenlenir ve alanlarda diğer slayt tepsisindeki tüm delikleri kapalı olduğunu emin olmak için boş slaytlar ile kaplıdır.
    1. OK tuşuna basın ve bir vakum açık durumda ve tüm slaytlara güvenli kontrol. Slaytları Yazdır başlamadan önce en az 1 h için nemli ortamda bırakın.
      Not: Aminosilane slaytlar mühürlü bir çantada kurutucu ile sağlanır. Bir kez açıldı, kullanılmayan herhangi bir slayt için depolama sona erme tarihine kadar desiccator hemen döndürülmelidir.
  4. Uygun yazdırma programı Clostridium difficile antijenleri yazdıracak şekilde ayarlayın. TAS Application Suite başlatmak ve gerekli yazdırma çalışma parametreleri dosya 'My uygun çalışır' dizininden açın. Clostridium difficile dosya quadruplicate içinde Clostridium difficile antijenleri yazdırmak için seçin.
  5. Ana penceresinde Mikroarray simgesini çift tıklatarak üzerine üç sekmeli bir pencere-ecek gözükmek denilen 'MicroArraying parametreler'.  "Kaynak,"Hedef"ve"Seçenekler"" üç sekme vardır "Kaynak" sekmesini ayrıntıları Mikroarray tabak içinde kullanılan örnek sayısını gösterir. "Hedef" sekmesi slaytları dizi slayt üzerinde yazılı olmalı ve slayt düzenini (16 THUMBNAIL biçimleri) düzenlemek nerede yüklenmesi şeklini ayrıntılarını gösterir. "Seçenekler" sekmesini yıkama Protokolü ve kullanılan Örneğinaraç ayrıntılarını gösterir. sonra tamamlanmış her örnek yıkayın. Silikon PIN farklı örnekleri arasında herhangi bir çapraz bulaşma kaçınmak için örnek arasında temiz.
  6. Programlama seçenekleri Seçenekler'in altında yer alır > çalıştırmak tercihleri TAS Application Suite araç çubuğunda. Bu bölümde ile çalışmak 9 sekme vardır ve siz tam bir sekmeyi taşımak sonraki tıklayarak. "Tamam" düğmesine tıklayarak "Çalıştır tercihleri dışında." götürecek "Çalışma tercihleri" "Genel" sekmesinde, bir program başladığında nasıl araç davranacaktır için ilgili bu bölüm altında birkaç onay kutusu vardır. "Prime banyo önce başlamak-in koşmak" kutuyu tüm üç yıkama istasyonları kısa astar sıra önce çalışma başına geçirecek. İlk kaynak ziyaret etmeden önce yıkanmış onay kutusunu "Çalıştır başında yıka", PIN aracı. Onay kutusunu "Çalıştır sonunda yıkama" son kaynak ziyaret ettikten sonra PIN aracı yıkanmış. Kullanıcı yıkama döngüleri sayısını ayarlayabilirsiniz. "İklim" sekmesinde "Çalıştır tercihleri" nemlendirme başlatın. Kullandığımız ayarı aşağıdaki gibidir: oranı % 55, Başlat Çalıştır oranı %55, en düşük nem oranı % 55, hedef nem oranı % 60. Koşmak kadar hedef nem ulaşıldı, aksi takdirde belgili tanımlık yer-ecek var olmak yanlış beden ve Kütüphane hızla buharlaşır gider başlatmayın.
  7. Menü çubuğu TAS, yeşil Git düğmesini tıklatın.  Çalıştır başlatın ve düzenli aralıklarla belirli her şey olmak arrayer yazdırma çalışma sırasında sorun değil gözlemlemek.
    Not: bir THUMBNAIL bir negatif kontrol kullanıldığı gibi bu analiz paralel her bir slayt üzerinde 15 örnekleri sağlar. Subarrays tasarım yazdırılan proteinler (antijen) sayısına göre belirlenir ve yazdırılan biyolojik sayısını çoğaltır.
    Not: her örnek yazdırdıktan sonra kafa doğru Yıkama banyolar birden çok PIN distile su ve %0,002 içeren iki yıkama banyo daldırma izin vermek için hamle ara 20 1,5 için PIN ultra saf su ile durulama ve kurutma iğne tarafından takip her banyoda s 4 ana yıkama istasyonu s.

3. depolama dizileri

  1. Yazdırılmış slaytlar gecede desiccator oda sıcaklığında saklanan tutmak.
    Not: Bir hafta kadar yazdırılmış slaytlar depolanabilir.

4. dizi sondalama

  1. Dikkatle yazdırılmış slaytlar 16 çok iyi odaları biçimi bir slayt tutucu içinde yer.
    Not: yaklaşık 7.5 mm derinliğe sahip odalar, karıştırma ve adımları yıkama kolaylaştırmak için hacim oranı için cömert bir yüzey sağlar.
  2. Oda sıcaklığında kullanmadan önce ısıtmak tüm reaktifler izin. Aksi belirtilmediği sürece, oda sıcaklığında tüm aşağıdaki adımları gerçekleştirin.
  3. Filtre uygulanmış %5 Sığır serum albümin aranın (BSAT; kullanım 0.2 µm şırınga filtre) her blok ve slaytlar kapağı için 1 h sallayarak ile kuluçkaya 100 µL ekleyin.
  4. Slayt 5 x 1 dk her tamponlanmış fosfat 120 µL içinde ara 20 ile serum fizyolojik yıkayın (PBST; % 0,1 ara) başına sallayarak ile iyi. Slaytlar kurumasına izin vermeyin.
  5. Serum numuneleri 20 dk için buz çözme ve her örnek ile piyasada bulunan antikor Dilüent bileşen azaltarak arka plan ile seyreltik ( Tablo malzemelerigörmek).
    1. Serum örnekleri test immünglobulin göre seyreltme Tablo 2' de gösterildiği gibi optimize edin.
  6. Biri, bir negatif kontrol kullanılan hariç tüm blokları için 100 µL seyreltik serum örneklerinin transfer; Bu blok, antikor Dilüent 100 µL sadece eklemek. 1s için nazik ajitasyon ile slaytlar kuluçkaya.
  7. Slayt 5 x 3 dk PBST 120 µL içinde yıkayın (% 0,1 ara) başına sallayarak ile iyi.
  8. Bir biotinylated keçi anti-insan antikor antikor Dilüent ile seyreltilmiş 100 µL ekleyin.
    1. İkincil antikor test immünglobulin göre seyreltme Tablo 2' de açıklandığı gibi en iyi duruma getirme. Onlara nazik için 1 h sallayarak ile kuluçkaya ve slaytları kapsar.
  9. Slayt 5 x 3 dk PBST 120 µL başına sallayarak ile iyi yıkayın.
  10. Streptavidin Cy5 100 µL % 5 BSA içinde 1:2000, seyreltilmiş her blok için ekleyin. Nazik ajitasyon ile 15 dakika sallayarak iken ışıktan korumaya folyo ile slaytlar kapağı.
  11. Sadece sallayarak ile 1 dk her birinin PBS 2 yıkama ardından sallayarak ile iyi başına slayt 5 x 1 dk her 120 µL içinde PBST yıkayın.
  12. 300 x g kuru onları de 5 min için slaytlar spin.
  13. Slaytları koyu bir kutu nakliye ve depolama için oda sıcaklığında tutmak.
  14. Hemen sondalama sonra sinyal tutarlılığı sağlamak için diziler inceden inceye gözden geçirmek için devam edin.
    Not: Ancak, problu slaytlar karanlıkta saklanabilir ve problama üzerinden bir hafta içinde inceden inceye gözden geçirmek.

5. tarama diziler

  1. Lazer tarayıcıya geçiş ( Tablo malzemelerigörmek) lazer kadar ısıtmak için taramadan önce 30 dak. Tarayıcı yazılımı yüklemek ve tarayıcıya bağlayın.
  2. Oyun ışık sürekli yeşil olana yazılı tarafı yüzünü ile bir slayt tarayıcı içine yerleştirin.
  3. Ayarlar düğmesine basın ve aşağıdaki gibi slaytları tarama yaparken aşağıdaki ayarları yapın: tarama modu, medyan; Satın alma, sadece 635; Toplama modu, Kılavuzu; Kazanç, 20; Güç, düşük; Kayma tipi, etiketlenmemiş slayt; Odak, otomatik odaklama. Otomatik kaydırmayı devre dışı bırakmak ve Barkod okuma piksel boyutu 10 ve tarama 35 olarak ayarlayın.
  4. Sonuç görüntüleri 16-bit gri tonlama birden çok görüntü TIFF formatında kaydedin. Alma kılavuz düğmesine basın ve uygun dizi listesinden seçin.
    Not: Dizi liste boyutu ve subarrays konumunu ve her özellik gösterge ile ilişkili basılı maddeler adlarını açıklar.
    1. Slayt üzerindeki noktalar kılavuza hizalayın.
  5. Görüntüleri floresans sinyal yoğunluklarda her spot ölçmek ve sonuçları GenePix sonuçları (GPR) olarak adlandırılan bir metin biçiminde kaydetmek için Miktar işlem düğmeye basarak analiz.
    Not: GPR dosya dizi üzerinde antijen hedeflerinden yerelleştirme ve kimlik değişkenleri içerir ve ayrıca her nokta değerlerini medyan floresan yoğunluğu ve antikor bağlama temsil eden yerel arka sinyal.

6. veri analizi

  1. Ters faz protein dizi (RPPA) Çözümleyicisi, R istatistiksel dil CRAN36üzerinde bir modül olarak adlandırılan bir ücretsiz Mikroarray analiz yazılımı kullanarak arka plan çıkarma sonra orta her antijen çoğaltır için hesaplama.
  2. Standart eğri çizmek ve her antijen-antikor düzeyleri hesaplamak için (bkz: Malzemeler tablo) istatistik yazılım ticari bilimsel grafik ve kullanma immünglobulin standart eğri göre sinyalleri tanımlar.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Açıklanan protokolünde önemli adımları açıklayan bir akış çizelgesi Şekil 1 gösterir. Şekil 2 Spearman korelasyon testleri anti-toksin A ve B hasta test sera seviyeleri önemli arasındaki anlaşma Mikroarray ve ELISA IgG ve IgA gösteren gösterir. Şekil 3 fark IgG ve IgA antikor-sınıf CF olmadan ishal olan hastalar, ishal olan CDI hastalar ve HC spesifik antikor yanıt toksin A, toksin B ve ikili toksin ...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu protokol için o Mikroarray C. difficile protein antijenleri (rakamlar 3 ve 6) hasta sera ve IVIG (Şekil 5) ticari hazırlıkları için humoral bağışıklık yanıtı tanımlamak için uygun bir platform olduğunu göstermiştir. Biz de Mikroarray tekniği de geleneksel ELISA (Şekil 2) karşılaştırıldığında gerçekleştirir ve hassas ( kabul edilebilir sınırlar içinde düşen içi ve arası assay variabilities ile mükemmel tekrarl...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Teşekkürler

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu araştırma bir Hermes bursu Ola Negm ve Tanya Monaghan ve ayrı Nottingham Sindirim Hastalıkları Merkezi ve NIHR Nottingham sindirim hastalıkları Biyomedikal Araştırma Merkezi fon aracılığıyla tarafından desteklenmiştir.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
BioRobotics MicroGrid II arrayerDigilab, Malborough, MA, ABDN/AAntijenlerin slaytlar üzerinde otomatik olarak tespit edilmesi için kullanılan kontak arrayer.
Tarayıcı InnoScan 710.InnopsysN/AReaksiyonu okumak için kırmızı (Cy5) lazerli bir floresan mikrodizi slayt tarayıcı.
MAPIX yazılım sürümü 7.2.0InnopsysN/ANoktaların sinyal yoğunluklarını ölçün.
Silikon kontak pimiParalel Sentez TeknolojileriSMT-P75Numuneleri slaytlara yazdırın.
Thermo Scientific Nalgene KurutucuThermo Scientific41102426Yeni ve basılı slaytları saklamak için.
384 oyuklu plakaGenetixX7022UNAntijenleri hazırlamak için.
Plaka kapağıSigma Aldrich, İngiltereCLS6570-100EANumunelerin buharlaşmasını azaltmak için.
Aminosilan slaytlarıSchott,  Almanya1064875Antijenleri basmak için tercih edilen slayt.
Slayt tutucularGraceBio Labs, ABD204862Slaytları aynı 16 alt diziye bölün. Bu tutucular tekrar kullanılabilir, sökülebilir, sızdırmaz kuyulardır.
Candida albicans lizatNIBSCPR-BA117-SPozitif kontrol
Tetanoz Toksoidi ve nbsp;Atina Araştırma ve Teknoloji04/150Pozitif kontrol
İmmünoglobulin G (IgG), Normal İnsan Plazması  Atina araştırma ve  Teknoloji   16-16-090707Saflaştırılmış Doğal İnsan İmmünoglobulini G IgG, İnsan Plazması.
İmmünoglobulin G1 (IgG1), Normal İnsan Plazması  Atina araştırma ve  Teknoloji   16-16-090707-1Saflaştırılmış Yerli İnsan İmmünoglobulini G1 IgG1, İnsan Plazması.
İmmünoglobulin G2 (IgG2), Normal İnsan Plazması  Atina araştırma ve  Teknoloji   16-16-090707-2Saflaştırılmış Yerli İnsan İmmünoglobulini G2 IgG2, İnsan Plazması.
İmmünoglobulin G3 (IgG3), Normal İnsan Plazması  Atina araştırma ve  Teknoloji   16-16-090707-3Saflaştırılmış Yerli İnsan İmmünoglobulini G3 IgG3, İnsan Plazması.
İmmünoglobulin G4 (IgG4), Normal İnsan Plazması  Atina araştırma ve  Teknoloji   16-16-090707-4Saflaştırılmış Yerli İnsan İmmünoglobulini G4 IgG4, İnsan Plazması.
İmmünoglobulin A (IgA), İnsan Plazması  Atina araştırma ve  Teknoloji   16-16-090701Saflaştırılmış Yerli İnsan İmmünoglobulin A (IgA), İnsan Plazması.
İmmünoglobulin A1 (IgA1), İnsan Miyelom Plazması  Atina araştırma ve  Teknoloji   16-16-090701-1MSaflaştırılmış Yerli İnsan İmmünoglobulini A1 (IgA1), İnsan Plazması.
İmmünoglobulin A2 (IgA2), İnsan Miyelom Plazması  Atina araştırma ve  Teknoloji   16-16-090701-2MSaflaştırılmış Yerli İnsan İmmünoglobulini A2 (IgA2), İnsan Plazması.
İmmünoglobulin M (IgM), İnsan Plazması  Atina araştırma ve  Teknoloji   16-16-090713Saflaştırılmış Yerli İnsan İmmünoglobulini M (IgM), İnsan Plazması.
Biyotinile Keçi Anti-İnsan IgG Antikoru, gama zincirine özgüVector LabsBA-3080Keçi anti-insan IgG (γ -zincir spesifik) -biyotin antikoru spesifik olarak insan IgG ile reaksiyona girer, ancak diğer immünoglobulinlerle reaksiyona girmez.
Fare Anti-İnsan IgG1 Menteşe-BIOTGüney Biotec9052-08 Keçi anti-insan IgG1 biyotin antikoru, spesifik olarak insan IgG1 ile reaksiyona girer, ancak diğer immünoglobulinlerle reaksiyona girmez.
Fare Anti-İnsan IgG2 Fc-BIOTGüney Biotec9060-08   Keçi anti-insan IgG2 -biyotin antikoru spesifik olarak insan IgG 2 ile reaksiyona girer, ancak diğer immünoglobulinlerle reaksiyona girmez.
Fare Anti-İnsan IgG3 Menteşe-BIOTGüney Biotec9210-08     Keçi anti-insan IgG3-biyotin antikoru, spesifik olarak insan IgG3 ile reaksiyona girer, ancak diğer immünoglobulinlerle reaksiyona girmez.
Fare Anti-İnsan IgG4 pFc'-BIOTGüney Biotec9190-08 & nbsp;  Keçi anti-insan IgG-biyotin antikoru, spesifik olarak insan IgG ile reaksiyona girer, ancak diğer immünoglobulinlerle reaksiyona girmez.
Anti-İnsan IgA, alfa zincirine özgü, keçide üretilmiştir - BiyotinillenmişVektör LaboratuvarlarıBA-3030Keçi anti-insan IgG-biyotin antikoru, spesifik olarak insan IgG ile reaksiyona girer, ancak diğer immünoglobulinlerle reaksiyona girmez.
Fare Anti-İnsan IgA1-BIOTSouthern Biotec9130-08Keçi anti-insan IgG-biotin antikoru spesifik olarak insan IgG ile reaksiyona girer, ancak diğer immünoglobulinlerle reaksiyona girmez.
Fare Anti-İnsan IgA2-BIOTGüney Biotec9140-08   Keçi anti-insan IgG-biyotin antikoru, spesifik olarak insan IgG ile reaksiyona girer, ancak diğer immünoglobulinlerle reaksiyona girmez.
Fare Anti-İnsan IgM-BIOTGüney Biotec9020-08 Keçi anti-insan IgG-biyotin antikoru, spesifik olarak insan IgG ile reaksiyona girer, ancak diğer immünoglobulinlerle reaksiyona girmez.
0,2 mm şırınga filtresiThermo scientific723-2520%5 BSA'yı filtreleyin.
Sığır Serum Albümini (BSA)Sigma Aldrich, İngiltereA7284Slaytları bloke etmek için %5 BSA kullanın.
Antikor seyrelticiDako, UKS3022Serumu ve ikincil antikoru seyreltmek için.
Streptavidin Cy5eBioscienceSA1011Bağışıklık reaksiyonunun tespiti.
Saflaştırılmış bütün C. difficile toksinleri A ve B (toksinotip 0, suş VPI 10463, riyotip 087)Toksinler Grubu, Halk Sağlığı İngiltereNA
Saflaştırılmış bütün C. difficile toksin B (CCUG 20309 toksin B sadece suşu ifade eder)Toksinler Grubu, Halk Sağlığı İngiltereNA
İkili toksinin B parçasının öncü formu, pCDTbBath Üniversitesi NA: E. Coli'de tamamen sentetik rekombinant gen yapısından üretilir. 027 ribotipinden yayınlanan diziye dayalı amino asit dizisi (http:www.uniprot.org/uniprot/A8DS70)
Saflaştırılmış doğal tüm ribotipe özgü (001, 002, 027) yüzey tabakası proteinleriDublin City University NA
Vigam (IVIg hazırlığı 1)Nottingham Üniversitesi Hastaneleri NHS TrustN/A
Privigen (IVIg hazırlığı 2)Nottingham Üniversitesi Hastaneleri NHS TrustN/A
Intratect (IVIg hazırlığı 3)Nottingham Üniversitesi Hastaneleri NHS TrustN/A

Kaynaklar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Negm, O. H., et al. Profiling humoral immune responses to Clostridium difficile.-specific antigens by protein microarray analysis. Clinical and Vaccine Immunology. 22 (9), 1033-1039 (2015).
  2. Monaghan, T. M., et al. High prevalence of subclass-specific binding and neutralizing antibodies against Clostridium difficile. toxins in adult cystic fibrosis sera: possible mode of immunoprotection against symptomatic C. difficile infection. Clinical and Experimental Gastroenterology. 10, 169-175 (2017).
  3. Negm, O. H., et al. Protective antibodies against Clostridium difficile. are present in intravenous immunoglobulin and are retained in humans following its administration. Clinical & Experimental Immunology. 188 (3), 437-443 (2017).
  4. Monaghan, T., et al. OC-058 A protein microarray assay for predicting severe outcomes in Clostridium difficile infection. Gut. 66, Suppl. 2 31(2017).
  5. Bacon, A. E. Immunoglobulin G directed against toxins A and B of Clostridium difficile in the general population and patients with antibiotic-associated diarrhea. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 18 (4), 205-209 (1994).
  6. Viscidi, R., et al. Serum antibody response to toxins A and B of Clostridium difficile. The Journal of Infectious Diseases. 148 (1), 93-100 (1983).
  7. Salcedo, J., et al. Intravenous immunoglobulin therapy for severe Clostridium difficile colitis. Gut. 41 (3), 366-370 (1997).
  8. Abougergi, M. S., Kwon, J. H. Intravenous immunoglobulin for the treatment of Clostridium difficile infection: a review. Digestive Diseases and Sciences. 56 (1), 19-26 (2011).
  9. Shah, N., Shaaban, H., Spira, R., Slim, J., Boghossian, J. Intravenous immunoglobulin in the treatment of severe Clostridium difficile colitis. Journal of Global Infectious Diseases. 6 (2), 82-85 (2014).
  10. Kyne, L., Warny, M., Qamar, A., Kelly, C. P. Asymptomatic carriage of Clostridium difficile and serum levels of IgG antibody against toxin A. The New England Journal of Medicine. 342 (6), 390-397 (2000).
  11. Solomon, K., et al. Mortality in patients with Clostridium difficile infection correlates with host pro-inflammatory and humoral immune responses. Journal of Medical Microbiology. 62, Pt 9 1453-1460 (2013).
  12. Kyne, L., Warny, M., Qamar, A., Kelly, C. P. Association between antibody response to toxin A and protection against recurrent Clostridium difficile diarrhoea. Lancet. 357 (9251), 189-193 (2001).
  13. Leav, B. A., et al. Serum anti-toxin B antibody correlates with protection from recurrent Clostridium difficile infection (CDI). Vaccine. 28 (4), 965-969 (2010).
  14. Drudy, D., et al. Human antibody response to surface layer proteins in Clostridium difficile infection. FEMS Immunology and Medical Microbiology. 41 (3), 237-242 (2004).
  15. Bauer, M. P., Nibbering, P. H., Poxton, I. R., Kuijper, E. J., van Dissel, J. T. Humoral immune response as predictor of recurrence in Clostridium difficile infection. Clinical Microbiology and Infection. 20 (12), 1323-1328 (2014).
  16. Wilcox, M. H., et al. Bezlotoxumab for prevention of recurrent Clostridium difficile infection. The New England Journal of Medicine. 376 (4), 305-317 (2017).
  17. Leuzzi, R., Adamo, R., Scarselli, M. Vaccines against Clostridium difficile. Human Vaccines & Immunotherapeutics. 10 (6), 1466-1477 (2014).
  18. Ghose, C., Kelly, C. P. The prospect for vaccines to prevent Clostridium difficile infection. Infectious Disease Clinics of North America. 29 (1), 145-162 (2015).
  19. Henderson, M., Bragg, A., Fahim, G., Shah, M., Hermes-DeSantis, E. R. A review of the safety and efficacy of vaccines as prophylaxis for Clostridium difficile infections. Vaccines. 5 (3), Basel. (2017).
  20. Zhu, H., et al. Global analysis of protein activities using proteome chips. Science. 293 (5537), 2101-2105 (2001).
  21. Delehanty, J. B., Ligler, F. S. Method for printing functional protein microarrays. BioTechniques. 34 (2), 380-385 (2003).
  22. Sutandy, F. X., Qian, J., Chen, C. S., Zhu, H. Overview of protein microarrays. Current Protocols in Protein Science. , Chapter 27 (Unit 27) 21(2013).
  23. Huang, Y., Zhu, H. Protein array-based approaches for biomarker discovery in cancer. Genomics, Proteomics & Bioinformatics. 15 (2), 73-81 (2017).
  24. Vigil, A., Davies, D. H., Felgner, P. L. Defining the humoral immune response to infectious agents using high-density protein microarrays. Future Microbiology. 5 (2), 241-251 (2010).
  25. Bacarese-Hamilton, T., Mezzasoma, L., Ardizzoni, A., Bistoni, F., Crisanti, A. Serodiagnosis of infectious diseases with antigen microarrays. Journal of Applied Microbiology. 96 (1), 10-17 (2004).
  26. Davies, D. H., et al. Profiling the humoral immune response to infection by using proteome microarrays: high-throughput vaccine and diagnostic antigen discovery. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 102 (3), 547-552 (2005).
  27. Wadia, P. P., Sahaf, B., Miklos, D. B. Recombinant antigen microarrays for serum/plasma antibody detection. Methods in Molecular Biology. 723, 81-104 (2011).
  28. Moore, C. D., Ajala, O. Z., Zhu, H. Applications in high-content functional protein microarrays. Current Opinion in Chemical Biology. 30, 21-27 (2016).
  29. Crompton, P. D., et al. A prospective analysis of the Ab response to Plasmodium falciparum before and after a malaria season by protein microarray. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107 (15), 6958-6963 (2010).
  30. Khodakov, D. A., et al. An oligonucleotide microarray for multiplex real-time PCR identification of HIV-1, HBV, and HCV. BioTechniques. 44 (2), 241-246 (2008).
  31. Ryabinin, V. A., et al. Universal oligonucleotide microarray for sub-typing of Influenza A virus. PLoS One. 6 (4), 17529(2011).
  32. Zhu, H., et al. Severe acute respiratory syndrome diagnostics using a coronavirus protein microarray. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 103 (11), 4011-4016 (2006).
  33. Cleton, N. B., et al. Spot the difference: development of a syndrome based protein microarray for specific serological detection of multiple flavivirus infections in travelers. PloS Neglected Tropical Diseases. 9 (3), 0003580(2015).
  34. Liu, Y., Yu, F., Huang, H., Han, J. Development of recombinant antigen array for simultaneous detection of viral antibodies. PLoS One. 8 (9), 73842(2013).
  35. Zhou, F., et al. Protein array identification of protein markers for serodiagnosis of Mycobacterium tuberculosis infection. Scientific Reports. 5, 15349(2015).
  36. Mannsperger, H. A., Gade, S., Henjes, F., Beissbarth, T., Korf, U. RPPanalyzer: analysis of reverse-phase protein array data. Bioinformatics. 26 (17), 2202-2203 (2010).
  37. Monaghan, T. M., et al. Circulating antibody and memory B-cell responses to C. difficile-associated diarrhoea, inflammatory bowel disease and cystic fibrosis. PLoS One. 8 (9), 74452(2013).
  38. Grainger, D. W., Greef, C. H., Gong, P., Lochhead, M. J. Current microarray surface chemistries. Methods in Molecular Biology. 381, 37-75 (2007).
  39. Wellhausen, R., Seitz, H. Facing current quantification challenges in protein microarrays. Journal of Biomedicine and Biotechnology. 2012, article ID 831347 (2012).
  40. Guo, A., Zhu, X. -Y. The critical role of surface chemistry in protein microarrays. Functional Protein Microarrays in Drug Discovery. , CRC Press. Boca Raton. (2007).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya şekillerini yeniden kullanmak için izin iste

İzin iste

Etiketler

Protein Microarray AssayClostridium difficile Antibody DetectionAntigen specific Antibody ResponseSerum Sample AnalysisArray Printing ProcedureFluorescence Intensity MeasurementELISA Correlation AnalysisIsotype Subclass DeterminationToxin A Toxin B DetectionPatient specific Immunotherapy Optimization

İlgili makaleler