Genetik varyantların karmaşık insan hastalığa katkıda kimliği roman mekanizmalar belirlemek için bize izin verir. Burada, biz aday genler veya kapsamı düşük maliyetle en üst düzeye çıkarır ve kohort-esaslı çalışmalar için mükellef gen yolu çözümlemesi için bir multiplex Genotipleme yaklaşım göstermektedir.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
Klinik kohort çalışmaları çoğaltılmış Genotipleme ve kütle spektrometresi ile test aday gen
Bu makalede
Özet
Özet
Karmaşık hastalıklar genellikle hastalığı duyarlılık katkıda birden çok ortak genetik varyantların tarafından desteklenen. Burada, gen yolu kurum içinde klinik tabur araştırmak için kütle spektrometresi ile çoğaltılmış Genotipleme tahlil kullanarak bir düşük maliyetli etiket tek nükleotit polimorfizmi (SNP) yaklaşım tarif. Örnek olarak gıda Anti aday locus Interleukin13 (IL13) araştırıyoruz. Bu yöntem etkili bir şekilde kapsama bir bölge içinde paylaşılan bağlantı dengesizliği (LD) yararlanarak en üst düzeye çıkarır. Seçili LD SNPs sonra çoğaltılmış bir tahlil içine aynı anda, çözümlenmesi 40 farklı SNPs etkinleştirme maliyet-etkililik artırılması tasarlanmıştır. Polimeraz zincir tepkimesi (PCR) Tek nükleotid uzantısı tarafından takip hedef loci yükseltmek için kullanılır ve amplicons sonra matris yardımlı Lazer Desorpsiyon/iyonlaşma-saati flight(MALDI-TOF) kütle spektrometresi kullanılarak ölçülür. Ham çıktı kalite kontrol mekanizması uygulamaktayız tanımları ve kesintileri, kullanarak yazılım, arama genotip ile analiz edilir ve yüksek olasılık genotip tespit ve veri analizi için çıkış.
Giriş
İnsan karmaşık hastalığında genetik varyantların hastalığı duyarlılık katkıda bulunmak ve bu çeşitleri miktarının yüksek riskli hasta grupları ve tedavi cevaplama tanımlama anlayış Escherichia türleri için yararlı olabilir. Gerçekten de, Allah'ın hassas tıp hasta alt gruplar1tanımlamak için genomik bilgi kullanan üzerine bağlıdır. Ne yazık ki, nereye hastalığı fenotipleri önemli genetik heterojenite, düşük alellerle ve değişken expressivity tarafından desteklenen, karmaşık hastalık biyoloji alanlarında kohort boyutu roman tanımlamak genom çapında yaklaşımlar için gereksinimleri adayların çoğu kez aşırı derecede büyük2. A....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Protokol
Burada kullanılan genetik materyal etik kullanım için ofise için çocuk HREC (insan Araştırma Etik Komitesi) (CDF/07/492), insan Hizmetleri HREC bölümü kabul edildi (10/07) ve Royal Children's Hospital (RCH) HREC (27047).
1. çoğaltılmış tahlil tasarlama
- SNP listesini tahlil tasarımı için hazır olun.
- Hedef bölge Haploview (https://www.broadinstitute.org/haploview/downloads) tagger işlevi girdi. LD (korelasyon, r2) arasında hedef bölgesi kapsayan SNPs gerekli türevleri en az sayıda ile istenen bölgesinin tam kapsama alanı sağlar SNPs, listesini oluşturmak için kullanın. Öyle ki yakalanması için tüm allelleri bir Ku....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Sonuçlar
Yukarıda açıklanan protokol ile biz genotyped bir kohort gıda alerji durumları ve denetimleri9Th2 bağışıklık gen IL13 genelinde SNPs etiketleyin. Biz logistic regresyon analizi, ilgi bölgedeki genetik varyantların gıda alerji riski artmış olup olmadığını sınamak soy ve diğer potansiyel covariates için uygulanır. Tablo 10 9 bir varyant rs1295686 meydan kanıtlanmış yiyecek alerji ile ilişkili ve bu ilişki kullanarak b.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
Burada, kütle spektrometresi kullanılarak çoğaltılmış Genotipleme yöntemi göstermektedir. Temsilcisi sonuçları PCR MALDI-TOF Kütle spektrometresi4 tahlil kimya ile Malzemeler tablo13' te listelenen ile eşleştirilmiş kullanarak oluşturulan. Bu platformla Laboratuarı ' 1,255 bireyler için 40 h içinde 9 SNPs üzerinde 11,295 genotip toplam oluşturulan.
Biz genetik hipotezler üretme ve bir keşif klinik kohort phenotyped besin allerjis.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Açıklamalar
Yazarlar ifşa gerek yok.
Teşekkürler
Yazarlar hiçbir katkıda bulunanlar var.
....Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| Genomik DNA | - | - | 1 μ 5-10 ng/&mu konsantrasyonda L; L |
| Primerler: ileri ve geri amplifikasyon ve uzatma | IDT-primerlerin | tasarımı hakkında el yazması bölüm 1.2.1'e bakınız | |
| Deiyonize su | Ör. Milli-Q su | - | 18.2 M&Omega ile deiyonize edilmiştir; cm özdirenç |
| Genotipleme reaktif kiti. iPLEX Altın Kimyası reaktif seti | Agena Bioscience | # 10148-2 | , 2.2.1, 2.3.1 ve 2.4.2'deki reaksiyonlar için tüm reaktifleri içerir, çip ve reçine |
| PCR plakaları (384 kuyulu) | Abgene | #ABGAB-1384 | MassARRAY sistemi için Abgene plakaları uyumludur |
| Mikropipetler | tek ve 8 kanallı | ||
| Santrifüj | 384 kuyulu plakalarla uyumlu | ||
| Thermocycler | 2.2.4, 2.3.2 ve 2.4.3'te detaylandırıldığı gibi PCR programlarıyla uyumludur | ||
| Çukur reçine plakası | Agena Bioscience | 6mg, 384 kuyulu | |
| Plaka döndürücü | |||
| MassARRAY Analizörü 4 Sistemi | Agena Biosciences | MALDI-TOF (matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon ve uçuş süresi) Kütle Spektrometresi. | |
| RS1000 Nanodispenser | Agena Biosciences | ||
| Test Tasarım Paketi | Agena Biosciences | Aracı, multipleks genotipleme testlerini | |
| Sıcak Başlangıç, Taq | DNA, polimeraz, enzim | ||
| Reçine | Agena Biosciences | iPLEX kiti ile birlikte verilir |
Kaynaklar
- Aronson, S. J., Rehm, H. L. Building the foundation for genomics in precision medicine. Nature. 526 (7573), 336-342 (2015).
- Ball, R. D. Designing a GWAS: power, sample size, and data structure. Genome-Wide Association Studies and Genomic Prediction....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yeniden basım ve izinler
