Burada, içinde yüksek üretilen iş ekran ekstraselüler protein microarrays kimliği roman reseptör-ligand etkileşimleri için bir iletişim kuralına mevcut. Ayrıca protein-microbead kompleksleri kullanarak geçici protein-protein etkileşimlerinin algılama geliştirmek için bir yöntem açıklar.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
Hücre dışı Protein Mikroarray teknoloji yüksek işlem hacmi düşük benzeşme reseptör-Ligand etkileşimleri algılanması için
Bu makalede
Özet
Özet
Salgılanan faktörler, membran hayvan zinciri reseptörleri ve etkileşen eşleri hücresel iletişim ana düzenleyiciler ve inisiyasyon cascades homeostazı ve hastalık sırasında sinyal ve bu nedenle ana tedavi hedefleri temsil. Kendi alaka rağmen bu etkileşim ağları önemli ölçüde geçerli veritabanlarında underrepresented kalır; Bu nedenle, en hücre dışı proteinler belgelenmiş bağlama ortak var. Öncelikle fonksiyonel proteinler ve zayıf, düşük benzeşme kez hücre yüzey reseptörlerinin arasında kurulan protein etkileşimleri ifadesi de dahil olmak üzere hücre dışı proteinler incelenmesi ile ilgili sorunlar nedeniyle bu tutarsızlık olduğunu. Bu yöntemin amacı bir kütüphane Mikroarray kartvizitlere protein-protein etkileşimleri ile taranması için hücre dışı proteinlerin baskısı tarif etmektir. Zayıf etkileşimlerin algılamasını etkinleştirmek için multimerization sorgu protein altında eğitim dayalı bir yöntemi açıklanmıştır. Artan multivalency için bu multimerization microbead tabanlı yaklaşımın birleştiğinde, protein mikroarray geçici protein-protein etkileşimlerinin sağlam algılama içinde yüksek üretilen iş sağlar. Bu yöntem bir hızlı ve düşük örnek tüketen-yaklaşım yeni etkileşimler ilgili ekstraselüler herhangi bir protein tanımlanması için sunuyor. Protein mikroarray baskı ve protokol filtreleme açıklanmıştır. Bu teknoloji araştırmacılar protein etkileşimleri ekstrasellüler alanda keşfi için sağlam bir yöntem arayışı için faydalı olacaktır.
Giriş
Burada gözden yöntemi Mikroarray biçiminde, bu kütüphane karşı ilgi bir hedef ile taranması için bir yöntem ve ardından hücre dışı proteinler topluluğu yazdırma işlemi açıklar. Biz düşük bağlama benzeşim tarafından karakterize etkileşimleri algılanması için çok önemli bir adım olarak protein multimerization belirledik. Bu etkileşimlerin algılama geliştirmek için üzerinde ilgi lastikteki kullanarak sorgu proteinin multimerization dayalı bir iletişim kuralı açıklar.
Salgılanan ve hücresel iletişim, sinyal ve microenvironment ile etkileşim anahtar düzenleyiciler (toplu olarak adlandırdığı hücre dışı proteinler) hücre yüzey-proteinlerin etkileşen eşleri ile birlikte vardır. Onlar, bu nedenle, birçok fizyolojik ve patolojik süreçlerinin düzenlenmesinde gereklidir. İnsan genomu (≈5, 000 proteinler) yaklaşık dörtte hücre dışı proteinler için kodlar, onların önemi ve erişilebilirlik için sistematik olarak teslim edilen uyuşturucu göz önüne alındığında, ilaç geliştirme1için anahtar hedefler temsil eder. Sonuç olarak, hücre dışı proteinler bilinen farmakolojik eylem "druggable" proteomu olarak piyasada onaylı ilaçlar için protein hedeflerle % 70'den fazla temsil eder. Onların önemi ve bereket rağmen ekstraselüler protein-protein etkileşim (ePPI) ağları kullanılabilir veritabanları son derece underrepresented kalır. Bu temelde hangi en çok kullanılan teknolojileri2kullanarak onların karakterizasyonu engellemektedir karmaşık biyokimyasal yapısı hücre dışı proteinler nedeniyle var. İlk olarak, zar proteinleri, sık sık sert çamaşır koşulları ve deterjanlar içerir bir işlem solubilize zordur; İkinci olarak, ne zaman bu proteinler yaygın olarak ifade edilir yok olan glikozilasyon Contegra sistemleri kullanılan gibi hücre dışı proteinler genellikle ilgili translasyonel modifikasyonlar eksikliği. Son olarak, Co reseptörleri bağışıklık hücreleri üzerinde ifade gibi reseptörleri arasındaki etkileşimler çoğu kez geçici ve çok düşük benzeşim karakterize (KD ~ 1 mikron > 100 mikron aralığı). Tamamen, bu proteinler ve ortakları en çok render kendi bağlama benzeşme arıtma/kütle spektrometresi (AP/MS) veya Maya-iki-hibrid, ekstrasellüler alanda etkileşimleri algılanması için uygun olmayan gibi teknolojileri kullanılmaktadır 2 , 3.
Bu teknik zorlukların üstesinden ve hücre dışı proteinler için roman etkileşimler bulma hızlandırmak için bir çaba olarak, bir yüksek kapsama ekstraselüler protein mikroarray4,5geliştirdik. Microarrays yüksek yoğunluklu yüzeyler örnek küçük miktarda üreten avantajı sunuyor ve genellikle yüksek üretilen iş çalışmaları için mükellef bulunmaktadır. Protein mikroarray tabanlı çalışmalar daha önce de olsa esas olarak sitozolik etkileşimleri veya belirli protein aileler6,7odaklanarak ilgili birkaç model organizmalar için protein etkileşimler anlayışlar sağlamış, 8. Buna ek olarak, sınırlı iş bu teknolojiyi kullanarak hücre dışı protein etkileşimleri araştırmak için yapılmıştır. EPPIs çalışmaların arıtılmış salgılanan proteinler kapsamlı ve çok çeşitli Kütüphane binası tarafından etkinleştirmek için bir protein mikroarray yöntemi geliştirdik ve tek transmembran (STM) reseptörleri için erimiş olarak rekombinant ekstrasellüler etki alanları (ECD) dile getirdi. yaygın Etiketler benzeşme arıtma4için. Protein mikroarray ekranlar başarısı ağır bir yüksek kaliteli protein Kütüphane kurulması dayanmaktadır. Kütüphane ve sorgu protein ifadesi için memeli hücreleri veya böcek hücreleri tercihen Contegra ifade sistemleri olarak translasyonel modifikasyonlar glikozilasyon veya disülfür bağları gibi uygun ek sağlamak için seçilmiştir. SDS-sayfa, boyutu dışlama Kromatografi ve çok açılı lazer ışık saçılma Rekombinant protein kalitesini değerlendirmek için yaygın olarak kullanılan tekniklerdir. Protein Kütüphane sonra epoxysilane slaytlar tespit ve uzun vadeli kullanım için-20 ° C'de depolanan. Yukarıda protein konsantrasyonları 0.4 mg/mL aşağıda belirtilen iletişim kuralı için tavsiye edilir. Bu nedenle, düşük ifade protein konsantrasyonu adım önce örnek baskı ve depolama gerektirebilir. Yine de, bu teknik büyük bir avantajı gerekli protein küçük birimdir (protein 50 μg gerçekleştirmek için yeterli > 2000 ekranları), en az sorgu protein tüketiminin (yineleme ekran başına 20-25 μg) yanında. İletişim kuralı ve ekipmanlar kullanarak burada açıklanan ve kitaplıklar mevcut olması şartıyla, bireysel sorgu proteinler için sonuçlar bir iş günü içinde oluşturulabilir.
Kimlik tarafından en sık kullanılan metodolojiler engellemektedir onların karakteristik zayıf veya geçici doğa içinde protein etkileşimleri ekstraselüler ortamda hafiye büyük bir meydan okuma kaynaklanmaktadır. Bağlama hırs büyük ölçüde artan duyarlılık zayıf protein etkileşimleri9,10,11algılanması için geliştirir. Multimerize bir yönteme geliştirdiğimiz bu ilke (Fc füzyon olarak) sorgu proteinlerin temel protein A kaplı boncuk4,5kullanarak. Biz bunun yerine bir alakasız insan immünoglobulin G Cy5 ile etiket ve böylece herhangi bir eserler doğrudan fiil nedeniyle ortadan kaldırarak protein A boncuk için sorgu protein ile birlikte ekleyin rasgele etiketleme tarafından herhangi bir potansiyel inactivation sorgu protein önlemek için bir faiz protein boya. Birkaç ortak reseptör çiftleri micromolar benzeşim göz önüne alındığında, multivalent kompleksleri büyük sinyal gürültü oranı, çözünür proteinler4ekranlı Fc-füzyon sorgu proteinler karşılaştırıldığında geliştirmek.
Özet olarak, bu iletişim kuralının amacı reseptör-ligand etkileşimlerin tanımlanması için önceden varolan bir hücre dışı protein kitaplığı içeren Mikroarray slaytların hazırlanması tarif etmektir. Yazdırma, tarama bir proteinin hücre dışı protein Kütüphane karşı ilgi için bir iletişim kuralı ve ardından slayt için adımları gözden geçirin. Ayrıca, gelişmiş lastikteki artan hırs altında eğitim protein elde etmek için temel ePPIs tespiti için bir yöntem açıklanmaktadır. Burada açıklanan ekstraselüler protein mikroarray teknoloji tarama ve Roman ePPI düşük yanlış pozitif oranları ile ve algılama tek mikrogram miktarların altında sorgu proteinin kullanan tarafından için hızlı, sağlam ve etkili bir yaklaşım temsil eder. soruşturma. Bu teknoloji reseptörleri12,13viral immunoregulators14dahil olmak üzere, çeşitli için ilgili yorumlara önceden bilinmeyen hücresel işlevler ve sinyal yollar sağlayan birden fazla çalışmalar yakıt, ve hücre dışı herhangi bir protein ilgi de-orphanize için kullanılabilir.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Protokol
1. hücre dışı insan proteinler Kütüphanesi nesil
- Hücre yüzey reseptörlerinin veya protein mikroarray kütüphane oluşturmak ilgi salgılanan proteinler listesini derleyin. Belirli protein aileler (örneğin, immünglobulin süper) ya da proteinler seçmeli olarak özellikle türleri çalışma için seçili hücrenin dile getirdi.
- Hücre için yüzey reseptörlerinin, sinyal peptid ve yazılım araçları kullanarak transmembran bölge tespit ederek ekstrasellüler etki alanı (ECD) sınırları belirlemek. Bazıları ilgili araçları, çevrimiçi serbestçe kullanılabilir, Malzemeler tablo15,16,17,18içinde başvurulan.
- ECD faiz ve klon genler için ilgili vektör sentez. Salgılanan proteinler veya ortak benzeşme Etiketler bir sayıya erimiş STM ECD reseptörleri ile uygun vektör transfected hücre şartına medyadan veya baculovirus-böcek hücre ifade sistemleri saf.
Not: Memeli hücre-esaslı sistem (HEK/293 veya CHO hücreleri gibi) uygun protein katlanması olasılığı ve glikozilasyon gibi ilgili ardından değişiklikleri eklenmesi en üst düzeye çıkarmak için tavsiye edilir. - Proteinler standart benzeşme arıtma yöntemleri tarafından arındırmak. Önceki çabaları otomatik veya yarı otomatik yordamlar yüzlerce proteinlerin faiz9,19,20oluşturmak için ölçeklendirilebilir proteinlerin saflaştırılması için uygun tarif var, 21.
Not: SDS-sayfa, boyutu dışlama Kromatografi (S) veya çok açılı lazer ışık saçılma (alışveriş merkezleri) are salık vermek kovalent olmayan herhangi bir toplama değerlendirmek için ve protein hazırlıkları için genel kalitesini kontrol etmek için. - Proteinler 200 veya 400 μg/ml mümkün olduğunca ayarlamak ve seyreltik-20 ° C'de kriyojenik şişeleri uzun süreli depolama için % 80 gliserol ile stokları Bunlar ana hisse senetleri temsil eder ve yalnızca gerekli olduğunda erişilmelidir.
- Aliquots her protein (100 μL) 96-iyi tabaklar (hisse senedi tabaklar) aktarın, yapışkanlı folyo ile kapatın ve Mikroarray slayt hazırlama kadar-20 ° C'de depolayın. Hisse senedi plakaları donma-çözülme döngüsü en aza indirmek ve protein istikrarı sağlamak için oluşturulur.
2. hücre dışı Protein Mikroarray yazdırma
- Standart bir microarrayer slayt yazdırmak için kullanın. Burada açıklanan protokol için kullanılan alet 57 slaytlar/çalışma kapasitesi ve 48 tespit pimleri tutan bir yazdırma kafasını kullanır. Bu pin ~ 100 mikron çapında ~ 350 mikron bir nokta nokta mesafe tarafından ayrılmış noktalar oluştur ve yük başına 0,25 μL çizer. Bu yapılandırma altında slayt başına 8.000 noktalar kadar çıkılabilir.
- Çalışma plakaları (384 iyi plaka, 10 μL örnek/iyi) hisse senedi plakalar oluşturur. El ile microarrayer kullanarak slayt yazdırmadan önce bu adımı gerçekleştirin. O zaman, proteinler (protein noktalar susuzluktan önlemek için) % 60 nem, epoxysilane slayta quill tipi tespit pimleri ile spot.
Not: Cy3 etiketli Sığır serum albumin (BSA) protein örnekleri (5 μg/mL PBS/40% gliserol) arasındaki çoğaltmaları içinde maskesi (bkz: 4) montaj için dizi görselleştirmek için lekeli olabilir. Tavsiye rağmen bu isteğe bağlı bir adımdır. - Sonraki baskı, protein mikroarray slaytlar oksijen ortamdan kaldırabilirsiniz ve bunları bir gecede PBST yüzey devre dışı bırakabilirsiniz sütte % 5 ile engellemek.
Not: Ultrasonik bir sisleme slayt yüzeye yerleşir çözüm engelleme ince bir sis oluşturmak için kullanmak için tercih edilen bir yaklaşımdır. - Slaytları-20 ° C'de % 50 gliserol içinde donma önlemek için depolama.
3. Multivalent yem konut projeleri hazırlanması
Not: Hücre dışı proteinler arasındaki etkileşimler kez düşük benzeşim tarafından karakterize edilmektedir. Bağlama hırs, bir multivalent yaklaşımı Fc öğesini ECD ifade sorgu protein yakalama dayalı artırarak bu etkileşimlerin algılamasını etkinleştirmek için Gelişmiş4protein A kaplı lastikteki oldu.
- Taşıyıcı Algılama Cy5 monoreactive boya için kullanılan IgG etiket ve desalting sütunları kullanarak ücretsiz boya ayrı. Boya protein oranları için ultraviyole 280 ve 650 nm absorbans ölçerek belirlemek.
Not: Normal Protein-boya oranları 2.0 ve 4.0 arasında kullanılır. Bu Cy5 conjugates 100.000 x g etiketleme işlemi nedeniyle olası çözünür toplamları kaldırmak 15 dakika de spin için tavsiye edilir. - Protein A karşı sorgu protein sabit bir miktarda titrasyon tarafından en iyi microbead protein oranı belirler. Nerede ücretsiz hiç Fc öğesini protein kalır, boncuk asgari doyurarak miktar olarak rekabetçi bir tahlil biolayer Interferometry tarafından belirlenen kullanarak ölçülen tarama için kullanılır.
- Microbead-protein kompleksleri Fc öğesini sorgu ve Cy5 IgG protein A lastikteki ve ışıktan korunan oda sıcaklığında 30 dakika içinde PBS bir tüp rotator mix ile kuluçka formu.
- Bu komplekslerin oluşturmak için 20 μg/mL nihai bir konsantrasyon sorgu protein kullanın. Sorgu protein ve Cy5-IgG molar oranını hesaplamak için sorgu protein molekül ağırlığı IgG moleküler ağırlık bölmek (150.000 Da) ve 40 μg/Cy5-IgG gerekli konsantrasyonu belirlemek için mL tarafından çarpın.
- Ek örnekler çözünür protein slaytlar üzerinde dizi bulunabilir Fc füzyon protein bağlayıcı herhangi bir ücretsiz protein A boncuk engellemek için bir (1 mg/mL) hemen önce kuluçka Mikroarray ile (4.2 bölümüne bakın).
Not: Son tepki birim kullanıldığında hibridizasyon istasyonu veya kuluçka odası bağlı olarak değişebilir. Malzemeler tablo açıklanan araçları örnek kuluçka nispeten küçük birimler (slayt başına ~ 200 μL) kullanarak sağlar.
4. hücre dışı Protein Mikroarray tarama ve işleme.
Not: Otomatik işlem platformları sağlamak üreticileri bir dizi vardır. Hibridizasyon İstasyonu yoksa, aşağıdaki adımları el ile yapılabilir, slaytları tutmak için arabellek yeterli hacmi olduğunu kontrol ettikten ve her zaman sular altında.
- Slaytlar, oda sıcaklığında sıcak ve hibridizasyon İstasyonu üzerine yüklemeden önce kalan gliserol kaldırmak için PBS/0.1% ara 20 (PBST) ile durulayın.
- Aşağıdaki tarama protokolü kullanın:
- PBST ile 1 dakika yıkayın.
- 1 mg/mL protein A PBS/5% süt 200 μL yük ve uncomplexed protein önlemek 30 dk içinde Mikroarray mevcut olabilir Fc öğesini proteinler için bağlama bir lastikteki kuluçkaya.
- Beş kez PBST ile 1 dakika yıkayın.
- 1 mg/mL protein A huzurunda karmaşık sorgu: lastikteki 200 μL yük ve 30 dk için kuluçkaya.
- PBST ile 1 dakika yıkayın.
- Hibridizasyon sonra slaytlar su ile durulayın, bireysel 50 mL konik tüplerde yerleştirin ve 5 min için 900 x g de iplik tarafından kuru.
- Son olarak, bir Mikroarray tarayıcı (BSA-Cy3 yazdırılmış Eğer) Cy3 tespit etmek uygun ve Cy5 floresan slaytlarla 532 ve 635 nm, sırasıyla heyecan verici tarafından tarama.
- Eşlik eden Mikroarray veri analizi kullanarak veri çözümlemesi gerçekleştirin. (.Gal dosyası) olarak ilgili dizi listesi veri ayıklama yazılımı yüklenir. Bu aşamada, blok bulmak ve özellikleri gerektiğinde el ile hizalama tarafından takip yazılımı, otomatik sığdırma seçeneklerini kullanmak için Cy3-BSA noktalar kullanmaktadır. Daha fazla çözümleme için .gpr dosyaları olarak kaydedin.
5. veri analizi
- GPR dosya ve Mikroarray veri4,5analiz için yaygın olarak kullanılan limma paketi kullanarak R sürecinde verilerini kaydetme.
- Ön işleme için düzeltme ve slayt içinde normalleştirme arka plan yapmak. Bu yana her protein yinelenen noktalar yazdırılır, protein için tek bir puan kütüphanede oluşturmak için her iki çoğaltma ölçümleri birleştirin.
- Her slayt için bir puan hesaplamak ve sonuçları elde etmek için yüksek puanlı aday slaytlar arasına kesişim çözümleyebilirsiniz.
- Yinelenen ayrı baskı-ishal denetlemek için microarrays için slayt değişkenlik ve kavşak araziler verileri her iki ekranları temsil eden son sayısı aramak için kullanın.
- Son olarak, ek bir düzeyi dizi içinde karışık proteinler dışlamak için filtreleme gerçekleştirmek. Bağımsız ekranlar arasında Kullanıcı tarafından tanımlanan belirli bir eşiği aşan proteinler frekans vurmak gibi böyle belirsiz bağlayıcı tanımlanır.
Not: Bu protokol Tom et al. 20135ayrıntılarıyla açıklanmıştır. Bizim durumumuzda arama non-spesifik Ciltçi toplu belirlenmesi dayanmaktadır isabet oranı av ve % 5'lik bir eleme verilere eşik kullanılır.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Sonuçlar
Hücre dışı protein mikroarray teknolojisi için iş akışının bir şematik resim 1' de gösterilen. Hücre dışı protein kitaplığı içeren Mikroarray slaytlar kullanılabilir olduğunda, faiz ve veri analizi protein testi ile taranması 1 gün içinde tamamlanabilir. Membran gömülü reseptörleri arasındaki birçok fizyolojik ilgili etkileşimler çok zayıf bağlama güçlü (KD micromolar aralığında) ile karakterizedir. Bu tür etkileşimler tespiti geliştirmek için sorg...
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
Yetim reseptörleri önemli sayıda insan genom kalır ve Roman etkileşen ortakları daha önce karakterize ligandlar ile hücre dışı proteinler için ortaya çıkmaya devam edin. İnsan etkileşimlerde reseptör-ligand ve model organizmalar tanımlama hücresel iletişim homeostazı yanı sıra hastalığı için önde gelen bozukluk sırasında dikte mekanizmaları anlamak ve bu nedenle yeni veya geliştirilmiş bilgilendirmek için önemlidir tedavi olanakları. Yine de, hücre dışı protein etkileşimler tarafından yaygın olarak kullanılan teknolojile...
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Açıklamalar
B.H., S.R-R ve N.M-M. GreenTech çalışanları ve kendi hisselerine Genentech A.ş. / Roche Grubu vardır.
Teşekkürler
Biz Philamer Calses ve Kobe Yuen eleştirel yazı okumak için teşekkür ederiz. Biz mükemmel teknik danışmanlık için Randy Yen için müteşekkiriz.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| Ultra Saf MB Sınıfı gliserol | USB Corporation | 56-81-5 | Protein depolama |
| SeptoMark engelleme tamponu | Zeptosens | BB1, 90-40 | Blokaj tamponu mikrodizi slaytları |
| Sığır serum albümini | Roche | 03-117-957-001 | Maske montajı için kaydırma kontrolü (isteğe bağlı) |
| Polipropilen çok kuyulu plakalar | Greiner Bio One | 82050-678 | Protein depolama |
| Polipropilen çok kuyulu plakalar | Arrayit | MMP384 | Slayt baskı |
| NanoPrint LM60 veya benzeri temas mikroarrayer | Arrayit | NanoPrint LM60 veya benzeri temaslı mikroarrayer | Slayt baskısı |
| Mikro spotting pinleri | Arrayit | Mikro spotting pinleri | Slayt baskısı |
| ZeptoFOG engelleme istasyonu | Zeptosens | ZeptoFOG engelleme istasyonu, 1210 | Baskıdan sonra slaytları engelle |
| Yağsız süt tozu | Thermo Fisher | LP0031 | Engelleme çözümü |
| Epoksisilan kaplı cam kaydırak | Nextrion Slide E | 1064016 | Mikroarray slaytlar |
| Cam tutucu ve sürgülü raf seti | Wheaton | 900303 | Slayt saklama |
| Cy5 monoreaktif boya | GE Healthcare | PA23031 | Albümin etiketleme |
| Cy5 monoreaktif boya | GE Healthcare | PA25001 | İnsan IgG etiketleme |
| Pro-spin tuz giderme sütunu | Princeton Ayırmalar | CS-800 | Serbest boyayı çıkarın |
| Yapışkanlı alüminyum folyo conta | AlumaSeal | F-384-100 | Conta stok plakaları |
| Polipropilen kriyojenik şişeler | Corning | 430658 | Protein kütüphanesi depolaması için ana şişeler |
| Protein A mikro boncukları | Miltenyi | 120-000-396 | Sorgu protein multimerizasyonu |
| İnsan IgG | Jackson İmmünoaraştırma | ve nbsp; 009-000-003 | Protein A Sigma'yı etiketlemek için alakasız IgG |
| P7837 | Mikrodizi slayt engelleme | ||
| Hibridizasyon istasyonu, a-Hyb veya benzeri | Miltenyi | Hibridizasyon istasyonu, a-Hyb veya benzeri | Otomatik mikrodizi işleme (isteğe bağlı) |
| GenePix 4000B tarayıcı veya benzeri | Moleküler Cihazlar | GenePix 4000B tarayıcı veya benzeri | Slayt tarama |
| GenePix Pro veya eşdeğeri veri çıkarma yazılımı | Moleküler Cihazlar | GenePix Pro veya eşdeğeri veri çıkarma yazılımı | Veri işleme |
| Signal P4.1 | DTU Biyoinformatik, Danimarka Teknik Üniversitesi | çevrimiçi yazılım | Sinyal peptit bölünme bölgelerinin varlığını ve yerini belirlemek için tahmin aracı |
| TMHMM 2.0 sunucusu | DTU Biyoinformatik, Danimarka Teknik Üniversitesi | çevrimiçi yazılım | Proteinlerdeki transmembran sarmallarının tahmini |
| Fobi | Stockholm Biyoinformatik Merkezi | çevrimiçi yazılımı | Birleşik bir transmembran topolojisi ve sinyal peptit tahmincisi |
| TOPCONS | Stockholm Üniversitesi | çevrimiçi yazılımı | Membran topolojisi ve sinyal peptitlerinin tahmini |
Kaynaklar
- Overington, J. P., Al-Lazikani, B., Hopkins, A. L. How many drug targets are there? Nature Reviews Drug Discovery. 5 (12), 993-996 (2006).
- Wright, G. J., Martin, S., Bushell, K. M., Sollner, C. High-throughput identification of transient extracellular protein interactions. Biochemical Society Transactions. 38 (4), 919-922 (2010).
- Wright, G. J. Signal initiation in biological systems: the properties and detection of transient extracellular protein interactions. Molecular BioSystems. 5 (12), 1405-1412 (2009).
- Ramani, S. R., et al. A secreted protein microarray platform for extracellular protein interaction discovery. Analytical Biochemistry. 420 (2), 127-138 (2012).
- Tom, I., Lewin-Koh, N., Ramani, S. R., Gonzalez, L. C. Protein microarrays for identification of novel extracellular protein-protein interactions. Current Protocols in Protein Science. 27, 1-27 (2013).
- Kaushansky, A., et al. Quantifying protein-protein interactions in high throughput using protein domain microarrays. Nature Protocols. 5 (4), 773-790 (2010).
- Popescu, S. C., et al. Differential binding of calmodulin-related proteins to their targets revealed through high-density Arabidopsis protein microarrays. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (11), 4730-4735 (2007).
- Zhu, H., et al. Global analysis of protein activities using proteome chips. Science. 293 (5537), 2101-2105 (2001).
- Bushell, K. M., Sollner, C., Schuster-Boeckler, B., Bateman, A., Wright, G. J. Large-scale screening for novel low-affinity extracellular protein interactions. Genome Research. 18 (4), 622-630 (2008).
- Voulgaraki, D., et al. Multivalent recombinant proteins for probing functions of leucocyte surface proteins such as the CD200 receptor. Immunology. 115 (3), 337-346 (2005).
- Jiang, L., Barclay, A. N. Identification of leucocyte surface protein interactions by high-throughput screening with multivalent reagents. Immunology. 129 (1), 55-61 (2010).
- Yeh, F. L., Wang, Y., Tom, I., Gonzalez, L. C., Sheng, M. TREM2 Binds to Apolipoproteins, Including APOE and CLU/APOJ, and Thereby Facilitates Uptake of Amyloid-Beta by Microglia. Neuron. 91 (2), 328-340 (2016).
- Jaworski, A., et al. Operational redundancy in axon guidance through the multifunctional receptor Robo3 and its ligand NELL2. Science. 350 (6263), 961-965 (2015).
- Martinez-Martin, N., et al. The extracellular interactome of the human adenovirus family reveals diverse strategies for immunomodulation. Nature Communications. 7, 11473(2016).
- Nielsen, H. Predicting Secretory Proteins with SignalP. Methods in Molecular Biology. 1611, 59-73 (2017).
- Krogh, A., Larsson, B., von Heijne, G., Sonnhammer, E. L. Predicting transmembrane protein topology with a hidden Markov model: application to complete genomes. Journal of Molecular Biology. 305 (3), 567-580 (2001).
- Kall, L., Krogh, A., Sonnhammer, E. L. Advantages of combined transmembrane topology and signal peptide prediction--the Phobius web server. Nucleic Acids Research. 35 (Web Server issue), W429-W432 (2007).
- Bernsel, A., Viklund, H., Hennerdal, A., Elofsson, A. TOPCONS: consensus prediction of membrane protein topology. Nucleic Acids Research. 27 (Web Server issue), W465-W468 (2009).
- Gonzalez, R., et al. Screening the mammalian extracellular proteome for regulators of embryonic human stem cell pluripotency. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107 (8), 3552-3557 (2010).
- Durocher, Y., Perret, S., Kamen, A. High-level and high-throughput recombinant protein production by transient transfection of suspension-growing human 293-EBNA1 cells. Nucleic Acids Research. 30 (2), E9(2002).
- Battle, T., Antonsson, B., Feger, G., Besson, D. A high-throughput mammalian protein expression, purification, aliquoting and storage pipeline to assemble a library of the human secretome. Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening. 9 (9), 639-649 (2006).
- Clark, H. F., et al. The secreted protein discovery initiative (SPDI), a large-scale effort to identify novel human secreted and transmembrane proteins: a bioinformatics assessment. Genome Research. 13 (10), 2265-2270 (2003).
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yeniden basım ve izinler
