$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
DNA metilasyon insan hücrelerinde meydana gelen önemli bir epigenetik modifikasyondur. DNA metilasyon CpG dinükleotidlerde sitozin kalıntıları metil gruplarının bağlantı anlamına gelir. Bu tür dinükleotidler genellikle kümelerde (CpG adaları) genlerin 5' bölgesinde bulunur1. Normal hücrelerde, bu dinükleotidlerin çoğu metillenmemiş bir durumda bulunur, bu da DNA transkripsiyonuna izin verir. Bu arada, birçok kanser hipermethylated CpG adaları ve transkripsiyon ile ilişkili2, özellikle tümör baskılayıcı genlerde, hangi sırayla kanser çeşitli işaretleri katkıda3.
Öte yandan, uzun serpiştirilmiş nükleer elementler-1 (LINE-1s veya L1s) normalde CpG adalarında yüksek metilasyon seviyelerine sahip tekrarlayan, transposable DNA elemanlarıdır. LINE-1'in metilasyonunu önler ve genom bütünlüğünün korunmasına yardımcı olur. Çeşitli kanser türlerinde LINE-1 hipometilatlanır, aktivasyon ve sonraki retrotranspozisyon aracılı kromozomal instabilite ile sonuçlanır4. LINE-1 insan genomunun yaklaşık% 17 için hesaplar5, ve metilasyon durumu küresel genomik metilasyon düzeyleri nin bir göstergesi olarak hizmet verebilir6. Global LINE-1 hipometilasyonunun hücrelerin tümör fenotip7'yegeçişinden önce olduğu kabul edilir; bu nedenle, erken kanser başlangıcı için potansiyel bir belirteç olarak umut tutar.
Şu anda, pyrosequencing, metilasyona özgü PCR, mikrodiziler ve kromatin immünopresipitasyon1dahil olmak üzere metilasyon analizi için çeşitli yöntemler vardır. Yeni nesil sıralamanın kullanımı, DNA metilasyonunun saptanması için genom çapında yaklaşımların dahil edilmesine de mümkün kılmıştır. Bu yöntemlerin çoğu, metillenmemiş sitozinlerin urasil'e dönüştürüldüğü ve metillenmiş sitozinlerin değişmediği bisülfit le tedavi edilmiş DNA'ya dayanır. Ancak, bisülfit le tedavi DNA ile çalışan urasil metillenmemiş sitozinlerin eksik dönüşümleri gibi çeşitli tuzaklar vardır, dizilerin önyargılı amplifikasyon, ve sıralama hataları8.
Metilasyona özgü prob amplifikasyonda (MSPA), iki oligonükleotidden oluşan problar metilasyona duyarlı restriksiyon enzimi HhaI9için bir restriksiyon alanı (GCGC) içeren DNA dizilerini hedef alır. Sondalar DNA ile melezleştikten sonra, her örnek iki kümeye ayrılır. İlk sette problar ligasyondan geçerken, ikinci sette problar ligasyondan geçerken, metillenmemiş CGCG bölgelerinde HhaI aracılı sindirim emdirilir. Her iki numune seti de PCR ile güçlenir ve ürünler kılcal elektroforez ile ayrılır. Metillenmemiş bölgelerdeki problar HhaI tarafından sindirilir ve PCR sırasında yükseltilmez, bu da tepe sinyalleri ne olmaz. Buna karşılık, metillenmiş bölgelerdeki problar sindirime karşı korunur ve bu nedenle PCR sırasında yükseltilir ve daha sonra tepe sinyalleri10üretir.
MSPA'nın alternatif yöntemlere göre birçok avantajı vardır. İlk olarak, düşük miktarda DNA gerektirir (50-100 ng) ve formalin-sabit parafin gömülü örneklerden DNA analizi için uygundur10. Bu bisülfit tedavi DNA gerektirmez; aslında, bu şekilde modifiye DNA için uygun değildir. Birçok örnek aynı anda analiz edilebilir ve MSPA sondaları aynı anda birden fazla geni veya diziyi hedeflenecek şekilde tasarlanabilir. Ayrıca, hhaI kısıtlama alanı CpG adaları10tipik bir dizi karşılık gelir gibi problar metillenmiş DNA için özel ve duyarlıdır.
Bu çalışmada osteosarkom (OS) türetilmiş ekstrasellüler (EVs) line-1 metilasyon üzerinde yağ dokusu türetilmiş mezenkimal kök hücrelerde (AT-MSCs) etkileri araştırıldı; Şekil 1). EVs çoğu hücre türleri tarafından salgılanan nano ölçekli, membran bağlı veziküller vardır. Onlar proteinler, lipidler, mRNA, mikroRNA ve ana hücrelerden ek moleküller taşırlar11,12. EVs hücreiçi iletişim aracılık ve çeşitli patofizyolojik koşullarda önemli roller oynamaktadır13,14. Yakın zamanda yapılan bir çalışma, kanser kaynaklı EV'lerin aktif LINE-1'i alıcı hücrelere aktarabileceğini gösterdi15. Daha önce HOS-143B hücre hattından EVs DIĞER genetik etkilere ek olarak, MSCs LINE-1 metilasyon durumunu değiştirebilirsiniz bildirilmiştir16.
EV izolasyonu için büyüyen hücreler, FBS kaynaklı EVs diğer kaynaklardan EVs müdahale ve sonuçları engelleyebilir beri, büyüme orta EV tükenmiş fetal sığır serumu [FBS] kullanmak önemlidir17,18. Ultracentrifugation FBS evleri tüketmek için en yaygın yöntemlerden biridir. Bu ultrafiltrasyon ve ticari EV tükenmiş FBS19gibi alternatiflerile karşılaştırıldığında nispeten basit ve uygun maliyetli bir işlemdir. Burada protokol, EV'in tüketmiş FBS'sinin ultrasantrifikasyon la nasıl hazırlanacağını da göstermektedir.
Bu makalede, os-ev tedavi MSCs LINE-1 metilasyon analizi için bir işletim sistemi hücre hattından EVs izolasyonu, yukarıda belirtilen teknikler için ayrıntılı bir protokol sunar(Şekil 1).