Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.

Yöntem makalesi

Farelerde Konjonktival Kommenal İzolasyon ve Tanımlama

3.8K görüntülenme

⸱

DOI:

10.3791/61672

⸱

1 Mayıs 2021

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Medicine, Division of Infectious Diseases, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School, 2Massachusetts Host-Microbiome Center, Department of Pathology, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School, 3Clinical Microbiology Laboratory, Department of Pathology, Brigham and Women's Hospital, Harvard Medical School

Bu makalede

Özet

Burada sunulan, mikrobiyolojik tabanlı yöntemler ve MALDI-TOF kütle spektrometresi ile daha sonra tanımlanması ile benzersiz bir göz çubuğu ve kültür tabanlı zenginleştirme adımı kullanılarak aerobik ve öğretim üyesi anaerobik fare konjonktival commensal bakterilerin izolasyonu ve amplifikasyonu için bir protokoldür.

Özet

Oküler yüzey bir zamanlar immün ayrıcalıklı ve abiyotik olarak kabul edildi, ancak son zamanlarda küçük, ancak kalıcı bir kommensal varlık olduğu görülüyor. Oküler mukozadaki bakteri türlerinin tanımlanması ve izlenmesi, düşük bollukları ve kommensal büyüme ve tanımlama için uygun metodolojinin sınırlı metodolojisi nedeniyle zor olmuştur. İki standart yaklaşım vardır: kültür tabanlı veya DNA dizileme yöntemleri. İlk yöntem, sınırlı geri kazanılabilir bakteriler nedeniyle sorunludur ve ikinci yaklaşım, oküler alanın anormal bir temsiline yol açan hem canlı hem de ölü bakterileri tanımlar. Standart mikrobiyolojik kültleme tekniklerini geliştirerek bakteri izolasyonu için sağlam ve hassas bir yöntem geliştirdik. Bu, alt konjonktivayı hedefleyen "laboratuvar içi" yapılmış ince bir çubuk kullanan, ardından aerobik ve öğretim üyesi anaerobik cins için bir amplifikasyon adımı kullanan çubuk tabanlı bir tekniktir. Bu protokol, Corynebacterium spp., Coagulase Negative Staphylococcus spp., Streptococcus spp., vb. Yaklaşım, farklı hastalık koşullarında farelerde kommensal çeşitliliği tanımlamak için uygundur.

Giriş

Bu protokolün amacı, oküler mikrobiyomu karakterize etmek için oküler konjonktivadan canlı ve nadir aerobik ve öğretim üyesi anaerobik mikropların spesifik izolasyonunu arttırmaktır. Kapsamlı çalışmalar cilt, bağırsak, solunum ve genital sistemlerdeki kommensal mukozal toplulukların profilini çıkarmıştır ve bu toplulukların bağışıklık sisteminin gelişimini ve yanıt1, 2,3'üetkilediğini göstermektedir. Göz eti kommenal topluluklarının Kuru göz hastalığı4, Sjogren sendromu5 ve diyabet6gibi bazı hastalık patolojileri sırasında değiştiği gösterilmiştir. Yine de, tipik bir oküler yüzey kommenal topluluğunu tanımlama yeteneği, diğer mukozal sitelere kıyasla nispeten düşük bollukları ile engellenir6,7,8. Bu, yerleşik bir oküler mikrobiyom olup olmadığı ve varsa, cilt mikrobiyomundan farklı olup olmadığı ve sonuç olarak doğuştan gelen bağışıklık sistemi gelişimi ve yanıtı üzerindeki yerel etkisi hakkında bir tartışmaya neden olur. Bu protokol bu sorunun çözülmesine yardımcı olabilir.

Genel olarak, oküler kommensal niş tanımlamak için yaklaşımlar sıralama ve kültür tabanlı tekniklere dayanır4,7,9. 16 S rDNA dizilimi ve BRISK analizi7, kültür tabanlı tekniklerden daha geniş bir çeşitlilik gösterir, ancak canlı ve ölü mikroplar arasında ayrım yapamaz. Göz yaşartıcı filmin anti-mikrobiyal özellikleri4 nedeniyle göz yüzeyi birçok mikroplara düşman olduğundan, DNA tabanlı yaklaşımlar, ölü bakterilerin kirleticiler yerine yerleşik kommensallar olarak tanımlanmasına yönelik verileri çarpıtabilecek bu eserleri tespit edecektir. Bu, oküler alanın mikrop bolluğu ve çeşitliliğinde daha yüksek olarak anormal kommensal tanımlama ve niteleme ile sonuçlanır10. Bu, yerleşik oküler mikrobiyomun DNA tabanlı yöntemlerle tanımlanmasını zorlaştırır. Standart kültür tabanlı teknikler, yük çok düşük olduğundan virgülleri algılayamaz11. Yöntemimiz, konjonktivayı hedefleyebilen ince bir çubuk kullanarak standart uygulamaları geliştirir, böylece komşu ciltlerden kontaminasyonu önler, ayrıca canlı organizmaların canlı ama kült olmayan mikropları canlandırmak ve nadir uygulanabilir mikroplar için zenginleştirmek amacıyla besin yoğun ortamlarında kısa kültürle zenginleştirilebileceği kavramını da önler.

Sonuçlar, göz çubuğu başına göreceli oküler kommensal bolluğu, konjonktiva yerleşik mikrobiyomu karakterize eder ve karşılaştırmalı amaçlar için önemlidir. Verilerimiz, cilt ve konjonktival mikrobiyota arasında bir fark olduğunu, ayrıca artan yaş ve bol miktarda cinsiyete özgü bir fark ile daha fazla çeşitlilik olduğunu göstermektedir. Ayrıca, bu yaklaşım tekrar tekrar nakavt farelerde övgüye yersiz farklılıklar buldu12. Bu protokol, kafes uygulamaları, coğrafya veya hastalık durumuna bağlı olarak değişebilen oküler mikrobiyomun yanı sıra kommensal metabolitlerin ve ürünlerin bağışıklık sistemi gelişimi ve yanıtı üzerindeki yerel etkilerini tanımlamak için uygulanabilir.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

Farelerle ilgili tüm prosedürler Kurumsal Hayvan Bakım ve Kullanım Komitesi yönergelerine uyar. Mikroorganizmalar ve potansiyel olarak kontamine olmuş malzemelerle çalışırken laboratuvar güvenliği yönergelerini (Kurumsal Çevre Sağlığı ve Güvenliği departmanınız tarafından yönlendirildiği şekilde) izleyin. Biyolojik tehlikeyle kirlenmiş olabilecek malzemelerin bertaraf edilmeden önce uygun atık kaplarını ve dekontaminasyon prosedürlerini kullanın.

1. Göz çubuğu hazırlama, çalışma alanı kurulumu, fare gözü svabbing ve örnek zenginleştirme

  1. Steril göz sürüntüleri hazırlayın
    NOT: Steril göz çubukları, lif ince pamuklu bir çubuk tabakası ile ince kaplanmış ahşap kürdanlardır ve evde yapılır.
    1. Sürünecek fare sayısı için uygun miktarda pamuklu vuruş ve kürdan alın.
    2. Başparmak ve işaret parmağıyla yarım santimetre uzunluğunda pamuklu bir parçayı kıstırın. Düz bir tek gözenekli tabaka oluşturmak için başparmak ve işaret parmağı ile kenarları çekerek vuruşu alaya almak, vuruş parçalanmadan hemen önce durmak (gerilmiş vuruş boyunca dağılmış küçük pamuk parçaları kabul edilebilir).
    3. Kıvrılırken kürdan ucundaki gerilmiş parçayı hafifçe tutarak vuruşu kürdanın keskin uçlarından birinin etrafında döndürün, bkz. "Tamamlanmış" göz çubuğu, ucun üzerine gerilmiş, ucundan yaklaşık yarım ila bir santimetre uzağa uzanan çok ince bir pamuk tabakasına sahip olacaktır.
    4. Küçük beher içine "tamamlanmış" sürüntüler yerleştirin, tarafı aşağı doğru sürün ve örtün. otoklav.
  2. Çalışma alanını ayarlama
    1. Steril 50 mL steril santrifüj tüpünde 2 mL ketamin (100 mg/mL), 400 μL ksilazin (100 mg/ml) ve 27,6 mL steril salin (dH2O'da %0,9 NaCl) içeren anestezi hazırlayın. Hemen kullanım için sterilize ve aliquot anestezisini filtreleyin (1 ay boyunca 4 °C'de saklanabilir; kullanmadan önce her zaman oda sıcaklığına eşit olmasına izin verin).
    2. Kirlenmeyi en aza indirmek için çalışma alanını dezenfektan ile temizleyin ve temizleyin.
    3. Aliquot 0.5 mL steril Beyin Kalbi İnfüzyon ortamı (BHI) etiketli 1.5 mL steril mikrosantrifüj tüpler (fare ve kontrol başına 1 tüp); mikrosantrifüj rafında düzenleyin. Rafı buza koy.
    4. İş akışını aşağıdaki gibi ayarlayın (soldan sağa): fare uyuşturma istasyonu (deneysel fareler içeren kafes, boş steril kafes, oda sıcaklığı anestezisi, 25 G iğne ve 1 mL şırınga), göz temizleme istasyonu (buz üzerinde aliquoted BHI, sterilize göz çubukları, temiz kağıt havlular, % 70 izopropanol spreyi) ve kaplama istasyonu (oda sıcaklığı kan agar plakaları, 10 μL boru , 10 μL steril tek kullanımlık uçlar, biyolojik tehlike atık konteyneri).
  3. Göz küreme
    1. Her yetişkin fareye sırasıyla 1 g fare ağırlığı ketamin ve ksilazin dozajı başına 10 μL anestezi uygulayın ve otoklavlı bir kafese yerleştirin. Arka ayak pedlerini sıkarak anesteziyi test edin; hiçbir hareket uygun anesteziyi gösterir.
    2. Bir elinizin sadece uyuşturulmış fareleri idare etmesi için, diğer elinin ise sadece göz bezini ve kültürü idare etmesi için atayın. Sürünme için, tamamen uyuşturuldulanmış fareyi kafesten çıkarın; sol gözü açıktayken kendi tarafına yerleştirilmiş temiz çalışma yüzeyinin üzerine yerleştirin. Eldivenli ellere izopropanol püskürtün, temiz kağıt havlu ile kurulayın.
    3. Uncap, özel medya işleme ipi ile BHI mikro santrifüj tüpünü özellikle etiketledi. Tüpü buz üzerindeki mikro santrifüj rafına geri yerleştirin.  Göz küreğinin pamuk kaplı ucunu BHI'ye batırın, fazla sıvıyı çıkarmak için ucu iç tüpe 2 kez döndürerek göz bezini tüpten çekin.
    4. Fare taşıma eliyle, fareyi boynun scruff'ından hafifçe tutun. Diğer taraftan, göz çubuğu ucunu sol gözün medial konjonktival bölgesine yerleştirin, bkz. Göz küresini hafifçe bastırın ve bezi bir pencere yıkama hareketiyle (Şekil 2B) ileri geri, alt göz kapağı ve göz arasında 10 kez hareket ettirin. Sürekli basıncı koruyun.
    5. Kürke dokunmadan, çubuk ucunu, yerleştirildiği yere dik olarak hafifçe çıkarın ve çubuk pamuk tarafını doğrudan BHI ortamı içeren etiketli bir mikro santrifüj tüpüne yerleştirin. Sürünmüş göze yağlayıcı bir göz damlası uygulayın.
    6. Fareyi kafese geri götür.
    7. Bez buz üzerinde 10 ila 15 dakika bekletin ve ucu 10 dönüş için medyada karıştırarak sterilize eldivenli elle göz bezini çıkarın. 5 dönüş için mikro santrifüj tüpünün iç duvarına uç döndürerek çubuğu çekin. Bezi biyolojik tehlike kabına atın.
    8. Her fare ve kontrol örnekleri (cilt veya kürk çubuğu) için 1.3.2 ile 1.3.7 adımlarını yineleyin. Eldivenleri her çubuk arasında uygun şekilde sterilize edin.
  4. zenginleşme
    1. Tüpü statik olarak 37 °C'de 1 saat inkübe ederek numuneyi zenginleştirir
    2. Kuluçka sırasında, bir oda sıcaklığındaki Trypticase Soya'yı fare başına% 5 koyun kanı agar plakası (TSA plakası) ile etiketlayın ve ikiye bölün.
    3. Göz bezi kültürü inkübasyonundan sonra, zenginleştirilmiş örnekleri inkübatörden çıkarın ve buza yerleştirin.
    4. Şekil 3A'dakişemaya göre karıştırmak ve plakalamak için kısaca girdap örnekleri. Numunenin Aliquot 10 μL'si TSA plakasına ve bir şerit oluşturmak için plakayı eğin, 2 kez tekrarlayın.
    5. Plakanın bölme çizgisinin diğer tarafında, agar üzerinde nokta 10 μL örnek, 9 kez tekrarlayın.
    6. 37 °C'deki plakaları 18 saat, 2 gün ve 4 gün boyunca kuluçkaya bırakın (agar plakalarının kurumasını önleyen temiz bir odada). Şeritlerdeki kolonileri sayın, morfolojiye dikkat edin ve morfolojik olarak benzer izolatlar için sürüntü başına koloni oluşturan birimleri (CFO'lar) hesaplayın. Şeritler halinde yakalanmayan benzersiz organizmalar için noktalara bakın.

2. Ana plaka, karakterizasyon ve oküler mikropların tanımlanması

  1. Ana plaka
    1. Bir TSA plakasının arkasına ızgaralar çizin (Şekil 3B). Her fare gözü çubuk plakasından steril kürdanlı bir koloni seçin ve ana plaka karesini (ızgaralar), etiket ızgarasını koloni numarası ve fare bilgileriyle çizin. Morfolojik olarak farklı her koloni için üç farklı koloniyi seçin ve plakala.
    2. Plakayı 37 °C'de gece boyunca kuluçkaya yatırın. Kuluçkaya 96 saat devam edin, yeni izolelerin görünümünü günlük olarak kontrol edin.
      NOT: Commensal popülasyon fare yaşı, beslenme, hastalık durumu ve kafes uygulamalarına göre değişecektir. İzole karakterizasyonu laboratuvarımızda bulunan baskın aerobik ve öğretim üyesi anaerobik bakterilere dayanmaktadır.
  2. Karakterizasyonu
    1. Mannitol Salt Agar (MSA) ve MacConkey (MAC) plakalarında13 tabak mikrop kopyalayın, 37 °C'de bir gecede kuluçkaya yatırın. Msa'da haleli mumsu kolonilerin veya sarı kolonilerin her bir izolesi ve varlığı için büyümeye dikkat edin.
    2. Gram pozitif koksuzlar için katalaz testi ile test13,14. Temiz bir cam kaydırağın üzerine% 3 hidrojen peroksit damlası yerleştirin. Steril bir kürdan kullanarak, ilgili mikrobu göz bezi plakasından seçin. Hiçbir kabarcık oluşumu Streptococcus spp.gösterir, hafif kabarcık oluşumu Corynebacterium spp. ve belki de Aerococcus spp. ve hızlı kabarcık oluşumu Staphylococcus spp gösterir gösterir.
  3. Tanımlama: MALDI-TOF MS analizi
    NOT: Bakteri kimlikleri MALDI-TOF ve Yazılım Veritabanı kullanılarak gerçekleştirilir. Bu sistem, tanımlama için bilinen bakteri spektrası ile karşılaştırılan spektra profilleri geliştirmek için uçuş kütle spektrometresinin (MALDI-TOF MS) matris destekli lazer desorpsiyon iyonizasyon süresini kullanmaktadır. E.coli, ATCC 8739, sistem kalibrasyonu için kullanılır.
    1. Plaka bakteriyel, %5 koyun kanı içeren TSA plakalarına izole eder ve 37 °C'de % 5 karbondioksit ile bir gecede kuluçkaya yatırılır.
    2. 1 μL döngü kullanarak, MALDI-TOF hedef slaydına ince bir saf bakteri tabakası uygulayın; 1 μL MALDI-TOF MS CHCA matris çözeltisi (alfa-cyano-4-hidroksinnamik asit) kaplanır ve kaydırağı MALDI-TOF cihazına yüklemeden önce tamamen kurumasına izin verilir.
    3. Her yalıtma yinelenen olarak görülür.
    4. Yüksek bir ayrımcılık değerine işaret eden %80'den büyük olasılık puanları içeren raporlar güvenilir sonuçlar olarak kabul edilir ve bakteriyel tanımlama kabul edilir.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

Kaplama için farklı yöntemleri gösteren bir göz çubuğu plakası için temsili sonuçlar, C57BL / 6 fareden morfolojik olarak farklı izolatları gösteren Şekil 3A'da resmedilmiştir. Her ayrı izole için, koloniler şeritte sayıldı ve göreceli bolluk, göz çubuğu başına benzersiz Koloni Şekillendirme Birimleri (CFO'lar), karşılaştırma amacıyla hesaplandı ve çizildi. Mikrobiyolojik karakterizasyon için, bakteriler ana bir TSA plakası üretmek için tek tek fare gözü çubuk plakalarından seçildi (her fare...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

Oküler yüzeyin paucibacterial durumu nedeniyle, birçok laboratuvar oküler commensals7,20izole etmektezorlandı,bu da büyüme, düşük bolluk ve düşük çeşitlilik ile düşük numune sayısına neden oldu8. Bu yöntem, bir zenginleştirme adımının yanı sıra MALDI-TOF MS tarafından yeniden tasarlanmış bir göz çubuğu ve tanımlaması eklenerek standart kültür uygulamaları4,21'i önemli ölçüde gelişt...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

Açıklayamak için çıkar çatışması yok.

Teşekkürler

P30 DK034854'ten sağlanan finansman, Massachusetts Host-Microbiome Center'daki VY, LB ve çalışmaları ve NIH/NEI R01 EY022054'ten gelen fon MG'yi destekledi.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
0,1 ila 10 ve mikro; l pipet ucuUSA Scientific1110-300kullanmadan önce otoklav
0,5 ila 10 & mikro; l Eppendorf pipetiFisher Scientific13-690-026
1 ml şırıngaFisher ScientificBD309623Her göz çubuğu grubu için 1 şırınga
1.5 ml Eppendorf tüpleriUSA Scientific1615-5500kullanmadan önce otoklav
1000 ve ml pipet ucuUSA Scientific1111-2021kullanmadan önce otoklav
200 ila 1000 & mikro; l Gilson pipetman (P1000)Fisher ScientificF123602G
25 G iğneFisher Scientific14-826AAgöz başına 1 iğne sürüntü grubu
%3 Hidrojen PeroksitFisher ScientificS25359
37 ° C Kuluçka Laboratuvarıekipmanı
% 70 İzopropanolFisher ScientificPX1840-4
Ana-Sed Enjeksiyonu (Ksilazin 100 mg / ml)Santa Cruz Hayvan SağlığıSC-362949Rx
BD BBL Gram Leke kitiFisher ScientificB12539
Bunsen Brülör Laboratuvarıekipmanı
Temiz kağıt havluLaboratuvarı ekipman
Pamuk Vuruş / Steril haddelenmiş pamukCVS
Tek kullanımlık 1 ml PipetlerFisher Scientific13-711-9AMGram boyama ve katalaz testleri için
E.coliATTCATCC 8739
Cam slaytlarFisher Scientific12-550-A3Gram boyama ve katalaz testleri için
Ketamin ( 100mg / ml)Henry Schein9950001
Mac Conkey Agar PlakalarıFisher Scientific4321270mağazası 4 & derece; Kullanıma hazır olana kadar
C Mannitol Tuzu AgarCarolina Biyolojik Tedarik784641Plakaları mfr'nin talimatlarına göre hazırlayın, 4 ° C'de saklayın; 1 hafta boyunca C
FarelerJackson LabsC57 / BL6J
Petri KaplarıFisher Scientific08-757-12Mannitol için Tuz agar plakaları
RPI Beyin Kalp İnfüzyon OrtamıFisher Scientific50-488525talimatlara ve otoklava göre hazırlayın
SteriFlip (0.22 &; m gözenek boyutu polyester sülfon)EMD/Millipore, Fisher Scientifcanesteziyi sterilize etmek içinSCGP00525
Steril Corning Santrifüj TüpüFisher Bilimsel430829anestezi hazırlığı
Steril fare kafesiLaboratuvar ekipmanları
Kürdan (yuvarlak bambu)Kitchen Essentialskullanmadan önce otoklav ve sürüntü hazırlama
%5 Koyun Kanı Plakalı Triptikaz Soya AgarFisher Scientific4321261mağazası 4 &°C; Kullanıma hazır olana kadar C
Vitek hedef slaytıBioMérieux Inc. Durham,NC
Vitek-MSBioMérieux Inc. Durham,NC
Vitek-MS CHCA matris çözümüBioMérieux Inc. Durham, NC411071
Tek kullanımlık göz damlasıCVS EczaneBausch ve Lomb Yatıştırıcı Kayganlaştırıcı Göz Damlası, 28 şişe, 0,02 fl oz. her biri
II

Kaynaklar

  1. Arpaia, N., et al. Metabolites produced by commensal bacteria promote peripheral regulatory T cell generation. Nature. 504 (7480), 451-455 (2013).
  2. Hooper, L. V., Littman, D. R., Macpherson, A. J. Interactions between the microbiota and the immune system. Science. 336 (6086), 1268-1273 (2010).
  3. Nagpal, R., et al. Human-origin probiotic cocktail increases short chain fatty acid production via modulation of mice and human gut microbiome. Scientific Reports. 8 (1), 12649(2018).
  4. Graham, J. E., et al. Ocular pathogen or commensal: a PCR based study of surface bacterial flora in normal and dry eyes. Investigative Ophthalmology and Visual Science. 48 (12), 5616-5623 (2007).
  5. Wang, C., et al. Sjögren-Like Lacrimal Keratoconjunctivitis in Germ-Free Mice. International Journal of Molecular Sciences. 19 (2), 565-584 (2018).
  6. Ham, B., Hwang, H. B., Jung, S. H., Chang, S., Kang, K. D., Kwon, M. J. Distribution and diversity of ocular microbial communities in diabetic patients compared with healthy subjects. Current Eye Research. 43 (3), 314-324 (2018).
  7. Doan, T., et al. Paucibacterial microbiome and resident DNA virome of the healthy conjunctiva. Investigative Ophthalmology and Visual Science. 57 (13), 5116-5126 (2016).
  8. Kugadas, A., Gadjeva, M. Impact of microbiome on ocular health. Ocular Surface. 14 (3), 342-349 (2016).
  9. Dong, Q., et al. Diversity of bacteria at healthy human conjunctiva. Investigative Ophthalmology and Visual Science. 53 (8), 5408-5413 (2011).
  10. Zegans, M. E., Van Gelder, R. N. Considerations in understanding the ocular surface microbiome. American Journal of Opthalmology. 158 (3), 420-422 (2014).
  11. Fleiszig, S. M., Efron, N. Microbial flora in eyes of current and former contact lens wearers. Journal of Clinical Microbiology. 30 (5), 1156-1161 (1992).
  12. Lu, X., et al. Neutrophil L-Plastin Controls Ocular Paucibacteriality and Susceptibility to Keratitis. Frontiers in Immunology. 11, 547(2020).
  13. Johnson, T. R., Case, C. L. Laboratory Experiments in Microbiology. , Pearson Benjamin Cummings Pubs. San Francisco, CA. (2010).
  14. Reiner, K. Catalase Test Protocol. American Society for Microbiology. , (2010).
  15. UK SMI. Standards for Microbiology Investigation. UK SMI. , Gov.UK. (2014).
  16. Sharp, S. E., Searcy, C. Comparison of mannitol salt agar and blood agar plates for identification and susceptibility testing of Staphylococcus aureus in specimens from cystic fibrosis patients. Journal of Clinical Microbiology. 44 (12), 4545-4546 (2006).
  17. Siegman-Igra, Y., Azmon, Y., Schwartz, D. Milleri group streptococcus--a stepchild in the viridans family. European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. 31 (9), 2453-2459 (2012).
  18. Mohan, B., Zaman, K., Anand, N., Taneja, N. Aerococcus Viridans: A Rare Pathogen Causing Urinary Tract Infection. Journal of Clinical and Diagnostic Research. 11 (1), 1-3 (2017).
  19. Senneby, E., Nilson, B., Petersson, A. C., Rasmussen, M. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry is a sensitive and specific method for identification of aerococci. Journal of Clinical Microbiology. 51 (4), 1303-1304 (2013).
  20. Wan, S. J., et al. IL-1R and MyD88 contribute to the absence of a bacterial microbiome on the healthy murine cornea. Frontiers in Microbiology. 9, 1117(2018).
  21. Ozkan, J., et al. Temporal Stability and Composition of the Ocular Surface Microbiome. Scientific Reports. 7 (1), 9880(2017).
  22. Oliver, J. M. The viable but non-culturable state in bacteria. Journal of Microbiology. 43 (1), 93-100 (2005).
  23. Epstein, S. S. The phenomenon of microbial uncultivability. Current Opinion in Microbiology. 16 (5), 636-642 (2013).
  24. Whelan, F. J., et al. Culture-enriched metagenomic sequencing enables in-depth profiling of the cystic fibrosis lung microbiota. Nature Microbiology. 5 (2), 379-390 (2020).
  25. Raymond, F., et al. Culture-enriched human gut microbiomes reveal core and accessory resistance genes. Microbiome. 7, 56(2019).
  26. Peto, L., et al. Selective culture enrichment and sequencing of feces to enhance detection of antimicrobial resistance genes in third-generation cephalosporin resistant Enterobacteriaceae. PLoS One. 14 (11), 0222831(2019).
  27. Lauer, B. A., Masters, H. B. Toxic effect of calcium alginate swabs on Neisseria gonorrhoeae. Journal of Clinical Microbiology. 26 (1), 54-56 (1988).
  28. Dubois, D., et al. Performances of the Vitek MS matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry system for rapid identification of bacteria in routine clinical microbiology. Journal of Clinical Microbiology. 50 (8), 2568-2576 (2012).
  29. Kawakita, T., et al. double-blind study of the safety and Efficacy of 1%D-3-Hydroxybutyrate eye drops for Dry Eye Disease. Scientific Reports. 6, 20855(2016).
  30. Lee, H. S., Hattori, T., Stevenson, W., Cahuhan, S. K., Dana, R. Expression of toll-like receptor 4 contributes to corneal inflammation in experimental dry eye disease. Investigative Ophthalmology and Visual Science. 53 (9), 5632-5640 (2012).
  31. Simmons, K. T., Xiao, Y., Pflugfelder, S. C., de Paiva, C. S. Inflammatory response to lipopolysaccharide on the ocular surface in a murine dry eye model. Investigative Ophthalmology and Visual Science. 57 (6), 2444-2450 (2016).
  32. Miller, D., Ioviano, A. The role of microbial flora on the ocular surface. Current Opinion in Allergy and Immunology. 9 (5), 466-470 (2009).
  33. Nayyar, A., Gindina, S., Barron, A., Hu, Y., Danias, J. Do epigenetic changes caused by commensal microbiota contribute to development of ocular disease? A review of evidence. Human Genomics. 14 (1), 11(2020).
  34. Stevenson, W., et al. Dry eye disease: an immune-mediated ocular surface disorder. Archives of Ophthalmology. 130 (1), 90-100 (2012).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Etiketler

Oküler Mikrobiyom AnaliziBakteriyel Sürüntü TekniğiAerobik Bakteriyel ZenginleştirmeMALDI-TOF MS TanımlamaKoloni Oluşturan BirimlerGöz Sürüntü ProtokolüFare Oküler YüzeyiCanlı Mikroorganizma TespitiKonjonktival Bakteriyel İzolasyon
Farelerde Konjonktival Kommenal İzolasyon ve Tanımlama
Bize Ulaşın
Kütüphaneye Öner

Gizlilik

Kullanım Koşulları

Politikalar

Telif Hakkı © 2026 MyJoVE Corporation. Tüm hakları saklıdır.