Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.

Yöntem makalesi

Duodenal mikrobiyomun örnek toplanması ve analizi

2.2K görüntülenme

⸱

DOI:

10.3791/61900

⸱

12 Ocak 2021

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Division of Gastroenterology, Hepatology and Parenteral Nutrition, Veterans Administration Greater Los Angeles Healthcare System, 2The Vatche and Tamar Manoukian Division of Digestive Diseases, Department of Medicine, David Geffen School of Medicine at University of California, 3UCLA Microbiome Center, David Geffen School of Medicine at University of California, 4Department of Surgery, University of California, Los Angeles, 5Department of Medicine and Human Genetics, David Geffen School of Medicine at University of California, 6Cedars-Sinai Cancer and Department of Medicine, Cedars-Sinai Medical Center

Bu makalede

Özet

Bu yazıda, duodenum mikrobiyomunu örneklemek ve analiz etmek için yeni bir yöntemi tartışıyoruz. Bu yöntem, duodenumdaki mikrobiyal çeşitliliğin ve bileşimin doğru bir tasvirini sağlar ve duodenum mikrobiyomunun daha fazla araştırılması için yararlı olabilir.

Özet

Mikrobiyomdaki değişimler, hem insanlarda hem de fare modellerinde birçok organ sisteminin fizyolojisi ve patofizyolojisi ile ilişkilendirilmiştir. Bağırsak mikrobiyomu tipik olarak dışkı örneği koleksiyonları yoluyla incelenmiştir. Dışkı örneklerinin elde edilmesinin kolaylığı, distal luminal gastrointestinal sistem ile ilgili bilgileri ortaya çıkaran birçok çalışma ile sonuçlanmıştır. Bununla birlikte, az sayıda çalışma proksimal bağırsaktaki mikrobiyomun önemini ele almıştır. Duodenumun sindirim ve emilim için önemli bir bölge olduğu göz önüne alındığında, mikrobiyomu beslenme ve karaciğer hastalığı ile ilgilidir ve daha fazla araştırma gerektirir. Burada, duodenal aspirat ve biyopsiler alarak üst endoskopi yapılan insan deneklerde proksimal luminal ve mukozal bağırsak mikrobiyomunun örneklenmesi için yeni bir yöntemi detaylandırıyoruz. Numune alımı kolaydır ve kolonoskopi sırasında kolon numunelerinin alınmasında olabileceği gibi hasta hazırlık uyumu gibi artefaktlardan etkilenmez. Ön sonuçlar, luminal ve mukozal mikrobiyomların önemli ölçüde farklılık gösterdiğini ve bunun muhtemelen çevresel koşullar ve bariyer fonksiyonları ile ilgili olduğunu göstermektedir. Bu nedenle, duodenal aspirat ve biyopsilerin bir kombinasyonu, duodenumdaki mikrobiyomun daha kapsamlı bir resmini ortaya çıkarır. Biyopsiler anatomik olarak karaciğer ve safra yoluna yakın olan onikiparmak bağırsağının inen ve yatay bölümlerinden alınır. Bu, safra asidi biyolojisinin ve bağırsak-karaciğer ekseninin karaciğer hastalığındaki rolünü incelemek için önemlidir. Biyopsiler ve aspirat, 16S ribozomal RNA dizilimi, metabolomik ve diğer benzer uygulamalar için kullanılabilir.

Giriş

Bağırsak mikrobiyomu son yıllarda artan bir ilgi alanı haline gelmiştir. Artık bağırsaktaki çeşitli bakteri popülasyonunun genetik, diyet, ilaç ve çevresel etkiler dahil olmak üzere çeşitli faktörlere bağlı olarak farklılık gösterebileceği anlaşılmıştır1. Çalışmalar ayrıca obezite, inflamatuar bağırsak hastalığı ve karaciğer hastalığı gibi çeşitli gastrointestinal hastalıklarla bağlantılı benzersiz mikrobiyal profiller tanımlamıştır 2,3. Çalışmaların çoğu, dışkı ve distal mukozal örneklerin analizi yoluyla kalın bağırsağın mikrobiyomunun profilini çıkarmaya odaklanmaktadır4. Bağırsak bakterilerinin en yüksek konsantrasyonu kolonda (1012 bakteri / gram) bulunmasına rağmen, yine de duodenum (103 / g), jejunum (104 / g) ve ileumda (107 / g) bulunan ve sindirim metabolizması ve emiliminde önemli bir rol oynayan karmaşık bir mikrop topluluğu vardır5.

İnce bağırsak, gastrointestinal sistemde besin parçalanması ve emiliminin birincil bölgesi olarak hizmet eder. İnce bağırsağı kaplayan kommensal bakteriler, gıda substratlarının kimyasal olarak parçalanmasına yardımcı olmada ve besin emilimine yardımcı olan biyoaktif bileşiklerin salınmasında temel bir rol oynar6. Bu etkileşimler, ince bağırsakta karmaşık bir mikrop-mikrop ve konak-mikrop aktivitesi ortamına katkıda bulunur7. Fare modellerinde ince bağırsak mikrobiyotasını gözlemleyen bir çalışma, yüksek yağlı bir diyetle beslenen mikropsuz farelerin lipid emilimini bozduğunu, ancak jejunal mikrobiyota ile kolonize edildiğinde lipid emiliminde doğrudan bir artışa sahip olduğunu buldu6. Obez ve sağlıklı bireylerin duodenal mikrobiyotasının profilini çıkaran bir insan pilot çalışması, obez bireylerin duodenum mikrobiyotasının, muhtemelen diyete bağlı bir ilişkide indüklenen yağ asidi ve sükroz yıkım yollarında değişikliklere sahip olduğunu buldu8. Ayrıca, ince bağırsak mikrobiyotasında disbiyoz, ince bağırsakta aşırı bakteri üremesi, kısa bağırsak sendromu, poşit, çevresel enterik disfonksiyon ve irritabl bağırsak sendromu gibi çeşitli hastalıklarda tanımlanmıştır7.

Mikrobiyom ile kronik karaciğer hastalığının farklı aşamaları arasındaki ilişkiyle ilgileniyoruz. Spesifik olarak, duodenum, ince bağırsakta ilk kimyasal parçalanma ve beslenme emiliminin yeri olarak hizmet eder. Ek olarak, portal hepatik dolaşım, besinleri ve metabolitleri karaciğere getirir, burada işlenir ve kan dolaşımına düzenlenir. Bağırsak ve karaciğer arasındaki anatomik yakınlık, bağırsak bariyerindeki başarısızlık veya bağırsak mikrobiyomundaki değişiklikler nedeniyle ortaya çıkabilecek proinflamatuar tepkilere duyarlı bir ortam yaratır9. Mikrobiyom ve karaciğer hastalığının ilerlemesini araştıran çalışmalar, alkolsüz yağlı karaciğer hastalığı (NAFLD), steatohepatit (NASH), alkolik karaciğer hastalığı ve sirozu olan hastalarda mikrobiyal disbiyozisi tanımlamıştır10,11. Çalışmaların çoğu kolonun mikrobiyomunu karakterize ederken, biz ince bağırsak mikrobiyomunu karaciğer hastalığı ile ilişkili olarak araştırmakla ilgilendik. Burada sunulan yeni yöntemi kullanarak, karaciğer sirozu olan hastalarda diyet12 ile ilişkili olarak benzersiz duodenal mikrobiyal profiller belirledik.

İnce bağırsak mikrobiyomunun karakterizasyonu artan bir ilgi alanı haline gelmeye devam ettikçe, ince bağırsak mikrobiyotasını doğru bir şekilde temsil eden örnekler elde etmek için tek tip teknikler geliştirmek gerekmektedir. Bununla birlikte, ince bağırsak mikrobiyom ortamının incelenmesini karmaşıklaştıran numune tedariki ile ilgili zorluklar vardır. Mevcut örnekleme yöntemleri, Kastl ve ark.7 tarafından belirtildiği gibi, genellikle kontaminasyona maruz kalan invaziv prosedürler gerektirir. Burada, özofagogastroduodenoskopi yapılan karaciğer hastalığı olan hastalardan mikrobiyal analiz için duodenal aspirat ve biyopsi almak için yeni bir yöntemi detaylandırıyoruz.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

Mikrobiyom, Mikrobiyal Belirteçler ve Karaciğer Hastalığı (M3LD) çalışması için klinik protokol yerel etik inceleme komitesinin kurumsal inceleme kurulu tarafından kabul edildikten sonra Veteran Affairs Greater Los Angeles Sağlık Sistemi, Cedars-Sinai Tıp Merkezi ve Ronald Reagan UCLA Tıp Merkezi'nde duodenal örnekler alındı. Katılan tüm hastalardan yazılı bilgilendirilmiş onam alındı.

1. Katılımcıların rızası

  1. Herhangi bir etiyolojide karaciğer sirozu tanısı olan deneklere, varis taraması için planlanan endoskopiler veya işe alım için portal hipertansiyon ile yaklaşın. Hepatosellüler karsinomu (HCC) olan hastaları hariç tutun.
  2. Çalışmayı tanıtın, katılımcının anladığından dikkatlice emin olun ve katılımcıya çalışmada gönüllü olmak isteyip istemediğini sorun. Kabul ederlerse bilgilendirilmiş bir onay formu doldurun.
  3. Endoskopiyi uygun şekilde eğitilmiş ve sertifikalı bir tıp uzmanının gerçekleştirdiğinden emin olun.

2. Örnek toplama

  1. Hastayı 50 mg fentanil ve 2 mg midazolam ile uyuşturun. Hasta orta derecede anestezi uygulanana ve endoskopu tolere edene kadar dozu gerektiği gibi artırın.
  2. Hastanın yemek borusuna bir endoskop (örneğin, Pentax EG29-i10) yerleştirin ve pilora doğru ilerleyin.
    NOT: Endoskop boyutu hastanın fizyolojisine göre değişecektir. Endoskop kanalının mide veya orofaringeal sekresyonlarla kontamine olmasını önlemek için numune almadan önce endoskopu herhangi bir aspirasyon için kullanmayın.
  3. Numune alımına hazırlanmak için bir mikroskop lamı ve künt 18 Gauge şırınga iğnesi edinin. Biyopsileri mikroskop lamından kriyoviyallere aktarmak için kullanılacak steril bir ped hazırlayın.
  4. Dürbün, Vater ampullasının distalindeki duodenumun ikinci kısmına ulaştığında, üst endoskopun çalışma kanalından geçirilen steril tek kullanımlık bir aspirasyon kateteri yoluyla mevcut herhangi bir sıvıyı aspire edin ve 40 mL'lik tek kullanımlık bir numune kabına toplayın. Şırınga ile duodenuma 30 mL'ye kadar ek steril su akıtın ve toplam 15 mL toplamak için sıvıyı bir sıvı numune tuzağına aspire edin.
  5. Kateterin emme bileşenine bağlı aspirat kabını hemen çıkarın ve kapatın. Kabı buz üzerinde bir termosa ve işleme laboratuvarına transfer etmek için bir numune taşıma çantasına yerleştirin.
  6. Araştırma için doku örneklerini çıkarmak için endoskopun yan tarafındaki porta 2,8 mm'lik tek kullanımlık biyopsi forsepsleri yerleştirin. Duodenumun ikinci kısmı içinde forsepsin 2 rastgele geçişini gerçekleştirin ve her geçişte iki ısırık doku toplayın.
  7. Numuneleri dört ayrı boş 2 mL kriyoviyal içine aktarmadan önce doku örneklerini forsepsten ve mikroskop lamına çıkarmak için künt bir 18 Gauge şırınga iğnesi kullanın. Kapakları sıkıca vidalayın.
  8. Sıkıca kapatılmış 4 kriyoviyalin tümünü idrar kabı gibi boş bir kaba yerleştirin ve biyopsileri hızlı dondurmak için 20 mL etanol ve kuru buzdan oluşan bir banyo oluşturun.
  9. Biyopsi kriyoviallerini kuru buz yatağı üzerinde yalıtılmış bir Strafor kabına yerleştirin ve örnekleri korumak için uzun süreli saklama için -80 °C'lik bir dondurucuya aktarın.

3. Aspirat işleme

  1. Biyonumune alımının ardından, biyonumuneleri işlenmek üzere hemen bir BSL2 veya daha yüksek bir laboratuvara aktarın.
  2. Aspire sıvısı kabını dört kez nazikçe ters çevirin ve ardından sıvının yaklaşık 1.5 mL'sini 2 mL kriyoviyallere ayırın.
  3. Parti analizi yapılana kadar numuneleri -80 °C'de saklayın.

4. Anket uygulaması ve klinik verilerin toplanması

  1. Katılımcılardan diyet, demografi, sigara/alkol alışkanlıkları, tıbbi durumlar/ilaçlar ve yaşam kalitesi hakkında bilgi almak için anketleri doldurmalarını isteyin13.
  2. Klinik laboratuvarlar, görüntüleme verileri, ilaçlar ve tıbbi komplikasyonlar dahil olmak üzere klinik verileri yakalamak için tıbbi çizelgeleri inceleyin.

5. DNA ekstraksiyonu

  1. Duodenum biyopsilerini çıkardıktan hemen sonra DNA ekstraksiyonu yapın ve -80 ° C'de depodan aspire edin. Duodenum biyopsi örneklerinden DNA çıkarmak için herhangi bir hazırlık adımına gerek yoktur.
  2. Analizde toplu etki riskini azaltmak için tüm numuneler için aynı gün DNA ekstraksiyonu ve dizilimi yapın. Örnekler sıralanmadan önce toplanan örneklere özel bir kitaplık oluşturun.
  3. Üreticinin protokolüne göre duodenum biyopsi örneklerinden DNA çıkarmak için bir DNA mikro hazırlık kiti kullanın14.
  4. 750 μL lizis çözeltisi ve 0.7 mL kuru hacimde 2 mm cam boncuk içeren bir lizis tüpüne protokol kılavuzlarına göre maksimum numune miktarını ekleyin.
  5. Lizis tüplerini bir tüp tutuculu bir boncuk çırpıcıya sabitleyin ve çırpıcıyı en az beş dakika boyunca maksimum hızda çalıştırın. Süre, boncuk çırpıcıya ve analiz edilen numuneye göre değişecektir.
  6. Lizis tüplerini 1 dakika boyunca 10.000 x g'da bir mikrosantrifüjde santrifüjleyin.
  7. Filtrelenmiş bir toplama tüpünden 400 μL'ye kadar süpernatan aktarın ve 1 dakika boyunca 8000 x g'da tekrar santrifüjleyin.
  8. Bir mikrosantrifüj tüpündeki süzüntüye 1200 μL bağlayıcı tampon ekleyin ve homojen olana kadar iyice karıştırın.
  9. Karışımın 800 μL'sini bir döndürme kolonuna ve boru tertibatına aktarın. 1 dakika boyunca 10.000 x g'da santrifüjleyin. Akışı atın.
  10. Spin kolonunu 400 μL DNA yıkama tamponu ile yeni bir santrifüj tüpüne yerleştirin ve homojen olana kadar iyice karıştırın. 1 dakika boyunca 10.000 x g'da santrifüjleyin. Akışı atın.
  11. Yıkama başına 700 μL ve ardından 200 μL DNA yıkama tamponu ile adım 5.10'u iki kez tekrarlayın.
  12. Yeni bir santrifüj tüpündeki spin kolonuna 20 μL elüsyon tamponu ekleyin. Bir dakika inkübe edin, ardından DNA'yı çıkarmak için 1 dakika boyunca 10.000 x g'da santrifüjleyin. Sütunu atın.
  13. DNA'yı tekrar süzün. DNA artık PCR amplifikasyonu için hazırdır.

6. DNA amplifikasyonu

  1. 16S ribozomal RNA geninin V4 bölgesinin aMiSeq, HiSeq veya NovaSeq dizileyici 250 ×üzerinde 2 çift uçlu dizileme ile PCR amplifikasyonunu gerçekleştirin15.
  2. 96 oyuklu bir plaka astar plakası oluşturun. 165 μL korunmuş ILHS_515f ön astar (100 mM stok) ve 2970 μL moleküler biyoloji sınıfı sudan oluşan bir ana karışım oluşturun. Her bir kuyucuğa bu karışımdan 28,5 μL ekleyin.
  3. 96 oyuklu barkodlu IL_806r benzersiz astar plakasından (100 μM stok) 1,5 μL karşılık gelen ters astar ekleyin. Bu barkodlar benzersiz hasta örneklerini tanımlayacaktır.
  4. Su (23,1 μL x 3,3 x numune sayısı), PCR tamponu (3 μL x 3,3 x numune sayısı), dNTP'ler (0,6 μL x 3,3 x numune sayısı) ve JumpStart Taq DNA polimeraz (0,3 μL x 3,3 x numune sayısı) ana karışımı oluşturun.
    NOT: 16S DNA amplifikasyonu üç kopya halinde yapılmalıdır.
  5. İlk 96 oyuklu plakadaki her bir oyuğa 81 μL ana karışım ekleyin. Her oyuğa 6 μL DNA ve 3 mL primer karışımı ekleyin. Kuyucukları karıştırmak için bir P200 çok kanallı pipet kullanın, ardından diğer iki PCR plakasının her birinin karşılık gelen kuyucuğuna 30 μL pipetleyin. Plakayı kapatın.
  6. Aşağıdaki termal döngüleyici ayarlarını kullanın: 94 °C x 3 dk; 35 döngü: 94 °C x 45 sn, 50 °C x 1 dk, 72 °C x 1,5 dk. 35 döngüden sonra: 72 °C x 10 dk, 94 °C x 5 dk, 4 °C süresiz olarak.

7. Temizleme ve kitaplık kurulumu

  1. PCR ürünlerini saflaştırmak için bir PCR veya DNA temizleme kiti kullanın. DNA'yı 30 μL PCR dereceli (DEPC ile işlenmiş) su ile güçlendirin.
  2. PCR numunelerini ölçme yeteneğine sahip bir UV görünür spektrum spektrofotometresi kullanın.
  3. Spektrofotometre yazılımını bilgisayar masaüstünde açın. Nükleik Asit'e tıklayın.
  4. Limanı damıtılmış suyla silin. Bağlantı noktasına 1 μL 1x PCR tamponu/su ekleyin ve kalibre edin.
  5. Numune kimliğini girin ve 1 μL numuneyi porta pipetleyin.
  6. Bağlantı noktasını kapatın ve Ölç'e basın.
    NOT: Numune eklerken hava kabarcıklarından kaçının.ampbağlantı noktasına yerleştirin.
  7. Numuneyi laboratuvar mendilleri ve damıtılmış su ile silin ve ardından bir sonraki numuneyi hazırlayın. Her örnekle değerleri kaydedin. Bilgisayar ayrıca otomatik olarak kaydetmelidir.
  8. Her bir amplifiye edilmiş PCR ürününün 250 ng'ını 1 tüpte birleştirin. Bu DNA kütüphanesidir.
  9. Kitaplığı, okuma 1 ve 2 ve dizin sıralama astarları ile birlikte sıralama için bir sıralama laboratuvarına teslim edin.
    NOT: Yerel bir laboratuvar mevcut değilse, bu adım için ticari bir dizileme laboratuvarı kullanılabilir.

8. Veri biçimlendirme

  1. Sıralama verileri, ileri ve geri .fastq dosyalarında sonuçlar sağlar. Bu verileri bir veri sayfasına dönüştürün ve bilgilerin aşağı akış uygulamaları için analiz edilebilmesi için temizleyin.
  2. R programlama yazılımını açın. DADA2 boru hattında ilerlemek ve DNA dizileme verilerini temizlemek için ek kodlama dosyasında listelenen talimatları ve kodu izleyin16. Diziler boru hattı17'den geçirildikten sonra taksonomi ataması için SILVA referans veritabanını indirin.
  3. Kısaca, DADA2 paketini R'ye yükleyin. Tüm .fastq dosyalarının aynı dizine kaydedildiği bir yol tanımlayın ve dosyaları R'ye çıkarın.
  4. Fastq dosyalarının adlarını okuyun ve ileri ve geri fastq dosyalarının listelerini eşleştirin.
  5. İleri okumaların ve geri okumaların kalitesini inceleyin.
    NOT: Nükleotid dizileri, yüksek kaliteli dizileri korumak için kesilebilir.
  6. Fastq dosyalarını filtreleyin ve kırpın. DADA2'nin kullandığı parametrik hata modelini öğrenmek için learnErrors yöntemini kullanın. Bu, her olası nükleotid ikamesi için gözlemlenen ve beklenen hata oranlarını gösterecektir (A → C, A → T, A → G, vb.).
  7. Her numunedeki benzersiz dizilerin sayısını belirlemek için numune çıkarım algoritmasını uygulayın ve numune başına gerçek benzersiz varyantların sayısına ulaşmak için dada sınıfı nesneyi daha fazla inceleyin.
  8. Eksiksiz ve gürültüsü giderilmiş diziler elde etmek için ileri ve geri okumaları birleştirin.
  9. Bir amplikon dizisi varyantı (ASV) tablosu oluşturun.
  10. ASV tablosundan kimeraları çıkarın. Kimerik diziler, daha bol miktarda bulunan iki ana diziden kaynaklanan tek bir dizidir.
  11. İşlem hattından geçen toplam okuma sayısını izleyin. DADA2, her benzersiz diziye taksonomi atamak için SILVA'yı kullanacaktır. Doğruluk, DADA2 boru hattına bilinen bakteri dizilerinden oluşan bir topluluk dahil edilerek ve DADA2 dizi varyantlarını topluluğun beklenen bileşimi ile karşılaştırarak analiz edilebilir.
    NOT: DNA dizileme verileri artık temizlenmiş ve araştırma projesinin özel kapsamı ve hedeflerine göre analize hazırdır.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

Proksimal bağırsağın mukozal ve luminal mikrobiyomu arasındaki popülasyon farklılıkları
Önceki çalışmalar, luminal ve mukozal kolon örneklerininmikrobiyal popülasyonlarında farklılıklar bulmuştur 4,5,18. Ön sonuçlar, duodenal aspirat ve biyopsi örneklerinin proksimal bağırsakta hem luminal hem de mukozal mikrobiyota için ölçüm yapabileceğini göstermektedir. Ayrıca, bu mikrobiyom popülasyonlarının birbirinden ...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

Mikrobiyom çalışmaları inanılmaz derecede önemlidir, çünkü bu karmaşık ekosistem enerji homeostazı, immünolojik tepkiler ve metabolizmada kritik bir role sahiptir19. Gastrointestinal sistemin çeşitli bölgelerinin farklı fizyolojik fonksiyonlarını yansıtabilen ve farklı hastalık durumlarını etkileyebilecek bölgesel mikrobiyom farklılıkları mevcuttur20. Dışkı mikrobiyomu en yaygın olarak incelenir, ancak daha yakın zamanda ince bağırsak mikro...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

Yazarların rapor etmeleri gereken rekabet eden finansal çıkar çatışmaları yoktur.

Teşekkürler

Bu araştırma, Ulusal Sağlık Enstitüleri / Ulusal Kanser Enstitüsü hibe numarası RO1CA204145 tarafından finanse edilmiştir.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
2 mL kriyovialCorning430659
96 oyuklu plakalarUygulanan Biyosistemler4306737
dNTP'lerSigmaD7295
Kuru buzKurum tarafından sağlanır
EG29-i10 endoskopPentaxN/AEndoskop boyutu hasta fizyolojisine bağlı olarak değişebilir
Epoch mikroplakası spektrofotometreBiotekN/A
EtanolSigma Aldrich676829
HiSeq 2500IlluminaN/A
IL_806r ters astarIDT DNA teknolojileriözelözel astarlar
ILHS_515f ileri astarIDT DNA teknolojileriözelözel primerler
JumpStart Taq DNASigmaD4184
Mukus numune tuzağıBusse Hospital Disposables40540 cc taşıma kapaklı numune tuzağı
Nanodrop Gen5 yazılımıThermoFisher Scientific
PCR tamponuSigmaP2192
PCR temizleme kitiZymo ResearchD4204
Radyal Çene 4 Jumbo ForsepsBoston ScientificM005133432,8 mm Çene Dış Çapı
Vioscreen diyet anketiVioCareN/A
ZymoBIOMICS DNA Microprep KitZymo ResearchD430025 ug bağlama kapasitesi

Kaynaklar

  1. Kau, A., Ahern, P., Griffin, N., Goodman, A. L., Gordon, J. I. Human nutrition, the gut microbiome and the immune system. Nature. 474, 327-336 (2011).
  2. Young, V. B. The intestinal microbiota in health and disease. Current Opinion in Gastroenterology. 28 (1), 63-69 (2012).
  3. Kolodziejczyk, A. A., Zheng, D., Elinav, E. Diet-microbiota interactions and personalized nutrition. Nature Reviews Microbiology. 17 (12), 742-753 (2019).
  4. Tuddenham, S., Sears, C. L. The intestinal microbiome and health. Current Opinion in Infectious Diseases. 28 (5), 464-470 (2015).
  5. Dieterich, W., Schink, M., Zopf, Y. Microbiota in the Gastrointestinal Tract. Medical Sciences (Basel). 6 (4), 116(2018).
  6. Martinez-Guryn, K., et al. Small Intestine Microbiota Regulate Host Digestive and Absorptive Adaptive Responses to Dietary Lipids. Cell Host Microbe. 23 (4), 458-469 (2018).
  7. Kastl, A. J., Terry, N. A., Wu, G. D., Albenberg, L. G. The Structure and Function of the Human Small Intestinal Microbiota: Current Understanding and Future Directions. Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology. 9 (1), 33-45 (2020).
  8. Angelakis, E., et al. A Metagenomic Investigation of the Duodenal Microbiota Reveals Links with Obesity. PLoS One. 10 (9), 0137784(2015).
  9. Yu, L. X., Schwabe, R. F. The gut microbiome and liver cancer: mechanisms and clinical translation. Nature Reviews. Gastroenterology and Hepatology. 14 (9), 527-539 (2017).
  10. Schnabl, B., Brenner, D. A. Interactions between the intestinal microbiome and liver diseases. Gastroenterology. 146 (6), 1513-1524 (2014).
  11. Shen, T. D., Pyrsopoulos, N., Rustgi, V. K. Microbiota and the liver. Liver Transplant. 24 (4), 539-550 (2018).
  12. Hussain, S. K., et al. Dietary Protein, Fiber and Coffee Are Associated with Small Intestine Microbiome Composition and Diversity in Patients with Liver Cirrhosis. Nutrients. 12, 1395(2020).
  13. Kristal, A. R., et al. Evaluation of web-based, self-administered, graphical food frequency questionnaire. Journal of the Academy of Nutrition and Dietetics. 114 (4), 613-621 (2014).
  14. Benhammou, J. N., et al. Novel Lipid Long Intervening Noncoding RNA, Oligodendrocyte Maturation-Associated Long Intergenic Noncoding RNA, Regulates the Liver Steatosis Gene Stearoyl-Coenzyme A Desaturase As an Enhancer RNA. Hepatology Communications. 3 (10), 1356-1372 (2019).
  15. Earth Microbiome Project. 16S Illumina Amplicon Protocol. , Available from: https://earthmicrobiome.org/protocols-and-standards/16s/ (2020).
  16. Callahan, B. J., McMurdie, P. J., Rosen, M. J., Han, A. W., Johnson, A. J. A., Holmes, S. P. DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nature Methods. 13, 581-583 (2016).
  17. Quast, C., et al. The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools. Nucleic Acids Research. 41, 590-596 (2013).
  18. Eckburg, P. B., et al. Diversity of the human intestinal microbial flora. Science. 308 (5728), 1635-1638 (2005).
  19. Nieuwdorp, M., Gilijamse, P. W., Pai, N., Kaplan, L. M. Role of the microbiome in energy regulation and metabolism. Gastroenterology. 146 (6), 1525-1533 (2014).
  20. Jacob, N., et al. Inflammation-independent TL1A-mediated intestinal fibrosis is dependent on the gut microbiome. Mucosal Immunology. 11 (5), 1466-1476 (2018).
  21. Fujimori, S. What are the effects of proton pump inhibitors on the small intestine. World Journal of Gastroenterology. 21 (22), 6817-6819 (2015).
  22. Garcia-Tsao, G., Abraldes, J. G., Berzigotti, A., Bosch, J. Portal hypertensive bleeding in cirrhosis: Risk stratification, diagnosis, and management: 2016 practice guidance by the American Association for the study of liver diseases. Hepatology. 65 (1), 310-335 (2016).
  23. Prodan, A., Tremaroli, V., Brolin, H., Zwinderman, A. H., Nieuwdorp, M., Levin, E. Comparing bioinformatic pipelines for microbial 16S rRNA amplicon sequencing. PLoS One. 15 (1), (2019).
  24. Bolyen, E., et al. interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nature Biotechnology. 37, 852-857 (2019).
  25. Li, G., et al. Diversity of Duodenal and Rectal Microbiota in Biopsy Tissues and Luminal Contents in Healthy Volunteers. Journal of Microbiology and Biotechnology. 25 (7), 1136-1145 (2015).
  26. de Groot, P. F., et al. Distinct fecal and oral microbiota composition in human type 1 diabetes, an observational study. PLoS One. 12 (12), (2017).
  27. Kong, X., et al. New and Preliminary Evidence on Altered Oral and Gut Microbiota in Individuals with Autism Spectrum Disorder (ASD): Implications for ASD Diagnosis and Subtyping Based on Microbial Biomarkers. Nutrients. 11 (9), 2128(2019).
  28. Dethlefsen, L., Huse, S., Sogin, M. L., Relman, D. A. The Pervasive Effects of an Antibiotic on the Human Gut Microbiota, as Revealed by Deep 16S rRNA Sequencing. PLOS Biology. 6 (11), 280(2008).
  29. Dethlefsen, L., Relman, D. A. Incomplete recovery and individualized responses of the human distal gut microbiota to repeated antibiotic perturbation. PNAS. 108 (1), 4554-4561 (2011).
  30. Williams, R. C., Showalter, R., Kern, F. In vivo effect of bile salts and cholestyramine on intestinal anaerobic bacteria. Gastroenterology. 69 (2), 483-491 (1975).
  31. Seto, C. T., Jeralod, P., Orenstein, R., Chia, N., DiBiase, J. K. Prolonged use of a proton pump inhibitor reduces microbial diversity: implications for Clostridium difficile susceptibility. Microbiome. 2 (42), (2014).
  32. De Luca, F., Shoenfeld, Y. The microbiome in autoimmune diseases. Clinical and Experimental Immunology. 195 (1), 74-85 (2019).
  33. Belkaid, Y., Hand, T. W. Role of the microbiota in immunity and inflammation. Cell. 157 (1), 121-141 (2014).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Etiketler

Bağırsak MikrobiyomuMikrobiyom AnaliziDuodenal AspiratDuodenal BiyopsiÜst Endoskopi16S SekanslamaMetabolomikBağırsak Karaciğer Aksı

Bu makale yayımlandı

Video yakında

Bize Ulaşın
Kütüphaneye Öner

Gizlilik

Kullanım Koşulları

Politikalar

Telif Hakkı © 2026 MyJoVE Corporation. Tüm hakları saklıdır.