Şu anda, homojen bir iskelet kök hücre (SSC) popülasyonunu prospektif olarak izole etmek için evrensel olarak kabul edilmiş belirteçlerin eksikliği devam etmektedir. Bu nedenle, hematopoezi destekleyen ve iskeletin tüm fonksiyonlarına katkıda bulunan BMSC'ler, multipotent mezenkimal progenitörleri (MMP'ler) incelemek ve SSC fonksiyonunu çıkarmak için yaygın olarak kullanılmaya devam etmektedir. Ayrıca, kas-iskelet sistemi hastalıklarını incelemek için kullanılan transgenik murin modellerinin genişliği göz önüne alındığında, BMSC'lerin kullanımı, MMP'leri ve SSC'leri düzenleyen moleküler mekanizmaları incelemek için güçlü bir araç olarak da hizmet eder. Bununla birlikte, murin BMSC'leri için yaygın izolasyon prosedürleri, geri kazanılan hücrelerin %50'sinden fazlasının hematopoietik kökenli olmasına neden olur ve bu çalışmalar sırasında üretilen verilerin yorumlanmasını potansiyel olarak engeller. Burada, BMSC kültürlerinde CD45+ hücrelerinin seçici olarak elimine edilmesi için düşük oksijen gerilimi veya hipoksi kullanan bir yöntemi tarif ediyoruz. Daha da önemlisi, bu yöntem sadece hemopoietik kontaminantları azaltmak için değil, aynı zamanda BMSC kültürlerindeki MMP'lerin ve varsayılan SSC'lerin yüzdesini artırmak için de kolayca uygulanabilir.