Aşağıdaki protokol, ötenazi uygulanmış farelerden toplanan uzun kemik iyileşmeli nasırı karakterize etmek için geliştirilmiştir. Bununla birlikte, adımların çoğu sıçanlara uygulanabilir ve ayrıca kırık kemiklerin in vivo taraması için de kullanılabilir. Protokol, belirli bir μCT sistemini ve belirli görüntü işleme, analiz ve görselleştirme yazılımını tanımlar (bkz. Malzeme Tablosu), ancak metodoloji genellikle diğer tarayıcılar ve yazılımlar için geçerlidir. Protokol, Pennsylvania Eyalet Üniversitesi Tıp Fakültesi Kurumsal Hayvan Bakımı ve Kullanımı Komitesi tarafından onaylandı. Bu çalışmada kullanılan fareler 16 haftalık, erkek C57BL / 6J farelerdi (ortalama ağırlık 31.45 ± 3.2 g).
1. Doku toplama ve koruma
NOT: Uygun bir fare kırığı modeli kullanın. Bu çalışma için12,13'te tarif edilen standart protokole göre orta diyafiz açık tibia kırığı modeli kullanıldı.
- Kırılma modeli deneyinin sonunda, intraperitoneal ketamin veya ksilazin enjeksiyonu (sırasıyla 500 mg / kg veya 50 mg / kg) uygulayarak fareyi ötenazi yapın.
- Makas kullanarak, kırık bölgesini bozmadan kırık kemiği orta femurdan tibiotalar ekleme kadar alın. Kemiği çevreleyen kasları çıkarın, sonraki işlem adımları sırasında kırık bölgesini desteklemek için yalnızca kemikle doğrudan temas halinde olan yumuşak dokuyu bırakın. Mikro sivrisinek düz hemostatik forseps kullanarak intramedüller pimi çıkarın.
- Numuneleri 4 °C'de formalin içinde veya -20 °C'de tuzlu su içinde saklayın. Koruma aracının seçimi, μCT'ye kadar olan amaçlanan uygulamalara bağlıdır. Bu çalışmada örnekler -20 °C'de tuzlu su içinde muhafaza edilmiştir.
2. μCT taraması
- Numune hazırlama
- Birden fazla numunenin aynı anda taranması için, altı adede kadar numuneyi özel olarak geliştirilmiş, 3D baskılı bir tarama fikstürüne (Şekil 1 A,B) veya benzerine yerleştirin. Eşzamanlı tarama, tarama süresini ve maliyetini azaltır. Bu çalışmada kullanılan özelleştirilmiş fikstür, uzun kemik örneklerini tutmak için altı yuva ve bir hidroksiapatit (HA) fantomu için bir merkez deliği içerir (Şekil 1A,B; Malzeme Tablosu).
NOT: HA fantom, μCT birimlerini (tipik olarak Hounsfield) HA yoğunluğuna (mgHA/ccm) dönüştürmek için adım 4.2'de (aşağıya bakın) bir standart olarak hizmet edecektir.
- Hazırlanan fikstürü, görüş alanının çapına benzer bir şırıngaya veya konik bir tüpe yerleştirin (FOV; Şekil 1C). Bu çalışmada, 21,5 mm'lik görüş alanına uyması için 20 mm'lik bir şırınga kullanıldı.
- Tarama işlemi sırasında numunelerin kurumasını önlemek için, şırıngayı veya kanonik tüpü adım 1.3'te kullanılan koruyucu ile doldurun (bu çalışmada salin kullanılmıştır).
- Tarama
- Taramadan önce, μCT makinesinin aşağıdaki gibi kalibre edildiğini onaylayın: μCT FOV'un merkez hattına bir HA fantomu yerleştirin, fantomu tarayın ve HA yoğunluğunu ölçün. Ölçülen yoğunluğun üretici tarafından sağlanan yoğunlukla tutarlı olduğundan emin olun.
- S'yi hizalayınampfikstür merkez hattı μCT FOV'un yaklaşık merkez hattı ile. Bu, numunelerin FOV içinde olmasını ve uzun eksenlerinin, elde edilen görüntülerin eksenel yönü ile yaklaşık olarak çakışan oryantasyona sahip olmasını sağlar.
NOT: Bu standartlaştırılmış oryantasyon, daha sonra analiz prosedürünün, ilgilenilen hacim içinde dikkate alınan doku miktarı gibi değişkenliklere daha az eğilimli olmasına yardımcı olabilir.
- μCT sisteminin tarama parametrelerini ayarlayın (Malzeme Tablosu). Bu çalışmada kullanılan parametreler 10.5 μm (izotropik voksel boyutu), 55 kVp (enerji/yoğunluk), 145 μA (akım) ve 300 ms'dir (entegrasyon süresi). Fare trabeküllerinin yaklaşık kalınlığına (20-60 μm) göre voksel boyutunu belirleyin8. Tüm kallus örneklerinin tüm hacmini kapsadığından emin olmak için taramayı farklı görünümlerde görsel olarak inceleyin.

Şekil 1: Özelleştirilmiş tarama fikstürünün yapısı. (A) Altı numune yuvasını ve HA fantomunu (altta) gösteren tarama fikstürünün (üstte) görüntüleri. (B) Özel yuvalara yerleştirilmiş uzun kemik örneğini (üstte) ve HA fantomunu (altta) gösteren görüntüler. (C) 20 mm'lik bir şırıngaya yerleştirilmiş tarama fikstürünü gösteren resimler. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
3. Görüntü segmentasyonu
NOT: Ham görüntüler, görüntü dizisi verilerine otomatik olarak yeniden oluşturulur.
- Görüntü dönüştürme: yeniden yapılandırılmış görüntü dizisi verilerini bir görüntü işleme yazılımı kullanarak DICOM görüntü dizilerine dönüştürün (bkz. Görüntü işleme, analiz ve görselleştirme için DICOM görüntü dizilerini yazılıma aktarın (Malzeme Tablosuna bakın) (Şekil 2A).
- Görüntü kırpma: her seferinde bir örnek, her görüntü yığınını kırpın ve tüm örneğin kırpılan hacme dahil edildiğinden emin olun (Şekil 2B). Kırpılan görüntüyü şu şekilde kaydedin: Ekranın sol üst tarafındaki Dosya sekmesine tıklayın, Projeyi Kaydet'i seçin ve ardından ekranda görünen seçeneklerden Proje Boyutunu En Aza İndir'i seçin. Dosya, ticari yazılım biçiminde kaydedilecektir.
- Görüntü gürültü giderme: gürültü seviyesini azaltmak ve bulanıklıkları önlemek için aşağıdaki gibi bir filtreleme yöntemi kullanın.
- Dosya sekmesine tıklayın ve Açık Veri kullanılarak işlenecek görüntüyü seçin. Açılan görüntü, ekranın sol üst köşesindeki proje görünümü penceresinde görünecektir.
- Görüntü İşleme'yi ve ardından Filtre Korumalı Alanı'nı seçmek için sağ tıklayın. Oluştur'u tıklayın.
- Özellikler penceresinde (ekranın sol alt köşesinde) aşağıdakileri gerçekleştirin: önizleme türü olarak Veri'yi seçin; Filtre'nin yanındaki açılır menüden filtre türünü seçin; yorumlama için 3D'yi seçin; çekirdek türünün yanındaki açılır menüden Ayrılabilir'i seçin; standart sapma ve çekirdek boyutu faktörü için kullanılacak değerleri her birinin yanındaki boş kutuya doldurun; seçin Girişle aynı , çıktının yanındaki açılır menüden; Uygula'yı tıklayın.
NOT: Filtre türü seçimi (kullanılabilir seçenekler iki taraflı, kutu, Gauss, ortanca, özyinelemeli üstel, sınırlayıcı, anizotropik difüzyon, yerel olmayan araçlar, keskin olmayan maskeleme ve FFT filtresidir) ve parametreler, taranan görüntülerin gürültü düzeyine ve voksel boyutuna bağlıdır. Gauss filtresi için, çekirdek boyutu faktörü için yaygın olarak kullanılan 3 x 3 x 3 ve 5 x 5 x 5 değerlerdir ve standart sapma8 için yaygın olarak 0,5-2,0 kullanılır. Bu çalışmada Gauss filtresi uygulanmış, çekirdek boyut faktörü ve standart sapma için sırasıyla 5 x 5 x 5 ve 0.8 kullanılmıştır.
- Görüntünün yeniden hizalanması
NOT: Bu isteğe bağlı bir adımdır. Tarama işlemi sırasında görüntüleme sisteminin koordinat eksenlerine göre uzun kemik örneklerinin yanlış hizalanması meydana geldiğinde, yanlış hizalamayı düzeltmek için dijital bir hizalama yöntemi uygulanabilir (Şekil 2C).- Aşağıdaki gibi örneğin 3B işlenmiş bir görüntüsünü oluşturun. Proje görünümü penceresinde, filtrelenmiş, kırpılmış görüntüyü seçin (adım 3.3'te oluşturulan). Açılır menüden Ekran'ı ve ardından Volume Rendering'i seçmek için sağ tıklayın, ardından Oluştur'a tıklayın. 3B oluşturulmuş görüntüyü sagital ve frontal düzlemlerde görsel olarak kontrol edin.
- Uzunlamasına eksende iyi bir hizalama elde etmek için oluşturulan hacmi manuel olarak döndürün. Döndürülen görüntülere dönüşümü aşağıdaki gibi uygulayın: özellikler penceresinde Dönüştürme Düzenleyicisi'ne tıklayın, ardından dönüştürme düzenleyicisi-manipülatörüne gidin ve açılır menüden Transformatör'ü seçin. Artık örnek döndürülebilir ve yeniden hizalanabilir. Yeniden hizalama işlemi tamamlandıktan sonra, görüntüyü kilitlemek için Dönüştürme Düzenleyicisi'ne tekrar tıklayın.
- Yeni enine (eksenel) düzlem görüntü dilimleri oluşturmak için filtrelenmiş görüntüyü (adım 3.3'te oluşturulan) aşağıdaki gibi yeniden örnekleyin: Proje görünümü penceresinde, adım 3.4.2'deki görüntüyü seçin. Geometri Dönüşümü'nü seçmek için sağ tıklayın ve ardından açılır menüden Dönüştürülen Görüntüyü Yeniden Örnekle ve Oluştur'a tıklayın. Özellikler penceresinde Veri'ye gidin ve aşağıdakileri gerçekleştirin: enterpolasyon için açılır menüden Standart'ı seçin; mod için Genişletilmiş'i seçin; korumak için Voksel Boyutu'nu seçin; Dolgu değeri için, kullanılabilir boş kutuya sıfır girin. Ardından Uygula'yı tıklayın.
- İlgilenilen hacmin (VOI) tanımlanması
- Enine görüntü dilimlerinden geçin ve kırık nasırının merkez düzlemini belirleyin. Nasırın proksimal ve distal uçlarına göre VOI'yi tanımlayın. Kalır uçlarının tanımlanmasının zor olduğu durumlarda, VOI'yi kallus merkez düzleminden uzakta standartlaştırılmış bir mesafeye göre tanımlayın (Şekil 2D).
NOT: Kemiğin yeniden şekillenmesinden önceki iyileşme aşamalarında, mineralize kallusun kenarlarını tanımlamak kolaydır çünkü yeni oluşturulan dokuma kemiğin trabeküler yapısı orijinal kemiğin kortikal yapısından farklıdır. Bununla birlikte, yeniden şekillenme aşaması başladığında, yeni oluşan kemik kortikal yapıyı yavaş yavaş kazanır; Bu nedenle, nasırın kenarlarını tanımlamak giderek zorlaşır.

Şekil 2: Görüntü bölütleme . (A) Bir taramada altı örneği gösteren bir görüntü. (B) Tek tek örnekleri izole etmek için görüntü kırpma. (C) Yanlış hizalanmış uzunlamasına ekseni (sarı noktalı çizgi) düzeltmek için dijital hizalama. (D) VOI ve kallus merkez düzleminin tanımı. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
4. Görüntü analizi
- Nasır ve kortikal kemiğin segmentasyonu
- Otomatik izleme ve izleme kenarları seçenekleriyle segmentasyon kement aracını kullanarak nasırın dış sınırını yarı otomatik olarak konturlayın (Şekil 3A) aşağıdaki gibi:
- Dönüştürülen görüntülerin yeniden birleştirilmesinin ardından (adım 3.4.3), ekranın üst kısmındaki ikinci sekme satırındaki Segmentasyon sekmesine tıklayın. Segmentasyon düzenleyicisi penceresinde, görüntünün yanındaki açılır menüden dönüştürülmüş bir görüntü (adım 3.4.3'te oluşturulan) seçin.
- MALZEMELER penceresinde Ekle'ye çift tıklayın; Bunu yaptığınızda, Malzeme3 ve Malzeme4 adlı iki sekme görünecektir. Malzeme3'ü nasır ve malzeme4'ü kortikal kemik olarak yeniden adlandırmak için sağ tıklayın.
- SEÇİM penceresinde kement simgesine tıklayın; görüntülenen seçeneklerden 2D modu için Serbest El'i , 3D Modu için İçeri'yi ve seçenekler için hem Otomatik izleme hem de Kenarları izle'yi seçin. İlgilenilen bölgeleri işaretlemek için kementi kullanın.
- Bu şekillendirme adımını VOI boyunca örneklenen dilimlerle tekrarlayın (Şekil 3B). Konturlu dilimler aralıklı olarak yerleştirilebilir (örneğin, 20 dilimle ayrılarak).
NOT: Karmaşık kallus yapılarına sahip bölgelerde, kullanıcı daha fazla parça yakalamak için konturlu dilimler arasındaki boşluğu azaltmayı düşünebilir (Şekil 3A,B).
- Aşağıdaki gibi tam bir kallus etiketi (Şekil 3C,D) oluşturmak için konturlu kallus anahatları boyunca enterpolasyon yapın: MALZEMELER penceresinde, Callus dosyasını seçin (adım 4.1.1.2'de oluşturulan), ekranın üst kısmındaki Seçim sekmesine tıklayın ve açılır menüden Enterpolasyon Yap'ı seçin. SEÇİM penceresinde artı işaretine tıklayın.
- Adım 4.1.1.2'de oluşturulan Kortikal Kemik dosyasını açın. Medüller boşluk da dahil olmak üzere kortikal kemiği, 4.1.1 ve 4.1.2 adımlarında kallus için belirtildiği gibi segmentlere ayırın. (Şekil 4A,B). Adım 4.1.3'te kallus için belirtildiği gibi bir kortikal kemik etiketi oluşturmak için konturlu periosteal korteksi enterpolasyon yapın (Şekil 4C, D).
- Nasırın konturlu hacmini ve ortalama gri değerini aşağıdaki gibi hesaplayın: ekranın üst satırındaki Segmentasyon sekmesine tıklayın ve açılır menüden Malzeme İstatistikleri'ni seçin. Bu, hesaplanan tüm değerleri içeren bir tablo oluşturur. Kortikal kemik ve kallus değerleri (kortikal kemiğin çıkarılmasından sonra) ayrı ayrı sağlanır. Tablo oluşturulduktan sonra, verileri kaydetmek için Çalışma Alanına Aktar'a tıklayın.
- Gri tonlamalı birimlerin kemik mineral yoğunluğuna dönüştürülmesi
- 3 mm HA fantomunun (Şekil 4.5B) 2D görüntüsünü tüm görüntüden kırpın ve Segmentasyon'a tıklayın. HA fantomunun reçinesi beş küçük HA silindiri içerir (Şekil 1A). En yüksek yoğunluğa sahip HA silindiri için, görsel inceleme ile ilk ve son dilimleri tanımlayın.
- Fırça aracını (Şekil 5A) kullanarak ilk ve son dilimlerde (kenarlardan kaçınarak) aşağıdaki gibi iki daire çizin: MALZEMELER penceresinde, dört kez Ekle'yi tıklatın. Malzeme3, malzeme4, malzeme5 ve malzeme6'yı sırasıyla fantom1, fantom2, fantom3 ve fantom4 olarak yeniden adlandırmak için sağ tıklayın. Phantom1'i seçin, SELECTION penceresindeki fırça simgesini tıklatın ve kaydırıcıyı kullanarak fırça boyutunu (dairesel izleme) fantomun boyutuna göre ayarlayın (dairenin boyutu fantomunkinden daha küçük olmalıdır).
- Her HA silindiri için bir hacim oluşturmak üzere iki daire arasında enterpolasyon uygulayın (Şekil 5B) aşağıdaki gibi: MALZEMELER penceresinde Phantom1'i seçin, ekranın üst satırındaki Seçim sekmesine tıklayın ve açılır menüden Enterpolasyon Yap'ı seçin. SEÇİM penceresinde, Artı işaret.
- İkinci en yüksek HA yoğunluğundan başlayıp ikinci en düşük HA yoğunluğu ile biten kalan HA silindirlerinden üçü ile segmentasyon işlemini tekrarlayın (Şekil 5B). En düşük HA yoğunluğuna sahip silindir, bölümlere ayrılması genellikle zor olduğu için hariç tutulabilir.
- Analiz edilen dört HA silindirinin ortalama gri değerlerini hesaplamak için oluşturulan 3D etiketleri kullanın. Bir elektronik tablo (Malzeme Tablosuna bakın) veya benzerini kullanarak, fantom üreticisi tarafından sağlanan ortalama gri değerleri ve karşılık gelen kemik mineral yoğunluğu (BMD) değerlerini çizin. Doğrusal regresyon kullanarak BMD ile gri değerler arasında bir korelasyon denklemi oluşturun.
- Mineralize kallusun segmentasyonu ve KMY'nin hesaplanması
- Adım 4.2.5'te oluşturulan korelasyon denklemine ve mineralize ve mineralize olmayan kallusu ayırt eden seçilen eşiğe dayanarak, karşılık gelen gri değer eşiğini belirleyin. Buna göre, eşikten büyük gri değerlere sahip kallus alanını mineralize kallus olarak etiketleyin ve geri kalanını mineralize olmayan olarak etiketleyin (Şekil 6A,B). Bu çalışmada mineralize kallus için eşik olarak 250 mgHA/ccmkullanılmıştır 14,15.
- Toplam kallus ve mineralize kallus hacimlerini hesaplayın. Bu değerlere dayanarak, kemik hacmi fraksiyonunu hesaplayın (toplam kallus hacmine normalize edilmiş mineralize kallus hacmi = BV / TV). 4.2.5'te oluşturulan korelasyon denklemini kullanarak kallus KMY'sini hesaplamak için toplam kallus için ölçülen ortalama gri değeri kullanın.
NOT: Çalışmanın amacına ve analiz için kullanılan yazılıma bağlı olarak, SMI (yapı modeli indeksi), trabeküler kalınlık ve anizotropi derecesi gibi diğer parametreler hesaplanabilir.

Şekil 3: Nasır dış sınırının segmentasyonu. (A) Nasırın dış sınırının bir konturu (kırmızı çizgi). (B) VOI boyunca örneklenen dilimlerdeki konturlar (kırmızı dilimler). (C) Enterpolasyon (kırmızı hacim) ile oluşturulan bir 3D kallus etiketi. (D) C'de gösterilen kallus etiketinin bir kesiti (kortikal kemik dahil). Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 4: Kortikal kemiğin segmentasyonu. (A) Korteksin periosteal yüzeyinin bir konturu (yeşil çizgi). (B) VOI boyunca örneklenen dilimlerdeki konturlar (yeşil dilimler). (C) Kortikal kemiğin (medüller boşluğu içeren; yeşil) ve periosteal korteks ve nasırın enterpolasyonlu etiketlerinden oluşturulan kallusun (kırmızı) 3 boyutlu etiketi. (D) Nasır (kırmızı) ve kortikal kemiğin (intramedüller boşluğu içeren; yeşil) bir kesiti. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 5: Gri tonlamalı birimlerin KMY'ye dönüştürülmesi. (A) HA silindirinin ilk ve son dilimlerdeki konturları (kırmızı daireler). (B) 3D enterpolasyonlu HA silindirleri (solda) ve kesitler (sağda). Kahverengi: en yüksek HA yoğunluğu; mavi: ikinci en yüksek HA yoğunluğu; menekşe: üçüncü en yüksek HA yoğunluğu; yeşil: dördüncü en yüksek HA yoğunluğu. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 6: Mineralize kallusun segmentasyonu. (A) Mineralize kallus (≥250 mgHA / ccm) mavi renkte, nasırın geri kalanı (<250 mgHA / ccm) kırmızı renkte ve orijinal kemiğe karşılık gelen boşluk yeşil renkte gösterilmiştir. (B) İzole edilmiş her etiketin 3D görünümü. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.