Organizmalar büyük ölçüde opak görünür, çünkü dış doku katmanları gelen ışığa güçlü bir şekilde saçılır; Kan gibi kuvvetle emici pigmentler tipik olarak dar absorbanslara sahiptir, öyle ki absorbans zirvelerinin dışındaki ışığın ortalama serbest yolu oldukça uzun olabilir. İnsanlar dokuların içini göremedikleri için, genellikle beyin, yağ ve kemik gibi dokuların çok az ışık içerdiğini veya hiç ışık içermediğini hayal ederler. Bununla birlikte, ışığa duyarlı opsin proteinleri bu dokuların çoğunda eksprese edilir ve işlevleri tam olarak anlaşılamamıştır. Fotosentezi anlamak için dokuya iç ışıma da önemlidir. Örneğin, dev istiridyeler güçlü bir şekilde emer, ancak dokunun derinliklerinde yoğun bir alg popülasyonunu korur. Tortular ve biyofilmler gibi sistemler aracılığıyla ışık yayılımı karmaşık olabilir ve bu topluluklar ekosistem verimliliğine büyük katkıda bulunabilir. Bu nedenle, canlı doku içindeki bu fenomenleri daha iyi anlamak için skaler ışımayı (bir noktayla kesişen foton akısı) ve aşağı inen ışımayı (bir düzlemi dik olarak geçen foton akısı) ölçmek için optik mikro-problar oluşturmak için bir yöntem geliştirilmiştir. Bu teknik saha laboratuvarlarında da uygulanabilir. Bu mikro problar, daha sonra çekilmiş cam pipetlere sabitlenen ısı ile çekilen optik fiberlerden yapılmıştır. Probun açısal kabulünü değiştirmek için, titanyum dioksit ile karıştırılmış 10-100 μm boyutunda bir UV kürlenebilir epoksi küresi daha sonra çekilmiş, kesilmiş bir elyafın sonuna sabitlenir. Prob canlı dokuya yerleştirilir ve konumu bir mikromanipülatör kullanılarak kontrol edilir. Bu problar, in situ doku parlaklığını 10-100 μm'lik uzamsal çözünürlüklerde veya tek hücre ölçeğinde ölçebilir. Bu problar, canlı bir farenin derisinin 4 mm altındaki yağ ve beyin hücrelerine ulaşan ışığı karakterize etmek ve canlı alg bakımından zengin dev istiridye dokusu içinde benzer derinliklere ulaşan ışığı karakterize etmek için kullanıldı.