Method Article

Karo/SED/Array arayüzü kullanılarak çoğullanmış iyon ışını görüntüleme mikroskobu üzerinde doku mikrodizisi ve döşenmiş alan görüntülemesinin hızlı kurulumu

DOI:

10.3791/65615

⸱

September 15th, 2023

 ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Pathology, Stanford University, 2Immunology Graduate Program, Stanford University

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Çoğullanmış iyon demeti görüntüleme (MIBI) genellikle doku mikrodizilerini ve döşenmiş, bitişik doku alanlarını görüntülemek için kullanılır, ancak bu deneyleri kurmak için mevcut yazılım hantaldır. Döşeme/SED/dizi arayüzü, MIBI çalıştırma kurulumunu önemli ölçüde basitleştirmek ve hızlandırmak için geliştirilmiş sezgisel, etkileşimli bir grafik aracıdır.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Çoğullanmış iyon demeti görüntüleme (MIBI), histolojik dokularda protein ekspresyonunun 40+ plex görüntüsünü üreten, hücresel fenotiplerin ve histomimari organizasyonun ayrıntılı diseksiyonunu sağlayan yeni nesil kütle spektrometresi tabanlı bir mikroskopi tekniğidir. Kullanıcılar görüntüleme için doku üzerindeki fiziksel konumları seçtiğinde işlemdeki önemli bir darboğaz oluşur. MIBI deneylerinin ölçeği ve karmaşıklığı arttıkça, üretici tarafından sağlanan arayüz ve üçüncü taraf araçlar, büyük doku mikrodizilerini ve döşenmiş doku alanlarını görüntülemek için giderek daha hantal hale geldi. Bu nedenle, web tabanlı, etkileşimli, ne görürsen onu alırsın (WYSIWYG) bir grafik arayüz katmanı - döşeme / SED / dizi Arayüzü (TSAI) - kullanıcıların sürükle ve bırak, tıklama ve sürükleme ve çokgen çizimi gibi tanıdık ve sezgisel fare hareketlerini kullanarak görüntüleme konumlarını ayarlamaları için geliştirilmiştir. Halihazırda modern web tarayıcılarında yerleşik olarak bulunan web standartlarına göre yazılmıştır, harici programların, uzantıların veya derleyicilerin yüklenmesini gerektirmez. Yüzlerce mevcut MIBI kullanıcısının ilgisini çeken bu arayüz, büyük, karmaşık MIBI çalıştırmalarının kurulumunu önemli ölçüde basitleştirir ve hızlandırır.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Çoğullanmış iyon ışını görüntüleme (MIBI), histolojik doku kesitlerinde 40+ proteini aynı anda 250 nm çözünürlüğe kadargörüntülemek için kullanılan bir tekniktir 1,2,3. Histolojik bir doku kesiti, izotopik olarak saf elementel metallerle etiketlenmiş antikorlar kullanılarak boyandıktan sonra, MIBI cihazı, doku üzerindeki tek tek noktalarda tüm izotopları - ve dolayısıyla tüm 40+ antijenlerin ekspresyonunu - aynı anda ölçmek için ikincil iyon kütle spektrometresi gerçekleştirir. Milyonlarca noktadan oluşan ızgaralar boyunca gerçekleştirilen, e....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. TSAI'nin Yüklenmesi

  1. MIBI kullanıcı denetim bilgisayarının web tarayıcısında https://tsai.stanford.edu/research/mibi_tsai açarak TSAI'yi çalıştırın.
    1. TSAI'nin bu örneği, tüm enstrümanlar için geçerli olmayan özel ön ayarlar içerir. Bunu kullanırken, aşağıda adım 2.6'da oluşturulduğu gibi yalnızca şablon FOV(lar)ından döşemeler oluşturun. TSAI, web tarayıcısında yerel olarak çalışır ve sunucuya hiçbir görüntü, .json veya dosya adı verisi gönderilmez veya sunucuda saklanmaz.
  2. Alternatif olarak, TSAI'yi herhangi bir enstrüman için özel ön ayarlarla herhangi bir web sitesinde kurun.<....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

TSAI, FOV'ları ayarlamak için iki yöntem sağlar (Şekil 2). Biri, mevcut diğer yöntemlere benzer şekilde yalnızca optik görüntüyü (Şekil 2, TSAI, sol dal) kullanır. İkinci yöntem - döşenmiş bir SED görüntüsü oluşturmak - TSAI'ye özgüdür (Şekil 2, TSAI, sağ dal). TSAI, FOV'ları bu görüntüye doğru bir şekilde çizerek, üretici arayüzü SED modunda FOV'ları yerine oturtmak için saatler harcama ihtiyacını ortadan kaldırır. Bununla birlikte.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Çoğullanmış iyon ışını görüntüleme (MIBI), ayrıntılı hücresel fenotipleri ve doku histomimarisiniincelemek için güçlü bir tekniktir 5,6,7,8,9,10,11. MIBI ile ilgili hesaplama çabaları, büyük ölçüde görüntülemeden sonra verilerin işlenmesine odaklanmıştır, a.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarlar herhangi bir çıkar çatışması beyan etmemektedir.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

H. Piyadasa, Kanada Sağlık Araştırmaları Enstitüleri (CIHR) Bursu (MFE-176490) tarafından desteklenmiştir. B. Oberlton, Ulusal Bilim Vakfı (NSF) Bursu (2020298220) tarafından desteklenmiştir. A. Tsai, Damon Runyon Kanser Araştırma Vakfı (DRCRF) Bursu (DRG-118-16), Stanford Patoloji Bölümü, Annelies Gramberg Fonu ve NIH 1U54HL165445-01 tarafından desteklenmiştir. Programın test edilmesine ve hata ayıklamasına yardımcı oldukları için Dr. Avery Lam, Dr. Davide Franchina ve Mako Goldston'a ek teşekkürler sunulur.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
MIBI bilgisayarIonpath
MIBIcontrol (yazılım)Ionpath
MIBIscopeIonpathÇoklanmış İyon Işını Görüntüleme (MIBI) mikroskobu
MIBIslideIonpath567001
Karo/SED/Dizi Arayüzü (TSAI) (yazılım)https://github.com/ag-tsai/mibi_tsai/
MIBI için İletken slayt

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Liu, C. C., et al. Multiplexed Ion Beam Imaging: Insights into Pathobiology. Annu Rev Pathol. 17, 403-423 (2022).
  2. Keren, L., et al. MIBI-TOF: A multiplexed imaging platform relates cellular phenotypes and tissue structure. Sci Adv.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Multiplexed Ion Beam ImagingTissue MicroarrayTiled Area ImagingSED Array InterfaceProtein Expression ImagingHistologic Tissue AnalysisWeb User InterfaceOptical CoregistrationField Of ViewTMA Spot Positioning

Related Articles