Bu yöntemde, beyne TUS uygulaması sonucu ortaya çıkabilecek olası termal ve mekanik etkileri tahmin etmek ve değerlendirmek için deneğe özgü simülasyonlar yapılır. Yanlış bir tarama veya veri dosyası kullanmak yanlış simülasyonlara yol açacağından, katılımcılar arasındaki veri kümeleri ayrı kalmalı ve dikkatli bir şekilde belgelenmelidir. Çok sayıda katılımcı taraması toplandığında ve planlama birlikte gerçekleştirildiğinde, görüntülerin ve klasörlerin uygun şekilde etiketlenmesini sağlamak ve dosyaları sıralarken ve kaydederken dikkatli olmak önemlidir.
Simülasyonları doğru bir şekilde gerçekleştirmek için, akustik ve geometrik özellikler hakkında konuya özgü bir anlayış kazanmak için kafatasının doğru bir şekilde modellenmesi gerekir. Bu nedenle BabelBrain, bir CT veya ZTE taramasının tamamlanmasını gerektirir; Her ikisi de mevcut değilse, BabelBrain, tılsım aracıyla elde edilen kafatası kemiğinin basitleştirilmiş bir maskesini kullanabilir. BT taramaları, ultrasonun kafatasına temas ettiğinde beyinde nasıl yayılacağını tahmin etmek için kafatası özellikleri hakkında en doğru bilgileri sağlar. Bu, kafatası kemiğinin vokselleştirilmiş bilgileri kullanılarak elde edilir, ancak heterojen doğası nedeniyle kemik hacminin tahmin edilmesi hala zordur51. Bununla birlikte, daha yakın zamanlarda, kafatasının akustik özelliklerini belirlemek ve TUS simülasyonlarını gerçekleştirmek için ZTE taraması gibi ultra kısa TE MRI dizileri kullanılmıştır. Kemik piksel çözünürlüğü ve kontrastı, bir ZTE görüntüsünde BT'deki kadar yüksek değildir; bununla birlikte, sadece T1-w ve T2-w MRG'den türetilen basitleştirilmiş maskelerle karşılaştırıldığında, ZTE görüntüleri, CT taramaları53 ile yapılanlara benzer tahminlere sahip TUS simülasyonları52 ile hala gelişmiş bir ısınma tahmini sağlar. Simülasyonlarda ZTE taramalarının kullanılması, ZTE dizileri orijinal MRI tarama oturumuna eklenebildiğinden, gereksiz radyasyona maruz kalmayı ve X-ışını BT görüntülerini elde etmek için gereken ek süreyi ortadan kaldırır. Bununla birlikte, ZTE protokolleri çoğu MRI tarayıcısında standart bir ürün değildir ve TUS modellemesinde kullanılmak üzere ZTE tabanlı son işlemeyi geliştirmek için ek araştırmalar gereklidir. Ne CT ne de ZTE görüntüleri mevcut değilse, BabelBrain ile kullanılan tılsım aracı, kafatası özelliklerini tahmin etmek için T1 ve T2-w görüntülerinden basitleştirilmiş bir maske oluşturur. CT ile basitleştirilmiş bir maske ile gerçekleştirilen simülasyonların karşılaştırılması, hedefe ulaşmak için direksiyon (1,00 mm ± 1,3 mm) ve mekanik yeniden konumlandırmada (x yönü 0,2 mm ± 0,4 mm; y yönü 0,1 mm ± 0,5 mm) minimum farklılıklar görmüş, ancak biraz farklı yoğunluk dağılımı (odak uzunluğu %6 ± %8; odak genişliği %2,7 ± %2; odak hacmi %10,4 ± %16; CT'ye göre basitleştirilmiş maske için tepe basıncı -%0,5 ± %15 olarak tepe basıncı)36. Bu, BT'nin daha doğru simülasyonlar sağladığını ortaya koymaktadır; bununla birlikte, bir CT veya ZTE taraması kullanılamıyorsa, basitleştirilmiş maske, insanlarda TUS deneyleri için simülasyonları tamamlamak için yeterlidir.
CT ve MR görüntülerinden ses hızının ve zayıflamanın tahmini hala daha iyi bir anlayış ve kolaylaştırılmış iş akışı gerektirdiğinden, akustik özelliklerin haritalama yöntemleri gerekli bir araştırma alanı olmaya devam etmektedir. Bu nedenle, simülasyonda tahmin edilenden termal veya mekanik etkilerde potansiyel sapma uyarısı devam etmektedir. BabelBrain'de akustik efektlerin modellenmesi, hem doğrusal sıkıştırma hem de kesme dalgası iletiminin modellenmesine izin veren açık kaynaklı bir BabelViscoFDTD54,55 kitaplığı kullanılarak elde edilir. Bu model, odak basıncında %10'dan az ve odak konumlandırmasında 1 mm'den az farklılık gösteren konum, boyut ve odak büyüklüğü için diğer birçok modele karşı doğrulanmıştır56. Bu nedenle akustik simülasyonlar, diğer simülasyon modelleriyle uyumludur. Termal tahminler daha zordur ve kafatasında MR termometrisi yapılamadığı ve sıcaklık değişikliklerinin çok küçük olması beklendiği için deneysel olarak doğrulanmamıştır, bu da bir belirsizlik kaynağı yaratır. BabelBrain'de kullanılan termal modelleme, termal difüzyon, perfüzyonun etkileri ve akustik güç36,51 modelleme yoluyla kafatasının ısınmasını simüle etmek için Biyoısı Transfer Denklemini (BHTE) çözerek kağıtlar arasında tutarlıdır. Zayıflama ve absorpsiyon modellerinden elde edilen termal yükseliş tahminleri, kafatası ısıtmasını simüle etmek için bugüne kadar en iyi alternatif olarak hizmet eden diğer yayınlanmış literatüre57 dayanan TUS ile kafatasındaki etkileri tahmin etmek için kullanılır. Açıklanan yöntemlerde görüldüğü gibi, kullanıcı ultrason süresini, ultrason sonrası izin süresini, görev döngüsünü ve beyin koşullarında istenen uzamsal-tepe nabız-ortalama yoğunluğunu belirtir ve bunların güvenlik parametreleri parametre seçiminin bir fonksiyonu olarak hesaplanır. Bu nedenle kullanıcı, güvenlik gereksinimleri dahilinde olduklarından emin olmak için kullanılacak tüm parametreleri incelemelidir. Dönüştürücüyü ilgilenilen bölge üzerinde konumlandırmak için kullanılan çeşitli nöronavigasyon sistemlerinin de yaklaşık 3 mm'lik bir hedef kayıt hatasına sahip olduğu görülmüştür38,58,59. Bununla birlikte, kullanılan frekansa ve hedefin boyutuna bağlı olarak, odak noktası, 3 mm hatayla bile hedefi kapsayacak kadar büyük olabilir. Bu bir sınırlama olsa da, stereotaktik lokalizasyon yöntemlerinin invazivliği nedeniyle alternatif navigasyon sistemlerine göre hala daha büyük bir fayda sunmaktadır.
BabelBrain, verimli, kullanımı kolay ve bugüne kadarki tek açık kaynaklı erişilebilir planlama aracı olduğu için insanlarda TUS deneylerini tamamlamak için gereken planlama adımlarını kolaylaştırır. Bu, kullanılan komut dosyalarına açık bir şekilde erişilebilir olduğundan, yayınlanmış literatürdeki deneysel yöntemlerde şeffaflık sağlar. Açıklanan yöntem, veri hazırlama ve görüntü işleme adımlarını tamamlayarak simülasyonları çalıştırmak için özelleştirilmiş komut dosyalarına veya herhangi bir harici işbirliğine olan ihtiyacı ortadan kaldırır. Bu nedenle, deneyciler için büyük bir engeli ortadan kaldırarak, planlama ve simülasyonları doğrudan tamamlamalarına ve daha fazla laboratuvarın başarılı TUS deneylerini tamamlamalarına olanak tanır. Deneylerin ileriye dönük planlanmasına ek olarak, bu yöntemin aynı zamanda kan-beyin bariyerinin59 açılması gibi kavitasyon aracılı FUS tedavisinin36 planlanmasında potansiyel uygulamaları da vardır. Genel olarak, bu yöntem, insanlarda TUS deneylerinin planlanması ve uygulanması ve klinik ortamlarda kullanılmak üzere TUS'un geliştirilmesi için etkili, kolaylaştırılmış bir yaklaşım sağlar.