iPSC'den Türetilmiş 3D İnsan Hepatik Organoidlerinin Üretilmesi için Bütünleştirici Protokol

Özet

İnsan iPSC'den türetilen 3D hepatik organoidler, tiroid hormonunun karaciğer gelişimi üzerindeki etkisini anlamak için potansiyel bir araç oluşturur.

Özet

Kültürde stabil hepatik hücrelerin elde edilmesi, karaciğer çalışmaları için önemli bir zorluk teşkil etmektedir. Bunu akılda tutarak, insan hepatik organoidlerinin (HHO'lar) 3D kültürlerini oluşturmak için insan kaynaklı pluripotent kök hücreleri (hiPSC'ler) kullanan optimize edilmiş bir yöntem tasvir edilmiştir. HHO'ların kullanımı, karaciğer gelişimini anlamak, karaciğer hastalıklarını çözmek, ilaç geliştirme için yüksek verimli çalışmalar yürütmek ve karaciğer nakli potansiyelini keşfetmek için değerli bir yaklaşım sunar. Önceki araştırmada, immünofloresan ve kantitatif RT-PCR teknikleri aracılığıyla, hepatoblastlar ve iki tip hepatoblast türevi hücre gibi çeşitli hücre popülasyonlarının varlığını belirleyerek ilerleme izlendi: kolanjiyositler veya hepatosit benzeri hücreler, farklı gelişim aşamalarında. Bu rapor, insan embriyo gelişiminin aşamalarını yansıtan HHO'ları elde etmek için hiPSC'den başlayarak basit bir 3D protokol sunar. 46-50 günü kapsayan protokol birkaç adımı kapsar: (i) HHO'ları oluşturmak için hiPSC kültürünün titiz yönetimi, (ii) 2D'de hücre farklılaşmasının başlatılması ve ardından 3D'ye geçiş ve (iii) HHO'ları tek hücreli RNA dizilimi için tek hücrelere ayırmak için optimize edilmiş bir ayrışma stratejisi. Bu yaklaşımın geniş uygulamalarının bir örneği olarak, mevcut protokol daha önce gelişmekte olan karaciğer hücrelerinde tiroid hormonu sinyalizasyonunun rolünü çözmek için uygulanmıştı.

Giriş

Karaciğer, glikoz ve keton cisimleri gibi kolayca kullanılabilen enerji substratlarının mevcudiyetini düzenlemenin yanı sıra ksenobiyotik bileşikleri detoksifiye etmek gibi çeşitli metabolik işlevleri yerine getirir. Son yıllarda, büyük ölçüde alkolsüz steatohepatite (NASH) atfedilen ve tedavi edilmezse siroz veya kansere ilerleyebilen karaciğer hastalıklarının prevalansında önemli bir artış olmuştur¹. Bu nedenle, etkili tedavilerin geliştirilmesini kolaylaştırmak için karaciğerin ve buna bağlı hastalıkların metabolik fonksiyonlarını anlamak zorunludur ^2,3.

Üç boyutlu (3D) kültürlerin ortaya çıkışı, organ gelişiminin işlevselliğini ve karmaşıklığını ele almak için çığır açan ve yenilikçi bir yaklaşımı temsil eden organoid modelin oluşturulmasına yol açmıştır⁴. Organoidler, ilgili organın⁵ işlevlerini ve sitomimarisini taklit eden farklılaşmış hücrelerin 3 boyutlu kendi kendini organize eden agregaları olarak tanımlanır.

Geçtiğimiz on yıllar boyunca, çeşitli insan iPSC'den türetilmiş hücrelerin⁶ veya yalnızca hepatosit benzeri hücrelerin⁷ kullanımından, büyüme faktörlerinin veya inhibitörlerin çeşitli karmaşık mikro ortamlarının dahil edilmesine ve tek tabaka⁷ veya 3D^8'de progenitör hücrelerin farklılaşmasına kadar uzanan sayısız insan hepatik organoid (HHO) protokolü yaygın bir ilgi kazanmıştır. Bu yaklaşımlar, yüksek verimli ilaç taramasından⁹ karaciğer hastalıklarının altında yatan mekanizmalar hakkında daha fazla bilgi edinmeye¹⁰ kadar çok sayıda potansiyel hedefe katkıda bulunmaktadır.

Burada, metodolojik olarak uyarlanmış varyasyonlarla birlikte, belirtilen¹¹ kimyasal ipuçlarına dayalı adım adım bir HHO farklılaşması protokolü gerçekleştirilir. Bu protokol, insan kaynaklı pluripotent kök hücrelerin (hiPSC) uygun şekilde ele alınması ve yetiştirilmesi, hücre dışı matris jel manipülasyonu, hücre pasajı ve HHO'lara farklılaşma tekniklerinin detaylandırılması ile başlar. Süreç, hiPSC'lerin kesin endoderm (DE)^12'ye farklılaşmasını uyararak ve ardından posterior foregut (PFG) tek katmanlı hücrelerin gelişimini teşvik etmek için FGF ve BMP'nin in vivo etkilerini taklit ederek^{başlar 13}. 3D mimari, PFG hücrelerinin, kolanjiyositlerin ve hepatositlerin^2'nin fetal öncü hücresi olan hepatoblastlar haline gelecek olgunlaşmamış bir hepatik faza farklılaştığı 10. günde elde edilir. Son olarak, 3D yapılar RNA dizileme çalışmaları için tek hücrelere ayrıştırılır. Bu protokolün uygulanabilirliğine bir örnek olarak, bu HHO modelinin, hepatositlerin ve kolanjiyositlerin gelişimi üzerine tiroid hormonu etkisi ve tip 2 deiyodinaz (D2) çalışmasına nasıl uygun olduğu gösterilmiştir¹⁴.

Protokol

1. hiPSC yönetimi

NOT: hiPSC'ler (CS03iCTR-n3 hücre hattı) ticari olarak satın alınmıştır. Hücre dışı matriks jel kaplamanın ve hiPSC ortamının uygun yönetimi, hiPSC'lerin plakalara takılması ve beslenmesi için anahtardır. Burada, 6 oyuklu bir plaka için gereken hacimler açıklanmıştır. Organoidlere farklılaşmayacak olan 6 oyuklu plakadan kalan hiPSC'ler, uzun süreli depolama için sıvı nitrojen içinde saklanabilir.

1. Hücre dışı matris jel ve hiPSC ortamının dağıtılması
   1. Hücre dışı matris jel şişesini, gece boyunca 4 °C'de buzlu bir kaba koyarak uygun şekilde çözün.
      NOT: Alıntılamadan önce, seyreltme faktörünün hacmini doğrulamak için analiz sertifikasını kontrol edin. Bu, hücre dışı matris jelinin protein konsantrasyonunu temsil eder; Bu nedenle, bir partiden diğerine değişir.
   2. Hücre dışı matris jeli, önceden soğutulmuş ve etiketlenmiş tüpler kullanarak seyreltme faktörüne (4x, 2x ve 1x) göre uygun alikotlara dağıtın. Dört adet 6 oyuklu plakayı kaplamak için 25 mL soğuk DMEM / F12'ye 4x hücre dışı matris jeli seyreltme faktörü ekleyin. Kapakları derhal laboratuvar sızdırmazlık filmi ile kapatın ve -80 °C'de dondurun. Havaya uzun süre maruz kalmaktan ve alikotlarda kabarcık oluşturmaktan kaçının.
   3. 100 mL hiPSC takviye ortamını gece boyunca 4 ° C'de çözdürün. 400 mL hiPSC bazal ortama ekleyin. 50 mL'lik serolojik pipet ile homojenize edildikten sonra, hiPSC ortamını 40 mL'lik tüplere ayırın ve kullanılana kadar -20 °C'de dondurun.
2. hiPSC kültürü için plaka kaplaması
   1. 6 oyuklu plakaları numaralandırın ve etiketleyin. Kuru buza batırılmış bir hücre dışı matris jel alikotunu yakınınızda bulundurun.
   2. Bir 6 oyuklu plakayı kaplamak için, bir hücre dışı matris jel alikotunu (1x) 6.25 mL soğuk DMEM / F12'ye (2x'i 12.5 mL'ye ve 4x'i 25 mL DMEM/F12'ye) seyreltin.
   3. Hücre dışı matris jel tüpüne küçük bir hacimde DMEM / F12 (~ 500 μL) pipetleyin. Hücre dışı matris jelini soğuk DMEM / F12 ile çözdürmek ve homojenize etmek için yukarı ve aşağı döndürün, kabarcık oluşumunu önleyin ve tamamen karıştırmak için serolojik bir pipet kullanarak soğuk DMEM / F12 içeren tüpün geri kalanına geri koyun.
   4. 6 oyuklu plakayı kaplamak için (tüm plaka için 6 mL) bir kuyucuğa DMEM / F12'ye 1 mL hücre dışı matris jeli gömün. Plakayı tamamen kaplanana kadar sallamadan hareket ettirerek 1 mL'yi yüzeye eşit olarak dağıtın.
   5. Kullanmadan önce 1 saat oda sıcaklığında (RT) bekletin. 6 oyuklu plaka tamamen kullanılmıyorsa, laboratuvar sızdırmazlık filmi ile kapatın ve buzdolabında 4 °C'de saklayın.
      NOT: Kaplamalı bir plaka buzdolabında 4 °C'de 1 hafta saklanabilir.
3. HiPSC'nin çözülmesi ve kültürü
   1. Kullanmadan 1 saat önce (oyuk başına 2 mL) 6 oyuklu kaplanmış plaka ile birlikte RT'de orta ve sıcak hiPSC orta ve sıcak hacmini önceden hesaplayın.
      NOT: Soğuk veya donmuş alikotlar durumunda, kullanmadan 15 dakika önce 37 °C'lik bir inkübatöre veya su banyosuna daldırın.
   2. Bir kriyoviyalden sıvı N_2'deki 1 mL hiPSC'yi 6 oyuklu bir plakanın (1: 3 oranı) 3 kuyusuna bölün. 6 oyuklu bir plakanın tamamı için 2 kriyovial kullanın. Burada protokol, hiPSC'lerin bir kriyoviyalden çözülmesini ve kültürünü açıklar. İşlemi 2 kriyovial için tekrarlayın.
   3. Yaklaşık 1 mL donmuş hiPSC içeren kriyoviali, kapaktan tutarak ve yüzeysel sudan kaydırarak, şişenin alt kısmı buz çözülene kadar 37 °C'de bir su banyosuna daldırarak yerleştirin.
   4. Çözüldükten sonra, kriyoviyal etanol ile püskürtün ve 1 mL hiPSC'leri pipetleyin. Boş, konik 15 mL'lik bir tüpte yavaşça dağıtın. Tüpü hafifçe sallarken 5 mL ılık hiPSC medium'u damla damla ekleyin.
   5. Tüpü RT'de 5 dakika boyunca 300 x g'da santrifüjleyin. Peleti bozmadan vakuma bağlı bir cam pipet ile aspire ederek süpernatanı hassas bir şekilde ortadan kaldırın ve bir miktar artık ortam bırakın. Peleti 6 mL ortamda dikkatlice yeniden süspanse edin ve ardından 6 oyuklu plakanın 3 oyuğunda kuyucuk başına 2 mL ekleyin.
      NOT: Doğru büyüme için küçük hiPSC agregaları bırakın.
   6. 6 oyuklu plakayı bükün ve hücre dışı matris jelini, uca kuyunun dibine dokunmadan önceden kaplanmış plakadan aspire edin.
   7. Kuyucuk başına hiPSC'ler ile ortamın 2 mL'sini aktarın. HiPSC agregalarını plaka üzerinde eşit olarak dağıtmak için plakayı hafifçe ileri, geri ve yan yana sallayın.
   8. 6 oyuklu plakayı 37 °C, %5_CO2 ve %95 nemde bir inkübatöre yerleştirin. Ortamı günlük olarak değiştirin (kuyu başına 2 mL), ilerleyici büyümeyi kontrol edin.
   9. % 80 büyüme izdihamı elde edildiğinde geçiş hiPSC'leri (4-5 gün sonra; bkz. Şekil 1A). Sağlıklı ve proliferatif hiPSC'lerin özellikleri, büyüyen hücre agregasyonlarının merkezinde belirgin sınırlar ve büyük çekirdeklerin sıkı bir şekilde paketlenmesini içerir.
4. hiPSC'nin geçirilmesi
   1. HiPSC'ler, oyuk başına yaklaşık 1,2 x 10⁶ hücreyi gösteren %80 birleşmeye ulaştığında, yeni bir 6 oyuklu plakaya geçiş yapın. 1:3 oranında bölün (1 kuyudan 3'e) veya oranı (1:4; 1:6) deneyin gereksinimlerine göre ayarlayın.
   2. Geçişten önce, adım 1.2'de açıklandığı gibi uygun sayıda 6 oyuklu plaka için gerekli hücre dışı matris jel gömmesini hazırlayın.
   3. Süpernatanı her kuyucuktan çıkarın ve oyuk başına 2 mL PBS ekleyin. PBS'yi aspire edin, ardından 1 dakika boyunca kuyucuk başına 1 mL hiPSC ayırma ortamı ekleyin. Ardından 1 mL hiPSC ayırma ortamını çıkarın.
   4. 6 oyuklu plakayı 7 dakika boyunca 37 °C'de bir inkübatöre yerleştirin. Kuyucuk başına 1 mL hiPSC ortamı ekleyin. Hücrelerle birlikte 1 mL hiPSC ortamını 15 mL'lik tüpe pipetleyerek ayırın ve toplayın.
   5. Tüpü RT'de 5 dakika boyunca 300 x g'da santrifüjleyin. Hücreleri 6 oyuklu bir plakaya yerleştirmek için 1.3.5-1.3.7 adımlarını tekrarlayın. 6 oyuklu plakayı 37 °C, %5_CO2 ve %95 nemde bir inkübatöre yerleştirin. Adım 1.5'e gidin. gerekirse hiPSC'yi dondurmak için.
5. Dondurucu hiPSC (Opsiyonel)
   NOT: HO'lara terfi etmek için gereken hiPSC'lerin sayısı, uzun süreli depolanabilecek artık kuyulara neden olabilir. Kriyoviyal depolama için geçişin genişletilmesi gerekiyorsa, hiPSC'ler uzun süreler boyunca muhafaza edilebilir.
   1. Gerekli miktarda kriyoprezervasyon ortamını (hücre oyuğu başına 1 mL) 4 °C'de buza çözün. Kriyotüpleri geçiş sayısı, tarih ve hücre hattı ile etiketleyin. Adım 1.4'teki gibi hiPSC ayırma ortamı ile hücreleri ayırın. 15 mL'lik konik bir tüp içinde.
   2. RT'de 5 dakika boyunca 300 x g'da santrifüjleyin. Süpernatanı tamamen aspire edin, hücre peletini dikkatlice rahatsız etmeyin. HiPSC agregaları bırakarak peleti 1 mL soğuk kriyoprezervasyon ortamında (kuyu başına) ihtiyatlı bir şekilde yeniden süspanse edin.
      NOT: Kuyular düşük yoğunlukta, %50'den az birleşikse, her 2 kuyucuk için 1 mL kriyoprezervasyon ortamı kullanılabilir.
   3. hiPSC'lerle 1 mL kriyoprezervasyon ortamını kriyotüpe aktarın. Hücre içeriğini homojenize etmek için kriyotüpü hafifçe çalkalayın.
      NOT: Kriyoprezervasyon için daha fazla tüp hazırlıyorsanız, önceden hazırlanmış tüpleri buzda bırakın.
   4. Tüpleri gece boyunca -80 °C'de kontrollü oranlı dondurma kabına yerleştirin. Tüpleri 24 saat sonra sıvı nitrojen tankına aktarın.

2. HiPSC'den hepatik organoidlere adım adım farklılaşma

NOT: Reaktiflerin sulandırılması, üreticinin yönergelerine göre gerçekleştirildi ve takip edildi.

1. hiPSC'den DE'ye 2D farklılaşması (gün 0-gün 4 (D-0'dan D-4'e); Şekil 1B)
   1. 3 geçişten sonra, hücreler sağlıklıysa ve iyi ve hızlı büyüyorsa, hiPSC'nin farklılaşmasına devam edin. Adım 1.2'de açıklandığı gibi 6 oyuklu bir plakayı kaplayın. hiPSC'yi DE'ye ayırt etmek için, üreticinin talimatlarını izleyerek DE kitini kullanın.
   2. Farklılaşmaya başlamadan önce, DE talimatlarında belirtilen kuyucuktaki hücre konsantrasyonunu elde etmek için 24 saat boyunca 2:1'lik bir geçiş oranında (farklılaşmayı başlatmak için 6 kuyudan 3 elde etmek için) kültür hiPSC'leri.
   3. Aşağıdaki değişikliklerle üreticinin protokolüne göre farklılaşma gerçekleştirin.
      1. hiPSC'ye eklenen Y-27632 konsantrasyonunu 10 μM'den 50 μM'ye yükseltin (Farklılaşmaya başlamadan bir gün önce).
      2. Ayrışma reaktifinin oyuğu başına 1.5 mL'yi ve ayrıca DMEM / F12 hacmini, ayrışma reaktifi ile aynı miktarda arttırın. Her oyuğa 1 mL DMEM / F12 (1.5 üzerinden) ekleyin ve 15 veya 50 mL'lik bir tüpte fazladan 0.5 mL birikin.
2. DE hücrelerinin PFG hücrelerine farklılaşması (D-4 ila D-10; Şekil 1C)
   1. PFG'ye indüksiyondan günler önce DE hücrelerinin farklılaşması için PFG besiyeri (bazal ortam olarak Gelişmiş DMEM/F12, 1x Glutamax takviyesi, 1x B27 takviyesi, 20 ng/mL BMP4, 10 ng/mL FGF2) hazırlayın ve 4 °C'de saklayın.
      NOT: B27, bileşiminin bir parçası olarak T3 içerir. Tiroid hormonu (TH) çalışmaları söz konusu olduğunda, bundan sonra B27, TH içermeyen ev yapımı B26¹⁵ ile değiştirilmelidir.
   2. PFG ortamını (kuyu başına 2 mL) ve gelişmiş DMEM / F12'yi 37 ° C'de 15 dakika veya RT'yi 1 saat ısıtın. Plakanın üzerine eğilin ve hücreleri çizmeden bir vakuma bağlı bir cam pipetle (veya manuel olarak bir P1000 pipeti ile) DE ortamını kuyulardan aspire edin.
   3. Kuyucuk başına 2 mL ılık gelişmiş DMEM / F12 ekleyin ve ardından aspire edin. 6 oyuklu plakaya oyuk başına 2 mL ılık PFG ortamı ekleyin. Önümüzdeki 6 gün boyunca ortamı günlük olarak değiştirin.
3. 2D PFG hücrelerinden 3D Olgunlaşmamış Hepatik Organoidlere (IHO'lar; D-10 ila D-18)
   NOT: 96 oyuklu ULA plakasının her bir oyuğuna eklenen 30 μL'de yaklaşık 30.000-35.000 hücre gereklidir. Geçiş oranı, farklılaşmış PFG hücrelerinin tek tabakasına sahip 2 kuyudan (6 oyuklu plaka) 2: 1'dir; tam 96 oyuklu ultra düşük bağlantı (ULA) plakası sağlayacaktır (Şekil 1D).
   1. 3D organoidleri başlatmadan önce veya daha önceki günlerde, önceden IHO ortamını hazırlayın (Bazal ortam olarak Gelişmiş DMEM / F12, 1x N2 takviyesi, 1x B27, 50 nM A83-01, 30 μM Deksametazon, 5 μM CHIR99021, 500 nM valproik asit, 50 ng / mL insan epidermal büyüme faktörü (EGF), 20 ng / mL insan hepatosit büyüme faktörü (HGF), 40 ng / mL Pürüzlü-1, 300 ng/mL N-6,20-O-dibutiriladenozin 30,50-siklik 35 monofosfat sodyum tuzu (dbCAMP), 10 μM Nikotinamid) ve 4 °C'de saklayın.
   2. 96 oyuklu ultra düşük ek (ULA) plakasını etiketleyin. PFG hücrelerini ayırmak için, üreticinin talimatlarına göre hücre ayrışma enzimini kullanın.
   3. Kullanmadan önce ayrışma enzimini, gelişmiş DMEM / F12'yi ve PBS'yi 37 ° C'de ısıtın. Kuyucukların PFG ortamını aspire edin ve atın. Kuyucuk başına 2 mL PBS ekleyin, ardından aspire edin.
   4. Hücreleri kuyudan ayırmak için 37 ° C'de 7 dakika boyunca oyuk başına 1.5 mL hücre ayrışma enzimi ekleyin. Hücre ayrışma enzimini çıkarmadan, 1 mL ileri DMEM ekleyin. Tüm hücreleri toplayın ve 50 mL'lik bir tüpe ekleyin.
   5. Bir hücre sayacı veya bir hemositometre ile mL başına hücre sayısını sayın. 150 x g'da 8 dakika santrifüjleyin.
   6. Pelete, gereken son hücre sayısına (30.000-35.000 hücre) ayarlamak için uygun hacmi (96 oyuklu bir ULA plakasının tamamı için 3 mL IHO ortamı) ve 1x hücre dışı matris jeli ekleyin.
   7. 96 oyuklu plakayı 37 °C, %5_CO2 ve %95 neme kadar ayarlanmış bir inkübatöre yerleştirin. 24 saat (D-11) sonra, hücreler dairesel bir şekilde yeniden toplanacaktır; IHO ortamının oyuğu başına 50 μL ekleyin.
   8. Ertesi gün (D-12), kuyu başına 100 μL IHO ortamına yükseltin. D14'te, her bir kuyucuktan ~100-120 μL'yi ya vakuma bağlı cam pipetle ya da bir pipetle tek tek çıkarın. Organoidleri aspire etmemeye dikkat edin. D-14 ve D-16'da 100 μL IHO ortamı ekleyin.
      NOT: D-16'dan sonra, harekete geçirilmediği için, D18'den sonra kaybolan aşırı büyüme ortaya çıkar.
4. Hepatoblast organoidleri (HBO'lar, D-18 ila D-26)
   NOT: Bu adımda, 96 kuyulu ULA plakasından gelen IHO'lar 6 kuyulu bir ULA plakasına taşınacaktır. Önceki aşamadaki 96 IHO için, olgunlaşmaya devam etmek için toplam 1 ve 1/2 6 oyuklu ULA plakasını temsil eden kuyucuk başına 10 organoid yerleştirildi (Şekil 1E).
   1. Farklılaşmanın önceki adımlarında yapıldığı gibi, önceki günlerde HBO'ların farklılaşma ortamını hazırlayın.
      1. HBO'lara farklılaşmak için kullanılan reaktif kokteyli adım 2.3'te açıklanmıştır. Valproik asidi çıkarın ve kokteyle aşağıdaki biyokimyasalları ekleyin: BMP7, BMP4 ve FGF7. Nihai bileşim, bazal ortam olarak Gelişmiş DMEM / F12, 1x N2 takviyesi, 1x B27, 50 nM A83-01, 30 μM Deksametazon, 5 μM CHIR99021, 500 nM valproik asit, 50 ng / mL insan epidermal büyüme faktörü (EGF), 20 ng / mL insan hepatosit büyüme faktörü (HGF), 40 ng / mL Pürüzlü-1, 300 ng / mL N-6,20-O-dibutiriladenozin 30,50-siklik 35 monofosfat sodyum tuzu (dbCAMP), 10 μM Nikotinamid, 25 ng/mL FGF7, 50 ng/mL BMP4, 20 ng/mL BMP7.
   2. Daha önce HBO ortamını (kuyu başına 3 mL) ve Gelişmiş DMEM/F12'yi (kuyu başına 3 mL) 37 °C'de ısıtın. Her kuyucuğa 3 mL ılık gelişmiş DMEM / F12 ekleyin.
   3. 200 mL genişliğinde bir delik ucu ile 96 oyuklu plakadan oyuk başına 10 IHO organoidi dağıtın. Plakanın üzerine eğilerek ve vakuma bağlı cam pipetle (veya bir P1000 ile manuel olarak) emerek gelişmiş DMEM/F12'yi çıkarın.
   4. Kuyucuk başına 3 mL ılık HBO ortamı ekleyin. 6 kuyulu ULA plakalarını açın ve 37 °C, %5 CO₂ ve %95 nemde ayarlanmış inkübatörün içinde 65 rpm'de çok platformlu bir çalkalayıcı üzerine yerleştirin. 4 gün (D-22) ve 6 gün (D-24) sonra, HBO ortamını (kuyu başına 3 mL) değiştirin.
5. 2 farklı faz (D-26 ila D-46) yoluyla hepatik organoidlere (HO) olgunlaşma
   NOT: Bu, ortamdaki içerik ve reaktiflerin türüne bağlı olarak iki farklılaşma döneminde meydana gelen son olgunlaşma sürecidir.
   1. HO (HO1) ortamının ilkini önceden hazırlayın ve 4 °C'de saklayın. Jagged1'i çıkarın ve HBO ortamına kıyasla CHIR99021 konsantrasyonunu azaltın. Son bileşim: Bazal ortam olarak gelişmiş DMEM / F12, 1x N2 takviyesi, 1x B27, 500 nM A83-01, 30 μM Deksametazon, 2 μM CHIR99021, 50 ng / mL insan epidermal büyüme faktörü (EGF), 20 ng / mL insan hepatosit büyüme faktörü (HGF), 300 ng / mL N-6,20-O-dibutiriladenozin 30,50-siklik 35 monofosfat sodyum tuzu (dbCAMP), 10 μM Nikotinamid, 25 ng/mL FGF7, 20 ng/mL BMP4, 20 ng/mL BMP7.
   2. Kullanmadan önce Gelişmiş DMEM/F12 ve HO1 ortamını 37 °C'de ısıtın. Aynı 6 oyuklu ULA plakasında, plakanın üzerine eğilerek ve bir vakuma bağlı cam pipetin ucunu duvara (veya manuel olarak bir P1000 pipeti ile) yerleştirerek önceki HBO ortamını dikkatlice aspire edin.
   3. Kuyucuk başına 3 mL ılık Gelişmiş DMEM / F12 ekleyin ve aspire edin. Kuyucuk başına 3 mL ılık HO1 ortamı ekleyin. Numune toplama ile birlikte HO1 ortamını her 3 günde bir (D-29, D-32, D-35, D-38) değiştirin.
   4. D 38'de, CHIR99021, BMP4, dbcAMP ve FGF7'yi çıkararak ve bunları FGF19 ve DAPT ile değiştirerek ikinci HO (HO2) periyodu için reaktif kokteylini değiştirin. Son besiyeri bileşimi, bazal ortam olarak Gelişmiş DMEM / F12, 1x N2 takviyesi, 1x B27, 500 nM A83-01, 30 μM Deksametazon, 50 ng / mL insan epidermal büyüme faktörü (EGF), 20 ng / mL insan hepatosit büyüme faktörü (HGF), 10 μM Nikotinamid, 20 ng / mL BMP7, 25 ng / mL FGF19, 5 μM DAPT.
   5. Kullanmadan önce Gelişmiş DMEM/F12 ve HO2 ortamını 37 °C'de ısıtın. 6 oyuklu ULA plakasıyla devam edin ve önceki HO1 ortamını dikkatlice aspire edin. Kuyucuk başına 3 mL Gelişmiş DMEM / F12 ekleyin ve çıkarın.
   6. Kuyucuk başına 3 mL ılık HO2 ortamı ekleyin. HO2 ortamını her 4 günde bir değiştirin (D-42, D-46, D-50, ...) ve ortam değiştirilirken aynı günlerde numune alın.

3. Tek hücreli ayrışma

NOT: Bu adım, tek hücreli RNA dizileme tekniği için kritik öneme sahiptir. Organoidlerin sayısı boyuta göre değişebilir ve ayrışma günü ne kadar eski olursa, organoidlerdeki hücre miktarı o kadar büyük olur. Daha önceki günlerde, ayrışmış organoidlerin sayısı arttı ve ayrışma süreleri eşit miktarlarda azaldı. D-14 ve D-17'de 10 organoid, D-23 ve D-26'da 8 organoid, D-30 ve D-45'te 6 organoid ile dissosiyasyon yapıldı. Bir organoid kümesi için prosedürler detaylandırılmıştır (Şekil 1F).

1. Reaktiflerin hazırlanması
   1. % 7.5 Sığır Albümin Fraksiyonu V (BSA) nihai konsantrasyonu ile Advanced-DMEM'i hazırlayın ve homojenize ettikten sonra süzün.
   2. Bazal ortam olarak 1 mL tripsin% 0.5 - EDTA (10x), 50 μM Y-27632, 40 U / μL RNaz inhibitörü ve 1 U / μL DNaz I ile 1 mL ayrışma enzimi ortamı hazırlayın.
   3. Tripsin inaktivasyon ortamını bazal ortam olarak 2 mL Gelişmiş DMEM / F12 +% 7.5 BSA, 50 μM Y-27632, 40 U / μL RNaz inhibitörü ve 1 U / μL DNaz I ile hazırlayın.
   4. Başlamadan önce hem ortamı hem de PBS'yi 37 °C'de ısıtın.
2. HHO'ların ayrışması
   1. İşyerini ve aletleri RNase temizleyici ile temizleyin. Geniş açık uçlu 15 mL'lik bir polipropilen tüpte farklılaşma gününe göre organoid sayısını toplayın.
   2. PBS 2x-3x ile yıkayınız. Toplanan organoidlerle birlikte 15 mL'lik tüpe 1 mL ayrışma enzimi ortamı ekleyin ve 30 rpm'de 5 dakika boyunca 37 ° C'de tutun.
      DİKKAT: Tüpü külbütörden düşürmemeye dikkat edin.
   3. 5 dakika sonra, önce kapakta kalan organoidleri kontrol edin, ardından organoid başına 10 kez yukarı ve aşağı döndürerek (toplamda 60 kez) organoidleri bir P1000 ile mekanik olarak bozun. Aynı kesintiyi bir P200 ile tekrarlayın. Organoidlerin üzerine sıkışması ihtimaline karşı tüp kapağını kontrol edin.
   4. 15 mL'lik tüpü tekrar külbütöre 5 dakika daha inkübatöre yerleştirin. Bir P4'ü yukarı ve aşağı döndürerek başlayarak ve bir P200 ucuna bağlı 1 mL'lik bir serolojik pipetle devam ederek 10. noktadaki işlemi tekrarlayın.
   5. 15 mL'lik tüpü tekrar külbütöre son 5 dakika boyunca külbütöre yerleştirin. Ayrışma olmaması durumunda, 5 dakika daha bırakın ve manuel bozulmayı tekrarlayın.
   6. 1 mL tripsin inaktivasyon ortamı ekleyin ve homojenize edin. Üstüne 40 μm hücre süzgeci olan yeni bir 15 mL polipropilen tüp yerleştirin. 2 mL'yi (ayrışma enzimi ortamı ve tripsin inaktivasyon ortamı olan hücreler) 40 μm'lik bir hücre süzgecinden 15 mL'lik tüpe süzün.
   7. 40 μm hücre süzgecinden kalan hücreleri geri kazanmak için 1 mL başka bir tripsin inaktivasyon ortamı ekleyin.
   8. Fiksasyonlarına devam etmek için ayrışmış hücrelerin sayısını saymak için 5 μL'lik bir boya çözeltisi ile karıştırılmış 5 μL tek hücreli ortam alın. Santrifüjleme ve fiksasyon kitinin ilk reaktifi ile yeniden süspansiyondan sonra hücreleri sayın ve 40 μm'lik bir hücre süzgeci kullanarak hücre filtrasyonu gerçekleştirin.

Sonuçlar

HiPSC'den HHO'lara aşamalı olarak farklılaşma protokolünün her aşaması, qPCR ile kantitatif ölçümler ve bibliyografyadan evreye özgü bilinen belirteçlerin immünofloresanı kullanılarak tanımlandı (Şekil 2). Her iki tekniğin adım adım ilerlemesi ve HO'lara doğru farklılaşma ile ilgili elde edilen sonuçlar^14'te tasvir edilmiştir. Önceki araştırmada, hiPSC'ler, zamanla azalan iki iyi bilinen Yamanaka faktörü¹⁶ olan POU5F1 (OCT4 olarak da bilinir) ve SOX2'nin mRNA seviyeleri aracılığıyla tanımlanmıştır (Şekil 2A). Daha sonra, OTX2, CER1 ve FOXA2 gibi DE¹¹ belirteçlerinin mRNA seviyeleri ve PFG¹¹ belirteçleri HNF4A, CDX2 ve TBX3 ile birlikte OTX2, HNF4A ve TBX3'ün immünofloresan ile lokalize ekspresyonu ölçüldü (Şekil 2A,B). 3D promosyondan sonra, albümin ve HNF4a'nın ilerlemesini takip etmek için immünofloresan (Şekil 2C); hepatoblast^18'in regülasyonunda önemli olan proliferatif belirteç MKI67¹⁷ ve TBX3 (Şekil 2D) D-18'den D-46'ya kadar gerçekleştirildi. Özellikle, albümin HNF4a ile kolokalize (Şekil 2C); bu arada, MKI67 ara sıra D-46'da ortaya çıktı (Şekil 2D). Ayrıca, hepatosit ve kolanjiyosit benzeri hücreler, D-46'da HNF4A¹⁹ ve KRT7^18'in mRNA seviyeleri ve immünofloresan yoluyla tanımlandı (Şekil 2E).

Gelişmekte olan organoidlerin hacmi, D-10 ile karşılaştırıldığında D-22 üzerindeki proliferatif belirteç MKI67 için mRNA seviyelerindeki ~ 2 kat artışla gösterildiği gibi, D-14'ten D-38'e kademeli olarak artmıştır. Ortamda T4'ün olmaması, MKI67 mRNA seviyelerinde 10. güne kıyasla D-14 ve D-18'de sırasıyla ~ ve ~u oranında bir artışa yol açtı (Şekil 3A). Hepatik organoidin işlevselliğini kanıtlamak için, hepatik organoidlerin ortamından toplanan albümin, apolipoprotein B ve A1¹⁴ seviyeleri ELISA kullanılarak ölçüldü. D-42 ve D-46'da, ALB mRNA seviyeleri, T4-HO'larda T3-HO'lar veya V-Ho'lar ile karşılaştırıldığında sırasıyla 3.0 kat ve 2.5 kat daha yüksek kalmıştır (Şekil 3B). Öte yandan, D-42 ve D-46'da APOB seviyeleri sırasıyla ~ 10 kat ve 3 kat daha yüksekti (Şekil 3C) ve APOA1 seviyeleri sırasıyla ~ 3 kat ve ~ 2 kat daha yüksekti (Şekil 3D).

Şekil 1: HiPSC'den hepatik organoidlere farklılaşma aşamaları. (A) hiPSC'nin (CS03iCTR-n3 hattı) 0 saatten 96 saate geçiş büyümesi, bir plakanın kuyucuklarında yaklaşık% 70 -% 80 birleşmeye ulaşır. Ölçek çubuğu: 125 μm. (B) HiPSC farklılaşmasının ilk aşamasının kesin endoderme (DE) ilerlemesi, 24 saat sonra önceki gün% 100 birleşme (D eksi 1) ve D4'e (D-0 ila D-4) kadar farklılaşma. Ölçek çubuğu: 300 μm. (C) DE'den (D-4) posterior foreguta farklılaşma (PFG; D-10) T4 ile B26 eklendi. Ölçek çubuğu: 300 μm. (D) 2D-PFG'nin, D-10'dan D-18'e kadar tek hücreler olarak T4 eklenmiş B26 ile 3D olgunlaşmamış hepatik organoidlere (IHO) dönüşümü, D-13 hariç. Ölçek çubuğu: 300 μm. (E) D-20, D-22, D-24 ve D-26'da T4 eklenmiş B26 ile hepatoblast organoidlerinin (HBO) bakımı ve büyümesi. Ölçek çubuğu: 300 μm. (F) D-26'da HBO'nun (750 μL'de ~ 2.5 x 10⁵ hücre; solda) ve D-30'da HO1'in (750 μL'de ~ 4 x 10⁵ hücre; sağda) T4 eklenmiş B26 ile tek hücrelere ayrışması. İç kısım, Neuebauer'in odasının 1 mm'lik kare boyutunu gösterirken, daha küçük kare 250 μm'dir. Görüntüler, medyada kullanılan serbest T4 konsantrasyonu ~ 15 pm olan HHO'lara götürüldü. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 2: HHO'ların farklılaşmasının izlenmesi ve karakterizasyonu. (A) HiPSC belirteçlerinin (POU5F1, SOX2) mRNA seviyelerinin ekspresyonu, kesin endoderm (DE; OTX2, CER1, FOXA2) ve posterior foregut (PFG; TBX3, HNF4A, CDX2). (iPSC, n=8; DE ve PFG n=7; PFG'de HNF4A, n=6). (B) OTX2 (üst, kırmızı), HNF4A (orta, yeşil) ve TBX3'ün (alt, kırmızı) hiPSC, DE ve PFG'sinde immünofloresan. (C) "Albümin (kırmızı) ve HNF4A'nın (yeşil) D-18, D-26 ve D-46'sında immünofloresan. (D) MKI67 (yeşil) ve TBX3'ün (kırmızı) D-18, D-26 ve D-46'sında immünofloresan. (E) Albümin (hepatosit belirteci; kırmızı) ve KRT7'nin (kolanjiyosit belirteci; yeşil) D-46'sında immünofloresans. Çekirdekler 4',6-diamidino-2-fenilindol (DAPI) ile gösterilmiştir. Bu rakam^14'ten değiştirildi. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 3: HHO'nun olgunlaşmasının analizi. (A) D-10'dan D-46'ya kadar olan ortamda ~ 15 pM'de (kırmızı) serbest T4'e karşı TH (siyah) yokluğunda proliferatif belirteç MKI67'nin nispi mRNA seviyeleri (D-42'deki T4-HO'lar hariç n = 4, n = 2; ve D-46'da, n = 3). (B) Albümin seviyeleri D-35'ten D-50'ye kadar olan ortamda üç koşulda ölçüldü: TH (siyah) yokluğu, serbest T4 ~ 15 pM'de (kırmızı) ve serbest T3 ~ 10 pM'de (mavi; n = 4). (C, D) Apolipoprotein B (APOB) ve A1 (APOA1) seviyeleri, D-35'ten D-50'ye kadar olan ortamda üç koşulda ölçüldü: TH (siyah) yokluğu; ve ~ 15 pM'de (kırmızı) serbest T4 ile. Kuyucuk başına 10 organoidden elde edilen veriler (n = 4). V-HO'lar ile T4-HO'ların günlerini karşılaştırmak için iki kuyruklu Student t-testi, çoklu karşılaştırmalar için tek yönlü ANOVA ve Tukey testi kullanıldı. Veriler, hizalanmış dağılım nokta grafikleri ve ortalamaları olarak temsil edilen kopyaların ortalamasıdır. *: sayfa <0.05; **: sayfa <0.01; : p<0.001; : sayfa <0.0001. X ekseni farklılaşma günlerini gösterir. Bu rakam^14'ten değiştirildi. Bu rakamın daha büyük bir sürümünü görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Tartışma

Mevcut protokol, hiPSC'lerin ve sonraki 3D organoid kültürlerin nasıl ele alınacağına dair çeşitli metodolojik ayrıntılar sunmaktadır. Bu, iki ana kritik adımı içerir: (i) 2D kültürlerin ayrılması ve daha sonra 10 gün sonra 3D hepatik organoidlere dönüşmesi ve (ii) bir 3D yapının tek hücrelere hassas bir şekilde ayrılması. Mevcut bilgilere dayanarak, bu, tiroid hormon etkisini incelemek için bir 3D HHO modelinin ilk raporudur ve orijinal olarak P1 karaciğer farelerinde²⁰ tanımlandığı gibi hepatoblast benzeri hücrelerde¹⁴ DIO2'nin pik ekspresyonunu gösterir.

Hücrelere uygulanan iskeleleri kullanan diğer birçok teknikte olduğu gibi, hücre dışı matris^21'i taklit etmek için hücre dışı matris jeli kullanıldı, böylece organoidlerin karakteristik 3D yapısına montajı kolaylaştırıldı. Bu reaktifin ısıya duyarlı doğası, manipülasyonunun önemini vurgulamakta, donmuş halde tutmakta ve kullanım sırasında buza batırmaktadır. Sonuç olarak, farklı bir hücre dışı matris jeli kullanmak mümkündür²², ancak hiPSC'ler bu protokolde bir iskele yokluğu plakasına bağlanmamış ve çoğalmamıştır, bu da 3D organoidlerin üretilmesinin yanı sıra protokolün başlangıcında uygun yönetimini çok önemli bir unsur haline getirir.

HO'ların farklılaşmasını tamamladıktan sonra, organoidlerin tek hücrelere uygun bir şekilde ayrışması, mekanik bozulma hücre ölümüne neden olabileceğinden, üstesinden gelinmesi gereken bir başka önemli engeli temsil ediyordu, bu da düşük kaliteli RNA dizileme verileri²³. En iyi sonuçları elde etmek için, mevcut protokol, sonraki barkodlama için fiksasyondan önce ve sonra 10^5'ten fazla hücrenin ayrışması ile %70'in üzerinde tek hücreli canlılığın elde edilebileceğini gösterdi.

Organoidlerde⁷ sadece bir hücre tipini tanımlayan diğer el yazmalarının aksine, HHO'nun farklılaşması en az iki hepatoblasttan türetilmiş hücre içerir: hepatositler ve kolanjiyositler benzeri hücreler. Oluşumlarından sorumlu iki reaktifin, HFG²⁴ ve EGF^25'in ve hepatositlerin olgunlaşmasını destekleyen deksametazon^26'nın ve kolanjiyositlere giden Notch sinyalini aktive eden Jagged-1^18'in dahil edilmesi. HO'ların geliştirilmesindeki bu iç içe geçmiş sinyal ağı, primer hepatositlerin²⁷ uzun vadeli kültürlerinin farklılaşmasındaki düşüşün dezavantajının üstesinden gelmenin yanı sıra, 3D yapıyı elde etmemize ve in vivo deneyleri taklit etmemize izin verir. Tipik yetişkin hepatik belirteçlerin ekspresyonuna rağmen, bu protokolün gösterdiği gibi, organoidlerin²⁸ ileri fazlarında fetal belirteçlerin varlığının hala tespit edilebilmesi dikkat çekicidir. Bu, aslında, fetal hepatik belirteçlerin normal olarak yaşamın 1 yılına kadar tespit edilebildiği insanlarda normal karaciğer gelişimini yansıtır²⁹.

HiPSC'lerin HHO'lara gelişimi sırasında (özellikle IHO'nun son günlerinde ve bazı HBO ve HO1'de olduğu gibi HO'ların olgunlaşmamış dönemlerinde) gözlenen nadir bir olay, aşırı gelişmiş kistik yapıların ortaya çıkmasıydı ve bu yapılar, plakalar çalkalayıcı üzerine yerleştirildikten sonra sonunda soldu. Kistik yapıların bu orantısız ilerlemesi, o zamana kadar nekrotik bir çekirdeğin, daha sık orta değişiklikleri ile daha yüksek irrigasyon³⁰ gerekliliğini veya aşırı kist büyümesini ortadan kaldırmak için düşük hacimli hücre dışı matris jeli ilavesini düşündürmektedir.

Yüksek verimli ilaç taraması¹¹ için son farklılaşma döneminde artan sayıda organoide odaklanan orijinal yayının aksine, şimdi bildirilen yöntem, büyük boyutlu 3D organoidlerin erken oluşumunu teşvik etmek ve HHO'ların işlenmesini kolaylaştırmak için ULA plakalarının kullanımını tanıttı. Bu ayarlamalar, bu basit protokol aracılığıyla gerçekleştirilebilecek esnekliği ve çok çeşitli çalışmaları göstermektedir.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi

Ad	Şirket	Katalog numarası	Yorumlar
10 ve mikro; L Üniversal Pipet Uçları Filtreli, Düşük kiralık, Pre-steril	VWR	613-6462	Tüm prosedürler
1000 ve mikro; L Üniversal Pipet Uçları Filtreli, Düşük kiralık, Pre-steril	VWR	613-6470	Tüm prosedürler
15 mL Polipropilen Konik Tüp	Falcon (Corning)	352097	Ayrışma Hepatik Organoidler
200 ve mikro; L Üniversal Pipet Uçları Filtreli, Düşük kiralık, Pre-steril	VWR	613-6465	Tüm prosedürler
3,3 ',5-Triiyodo-L-tironin	Sigma	T2877-100	Hepatik Organoid farklılaşması
40 & mu; m Hücre Süzgeci	Corning	431750	Dissosiyasyon Hepatik Organoidler
50 mL tüp	Falcon (Corning)	352070	Tüm prosedürler
6 kuyu plakası Nunc Hücre Kültürü İşlem Görmüş Çoklu Yemekler	Thermo fisher bilimsel	140675	hiPSC bakımı
A83-01	Ar-Ge D Systems	2939/10	Hepatik Organoid farklılaşması
Gelişmiş DMEM/F12	Gibco	12634010	Hepatik Organoid farklılaşması
ART Geniş Delikli Filtreli Pipet Uçları	ART	2069GPK	Tüm prosedürler
B27 takviyesi	Gibco	17504044	Hepatik Organoid farklılaşması
BMP7	Ar-Ge D Sistemleri	354-BP-010 / CF	Hepatik Organoid farklılaşma
Sığır Albümin Fraksiyonu V (% 7.5 çözelti)	Gibco	15260037	Dissosiyasyon Hepatik Organoidler
BSA, Fraksiyon V, Doku Kültürü İçin İçermeyen Yağ Asidi	GoldBio	A-421-100	Dissosiyasyon Hepatik Organoidler
CHIR99021	Ar-Ge D Systems	4423/10	Hepatik Organoid farklılaşması
Corning 96 kuyulu Clear Düz Tabanlı Ultra Düşük Attachment	Corning	3474	Hepatik Organoid farklılaşması
Costar 6 kuyulu Clear Düz Tabanlı Ultra Düşük Ataşman	Corning	3471	Hepatik Organoid farklılaşması
CS03iCTR-n3 insan kaynaklı Pluripotent Kök Hücre hattı	Sedir-sinai		hiPSC bakımı
DAPT	R& D Sistemleri	2634/10	Hepatik Organoid farklılaşması
dbCAMP	Millipore Sigma	D0627-100MG	Hepatik Organoid farklılaşması
Deksametazon	R& D Systems	1126/100	Hepatik Organoid farklılaşması
DMEM/F12	Gibco	11320033	hiPSC bakımı
DNAse I, RNaz içermez, HC	Thermo Fisher scientific	EN0523	Ayrışma Hepatik Organoidler
Falcon 10 mL Serolojik Pipet, Polistiren, 0.1 Artışlar, Ayrı Ayrı Paketlenmiş, Steril	Corning	357551	Tüm prosedürler
Falcon 5 mL Serolojik Pipet, Polistiren, 0.1 Artışlar, Ayrı Ayrı Paketlenmiş, Steril	Corning	357543	Tüm Prosedürler
Falcon 50 mL Serolojik pipet, Polistiren, 1.0 artışlarla, ayrı ayrı paketlenmiş, steril	Corning	357550	Tüm prosedürler
Nazik Hücre Ayrışması Reaktifi (GCDR)	Kök Hücre Teknolojileri	100-0485	Hepatik Organoid farklılaşma
Glutamax ek	Gibco	35050061	Hepatik Organoid farklılaşması
L-Tiroksin	Sigma	T1775-1G	Hepatik Organoid farklılaşması
Matrigel hESC Nitelikli Matris, LDEV içermeyen, 5 mL	Corning	354277	Hücre Dışı matris jeli
mFreSR	Kök Hücre Teknolojileri	5855	hiPSC kriyoprezervasyon ortamı
mTeSR 5x Takviye	Kök Hücre Teknolojileri	100-0276	hiPSC besiyeri
mTeSR Plus	Kök Hücre Teknolojileri	100-0276	hiPSC medium
Multi Platform Shaker	Fisherbrand (Thermo Fisher teknolojileri)	88861021	Hepatik Organoid farklılaşması
N2 takviyesi	Gibco	17502048	Hepatik Organoid farklılaşması
Nikotinamid & nbsp;	Ar-Ge D Sistemleri	4106/50	Hepatik Organoid farklılaşması
PBS, pH 7.4	Gibco	10010023	hiPSC bakımı
Rekombinant insan BMP4	Ar-Ge D Sistemleri	314-BP-010 / CF	Hepatik Organoid farklılaşması
Rekombinant insan EGF R	& D Systems	236-EG-200	Hepatik Organoid farklılaşması
Rekombinant insan FGF temel/FGF2/bFGF	R& D Sistemleri	233-FB-010/CF	Hepatik Organoid farklılaşması
Rekombinant insan FGF19	R& D Sistemleri	959-FG-025 / CF	Hepatik Organoid farklılaşması
Rekombinant insan HGF R	& D Sistemleri	294-HG-005 / CF	Hepatik Organoid farklılaşma
Rekombinant İnsan Pürüzlü-1 Fc Chimera	Ar-Ge D Sistemleri	1277-JG-050	Hepatik Organoid farklılaşma
Rekombinant insan KGF / FGF7	R & D Sistemleri	251-KG-010 / CF	Hepatik Organoid farklılaşma
ReLeSR	Kök Hücre Teknolojileri	100-0483	hiPSC ayırma ortamı
RNAse İnhibitörü Ambion, klonlanmış, 40 U/μ L	İnvitrojen	AM2682	Ayrışma Hepatik Organoidler
RNase Zap	İnvitrojen	AM9780	Ayrışma Hepatik Organoidler
Sorvall  Legend XT/XF Santrifüj Serisi	Thermo Fisher Scientific	75004539	Tüm prosedürler
STEMdiff Kesin Endoderm Kiti	Kök Hücre Teknolojileri	5110	Hepatik Organoid farklılaşma
Tripan Mavisi çözeltisi (%0.4)	Gibco	15250061	Boya çözeltisi
TrypLE Express Enzimi	Gibco	12604013	Hücre Ayrışması enzimi
Tripsin %0.5 - EDTA (10X)	Gibco	15400054	Ayrışma Hepatik Organoidler
Valproik asit, sodyum tuzu	R& D Systems	2815/100	Hepatik Organoid farklılaşması
Vari-Mix Platform Rocker	Thermo Fisher bilimsel	M79735Q	Ayrışma Hepatik Organoidler
Y-27632 dihidroklorür	R& D Sistemleri	1254	Hepatik Organoid farklılaşması