Bu makale, biyoinformatik analiz ve deneysel doğrulama yoluyla primer Sjögren sendromu ve akciğer adenokarsinomunu birbirine bağlayan potansiyel yaygın patojenik mekanizmaları araştırmak için operasyonel prosedürleri ve önlemleri açıklamaktadır.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
Akciğer Adenokarsinomu ile İlişkili Primer Sjögren Sendromu: Potansiyel Ortak Patojenik Mekanizmaların Araştırılması ve Deneysel Doğrulama
Bu makalede
Özet
Özet
Bu çalışma, primer Sjögren sendromu (pSS) ve akciğer adenokarsinomunu (LUAD) birbirine bağlayan potansiyel yaygın patojenik mekanizmaları biyoinformatik analiz ve deneysel doğrulama yoluyla araştırmayı amaçladı. pSS ve LUAD ile ilişkili ilgili genler, Gene Expression Omnibus (GEO) veri tabanından ve Genecard veri tabanından alınmıştır. Daha sonra, pSS ve LUAD ile ilişkili diferansiyel olarak eksprese edilen genler (DEG'ler) pSS-LUAD-DEG'ler olarak tarandı. Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KEGG) ve Gen Ontolojisi (GO) zenginleştirme analizleri, pSS-LUAD-DEG'lerin önemli biyolojik işlevlerini aydınlatmak için yapıldı. Temel hedefler, protein-protein etkileşimi (PPI) ağı oluşturularak belirlendi ve Alıcı Çalışma Karakteristiği (ROC) eğrisi analizleri yoluyla hub gen tanısal doğruluğu daha fazla değerlendirildi. Bu çalışmada, NOD / Ltj fareleri pSS hayvan modelleri olarak görev yaptı ve bir inflamatuar reaksiyon oluşturmak için partikül madde 2.5 (PM2.5) ile uyarıldı. İlgili moleküler biyoloji deney doğrulaması için kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR), enzime bağlı immünosorbent testi (ELISA) ve western blotting kullanıldı. KEGG ve GO zenginleştirme analizleriyle ortaya çıkan sonuçlar, inflamasyonun pSS ve LUAD arasında bağlantı kurmada kritik bir rol oynadığını göstermektedir. IL6, CCNA2, JAK2, IL1B, ASPM, CCNB2, NUSAP1 ve CEP55, pSS-LUAD'ın anahtar hedefleri olarak belirlendi. BALB / c fareleri ve NOD / Ltj fareleri, PM2.5 ile 21 günlük stimülasyonun ardından akciğer dokularında inflamatuar sitokinler IL-6 ve IL-1β'nin gelişmiş ekspresyonunu sergiledi, JAK2 / STAT3 sinyal yolunu aktive etti ve tümörle ilişkili genler CCNA2, CCNB2 ve CEP55'in ekspresyonunu yukarı regüle etti ve NOD / Ltj fareleri BALB / c farelerinden daha belirgin değişiklikler gösterdi. Bu protokol, pulmoner inflamatuar mikroçevre tarafından indüklenen karsinogenezin, pSS hastalarında yüksek LUAD insidansının anahtar bir nedeni olabileceğini göstermektedir. Ek olarak, blokajla ilgili mekanizmalar, pSS hastalarında LUAD oluşumunu önlemeye yardımcı olabilir.
Giriş
Primer Sjögren sendromu (pSS), ekzokrin bezlerin lenfositik infiltrasyonu ile karakterize otoimmün bir hastalıktır ve kuru göz (kseroftalmi) ve ağız kuruluğu (kserostomi) klinik semptomlarına yol açar1,2. pSS'ye genellikle ana advers prognostik faktörleri oluşturan hiperglobulinemi3, interstisyel akciğer hastalığı4, renal tübüler asidoz5, nörolojik hasar6 ve trombositopeni7 dahil olmak üzere tutulumun ekstra glandüler bulguları eşlik eder. Son yıllarda, bir d....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Protokol
Deney hayvanları, Çin'in ulusal standardı olan Laboratuvar Hayvanları-Çevre ve Barınma Tesislerinin Gereksinimleri (GB14925-2010) ile uyumlu olarak barınma koşullarının hayvan besleme ortamını karşıladığı Çin-Japonya Dostluk Hastanesi'nin hayvan tesisine yerleştirildi. Tüm hayvan bakımı prosedürleri ve deneyleri, ARRIVE yönergelerine uygundur ve Çin Ulusal Hayvan Refahı Yasası'nın yönergelerine bağlı kalarak 3R ilkelerine (azaltma, değiştirme, iyileştirme) dayanıyordu. BALB/c fareleri SPF (Beijing) Biotechnology Co., Ltd.'den ve NOD/Ltj fareleri Huafukang (Beijing) Biotechnology Co., Ltd.'den satın alındı.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Sonuçlar
GSE84884'daki 23348 genden (pSS) 2659 yukarı regüle gen ve 631 aşağı regüle gen dahil olmak üzere toplam 3290 DEG tanımlanmıştır (Şekil 1A). GSE51092 (pSS) için, 11409 genden, 667 yukarı regüle gen ve 587 aşağı regüle gen dahil olmak üzere toplam 3290 DEG tanımlanmıştır (Şekil 1B). GeneCards veritabanı, yumurtalık pSS ile ilgili 102 DEG elde etti ve tarama kriterlerinin korelasyon skoru ≥20 idi. GEO ve GeneCard'lardan elde edilen pSS ile ilgili DEG'lerin birleşt.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
pSS, esas olarak ekzokrin bezlerin invazyonu ile karakterize bir hastalık olarak kabul edilse de, ekstra bezlerin hasarı göz ardı edilemez24. Akciğerler, pSS için bir hedef organı temsil eder ve akciğer tutulumu, tipik olarak bronşiyal mukozanın lenfositik infiltrasyonu ve pulmoner interstisyum25'i içeren, pSS'nin yaygın bir salgı dışı belirtisidir. Araştırmalar, pSS hastalarının en az %20'sinin interstisyel akciğer hastalığı (ILD) yaşadığı.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Açıklamalar
Yazarların açıklanacak herhangi bir çıkar çatışması yoktur.
Teşekkürler
Bu çalışma, Ulusal Üst Düzey Hastane Klinik Araştırma Fonu (2023-NHLHCRF-BQ-01) ve Çin-Japonya Dostluk Hastanesi Gençlik Projesi (No.2020-1-QN-8) tarafından desteklenmiştir.
....Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| 3 Renkli Önceden Boyanmış Protein İşaretleyici | Epizyme WJ103 | Western Blot | |
| Antikor Seyreltme Tamponu | Epizyme | PS119 | Western Blot |
| BCA Protein Miktar Tayin Kiti | Epizyme | ZJ101 | Western Blot |
| Cytoscape 3.7.1 yazılımı | Ulusal Genel Tıp Bilimleri Enstitüsü (NIGMS), Ulusal Sağlık Enstitüleri (NIH) | Sürüm 3.7.1. | Biyolojik ağ analizi ve görselleştirme için açık kaynaklı yazılım |
| ECL Işık Sıvısı | Epizyme | SQ203 | Western Blot |
| Elektroforez Tamponu | Epizyme | PS105S | Western Blot |
| GraphPad Prism 10.0 | GraphPad | Sürüm 10.0 | Veri analizi |
| HRP konjuge Keçi anti-Tavşan IgG (H + L) (AS014) | abklonal | AS014 | Western Blot |
| JAK2 Antikor | Hücre Sinyal Teknolojisi | 3230T | Batı |
| Blot Fare IL-1 ve beta; ELISA Kiti | Pekin 4A Biotech Co., Ltd | CME0015 | ELISA |
| Fare IL-6 ELISA Kiti | Pekin 4A Biotech Co., Ltd | CME0006 | ELISA |
| Fosfataz İnhibitörü Kokteyli (100&kez;) | Epizyme | GRF102 | Western Blot |
| Fosfo-JAK2 (Tyr1007/1008) Antikor | Hücre Sinyal Teknolojisi | 3776S | Western Blot |
| Fosfo-STAT3 (Tyr705) Antikor | Hücre Sinyal Teknolojisi | 9145S | Western Blot |
| Proteaz İnhibitörü Kokteyli (100&�) | Epizyme | GRF101 | Western Blot |
| Protein İçermeyen Hızlı Bloke Edici Tampon (5 kez;) | Epizyme | PS108 | Western Blot |
| PVDF membran | Millipore IPVH00010 | Western Blot | |
| R yazılımı | İstatistiksel Hesaplama için R Vakfı | Uygulanamaz | Veri analizi, görselleştirme ve makine öğrenimi uygulamaları için kullanılan istatistiksel analiz yazılımı ve programlama dili |
| Radyo İmmünopresipitasyon Testi | Epizyme | PC101 | Western Blot |
| Ters Transkripsiyon Sistemi | Promega | A3500 | PCR |
| SDS-PAGE | Epizyme | LK303 | Western Blot |
| SDS-PAGE Protein Yükleme Tamponu (5 kez;) | Epizyme | LT103 | Western Blot |
| STAT3 Antikor | Hücre Sinyal Teknolojisi | 9139S | Western Blot |
| SYBR Yeşil Gerçek Zamanlı PCR Ana Karışımı | TOYOBO | QPK-201 | PCR |
| TBST (10 kez;) | Epizyme | PS103 | Western Blot |
| Western Blot Transfer Tamponu (10&kez;) | Epizyme | PS109 | Western Blot |
| & beta; - Aktin Antikoru | abklonal | AC026 | Western Blot |
Kaynaklar
- Thorlacius, G. E., Bjork, A., Wahren-Herlenius, M. Genetics and epigenetics of primary sjogren syndrome: Implications for future therapies. Nat Rev Rheumatol. 19 (5), 288-306 (2023).
- Bjordal, O., Norheim, K. B., Rodahl, E., Jonsson, R., Omdal, R. Primary Sjogren's syndrome and th....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yeniden basım ve izinler
