Yöntem makalesi

Sıçan Miyokardiyal İskemi-Reperfüzyon Yaralanması Modelinde Diferansiyel Genlerin Analizi ve Disülfideptozun Validasyonu

630 görüntüleme

⸱

DOI:

10.3791/68019

⸱

18 Nisan 2025

 , 
1Department of Cardiovascular Medicine, The Affiliated Hospital of Guizhou Medical University

Bu makalede

Özet

Protokol, biyoinformatik analiz ve deneysel doğrulama ile miyokardiyal iskemi-reperfüzyon hasarı ile ilişkili birkaç yeni disülfideptozla ilişkili diferansiyel genin tanımlanmasını açıklar.

Özet

Miyokardiyal iskemi-reperfüzyon hasarı (MIRI), iskemiye bağlı yaralanma sonrası kalp dokusu kan akışını eski haline getirme sürecinde ortaya çıkan ek bir yaralanmadır. MIRI, miyokard infarktüsü sonrası reperfüzyonun etkinliğini, kısa ve uzun dönem prognozunu ciddi şekilde etkiler. Şu anda, MIRI'nin mekanizması tam olarak açık değildir. Disülfideptoz, yeni bir hücre ölümü şeklidir ve MIRI ile disülfideptozla ilişkili genler (DRG'ler) ekspresyonu arasındaki ilişki hala belirsizdir. İlk olarak, bu çalışma biyoinformatik analiz yoluyla MIRI'de disülfideptoz ile ilişkili diferansiyel olarak eksprese edilen genleri araştırmaktadır. İkinci olarak, MIRI'nin bir sıçan modeli oluşturularak, DRG'ler daha fazla tespit edildi. Bu çalışma, Myh9, SLC7A11, SLC3A2, Myh7b, ACTB, FLNB, Actn1, Actn4, Flnc, Dbn1 ve Pdlim1 dahil olmak üzere 12 ilgili geni tanımladı. MIRI'li sıçanların miyokard dokusu belirgin patolojik hasar ve apoptoz olayları gösterir. İmmünohistokimya sonuçları, MIRI stimülasyonunun miyokard dokusunda GLUT1 proteininin ekspresyonunu arttırdığını, ancak F-aktin proteininin ekspresyonunu kısıtladığını gösterdi. Ek olarak, üç proteinin ekspresyonundaki önemli farklılıklar, harici veri setleri ve MIRI sıçan modelleri kullanılarak doğrulandı. Bu çalışma, DRG'lerin MIRI'de önemli bir prediktif değere sahip olduğunu ve MIRI'nin biyobelirteçlerini ve potansiyel terapötik hedeflerini keşfetmek için yeni beklentiler sağladığını göstermiştir.

Giriş

Akut miyokard enfarktüsü (AMİ) ciddi bir kardiyovasküler hastalıktır ve önde gelen küresel mortalite nedeni olmaya devam etmektedir. Perkütan koroner girişim hastalarında mortalite oranlarını önemli ölçüde azaltmıştır1. Bununla birlikte, miyokardiyal kan akışını geri kazanmayı amaçlayan reperfüzyon tedavisine bir dizi olumsuz patolojik ve fizyolojik yanıt eşlik eder. Bu süreçler enfarktüs boyutunun artmasına, miyokard hücre ölümüne, sürekli ventriküler aritmilere ve ani ölüme neden olabilir2. Miyokardiyal iskemi-reperfüzyon hasarı (MIRI), sitokinler, kemokinler, büyüme faktörleri, oksidatif stres ve aşırı kalsiyum yükü gibi faktörlerden etkilenen karmaşık bir kardiyovasküler durumdur3. MIRI'yi azaltmak önemli bir zorluk olmaya devam etmektedir.

Son zamanlarda, disülfideptoz, NADPH + tükenmesinden kaynaklanan hücreler içinde sistein de dahil olmak üzere disülfidlerin aşırı birikimi nedeniyle hücre iskeleti aktin ağının hızlı bir şekilde çökmesi ile karakterize yeni bir hücre ölümü şekli olarak ortaya çıkmıştır. Aşırı disülfid birikimi, hücre iskeleti proteinleri arasındaki disülfid bağlarını bozarak aktin göçüne ve hücre ölümüne yol açar 4,5. Apoptoz, nekroz, piroptoz ve ferroptoz gibi daha önce bildirilen hücre ölümü formlarının aksine, disülfideptoz, hücre içi disülfidlerin aşırı agregasyonu ile başlatılır ve diğer hücre ölüm yollarının spesifik inhibitörleri tarafından antagonize edilmez. Ayırt edici bir hücre ölümü olarak, kanıtlar hücresel glukoz eksikliğinin uyardığı SLC7A11 aşırı eksprese edilmesinin disülfidpttozutetikleyebileceğini göstermiştir 4. MIRI'den sonra, yetersiz insülin sekresyonu hipoglisemiyi ve ardından disülfidtozu indükleyebilir, bu da miyokard hücrelerinde daha fazla hasara neden olabilir ve MIRI5'in yeni mekanizmalarından biri olabilir.

Bu çalışmada birincil amaç, normal ve MIRI örnekleri arasındaki diferansiyel gen ekspresyonunu analiz etmek için Gene Expression Omnibus (GEO) gibi kapsamlı gen ekspresyon veritabanlarını kullanmaktı. MIRI'da diferansiyel ekspresyon sergileyen disülfideptozla ilişkili genleri (DRG'ler) tanımlamak amacıyla, diferansiyel olarak ifade edilen genler ve disülfideptoz ile ilişkili genler arasında çapraz referanslı bir analiz gerçekleştirdik. Anahtar genleri tanımlamak için makine öğrenimi algoritmaları kullanıldı ve bir hayvan modeli kullanarak seçilen diferansiyel genlerin ifade modellerini doğruladık. Bu yaklaşım, MIRI'nin başlangıcı ve ilerlemesinin altında yatan potansiyel mekanizmaların daha derin bir şekilde anlaşılmasına yönelik yeni bir bakış açısı sağlar. Bu araştırmanın birincil odak noktası, MIRI içinde yeni bir hücre ölüm mekanizmasını araştırmak, ilişkili diferansiyel genleri ortaya çıkarmak ve bu bulguları doğrulamak için ön deneyler yapmaktı. Nihai hedef, ortaya çıkan bu hücre ölümü mekanizmasına dayalı olarak MIRI'yi hafifletmek için yeni terapötik hedefler belirlemekti.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

Bu çalışma için, 6-8 haftalık ve 180-220 g ağırlığındaki dokuz Sprague-Dawley (SD) erkek sıçan, Hubei Deneysel Hayvan Araştırma Merkezi'nden [SCXK (Hubei) 20200018] seçildi. Sıçanlar, 12 saat / 12 saat aydınlık ve karanlık döngüsü, serbest içme ve yeme ile 1 hafta boyunca iklimlendirmek için belirli patojen içermeyen hayvan barınaklarında tutuldu. Bu çalışma, Zunyi Tıp Üniversitesi Üçüncü Bağlı Hastanesi Hayvan Etik Kurulu'nun onayı ile gerçekleştirilmiştir (onay numarası: (2016)-1-56). Tüm prosedürler, ABD Ulusal Sağlık Enstitüleri tarafından yayınlanan Laboratuvar Hayvanlarının Bakımı ve Kullanımı Kılavuzu'nda belirtilen önerilere uygun olarak gerçekleştirildi. Kullanılan hayvan sayısını en aza indirmek ve acılarını hafifletmek için sıkı önlemler alındı.

1. MIRI ve disülfideptoz ile ilgili genlerin diferansiyel ekspresyon analizi

NOT: Literatür raporu6'ya göre disülfideptoz ile ilişkili genleri taramak için GSE214122 adlı MIRI'den alınan RNA dizileme verileri seçilmiştir.

  1. GEO veritabanını açın, Arama kutusuna GSE214122 yazın ve Enter'a tıklayın. Oluşturulan Seri Matris Dosyalarını İndir bölümünün altındaki TXT formatında indirin.
    NOT: Veri analizi yapmadan önce, indirilen verilerin genellikle önceden işlenmesi gerekir. Bu, eksik değerlerin kontrol edilmesini, düşük kaliteli örneklerin ve genlerin çıkarılmasını ve veriler üzerinde normalleştirme veya standardizasyon yapılmasını içerir. Alınan GSE214122 veri seti, sahte olarak işletilen ve MIRI gruplarından örnekler içeriyordu.
  2. DESeq2 paket7'yi kullanarak numunelerin diferansiyel gen ekspresyon analizini gerçekleştirin. |log2FC|>1 (2'den büyük kat değişimi) ve FDR<0.05 olan genleri istatistiksel olarak anlamlı olarak düşünün, bu da MIRI ile ilişkili diferansiyel olarak ifade edilen genlerin tanımlanmasıyla sonuçlanır. R'nin pheatmap paketi7'yi kullanarak adım 1.2'de diferansiyel gen ekspresyonunun bir ısı haritasını oluşturun.
  3. R'nin VennDiagram paketi7'yi kullanarak bir Venn şeması oluşturun (Malzeme Tablosuna bakın). R7'de bir EnhancedVolcano paketi kullanarak disülfideptozla ilgili genleri görselleştirmek için Volkan grafikleri oluşturun.
  4. STRING veritabanını7 kullanarak MIRI'nin diferansiyel olarak ifade edilen genlerini disülfideptoz genleriyle birleştiren bir PPI ağı oluşturun (bkz. Malzeme Tablosu).

2. Sıçan MIRI modelinin inşası

  1. Anestezi yapmadan önce fareleri gece boyunca oruç tutun. Sıçanları% 2 sodyum pentobarbital (40 mg / kg) intraperitoneal enjeksiyonu ile uyuşturun ve uzuvları sırtüstü pozisyonda bir sıçan tahtasına sabitleyin. Ayak parmağını sıkıştırmaya, sağa çevirme refleksinin kaybına ve göz kırpma refleksine yanıt vermeyerek anestezi derinliğini onaylayın. Anestezi altındayken kuruluğu önlemek için veteriner merhemi kullanın.
  2. Boyun ve göğüs derisini iyodofor ile dezenfekte edin ve% 75 alkol ile deiyodinat edin. Boynun kürkünü ve sol göğsü elektrikli bir tıraş bıçağıyla tıraş edin ve bir neşter ile yaklaşık 2,5 cm uzunluğunda medyan bir boyun kesisi yapın (bkz.
  3. Trakeayı forseps ile ayırın ve küçük bir hayvan ventilatörüne3 bağlantı ile endotrakeal entübasyon yapın (bkz. Malzeme Tablosu).
  4. Oftalmik makasla sternumun sol tarafı boyunca uzunlamasına 4 cm kesin ve üçüncü ve dördüncü kaburgalar arasındaki plevrayı ortaya çıkarmak için deri altı kasları forseps ile künt bir şekilde ayırın.
  5. Neşteri 45°'lik bir açıyla tutarken ksifoid prosesten sol ikinci interkostal boşluğun ortasına kadar 4-5 cm'lik bir kesi yapın. İnterkostal boşluğa erişmek için oftalmik forseps kullanarak pektoralis majör ve ön serratus kaslarını nazikçe ve yavaşça ayırın.
  6. Oftalmik makas kullanarak sol, üçüncü ve dördüncü kaburgalar arasında 1,5 cm'lik enine bir kesi yapın. Oftalmik forseps kullanarak perikardın disekeksiyonundan sonra, aort kökündeki koroner ostium'u tanımlamak için sol atriyal apendiksleri forseps ile kaldırın.
  7. Pulmoner koni ile sol atriyal apendiks arasındaki sol ön inen koroner arteri 6-0 sütür kullanarak ligatür yapın (bkz.
  8. 30 dakika sonra, 120 dakika boyunca reperfüzyona izin vermek için dikişi gevşetin, ardından 6-0 sütür kullanarak kas ve cilt katmanlarını kapatın. Penisilini (Malzeme Tablosuna bakınız) intraperitoneal olarak 80.000-100.000 ünite enjekte ederek uygulayın.
  9. Sahte grupta, model grup için yapılan tüm prosedürleri gerçekleştirin, ancak ligasyon veya reperfüzyon olmadan sadece sol ön inen koroner arteri geçirin.
  10. Sıçanlar bilincini geri kazandığında, endotrakeal tüpleri çıkarın. Fareleri, yiyecek ve suya ücretsiz erişime sahip olacakları kurtarma için hayvan tesisine geri koyun. Ameliyata tabi tutulan fareyi steril bir laboratuvarda bağımsız bir havalandırma sistemine sahip tek bir kafeste barındırın.
  11. 30 dakika iskemi ve 120 dakika reperfüzyon sırasında ekokardiyografi yapın. Sol ventrikül ejeksiyon fraksiyonu %50'den az ölçüldüğünde modelleme başarılı kabul edildi1,6.

3. Kalp dokusunu hasatedin 3

  1. 120 dakikalık reperfüzyondan sonra, karbondioksitin solunmasıyla ötenazi uygulamak için fareleri ötenazi kabına yerleştirin. Sıçanın kalp dokularını hemen toplayın.
  2. Farelerin karın kıllarını bir tıraş cihazıyla çıkarın ve göğsün ön bölgesini iyot ve% 75 alkol ile sterilize edin. Sıçanın karın boşluğunu karnın orta hattı boyunca bir neşter ile inceleyin.
  3. Cildi ksifoid süreçten yukarı doğru cerrahi makasla submandibular boşluğa doğru kesin ve torasik kafesi ve yüzeysel servikal kas tabakasını ortaya çıkarmak için cildi ve deri altı dokusunu her iki tarafa forseps ile künt bir şekilde soyun (bkz.
  4. Kalbi ortaya çıkarmak için orta hat boyunca göğüs ve plevrayı cerrahi bir makasla açın, aortu vasküler bir klipsle klempleyin ve arteri oftalmik makasla kesin. Kalbi çıkarın ve buz banyosunda soğuk tuzlu su içinde 1 mm'lik3 doku bloğuna diseke edin ve 48 saat boyunca% 4 paraformaldehit ile sabitleyin (bkz.

4. Hematoksilen-eozin (H & E) boyaması

  1. Dehidrasyon ve gömme: Her solüsyonda 1 saat boyunca sırayla %75 alkol, %85 alkol, %95 alkol (I), %95 alkol (II), %100 alkol (I) ve %100 alkol (II) içinde ıslatarak kalp dokusu bloğunu kurutun. Her çözeltiye 15 dakika daldırarak ksilen (I) ve ksilen (II) ile şeffaflaştırın. Kalp dokusu bloğunu sırayla 20-30 dakika boyunca sıvı parafin (I), parafin (II) ve parafin (III) içine yerleştirin. Parafin bloğunun katılaşana kadar doğal olarak soğumasına izin verin.
  2. Parafine gömülü kalp dokusu bloğunu bir parafin dilimleme makinesi kullanarak 4 μm'lik bölümlere ayırın (bkz. Malzeme Tablosu). Bölümleri 45 ° C'lik bir su banyosunda yumuşak bir fırça ile düz bir şekilde yerleştirin ve ardından tamamen genişlemiş bölümleri bir sürgü ile alın.
  3. Mum alma: Dilimleri 55 °C'de 30-60 dakika fırında pişirin ve ksilen (I) ile 5-10 dakika ve ksilen (II) ile 5-10 dakika mumdan arındırın. Daha sonra ksileni mutlak etanol ile 1-5 dakika, %95 etanol ile 1-5 dakika ve %75 etanol ile 1-5 dakika yıkayın ve musluk suyu ile 1-5 dakika durulayın.
  4. Boyama: 5-20 dakika hematoksilen solüsyonu ile boyayın, 5-10 saniye musluk suyu ile durulayın, 15-30 saniye eozin solüsyonu ile boyayın ve 30 saniye boyunca% 75 -% 85 etanol ile yıkayın.
  5. Dehidrasyon, şeffaf ve sızdırmazlık: 0,5-2 dakika boyunca% 95 etanol (I) ve% 95 etanol (II) 2-5 dakika dehidre edin, ardından 2-5 dakika boyunca mutlak etanol (I) ve 2-5 dakika boyunca mutlak etanol (II) . Ksilen (I) ile 1 dakika ve ksilen (II) ile 1 dakika şeffaflaştırın ve ardından dilimin üzerine iki damla nötr reçine ekleyerek dilimi kapatın ve bir kapak camı yerleştirin. Dilimi nötr reçine ile doldurmak için kapak camına hafifçe bastırın (Malzeme Tablosuna bakın).
  6. Her dilimi optik mikroskop altında 200x büyütmede iki bağımsız teknisyen tarafından çift kör bir şekilde gözlemleyin.
    1. Miyokard tıkanıklığı, kanama, fibroz, nekroz ve dejenerasyonu değerlendirmek için rastgele üç görsel alan seçin. Aşağıdaki puanlama kriterlerini kullanın: 0 lezyon olmadığını gösterdi; 0-1 belirtilen lezyonlar belirlenen alanın 1 / 4'ünden daha azdı; 1-2 belirtilen lezyonlar, belirlenen alanın yaklaşık 1/4−1/2'si arasında değişmektedir; Belirtilen 2-3 lezyon, belirlenen alanın yaklaşık 1/2−3/4'ü arasında değişmektedir; ve belirtilen 3-4 lezyon belirlenen alanın 3/4'ünden daha büyüktü.

5. TUNEL testi

  1. Proteinaz K'yi fosfat tampon çözeltisi (PBS) ile 40 μg/mL'ye seyreltin ve tüm numune alanını kaplayacak şekilde adım 4.3'te hazırlanan 4 μm'lik bölümlere 100 μL proteinaz K ekleyin ve oda sıcaklığında 10 dakika inkübe edin.
    NOT: Proteinaz K, TUNEL apoptoz tespit kitine dahildir (bkz. Malzeme Tablosu).
  2. Bölümü 2x PBS ile her biri 5 dakika yıkayın, fazla sıvıyı filtre kağıdı ile emerek çıkarın ve bölümü ıslak bir kutuda nemli tutun.
    NOT: Proteinaz K, sonraki etiketleme reaksiyonlarına müdahale etmemek için yıkanarak temizlenmelidir.
  3. 2 μL TdT enzimi ve 48 μL TUNEL reaksiyon tamponu içeren 50 μL TUNEL reaksiyon solüsyonunu homojen bir şekilde ekleyin ve bölümü karanlıkta 37 ° C'de 2 saat inkübe etmek için ıslak bir kutuya yerleştirin.
    NOT: TdT enzimi ve TUNEL reaksiyon tamponu, TUNEL apoptoz tespit kitine dahildir.
  4. TUNEL reaksiyon solüsyonunu atın ve 2x'i PBS ile her biri 5 dakika durulayın. Bölümü 3x'i her biri 5 dakika boyunca %0.1 Triton X-100 ve 5 mg/mL BSA içeren PBS ile yıkayın.
  5. Düzgün bir şekilde 50 μL DAPI boyama solüsyonu ekleyin ve karanlıkta oda sıcaklığında 10 dakika inkübe edin. DAPI boyama solüsyonunu atın ve bölümü her seferinde 3x, 5 dakika PBS'ye batırın.
  6. Sırasıyla 593/614 nm ve 364/454 nm uyarma ve emisyon dalga boylarında TUNEL kırmızı ve DAPI mavi sinyalleri elde edin. Floresan mikroskobu altında 200x büyütmede görüntü yakalayın (bkz. Malzeme Tablosu).

6. İmmünohistokimyasal boyama

  1. Adım 4.3'teki bölüme 200 μL gelişmiş endojen peroksidaz bloke edici tampon ekleyin ve karanlıkta oda sıcaklığında 10 dakika inkübe edin. Bölüm 2x'i her biri 5 dakika damıtılmış suyla yıkayın.
  2. Antikor inkübasyon kutusuna 1 mL geliştirilmiş sitrat antijen alma solüsyonu ve 49 mL çift damıtılmış su ekleyin ve hafifçe karıştırın. Bölümü antijen alma solüsyonuna daldırın ve oda sıcaklığına soğutmadan önce 20 dakika boyunca 95 °C'de ısıtın (bkz. Malzeme Tablosu).
  3. Bölümü 2x PBS ile her biri 5 dakika yıkayın. F-aktin (1:100), GLUT1 (1:200), Myh9 (1:200), SLC7A11 (1:200) ve SLC3A2'ye (1:200) karşı 100 μL birincil antikorlarla inkübe etmek için bölümü antikor inkübasyon kutusuna yerleştirin 4 ° C'de gece boyunca.
  4. Bölümü 2x PBS ile her biri 5 dakika yıkayın. Bölüme 100 μL ikincil antikor ekleyin ve oda sıcaklığında 20 dakika inkübe edin.
  5. Bölümü 2x PBS ile her biri 5 dakika yıkayın. 100 μL DAB çalışma solüsyonu ile oda sıcaklığında 5 dakika boyayın ve arıtılmış su ile yıkayarak renk reaksiyonunu durdurun.
    NOT: DAB çalışma solüsyonu, DAB kromojenik solüsyon A ve DAB kromojenik solüsyon B'nin, DAB yaban turpu peroksidaz renk geliştirme kitinde bulunan 1:1 oranında karıştırılmasıyla hazırlanmıştır (bkz. Malzeme Tablosu).
  6. Kesiti 100 μL hematoksilen boyama solüsyonu ile 3 dakika boyayın ve 3 dakika akan su ile yıkayın (bkz. Malzeme Tablosu).
    NOT: Hematoksilen ve eozin boyama kiti, bir hematoksilen boyama solüsyonu içerir.
  7. Bölümü her birine 2 dakika boyunca %75 etanol, %95 etanol ve %100 etanole daldırın.
  8. Kesiti nötr reçine ile kapatın, bir kapak fişi ile örtün ve kesiti 200x büyütmede optik mikroskop altında inceleyin (bkz. Malzeme Tablosu). Kahverengi renk sergileyen dokular pozitif reaksiyonlardır. Pozitif ifade oranını, lekeli alanın görüş alanının toplam alanına oranı olarak hesaplayın. Image J yazılımını kullanarak kantitatif analiz yapın.

7. Batı lekesi tespiti

NOT: Lizis tamponu ve proteaz inhibitörü, bir BCA protein miktar tayin kitine dahil edilmiştir (bkz. Malzeme Tablosu).

  1. Adım 3.5'ten 0.1 g taze miyokard numunesini tartın ve 1 mL lizis tamponu ve 10 μL proteaz inhibitörü ile karıştırın, ardından bir cam öğütme kabında öğütün ve 4 ° C'de 10 dakika boyunca 10.304 x g'da santrifüjleyin.
  2. Süpernatanı toplayın ve üreticinin talimatlarına göre BCA yöntemini kullanarak protein miktar tayini yapın8. Süpernatanı 95 °C'de 5 dakika kaynatın.
  3. 80/120 V'ta protein elektroforezi için 10 μL numune yükleyerek %10 ayırma jeli kullanarak farklı moleküler ağırlıktaki proteinleri ayırın.
  4. Jel üzerindeki proteinleri bir PVDF membranınaaktarın 9. Daha sonra, zarı 1 saat boyunca% 5 yağsız süt tozu ile bloke edin ve gece boyunca 4 ° C'de Myh9, SLC7A11, SLC3A2 ve β-tubulin birincil antikorları ile 1:1000'lik bir seyreltmede inkübe edin (bkz.
  5. PBS 3x ile her biri 5 dakika boyunca yıkadıktan sonra, zarı ikincil antikor (1:5000; Malzeme Tablosuna bakınız) ile oda sıcaklığında 2 saat inkübe edin, ardından bir protein görselleştirme cihazı ile görselleştirmeden önce PBS 3x ile her biri 5 dakika boyunca yıkayın (bkz.
  6. Image J yazılımı 8,9'u kullanarak bantların gri tonlamalı β-tubulin oranını hesaplayın.

8. İstatistiksel analiz

  1. Verileri ortalama ± standart sapma olarak ifade edin. Tek yönlü varyans analizini ve ardından en az anlamlı farkı post hoc testini kullanarak verileri analiz edin. Ticari bir istatistiksel analiz aracı kullanarak istatistiksel analiz yapın (bkz . Malzeme Tablosu) ve p < 0.05'i istatistiksel olarak anlamlı olarak kabul edin.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

DRG'lerin MIRI'de taranması
Gene Expression Omnibus'tan alınan GSE214122 veri seti, üç sahte ve üç MIRI örnek verisi içeriyordu. R'de DESeq2 paketi kullanılarak, MIRI ve sahte örnekler arasında 1233 diferansiyel olarak eksprese edilen gen (DEG) tanımlandı. |log2FC|>2 ve FDR<0.05'e dayanarak, R'nin pheatmap paketi kullanılarak 417 önemli ölçüde farklı gen daha fazla seçildi (Şekil 1A). Daha sonra, bu 1233 DEG ve 106 DRG arasındaki 15 kesişim geni

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

Disülfideptoz, hücre şeklini ve canlılığını korumak için gerekli olan kritik bir hücresel yapı olan aktin hücre iskeleti ile yakından ilişkilidir. Aktin filamentlerinden oluşan aktin hücre iskeleti, genel hücresel şekil ve yapı verir. F-aktin, hücresel hücre iskeleti için bir belirteç görevi görür ve glikoz açlığı koşulları altında, disülfür bağları önemli ölçüde artar ve bu da F-aktinin aşağı regülasyonuna yol açar. Bu fenomen öncelikle aktin hücre iskeleti ve hücre yapışması ile ilgili...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

Yazarların ifşa edecek hiçbir şeyi yok.

Teşekkürler

Bu araştırma, Guizhou İl Bilim ve Teknoloji Bürosu (Qiankehe [2022]-583) ve Guizhou İl Geleneksel Çin Tıbbı İdaresi (QZYY-2016-019) tarafından desteklenmiştir.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
%75 alkolHunan Tongruijian Pharmaceutical Co. Ltd., Hunan, Çin85026
6-0 naylon sütürShanghai Pudong Jinhuan Medical Supplies Co. Ltd., Şangay, ÇinCS002
BCA protein miktar tayin kitiBeyotime Biotechnology, Şangay, ÇinP0011
Boğa serum albüminiBeyotime Biotechnology, Şangay, ÇinST2254
SantrifüjHunan Kaida Scientific Instrument Co. Ltd., Hunan, ÇinKH19A
DAB yaban turpu peroksidaz renk geliştirme kitiBeyotime Biotechnology, Şangay, ÇinP0203
DAPI boyama çözümüBeyotime Biotechnology, Şangay, ÇinC1006
DESeq2 paketiSürüm 4.1
Elektrikli tıraş makinesiKelmerpp235376
Geliştirilmiş endojen peroksidaz bloke edici tamponBeyotime Biotechnology, Şangay, ÇinP0100B 
Filtre kağıdıNanjing Keruicai Equipment Co., Ltd., Nanjing, Çin1.00049E+11
Floresan mikroskobuNikonECLIPSE Ci
GEO veritabanıhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
Cam öğütücüShanghai Leigu Instrument Co. Ltd., Şangay, ÇinB-013002
GraphPad PrizmaGraphPad YazılımV8.0
Hematoksilen ve eozin boyama kitiBeyotime Biotechnology, Şangay, ÇinC0105M
Image J yazılımUlusal Sağlık Enstitüleri, Bethesda, ABDv1.8.0
Geliştirilmiş sitrat antijen geri alma çözeltisi (50X)Beyotime Biotechnology, Şangay, ÇinP0083
IodophorFolca, Shenzhen, Çin1.00077E + 11
Optik mikroskopNikonECLIPSE Ci
Fosfat tampon çözeltisiBeyotime Biotechnology, Şangay, ÇinC0221A
GLUT1'e karşı birincil antikorlarProteintech Group, Inc, Wuhan, Çin21829-1-AP
MYH9'a karşı birincil antikorlarProteintech Group, Inc, Wuhan, Çin11128-1-AP
SLC3A2'ye karşı birincil antikorlarWuhan Lingsi Biotechnology Co., Ltd., Wuhan, ÇinLJS-D-7468
Proteintech Group, Inc, Wuhan, Çin'ekarşı birincil antikorlar26864-1-AP
Protein görselleştirme cihazıThermo Fisher Scientific Inc.iBright CL750
Sıçan tahtasıZhengzhou Haopai Biotechnology Co. Ltd., Zhengzhou, ÇinJPB-E
NeşterShanghai Lianhui Medical Supplies Co., Ltd., Şangay, Çin1.00471E+13
İkincil antikorWuhan Boster Biological Technology, Ltd., Wuhan, ÇinBA1054
STRING veritabanıhttps://cn.string-db.org/Sürümü 12.0
Triton X-100Beyotime Biotechnology, Şangay, ÇinST1722
TUNEL apoptoz tespit kitiProteintech Group, Inc., Wuhan, ÇinPF00009
SLC7A11

Kaynaklar

  1. Lu, Z., et al. Tripartite motif 38 attenuates cardiac fibrosis after myocardial infarction by suppressing TAK1 activation via TAB2/3 degradation. iScience. 25 (8), 104780(2022).
  2. Tu, Q., et al. EGCG decreases myocardial infarction in both I/R and MIRI rats through reducing intracellular Ca2+ and increasing TnT levels in cardiomyocytes. Adv Clin Exp Med. 30 (6), 607-616 (2021).
  3. Li, Q., et al. Histone deacetylase HDAC4 participates in the pathological process of myocardial ischemia-reperfusion injury via MEKK1/JNK pathway by binding to miR-206. Cell Death Dis. 7 (1), 240(2021).
  4. Liu, X., et al. Actin cytoskeleton vulnerability to disulfide stress mediates disulfidptosis. Nat Cell Biol. 25 (3), 404-414 (2023).
  5. Yang, L., et al. Analysis of risk genes associated with disulfidptosis-related myocardial ischemia-reperfusion injury. J Chongqing Med Univ. 49 (4), 401-408 (2024).
  6. Xiao, G., et al. CXCR1 and its downstream NF-κB inflammation signaling pathway as a key target of Guanxinning injection for myocardial ischemia/reperfusion injury. Front Immunol. 13, 1007341(2022).
  7. Zhu, E. Y., et al. Screening of immune-related secretory proteins linking chronic kidney disease with calcific aortic valve disease based on comprehensive bioinformatics analysis and machine learning. J Transl Med. 21, 359(2023).
  8. Shi, D. C., et al. Potential of Dendrobium officinale oligosaccharides to alleviate chronic colitis by modulating inflammation and gut microbiota. FoodMedHomo. 2, 9420077(2025).
  9. Ning, E. J., et al. Artemisia argyi polysaccharide alleviates intestinal inflammation and intestinal flora dysbiosis in lipopolysaccharide-treated mice. FoodMedHomo. 1 (1), 9420008(2024).
  10. Zhou, H., Wang, J., Zhu, P., Hu, S., Ren, J. Ripk3 regulates cardiac microvascular reperfusion injury: The role of IP3R-dependent calcium overload, XO-mediated oxidative stress and F-action/filopodia based cellular migration. Cell Signal. 45, 12-22 (2018).
  11. Antonipillai, J., Rigby, S., Bassler, N., Peter, K., Bernard, O. Pharmacological inhibition of LIM kinase pathway impairs platelets functionality and facilitates thrombolysis. Exp Cell Res. 382 (2), 111458(2019).
  12. Kaumeyer, B. A., et al. GLUT1 immunohistochemistry is a highly sensitive and relatively specific marker for erythroid lineage in benign and malignant hematopoietic tissues. Am J Clin Pathol. 158 (2), 228-234 (2022).
  13. Patching, S. G. Glucose transporters at the blood-brain barrier: Function, regulation and gateways for drug delivery. Mol Neurobiol. 54 (2), 1046-1077 (2017).
  14. Zhou, H., et al. 3-iodothyronamine inhibits apoptosis induced by myocardial ischemia reperfusion via the Akt/FoxO1 signaling pathway. Ann Trans Med. 10 (4), 168(2022).
  15. Pecci, A., et al. MYH9: Structure, functions and role of non-muscle myosin IIA in human disease. Gene. 664, 152-167 (2018).
  16. Girolami, A., et al. Occurrence of thrombosis in congenital thrombocytopenic disorders: A critical annotation of the literature. Blood Coagulat Fibrino. 24 (1), 18-22 (2013).
  17. Li, P., et al. SLC7A11-associated ferroptosis in acute injury diseases: Mechanisms and strategies. Eur Rev Med Pharmaco Sci. 27 (10), 4386-4398 (2023).
  18. Wu, X., et al. Dihydrotanshinone I preconditions myocardium against ischemic injury via PKM2 glutathionylation sensitive to ROS. Acta Pharma Sinica B. 13 (1), 113-127 (2023).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya şekillerini yeniden kullanmak için izin iste

İzin iste

Etiketler

Diferansiyel Gen AnaliziS an ModeliBiyoinformatik AnalizDis lfidoptoz lgili Genlermm nohistokimyaProtein EkspresyonuBiyobelirte Ke fi
Video yakında

İlgili makaleler