PC12 hücrelerinin kültürü
PC12 hücre hattı, standart kültür koşulları (37 °C, %5 CO2 nemlendirilmiş atmosfer) altında rutin bakım ile %10 fetal sığır serumu (FBS) ve %1 penisilin/streptomisin içeren Roswell Park Memorial Institute 1640 (RPMI-1640) büyüme ortamında çoğaltıldı. Deneysel prosedürler için, yapışık hücreler kültür kapları üzerine kaplandı ve birleşen tek tabakalar (yaklaşık %90 yüzey kaplaması) elde edilene kadar çoğalmasına izin verildi. Hücresel ayrışma, %0.25 tripsin-EDTA çözeltisi kullanılarak enzimatik tedavi yoluyla gerçekleştirildi ve ardından popülasyon stabilitesini sağlamak için birbirini takip eden üç alt kültürleme döngüsü yapıldı. İşlenmiş hücreler daha sonra aşağı akış deneysel uygulamaları ve analitik değerlendirmeler için tahsis edildi.
Hücre canlılığı testleri
Test kitinin üreticisi tarafından sağlanan talimatlar izlenerek PC12 hücreleri üzerindeki hemin ve Locostatin'in sitotoksisitesini değerlendirmek için hücre canlılığı değerlendirildi. PC12 hücreleri, 96 oyuklu plakalara homojen bir şekilde ekildi ve 24 saat boyunca hemin veya Locostatin ile kültürlendi. Fosfat tamponlu salin (PBS) ile yıkandıktan sonra hücreler, 37 °C'de 90 dakika boyunca %10 tetrazolyum tuzu çözeltisi içeren RPMI-1640 ortamında inkübe edildi. Optik Yoğunluk (OD) değerleri daha sonra bir mikroplaka okuyucu kullanılarak 450 nm'de ölçüldü.
Kantitatif ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-qPCR)
Toplam RNA, RNA ekstraksiyon reaktifi kullanılarak PC12 hücrelerinden ekstrakte edildi. İlk olarak numune, ekstraksiyon reaktifinde homojenize edilerek tam bir lizis sağlandı. Karışıma kloroform ilave edildi, kuvvetlice çalkalandı ve fazları ayırmak için santrifüjlendi (12.000 × g, 15 dakika, 4 °C). RNA'yı içeren sulu faz toplandı ve RNA, izopropanol (sulu faz: iPrOH = 1:1) eklenerek ve oda sıcaklığında inkübe edilerek çökeltildi. RNA'yı peletlemek için santrifüjleme yapıldı (12.000 × g, 10 dakika, 4 °C), safsızlıkları gidermek için 1 mL %70 etanol ilave edildi ve son olarak RNA peleti -80 °C'de saklanmak üzere RNaz içermeyen suda çözüldü. Tamamlayıcı DNA (cDNA) şablonları, RT Master Mix ile ters transkripsiyon yoluyla üretildi. Elde edilen şablonlar daha sonra 1:5 oranında seyreltildi ve gerçek zamanlı bir PCR cihazında kantitatif gerçek zamanlı PCR'ye tabi tutuldu. Her numune üç kopya halinde amplifiye edildi ve PCR ürününün nispi miktarının ortalaması alındı. Kullanılan primerler, temizlik geni olarak hizmet β-aktin ile Tablo 1'de listelenmiştir. Bağıl mRNA konsantrasyonu, E = 2−ΔΔCt formülü kullanılarak belirlendi ve her reaksiyon için Kritik Eşik Döngüsü (CT) Değeri kaydedildi.
Hücre içi reaktif oksijen türleri (ROS) ve lipid hidroperoksit (LPO) testleri
ROS ve LPO düzeyleri akım sitometrisi kullanılarak ölçüldü. PC12 hücreleri, 24 saat boyunca hemin (80 μM), Locostatin (5 μM) ve ML385 (5 μM) ile muamele edildi ve bulaşıklarda PBS ile 3 kez yıkandı. Hücreler daha sonra 37 °C'de %5 CO ile inkübe edildi 2 2',7'-diklorodihidrofloresein diasetat (DCFH-DA), bir ROS probu ve BODIPY 581/591 C11, bir LPO probu varlığında 40dakika boyunca. Fazla probları çıkarmak için PBS yıkamalarının ardından, floresan yoğunluğu akış sitometrisi ile ölçüldü. Tüm numunelerde tutarlı bir geçit stratejisi uygulandı: ilk olarak, hücreler enkazı dışlamak için FSC-A'ya karşı SSC-A'ya karşı kapılandı, ardından tek hücreler FSC-A'ya karşı FSC-H geçitleme ile seçildi. Boyanmamış hücreler ve tek başına hemin ile muamele edilen hücreler, floresan kompanzasyonunu ve kapılarını oluşturmak için negatif ve pozitif kontroller olarak kullanıldı. Veriler bağlantılı yazılım kullanılarak analiz edildi.
Protein ekstraksiyonu ve western blot
Toplam protein ekstraksiyonu
Tedavi edilen PC12 hücrelerinin süpernatanı atıldı, ardından buz gibi soğuk PBS ile üç yıkama yapıldı. Hücreler tripsin kullanılarak toplandı ve 5 dakika boyunca 200 × g'da santrifüjlendi. Süpernatan çıkarıldıktan sonra hücre peleti, %10 proteaz inhibitörü ve %10 fosfataz inhibitörü içeren soğuk Radyo-İmmünopresipitasyon Testi (RIPA) lizis tamponunda homojenize edildi. Buz üzerinde 30 dakikalık bir inkübasyondan sonra, lizat 4 °C'de 15 dakika boyunca 12.000 × g'da santrifüjlendi. Berrak süpernatan, Yükleme Tamponu (4:1) ile karıştırıldı ve proteinleri denatüre etmek için 95 °C'de 5 dakika ısıtıldı. Protein numuneleri daha sonra kullanılmak üzere -80 °C'de saklandı.
Western blot analizi
Proteinler, bir istifleme jeli ve çözme jeli kullanılarak SDS-PAGE ile ayrıldı ve numuneler kuyucuklara yüklendi. İstifleme jeli için 80 V'ta ve çözme jeli için 120 V'ta elektroforez yapıldı. Proteinler, 1-2 saat boyunca 300 mA'lık sabit bir akımda bir transfer sistemi kullanılarak bir poliviniliden florür (PVDF) membranına (metanol içinde 1 dakika önceden aktive edilmiş) aktarıldı. Membran, spesifik olmayan bağlanmayı önlemek için oda sıcaklığında 2 saat boyunca TBST'de %5 yağsız süt ile bloke edildi. TBST ile üç yıkamadan sonra (her biri 10 dakika), membran gece boyunca 4 °C'de inkübe edildi ve aşağıdaki birincil antikorlar TBST içinde seyreltildi: Tavşan anti-ACSL4 (1:1.000), Tavşan anti-GPX4 (1:1.000), Tavşan anti-HO-1 (1:2.000), Tavşan anti-NRF2 (1:1.000), Tavşan anti-RKIP (1:1.500) ve Fare anti-β-aktin (1:5.000). Membran 3 x 10 dakika TBST ile yıkandı ve oda sıcaklığında 2 saat HRP konjuge ikincil antikorlarla inkübe edildi: HRP etiketli Keçi Anti-Fare IgG (1:1.000), HRP etiketli Keçi Anti-Tavşan IgG (1:1.000). 3 x 5 dakikalık ek TBST yıkamalarından sonra, protein sinyalleri bir ECL Western Blot Kiti kullanılarak görselleştirildi ve ImageJ yazılımı kullanılarak ölçüldü.
İmmünofloresan boyama
Hücreler, kültür plakalarına önceden yerleştirilmiş lameller üzerine ekildi ve yapışmasına izin verildi. Deneysel tedavilerden sonra süpernatan atıldı ve hücreler PBS ile 3 kez yıkandı. Hücreler, oda sıcaklığında 15 dakika boyunca %4 paraformaldehit (PFA) ile sabitlendi, ardından üç PBS yıkaması yapıldı. Daha sonra hücreler, oda sıcaklığında 10 dakika boyunca %0.1 Triton X-100 ile geçirgenleştirildi ve 3 kez PBS ile yıkandı. Spesifik olmayan bağlanma, oda sıcaklığında 30 dakika boyunca %3 sığır serum albümini (BSA) ile inkübe edilerek bloke edildi. Birincil antikorlar gece boyunca 4 °C'de uygulandı: Tavşan anti-HO-1 (1:500), Tavşan anti-NRF2 (1:500). Ertesi gün üç PBS yıkamasından sonra hücreler, oda sıcaklığında 1 saat boyunca karanlıkta floresan ikincil antikorlarla inkübe edildi: Alexa Fluor 488 etiketli Keçi Anti-Tavşan IgG (1:500). Son yıkamaların ardından numuneler, nükleer karşı boyama için 4',6-diamidino-2'-fenilindol (DAPI) içeren montaj ortamı ile monte edildi. Görüntüler konfokal lazer tarama mikroskobu kullanılarak yakalandı.
İstatistiksel analiz
Ölçüm verileri ortalama ± standart sapma (S.D.) olarak ifade edildi. Analiz için üç bağımsız kopya tahlilinden elde edilen sonuçları temsil eden nicel veriler alındı. İki grup arasındaki karşılaştırmalarda t-testi, çoklu gruplar arasındaki karşılaştırmalarda tek yönlü varyans analizi (ANOVA) ve çoklu karşılaştırmalar için Tukey's post hoc testi uygulanmıştır. P değerinin 0,05 < olması istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi.