$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Bu çalışma, insan katılımcılar veya hayvanlar üzerinde doğrudan deney yapılmamıştır. Tüm çalışmalar, tanımlanabilir hasta bilgisi veya insan dokusunun doğrudan ele alınması içermeyen kamuya açık olan, anonimleştirilmiş LC25000 histopatolojik görüntüler veri seti kullanılarak gerçekleştirildi. Kurumsal İnceleme Kurulu (IRB) veya Kurumsal Hayvan Bakım ve Kullanım Komitesi (IACUC) onayı gerekmiyordu. Tüm prosedürler etik standartlara uygun ve veri setinin akademik araştırma kullanım şartlarına uyuyordu. Şekil 2, iş akışı diyagramının adımlarını göstermektedir.

Şekil 2: Önerilen yöntemin iş akışı. İş akışı, veri ön işleme, artırma, model eğitimi ve değerlendirmeyi içerir. Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayın.
Veri seti açıklaması
Bu çalışma için LC25000 veri seti kullanıldı. 25.000 histopatolojik görüntüden oluşuyordu ve hepsi JPEG dosyaları olarak eşit biçimlendirilmiş, 768 × 768 piksel çözünürlükteydi. Veri seti, 250 iyi huylu akciğer dokusu görüntüsü, 250 akciğer adenokarsinomu, 250 akciğer skuamöz hücreli karsinom, 250 iyi huylu kolon dokusu görüntüsü ve 250 kolon adenokarsinomu dahil olmak üzere 1.250 orijinal görüntüden oluşan ilk bir setten oluştu. Kalan görüntüler, veri setini genişletmek için veri artırma yoluyla oluşturulmuş, böylece sağlam model eğitimi ve doğrulama için çeşitli ve kapsamlı bir koleksiyon sağlanmıştır.
Yüksek çözünürlüklü görüntüler, hücresel yapıların ayrıntılı incelenmesine olanak sağladı ve bu, doğru kanser sınıflandırması için hayati önemdeydi. Orijinal görüntü sayısının sınırlı olması nedeniyle veri artırma gerekliydi; Veri seti boyutunu ve çeşitliliğini sentetik olarak artırmak için döndürme, taklama, yakınlaştırma ve kaydırma gibi teknikler kullanıldı. Bu süreç, sınıf dengeli şekilde ek 23.750 sentetik görüntü üretti ve her sınıf artırım sonrası 5.000 görüntü içeren nihai veri seti 25.000 görüntü elde etti.
Veri ön işleme
Veri setindeki ham histopatolojik görüntülerin çözünürlüğü 768 × 768 piksel arasındaydı. EfficientNetB7 mimarisiyle uyumluluğu sağlamak ve hesaplama verimliliğini en üst düzeye çıkarmak için her görüntü 768 × 768'den 224 × 224 piksele boyutlandırıldı. Bu boyutlandırma süreci, temel histolojik özellikleri koruma ile hesaplama yükünü azaltmak arasında bir denge oluşturuyordu. Boyutlandırma işlemi matematiksel olarak şu şekilde gösterilmiştir
Denklem 1:
(1)
burada X orijinal görüntüyü gösterirken, Xyeniden boyutlandırılmış görüntüydü ve h ile w sırasıyla istenen yükseklik ve genişlikti. Tüm piksel değerleri 0'dan 1'e kadar normalleştirildi; bu da görüntüler arasında tutarlı bir girdi dağılımı sağlayarak eğitimi stabilize edip hızlandırdı. Bu normalizasyon, Denklem 2'de gösterildiği gibi matematiksel olarak hesaplandı. Bu adım, eğitim sırasında model yakınsamasını artırmak için çok önemliydi.
(2)
Veri artırma, özellikle sınırlı ve dengesiz veri setleriyle tıbbi görüntüleme bağlamında, derin öğrenme modellerinin sağlamlığını ve uygulanabilirliğini artırmak için kritik bir teknik olarak kullanıldı. Bu çalışmada, histopatolojik görüntülerde in vivo varyasyonu simüle etmek için TensorFlow'un ImageDataGenerator modülü kullanılarak çeşitli artırma teknikleri uygulanmıştır. Bu teknikler, doku yönümü değişkenliğini simüle etmek için 20 dereceye kadar rastgele dönüşler, slayt hazırlığı sırasında konum değişkenliğini taklit etmek için görüntü boyutlarının %20'sine kadar yatay ve dikey kaydırmaları ve büyütme seviyelerindeki değişkenliği yansıtmak için %20'ye kadar rastgele zoomları içeriyordu.
Ayrıca, yatay çevirme işlemi yapılan ve ayna görüntü varyasyonları ortaya koyularak eğitim veri seti daha da zenginleştirildi. Bu dönüşümler sırasında oluşan yeni sentezlenen pikselleri yönetmek için, geçişleri sorunsuz sağlamak ve önemli histolojik özelliklerin bütünlüğünü korumak için en yakın komşu doldurma stratejisi benimsendi. Artırma için kullanılan 2D dönüş matrisi Denklem 3'te temsil edilir ve Denklem 4, kademeli bir değişimle bir fonksiyon tanımlar:
(3)
(4)
Bu artırma teknikleri, sınıf dengesizliği, hafif histolojik varyasyonlar ve veri seti sınırlamaları gibi zorlukları telafi ederek modelin değişmez özellikleri öğrenmesini ve aşırı uyum riskini azaltmasını sağladı. Veri setini sentetik olarak genişleterek ve kontrollü değişkenliği dahil ederek, veri artırma modelin yeni, görülmeyen verilere genelleme yeteneğini önemli ölçüde artırdı ve böylece akciğer ve kolon kanseri teşhisinde klinik uygulama için daha güçlü ve sağlam bir sistem üretti.
Model mimarisi
Model, görüntü sınıflandırma görevlerinde performansı, ölçeklenebilirliği ve etkinliğiyle tanınan son teknoloji derin öğrenme ağı olan EfficientNetB7 mimarisi temelinde geliştirilmiştir. EfficientNetB7, derinlik olarak ayrılabilir konvolüsyonları içeren bir dizi Mobil Ters Tırboğaz Konvolüsyonu (MBConv) blokları kullanılarak inşa edilmiştir. Bu yapısal tasarım modeli etkili bir şekilde sıkıştırdı ve performans kaybı minimumla parametre sayısında önemli azalmalar sağladı. Bu yenilik, modelin yüksek doğruluk ve daha düşük hesaplama maliyetleri elde etmesini sağladı ve özellikle histopatolojik görüntü analizi gibi hesaplama açısından yoğun uygulamalar için uygun hale geldi. Şekil 3 , önceden eğitilmiş EfficientNetB7'nin model mimarisini göstermektedir.

Şekil 3: EfficientNetB7'nin model mimarisi. Bu şekil, EfficientNetB7 modelinin ayrıntılı yapısını göstermekte, görüntü sınıflandırması için kullanılan ana katmanlarını ve fonksiyonel bloklarını göstermektedir. Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayın.
Model, EfficientNetB7'nin giriş gereksinimlerini karşılamak için orijinal boyutları olan 768 × 768 pikselden 224 × 224 piksele kadar yeniden boyutlandırılmış önceden işlenmiş histopatolojik görüntüleri kabul etti. Her görüntü, ağ içinde toplu normalizasyon, Swish aktivasyon fonksiyonları ve konvolüsyon işlemleri dahil olmak üzere birkaç süreçten geçti. Parti normalizasyonu, Denklem 5'te gösterildiği gibi hesaplandı. Swish aktivasyon fonksiyonu, doğrusal olmayanlığı getirdi ve ReLU gibi geleneksel fonksiyonlara kıyasla daha hızlı ve verimli eğitimi mümkün kıldı. Bu katmanlar, hiyerarşik özellikleri çıkarmak ve geliştirmek için tasarlanmıştı; böylece modeller, görüntüler ağ boyunca yayılırken düşük seviyeden yüksek seviyeye doğru kademeli olarak öğrenebilir.
(5)
ImageNet veri seti üzerinde önceden eğitilen EfficientNetB7'nin konvolüsyon omurgası, geniş bir görüntü alanı yelpazesinde etkili olan son derece genelleştirilebilir bir özellik dedektör seti sağladı. Önceden eğitilen taban, genellikle yüksek sınıf içi değişkenlik ve ince tanenli özelliklerle karakterize edilen histopatolojik görüntülerde ince ama bilgilendirici desenleri yakalamada kilit rol oynamıştır. Konvolüsyon katmanlardan çıkan çıktı, küresel ortalama havuzlama katmanına iletildi ve bu katman, mekânsal boyutları her görüntü için tek bir özellik vektöre indirgendi. Bu vektör, konvolüsyon katmanların öğrendiği en ilgili özellikleri kapsele ederek, tam bağlantılı katmanlarla uyumluluk için tek boyutlu bir diziye düzleştirildi. Akciğer ve kolon kanserinin gelişmiş tespiti algoritması, Ek Dosya 1'de sunulmaktadır.
Sonraki ağ mimarisi, sırasıyla 128 ve 64 birimlik iki yoğun (tamamen bağlı) katman içeriyordu. Her iki katman da Doğrultu Doğrusal Birim (ReLU) aktivasyon fonksiyonunu kullanarak ek doğrusal olmayan bir özellik ekledi ve çıkarılan özellikleri ince ayarladı, böylece model veri içindeki daha hassas desenleri ve ilişkileri tanıdı. Modelin son katmanı, veri setindeki beş sınıftan birini temsil eden beş nöronlu bir SoftMax çıkış katmanıydı. SoftMax fonksiyonu, sınıflar arasında olasılık dağılımını üretti ve bu durum, modelin her giriş görüntüsü için tahminini yansıttı; bu, Denklem 6'da açıklandığı gibi:
(6)
En son konvolüsyon tekniklerin, sağlam düzenlemenin ve etkili optimizasyon stratejilerinin birleşimi, yüksek riskli tıbbi görüntü sınıflandırması için çok uygun bir derin öğrenme modeli ortaya çıkardı. Model, akciğer ve kolon kanseri teşhisinde klinik uygulama potansiyeli göstererek hassasiyet, ölçeklenebilirlik ve operasyonel verimlilik sağladı. Bu çerçevede, düzenleme öncelikle gelişmiş veri artırma ve erken durdurma yöntemiyle gerçekleştirildi; yoğun katmanlara açık bir kopma veya ağırlık kaybı uygulanmadı.
Eğitim ve doğrulama
Histopatolojik görüntü sınıflandırması için konvolüsyon sinir ağının (CNN) doğrulama ve ön eğitim hattı, LC25000 histopatolojik görüntü sınıflandırması için model performansını optimize etmek ve iyi genellemeyi sağlamak amacıyla tasarlanmıştır. Pipeline, orijinal 768 × 768 piksellik görüntülerin EfficientNetB7 mimarisinin giriş gereksinimlerini karşılamak için 224 × 224 piksele düşürülmesini içeren kapsamlı ön işlemeyle başladı. Piksel yoğunlukları [0, 1] aralığına normalize edilip, eğitimi stabilize etmek ve hızlandırmak için ve rastgele dönüşler, kaymalar, yakınlaştırmalar ve yatay taklalar gibi veri artırma teknikleri uygulanarak değişkenlik yarattı ve aşırı uyumu azalttı. Bu ön işleme işlemleri, modelin değişmez özellikleri öğrenmesini ve yeni verilere iyi şekilde genelleştirmesini sağladı.
ImageNet veri seti üzerinde önceden eğitilmiş EfficientNetB7 modeli, temel olarak kullanıldı ve ince histolojik desenleri tanımlayabilen sağlam bir özellik detektör seti sağladı. Model, daha sonra Rectified Linear Unit (ReLU) fonksiyonuyla etkinleştirilen iki yoğun katman (128 ve 64 birim) ile ince ayar yapıldı ve ardından beş sınıf sınıflandırma için SoftMax çıkış katmanı eklendi. Bu mimari, hem hassasiyet hem de hesaplama verimliliği açısından optimize edilmiş, böylece tıbbi görüntü analizi için oldukça uygundur. θ için Adam optimizer güncelleme kuralı Denklem 7'de gösterilmiştir.
(7)
Model eğitimi, Adam optimizatörü kullanılarak 128 görüntüden oluşan gruplar halinde gerçekleştirildi; bu cihaz, etkili yakınsamayı teşvik etmek için öğrenme hızını uyarlayıcı olarak ölçeklendirdi. Doğrulama kaybını izlemek ve herhangi bir iyileşme gözlemlenmezse eğitimi durdurmak için erken bir durdurma kriteri uygulandı; böylece aşırı uyum önlendi ve hesaplama kaynakları optimize edildi. Eğitim boyunca, doğruluk, kayıp, hassasiyet ve geri çağırma gibi temel performans ölçütleri verilerin %20'sini oluşturan bir bekletme doğrulama seti kullanılarak takip edildi. Beklenen set, modelin genelleme yetenekleri hakkında kritik bilgiler sağladı ve görünmeyen verilere aşırı uyum sağlama riskini azalttı.
Gelişmiş ön işleme, veri artırma ve optimizasyon stratejilerinin entegrasyonu, akciğer ve kolon kanseri tespitinde klinik uygulama potansiyeli açısından mükemmel model doğruluğu ve sağlamlığı sağladı. Tüm deneyler, 16 GB bellek ve 64 GB sistem RAM'ine sahip bir NVIDIA Tesla P100 GPU üzerinde gerçekleştirildi. Tam eğitim boru hattı — ön işleme, artırma ve model optimizasyonu dahil — yaklaşık üç saat sürdü ve 128 parti büyüklüğüyle on dönemi tamamladı. Bu hesaplamalı altyapı, klinik araştırma ortamlarına uygun makul eğitim sürelerini koruyarak büyük, artırılmış veri setini verimli yönetmek üzere seçilmiştir.
Tekrarlanabilirlik için tüm kritik hiperparametreler açıkça belirtilmiştir. Model, Adam optimizatörü kullanılarak 0.001 sabit öğrenme oranıyla eğitilmiştir. Eğitim en fazla 10 dönem boyunca gerçekleştirildi; doğrulama kaybına dayalı erken durma ve aşırı donanımı önlemek için üç dönemlik sabır uygulandı. Hem eğitim hem de doğrulama aşamalarında 128 adet parti büyüklüğü kullanıldı. Tutarlı sonuçlar sağlamak için, veri yükleme ve model eğitiminin tüm aşamalarında rastgele tohum 42'ye ayarlandı. Eğitim sırasında öğrenme hızı düşüşü programı uygulanmadı.
Protokol, sistematik ön işleme, iyi kalibre edilmiş hiperparametreler, titiz doğrulama şemaları ve açık hesaplama ortamını birleştirerek hem doğruluk hem de tekrarlanabilirliği teşvik ediyordu. Sağlam derin öğrenme mimarisi, etkili optimizasyon ve tekrarlanabilir deneysel tasarımı entegre ederek iş akışı, histopatolojik görüntü sınıflandırması için sağlam bir temel oluşturdu. Akciğer ve kolon kanseri tespitinde güçlü performans göstermenin yanı sıra, protokol gelecekteki araştırmalarda benzer biyomedikal görüntüleme zorluklarına genişletilebilecek ölçeklenebilir bir çerçeve tanımladı.
Model geliştirme sırasında, güvenilir ve tekrarlanabilir sonuçlar elde etmek için birkaç pratik ayarlama uygulandı. Sınıf dengesizliği ve aşırı uyumu ele almak için erken durdurma ve gelişmiş veri artırma yöntemleri kullanıldı. Eğitim sırasında yüksek bellek kullanımı, görüntülerin boyut boyutu 224 × 224 piksele ve 128 parti boyutu kullanılarak azaltıldı. Yavaş yakınsamayla karşılaşıldığında, öğrenme oranı ampirik olarak 0.001'e ayarlandı. Veri yükleme hatalarını önlemek için görsel dizin yapısının manuel doğrulanması yapıldı ve tekrarlanabilirliği sağlamak için rastgele tohumlar düzeltildi. Bu stratejiler, büyük histopatolojik görüntü veri setlerine sahip derin öğrenme modellerini eğitmede benzer zorluklarla karşılaşan araştırmacılar için pratik rehberlik olarak hizmet edebilir.
İstatistiksel analiz
Modelin performansının istatistiksel modellemesi, doğruluk, istikrar ve genellenebilirlik değerlendirmek için kapsamlı bir metrik seti kullanılarak gerçekleştirildi. Temel değerlendirme ölçütleri arasında hassasiyet, hatırlama, F1 puanı ve sınıflandırma performansını niceleyen doğruluk yer aldı. Kafa karışıklığı matrisi, sınıfa özgü hata metriklerini raporlamak için kullanıldı ve bu metrikler 8-10 denklemlerine göre hesaplandı:
(8)
(9)
(10)
Ayrıca, tahmin doğruluğunu değerlendirmek için Ortalama Kare Hata (MSE), Kök Ortalama Kare Hata (RMSE) ve Ortalama Mutlak Hata (MAE) gibi hata ölçümleri değerlendirildi ve Denklemler 11-13 kullanılarak hesaplandı:
(11)
(12)
(13)
Alıcı Çalışma Karakteristikası (ROC) eğrisi ve Eğri Altındaki Alan (AUC), modelin farklı eşiklerde sınıflar arasında ayrım yapma yeteneğini değerlendirmek için kullanıldı. AUC, Denklem 14'te gösterildiği gibi hesaplandı:
(14)
Bu istatistiksel analizler, modelin sınıflandırma performansını, sağlamlığını ve görülmeyen verilere genelleştirilmesini kapsamlı bir şekilde değerlendirdi.
Ablasyon çalışması
Her bileşenin sınıflandırma çerçevesindeki katkısını daha iyi değerlendirmek için, nihai modelin belirli mimari unsurlarının seçici olarak çıkarılması veya değiştirilmesiyle bir ablasyon çalışması yapıldı. Özellikle, iki alternatif deneysel konfigürasyon değerlendirildi: bir konfigürasyon hem Küresel Ortalama Havuzlama hem de Flatten katmanlarını içeriyordu, ardından iki yoğun katman (sırasıyla 128 ve 64 birim); diğer yapılandırmada hem Flatten katmanı hem de 128 birimlik yoğun katman çıkarılmış, sadece Küresel Ortalama Havuzlama katmanı ve tek bir 64 birimlik yoğun katman kaldı.
Ana sonuçlarda bildirildiği gibi, tüm mimari yaklaşık %96 doğruluk sağlamıştır. Flatten katmanı hariç tutulduğunda ve Küresel Ortalama Havuzlama sonrası sadece 128 ve 64 birimlik yoğun katmanlar kullanıldığında, doğrulama doğruluğu %81,6'ya düştü. Buna karşılık, 128 birimlik yoğun tabaka hariç tutulduğunda ve Flatten tabakası korunduğunda, doğrulama doğruluğu %88'e düştü. Bu sonuçlar, optimal sınıflandırma performansına ulaşmak için hem ekstra yoğun katmanın hem de uygun mimari bileşenlerin dahil edilmesinin gerekliliğini gösterdi. Ablasyon deneylerinden elde edilen bulgular, Küresel Ortalama Havuzlama, Düzleştirme ve iki tam bağlantılı katmanın birleşiminin daha ifade edici bir özellik temsili sağladığını ve bunun sonucunda daha sağlam ve doğru histopatolojik görüntü sınıflandırması sağladığını tutarlı şekilde göstermiştir.