Yöntem makalesi

Kemik İliği Mesenkimal Kök Hücre Araştırmasında Sirtuin Ailesi: Web of Science ve R ile Bibliyometrik Analiz

DOI:

10.3791/68913

⸱

30 Aralık 2025

 ,  , 
1Department of Prosthodontics, Tianjin Stomatological Hospital, School of Medicine, Nankai University, 2Tianjin Key Laboratory of Oral and Maxillofacial Function Reconstruction, 3Department of Periodontics, Tianjin Stomatological Hospital, School of Medicine, Nankai University

Bu makalede

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu çalışma, Web of Science ve R kullanılarak kemik iliği mezenkimal kök hücre çalışmalarında Sirtuin ailesinin araştırma eğilimlerini belirlemek için bibliyometrik bir protokol sunmaktadır.

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu çalışma, kemik iliği mezenkimal kök hücre araştırmalarında Sirtuins (SIRTs) ailesinin araştırma eğilimleri ve bilgi yapılarının sistematik olarak haritalanması için kapsamlı bir bibliyometrik protokol sunmaktadır. Protokol, Web of Science Core Collection'dan önceden tanımlanmış arama terimleriyle yapılandırılmış literatür başvurusunu, İngilizce makale ve incelemeleri taramak için açık dahil etme ve dışlama kriterlerinin uygulanmasını ve R'deki bibliometrix paketi aracılığıyla derinlemesine bibliyometrik analizi içerir. Temel metodolojik adımlar arasında veri bulma ve temizleme, tanımlayıcı istatistiksel analiz, anahtar kelime ortak oluşum değerlendirmesi, iş birliği ağı haritalanması ve tematik içerik oluşturma yer alır. evrim ve kavramsal yapı haritaları. 2009-2024 yılları arasında 496 uygun makalenin analizi, yıllık yayınlarda belirgin bir artış olduğunu ortaya koydu ve Çin en çok katkı sağlayan kişi olarak ortaya çıktı. Soochow Üniversitesi ve yazar LI Y, sırasıyla en üretken kurum ve yazar olarak tanımlandı. Yüksek frekanslı anahtar kelimeler arasında 'mezenkimal kök hücreler', 'oksidatif stres' ve 'SIRT1' yer alıyor; tematik haritalama ise yaşlanma ve oksidatif stres gibi motor temaları vurguluyordu. Bu tekrarlanabilir ve şeffaf metodolojik çerçeve, mevcut araştırma noktalarını tanımlamakla kalmaz, aynı zamanda büyük ölçekli literatür sentezi için titiz, ölçeklenebilir bir yaklaşım sunar; böylece alandaki gelecekteki bilimsel değerlendirmeleri ve eğilim değerlendirmelerini artırılmış netlik ve tekrarlanabilirlikle destekler.

Giriş

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Kök hücreler, kendini yenileyebilen ve farklılaşma yeteneğine sahip farklılaşmamış hücrelerdir ve önemli terapötik potansiyel sunar. Kemik iliği mezenkimal kök hücreleri (BMSC) gibi yetişkin kök hücreler, erişilebilirlikleri ve embriyonik kök hücrelere kıyasla etik sorunların olmaması nedeniyle doku yenilenmesinde yaygın olarak kullanılır1. Kemik iliğinden gelen hematopoietik olmayan hücrelerdir ve çeşitli hücre tiplerine ayrılabilir ve doku onarımı ile hastalık tedavisindeyer alırlar 2,3.

Yetişkin kök hücreler, kemik iliği, yağ ve cilt dahil olmak üzere çeşitli dokularda bulunur ve embriyonik kök hücrelerle ilgili etik endişelerdenkaçınırlar 4. Bu hücreler kök hücre havuzunu korur ve farklılaşmayoluyla doku yenilenmesini destekler 5,6. Özellikle kemik iliği, hasarlı dokulara göç eden mezenkimal kök hücreler içerir ve rejenerasyonakatkıda bulunur 7,8. Uygulamalar arasında kanser, omurgalar arası disk dejenerasyonu ve bağışıklıkbozuklukları tedavisi yer almaktadır 9,10.

Sirtuin (SIRTler) ailesi, gen ifadesi, DNA onarımı ve metabolizma gibi çeşitli hücresel işlevleri düzenleyen yedi NAD+-bağımlı enzimden (SIRT1-SIRT7)oluşur. Önemli olarak, aktiviteleri çeşitli spesifik aktivatörler (örneğin, SIRT1 için resveratrol, NAD⁺prekürsorlar) ve inhibitörler (örneğin, nikotinamid, SIRT1 için EX-527) tarafından modüle edilir; bunlar kritik araştırma araçları ve potansiyel terapötikajanlardır 12. Bu proteinler farklı subhücre bölmelerinde lokalize olup, kritik biyolojik süreçlerde rol oynamıştır. Birçok çalışma, SIRT'lerin BMSC'lerde oksidatif stres yanıtı, yaşlanma ve osteojenik farklılaşmanın düzenlenmesinde öneminivurgulamıştır 12,13. Kemik iliği mezenkimal kök hücreleri, kemik iliğinden türetilen, osteoblastlar, kondrositler ve adipositler gibi çeşitli hücre tiplerine ayrılabilen hematopoietik olmayan hücrelerdir ve doku onarımında ve omurgalar arası disk dejenerasyonu, kanser ve bağışıklık bozuklukları gibi çeşitli hastalıkların tedavisinde hayati rolleroynarlar 2,9,10.

SIRT ve BMSC'ler üzerine artan literatüre rağmen, araştırma eğilimleri ve bilgi yapılarının kapsamlı bir sentezi eksik kalmaktadır. Geleneksel anlatı ve sistematik incelemeler derinlemesine tartışma ve eleştirel değerlendirme sunsa da, özellikle büyük ve hızla gelişen alanlar için öznel ve zaman alıcı olabilir. Buna karşılık, bibliyometrik analiz, büyük hacimli yayın verilerini analiz etmek için nicel ve objektif bir yaklaşım sunar; istatistiksel ve ağ analiziyle araştırma eğilimlerinin, ana katkı sağlayıcıların ve ortaya çıkan sıcak noktaların tanımlanmasınısağlar 14. Bilgi haritalama, bir araştırma alanındaki entelektüel yapıyı ve dinamik gelişmeleri görsel olarak temsil ederek bunu daha da güçlendirir; kavramsal peyzajı haritalamada ve nitel incelemelerde gözden kaçabilecek gizli kalıpları ortaya çıkarmada benzersiz bir avantajsunar 15,16,17.

Bu çalışma, BMSC araştırmalarında SIRT'lerin bilgi yapısını haritalamak için bibliyometrik bir yaklaşım kullanmaktadır. Analizin yalnızca Web of Science (WOS) Çekirdek Koleksiyonu'ndan alınan İngilizce makaleler ve incelemelere dayandığını belirtmek önemlidir; bu incelemeler, veri kalitesi ve tutarlılığı sağlarken, diğer dillerde yayımlanan veya diğer veritabanlarında indekslenen ilgili çalışmaları dışlayabilir. Buna rağmen, R'deki bibliometrix paketini kullanarak bu çalışma, bu alandaki gelişim, iş birliği ağları ve tematik odakları nesnel olarak analiz etmeyi, böylece değerli içgörüler sağlamayı ve gelecekteki araştırma yönlerini yönlendirmeyi amaçlamaktadır.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu çalışma yalnızca kamuya açık bibliyografik veriler kullandı ve insan ya da hayvanları içermedi. Bu nedenle, etik komite onayı gerekmiyordu.

1. Çalışma tasarımı

  1. Kemik iliği mezenkimal kök hücre araştırmalarında SIRT ailesi üzerine yayımlanmış literatürlerin retrospektif bibliyometrik analizini gerçekleştirin.
  2. WOS Çekirdeği'nden literatür toplamak ve bibliyografik verilerin yapılandırılmış buluşması, taraması, nicel analizi ve görselleştirmesini gerçekleştirmek.

2. Literatür bulgusu

  1. WOS Çekirdeği'ni açın ve SCI-Genişletilmiş veritabanını seçin (tüm işlem kodları ve denetim noktaları (Ek Dosya 1) bölümünde gösterilmiştir).
  2. Aşağıdaki arama stratejisini kullanın: TS=('Mezenkimal Kök Hücre*' VEYA 'Mezenkimal Stromal Hücre*' VEYA 'Kemik Iliği Stromal Hücre*' VEYA 'Çok Güçlü Mezenkimal Stromal Hücre' VEYA 'Kemik Iliği Mezenkimal Kök Hücre*') VE TS=('SIRT*' VEYA 'Sirtuin' YA da 'Sirtuins' YA YA DA 'SIRT1' YA SIRT2' YA YA SIRT3' YA DA 'SIRT6')
  3. Sonuçları yalnızca İngilizce dergi makaleleri ve derleme makalelerini içerecek şekilde filtreleyin.
  4. Yayın tarihini 1 Kasım 2024 ile sınırlayın.
  5. Seçilen referansları tam kayıtlar ve atıf edilmiş referanslarla birlikte düz metin dosyası olarak dışa aktarın.

3. Edebiyat taraması

  1. Aşağıdaki dahil etme kriterlerini kullanın:
    1. Çalışma türü: özgün araştırma makaleleri ve derleme makaleleri
    2. Dil: İngilizce yayımlanan makaleler
  2. Aşağıdaki dışlama kriterlerini kullanın:
    1. Tekrarlanan yayınları kaldırın.
    2. SIRT ve BMSC'lerle esas olarak ilgili olmayan çalışmaları (örneğin, diğer SIRT hedefleri, diğer hücre tipleri veya ilişkisiz hastalıklar üzerine çalışmalar) hariç tutun.
    3. Toplantı özetleri, konferans bildirileri, editoryaller, mektuplar, hatalar, kitap bölümleri ve patentler gibi makale türlerini hariç tutun.
    4. Tam metin erişilemeyen çalışmaları hariç tutun.

4. Veri temizleme

  1. Dışa aktarılan metin dosyasını bibliometrix paketiyle R ile açın.
  2. Metin dosyasını dönüştürücü2df() fonksiyonunu kullanarak bir veri çerçevesine dönüştürün.
  3. Tekrarlanan makaleleri hariç tutun.
  4. Başlıkları ve özetleri tararak alakasız literatürü ortadan kaldırın.

5. Veri analizi

  1. R paketleri olan bibliometrix, ggplot2, igraph, factoextra ve wordcloud'u install.packages() fonksiyonunu kullanarak Comprehensive R Arşiv Ağı'ndan yükleyin.
  2. Yıllık yayın sayısını, yazar verimliliğini, ülke katkılarını, kurumsal çıktıları ve atıf metriklerini analiz edin.
  3. Anahtar kelime sıklığını ve büyüme trendlerini keywordGrowth() kullanarak belirleyin.
  4. networkPlot() kullanarak ülkeler ve kurumlar arasında iş birliği ağları kurmak.
  5. Kaynak analiz fonksiyonları kullanarak dergi dağılımı ve etkisini değerlendirin.

6. Görselleştirme

  1. Tematik evrim ve kavramsal yapı haritaları oluşturmak için thematicMap() ve conceptualStructure() fonksiyonlarını kullanın.
  2. Grafikleri yüksek çözünürlüklü formatlarda (Taşınabilir Belge Formatı [PDF] veya Etiketlenmiş Görsel Dosya Formatı [TIFF]) figür sunumu için dışa aktarın.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Genel yayın verileri

Detaylı arama stratejisiyle WOS Çekirdek Koleksiyonu'ndan toplam 580 makale alındı. Önceden tanımlanmış dahil etme ve dışlama kriterleri uygulandıktan sonra, 84 alakasız kayıt (örneğin, BMSC'lerdeki SIRT'lere veya toplantı özetleri gibi alakasız yayın türlerine odaklanmayan çalışmalar) veya tekrarlar çıkarıldı; son analizde 496 uygun makale yer aldı. Dahil edilen tüm makaleler İngilizce olarak yayımlandı ve BMSC'ler bağlam...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Şu anda SIRT ailesi ve BMSC'ler üzerine birçok çalışma bulunmaktadır, ancak kapsamlı bir araştırma eğilimleri sentezi eksik durumda. Sirtuin 6, bilinen SIRTs ailesinin benzersiz bir üyesidir ve DNA onarımı, glikoliz, glukoneogenez, tümörjenez, nörodejenerasyon ve kalp hipertrofi18,19 ile ilgili farklı moleküler yollarda çeşitli işlevlere sahiptir. Geniş düzenleyici rolleri, yaşa bağlı hastalıklar ve kanser tedavisinde ana transla...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarların açıklamak zorunda kalacak bir çıkar çatışması yoktur.

Teşekkürler

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Araştırma ekibimizin tüm üyelerine makale hazırlama sırasında katkıları ve geri bildirimleri için teşekkür ediyoruz.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
Windows 11 işletim sistemini çalıştıran bilgisayarMicrosoft Corporation, Redmond, WA, ABD)
Rsürüm 4.4.1, R İstatistiksel Hesaplama Vakfı, Viyana, AvusturyaBibliometrix (sürüm 4.3.1), ggplot2, igraph, factoextra ve wordcloud paketleri

Kaynaklar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Henden, C., et al. NK cell cytotoxicity towards pluripotent stem cells and their neural progeny: impacts of activating and inhibitory receptors and KIR/HLA mismatch. Stem Cells. 42 (3), sxae083(2024).
  2. Zhang, Q., et al. Sodium ferulate attenuates ischaemic stroke by mediating the upregulation of thrombospondin-4 expression and combined treatment with bone marrow mesenchymal stem cells. Exp Neurol. 385 (1), 115124(2024).
  3. Kilic, K. C., et al. Therapeutic potential of adult stem cells-derived mitochondria transfer combined with curcumin administration into ARPE-19 cells in age-related macular degeneration model. Tissue Cell. 93 (1), 102687(2024).
  4. Kurani, H. P., Slingerland, J. M. DOT1L mediates stem cell maintenance and represents a therapeutic vulnerability in cancer. Cancer Res. 84 (5), Online ahead of print (2024).
  5. Ghoshal, D., et al. Multi-niche human bone marrow on-a-chip for studying the interactions of adoptive CAR-T cell therapies with multiple myeloma. Biomaterials. 316 (1), 123016(2024).
  6. Lee, Y. J., et al. Medium-sized rotator cuff tears repaired with transosseous-equivalent technique plus bone marrow stimulation yielded similar short-term outcomes regardless of whether complete or incomplete footprint coverage was achieved. Arthroscopy. 41 (7), 2262-2268 (2024).
  7. Hajivalili, M., et al. Traumatic brain injury: comprehensive overview from pathophysiology to mesenchymal stem cell-based therapies. Int Immunopharmacol. 146 (1), 113816(2024).
  8. Bartholomew, A., et al. Mesenchymal stem cells suppress lymphocyte proliferation in vitro and prolong skin graft survival in vivo. Exp Hematol. 30 (1), 42-48 (2002).
  9. Di Nicola, M., et al. Human bone marrow stromal cells suppress T-lymphocyte proliferation induced by cellular or nonspecific mitogenic stimuli. Blood. 99 (10), 3838-3843 (2002).
  10. Liao, Z., et al. Engineering extracellular vesicles restore the impaired cellular uptake and attenuate intervertebral disc degeneration. ACS Nano. 15 (9), 14709-14724 (2021).
  11. Gao, J., et al. The dynamic in vivo distribution of bone marrow-derived mesenchymal stem cells after infusion. Cells Tissues Organs. 169 (1), 12-20 (2001).
  12. Sacconnay, L., Carrupt, P. A., Nurisso, A. Human sirtuins: structures and flexibility. J Struct Biol. 196 (3), 534-542 (2016).
  13. Rajabi, N., et al. Targeting sirtuins: substrate specificity and inhibitor design. Prog Mol Biol Transl Sci. 154 (1), 25-69 (2018).
  14. Qiu, J. The definition of bibliometrics and its research object. Lib Sci Newsl. 71 (1), (1986).
  15. Guo, Y., et al. Dynamic research on the development of low-carbon technology at home and abroad based on bibliometrics and knowledge map visualization methods. Inf Sci. 33 (1), 139-148 (2015).
  16. Liu, X., et al. Based on CiteSpace, the research status and trend visualization analysis of traditional Chinese medicine in the treatment of chloasma in the past 20 years were analyzed. Acta Chin Med. 35 (10), 2480-2486 (2020).
  17. Mo, J., et al. Research progress of traditional Chinese medicine injection in the treatment of chronic kidney disease based on CiteSpace analysis. J Tradit Chin Med Univ Hunan. 40 (12), 1389-1395 (2020).
  18. Frye, R. A. Phylogenetic classification of prokaryotic and eukaryotic Sir2-like proteins. Biochem Biophys Res Commun. 273 (3), 793-798 (2000).
  19. Whitaker, R., et al. Increased expression of Drosophila Sir2 extends life span in a dose-dependent manner. Aging (Albany NY). 5 (9), 682-691 (2013).
  20. Sun, H., et al. SIRT6 regulates osteogenic differentiation of rat bone marrow mesenchymal stem cells partially via suppressing the nuclear factor-kappaB signaling pathway. Stem Cells. 32 (7), 1943-1955 (2014).
  21. Zhang, P., et al. SIRT6 promotes osteogenic differentiation of mesenchymal stem cells through BMP signaling. Sci Rep. 7 (1), 10229(2017).
  22. Ding, Y., et al. Sirtuin 3 is required for osteogenic differentiation through maintenance of PGC-1α-SOD2-mediated regulation of mitochondrial function. Int J Biol Sci. 13 (2), 254-264 (2017).
  23. Gao, J., et al. SIRT3/SOD2 maintains osteoblast differentiation and bone formation by regulating mitochondrial stress. Cell Death Differ. 25 (2), 229-240 (2018).
  24. Wang, H., et al. Sirt1 promotes osteogenic differentiation and increases alveolar bone mass via bmil activation in mice. J Bone Miner Res. 34 (6), 1169-1181 (2019).
  25. Sun, W., et al. Overexpression of Sirt1 in mesenchymal stem cells protects against bone loss in mice by FOXO3a deacetylation and oxidative stress inhibition. Metabolism. 88 (1), 61-71 (2018).
  26. Wang, Y., et al. Upregulation of Sirt1 by kartogenin enhances antioxidant functions and promotes osteogenesis in human mesenchymal stem cells. Oxid Med Cell Longev. 2018 (1), 1368142(2018).
  27. Lv, Y. J., et al. Resveratrol counteracts bone loss via mitofilin-mediated osteogenic improvement of mesenchymal stem cells in senescence-accelerated mice. Theranostics. 8 (9), 2387-2406 (2018).
  28. Chen, G., et al. Bibliometric analysis of oridonin research based on CNKI. Chin J Inf Tradit Chin Med. 26 (3), 104-109 (2019).
  29. Editorial Department of Chinese Journal of Minimally Invasive Neurosurgery. Standardization of keyword indexing. Chin J Minim Invasive Neurosurg. 26 (2), 89(2021).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya şekillerini yeniden kullanmak için izin iste

İzin iste

Etiketler

Mezenkimal K k H crelerR PaketiOksidatif StresSIRT1SenesansAnahtar Kelime Birliktelik Analizi

İlgili makaleler