EasyFiji, Fiji (ImageJ) için tasarlanmış bir grafiksel kullanıcı arayüzü eklentisidir ve yaşam bilimcileri tarafından sıkça kullanılan floresan görüntü görselleştirme ve işleme araçları paketini sunar.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
EasyFiji: Fiji'de Kullanıcı Dostu Floresan Görüntü İşleme İçin Grafiksel Arayüz
Bu makalede
Özet
Özet
Fiji (Fiji Is Just ImageJ), biyogörüntü analiz topluluğu tarafından yaygın olarak kullanılan kapsamlı ve genişletilebilir açık kaynaklı bir görüntü işleme paketidir. Ancak, hesaplamalı olmayan yaşam bilimcileri için, Fiji'nin birçok yeteneğiyle manuel etkileşimde bulunmak, derin katmanlı bir menü sistemini öğrenmek ve gezinmeyi gerektirir. Ayrıca, bazı komutların varsayılan davranışları floresans görüntü görüntüleme ve işleme için ideal değildir. Floresan mikroskopik görüntülerle çalışan yaşam bilimcileri için verimliliği artırmak amacıyla, Fiji için özenli bir grafik kullanıcı arayüzü (GUI) eklentisi olan EasyFiji'yi geliştirdik. Her EasyFiji komutu, araç ucu ile geliştirilmiş düğmeler ve kaydırımlar aracılığıyla çalıştırılır ve floresans görüntüleri için gerektiği gibi kanala özgü bir uygulama gösterir. Piksel yoğunluklarını değiştiren komutlar ayrıca tek tıklamayla yapılamaz hale gelir ve daha etkileşimli işlem mümkün olur ve otomatik olarak kaydedilip metin olarak kaydedilebilir. Bir görüntü bilgi paneli, görüntü yorumlama için kritik ayarları gösterir. Yeni görüntü işleme ve ağartıcı düzeltme fonksiyonları da sağlanır. Eklenti GitHub'da ve Fiji Güncelleme Sitesi olarak ücretsiz olarak erişilebilir. Bu protokol, floresan mikroskopi görüntülerinin görselleştirilmesi ve işlenmesi için EasyFiji arayüzünün kullanılma adımlarını özetler.
Giriş
Fiji (Fiji Is Just ImageJ), biyogörüntü analiz topluluğu 1,2 tarafından yaygın olarak kullanılan kapsamlı ve genişletilebilir açık kaynaklı bir görüntü işleme paketidir. Fiji'nin geniş genel amaçlı algoritma kod tabanı, makro dili ve eklenti arayüzüyle birlikte, hesaplama analistleri tarafından neredeyse her görüntü işleme veya analiz sorunu için çözüm sunmak üzere kolayca kullanılabilir. Ancak, az hesaplama deneyimi olan yaşam bilimleri kullanıcıları için, FIJI'nin derin katmanlı açılır menü sistemine yayılmış >1.100 komutu etkili şekilde gezinmek ve kullanmak göz korkutucu d....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Protokol
Bu protokol, EasyFiji'nin nasıl kurulacağını ve kullanılacağını açıklar.
1. EasyFiji'yi kurmak için...
- İşletim sistemine uygun en son Fiji sürümünü (>1.54g) indirin ve kullanıcının okuma/yazma erişimine sahip olduğu bir klasöre yükleyin (Fiji indirme sitesine bağlantı için Materyaller Tablosu'na bakınız).
- Fiji'yi başlatın ve Help | sayfasına geçin. Güncelleme... menü çubuğunda.
- Güncelleme penceresinde Site Güncelleme Rejimi seçeneğine tıklayın. Listeden EasyFiji'yi seçin ve ....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Sonuçlar
Çok kanallı floresan görüntülerin sahte renkli renderleri, sinyaller arasındaki mekansal veya yoğunluk ilişkilerini göstermek için kullanılabilir; ancak yerel Fiji, yalnızca algısal düzeyde renk ve parlaklığı karıştıran RGB kompozit render tekniği sunar. Bu sorunu açıklamak için Şekil 2 , N-Myc ve RNA Polimeraz II'nin (RNAPolII) iki kanallı görüntüsü kullanır. Şekil 2A'da, her kanal ayrı ayrı gri tonlu olarak gösterilir, böylece.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
Fiji, görüntü analistleri arasında yaygın olarak popüler olan açık kaynaklı bir görüntü işleme ve analiz yazılımıdır. Ancak, karmaşık menü arayüzü ve floresan görüntülerin görüntülenmesi ve işlenmesine ilişkin zaman zaman sezgisel olmayan davranışları, hesaplamalı olmayan yaşam bilimcileri için zorluklar yaratmaktadır. EasyFiji, yaşam bilimcilerine, floresans görüntülerle çalışırken gerekirse kanala özgü davranışları tutarlı şekilde sergileyen, tematik olarak düzenlenmiş ve araç ipucu il.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Açıklamalar
Yazarlar, rekabet eden finansal çıkarları veya diğer çıkar çatışmaları olmadığını belirtirler.
Teşekkürler
St. Jude's Hücre ve Doku Görüntüleme Merkezi ile BioImage Informatics Merkezi üyelerine makale hakkındaki yorumları için teşekkür ederiz. Biyolojik görüntüler şu nazikçe sağlanmıştır: Şekil 2: Melissa Marzahn ve Tanja Mittag; Şekil 3: Peng Wei ve James Morgan; Şekil 4A: Aaron Pitre; Şekil 4B: Aaron Pitre ve Woo Jung Cho; Şekil 5A: Helen Chen ve Heather Mefford; Şekil 5B: Sauradeep Sinha ve Giedre Krenciute.
....Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| EasyFiji GitHub Sitesi | Açık Kaynak | https://github.com/stjude/EasyFiji | |
| EasyFiji Image.sc forumu | Açık Kaynak | https://forum.image.sc/t/announcing-easyfiji-a-user-friendly-gui-plugin-for-fiji/117617 | |
| EasyFiji ImageJ.net sitesi | Açık Kaynak | https://imagej.net/plugins/EasyFiji_plugin#quick-start | |
| FIJI Yazılımı | Açık Kaynak | https://imagej.net/software/fiji/downloads | |
| VLC Medya Oynatıcı | Açık Kaynak | https://www.videolan.org/vlc/ |
Kaynaklar
- Schindelin, J., et al. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nat Methods. 9 (7), 676-682 (2012).
- Rueden, C. T., et al. ImageJ2: ImageJ for the next generation of scientific image data. BMC Bioinformatics. 18 (1), 5....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yeniden basım ve izinler
