Osteoartrit İlaç Hedeflerinin Tanımlanması için Mendel Randomizasyon Transkriptomiği ve Ağ Farmakolojisi

Zhiwei Zhang; Min Tu; Ning Yuan; Wenqiang Qian; Guopeng Wang; Maohua Lin; Jiefei Xie; Li Liang; Jian Guo; Bin Zhang; Shaoyong Fan; Haiming Huang

doi:10.3791/69569

Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.

Araştırma makalesi

Osteoartrit İlaç Hedeflerinin Tanımlanması için Mendel Randomizasyon Transkriptomiği ve Ağ Farmakolojisi

416 görüntülenme

⸱

DOI:

10.3791/69569

⸱

23 Ocak 2026

Zhiwei Zhang¹ , Min Tu² , Ning Yuan¹ , Wenqiang Qian¹ , Guopeng Wang¹ , Maohua Lin³ , Jiefei Xie³ , Li Liang¹ , Jian Guo¹ , Bin Zhang⁴ , Shaoyong Fan¹ , Haiming Huang¹

¹Smart minimally invasive orthopedics and interventional Medicine department, Nanchang Hongdu Hospital of Traditional Chinese Medicine, ²Nanchang Hongdu Hospital of Traditional Chinese Medicine, ³Jiangxi University of Chinese Medicine, ⁴Department of Orthopedic Hospital, the 1st Affiliated Hospital, Jiangxi Medical College, Nanchang University

Bu makalede

Özet

Mendel randomizasyonu, transkriptomik analiz ve ağ farmakolojisini entegre ederek osteoartrit için aday ilaç hedeflerini sistematik olarak belirleyen bir metodolojik protokol sunuyoruz. Bu yaklaşım, halka açık veriler ve hesaplama araçları kullanılarak genetik, ifade ve etkileşim kanıtları aracılığıyla hedeflerin önceliklendirilmesini sağlar.

Özet

Bu makale, Mendel randomizasyonu (MR), transkriptomik analiz ve ağ farmakolojisini birleştirerek osteoartrit (OA) için potansiyel terapötik hedefleri belirlemek ve önceliklendirmek için entegre bir metodolojiyi tanımlar. Bu yöntem, araştırmacılara, ilaç yeniden kullanımı ve OA için yeni terapötik müdahaleler geliştirme süreçlerini araştırmak için bu çok modlu pipetin uygulanmasına rehberlik etmek amacıyla tasarlanmıştır. Metodolojik çerçeve beş ardışık aşamadan oluşur: ilki MR analiz boru hattı, OA ile ilişkili varsayılan nedensel plazma proteinlerini belirlemek için iki örneklik MR kullanılır, ardından Steiger filtreleme ve fenom çapında ilişki taraması nedensel yönlülüğü ve potansiyel hedef dışı etkileri değerlendirmek; ikincisi, transkriptomik dizileme iş akışı, aday protein hedeflerini belirlemek ve iyileştirmek için RNA-dizisini entegre etmek; üçüncüsü, entegrasyon stratejisi, MR ve transkriptomik sonuçların birleştirilerek aday proteinleri önceliklendirmesi; dördüncüsü, ligand-hedef etkileşimlerini incelemek için protein-protein etkileşim ağlarının inşası, fonksiyonel zenginleştirme analizi ve moleküler kenetlenmeyi içeren ağ farmakolojisi ve moleküler kenetlenme prosedürleri; beşinci olarak, potansiyel terapötik önemi olan aday bileşiklerin ve doğal ürünlerin önceliklendirilmesine odaklanan amaçlanan uygulama. İş akışını farklı analitik aşamalara düzenleyerek, bu çerçeve, genetik ve transkriptomik keşiften hesaplamalı ilaç hedef değerlendirmesine geçiş için tekrarlanabilir bir yaklaşım sunar; ancak belirli deneysel sonuçlar sunmaz. Metodoloji, halka açık veri setleri ve hesaplama araçları kullanarak OA tedavilerinin sistematik ve hipotez odaklı araştırmalarını kolaylaştırır.

Giriş

Osteoartrit (OA), kıkırdakların ilerleyici bozulması, subkondral kemikte değişiklikler ve aşırı kemik büyümesi^{ile karakterize edilir 1}. Artık dünya genelinde engelliliğin ve ekonomik yükün önemli bir nedeni². Mevcut tedaviler öncelikle ağrı ve iltihapı hafifletmek için steroid veya steroid olmayan anti-enflamatuar ilaçları (NSAID'ler) içermektedir. Ancak, NSAID'ler genellikle gastrointestinal ve kardiyovasküler sistemlerde istenmeyen yan etkilere yol^{açar 3}. Eklem protezi ameliyatı alternatif sunar, ancak hastaların yaklaşık üçte biri anlamlı ağrı kesintisi veya fo....