Mevcut protokol, ham veriden fonksiyonel zenginleştirme analizine kadar toplu RNA-divizinin analizi için tam bir iş hattı oluşturur.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
* These authors contributed equally
Mevcut protokol, ham veriden fonksiyonel zenginleştirme analizine kadar toplu RNA-divizinin analizi için tam bir iş hattı oluşturur.
Alkolsüz yağlı karaciğer (NAFL) genellikle iyi huylu bir durum olarak kabul edilir; ancak alkolsüz steatohepatite (NASH) ilerlediğinde, hastalar son evre karaciğer hastalığı geliştirme riski açısından önemli ölçüde artmaktadır. Birçok çalışma, NAFL'den NASH'a geçişin altında yatan moleküler mekanizmayı aydınlatmaya çalışıyor. Yüksek verimli dizileme teknolojileri (örneğin toplu RNA-dizi) araştırmacılara transkriptomu inceleyerek, moleküllerin ifadesini, sinyal yollarının aktivasyonunu ve hastalık ilerlemesiyle ilişkili diğer faktörleri ortaya çıkararak daha derin bir anlayış sağlamıştır. Araştırmacıların hastalık tedavisi için potansiyel hedefleri belirlemesi amacıyla analiz edebileceği zengin açık kaynak veri mevcuttur. Ancak, ilgili araştırmalar, transkriptomun yukarı akış analizi için verimli ve güvenilir bir sürecin olmaması nedeniyle sınırlıdır. Burada, standart işlem ve özel ya da kamu verilerinin derinlemesine ayrıştırılması için yüksek tekrarlanabilir ve kullanıcı dostu bir üst akış analizi ve ardından ilgili diferansiyel gen analizi hattı sağlanır. Boru hattı dört aşamaya ayrılmıştır: (1) veri kalite kontrolü; (2) gen haritalama; (3) diferansiyel gen analizi; ve (4) fonksiyonel analiz. Bu süreç, hastalık dönüşümünün moleküler mekanizmalarını ortaya çıkarmayı ve araştırmacıların Toplu RNA dizi verilerinin analiziyle potansiyel ilaç hedefleri ve terapötik yaklaşımları taramalarına yardımcı olmayı amaçlamaktadır.
Alkol olmayan yağlı karaciğer hastalığı (NAFLD), dünya genelinde en yaygın kronik karaciğer hastalığıdır ve nüfusun dörtte birinden fazlasını etkiler. Son on yıllarda bu sıklığı dramatik şekilde artmıştır 1,2,3. Artan hastalık yükü, özellikle daha gelişmiş formu olan alkolsüz steatohepatit (NASH), büyük bir küresel sağlık sorunu ve ağır ekonomik yükoluşturmaktadır 4. NAFLD'nin ilk evresi, alkolsüz yağlı karaciğerdir (NAFL), iltihap ve fibrozis ile birlikte gelişir ve NASH'a ilerleyebilen bir durumdur. Sonuncusu, sirroz....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Gösteri amacıyla, Lan Bai ve ark. tarafından oluşturulan kamuya açık veri seti PRJNA1023502, hem üst hem de aşağı akış analizlerinin her adımını göstermek içinkullanılmıştır 20. Bu veri seti açık erişimli NCBI SRA veritabanından geldiği için ek izin veya etik onay gerekmez. Tüm gerekli yazılımları ve R-paket sürümlerini doğrulamak için Materyaller Tablosu'na bakabilirsiniz. Halka açık veri seti PRJNA1023502 6 NASH olmayan, 6 NAFL ve 6 NASH karaciğer RNA-seq örneğinden oluşmaktadır. Bu protokolde, veri seti, SRA veritabanından veri alımı, kalite kontrolü (fastp), hizalama (HISAT2), nicelik (feat....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Toplu RNA-dizisi için üst akış analiz iş akışı Şekil 1A'da gösterilmiştir. Bu iş akışı, bir Linux platformunda sıralı olarak aşağıdaki temel adımları uygular: birincisi, ham dizileme verilerinin titiz kalite kontrolü, düşük kaliteli okumalar ve adaptör dizilerini kaldırmak için fastp kullanılarak gerçekleştirilir; daha sonra HISAT2, yüksek kaliteli okumaları referans genomuna hizalar; Samtools hizalama dosyalarını dönüştürüp sıralar; son olarak, FeatureCounts gen seviyesinde nicelik ölçerek .......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Toplu RNA dizisini veri analizi, genomik, biyoinformatik, istatistik ve bilgisayar bilimini bütünleyen disiplinlerarası bir görev olarak tanımlanır. Tam bir analitik iş akışı, ham veri ön işlemesi, kalite kontrolü, dizi hizası, gen düzeyinde nicelik, veri normalizasyonu, diferansiyel ifade analizi ve biyolojik yorumlama gibi birçok üst ve aşağı akış adımını kapsar. Bu adımlar arasında, ham dizileme okumalarını yüksek kaliteli bir gen ifade matrisine doğru şekilde dönüştürmek özellikle kr.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yazarlar, çıkar çatışmaları olmadığını belirtirler.
Yazarlar, bu çalışmada kullanılan kamuya açık veri tabanlarının koruyucularına teşekkür etmek isterler.
....Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| biomaRt | Biyoiletken | 2.64.0 | Ensambl'dan gen açıklaması |
| clusterProfiler | Biyoiletken | 4.16.0 | Fonksiyonel zenginleştirme analizi |
| DESeq2 | Biyoiletken | 1.48.1 | Diferansiyel ifade analizi |
| FactoMineR | AgroParisTech | 2.11.0 | PCA ve çok değişkenli analiz |
| fastp | OpenGene | 1.0.1 | FASTQ verilerinin kalite kontrolü ve filtrelenmesi |
| ÖzelliklerSayıları | Biyoinformatik Bölümü, Walter ve Eliza Hall Tıbbi Araştırma Enstitüsü | 2.0.0 | Gen ifade niceliği için her gene eşlenen okuma sayısını sayın |
| ggplot2 | Pozisyon | 3.5.2 | Veri görselleştirme |
| ggrepel | Kamil Slowikowski | 0.9.6 | Örtüşmeyen metin etiketleri |
| ggridges | Claus O. Wilke | 0.5.6 | Sırt çizgisi haritaları oluşturun |
| HISAT2 | Johns Hopkins Üniversitesi | 2.2.1 | Filtrelenmiş yüksek kaliteli okumaları referans genomla hizalamak |
| R | R Core Team | 4.5.0 | Veri hesaplama, analiz ve görselleştirme için bir ortam |
| RColorBrewer | Erich Neuwirth | 1.1.3 | Grafik için renk paletleri |
| samtools | Büyük Ölçekli Genomik çalışma akışı | 1.22.0 | SAM dosyalarını verimli erişim ve erişim için dönüştürün ve işleyin |
| SRA Araç Seti | Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi | 3.2.1 | NCBI SRA veritabanından ham dizileme verilerini elde etmek ve ön işleme |
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.