Method Article

Formalin sabitli parafinle gömülü fare embriyonik dokusunda erken diş morfogenezinin mekansal transkriptomiki

DOI:

10.3791/70340

⸱

March 13th, 2026

 , 
1Section on Craniofacial Genetic Disorders, Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human Development (NICHD), National Institutes of Health (NIH), 2Department of Surgery, Massachusetts General Hospital, 3Department of Surgery, Harvard Medical School, 4Shriners Hospital for Children

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Mevcut protokol, fare embriyolarının E13.5 ve E15.5 kraniofasiyal bölgelerinden formalin sabitli, parafinle gömülü kesitlerin kullanılmasını ve mekansal transkriptomik kullanarak farklı gen ifade profillerini analiz etmesini açıklamaktadır.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Gelişen diş, doğru form ve işlevi korumak için birlikte çalışan çeşitli ve son derece uzmanlaşmış hücre popülasyonlarından oluşur. Bu hücreler ve çevresindeki mikro ortamlar arasındaki etkileşimleri aydınlatmak, normal diş gelişiminin altında yatan düzenleyici mekanizmaları anlamak için kritik öneme sahiptir. Bu süreçlerdeki bozulmalar, diş agenezi, dentinogenezis imperfecta ve amelogenesis imperfecta gibi doğuştan gelen bozukluklara yol açabilir. Tek hücreli RNA dizileme (scRNA-seq) sayesinde hücresel heterojenliği ortaya koymada önemli ilerleme sağlanmasına rağmen, dokular içindeki hücrelerin mekansal bağlamını korumaz ve gen ifadesini doku mimarisiyle ilişkilendirme yeteneğini sınırlar. Mekânsal transkriptomik teknolojiler, yüksek çözünürlüklü gen ekspresyonu profilini doğal doku mimarisinin korunmasıyla entegre ederek bu sınırlamayı giderir ve moleküler imzaların yerinde lokalizasyonunu mümkün kılar. Burada, fare embriyonik kraniofasiyal dokunun toplanması, fiksasyonu ve parafin gömülmesi için adım adım bir protokolü tanımlıyoruz; bu protokol aşağı akış mekansal transkriptomik uygulamalar için uygundur. İş akışı, formalin sabitli, parafinli dokunun optimize edilmiş kesitlenmesi ve işlenmesini detaylandırır; böylece yüksek çözünürlüklü mekansal analiz için RNA bütünlüğü ve doku morfolojisi korunur. Bu yöntem, dizileme ve görüntü tabanlı uzamsal transkriptomik platformlarla uyumludur ve fare embriyolarında erken diş morfogenezinin tekrarlanabilir mekansal transkriptomik profillenmesini sağlar. Bu yaklaşım, hem gelişimsel hem de patolojik durumlarda kraniofasiyal yapıların mekansal organizasyonu ve fonksiyonel dinamikleri hakkında güçlü içgörüler sunar ve moleküler mekanizmaların doku morfolojisine bağlanması için kritik bir çerçeve sunar.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Diş gelişimi, erken embriyonik büyüme sırasında morfogenetik süreçlerin son derece koordineli bir dizisinedayanır 1,2,3,4. Genetik ve gelişimsel çalışmalarla birçok temel gen ve sinyal yolu tespit edilmiş olsa da, bu faktörlerin bireysel kraniofasiyal yapıları şekillendirmek için nasıl etkileştiğine dair anlayışımız sınırlıdır. Özellikle, belirli genetik varyantların hem sindromik hem de sindromik olmayan diş hastalıklarıyla ilişkilendirilmesinde önemli ilerlemelere rağmen, yapıya özgü morfogenezi temel alan ayrıntılı moleküler mekanizmalar hâlâ tam olaraktanımlanmamıştır 1,2,3,4. Bu bilgi boşluğu, diş anestezi veya diğer diş aberrasyonları için hedefli tedavi stratejilerinin ilerlemesini sınırlamaya devam etmektedir.

Tek hücreli mRNA dizileme (scRNA-seq), sağlıklı ve hasta dokularda daha önce tanınmayan hücre tiplerinin keşfedilmesini ve farklı gen ifade profillerine dayalı çoklu hücre alt tiplerinin tanımlanmasını mümkün kıldı. Ancak, scRNA-seq dokuların tek hücrelere ayrılmasını gerektirdiğinden, her hücrenin doku içindeki orijinal mekansal konumuna dair bilgiler kaybolur. Sonuç olarak, bu veri setleri hücrelerin dokumimarisine göre nasıl düzenlendiğini yakalamaz. 5,6,7. Ayrıca, tahmin edilen hücre-hücre etkileşimleri, transkriptlerin tamamlayıcı etkileşimlerinin varlığına dayanır, ancak gerçek mekansal bilgiyi hesaba katmaz; bu bilgiler bu tür etkileşimlerin in vivo 5,6,7 olup olmadığını belirlemek için önemlidir.

Mekansal transkriptomik teknolojisi, dokubölümleri 8,9 içinde mekansal bilgiyi korurken gen ifadesinin yüksek verimli profillenmesini sağlar. Mekansal transkriptomik teknolojileri ya görüntüleme tabanlı 10,11,12 ya da dizileme tabanlı 12,13 (12,13) olabilir. Görüntüleme odaklı mekansal transkriptomik yaklaşımlar, hedeflenen gen ifadesini hücresel veya hücresel altı uzamsal hassasiyetle tespit etmek ve ölçmek için FISH kullanır. Buna karşılık, dizileme tabanlı teknolojiler, transkriptom genelinde gen ifadesini daha düşük mekansal çözünürlükte yakalar. Dizileme tabanlı mekansal transkriptomik, tüm transkriptom kapsamıyla neredeyse tek hücre çözünürlüğü elde etme stratejisi (~20.000 gen) kullanır; bu da tarafsız keşif analizlerini desteklerken, görüntü tabanlı mekansal transkriptomik gen panellerini (~5.000 gene kadar) hedef alır ve belirli yolların ve hücresel etkileşimlerin hassas hipotez tabanlı analizinisağlar 14.

Mekânsal transkriptomikteki teknolojik gelişmeler, korunan doku mimarisi içinde gen ifadesinin analizini mümkün kılmaktadır. Formalin sabitli parafin-gömülü (FFPE) ve kriyoseksiyon tabanlı iş akışları, mekânsal transkriptomik için tamamlayıcıyaklaşımlar sunar 15,16,17. FFPE, doku mimarisinin üstün korumasını sağlar ve gelişen dişler ve damak rafları gibi yapısal olarak karmaşık dokularda gen ifadesinin doğru mekansal haritalanmasını sağlar. Bizim ve diğerlerinde FFPE fiksasyonu ve arşivleme, son derece doğru ve tekrarlanabilir mekansal transkriptomik verilerelde etti 18. Kriyoseksiyon iş akışları RNA bütünlüğünü korur ancak doku bozulmasına dahayatkındır 18. Bu nedenle, FFPE bu çalışma için seçildi. scRNA-dizimleme başarısı büyük ölçüde yüksek RNA bütünlüğünü korumaya bağlıdırken, mekansal transkriptomik ayrıca gen ifade sinyallerini belirli histolojik özelliklere doğru şekilde lokalize etmek için yüksek kaliteli doku morfolojisi gerektirir.

Bu protokol, ince doku mimarisinin korunmasının mekansal transkriptomik analiz için kritik olduğu erken gelişim aşamalarını kapsayan FFPE fare embriyonik kraniofasiyal dokuları için en uygundur. İş akışı, aşırı sabit örneklerde, kötü yönlendirilmiş parafin bloklarında veya RNA bütünlüğü bozulmuş dokularda muhtemelen optimal olmayan şekilde performans gösterir; bu da sinyal kalitesinin düşmesine ve mekansal çözünürlük kaybına yol açabilir. Bu yöntemin başarılı uygulanması, sağlam doku morfolojisi, minimum kesit bozulması ve histolojik özelliklerle uyumlu sağlam, mekansal olarak çözülen transkriptomik sinyallerle gösterilir.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Tüm hayvan prosedürleri, Ulusal Sağlık Enstitüleri, Ulusal Çocuk Sağlığı ve İnsan Gelişimi Hayvan Bakımı ve Kullanım Komitesi (ACUC) tarafından Hayvan Çalışması Protokolü #21-031 kapsamında onaylanmıştır.

1. Deneysel hayvanın hazırlanması ve doku toplanması

  1. Sağlıklı, verimli erkek ve dişi Mus musculus çiftleri için zamanlı çiftleşmeler yapın. Hamile dişi fareleri, embriyonik gün (E) 0.5 olarak adlandırılan vajinal tıkaç bulunmasıyla tanımlayın.
  2. Hamile dişi fareleri CO₂ inhalasyonu ve ardından servikal dislokasyon yoluyla ötenazi yapın. Hayvanın sırt üstü kısmını steril, emici bir cerrahi yüzeye yerleştirin ve karın bölgesini hedef alınan kesi bölgesi boyunca %70 etanol ile dezenfekte edin.
  3. Steril cerrahi makasla orta karın kesisi yapın ve mikrocerrahi makasla periton duvarını dikkatlice açarak rahim boynuzlarını açığa çıkarın. Rahim zincirini künt forsepslerle nazikçe dışa çıkarın. Embriyoları, miyometrium boyunca rahim dokusunu serbest bırakarak ve yumurtalık ile orta rahim boynuzu tutumunu keserek izole edin.
  4. Bütün embriyoları hemen buz gibi soğuk, steril 1x PBS'ye 10 cm Petri kabına aktarın.
  5. Her embriyoyu çevresindeki rahim, amniyotik ve koryonik zarlardan dikkatlice ayırın ve buz gibi soğuk, steril 1x PBS içeren taze 10 cm'lik bir kaba aktarın.
  6. Embriyon başları istenen gelişim aşamalarında steril cerrahi bıçakla dissekse edin ve daha fazla işlemeden önce buz gibi soğuk, 1x PBS'de durulayın.

2. Dokunun fiksasyonu ve işlenmesi

  1. Embriyonik fare başlarını istenen gelişim aşamalarında disseksiye edin ve oda sıcaklığında bir shaker'da gece boyunca %10 nötr tamponlu formalin ile sabitleyin.
  2. Fiksasyondan sonra formalini çıkarın ve numuneleri %70 etanole aktarmadan önce 1x PBS ile durulayın. Otomatik doku işlemci kullanarak doku dehidrasyonu, temizleme ve parafin infiltrasyonu gerçekleştirin.
  3. Embriyo başlarını parafine yerleştirin, bu yönelim koronal veya sagital düzlemde konumlandırılır.
  4. Mum katılaştıktan sonra, kalıplardan parafin bloklarını çıkarın, etiketli hava geçirmez kaplara veya zip-lock torbalara yerleştirin ve bölümlere ayrılana kadar 4 °C'de saklayın.
    NOT: FFPE blokları, doku bütünlüğünden zarar görmeden kesitlenmeden önce birkaç yıl boyunca depolanabilir.

3. Mekansal transkriptomik için FFPE dokusunun işlenmesi

  1. İş yüzeylerini ve aletleri %70 etanol ile dezenfekte edin, ardından RNA bozulmasını en aza indirmek için RNase-dekontamin edici çözelti ile işlem yapın.
  2. Deiyonize su içeren bir su banyosu hazırlayın ve 40 °C'de tutun; embriyonik evre veya doku özelliklerine göre sıcaklığı 40 °C ile 43 °C arasında ayarlayın.
  3. Mikrotomu kurun, RNase-dekontamin çözeltisiyle nazikçe sildikten sonra yeni bir bıç takın, bıçağı sabitleyin ve boşluk açısını 10°'ye ayarlayın.
    NOT: Yeni bıçağın kesitleme için kullanıldığından emin olun, böylece hassas doku dilimleri elde edilecektir. Mikrotom bıçağı açısının değiştirilmesi kesit kalitesini önemli ölçüde etkileyebilir; doku bütünlüğünü, kalınlık düzenini ve morfolojik özelliklerin korunmasını etkileyebilir.
  4. Gömülü dokunun etrafındaki fazla parafini kesin ve FFPE bloğunu mikrotomun soğuk aşamasına monte edin.
  5. Temiz cımbız ve fırçaları kullanmadan önce RNase dezinfekte edici çözelti ile hazırlayın ve işleyin.
  6. Parafin blok yüzünü mikrotom bıçağı ile hizalayın ve ilgilenilen bölgeye yaklaşana kadar yaklaşık 12 μm kesme kesimleri yapın (örneğin, azı dişlerinin mesial kısmı koronal kesitlerde görünür hale gelene kadar). Blok ve bıçak konumlarını gerektiği gibi ayarlayarak simetrik ve doğru konumlanmış tüm baş koronal kesitlerini sağlayın.
  7. Doku kesitlerinin RNA izolasyonu yapılacaksa, doğrudan 10 μm kesitleri 1 mL mikrosantrifüj tüplerine toplan ve üreticinin DV200 kalite değerlendirmesiönerilerine göre işlenmelidir.
  8. 5 μm kalınlığında seri kesitler kesin ve mikroskop altında normal bir slaytla test bölümlerini inceleyerek ilgilenilen alana yakınlığı sürekli izleyin.
  9. İlgilendiğiniz bölgeye yaklaştığınızda, doku alanını tam kesmeden No. 11 bistik bıçağıyla dikkatlice ölçün, iki stratejik aralıklı bölgede, kesitlerin kıvrılmasını veya yapışmasını önlemek için ölçün. Kesitlemeden sonra, ince bir fırçanın kıllarıyla bağlı parafini çıkarın.
  10. Doku bölümlerini 41 °C'de su banyosuna süzülerek nazikçe rahatlama ve düzleştirme sağlayarak kaydırakta alın.

4. Dizileme tabanlı mekansal transkriptomik

  1. Önerilen cam slaytlara doku bölümlerini toplayın, böylece ilgi çeken tüm bölgelerin 6,5 × 6,5 mm arasında yer aldığından emin olun. Aynı kaydırağa birden fazla bitişik bölüm yerleştirildiğinde, kaydırakları 40 °C'de bir kaydırım ısıtıcısında kısa süreliğine ısıtarak yapışmayı teşvik edin ve önceden yerleştirilmiş bölümlerin ayrılmasını önleyin. Tüm bölümler yerleştirildikten sonra, slaytları doku yapışmasını artırmak için 60 °C'de kapalı bir kaydırma ısıtıcısında 2 saat kuluçka yapın.
    NOT: 6,5 × 6,5 mm alanın ötesine geçen bölümler işlenmedi.
  2. İnkubasyon sonrası, standart bir H&E boyama protokolü kullanılarak hematoksilin ve eozin (H&E) boyama işlemi yapılabilir; musluk suyunun yerine deiyonize su kullanılır ve RNA bütünlüğünü korur.
  3. %80 gliserol kullanarak örtü kaymalarını monte edin ve yüksek çözünürlüklü H&E görüntüleri elde edinin; böylece slayt görüntüleme ve doku transfer sistemi tarafından üretilen tipik H&E görüntüsünün yerini almak için daha yüksek kaliteli bir referans görüntü sağlar.
  4. Görüntülemeden sonra, kaydırakları 50 mL'lik deiyonize su içeren tüplere tek tek daldırarak kaplama kapaklarını çıkarın ve slaytları çekirdek tesise göndermek üzere hazırlayın.

5. Görüntü tabanlı mekansal transkriptomik

NOT: Slaytlar üretici20 tarafından sağlanmıştır; her biri 12 mm × 24 mm ölçülerinde belirlenmiş bir görüntülenebilir alan (kontur çizgileri) içerir ve mevcut örnek yerleştirme alanı yaklaşık 235 mm² (10,45 mm × 22,45 mm) idi.

  1. Doku kesitlerini tamamen bu tanımlanmış alan içinde konumlandırın; böylece kalıntı parafin dahil olmak üzere bölümler üst üste bindirmesin. Birden fazla bitişik bölüm yerleştirilirken, kaydırakları 40 °C'de bir kaydırma ısıtıcısında kısa süreliğine ısıtarak yapışmayı teşvik edin ve önceden monte edilmiş bölümlerin ayrılmasını önleyin.
  2. Tüm doku bölümleri yerleştirildikten sonra, slaytları kapalı bir kaydırma ısıtıcısına yerleştirin ve doğru yapışma sağlanması için gece boyunca 40 °C'de kuluçka yapın.
  3. İnkubasyon sonrası, üreticinin19 protokolünü takip ederek slaytları işleyip RNA dizilemesi için makineye yükleyin; protokol en son sürümle karşılaştırılır, çünkü prosedür detayları periyodik güncellemelere tabi tutulur.
    NOT: Protokol sırasında oluşan formalin, etanol ve RNase dezinfekte edici çözelti gibi tüm tehlikeli maddeler, kurumsal güvenlik politikaları ve yerel düzenlemelere uygun olarak, uygun kimyasal atık kapları, biyolojik tehlike bertaraf yöntemleri ve duman davlatı uygulamaları kullanılarak bertaraf edilmelidir.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu yöntem, yeni diseksiyon edilmiş fare embriyon başlarının işlenmesini ve gelişmekte olan diş dahil olmak üzere kraniofasiyal dokulardan FFPE örnekleri üretmesini ve mikrotomla kolayca kesitlenerek RNA bütünlüğünü korumasını öngörür (Şekil 1). Bu protokol, yüksek çözünürlüklü görüntü tabanlı (Şekil 2) ve dizileme tabanlı uzamsal transkriptomik (Şekil 3) bölgeleri için E13.5 (embriyonik gün 13.5), E...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu çalışmada, fare embriyonik başlarının FFPE bloklarının hazırlanması için yüksek çözünürlüklü uzamsal RNA görüntüleme platformlarıyla optimize edilmiş ayrıntılı bir protokol sunuyoruz; bunlar arasında dizileme ve görüntüleme tabanlı uzamsal transkriptomikler de bulunmaktadır. Bu protokolün temel hedeflerinden biri, özellikle gelişmekte olan kraniofasiyal bölgeye odaklanarak, tüm baş kesitlerinde hem doku morfolojisini hem de nükleik asit bütünlüğünü korumaktır. Bu koruma seviyesinin sa...

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarların açıklamak zorunda kalacak bir çıkar çatışması yoktur.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Dr. Sergey L. Leikin, Dr. Elena Makareeva (Fiziksel Biyokimya Bölümü, NICHD/NIH) ve Dr. Jeremie Oliver Piña'ya (Kemik ve Diş Moleküler Biyolojisi Bölümü, NIDCR/NIH) deneylerin tasarımı ve teknik yardımıyla ilgili tavsiyeleri için içtenlikle teşekkür ediyoruz. Dizileme tabanlı uzamsal transkriptomik çalışması için teknik destek sağladıkları için Dr. Iben James ve Dr. Vivek Mahadevan'a (Moleküler Genomik Çekirdeği, NICHD/NIH) teşekkür ediyoruz. Dr. Gustaf Wigerblad'a (Sistemik Otobağışıklık Şubesi, Ulusal Artrit ve Kas-iskelet ve Cilt Hastalıkları Enstitüsü, NIAMS/NIH) görüntü tabanlı mekansal transkriptomik için teknik destek verdiği için teşekkür ederiz. Dr. Michael Kelly ve Dr. Jatinder Singh'e (CCR Tek Hücre Analiz Tesisi (SCAF), NCI/NIH) görüntü tabanlı mekânsal transkriptomik çalışması için teknik destek sağladıkları için teşekkür ederiz. NICHD hayvan tesisi personeline hayvancılık ve yetiştirme konusunda yardım eden teşekkürlerimizi sunarız. Şekil 1 BioRender.com kullanılarak oluşturulmuştur.

Mevcut el yazması, NIH/NIDCR [hibe, 1RO1DE033520] fonları tarafından M.B.'ye kadar desteklenmektedir. Fon sağlayıcıların çalışma tasarımı, veri toplama ve analizi, yayımlama kararı veya makalenin hazırlanması gibi konularda hiçbir rolü yoktu.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
1x PBSTermo Fischer10010023Use  iş akışı sırasında yıkama yapmak
50 mL konik tüpler (Ambion) RNAse içermeyenTermo FischerAM12502Farklı çözeltilerde örnekleri saklamak için kullanım
İleri yörünge sallayıcısıVWR6683-470İnkubasyon sırasında fiksasyon çözeltisinde dokuları silkelemek için kullanılır
Alkol, %70, Fisherbrand, HistoPrepFisher ScientificHC-1000-1GLTüm çalışma alanını temizlemek ve dezenfekte etmek için kullanılır
Otomatik vakum doku işlemciLeica BiosystemsASP300SNumunelerin temizlenmesi, dehidrasyonu, yeniden hidrasyonu ve mum infiltrasyonu için kullanılır
Kaplama Camı Kalınlığı 1.5, 25 mm x 25 mm ve nbsp;Corning2850-25Visium HD iş akışında sürgü montajı için kullanım
Dako Bluing Buffer, Kullanıma HazırAgilant TechnologiesCS70230-2H& için kullanım E boyama
Eozin-Y ve floksinFisher Scientific22050198H& için kullanım E boyama
Hematoksilin, Mayer's, Kullanıma hazır sulu çözeltiAgilant TechnologiesS330930-2H& için kullanım E boyama
HistoCore Su Banyosu Leica BiosystemsHIS2326Bölümleri 40-43 derece ve derecede yüzdürmek için kullanılır; C FFPE bölümlerinden kırışıklıkları gidermek için 
Loupe tarayıcı  9.0.010X Genomics, Inc. Visium HD verilerini analiz etmek için kullanılır 
Düşük Profilli Tek Kullanımlık Bıçaklar DB80LXLeica Biosystems14035843496FFPE bloklar  bölümlerine almak için kullanın;
Nötr Tamponlu Formalin %10Azer ScientificNBF-4-GDokuları düzeltmek için kullanın
RNaseZap RNase Dekontekromasyon ÇözeltisiTermo FischerAM9782RNase temizlemek ve çıkarmak için kullanılır
Yarı Otomatik Döner MikrotomLeica BiosystemsRM2245Kılavuzlarda bildirildiği gibi FFPE bloklarını kesimlendirmek için kullanın.
Kapaklı Kaydırma IsıtıcıPremiere XH2004Farklı sıcaklıklarda slaytların kuluçka aşamasında kullanımı
Superfrost Plus Slaytları Fisher Scientific12-550-15 Vsium HD için bölüm bağlamak için kullanılır
Cerrahi bıçak No. 11Integra Miltex4-311FFPE dokularının puanlanması için kullanım
Cerrahi ParaplastLeica Biosystems39601006doku infiltrasyonu ve dokuların gömülmesi için kullanılır
TISsue kültürü TABAK 100X20MM 500/CSFisher Scientific8772221x PBS'de örnekleri toplamak ve disseksiya etmek için kullanım
UltraPure GlycerolTermo Fischer15514011CytAssist'ten önce coverglass'ın Visium HD sürgü montajı için kullanım
Visium CytAssist10X Genomics, Inc. PN-1000442Visium HD iş akışı deneyleri için kullanım
Visium HD Uzaysal RNA dizileme10X Genomics, Inc. 1000676Mekansal transkriptomik deneyler yapmak için kullanım
Ksenyum 5K Yerinde RNA Yerelleştirmesi 10X Genomics, Inc. PN-1000724Mekansal transkriptomik deneyler yapmak için kullanım
Ksenyum Analizörü10X Genomics, Inc. PN-1000481Xenium ve Xenium 5K RNA görüntüleme uygulamak;
Xenium Explorer 410X Genomics, Inc. Xenium verilerini analiz etmek için kullanılır 
Ksenyum In Situ RNA Lokalizasyonu10X Genomics, Inc. 1000672Mekansal transkriptomik deneyler yapmak için kullanım

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Thesleff, I. From understanding tooth development to bioengineering of teeth. Eur J Oral Sci. 126 (1), 67-71 (2018).
  2. Bei, M. Molecular genetics of tooth development. Curr Opin Genet Dev. 19 (5), 504-510 (2009).
  3. Roth, D. M., et al. Craniofacial development: neural crest in molecular embryology. Head Neck Pathol. 15 (1), 1-15 (2021).
  4. Yu, T., Klein, O. D. Molecular and cellular mechanisms of tooth development, homeostasis and repair. Development. 147 (2), dev184754(2020).
  5. Krivanek, J., et al. Dental cell type atlas reveals stem and differentiated cell types in mouse and human teeth. Nat Commun. 11 (1), 4816(2020).
  6. Nagata, M., et al. Single-cell transcriptomic analysis reveals developmental relationships and specific markers of mouse periodontium cellular subsets. Front Dent Med. 2, 679937(2021).
  7. Chiba, Y., et al. Single-cell RNA-sequencing from mouse incisor reveals dental epithelial cell-type specific genes. Front Cell Dev Biol. 8, 841(2020).
  8. Marx, V. Method of the year: spatially resolved transcriptomics. Nat Methods. 18 (1), 9-14 (2021).
  9. Feng, J., et al. High-resolution spatial transcriptomics and cell lineage analysis reveal spatiotemporal cell fate determination during craniofacial development. Nat Commun. 16 (1), 4396(2025).
  10. Janesick, A., et al. High-resolution mapping of the tumor microenvironment using integrated single-cell, spatial and in situ analysis. Nat Commun. 14 (1), 8353(2023).
  11. Bliese, S. R., et al. Single-cell resolution spatial transcriptomic signature of the retrosplenial cortex during memory consolidation. Mol Psychiatry. 30, in press (2025).
  12. Aminu, M., et al. CoCo-ST detects global and local biological structures in spatial transcriptomics datasets. Nat Cell Biol. 27 (11), 2019-2031 (2025).
  13. Ren, P., et al. Systematic benchmarking of high-throughput subcellular spatial transcriptomics platforms across human tumors. Nat Commun. 16 (1), 9232(2025).
  14. Long, M., et al. Comparing Xenium 5K and Visium HD data from identical tissue slide at a pathological perspective. Exp Clin Cancer Res. 44 (1), 219(2025).
  15. Chen, X., et al. Integrative spatial and single-nucleus transcriptomics elucidate cell lineage dynamics in human tooth morphogenesis. Int Dent J. 75 (6), 103920(2025).
  16. Raju, R., et al. Profiles of Wnt pathway gene expression during tooth morphogenesis. Front Physiol. 14, 1316635(2024).
  17. Piña, J. O., et al. Single-cell spatial transcriptomics links Wnt signaling disruption to extracellular matrix development in a cleft palate model. Sci Rep. 15 (1), 29639(2025).
  18. Gao, X. H., et al. Comparison of fresh frozen tissue with formalin-fixed paraffin-embedded tissue for mutation analysis using a multi-gene panel in patients with colorectal cancer. Front Oncol. 10, 310(2020).
  19. Visium spatial gene expression for FFPE tissue preparation guide. Document number CG000408 Rev E. , 10x Genomics. (2023).
  20. Xenium in situ - FFPE tissue preparation handbook. Document number CG000578 Rev F. , 10x Genomics. (2025).
  21. Ståhl, P. L., et al. Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics. Science. 353 (6294), 78-82 (2016).
  22. Kleshchevnikov, V., et al. Cell2location maps fine-grained cell types in spatial transcriptomics. Nat Biotechnol. 40 (5), 661-671 (2022).

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Spatial TranscriptomicsTooth MorphogenesisMouse Embryonic TissueFormalin Fixed TissueParaffin EmbeddingCraniofacial DevelopmentRNA IntegrityTissue MorphologyGene Expression ProfilingSingle Cell RNA Sequencing

Related Articles