Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.

Yöntem makalesi

Şekil Morfometrik Analizleri: Zebrafish'te Kraniofasiyal Şekil Nicelesi için Analiz Yazılımı Araç Kutusu

929 görüntülenme

⸱

DOI:

10.3791/70345

⸱

27 Şubat 2026

 ,  ,  , 
1Department of Biochemistry and Molecular Genetics, Alcohol Research Center, University of Louisville, 2Department of Pediatrics, Section of Developmental Biology, University of Colorado School of Medicine, Anschutz Medical Campus

Bu makalede

Özet

Bu çalışma, zebrafish larvalarında yüz yapısındaki değişiklikleri ölçmek için ücretsiz yazılım (tpsDigs2, MorphoJ ve PAST) kullanılarak kraniofasiyal kıkırdak şeklinin nicelendirilmesine yönelik bir protokolü tanımlar.

Özet

Fetal alkol spektrum bozuklukları (FASD), doğum öncesi etanol maruziyeti nedeniyle oluşan çeşitli fiziksel, bilişsel ve davranışsal bozukluklarla karakterize edilir; bunlar yüz iskeletini de etkiler. Etanole duyarlı genetik lokuslar, FASD'deki bu yüksek çeşitliliğe katkıda bulunur ve bu da yüz şekli analizlerini karmaşıklaştırır. Daha önce zebrabalıklarda gen-etanol etkileşimlerinden kaynaklanan yüz şeklindeki bu değişiklikleri analiz edebileceğimizi göstermiştik. Zebra balıkları bu varyasyonu analiz etmek için birkaç nedenle ideal bir modeldir; (i) genlerin %70'i insanlar ile zebrabalıklar arasındaki ortologlardır; (ii) dış döllenme, araştırmacıların etanol tedavilerinin zamanlamasını ve dozunu kontrol etmesine olanak tanır; (iii) yüz iskeletlerinin yapısı omurgalılarla korunmuştur; (iv) saydam larvalar, gelişim sırasında kraniofasiyal iskelet yapısındaki değişikliklerin doğrudan görüntülenmesini sağlar. Ancak, kraniofasiyal iskeletin şeklini analiz etmek, basit doğrusal ölçümlerle tam olarak değerlendirmek zor olabilir, çünkü bu ölçümler genel şekil değişikliklerini yakalamaz. Ayrıca, kafa boyutundaki değişiklikler veri yorumlamayı zorlaştırabilir. Bunu ele almak için, ücretsiz yazılım tpsDigs2, MorphoJ ve PAST üzerinden ana bileşen analizleriyle genel yüz şeklini analiz eden morfometrik bir yaklaşım uyguladık. Bu yazılımın birleşimi, genel yüz morfolojisinin çift olarak karşılaştırılmasına olanak tanır. Burada, etanol ile işlenmiş zebrafish mutantlarında yüz şekline yaklaşımımızı ve analizimizi bu programları kullanarak tamamlayıcı çok değişkenli istatistiksel analizler yaparak özetliyoruz.

Giriş

Fetal Alkol Spektrum Bozuklukları (FASD), davranışsal, nörolojikve fiziksel 1,2 dahil olmak üzere geniş bir gelişimsel kusur yelpazesiyle karakterize edilir. Bu fiziksel kusurlar arasında çenehipoplazisi 3,4,5,6 gibi kraniofasiyal kusurlar da bulunmaktadır. Etanol maruziyetinin zamanlaması ve dozu FASD'nin karmaşık etiyolojisine katkıda bulunurken, genetik katkı FASDetiyolojisinde önemli rol oynar 6,7,8,9,10,11,12. Bu faktörlerin birleşimi, insan kohortlarında yüz kusurlarının incelenmesini zorlaştırır. Prenatal etanol maruziyetinin gelişim üzerindeki etkisini incelemek için zebrafish modelini kullanıyoruz. Zebrabalıklar, insanlarla %70 gen ortologlarını paylaştıkları için FASD için güçlü bir model oluşturur; bilinen hastalık neden olan genlerin %82'si(13,14,15,16). Genetik korumanın yanı sıra, zebrabalıklar: (i) yüksek ürekliliğe sahiptir, bu da aynı anda birkaç zebrafish larvasının üretilmesine olanak tanır, (ii) dış döllenmeye tabi tutulur, bu da etanol hassasiyetli gelişim süreçlerinin doğrudan incelenmesine olanak tanır, (iii) yüksek derecede korunmuş ve stereotipleştirilmiş omurgalı kraniofasiyal gelişime sahiptirler ve (iv) iskelet yapılarının görselleştirilmesine olanak tanıyan saydam embriyolar/larvalardır17. Daha önce birçok farklı zebrafish genlerindeki mutasyonların embriyoları etanol kaynaklı yüz kusurlarına duyarlılaştırdığını ve bu kusurların gözle tespit edilmesi zor ve inceolabileceğini göstermiştik 10,18. Ayrıca, etanol ile işlenmiş yabani tip larvaların da kraniofasiyal bölgede tedavi edilmemiş yabani tip larvalara kıyasla hafif değişiklikler olduğunu gözlemledik; ancak bu değişikliklerin gözle tanımlanması yinezordur. Bu değişiklikler görsel gözlemde fark edilmese de,visserokraniyum 10'un 2D görüntülerinde bulunan morfometrik analizlerle bu etanol kaynaklı yüz şeklindeki değişiklikleri gösterebildik.

Yüz, geleneksel doğrusal ölçümlerle ölçülmesi zor olan karmaşık bir 3B yapıdır. Bu tek doğrusal ölçümler, ölçülen her yapının yüzün diğer ölçülen yapılarına göre göreli konumunu ve etkisini hesaba katmaz. Morfometrik analizler, ölçülen tüm yapıların göreceli konumunu hesaba katan şekil konfigürasyonları kullanarak bu eksiklikleri gider; hatta boyutfarkları 18,19,20 üzerinden kontrol edilir. Bu yaklaşım, daha doğru, daha yüksek çözünürlüklü ve görselleştirilmesi çok daha kolay olan veriler elde eder; bu da geleneksel doğrusalölçümlerle gözlemlenemeyebilecek sonuçlar verebilir. 18,19,20. Ayrıca, morfometrik yaklaşımlar çok değişkenli istatistiksel yöntemlerle gruplar arasında ve içinde doğrudan karşılaştırmalar yapabilir. Burada, ücretsiz morfometrik yazılım olan tpsUtil, tpsDigs221, MorphoJ20 ve Paleontological Statistics (PAST)22'nin kullanımını, Kemik Morfogenetik Protein (Bmp) geni bmp7a için tedavi edilmemiş ve etanol ile işlenmiş vahşi tip ve larvalarda heterozigotların 2D görüntüleriyle birlikte tanımlıyoruz. Bu programlar ağırlıklı olarak paleontoloji ve ekoloji odaklı alanlarda kullanılsa da, birlikte kullanıldığında yüz şeklinin kapsamlı bir analizini sağlarlar. Sonuç olarak, bu protokolte, zebrafish modelinde kraniofasiyal kıkırdak şekli değişikliklerini nicelendirmek için bu ücretsiz yazılım uygulamalarının nasıl kullanılacağını gösteriyoruz.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

Bu işlemde kullanılan tüm zebrafish larvaları, Louisville Üniversitesi tarafından onaylanan IACUC protokollerine uygun olarak yetiştirilmiş ve yetiştirilmiştir23.

NOT: Bu çalışmada zebra balığı türü bmp7aty68a24 ve vahşi tip kardeşler (hepsi AB arka planında) kullanıldı; yetişkin balıklar 28,5 °C'de 14/10 saat ışık/karanlık döngü ile tutuldu. İstenilen deneysel sonuçlara göre uygun çizgileri kullanın. Ters osmozla sterilize edilmiş su kullanın. Biyolojik değişken olarak cinsiyet, incelenen gelişim aşamalarına uygulanmaz; çünkü cinsiyet, zebrabalıklarda ilk kez tüm analizlerden sonra döllenmeden (dpf)25 sonraki 20-25 gün içinde tespit edilir.

1. Etanol tedavisi

  1. Heterozigot çaprazlardan yumurta toplar ve embriyoları morfolojik olarak evreler, tarifedildiği şekilde 23.
  2. Embriyoları 100 kişilik örnek gruplarına ayırın ve istenen gelişim zaman noktalarına 28,5 °C'de taşı. Tüm grupları embriyo ortamında (EM)10,18 kuluçka altına alın.
  3. Döllenmeden 6 saat sonra (hpf), EM'yi taze EM veya %1 etanol içeren EM (v/v) ile değiştirin. 24 hpf'de, etanol içeren EM üç taze EM,10,18 değişimiyle yıkayın.

2. Yüz boyama ve görüntüleme

  1. Zebrafish larvalarını 5 dpf ile sabitleyin ve Alcian Mavisi ile boyanın, kıkırdak etiketi (Şekil 1) daha öncetarif edildiği gibi 26.
  2. Daha önce anlattığı gibi visserokraniyum, montaj larvalarının tüm montaj, ventral görünüm, parlak alangörüntülerini alın 27.
  3. Kısaca, balıkları ventral yüzeyi yukarıda, Alcian Blue boyamanın sonundan alınan %50 gliserol çözeltisine monte edin.
    NOT: Bileşik mikroskopların ayarları değişkenlik gösterebilir; İstediğiniz görüntü yapılarına uygun ayarlar kullanın. Bu çalışmada analiz edilen tüm görüntüler oluşturmak için bir Olympus BX53 bileşik mikroskobu kullanıldı. Görüntüler 10x büyütme ile çekildi.

3. Genotipleme

  1. Daha önce tarif edildiği gibi Alcian Blue kıkırdak boyamasının ardından 5 dpf larvaların kuyruklarınıçıkarın 18.
  2. Larvaların kafalarını ve kuyruklarını ayırın. Kafaları %50 gliserol deposunda tutun ve daha sonra görüntüleme için alın.
  3. Kuyruklara 5 μL Proteinaz K (10 mg/mL) ile liz yapın ve gDNA alın.
  4. Her örnek için gDNA'ya PCR uygulayın; SNP'yi içeren bölgeleri amplifikasyon amacıyla ilgilenilen geni hedefleyen primerler kullanıldı.
  5. SNP'ye dayalı mutantı vahşi tip allellerden ayırmak için krestriksiyon endonükleaz tabanlı DNA sindirimi kullanarak PCR ürününü sindirin. Örnekleri genotipe göre birleştirilmiş gruplara ve analiz için görüntüye ayırın.
    NOT: Bu çalışmada SNP bmp7a'da amplifikasyon yapıldı ve BslI (NEB) kullanılarak genotiplendi.

4. Şekil analizi için kullanılan yazılımlar

  1. Alcian boyalı larvaların morfometrik analizi için tpsUtil ve tpsDig221, MorphoJ20 (https://sbmorphometrics.org) ile tüm istatistiksel analizler için MorphoJ ve Paleontological Statistics Software Package for Education and Data Analysis (PAST)22 analiz yazılımı (https://www.nhm.uio.no/english/research/resources/past/) kullanın.
    NOT: tpsUtil yazılımı "Utility programs" bağlantısı altında, tpsDig2 yazılımı "veri edinimi" bağlantısı altında, MorphoJ ise https://sbmorphometrics.org'de "Kapsamlı programlar" bağlantısında bulunabilir. Her yazılım için sorun giderme hem çevrimiçi olarak, birden fazla platformda hem de yazılım içinde kolayca bulunabilir. Ana Bileşen Analizi (PCA), Kanonik Varyasyon Analizi (CVA), Procrustes ANOVA ve yüz varyasyonunun tel çerçeveli grafikleri MorphoJ kullanılarak oluşturuldu; PAST kullanılarak çok değişkenli normallik testi ve çok değişkenli varyans analizi (MANOVA) gerçekleştirildi.

5. Tüm örneklerin analiz edilmesi için yüz iskeletinin tutarlı şekilde görüntülenmesi

  1. Yüz iskeletinin fotoğraflarının aynı mikroskop ayarlarında çekildiğinden ve .tif dosya olarak kaydedildiğinden emin olun.
    NOT: Mikroskop ayarları, mikroskobun kurulumu ve işlevselliğine ve görüntülenecek örnekler/dokulara bağlı olarak değişir. Anahtar, tutarlı bir mikroskop kurulumu ve örnek hazırlamaktır.
  2. Deneyi tam olarak tanımlamak için dosyaları etiketlenmiş tek bir klasöre kaydedin.

6. TPS yazılımıyla görüntüler hazırlamak

  1. Notepad'i açın ve Kaydet'i seçin. Buradan, aşağıdaki tüm dosyalara tıklayın. Dosyayı "experiment-name.tps" olarak kaydedin ve analiz edilecek tüm görsellerin olduğu klasöre kaydedin.

7. TPS yazılımına görüntü girme

  1. Açık tpsUtil yazılımı. Sonra, Operation'u aşağı indirin ve görseller sekmesinden Build tps dosyasını seçin.
  2. Bu sekmeden giriş tuşuna tıklayın ve görüntüleri içeren dosyayı açın. Dosyadaki ilk görseme tıklayın ve Aç'ı seçin.
  3. Çıkış sekmesini seçin, ardından tps notepad dosyasını seçin ve kaydedin. Dosyayı değiştirmeniz istendiğinde, evet seçeneğini seçin.
  4. Sonra, kurulum sekmesine tıklayın ve oluşturun. Görüntülerin eklenip eklenmediğine bakmak için dosyaya gidin.

8. Görsellere simge yapı eklemek

  1. tpsDigs2'yi açın ve aşağıdaki sekmeleri sırayla açın: Kaynak girdi, dosya, ardından kaydedilen tps Notepad dosyası.
  2. Sonra, Görsel Araçlar seçeneğini görselleştirmek için seçeneklere tıklayın. Burada, referans uzunluğunu 100 μm olarak ayarladığınızdan emin olun. Set scale basın.
    NOT: Görüntüdeki ölçekle oranı ölçemeyin.
  3. Ölçeği ayarlarken, parametreleri ayarlamak için ok'ya basın, sonra görüntü araçlarından çıkın.
  4. Bu noktada, doğru morfoloji analizi için analiz edilecek her görseye işaret işaretleri ekleyin ve hedef sembolüne tıklayın.
  5. Her resim için simge yapılarının aynı sırayla yerleştirildiğinden emin olun. Kıkırdak elementleri arasındaki aşağıdaki eklemlere işaretler yerleştirilmiştir ( Bkz. Şekil 1E, E'):
    1. Meckel kıkırdakları arasındaki orta çizgi birleşimi (Landmark #1, Şekil 1E, E').
    2. Meckel ile palatoquadrat kıkırdaklar arasındaki çift taraflı eklemler (Landmarks #2, Şekil 1E, E').
    3. seratohyal kıkırdaklar arasındaki orta çizgi eklemi (Landmark #3, Şekil 1E, E').
    4. Palatoquadrat ile ceratohyal kıkırdaklar arasındaki çift taraflı eklemler (Landmarks #4, Şekil 1E, E').
    5. Hyomandibular kıkırdakların distal ucu (Landmarks #5, Şekil 1E, E').
  6. Bir görselde işaret noktası yerleştirdikten sonra, açılır menü için dosyalara tıklayın. Bu yolu takip ederek veri kaydedin ve ardından üzerine yazın.
  7. Çıkış tpsDigs2.

9. Procrustes ANOVA ile şekil analizi için MorphoJ kullanımı

  1. MorphoJ yazılımını açın.
  2. Ön elemeler altında, veri setini oluşturun ve adlandırın. Yeni veri seti oluştur seçeneğini seçin ve veri setine ad verin. Sonra tps'ye tıklayıp 8.4. adımdan eklenen yeni veri noktalarının olduğu not defterini seçin. Veri setini oluşturun.
  3. Görüntüler, Procrustes fit ile istatistiksel olarak görüntülenmeye hazır. Proje ağacını okuma sekmesini seçin ve veri setine tıklayın. Bu yolda şu düğmeleri seçin: ön elemeler, yeni Procrustes uyumu, Ana eksenlere göre hizalama ve Procrustes uyumunu gerçekleştir.
  4. Select, ön elemeler altında kovaryans matrisi üretir ; yazılım Procrustes koordinatlarını yazacak. Istendiğinde fonksiyonu çalıştırın.
  5. Ön elemeler altında tel çerçeve oluştur veya düzenle seçeneğini seçin ve görüntülerdeki noktaları bağlayın. Sonra bağlantı noktalarını seçin ve görseli kabul edin veya oluşturun . Sınıflandırıcıları düzenle.
  6. MorphoJ'yi açık tutarken bir tablo açın. Tüm gerekli bilgileri ekleyin, örneğin: Genotip, Tedavi, Genotip ve Tedavi, Deney vb. Tabloyu CSV dosyası olarak kaydet.
  7. MorphoJ'de, dosyaya tıklayın ve sınıflandırıcı değişkenlerini içe aktararak CSV dosyasını seçin. Dosyayı açtıktan sonra proje ağacına geri dönüp veri setine tıklayın.
  8. Veri seti açıldıktan sonra, ön elemelere tıklayın ve sınıflandırıcıları düzenleyin. Bu, tüm görsellerin eklenmesini sağlar.
  9. Sonra, proje ağacı, Covmatrix ve üstteki varyasyon'a tıklayın.
  10. PC puanlarını görmek için Ana Bileşen Analizi'ni seçin. Oluşturulan grafiği görmek için PC puanlarına tıklayın.
  11. Grafiğe renk eklemek için, sağ tıklayın ve güven noktasına basın; böylece istenen sınıflandırıcı ekleyin. Renk veri noktalarına basın ve bu değişiklikleri kabul etmek için ok .
    NOT: PC skor sekmesi kapanıp 9.10. adımdaki talimatlara uygun olarak yeniden açıldıktan sonra renkler güncellenmelidir.
  12. Tel çerçeve renklerini değiştirmek için Ön Elemelere gidin. Ekranın alt kısmında bulunan şekil grafiği için seçenekleri ayarla . Hedef şeklin, başlangıç şeklinin ve sayıların renklerini değiştirmek için tel çerçeveli grafikler seçin.
  13. Varyasyonu seçin, ardından Procrustes ANOVA.
  14. Procrustes ANOVA sonuçlarını 9.7. adımdan elektronik tablo dosyasına aktarın.

10. Veri setinin kanonik varyasyon analizi

  1. MorphoJ'de, orijinal veri setini veya projeyi seçin. Kanonik Değişken Analizine (CVA) başlamak için, Karşılaştırma ve ardından Kanonik Varyant Analizi seçin. Sınıflandırıcı değişken(ler)i seçin - Genotype & Treatment seçin ve fonksiyonu çalıştırın.
  2. CVA'yı dışa aktarmak için sonuçlar sekmesine tıklayın ve şimdi açık olan sonuçlar sayfasına sağ tıklayın. Dosyaya Dışa Aktar seçeneğini seçin ve bilgileri kaydedin.
  3. Project Tree'ye tıklayın ve CVA'yı seçin, ardından Puanlar'ı seçin. Sayfanın sol üst köşesinde Dosya seçeneğini seçin. Dosya sekmesi açıldıktan sonra, Veri Set'i İtracat et'i seçin ve veri türü ile Genotype & Treatment seçeneklerini seçin. CVA puanlarını .txt dosyası olarak kaydet.
  4. Dosyayı PAST yazılımına hazırlamak için, kaydedilen CVA puanlarını Notepad veya benzeri bir yazılımda açın. PAST yazılımlarını karıştırmamak için sol üst köşedeki ID'yi Etiket olarak değiştirin. Düzenlenmiş CVA puanlarını veya eşdeğerini kaydet.

11. MANOVA PAST yazılımlarda

  1. CVA puanlarını PAST ile içe aktarmak için Dosya'yı seçin, ardından Notepad veya benzerinden kaydedilen CVA puanlarına erişmek için Aç . Metin dosyası içe aktarma penceresi açıldığında, satır ve sütun için İsimler, Veri ve ayırıcı için sekme seçin. İtiştir'i seçin.
  2. Göster sekmesinden Sütun Öznitelikleri'ni seçin. Tip butonunun yanında, açılır menüyü açın ve sınıflandırıcı değişken(ler)in olması gereken ilk sütun için Grup'u seçin.
  3. PC veya CV verilerini vurgulayın. Normallik testini çalıştırmak için Çok Değişken, Testler ve Çok Değişkenli Normallik seçeneklerini seçin. Bu testi PC ve CV'de ayrı ayrı çalıştırın.
  4. Tüm veri setini seçmek için yazının üst sol üst köşesindeki gri boş hücreye tıklayın. MANOVA'yı işlemek için Multivariate, Tests ve MANOVA'yı seçin. MANOVA sonuçlarını 9.7. adımdan itibaren elektronik tablo dosyasına aktarın.
    NOT: Hem Özet hem de Çiftli sonuçlar yazılım tarafından verilecektir. İkisini de dışa aktarın veya kaydedin.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

Zebrabalıklarda etanol kaynaklı yüz şekli değişikliklerini tespit etmek için, ücretsiz erişilebilir yazılım uygulamalarını birleştirerek yüz iskeletinin morfolojik verilerini ürettik ve nicelikle ölçtüktük. BMP7a heterozigot yetişkin taşıyıcı balıklardan embriyolar 6-24 hpf arasında etanol ile üretildi ve muamele edildi. Bu çaprazlardan alınan larvalar 5 dpf olarak sabitlendi ve yüz kıkırdakları Alcian Mavisi ile boyandı. Her genotip ve tedavi grubundaki her larva için visserokr...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

FASD, çene hipoplazisi gibi kraniofasiyal kusurlar da dahil olmak üzere çok çeşitli gelişimsel kusurlarla karakterize edilir. Zebra balıkları, insanlarla genetik korumaları, yüksek doğurmaları, saydam larvaları ve dış döllenmeleri nedeniyle FASD için güçlü bir modeldir. Zebra balıkları, kraniofasiyal iskeletin oluşumunu ve etanolun gelişim üzerindeki etkisini incelemek için onlarca yıldır kullanılmaktadır. 6,12,13,15,18,28,29.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yok.

Teşekkürler

Bu makalede sunulan araştırma, Ulusal Sağlık Enstitüleri/Ulusal Alkol Kötüye Kullanımı Enstitüsü (NIH/NIAAA) tarafından C.B.L.'R01AA031043 desteklenmiştir.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
tpsUtil, tpsDig2, MorphoJhttps://sbmorphometrics.orgÜcretsiz Yazılım - indirme için yönetici izinleri gerekebilir
GEÇMIŞhttps://www.nhm.uio.no/english/research/resources/past/Ücretsiz Yazılım - indirme için yönetici izinleri gerekebilir
Bileşik Parlak Alan MikroskobuOlympusBX53

Kaynaklar

  1. May, P. A., Baete, A., Russo, J., et al. Prevalence and characteristics of fetal alcohol spectrum disorders. Pediatrics. 134 (5), 855-866 (2014).
  2. May, P. A., Gossage, J. P., Kalberg, W. O., et al. Prevalence and epidemiologic characteristics of FASD from various research methods with an emphasis on recent in-school studies. Dev Disabil Res Rev. 15 (3), 176-192 (2009).
  3. Klingenberg, C. P., Wetherill, L., Rogers, J., et al. Prenatal alcohol exposure alters the patterns of facial asymmetry. Alcohol. 44 (7-8), 649-657 (2010).
  4. Smeriglio, P., Zalc, A. Cranial neural crest cells contribution to craniofacial bone development and regeneration. Curr Osteoporos Rep. 21 (5), 624-631 (2023).
  5. Smith, S. M., Garic, A., Flentke, G. R., Berres, M. E. Neural crest development in fetal alcohol syndrome. Birth Defects Res C Embryo Today. 102 (3), 210-220 (2014).
  6. Vo, H. D. L., Lovely, C. B. Ethanol induces craniofacial defects in Bmp mutants independent of nkx2.3 by elevating cranial neural crest cell apoptosis. Biomedicines. 13 (3), (2025).
  7. Brooks, E. R., Islam, M. T., Anderson, K. V., Zallen, J. A. Sonic hedgehog signaling directs patterned cell remodeling during cranial neural tube closure. Elife. 9, e60234(2020).
  8. Eberhart, J. K., Parnell, S. E. The genetics of fetal alcohol spectrum disorders. Alcohol Clin Exp Res. 40 (6), 1154-1165 (2016).
  9. Fish, E. W., Murdaugh, L. B., Sulik, K. K., Williams, K. P., Parnell, S. E. Genetic vulnerabilities to prenatal alcohol exposure: Limb defects in sonic hedgehog and GLI2 heterozygous mice. Birth Defects Res. 109 (11), 860-865 (2017).
  10. Klem, J. R., Schwantes-An, T. H., Abreu, M., et al. Mutations in the bone morphogenetic protein signaling pathway sensitize zebrafish and humans to ethanol-induced jaw malformations. Dis Model Mech. 18 (4), dmm052223(2025).
  11. Swartz, M. E., Lovely, C. B., McCarthy, N., Kuka, T., Eberhart, J. K. Novel ethanol-sensitive mutants identified in an F3 forward genetic screen. Alcohol Clin Exp Res. 44 (1), 56-65 (2020).
  12. Swartz, M. E., Wells, M. B., Griffin, M., et al. A screen of zebrafish mutants identifies ethanol-sensitive genetic loci. Alcohol Clin Exp Res. 38 (3), 694-703 (2014).
  13. Fernandes, Y., Lovely, C. B. Zebrafish models of fetal alcohol spectrum disorders. Genesis. 59 (11), e23460(2021).
  14. Howe, K., Clark, M. D., Torroja, C. F., et al. The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome. Nature. 496 (7446), 498-503 (2013).
  15. Lovely, C. B. Animal models of gene-alcohol interactions. Birth Defects Res. 112 (4), 367-379 (2020).
  16. Lovely, C. B., Fernandes, Y., Eberhart, J. K. Fishing for fetal alcohol spectrum disorders: Zebrafish as a model for ethanol teratogenesis. Zebrafish. 13 (5), 391-398 (2016).
  17. Marrs, J. A., Sarmah, S. The genius of the zebrafish model: Insights on development and disease. Biomedicines. 9 (5), 577(2021).
  18. Gray, R., Lloyd, A., Lovely, C. B. Interactions between the bone morphogenetic protein and the planar cell polarity pathways lead to distinctive ethanol-induced facial defects. Alcohol Clin Exp Res (Hoboken). 49 (11), 2502-2519 (2025).
  19. Mutsvangwa, T., Douglas, T. S. Morphometric analysis of facial landmark data to characterize the facial phenotype associated with fetal alcohol syndrome. J Anat. 210 (2), 209-220 (2007).
  20. Klingenberg, C. P. MorphoJ: An integrated software package for geometric morphometrics. Mol Ecol Resour. 11 (2), 353-357 (2011).
  21. Rohlf, F. The Tps series of software. Hystrix. 26, 1-4 (2015).
  22. Hammer, O., Harper, D., Ryan, P. PAST: Paleontological statistics software package for education and data analysis. Palaeontol Electron. 4, 1-9 (2001).
  23. Westerfield, M. The Zebrafish Book. A Guide for the Laboratory Use of Zebrafish (Danio rerio). , 5th edition, University of Oregon Press. Eugene. (2007).
  24. Dick, A., Hild, M., Bauer, H., et al. Essential role of Bmp7 (snailhouse) and its prodomain in dorsoventral patterning of the zebrafish embryo. Development. 127 (2), 343-354 (2000).
  25. Aharon, D., Marlow, F. L. Sexual determination in zebrafish. Cell Mol Life Sci. 79 (1), 8(2021).
  26. Walker, M. B., Kimmel, C. B. A two-color acid-free cartilage and bone stain for zebrafish larvae. Biotech Histochem. 82 (1), 23-28 (2007).
  27. McGurk, P. D., Lovely, C. B., Eberhart, J. K. Analyzing craniofacial morphogenesis in zebrafish using 4D confocal microscopy. J Vis Exp. (83), e51190(2014).
  28. Lovely, C. B. Quantification of ethanol levels in zebrafish embryos using head space gas chromatography. J Vis Exp. (156), e60766(2020).
  29. Klem, J. R., Gray, R., Lovely, C. B. The zebrafish Tol2 system: A modular and flexible gateway-based transgenesis approach. J Vis Exp. (189), e64679(2022).
  30. Suttie, M., Foroud, T., Wetherill, L., et al. Facial dysmorphism across the fetal alcohol spectrum. Pediatrics. 131 (3), e779-e788 (2013).
  31. Lovely, C. B., Swartz, M. E., McCarthy, N., Norrie, J. L., Eberhart, J. K. Bmp signaling mediates endoderm pouch morphogenesis by regulating Fgf signaling in zebrafish. Development. 143 (11), 2000-2011 (2016).
  32. Sheehan-Rooney, K., Swartz, M. E., Lovely, C. B., Dixon, M. J., Eberhart, J. K. Bmp and Shh signaling mediate the expression of satb2 in the pharyngeal arches. PLoS One. 8 (3), e59533(2013).
  33. Dong, X. R., Wan, S. M., Zhou, J. J., et al. Functional differentiation of BMP7 genes in zebrafish: bmp7a for dorsal-ventral pattern and bmp7b for melanin synthesis and eye development. Front Cell Dev Biol. 10, 838721(2022).
  34. McCarthy, N., Wetherill, L., Lovely, C. B., Swartz, M. E., Foroud, T. M., Eberhart, J. K. Pdgfra protects against ethanol-induced craniofacial defects in a zebrafish model of FASD. Development. 140 (15), 3254-3265 (2013).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Etiketler

Morfometrik AnalizZebrafish ModeliFetal Alkol Spektrumuİşaret Noktası Tabanlı MorfometriTemel Bileşen AnaliziProcrustes ANOVAKanonik Varyat AnaliziÇok Değişkenli Analiz
Şekil Morfometrik Analizleri: Zebrafish'te Kraniofasiyal Şekil Nicelesi için Analiz Yazılımı Araç Kutusu
Bize Ulaşın
Kütüphaneye Öner

Gizlilik

Kullanım Koşulları

Politikalar

Telif Hakkı © 2026 MyJoVE Corporation. Tüm hakları saklıdır.