Yaşlanma Alanında Caenorhabditis elegans üzerine araştırma eğilimleri ve olanakları: Bibliyometrik ve görselleştirme analizi

Yulin Song; Jinyang Qi; Qiuyu Liao; Xingcan Fan; Haipeng Du; Xiaoping Li; Heyuan Niu; Gang Liu

doi:10.3791/70364

Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.

Yöntem makalesi

Yaşlanma Alanında Caenorhabditis elegans üzerine araştırma eğilimleri ve olanakları: Bibliyometrik ve görselleştirme analizi

252 görüntülenme

⸱

DOI:

10.3791/70364

⸱

22 Mayıs 2026

Yulin Song^*¹^,²^,³^,⁴ , Jinyang Qi^*¹^,²^,³^,⁴ , Qiuyu Liao¹^,²^,³^,⁴ , Xingcan Fan¹^,²^,³^,⁴ , Haipeng Du¹^,²^,³^,⁴ , Xiaoping Li¹^,²^,³^,⁴ , Heyuan Niu¹^,²^,³^,⁴ , Gang Liu¹^,²^,³^,⁴

¹Department of General Surgery, Tianjin Medical University General Hospital, ²Ambulatory surgery center, Tianjin Medical University General Hospital, ³Tianjin Key Laboratory of Precise Vascular Reconstruction and Organ Function Repair, ⁴Tianjin General Surgery Institute

^* These authors contributed equally

Bu makalede

Özet

Burada, CiteSpace, VOSviewer, Bibliometrix ve Scimago Graphica kullanılarak tekrarlanabilir bibliyometrik eşleme için Web of Science Core Collection kayıtlarını Caenorhabditis elegans ve yaşlanma üzerine bulmak, doğrulamak ve analiz etmek için bir protokol sunuyoruz.

Özet

Yaşlanma, fizyolojik fonksiyonların kademeli olarak bozulması ve yaşa bağlı hastalıklara karşı artan savunmasızlıkla karakterize edilen karmaşık bir biyolojik olgudur. Hücresel düzeyde, bu süreç yaşlanma ile örneklenir; hücreler geri dönüşü olmayan bir bölünme yaşar ve apoptoza ilerlemeden kalıcı büyüme durması durumuna girer. Ancak, temel mekanizmalar hâlâ tam olarak anlaşılmamaktadır. Kısa ömre ve iyi karakterize edilmiş genetiğe sahip nematod Caenorhabditis elegans (C. elegans), yaşlanmanın moleküler temelini çözmek için güçlü bir modeldir. Buna rağmen, C. elegans ile yaşlanma kesişimindeki kapsamlı bir bibliyometrik haritalama hâlâ eksiktir. Burada, Web of Science Çekirdek Koleksiyonu'ndan kayıtları almak, veri işleme yapmak ve CiteSpace, Bibliometrix (R), VOSviewer ve Pajek kullanarak tekrarlanabilir bibliyometrik görselleştirme yapmak için bir protokol sunuyoruz; amacımızda bilgi yapısını haritalamak ve C. elegans yaşlanma araştırmalarında ortaya çıkan eğilimleri belirlemek. 1970'ten 5 Haziran 2025'e kadar yayımlanmış 6.117 makaleyi kullanarak, ülke ve kurumsal katkıları, yazarlık, dergi etkisi, atıf kalıpları ve tematik evrimi analiz ettik. Veri seti, 91 ülkedeki 3.798 enstitüde 19.864 yazardan 6.117 kayıttan oluşuyordu. Yıllık yayınlar 2020'de 312'den 2021'de 341'e yükseldi ve ardından yüksek kaldı. Amerika Birleşik Devletleri küresel üretime liderlik etti, ardından Çin, Almanya ve Birleşik Krallık geldi; bu ülkeler arasında yoğun iş birliği ağları vardı. Kaliforniya Üniversitesi sistemi verimlilikte birinci sıradayken, Çin Bilimler Akademisi üçüncü sıradaydı. Konu evrimi, insülin/insülin benzeri büyüme faktörü 1 sinyal (IIS) yolları ve stres yanıtlarının temel çalışmalarından C . elegans yaşlanma modellerinde termal kontrol ve mitofami gibi ortaya çıkan temalara doğru bir kayım olduğunu gösterdi. Genel olarak, bu protokol şeffaf ve güncellenebilir bibliyometrik analizleri mümkün kılmakta ve kalori kısıtlaması ve mitofagi gibi temel yönlerin gelecekteki çalışmalarını destekler.

Giriş

Yaşlanma, sınırlı sayıda bölünmeden sonra normal somatik hücrelerin proliferatif kapasitesinin kaybını ifade eden çok yönlü bir biyolojik süreçtir. Yaşlanma sürecinde, organizmanın fizyolojik işlevleri kademeli olarak azalır ve yaşa bağlı hastalıklara yatkınlık^artar. Hücresel düzeyde, bu süreç çift iplik kopuklarının birikmesi ve oksidatif hasar gibi DNA hasarı olarak ortaya çıkar ve bu hasarlar onarım mekanizmalarının taşıma kapasitesini aşar. Bu hücresel düzeyde değişiklikler, fizyolojik fonksiyonların kademeli olarak bozulması olarak organizma düzeyinde yansımaktadır. Ayrıca, bazı çalışmalar, yaşlı hücrelerin, yaşlanma ile ilişkili sekretör fenotip (SASP) salgılayarak yaşa bağlı patolojik süreçleri yönlendirdiğini daha da göstermiştir. Bu faktörler doku mikroçevresini bozabilir ve fibrozı teşvik edebilir, kronik iltihaplanmaya ve hatta kanser ilerlemesine^{yol açabilir 2}. Yaşlanma üzerine yapılan araştırmaların derinleşmesiyle, yaşlanmanın kardiyovasküler hastalıklar, tip 2 diyabet, Alzheimer hastalığı ve kanser gibi çeşitli hastalıkların ortaya çıkışında ve gelişiminde önemli bir rol^{oynadığı kabul edilmiştir 3}. Küresel yaşlanmanın hızlanmasıyla birlikte, yaşlanma mekanizmalarını anlamak sağlıklı yaşam süresinin uzatılması için kritik öneme sahiptir.

Son birkaç on yılda, model organizmalar yaşlanmanın genetik, moleküler ve çevresel belirleyicilerini ortaya çıkarmada vazgeçilmez bir rol oynamıştır. Model organizmalar, kısa üretim süreleri, iyi karakterize edilmiş genetik geçmişler ve yüksek deneysel yönetilebilirlik gibi belirgin avantajlar sergiler. Yaygın model organizmalar arasında maya (meyve sineği) ve fareler^{bulunur 4}. 1960'larda Caenorhabditis elegans (C. elegans) ilk kez yeni bir model organizma olarak kuruldu. Seçim için temel avantajları arasında kısa yaşam döngüsü ve yetiştirme kolaylığı bulunur; olgun genetik araçlar paketiyle tamamlanır. Ayrıca, küçük boyutu nedeniyle, mikroorganizmalar gibi standart bir şekilde büyük ölçekte yetiştirilebilir^{ve manipüle edilebilir 5}. En önemlisi, tek hücreli organizmalar, basit ve kullanımı kolay olmalarına rağmen, karmaşık yaşam mekanizmaları üzerine genetik araştırmalarda kullanımı zor olduğundan, önceki araştırmalardaki önemli bir boşluğu etkili bir şekilde doldurmaktadır. Ayrıca, geleneksel model hayvanlar karmaşık operasyonları nedeniyle büyük ölçekli taramanın verimliliğinde sınırlıdır. C. elegans'ın uygulanması yukarıdaki sorunları tam olarak^{çözer 6}.

C. elegans'ın yaşlanma araştırmalarında kullanımı 1980'lere kadar^uzanır. 7. C. elegans alanının yaşlanma araştırmalarında dönüşümlü bir sıçrama atması ancak 1993 yılında gerçekleşti. Thomas Johnson ve meslektaşlarının liderliğindeki mutajez taramaları, ilk uzun ömürlü mutantı olan 1 yaş^genleri ^8,9'u tespit etti. Bu bulgu, yaşlanmanın stokastik, düzenlenmemiş bir süreç olduğu görüşünü değiştirdi ve bunun yerine yaşam süresini belirlemede belirli genetik yollar vardı. Sonraki çalışmalar bu temel üzerine inşa edilmiş ve yaşlanmayı koordine eden korunmuş bir sinyal yolları ağı ortaya koymuştur. IIS yolu merkezi bir düzenleyici olarak ortaya çıkmıştır. İnsülin/insülin benzeri büyüme faktörü (IIGF-1) reseptörünün C. elegans ortologunu kodlayan daf-2'deki mutasyon, IIS aktivitesini azaltarak FOXO transkripsiyon faktörü DAF-16'yı aktive edebilir, böylece sitoplazmadan çekirdeğe geçişini sağlar; böylece stres yanıt genlerinin, moleküler şaperonların ve detoksifikasyon enzimlerinin ifadesini teşvik eder, böylece yaşlanma sürecini geciktirir ve sağlıklı yaşam süresini^{uzatır 10}. DAF-16, sitoplazmadan çekirdeğe taşınır; stres dirençli genlerin, moleküler şaperonların ve detoksifikasyon enzimlerinin ekspresyonunu destekler; böylece organizmanın sağlık süresini uzatır, yaşlanma ilerlemesini geciktirir ve organizma sağlığını^uzatır11. Ayrıca, C. elegans diğer korunmuş yaşlanma mekanizmalarını da aydınlatmıştır. Örneğin, rapamisin (TOR) yolunun hedefi, önemli bir besin algılama ekseni, IIS¹² ile etkileşimler yoluyla ömrü modüle ettiği gösterilmiştir.

Son yıllarda, bibliyometrik yöntemler birçok alanda yaygın olarak uygulanmıştır. Bibliyometrik ağ analizi, literatürün niceliği, yapısı, dağılımı ve atıf ilişkilerini inceleyerek bir alandaki gelişim kalıplarını, disipliner yapılarını, araştırma noktalarını ve eğilimlerini ortaya çıkarmak için istatistiksel yöntemler^{kullanır 13}. Yaşlanmada C. elegans üzerine kapsamlı araştırmalara rağmen, bu disiplinlerarası alanın kapsamlı bir bibliyometrik analizini sunan hiçbir çalışma bulunmamıştır. Bu çalışmada, alandaki işbirlikçi çerçevesini, entelektüel temeli ve dinamik tematik gelişmeleri aydınlatan kapsamlı, çok yöntemli ve tekrarlanabilir bir analiz sunuyoruz; böylece gelecekteki araştırma çalışmaları için ortaya çıkan yolları belirliyor. Bu makale, C. elegans alanındaki son yaşlanma araştırma başarılarının manzarasını gözden geçirmektedir. Ayrıca, bu çalışma şunları amaçlıyor: (1) 1970'ten 5 Haziran 2025'e kadar C. elegans yaşlanma araştırmalarında yayın ve atıf eğilimlerini analiz etmek; (2) ülkeler ve kurumların katkılarını değerlendirmek ve iş birliği ağlarını keşfetmek; (3) en iyi yazarları ve önemli dergileri verimlilik ve atıf etkisi açısından belirlemek; (4) ortak atıf ve atıf patlama analiziyle alanın entelektüel temelini ortaya çıkarmak; ve (5) anahtar kelime ortak oluşumu ve zamansal analiz kullanarak ana araştırma temalarını ve ortaya çıkan trendleri takip etmek. Sonuç olarak, bu içgörüler, alanın gelişen yörüngesinin daha derinlemesine anlaşılmasını sağlayacaktır.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

Bu çalışma, etik onay ve katılım onayına değmez. Bu çalışmada kullanılan veriler Web of Science Core Collection (WoSCC)'den alınmıştır.

1. Veritabanı seçimi

Web of Science Core Collection (WoSCC) veritabanına https://webofscience üzerinden erişin. clarivate.cn/wos/author/author-search.
Hedefli anahtar kelimeleri, özellikle "C. elegans" ve "aging" kelimelerini kullanarak ilgili literatürü belirlemek için bir arama stratejisi oluşturun.
İlgi taraması ve veri doğrulaması
1. Her alınan kaydı başlığı gözden geçirerek güncel önem açısından taran. C . elegans'ı birincil çalışma organizması olarak kullanan ve yaşlanmayla ilgili kavramları veya sonuçları ele alan kayıtları ekleyin.
2. Eğer sadece başlıktan alaka düzeyi belirlenemiyorsa, uygunluğu doğrulamak için özeti inceleyin.
3. C. elegans'a odaklanmayan ve/veya yaşlanmayla ilgili sonuçlar veya mekanizmaları ele almayan kayıtları hariç tutun.
4. Sınırda kayıtlar için, belirsizliğin nedenini belgeleyin ve dahil edilmeyi, ikinci bir yazar tarafından yapılan ikincil bir kontrol veya iki hakem arasında uzlaşıla çözebilirsiniz.
5. Veritabanı metaveritinde Geri Çekilmiş olarak işaretlenmiş kayıtları hariç tutun.
6. Dışlanan kayıtların sayısını ve hariç tutma sebebini kaydedin ve bibliyometrik analiz için kullanılan nihai veri seti boyutunu bildirin.
  NOT: Doğruluk ve kapsayıcılığı artırmak için arama stratejisinde kullanılan anahtar kelimelerin tam listesi için Ek materyal 1'e bakınız.

2. Arama parametreleri

1970'ten 5 Haziran 2025'e kadar olan yayın dönemini tanımlayarak en güncel ve kapsamlı araştırma eğilimlerini yakalayın.
Arama sonuçlarını yalnızca İngilizce yayımlanan makaleler ve inceleme makaleleriyle sınırlamak, veri tutarlılığını sağlamak ve karşılaştırmalı analizleri kolaylaştırmak için.

3. Veri alımı ve biçimlendirme

Seçilmiş yayınları "Tam Kayıt ve Atıflanan Kaynaklar" formatında derleyerek ayrıntılı meta verileri koruyun.
Toplanan verileri bibliyometrik araçlarla analiz için "Düz Metin" dosyaları olarak kaydet.
Her kaydın atıf ve ortak yazarlık bilgileri dahil olmak üzere tam meta veri içerdiğinden emin olun, böylece kapsamlı bir bibliyometrik analiz yapılmasını mümkün kılın.

4. Veri ön işleme

Veri toplama ve aktarma
1. R (sürüm 4.5.2) açın ve bibliometrix'i (sürüm 4.5.2) yükleyin. Biblioshiny'yi başlatmak için aşağıdaki komutları çalıştırın :
  1. kütüphane (bibliometrix)
  2. packageVersion("bibliometrix")
  3. biblioshiny()
2. İç aktarma panelini açın.
  1. Biblioshiny arayüzünde, sol kenar çubuğundaki "Veri" ye tıklayın.
  2. Veri bölümünden "İçe Aktar veya Yükleme" seçeneğine tıklayın.
3. İçare etme ayarlarını ayarlayın.
  1. Lütfen ne yapacağınızı seçin, "Ham dosya(lar)ı içe aktar" seçeneğini seçin.
  2. Veritabanında, "Web of Science (WoS/WoK)" seçeneğini seçin.
  3. Yazar Adı Formatı'nda "Soyadı ve Baş Başlar"ı seçin.
4. WoSCC dosyasını seçin ve içe aktarın.
  1. Dosya seç bölümünden "Gez" seçeneğine tıklayın... ve Tam Kayıt ve Atıflanan Referanslarla birlikte dışa aktarılan birleşik WoSCC Düz Metin dosyasını seçin.
  2. Veri setini içe aktarmak için "Start" tuşuna tıklayın.
  3. Sol yan çubuğunda "Genel Bakış"a tıklayın, ardından gerekli modülü (örneğin, Yıllık Bilimsel Üretim veya Yıllık Ortalama Atıflar) seçerek sonuçları gösterin.
  4. Figürleri dışa aktarmak için Export Plot as PNG'ye tıklayın. Tabloları dışa aktarmak için "Excel" e tıklayın ve indirilen dosyayı sonraki analiz için kaydedin.
Yayınlar ve atıfların yıllık büyüme eğilimi
1. CiteSpace'te Yayınlar ve Atıf Analizinde Yıllık Büyüme Trendi.
  1. CiteSpace'i açın, "Date"i seçin ve ardından "import/export".
  2. Giriş dizinini ve çıkış dizinini gezin.
  3. "Kopyaları Kaldır"a tıklayın, "Makale" ve "İnceleme"yi seçin ve son olarak "Başlat"a tıklayın. Böylece belirli yıllık yayın ve atıf istatistiklerini elde edebileceksiniz.
  4. Dışa aktarılan sonuçları grafik formatına dönüştürmek için Word yazılımını kullanın.
Ulusal yayın ve iş birliği analizi
1. Vosview'de Ulusal Yayın ve İşbirliği Analizi.
  1. VOSviewer'ı açın, "Create" seçin ve ardından "Bibliyografik verilere dayalı bir harita oluştur"u seçin.
  2. Ilgili düz metin dosyalarını "Bibliyografik veritabanı dosyalarından veri okuma" seçeneğiyle aktarın.
  3. Analiz türünü "Ortak yazarlık" olarak ayarlayın, "Tam sayım" yöntemini kullanarak, analiz birimi olarak "Ülkeler".
  4. Seçilecek 50 Kaynak sayısını uygulayın ve "Analiz"e tıklayın. Seçilecek kaynak sayısını 20'ye ayarlayın ve "Seçilmiş Kaynakları Dışa Aktar" seçeneğine tıklayarak görüntüleme için CSV dosyası olarak dışa aktarın.
  5. Analizi, "GO" tuşuna tıklayarak referans ortak kaynak haritası oluşturarak daha iyi okunabilirlik için font ve renk ayarlarını ayarlayarak gerçekleştirin.
2. Ulusal yayınların coğrafi dağılımı: Scimago Graphica'da Analiz.
  1. Scimago Graphica'yı açın, "LOAD DATE FILE"ye tıklayın ve ilgili düz metin dosyalarını aktarın.
  2. Yeni bir görünüm oluşturun, boyut için "documents ", renk için "link_strength", etiket için "label", işaretler için "diskler" ve düzen için "map" seçin.
  3. En yüksek ortalama atıf sayısına sahip ülke Analiz
    1. Bibliometrix paketinin Biblioshiny arayüzünü R dilinde başlatın.
    2. WoSCC veritabanına erişin ve bibliyometrik verileri içeren birleştirilmiş bir Düz Metin dosyasını seçin.
    3. Veriyi içe aktarın ve sonraki analiz için txt Formatında dışa aktarın.
    4. "Yazar"ı seçin ve ardından "En Çok Atıf Alan Ülkeler"e tıklayın
      NOT: Özel kod aşağıdaki şekilde sağlanmıştır:
      1. kütüphane (bibliometrix)
      2. packageVersion("bibliometrix")
      3. biblioshiny()
Üniversite ve kurumların dağılımı analizi
1. Ortak yazarlık analizi
  1. VOSviewer'da Analiz Kurulumu: VOSviewer'ı başlatın, "Oluştur" seçeneğini seçin ve ardından "Bibliyografik verilere dayalı bir harita oluştur"u seçin. "Bibliyografik veritabanı dosyalarından veri okuma" seçeneğini seçin ve kurumsal bilgileri içeren Düz Metin dosyalarını içe aktarın.
  2. Yapılandırma ve Parametreler: Analiz türünü "Ortak yazarlık" olarak ayarlayın, "Tam sayım" seçeneğini seçin ve analiz birimi olarak "Organizasyonlar" kullanın. Parametreleri, her belge başına 3.798 organizasyona kadar izin verecek şekilde yapılandırın ve temsili bir iş birliği ağı kurmak için ilk 50 kurum için minimum dahil etme eşiği belirleyin.
  3. Görselleştirme ve Yorumlama: Kurumsal iş birliği haritasını oluşturmak için "Bitir" tuşuna tıklayın. Kümeleri ve bağlantıları inceleyerek üniversiteler ve araştırma kuruluşları arasındaki temel kurumları, iş birliği yoğunluğunu ve ana iş birliklerini belirleyin.
2. En Çok Yayın Yapan Kurumların Analizi
  1. Bibliometrix paketinin Biblioshiny arayüzünü R dilinde başlatın.
  2. WoSCC veritabanına erişin ve bibliyometrik verileri içeren birleştirilmiş bir Düz Metin dosyasını seçin.
  3. Veriyi içe aktarın ve sonraki analiz için txt Formatında dışa aktarın.
  4. "Yazar"ı seçin ve ardından "Bağlılıkların Zaman Içinde Üretimi"ne tıklayın.
    NOT: Özel kod aşağıdaki şekilde sağlanmıştır:
    kütüphane (bibliometrix)
    packageVersion("bibliometrix")
    biblioshiny()
3. En güçlü atıf patlamalarına sahip üniversiteler Analiz
  1. CiteSpace'i açın, "Veri" menüsüne gidin ve "İçe/Dışa Aktar"ı seçin.
  2. WoSCC veritabanından verileri uygun formatta aktarın; analiz zaman dilimi Ocak 1972'den 5 Haziran 2025'e kadar bir yıl aralıkla zamansal detaylar için bir yıl aralıkla yapılandırılır.
  3. Düğüm tipini "Referans" olarak ayarlayın ve "Pathfinder" ile "Budama Dilimlenmiş Ağlar" seçenekleriyle budama uygulayarak ağı sadeleştirin, en etkili ortak referanslara odaklanın.
  4. Analizi, "GO" tuşuna tıklayarak referans ortak kaynak haritası oluşturarak daha iyi okunabilirlik için font ve renk ayarlarını ayarlayarak gerçekleştirin.
  5. "Patlama" seçeneğini seçin ve γ parametreyi [0, 1] olarak ayarlayın.
  6. Verileri yenileyerek en önemli atıf sayısında artışa sahip ilk 25 kurumu oluşturun, atıf sayısında önemli artışa sahip kurumları vurgulayın ve alandaki etkilerinin sürekli arttığını gösterin.
Yazar iş birliği ağları
1. CiteSpace'i açın, "Veri" menüsünü seçin ve WoSCC'den gerekli formatta veri aktarmak için "İçeriş/Dışa Aktarma" seçeneğine tıklayın.
  1. Ocak 1970'ten 5 Haziran 2025'e kadar olan zaman dilimini tanımlayın; işbirliklerinin zamansal evrimini yakalamak için bir yıllık adımla.
2. Ağ Yapılandırması ve Budama
  1. Düğüm tipini "Author" olarak ayarlayın ve "Pathfinder" ile "Budama Dilimlenmiş Ağlar" uygulayarak yedekli bağlantıları azaltarak anahtar yapıları korun.
  2. Analizi yürütmek ve ortak kaynak/ortak yazarlık haritasını oluşturmak için "GO" tuşuna tıklayın; bu harita, yazar iş birliği ağlarının zaman içinde gelişimini, yapısını ve büyüme dinamiklerini ortaya koyar.
Ortak kaynak referansların ve kümeleme ağının analizi
1. CiteSpace'te veri içe aktarma ve kurulum
  1. CiteSpace'i açın, "Data"ya gidin ve WoSCC verilerini yüklemek için "Import/Export" seçeneğini seçin.
  2. Analiz zaman aralığını, ayrıntılı zamansal bilgi elde etmek için bir yıllık aralık kullanarak Ocak 1970'ten 5 Haziran 2025'e kadar ayarlayın.
2. Ağ yapılandırması ve budama
  1. Düğüm tipi olarak "Referans" seçin ve "Pathfinder" ile birlikte "Budama Dilimlenmiş Ağlar" kullanın; böylece çekirdek ortak kaynak bağlantıları korunur ve küçük veya gereksiz bağlantıları kaldırırsınız.
  2. "GO" tuşuna tıklayarak analizi çalıştırın ve referans ortak kaynak ağı oluşturun, ardından görsel netliği artırmak için yazı tiplerini, renkleri ve düzeni iyileştirin.
3. Yüksek etkili referansların belirlenmesi
  1. "Patlama" seçeneğini etkinleştirin ve [0, 1] aralığında γ ayarlayın.
  2. Verileri yenileyerek en güçlü atıf artışına sahip ilk 25 referansı elde edin; böylece hızlı atıf artışı yaşayan ve araştırma alanında son derece etkili olan eserleri vurgulayın.
Dergilerin ve ortak kaynak alan dergilerin analizi
1. Vosview'de Dergi Analizi
  1. VOSviewer'ı açın, "Create" seçin ve ardından "Bibliyografik verilere dayalı bir harita oluştur"u seçin.
  2. İlgili düz metin dosyalarını "Bibliyografik veritabanı dosyalarından veri okuma" seçeneğiyle aktarın.
  3. Analiz türünü "Atıf" olarak ayarlayın, "Tam sayım" yöntemini seçin ve analiz birimi olarak "Kaynaklar" belirtin.
  4. Minimum kaynak sayısını 20'ye ayarlayın, analizi yapın ve "Seçilmiş Kaynakları İhraca At" seçeneğini kullanarak seçilen dergileri daha ileri inceleme için CSV dosyası olarak kaydedin.
2. Vosview'de ortak kaynak dergileri analizi.
  1. VOSviewer'ı tekrar açın, "Create" seçin ve ardından "Bibliyografik verilere dayalı bir harita oluştur"u seçin.
  2. Aynı düz metin dosyalarını "Bibliyografik veritabanı dosyalarından veri okuma" ile içe aktarın.
  3. Analiz türünü "Co-citation" olarak ayarlayın, "Tam sayım"ı seçin ve analiz birimi olarak "Kaynaklı kaynaklar" kullanın.
  4. Kaynak sayısının minimum sayısını 20'ye ayarlayın, analizi çalıştırın ve "Seçilmiş Kaynakları Dışa Aktar" seçeneğine tıklayarak ayrıntılı ortak alıntılı dergi analizi için bir CSV dosyası çıkarabilirsiniz.
Anahtar kelime birlikte ortaya çıkma analizi
1. VOSviewer'da Anahtar Kelime Birlikte Oluşma Ağ Analizi.
  1. VOSviewer'ı açın, "Create" seçin ve ardından "Bibliyografik verilere dayalı bir harita oluştur"u seçin.
  2. Ilgili düz metin dosyalarını "Bibliyografik veritabanı dosyalarından veri okuma" seçeneğiyle aktarın.
  3. Analiz türünü "Tam sayım" yöntemini kullanarak "ortak ortaya çıkma" olarak ayarlayın, analiz birimi olarak "tüm anahtar kelimeler" kullanılacaktır.
  4. Bir dizi anahtar kelime uygulayarak 100 seçilin ve analizi tamamlamak için "Bitir" tuşuna tıklayın; böylece alan içindeki anahtar kelime ilişkilerini görselleştiren bir eşzamanlı karşılaşma ağı oluşturulur.
  5. "Overlay Visualization" seçeneğine tıklayarak gelişen anahtar kelime ortak oluşum kümelerinin görsel analitik temsilini oluşturun.
  6. "Yoğunluk Görselleştirme"ye tıklayın ve anahtar kelime dağılımı tablosu oluşturulur.
2. CiteSpace'te anahtar kelime patlama analizi.
  1. CiteSpace kullanarak anahtar kelime patlaması analizini "Burstness" seçeneğini seçip γ parametresini [0, 1] olarak ayarlayın.
  2. Verileri yeniledikten sonra, en güçlü atıf patlamalarına sahip en iyi 25 anahtar kelimenin listesini oluşturmak için "Görüntüle" seçeneğini seçin; bu liste, zaman içinde dikkat çeken anahtar kelimeleri gösterir.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

Yaşlanma alanında C. elegans'ın eğilimleri ve evrimine genel bakış
Bibliyometrik analiz, WOSCC'nin uygunluk kriterlerini karşılayan ilk 6.205 yayınından seçilen 1.123 kaynaktan 6.117 yayın kaydını içerdi. Bu, 45 erken erişim incelemesi ve 145 bildiri makalesini içeriyordu. 87 alakasız ve bir geri çekilen yayın hariç tutulduktan sonra, veriler zamansal dağılım ve belge türleri açısından analiz edildi. Son elli yılda, C. elegans ve yaşlanma üzerine 4.9...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

Tekrarlanabilirlik ve yorumlanabilirliği sağlamak için bu iş akışındaki temel adımlar şunlardır: arama stratejisinin (veritabanı kaynağı, sorgu, belge türleri, dil sınırları, erişim tarihi) kapsamlı şekilde raporlanması, konu dışı kayıtları en aza indirmek için alaka taraması ve veri doğrulamasının yapılması, araç parametrelerinin (zaman dilimleme, düğüm tipleri, budama, eşikler, kümeleme) tutarlı şekilde raporlanması ve çıktıların standart formatlarda dışa aktarılması ile yazılım sürüml...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

Yazarların açıklayacak hiçbir şeyi yok.

Teşekkürler

Yazarlar, bu çalışmaya katkıda bulunan tüm katılımcılara ve araştırmacılara teşekkürlerini iletmek ister. Ayrıca, bu araştırmanın yürütülmesinde önemli rol oynayan CiteSpace, VOSviewer, Scimago Graphica ve R tarafından sağlanan analitik araçlara da minnettardırlar.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
Ad	Şirket	Katalog numarası	Yorumlar
LEGION Savior Y7000 2019 dizüstü bilgisayar (Seri Numarası PF1CGZJU)	Lenovo	https://pcsupport.lenovo.com/us/en/products/laptops-and-netbooks/legion-series/legion-y7000-2019	Analizler için kullanılan bilgisayar
R (sürüm 4.5.2)	R İstatistiksel Hesaplama Vakfı / R Çekirdek Ekibi	https://www.r-project.org/	İstatistiksel hesaplama ortamı
CiteSpace (sürüm 6.3.R3)	CiteSpace / Chaomei Chen (Drexel Üniversitesi)	https://citespace.podia.com/	Bibliyometrik görselleştirme ve analiz yazılımı
VOSviewer (sürüm 1.6.20)	Leiden Üniversitesi CWTS (Nees Jan van Eck, Ludo Waltman)	https://www.vosviewer.com/	Bibliyometrik eşleme yazılımı
Pajek (version 64.6.01)	Ljubljana Üniversitesi (Vladimir Batagelj, Andrej Mrvar)	http://mrvar.fdv.uni-lj.si/pajek/	Ağ analiz ve görselleştirme yazılımı

Kaynaklar

McHugh, D., Durán, I., Gil, J. Senescence as a therapeutic target in cancer and age-related diseases. Nat Rev Drug Discov. 24 (1), 57-71 (2025).
Young, A. R. J., Narita, M. SASP reflects senescence. EMBO Rep. 10 (3), 228-230 (2019).
Suda, M., Tchkonia, T., Kirkland, J. L., Minamino, T. Targeting senescent cells for the treatment of age-associated diseases. J Biochem. 177 (3), 177-187 (2025).
Irion, U., Nüsslein-Volhard, C. Developmental genetics with model organisms. Proc Natl Acad Sci U S A. 119 (30), e2122148119(2022).
Wu, C. Y., Davis, S., Saudagar, N., et al. Caenorhabditis elegans as a convenient animal model for microbiome studies. Int J Mol Sci. 25 (12), 6670(2024).
Kimble, J., Nüsslein-Volhard, C. The great small organisms of developmental genetics: Caenorhabditis elegans and Drosophila melanogaster. Dev Biol. 485, 93-122 (2022).
Riddle, D. L., Swanson, M. M., Albert, P. S. Interacting genes in nematode dauer larva formation. Nature. 290 (5808), 668-671 (1981).
Friedman, D. B., Johnson, T. E. A mutation in the age-1 gene in Caenorhabditis elegans lengthens life and reduces hermaphrodite fertility. Genetics. 118 (1), 75-86 (1988).
Shmookler Reis, R. J., Ayyadevara, S., Crow, W. A., Lee, T., Delongchamp, R. R. Gene categories differentially expressed in C. elegans age-1 mutants of extraordinary longevity: new insights from novel data-mining procedures. J Gerontol A Biol Sci Med Sci. 67 (4), 366-375 (2012).
Guarente, L., Kenyon, C. Genetic pathways that regulate ageing in model organisms. Nature. 408 (6809), 255-262 (2000).
Berk, Ş, Cetin, A., Özdemir, ÖÜ, Pektaş, A. N., Yurtcu, N., Dastan, S. D. The combination of metformin and high glucose increased longevity of Caenorhabditis elegans in a DAF-16/FOXO-independent manner: cancer/diabetic model via C. elegans. Front Endocrinol. 15, 1435098(2024).
Pandey, T., Wang, B., Wang, C., et al. LPD-3 as a megaprotein brake for aging and insulin-mTOR signaling in C. elegans. Cell Rep. 43 (3), 113899(2024).
Chen, C., Dubin, R., Kim, M. C. Emerging trends and new developments in regenerative medicine: a scientometric update (2000-2014). Expert Opin Biol Ther. 14 (9), 1295-1317 (2014).
Beguet, B., Brun, J. L. Influence of parental aging on the reproduction of the F1 generation in a hermaphrodite nematode Caenorhabditis elegans. Exp Gerontol. 7 (3), 195-206 (1972).
Beguet, B. The persistence of processes regulating the level of reproduction in the hermaphrodite nematode Caenorhabditis elegans, despite the influence of parental aging, over several consecutive generations. Exp Gerontol. 7 (3), 207-218 (1972).
Ogg, S., Paradis, S., Gottlieb, S., et al. The forkhead transcription factor DAF-16 transduces insulin-like metabolic and longevity signals in C. elegans. Nature. 389 (6654), 994-999 (1997).
Lin, K., Dorman, J. B., Rodan, A., Kenyon, C. Daf-16: An HNF-3/forkhead family member that can function to double the life-span of Caenorhabditis elegans. Science. 278 (5341), 1319-1322 (1997).
López-Otín, C., Blasco, M. A., Partridge, L., Serrano, M., Kroemer, G. The hallmarks of aging. Cell. 153 (6), 1194-1217 (2013).
Olshansky, S. J., Willcox, B. J., Demetrius, L., Beltrán-Sánchez, H. Implausibility of radical life extension in humans in the twenty-first century. Nat Aging. 4 (11), 1635-1642 (2024).
Chen, C., Lim, J., Koh, J., Beard, J., Rowe, J. W. Research network on an aging society: a global analysis of adaptation to societal aging across low-, middle-, and high-income countries using the Global Aging Society Index. Nat Aging. 5 (1), 113-121 (2025).
Johnson, T. E., Conley, W. L., Keller, M. L. Long-lived lines of Caenorhabditis elegans can be used to establish predictive biomarkers of aging. Exp Gerontol. 23 (4-5), 281-295 (1988).
Johnson, T. E. Increased lifespan of age-1 mutants in Caenorhabditis elegans and lower Gompertz rate of aging. Science. 249 (4971), 908-912 (1990).
Kimura, K. D., Tissenbaum, H. A., Liu, Y., Ruvkun, G. Daf-2, an insulin receptor-like gene that regulates longevity and diapause in Caenorhabditis elegans. Science. 277 (5328), 942-946 (1997).
Dorman, J. B., Albinder, B., Shroyer, T., Kenyon, C. The age-1 and daf-2 genes function in a common pathway to control the lifespan of Caenorhabditis elegans. Genetics. 141 (4), 1399-1406 (1995).
Barzilai, N., Huffman, D. M., Muzumdar, R. H., Bartke, A. The critical role of metabolic pathways in aging. Diabetes. 61 (6), 1315-1322 (2012).
Lee, H., Lee, S. V. Recent progress in regulation of aging by insulin/IGF-1 signaling in Caenorhabditis elegans. Mol Cells. 45 (11), 763-770 (2022).
Martins, R., Lithgow, G. J., Link, W. Long live FOXO: unraveling the role of FOXO proteins in aging and longevity. Aging Cell. 15 (2), 196-207 (2016).
Fontana, L., Partridge, L. Promoting health and longevity through diet: from model organisms to humans. Cell. 161 (1), 106-118 (2015).
Calorie restriction increases muscle mitochondrial biogenesis in healthy humans. PLoS Med. Civitarese, A. E., Carling, S., Heilbronn, L. K., et al. 4 (3), e76(2007).
Palikaras, K., Lionaki, E., Tavernarakis, N. Coordination of mitophagy and mitochondrial biogenesis during ageing in C. elegans. Nature. 521 (7553), 525-528 (2015).
Jang, J. Y., Blum, A., Liu, J., Finkel, T. The role of mitochondria in aging. J Clin Invest. 128 (9), 3662-3670 (2018).
Picca, A., Faitg, J., Auwerx, J., Ferrucci, L. D'Amico D. Mitophagy in human health, ageing and disease. Nat Metab. 5 (12), 2047-2061 (2023).
Ryu, D., Mouchiroud, L., Andreux, P. A., et al. Urolithin A induces mitophagy and prolongs lifespan in C. elegans and increases muscle function in rodents. Nat Med. 22 (8), 879-888 (2016).
Hong, X., Isern, J., Campanario, S., et al. Mitochondrial dynamics maintain muscle stem cell regenerative competence throughout adult life by regulating metabolism and mitophagy. Cell Stem Cell. 29 (9), 1298-1314.e10 (2022).
Rappe, A., McWilliams, T. G. Dynamic mitophagy trajectories hallmark brain aging. Autophagy. 21 (2), 487-489 (2025).
Kerr, J. S., Adriaanse, B. A., Greig, N. H., et al. Mitophagy and Alzheimer's disease: cellular and molecular mechanisms. Trends Neurosci. 40 (3), 151-166 (2017).
Tarpey, M. D., Davy, K. P., McMillan, R. P., et al. Skeletal muscle autophagy and mitophagy in endurance-trained runners before and after a high-fat meal. Mol Metab. 6 (12), 1597-1609 (2017).
Estébanez, B., Moreira, O. C., Almar, M., de Paz, J. A., Gonzalez-Gallego, J., Cuevas, M. J. Effects of a resistance-training programme on endoplasmic reticulum unfolded protein response and mitochondrial functions in PBMCs from elderly subjects. Eur J Sport Sci. 19 (7), 931-940 (2019).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Daha fazla makale keşfet

Yaşlanma Araştırmaları Bibliyometrik Analiz İnsülin Sinyali Stres Yanıtı Kalori Kısıtlaması Mitofaji Bilgi Haritalama Model Organizma