$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Tüm tehlikeli kimyasallar (örneğin, glutaraldehit, sodyum kakodilat tamponu, Heksamethyldisilazane [HMDS] ve etanol) kurumsal Çevresel Sağlık ve Güvenlik (EHS) politikalarına uygun olarak ele alındı. Uçucu/toksik reaktiflerin hazırlanması ve kullanımı, uygun kişisel koruyucu ekipmanlarla (laboratuvar önlüğü, göz koruması ve kimyasal dirençli eldivenler) sertifikalı kimyasal bir duman davlumunda gerçekleştirildi ve yanıcı çözücüler ateşleme kaynaklarından uzak tutuldu. Kimyasal atıklar, kurumsal tehlikeli atık programı aracılığıyla bertaraf edilmek üzere uygun şekilde etiketlenmiş kaplarda (kakodilat için özel arsenik içeren atıklar ve HMDS/etanol için çözücü atıklar dahil) toplandı. Biyotehlike maddeler (bakteriyel kültürler, kirlenmiş plakalar ve tek kullanımlıklar) bertaraf edilmeden önce biyogüvenlik prosedürlerine (örneğin, otoklavlama veya onaylı dezenfektanlar) göre dezinfekte edilmiş ve etilen oksit sterilizasyonu sertifikalı tesis protokolleri ve gerekli havalandırma uygulamalarına uygun olarak gerçekleştirilmiştir.
3D baskılı modeller
Modeller, ücretsiz bilgisayar destekli tasarım yazılımı kullanılarak tasarlandı ve 1,75 mm (çap) polilaktik asit (PLA) ve polietilen tereftalat glikol (PETG) filamentleriyle birleşmiş biriktirme modelleme teknolojisiyle donatılmış 3D yazıcı ile basıldı (Malzemeler Tablosu). Örneklerin üretiminde kullanılan baskı parametreleri şöyleydi: nozul (0,4 mm) hareket hızı 1800 mm/dakika; birinci katman hızı 300 mm/dakika; ekstrüzyon sıcaklığı 220 °C (PLA) ve 255 °C (PETG); yatak sıcaklığı 60 °C; katman yüksekliği 0,08 mm; ekstrüzyon genişliği 0,48 mm ve; Tüm örnekler için %100 dolgu yoğunluğu. Hiçbir örnek destek yapısının kullanılmasını gerektirmedi. 3D modeller disklerden, düz tabanlı plakalardan, Calgary biyofilm cihazından (CBD) ve modifiye edilmiş Robbins cihazından (MRD) oluşuyordu. Diskler, 6 mm (çap) x 6 mm (yükseklik) ölçülerinde bir silindir olarak tasarlandı.
CBD için bir model oluşturuldu (Malzeme Tablosu). CBD iki bölümden oluşuyordu: bir taban plaka, standart 96 delikli mikrotiter plaka (ANSI/SLAS formatı) ve bir kapak (peg plate): 2 mm (çap) ve 5 mm (yükseklik) ölçülerinde 96 silindirik çivili bir polimer (PLA veya PETG) kapak. MRD, 4 mm (çap ve yükseklik) pinlerin vidalı dişli modelde sabitlenmesiyle geliştirildi (Malzemeler Tablosu). Baskı işlemi tamamlandıktan sonra, modeller dikkatlice yapı plakasından çıkarıldı, herhangi bir deformasyon olup olmadığını görsel olarak inceledi ve ardından etilen oksit ile sterilize edildi.
Statik biyofilmin disk modeli
Bu yöntem, daha önce tanımlanan 6 mm × 6 mm silindirikdiskler 23 kullanılarak PLA'da biyofilm oluşumunu indüklemek için kullanılmıştır (Şekil 1).

Şekil 1: PLA ve PETG diskleri ile bu disk modellerinde biyofilm oluşumu için 24 delikli bir plaka. (A) Bakteriyel aşılama ve biyofilm oluşumundan önce 3D basılmış PLA ve PETG disklerini temsil eden örnekler. (B) In vitro kültür koşullarında biyofilm indüksiyonu sırasında 24 kuyruklu bir plakada konumlandırılan PLA ve PETG diskleri. Kısaltmalar; PLA = polilaktik asit; PETG = modifiye edilmiş polietilen tereftalat glikol. Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayın.
S. aureus, %15 gliserol takviyesi ile desteklenen triptik soya suyu (TSB) içinde −80 °C'de depolandı ve her deneyden önce kan agarında kültürlenerek 37 °C'de 24 saat kuluçka uygulandı. İzole bir koloni 10 mL TSB'ye yeniden süspansiyon yapılmış, 50 mM glikozla desteklenmiş, 50 mL konik bir tüpe eklenmiş ve 120 rpm'de 37 °C sıcaklıkta 24 saat boyunca yörünge sallayıcısında inkubbe edilmiştir. Ortaya çıkan kültür, 200 x g boyutunda 5 dakika boyunca santrifüjlendi ve süpernatant atıldı. Pellet, 10 mL steril %0,9 NaCl ile üç kez yıkandı. Son yıkama aşamasında, pellet 10 mL taze TSB ile yeniden askıya alınarak nefelometri ile belirlenen 0.5 McFarland standardına (yaklaşık 1.5 × 10.8 CFU/mL) eşdeğer bulanıklığa sahip bakteriyel bir süspansiyon elde edildi. Süspansiyon, 15 mL'lik konik bir tüpte TSB'nin 1:10 içinde seyreltilerek nihai bakteri konsantrasyonu 107 CFU/mL elde edildi. Disk deneylerinde, her disk grubunu (PLA ve PETG) 2 saat boyunca kapsayan steril 24 kuyruklu plakaların her kuyusuna 2 mL önceki bakteri süspansiyonu eklenerek hücrelerin yapışmasını sağlamak amacıyla 2 saat kullanıldı. Diskler daha sonra steril cımbız kullanılarak planktonik hücreleri çıkarmak için 2 mL %0,9 NaCl içeren yeni steril 24 delikli plakaya aseptik olarak aktarıldı. Kuyulara taze 10 mL TSB eklendi ve plakalar 37 °C'de 24 saat kuluçka altına alındı. Bu aşamada, disk yüzeylerine yapışan hücreler bir biyofilm oluşturur. İnkubasyon sonrası, kültür ortamı aspirasyon yapıldı ve diskler 2 mL %0,9 NaCl ile yıkanarak kalıntı ortam ve yapışmayan hücreler çıkarıldı. Seri seyreltmelerde (2–4.096 mg/L) 1 mL vankomisin çözeltisi ile 24 kuyruklu bir plaka hazırlandı ve diskler 24 saat boyunca suya batırıldı. Vankomisin olmayan bir kontrol grubu (NaCl %0,9) dahil edilmiştir. 24 saat sonra diskler %0,9 ile 2 mL NaCl ile yıkandı.
Disklerde yapışan bakterileri nicelendirmek için, her disk steril cımbız kullanılarak 1 mL steril %0,9 NaCl içeren bir mikrotüpe aktarıldı ve yapışkan hücreler ayrılmak için 40 kHz ve 37 °C sıcaklıklarında 15 dakika ultrasonik banyoda soniklendi. Mikrotüpler, hücre kümelerinin tam ayrışmasını sağlamak için 60 saniye girdabla dağılmıştır. Seyreltilmemiş numunenin 100 μL (10°) aliquotları ve steril %0,9 NaCl içinde 10⁻2 ve 10⁻4 seyreltme TSA üzerinde kaplandı ve 37 °C'de 24 saat kuluçka edildi. Bakteriyel büyüme, bir plaka üzerinde CFU sayarak ve CFU/mL olarak ifade edilerek nicelendirilmiştir.
Minimum biyofilm yok etme konsantrasyonu için 24 kuyuyla düz tabanlı plakalar
24 kuyu plakalarında yapılan deneyler için, yeterli hücre yapışmasını sağlamak için her kuyuya 2 saat boyunca 3 mL bakteriyel süspansiyon (yukarıda tarif edildiği gibi hazırlanmış) eklendi. Daha sonra bakteriyel süspansiyon aspirasyon yapıldı ve planktonik hücrelerin alınması için 3 mL steril %0,9 NaCl eklendi. Daha sonra taze 3 mL TSB eklendi ve plakalar 37 °C'de 24 saat kuluçka altına alındı. Bu aşamada, kuyu yüzeylerine yapışan hücreler bir biyofilm oluşturur. Kuluçka sonrası TSB aspirasyon yapıldı ve kuyular %0,9 NaCl ile 3 mL ile yıkanarak kalıntı ortam ve yapışmayan hücreler çıkarıldı. Her kuyuya seri seyreltmelerde (2–4.096 mg/L) 3 ml vankomisin çözeltisi eklendi. Vankomisin olmayan bir kontrol grubu (NaCl %0,9) dahil edilmiştir.
24 saat sonra çözelti çıkarıldı ve her kuyu 3 mL %0,9 NaCl ile iki kez nazikçe yıkandı. Her kuyuya üç mililitre %0,9 NaCl eklendi, plaka kapatılıp parafilm ile kapatıldı ve ardından 40 kHz ve 37 °C sıcaklıklarında ultrasonik banyoda 15 dakika soniklenerek yapışkan biyofilmi ayrıldı. Kuyulardan 100 μL aliquotlar toplandı ve steril %0,9 NaCl'de hazırlanan seyreltilmemiş örnek (10°) ile 10⁻2 ve 10⁻4 seyreltmeler TSA üzerinde kaplanarak 37 °C'de 24 saat kuluçka altına alındı. Bakteri büyümesi daha sonra CFU/mL sayarak nicelendirildi. Tüm deneyler üçlü olarak gerçekleştirildi. Minimum biyofilm yok etme konsantrasyonu (MBEC), kontrol grubuna kıyasla en az 3 log10 azalma olarak tanımlanmıştır (Şekil 2).

Şekil 2: Basılı 24 kuyu plakalar. (A) 24 kuyuyla basılan plakalar. (B) 24 kuyruklu plakalar PETG ile basılmış. Kısaltmalar; PLA = polilaktik asit; PETG = Polietilen tereftalat glikol. Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayın.
Calgary biyofilm cihazı
CBD, 96 deliklik bir mikrotiter plaka ve kapak tabakta tam olarak bir kuyuya sığacak şekilde tasarlanmış 96 çivli bir kapaktan oluşur. Biyofilm oluşumunu sağlamak için, steril 96 kuyuyla plakanın her kuyusu, 200 μL bakteriyel süspansiyon ile doldurulmuş ve steril kazık kapakları plakaya yerleştirilmiştir. Monte edilen plakalar, kazıklarda biyofilm gelişimi mümkün olmak için statik koşullarda 24 saat boyunca 37 °C sıcaklıkta kuluçka altına alındı. İnkubasyon sonrası, kazık kapakları 200 μL %0,9 NaCl içeren 96 delikli bir plakada nazikçe durulandırılarak planktonik hücreleri çıkardı. Çivili plaka, vankomisin içeren başka bir 96 kuyu tabağa batırıldı ve ilerleyici konsantrasyonlarda (2–4.096 mg/L) 37 °C'de statik koşullarda 24 saat kuluçka altına alındı.
Çivili plaka, %0,9 NaCl içeren 200 μL içeren 96 kuyu tabakta durulandı ve kazıklar 15 cm TSA plakasında dikkatlice damgalanarak 37 °C'de 24 saat kuluçka edildi. Bakteriyel büyüme gözlemlendi ve MBEC, büyümenin gerçekleşmediği en düşük konsantrasyon olarak tanımlandı. Tüm deneyler üçlü olarak gerçekleştirildi (Şekil 3).

Şekil 3: Calgary cihazı ve PLA ile basılmış 96 kuyuklu düz tabanlı plakalar. (A) PLA ile basılmış Calgary cihazı. (B) PLA ile basılmış 96 kuyuklu düz tabanlı plakalar. (C) Calgary cihazı PETG ile basılmış. (D) PETG ile basılmış 96 kuyuklu düz tabanlı plakalar. Kısaltmalar; PLA = polilaktik asit; PETG = polietilen tereftalat glikol. Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayın.
Sürekli akış koşulları altında dinamik bir sistem
Her MRD, vida dişli modele sabitlenmiş beş ayrı kazıktan oluşur ve dikdörtgen kesitli bir kanal boyunca doğrusal olarak düzenlenir. Dinamik sistem, test edilecek antibiyotikin MRD'ye bağlı silikon tüp aracılığıyla peristaltik pompaya bağlandığı 1 L çözelti içeren bir şişeden oluşuyordu. Montaj, kirlenmeyi önlemek için laminar hava akışı dolabında yapıldı. Orta akış hızı 1 mL/dakika olarak tutuldu ve sistemde 24 saat boyunca dolaştı. MRD'den geçen sıvı, başka bir cam şişeye atılır (tekrar dolaşım olmadan).
S. aureus biyofilmleri, MRD kazılarında indüklenerek 24 delikli plakalara 3 mL içeren TSB ile 107 CFU/mL konsantrasyonda bırakıldı. Çiviler, 3 mL %0,9 NaCl çözeltisi ile doldurulmuş 24 delikli bir plakaya batırarak nazikçe durulandı. Çivler dikkatlice MRD'ye vidalanmıştı (n = 5). Vankomisin çözeltisi (40 mg/L) %0,9 NaCl ile seyreltilmiş, yukarıda tarif edildiği gibi pompa kullanılarak MDR üzerinden 24 saat boyunca infüze edilmiştir. Antibiyotiksiz bir kontrol grubu (%0,9 NaCl) dahil edildi. Bu konsantrasyon, daha önce tanımlandığı gibi damar içi vankomisin yüksek dozlarda elde edilen serum konsantrasyonuna göreseçilmiştir 24. Pimler, steril cımbızlarla MRD'den aseptik olarak çıkarıldı, %0,9 NaCl ile yıkandıktan sonra 1 mL steril %0,9 NaCl içeren mikrotüplere yerleştirildi ve biyofilmin tam ayrılmasını sağlamak için ultrasonlu banyoda 40 kHz ve 37 °C sıcaklıkta 15 dakika soniklendi. Mikrotüpler 60 saniye girdabla tutuldu ve işlem üç kez tekrarlanarak kalıntı biyofilm agregalarını bozdu. 100 μL'lik alikotlar TSA ile kaplama yapıldı ve plakalar 37 °C'de 24 saat kuluçka altına alındı. Bakteriyel büyüme nicel olarak ölçüldü ve CFU/mL olarak ifade edildi (Şekil 4).

Şekil 4: PETG ve PLA ile modifiye edilmiş Robbins cihazı ve dinamik sistemin bir fotoğrafı. (A) PETG veya PLA ile basılmış modifiye edilmiş Robbins cihazı. (B) Dinamik sistemin fotoğrafı. Kısaltmalar; PLA = polilaktik asit; PETG = polietilen tereftalat glikol. Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayın.
Taramalı elektron mikroskopisi
Biyofilmlerin morfolojisini ve yapısını görselleştirmek için diskler üzerinde taramalı elektron mikroskopisi (SEM) yapıldı. Biyofilm, protokollerde tanımlandığı gibi diskler üzerinde indüklenmiştir. Diskler steril cımbızlarla dikkatlice plakadan çıkarıldı ve 45 dakika boyunca bir çözelti (0,68 g sukroz, 0,42 g sodyum kakodilat, 0,6 mL %30 glutaraldehit) ve 19,4 mL deionize su ile sabitlendi. Daha sonra, örnekler 10 dakika boyunca bir tampon çözeltisine (0,68 g sukroz ve 0,42 g sodyum kakodilat) transfer edildi. Örnekler daha sonra 10 dakika boyunca dereceli etanol serisinde (%35, %50, %70 ve %100) kurutuldu. Daha sonra örnekler başka bir Petri kabına aktarıldı ve 10 dakika boyunca %100 heksametil disilazane ile kaplandı. Son olarak, diskler döner bir pompa kullanılarak altınla sputter kaplanmış ve taramalı elektron mikroskopunda farklı büyütmeler altında gözlem için metal bir kıvılcıma monte edilmiştir (Şekil 5).

Şekil 5: Biyofilm indüksiyonu olan ve olmadan PLA ve PETG 3D baskılı modellerin taramalı elektron mikroskobi. (A) PLA'nın biyofilm olmadan taramalı elektron mikroskopi fotoğrafı. (B) PETG'nin biyofilm olmadan taramalı elektron mikroskopik fotoğrafı. (C) PLA disklerinde biyofilm oluşturan bakterilerin taramalı elektron mikroskopisi fotoğrafı. (D) PETG disklerinde biyofilm oluşturan bakterilerin taramalı elektron mikroskopik fotoğrafı. C ve D, biyofilmlerin tipik özelliklerini gösterir: bakteriyellerin 3D bir yapıya organizasyonu, yüzeylere yapışma ve ekstrahücre matriksinin varlığı. Beyaz ölçek çubuğu 10 μm'yi temsil eder. Kısaltmalar; PLA = polilaktik asit; PETG = Polietilen Tereftalat Glikol. Bu figürün daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayın.
İstatistiksel analiz
Bazı analizler betimleyiciydi. Nicel veriler için, örneklem büyüklüğü medianın interquartil aralığı ile kullanılmasını haklı çıkarırken, istatistiksel karşılaştırma için Mann-Whitney testi yapılmıştır. P< değeri 0.05 istatistiksel olarak anlamlı olarak kabul edildi.