Bu çalışma, Westlake Üniversitesi Tıp Fakültesi'ne bağlı Hangzhou Birinci Halk Hastanesi Etik Kurulu tarafından incelenmiş ve onaylanmıştır. Onay numarası IIT-20230528-0108-01'dir. Kan toplama işleminden önce, prospektif olarak kaydedilen katılımcılardan yazılı bilgilendirilmiş onam alınmıştır. Rutin bakım sırasında toplanan retrospektif olarak dahil edilen klinik kayıtlar ve arşivlenmiş artık örnekler için, kimliksizleştirilmiş verilerin kullanılması ve herhangi bir ek müdahale yapılmaması nedeniyle etik kurul tarafından bilgilendirilmiş onamdan feragat edilmiştir.
Tekrarlanabilirlik, yanlılık kontrolü ve veri bütünlüğü
Uygunluk kriterleri, kan örnekleme zaman noktaları, görüntüleme hakemliği kuralları, alt grup tanımları, aday öngördürücüler, eşik değer tanımları, eksik veri kuralları ve doğrulama prosedürleri istatistiksel analizden önce önceden belirlenmiştir. Kan örnekleri, kontrastlı görüntüleme onayı ve herhangi bir anti-tümör tedavisi uygulanmadan önce toplanmıştır. Laboratuvar testlerinde anonimleştirilmiş çalışma kimlikleri kullanılmış ve eğitim ile doğrulama kohortlarından alınan örnekler randomize edilmiş sırayla test edilmiştir. Laboratuvar personeli; nihai tanıya, kohort atamasına, Barcelona Klinik Karaciğer Kanseri (BCLC) evresine ve AFP-negatif durumuna karşı körlenmiştir. Görüntüleme tanısı ve evreleme, laboratuvar testlerinden bağımsız olarak özetlenmiştir. Veri girişi, birim dönüştürme, kohort ataması, dışlama kodlaması, eksik değer kodlaması ve istatistiksel veri setleri, modelleme öncesinde iki araştırmacı tarafından kontrol edilmiştir. Eğitim ve doğrulama kohortları; değişken tarama, modelleme, eşik değer türetme ve doğrulama süreçleri boyunca ayrı tutulmuştur.
Çalışma popülasyonu ve tasarımı
Bu çift kohortlu tanısal çalışma; anormal protrombin/PIVKA-II tarafından indüklenen protein, AFP ve rutin klinik değişkenleri kullanarak HCC tespiti için çok değişkenli bir model geliştirmiş ve doğrulamıştır. Retrospektif olarak oluşturulan eğitim kohortu, 1 Ocak 2021 ile 31 Aralık 2023 tarihleri arasında değerlendirilen katılımcıları içermektedir. Bu kohort; değişken taraması, modelleme, kesme değerlerinin türetilmesi ve bootstrap internal doğrulaması için kullanılmıştır. Prospektif olarak kaydedilen doğrulama kohortu ise 1 Ocak 2024 ile 31 Aralık 2025 tarihleri arasında değerlendirilen katılımcıları kapsamaktadır. Bu kohort yalnızca örneklem dışı testler için kullanılmıştır. Doğrulama kohortunda herhangi bir değişken yeniden seçimi, modelin yeniden fit edilmesi, katsayı güncellenmesi, kesme değerinin yeniden optimizasyonu veya alt grup tabanlı yeniden kalibrasyon yapılmamıştır. Katılımcı akışı, kohort ataması, kan örneği alımı, plazma işleme, biyobelirteç testi, görüntüleme değerlendirmesi ve istatistiksel iş akışı Şekil 1'de gösterilmiştir.
Katılımcılar, Westlake Üniversitesi Tıp Fakültesi'ne bağlı Hangzhou Birinci Halk Hastanesi'ndeki yüksek riskli karaciğer hastalığı sürveyans veya tanı yolundan seçilmiştir. Yüksek risk durumu; klinik değerlendirme, laboratuvar kayıtları veya önceki görüntülemelere dayalı olarak kronik hepatit B enfeksiyonu, kronik hepatit C enfeksiyonu, herhangi bir etiyolojiye bağlı siroz veya fibrozisi kanıtlanmış yağlı karaciğer hastalığı olarak tanımlanmıştır. Uygun katılımcılar, görüntüleme öncesi kan örneklemesini ve kan alımından sonraki 14 gün içinde kontrastlı multifazik bilgisayarlı tomografiyi (BT) ve/veya dinamik kontrastlı manyetik rezonans görüntülemeyi (MRG) tamamlamış ≥18 yaşındaki yetişkinlerdir. Dışlama kriterleri; rezeksiyon, ablasyon, transarteriyel tedavi veya sistemik tedavi dahil olmak üzere önceki HCC tedavileri; örnekleme öncesindeki 7 gün içinde vitamin K uygulaması; koagülasyon yorumunu etkilemesi muhtemel olan vitamin K antagonist tedavisi veya diğer antikoagülan tedaviler; örnekleme sırasında akut kolanjit veya biliyer obstrüksiyon; gebelik; AFP, PIVKA-II veya nihai görüntüleme tanısının eksikliği ve geçerli bir tekrar örneği olmayan kabul edilemez örnek kalitesidir.
Nihai çalışma popülasyonu 389 katılımcıdan oluşmuştur. Eğitim kohortu, 112 görüntüleme ile doğrulanmış HCC vakası ve 93 HCC dışı kontrol olmak üzere toplam 205 katılımcıyı içermektedir. Doğrulama kohortu ise 58 görüntüleme ile doğrulanmış HCC vakası ve 126 HCC dışı kontrol olmak üzere toplam 184 katılımcıdan oluşmuştur. Eğitim kohortundaki 93 HCC dışı kontrol grubu, 30 sağlıklı kontrol ve 63 kronik karaciğer hastalığı kontrolünü içermektedir. Doğrulama kohortundaki 126 HCC dışı kontrol grubu ise 0 sağlıklı kontrol ve 126 kronik karaciğer hastalığı kontrolünden oluşmuştur.
Semptomatik durum, yalnızca hepatit öyküsüne veya kompanse siroza göre belirlenmemiştir. Bir katılımcı, ancak görüntüleme öncesi kayıtlarda yeni gelişen veya kötüleşen sağ üst kadran ağrısı, açıklanamayan kilo kaybı, abdominal distansiyon, sarılık, koyu renkli idrar veya başka bir onaylanmış nedenle açıklanamayan klinik olarak belgelenmiş dekompansasyon saptandığında semptomatik olarak sınıflandırılmıştır. Bu bulguların olmadığı katılımcılar asemptomatik veya sürveyans ile tespit edilmiş olarak sınıflandırılmıştır.
Tanısal karar verme ve evreleme
Nihai HCC durumu, rutin bakım kapsamında gerçekleştirilen kontrastlı multifazik BT ve/veya dinamik kontrastlı MRI kullanılarak belirlenmiştir. Görüntülemenin en az bir arteriyel faz ve bir portal venöz faz içermesi şart koşulmuştur; mevcut olduğunda geç faz bulguları da dahil edilmiştir. Risk altındaki bir karaciğerde yapılan görüntülemede, kontrastlanan bir kapsül olsun veya olmasın, portal venöz ve/veya geç fazda yıkanma (washout) ile birlikte arteriyel fazda hiperenhansman görülmesi durumunda lezyon HCC olarak sınıflandırılmıştır. HCC ile uyumlu görüntüleme özellikleri olmayan ve başka bir malign tanısı bulunmayan katılımcılar non-HCC olarak sınıflandırılmıştır.
Görüntüleme bilgileri; görüntüleme modalitesi, elde edilen fazlar, arteriyel faz hiperenhansmanı, washout, kapsül görünümü, lezyon sayısı, maksimal lezyon çapı, makrovasküler invazyon ve ekstrahepatik yayılımın kaydedildiği önceden belirlenmiş bir form ile özetlenmiştir. Eğitilmiş iki okuyucu, nihai radyoloji raporlarından görüntüleme özelliklerini bağımsız olarak özetlemiştir. Uyuşmazlıklar, aynı önceden tanımlanmış kriterler kullanılarak konsensüs yoluyla çözülmüştür. Hem BT hem de MR mevcutsa, en eksiksiz çok fazlı karakterizasyona sahip olan modalite kullanılmıştır. Her iki modalite de eksiksiz ise, nihai klinik karar için temel olduğu belgelenen modalite kullanılmıştır.
HCC durumu kesinleştikten sonra BCLC evresi belirlendi. Erken evre HCC, BCLC evre 0–A olarak tanımlandı. AFP-negatif HCC, görüntüleme öncesi kan alımında AFP <20 ng/mL olarak tanımlandı. Bu alt grup etiketleri, model eğitimi veya katılımcı uygunluğu için değil, alt grup performans değerlendirmesi için kullanıldı.
Örnek toplama ve plazma işleme
Periferik venöz kan, kontrastlı BT/MR doğrulaması ve antitümör tedavi öncesinde, sabahları en az 8 saatlik gece açlığı sonrası toplanmıştır. K2-EDTA antikoagülanlı kan toplama tüplerine toplam 10 mL venöz kan alınmıştır. Tüpler, toplama işleminin hemen ardından 8–10 kez alt üst edilmiş ve 4 °C'de laboratuvara nakledilmiştir. Venipunksiyon ile santrifüjleme arasındaki süre 2 saat içinde tutulmuş ve örnek kayıt defterine işlenmiştir.
Plazma, soğutmalı bir santrifüj kullanılarak 4 °C'de 10 dk boyunca 1.600 × g hızında santrifüj edilerek ayrıştırıldı. Plazma süpernatanı 1,5 mL nükleaz içermeyen mikro santrifüj tüplerine aktarıldı ve 0,5–1,0 mL'lik porsiyonlar halinde alikotlandı. Alikotlar, test edilene kadar -80 °C'de saklandı. Biyobelirteç ölçümünden önce, bir alikot oda sıcaklığında (20–25 °C) 20–30 dk boyunca bir kez çözdürüldü, ters çevirme yöntemiyle nazikçe karıştırıldı ve tamamen çözündükten sonra 2 saat içinde test edildi. Görünür pıhtılaşma, orta-şiddetli hemoliz veya belirgin lipemi saptanan örnekler, önceden tanımlanmış laboratuvar kabul kriterlerine göre reddedildi. Prospektif doğrulama kohortu için, klinik olarak mümkün olduğunda görüntüleme onayından önce tekrarlanan kan alımı gerçekleştirildi.
AFP ve PIVKA-II ölçümü
AFP ve PIVKA-II düzeyleri, otomatik bir immünassay analizörü kullanılarak elektroşimi Lüminesans immünassay yöntemiyle ölçülmüştür. AFP ng/mL, PIVKA-II ise mAU/mL cinsinden kaydedilmiştir. Sonuçlar, laboratuvar bilgi sisteminden doğrudan dışa aktarılmıştır.
Her analitik seri, teste özgü kalibratörler ve en az iki dahili kalite kontrol düzeyi içeriyordu. Serinin kabul edilmesi için tüm kalite kontrol sonuçlarının, önceden tanımlanmış laboratuvar kontrol aralığında olması gerekiyordu. Analitik kesinlik hedefleri, hem AFP hem de PIVKA-II için analiz içi varyasyon katsayısının ≤10% ve analizler arası varyasyon katsayısının ≤15% olması şeklinde belirlenmişti. Kalite kontrol başarısız olduğunda veya seri kayması tespit edildiğinde, seri reddedildi, analizör yeniden kalibre edildi ve yeterli örnek hacmi kaldığında seri tekrarlandı. Makul olmayan veya aralık dışı tekil örnek sonuçları için, mümkün olduğunda aynı çözülmüş alikottan iki tekrarlı ölçüm yapıldı ve kabul edilen iki tekrar değerinin ortalaması kullanıldı. Tekrarlı testler başarısız olursa veya örnek hacmi yetersiz kalırsa, sonuç geçersiz olarak işaretlendi ve eksik veri kuralına göre işlem gördü.
Rutin klinik değişken çıkarımı
Rutin klinik değişkenler, görüntüleme öncesi AFP/PIVKA-II kan alımıyla aynı klinik karşılamadan çıkarılmıştır. Aday değişkenler arasında yaş, cinsiyet, alanin aminotransferaz, aspartat aminotransferaz, albümin, total bilirubin, uluslararası normalleştirilmiş oran (INR), protrombin zamanı ve trombosit sayısı yer almıştır. Görüntüleme öncesi penceresinde birden fazla değer mevcut olduğunda, AFP/PIVKA-II örnekleme zamanına en yakın değer seçilmiştir. Birimler analizden önce standart hale getirilmiştir. Yaş yıl olarak; cinsiyet kadın = 0 ve erkek = 1 olarak; trombosit sayısı ×10⁹/L olarak; albümin g/L olarak; total bilirubin μmol/L olarak; AFP ng/mL olarak ve PIVKA-II mAU/mL olarak kaydedilmiştir.
Ekstraksiyon sonrası aralık kontrolleri, birim kontrolleri ve mantıksız değer kontrolleri gerçekleştirilmiştir. İşaretlenen değerler kaynak kayıtlar üzerinden doğrulanmıştır. Bir değer, yalnızca kaynak kayıt numunesi kalite sorunu, birim dönüştürme hatası veya işlem sapmasını onayladığında hariç tutulmuştur. Doğrulanmış uç değerler korunmuştur. Değişken sözlüğü; veri seti yapısını, değişken isimlerini, birimleri, kodlama kurallarını, dönüştürme kurallarını ve eksik değer kodlarını tanımlamıştır.
Öngörücü tanımı ve değişken seçimi
Aday öngördürücüler, model geliştirme aşamasından önce tanımlanmıştır. Temel biyobelirteçler AFP ve PIVKA-II idi. Rutin klinik adaylar ise yaş, cinsiyet, alanin aminotransferaz, aspartat aminotransferaz, albümin, toplam bilirubin, INR veya protrombin zamanı ve trombosit sayısıydı. AFP ve PIVKA-II değerlerine doğal logaritma dönüşümü uygulanmıştır. Analiz raporlama sınırının altındaki değerler, dönüşüm öncesinde alt raporlama sınırının yarısı ile değiştirilmiştir.
Eğitim kohortundaki HCC ve non-HCC katılımcıları arasındaki tek değişkenli karşılaştırmalarda; yaklaşık olarak normal dağılım gösteren değişkenler için bağımsız örneklem t testleri, çarpık sürekli değişkenler için Mann-Whitney U testleri ve kategorik değişkenler için χ2 veya Fisher'in kesin testleri kullanılmıştır. Tek değişkenli taramada P < 0.10 olan değişkenler çok değişkenli modelleme için değerlendirilmiştir. Çoklu doğrusallık, varyans şişirme faktörü (VIF) kullanılarak değerlendirilmiş ve VIF >5 değerleri doğrusallık açısından sorunlu olarak kabul edilmiştir. İki değişken arasında güçlü bir doğrusallık olduğunda, klinik olarak daha net yorumlanabilen ve model performansına daha iyi katkı sağlayan değişken tutulmuştur.
Final çok değişkenli lojistik regresyon modeli yalnızca eğitim kohortunda geliştirilmiştir. ln(AFP) ve ln(PIVKA-II) modele zorunlu olarak dahil edilmiştir. Ek öngörücüler, Akaike bilgi kriteri rehberliğinde geri eliminasyon yöntemiyle seçilmiştir. Geri seçim sonrası elde tutulan değişkenler ln(AFP), ln(PIVKA-II), yaş, cinsiyet, albümin, INR ve trombosit sayısıdır.
Model geliştirme ve risk skoru hesaplaması
Tanı modeli, ikili sonuç olarak HCC durumu kullanılarak çok değişkenli lojistik regresyon ile kurulmuştur. HCC'nin öngörülen olasılığı, η doğrusal tahmincisi kullanılarak aşağıdaki denklemle hesaplanmıştır:
p(HCC)=1/[1+exp(-η)]
η = -4.862+0.247×ln(AFP)+0.712×ln(PIVKA-II)+0.018×age+0.331×sex-0.062×albumin+0.554×INR-0.004×plateletcount
AFP ng/mL, PIVKA-II mAU/mL, yaş yıl cinsinden ölçülmüş; cinsiyet kadın = 0 ve erkek = 1 olarak kodlanmış; albümin g/L cinsinden ölçülmüş, INR birimsiz olarak kaydedilmiş ve trombosit sayısı ×109/L olarak ölçülmüştür. AFP ve PIVKA-II için doğal logaritmalar kullanılmıştır. Aynı uyum katsayılarından bir nomogram oluşturulmuştur. Alıcı işletim karakteristiği (ROC) analizi, kalibrasyon analizi, karar eğrisi analizi ve doğrulama için nomogram puan ölçeği değil, öngörülen olasılık kullanılmıştır.
Kesme noktası tanımları ve eşik yönetimi
PIVKA-II eşik değerleri, analitik amaçlarına göre etiketlendi. PIVKA-II için belirlenmiş klinik kesme değeri 40.0 mAU/mL idi. PIVKA-II için eğitim kohortu Youden kesme değeri 45.0 mAU/mL idi. Sabit özgüllük kesme değeri, eğitim kohortunda %90 özgüllüğe en yakın eşik değerinin seçilmesiyle türetilmiştir; bu da PIVKA-II için 38.0 mAU/mL değerini vermiştir. 37.5 mAU/mL'lik yalnızca doğrulama amaçlı görünür eşik değeri keşifsel olarak değerlendirilmiş ve birincil doğrulama kesme değeri olarak kullanılmamıştır.
Birleştirilmiş model için birincil ikili kesme noktası, Youden indeksi kullanılarak eğitim kohortundan türetilmiş ve doğrulama kohortuna değişmeden uygulanmıştır. AFP, AFP-negatif alt grup tanımı ve rutin uygulama karşılaştırması için 20.0 ng/mL olan yerleşik klinik kesme noktasını kullanmıştır. ROC analizinde kullanılan optimize edilmiş AFP kesme noktaları, klinik eşikten ayrı olarak etiketlenmiştir. Bu nedenle kesme noktaları, birbirinin yerine geçebilir eşikler olarak ele alınmak yerine analitik amaca göre raporlanmıştır.
Model performansı, kalibrasyonu ve doğrulanması
Ayırt edicilik, alıcı işletim karakteristik eğrileri ve eğri altındaki alan kullanılarak değerlendirildi. AUC değerleri %95 güven aralıklarıyla birlikte raporlandı. AUC karşılaştırmalarında DeLong testi kullanıldı. Sınıflandırma performansı; önceden belirlenmiş eşik değerlerinde duyarlılık, özgüllük, pozitif öngörü değeri, negatif öngörü değeri ve doğruluk olarak raporlandı.
Kalibrasyon; kalibrasyon kesişim noktası, kalibrasyon eğimi, Brier skoru ve Hosmer–Lemeshow uyum iyiliği testi ile değerlendirildi. Kalibrasyon grafikleri, risk grupları genelinde öngörülen ve gözlemlenen HCC olasılıklarını karşılaştırdı. Dahili doğrulama, optimizm düzeltmeli AUC ve optimizm düzeltmeli kalibrasyon eğimini tahmin etmek için eğitim kohortunda 1.000 bootstrap yeniden örneklemesi kullandı. Doğrulama kohortu yalnızca harici performans değerlendirmesi için kullanıldı. Doğrulama kohortunda herhangi bir katsayı güncellemesi, model yeniden uyarlaması, eşik yeniden optimizasyonu veya alt grup tabanlı yeniden kalibrasyon gerçekleştirilmedi.
Klinik yararlılık, 0.05 ile 0.50 arasındaki eşik olasılıklar üzerinden karar eğrisi analizi kullanılarak değerlendirilmiştir. Net fayda; yalnızca AFP, yalnızca PIVKA-II, klinik değişken modeli ve kombine model için karşılaştırılmıştır.
Eksik veri yönetimi ve duyarlılık analizi
Birincil analizde, final modelinde tutulan tüm değişkenlere sahip katılımcılar için tam vaka modellemesi kullanılmıştır. Her bir aday yordayıcı için eksik değerler özetlenmiştir. Tutulan herhangi bir yordayıcı için eksiklik oranı %5'i aşarsa, imputasyon modelinde sonuç, tutulan tüm yordayıcılar ve kohort göstergesi kullanılarak zincirlenmiş denklemlerle çoklu imputasyon bir duyarlılık analizi olarak gerçekleştirilmiştir. Eksiklik oranı %20'den fazla olan değişkenler çok değişkenli modelleme için uygun görülmemiştir. İmpute edilmiş analizden elde edilen model katsayıları, AUC, kalibrasyon eğimi ve sınıflandırma metrikleri, tam vaka sonuçlarıyla karşılaştırılmıştır.
Yazılım ve tekrarlanabilir raporlama
Tüm analizler R versiyon 4.3.2 ve RStudio versiyon 2023.12.1 kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Lojistik regresyon, temel stats paketi kullanılarak yapılmıştır. ROC analizi ve DeLong karşılaştırmaları pROC versiyon 1.18.5 kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Kalibrasyon analizi, rms versiyon 6.7-1 ve ResourceSelection versiyon 0.3-6 kullanılarak yapılmıştır. Bootstrap doğrulaması, 70558 sabit rastgele tohumu ile 1.000 yeniden örnekleme kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Karar eğrisi analizi, rmda versiyon 1.6 kullanılarak yapılmıştır. Gerekli olduğunda çoklu imputasyon, mice versiyon 3.16.0 kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Analiz betiği; katılımcı akışını, model katsayılarını, ROC eğrilerini, kalibrasyon metriklerini, bootstrap doğrulamasını, karar eğrisi analizini, kesim noktası tabanlı analizleri ve istatistiksel tabloları yeniden üretmiştir.