Tüm prosedürler kurumsal ve ulusal düzenlemelere uygun olup, Xingtai Halk Hastanesi Etik Komitesi tarafından onaylandı (No. 2024-124). Yazılı bilgilendirilmiş onay gerekliliği, rutin olarak toplanan klinik veriler ve kalıntı örnekler kullanıldığı için kaldırıldı. Tüm veriler analiz öncesinde anonimleştirildi.
Çalışma tasarımı, ortam ve genel şema
Bu çalışma, serum MMP-12 ve tümör CDH13'ün akciğer kanseri moleküler alt tipi ve kişiselleştirilmiş tedavi için klinik etkilerini, bireysel olarak ve kombinasyon halinde değerlendirmek üzere tek merkezli bir gözlem kohortu olarak yürütülmüştür. Çalışma Xingtai Halk Hastanesi'nde gerçekleştirildi. Ocak 2021 ile Haziran 2022 arasında yönetilen uygun hastalar belirlendi ve önceden belirlenmiş dahil etme ve dışlama kriterlerini karşılayan ardışık 262 hasta kaydedildi.
Genel çalışma çalışma akışı Şekil 1'de gösterilmiştir. Şematik, hasta tanımından analize kadar olan tüm süreci yansıtmaktadır; hasta taraması ve kaydı, rutin klinik testlerden elde edilen başlangıç klinikopatolojik karakterizasyonu ve moleküler profilleme, tedavi öncesi serumun toplanması ve işlenmesi, CDH13 immünohistokimyasına yönelik tümör dokusu hazırlığı, serum MMP-12'nin nicelendirilmesi, CDH13 immünoreaktif puanlama, birinci basamak tedavi ve sonraki tedavi yollarının sınıflandırılması ile boylamasına sonuçlar dahil olmak üzere tedaviye yanıt, ilerlemesiz sağkalma ve genel sağkalma dahil olmak üzere belirlenme. Şematik, tanı ve moleküler alt tiplendirme analizlerini tedavi ve sonuç analizlerinden ayırır ve biyoörneklerin toplandığı, moleküler sonuçların üretildiği, tedavinin başlatıldığı ve takip değerlendirmelerinin yapıldığı zaman noktalarını gösterir.
Katılımcı taraması, uygunluk kriterleri ve klinik verilerin soyutlanması
Potansiyel uygun hastalar, önceden belirlenmiş kayıt dönemi (Ocak 2021 - Haziran 2022) içinde hastane bilgi sistemi ve patoloji kayıt defteri üzerinden tespit edilmiştir. Primer akciğer kanseri, histopatoloji kullanılarak doğrulandı ve gerektiğinde çok disiplinli klinik inceleme ile desteklendi. Tüm uygunluk kriterlerini karşılayan ardışık yetişkin hastalar kaydedildi. Dahil etme kriterleri arasında histolojik olarak doğrulanmış primer akciğer kanseri, herhangi bir antitümör tedavisine başlamadan önce (ve ön rezeksiyon yapılan hastalarda ameliyattan önce) alınan tedavi öncesi serum örneğinin bulunabilirliği, CDH13 immünohistokimyasına yeterli tümör dokusunun bulunması ve rutin klinik bakımın bir parçası olarak üretilen moleküler alt tip bilgilerinin bulunabilirliği yer alıyordu. Kayıt öncesinde başka bir kötü huylu öyküsü belgelenmiş hastalar, yetersiz serum hacmi veya örnek bütünlüğü zayıf hastalar, CDH13 değerlendirmesi için değer tümör dokusu olmayan hastalar ve başlangıç kan alımından önce sistemik antikanser tedavisi alan hastalar hariç tutuldu.
Klinikopatolojik ve tedavi verileri, önceden tanımlanmış değişken tanımları ve kodlama kuralları içeren standart bir vaka raporu formu kullanılarak elektronik tıbbi kayıtlardan alındı. Kaydedilen değişkenler arasında demografik (yaş ve cinsiyet), sigara maruziyeti, Doğu Kooperatif Onkoloji Grubu (ECOG) performans durumu, eş hastalıklar, başlangıç görüntüleme bulguları, histolojik alt tip, tümör-düğüm-metastaz (TNM) aşaması (çalışma döneminde rutin klinik uygulamada kullanılan aşamalama sistemine göre), başlangıç laboratuvar parametreleri ve ayrıntılı tedavi bilgileri (birinci basadık rejim, başlangıç tarihleri, doz değişiklikleri ve tedavi geçişleri dahil) yer almaktadır. Sigara içme maruziyeti, paket yıllarında şu şekilde nicele edilmiştir: Paket-yıl = (günde sigara ÷ 20) × yıl içilmiştir. Sigara geçmişi kayıtlar arasında eksik veya tutarsız olduğunda, sigara değişkeni bilinmeyen olarak sınıflandırılmış ve kaynak soyutlama günlüğünde bir tutarsızlık olarak belgelenmiştir; Eksiklik, önceden belirlenmiş istatistiksel analiz planına göre ele alındı.
Örnek toplama, işleme ve depolama
Antitümör tedavisine başlamadan önce başlangıçta periferik venöz kan toplanmıştır. Serum, oda sıcaklığında 10 dakika boyunca 1.500 × g değerinde santrifüjle ayrıldı. Serum süpernatantı, hücresel tabakayı rahatsız etmeden düşük bağlanan kriyoviyallere aktarıldı. Serum, donma-erime döngülerini en aza indirmek için 200–500 μL porsiyonlara alikotasyon edildi ve aliquotlar parti analizine kadar −80 °C'de saklandı. Her örnek için kan toplama ile donma arasındaki aralık kaydedildi ve toplama süresi 2 saati aşan örnekler hariç tutuldu.
İşlem sırasında hemoliz ve lipemi belgelenerek önceden belirlenmiş ön analitik kalite kontrol prosedürleri uygulandı. Görünür hemolizlenmiş örnekler ELISA niceliyasyonundan hariç tutuldu. Serum aliquotları testten hemen önce buzda eritildi, nazik ters çevrilişle karıştırıldı ve gerektiğinde partikülleri çıkarmak için 2.000 × g 5 dakika boyunca santrifüjlendi. Soğurma ölçümleri sırasında baloncuk oluşumu ve optik artefaktları önlemek için şiddetli çalkalama ve girdap yapıldı.
Tümör dokusu edinimi ve hazırlanması
Rutin tanı prosedürlerinden (biyopsi, bronkoskopi, çekirdek iğne biyopsisi veya cerrahi rezeksiyon) tümör dokusu alındı. Doku standart patoloji uygulamasına göre nötr tamponlu formalinde sabitlendi ve parafine gömüldü. 3–4 μm kesitler, immünohistokimya için yüklü slaytlar üzerinde hazırlandı. Lekelememiş slaytlar, oda sıcaklığında kuru bir ortamda saklanır ve antijen bozulmasını en aza indirmek için önceden belirlenmiş aralık içinde boyanırdı. Örnek tanımlayıcılarını kimliği yok edilmiş çalışma kodlarına bağlayan bir zincir tutum günlüğü tutuldu. CDH13 puanlamasını yapan patolog, serum MMP-12 değerleri, moleküler alt tip, tedavi ve sonuçlar açısından kör edildi.
Serum MMP-12'nin enzim bağlantılı immünosorbent testi (ELISA) ile nicelendirilmesi
Periferik venöz kan, antitümör tedavisinden önce, ideal olarak biyopsi veya tedaviye başlamadan 7 gün içinde toplanmıştır. Serum MMP-12, ticari bir insan MMP-12 ELISA kiti kullanılarak ölçüldü. Her serum aliquot buz üzerinde bir kez çözülür, nazikçe karıştırılır ve kit talimatlarına göre ikili olarak analiz edilirdi. Her plakada verilen rekombinant standardın seri seyreltmeleriyle standart bir eğri oluşturuldu ve soğurma 450 nm'de mikroplaka okuyucu kullanılarak referans düzeltme ile okundu. Konsantrasyonlar, dört parametreli lojistik regresyon standart eğrisi uygulanarak hesaplandı. Analitik sağlamlığı sağlamak için, her plakaya iç kalite kontrol (QC) serumları eklendi ve analiz içi ve analiz arası hassasiyet için izlendi (hedef varyasyon katsayıları test doğrulamasıyla tutarlı). Sonuçlar nicel sınırının altına düşerse, bu sınırın yarısı istatistiksel analiz için ayrılırdı; Sonuçlar üst sınırı aşarsa, uygun seyreltme yapıldıktan sonra ölçüm tekrarlanırdı. Parti etkilerini en aza indirmek için, örnekler plakalar arasında rastgele olarak dağıtıldı ve her plakada plakalar arası değişkenliği izlemek için aynı kalite serumu seti eklendi. ELISA yapan laboratuvar personeli klinik gruplama ve sonuçlara kör edildi.
Tümör CDH13 immünohistokimyası ve immünoreaktif puanlama
CDH13 immünohistokimyası, formalin sabitlenmiş, parafinle gömülü tümör kesitlerinde doğrulanmış anti-CDH13 birincil antikor kullanılarak gerçekleştirildi. Antijen-antikor kompleksleri polimer bazlı bir tespit sistemi ile tespit edildi ve boyama 3,3′-diaminobenzidin (DAB) ile görselleştirildi. Tüm çalışma örneklerine aynı boyama iş akışı uygulandı; Slaytlar partiler halinde işlendi ve uygun kontroller dahil edildi.
Parafin blokları 3–4 μm aralığında kesimlendirilmiş, ksilende deparafinize edilmiş ve derecelendirilmiş etanol ile damıtılmış suya yeniden nemlendirilmiştir. Isı kaynaklı epitop çıkarımı, sitrat tamponunda (10 mM, pH 6.0) 95–100 °C sıcaklıkta mikrodalga fırında 15 dakika boyunca gerçekleştirildi, ardından 20 dakika oda sıcaklığına soğutma sağlandı. Endojen peroksidaz aktivitesi, oda sıcaklığında %3 hidrojen peroksit ile 10 dakika boyunca söndürüldü ve oda sıcaklığında 20 dakika boyunca normal serum bloklama çözeltisi kullanılarak protein blokasyonu yapıldı. Bölümler, birincil anti-CDH13 antikoru ile gece boyunca 4 °C'de kuluçka edildi. Yıkamadan sonra, polimer bazlı ikincil algılama reaktifi oda sıcaklığında 20–30 dakika uygulandı, ardından mikroskobik izleme altında 3,3′-DAB kromojeniyle 3–5 dakika görselleştirme yapıldı. Bölümler hematoksilinle karşı boyanmış, derecelendirilmiş etanolle kurutulmuş, ksilen ile temizlenmiş ve kalıcı montaj malzemesi ile montaj edilmiştir.
Her boyama sürecinde iç kalite kontrolleri dahil edildi. Bilinen bir CDH13-pozitif doku kesiti, pozitif kontrol olarak paralel olarak işlendi ve negatif kontrolde birincil antikor çıkarıldı. Bir deneme yalnızca pozitif kontrol beklenen boyama desenini uygun yoğunlukta gösterdiğinde ve negatif kontrol belirli bir boyama göstermediğinde kabul edildi. Boyama, aşırı arka plan yapmak, kontrol performansının başarısız olması veya yorumlamayı bozan belirli olmayan bir sinyal için tekrarlanmıştır.
CDH13 ekspresyonu, boyama yoğunluğu ve pozitif tümör hücrelerinin oranından türetilen immünoreaktif skor (IRS) kullanılarak nicelendirildi. İki eğitimli patolog, serum biyobelirteç ölçümleri, moleküler alt tip, tedavi ve sonuçlara kör olarak tüm slaytları bağımsız olarak puanladı. Farklı skorlar çoklu başlı mikroskopta ortak inceleme ile çözüldü ve kararlaştırılan IRS kaydedildi. Boyama yoğunluğu 0 (boyalanmaz), 1 (zayıf), 2 (orta) veya 3 (güçlü) olarak atandı. Pozitif tümör hücrelerinin oranı 0 (%0), 1 (%1–10), 2 (%11–50), 3 (%51–80) veya %4 (%81–100) olarak atandı. IRS şu şekilde hesaplandı: IRS = yoğunluk puanı × orantı puanı. IRS değerleri 0 ile 12 arasında değişiyordu. Düşük CDH13 ekspresyonu, yaygın kullanılan immünoreaktif puanlama eşiğine dayanarak IRS ≤ 3 olarak tanımlandı. IRS, alt grup karşılaştırmaları ve birleşik biyobelirteç modelleme dahil olmak üzere aşağı akış analizleri için hem sürekli değişken hem de ikili bir kategori olarak korundu. Gözlemciler arası anlaşma, davaların %30'unu içeren önceden belirlenmiş rastgele bir örneklemde ağırlıklı bir kappa istatistiği kullanılarak değerlendirildi ve örnekleme prosedürü, anlaşma tahmini ve karar kararları denetim izinde belgelendi.
Moleküler alt tiplendirme ve tedavi sınıflandırması
Moleküler alt tip bilgileri, tanısal tümör dokusu üzerinde yapılan rutin klinik testlerden elde edilmiştir. Sonuçlar, standart bakımda uygulanan klinik olarak doğrulanmış testlerle, hedefli PCR tabanlı testler, hedefli yeni nesil dizileme panelleri, immünohistokimya ve floresans in situ hibritizasyon dahil olmak üzere üretildi. Her hasta için analiz türü, örnek kaynağı, örnek yeterlilik beyanı ve rapor tarihi kaydedildi. Hastalar, uygulanabilir sürücü değişim durumuna göre sınıflandırıldı; bunlar arasında EGFR aktive edici mutasyonlar, ALK yeniden düzenlemeleri, ROS1 yeniden düzenlemeleri, KRAS mutasyonları, BRAF mutasyonları, MET ekzon 14 atlama değişiklikleri, RET yeniden düzenlemeleri, ERBB2 değişiklikleri ve NTRK füzyonları yer alıyordu. PD-L1 tümör oranı skoru yapıldığı yerlerde kaydedildi ve PD-L1 ifadesi, çalışma döneminde rutin uygulamada kullanılan katmanlara göre kategorize edildi. Tüm moleküler alt tipleme kategorileri analiz öncesinde önceden belirlenmiştir. Birden fazla uygulanabilir değişiklik bildirildiğinde, hastalar önceden tanımlanmış hiyerarşik sınıflandırma kuralına göre belirlenmiş genotipe dayalı terapötik sonuçlara sahip değişiklikleri önceliklendiren şekilde şu sırayla atanırdı: EGFR mutasyonları, ALK yeniden düzenlemeleri, ROS1 yeniden düzenlemeleri, BRAF mutasyonları, MET ekzon 14 atlama değişiklikleri, RET yeniden düzenlemeleri, ERBB2 değişiklikleri, NTRK birleşmeleri ve KRAS mutasyonları.
Tedavi bilgileri, birinci basamak rejimi, başlangıç ve bitiş tarihleri ve sonraki tedavi hatları dahil olmak üzere tıbbi kayıtlardan alındı. İlk tedavi, önceden tanımlanmış karşılıklı dışlayıcı tedavi kategorilerine ayrıldı: genotip odaklı hedefli tedavi, bağışıklık kontrol noktası inhibitörü tabanlı tedavi, kemoterapi tabanlı tedavi ve cerrahi ile perioperatif sistemik tedaviyi içeren çoklu mod yönetimi. Indeks tarihi, birinci basamak sistemik tedavinin başlangıç tarihi olarak tanımlandı; Ön rezeksiyonla yönetilen hastalarda indeks tarihi ameliyat tarihiydi ve sonraki sistemik tedavi klinik kayıtlara göre adjuvant olarak sınıflandırıldı. Kişiselleştirilmiş tedaviyi ele alan analizler için, hastalar moleküler alt tip ve tedavi kategorisine göre birlikte sınıflandırılmış, serum MMP-12 konsantrasyonları ve tümör CDH13 ifadesi sürücü-pozitif ve sürücü-negatif hastalık ile hedefli tedavi ile bağışıklık kontrol noktası inhibitörü tabanlı tedavi grupları arasında karşılaştırılmıştır.
Sonuç tanımları ve takip
Indeks tarihi, birinci hata antitümör tedavisinin başlanma tarihi olarak tanımlanmıştır. Önceden cerrahi rezeksiyonla tedavi edilen hastalar için indeks tarihi ameliyat tarihi olarak tanımlandı; sonraki sistemik tedavi, tıbbi kayıtlara göre adjuvant veya palyatif olarak sınıflandırıldı. Her hasta, indeks tarihinden ölümüne kadar, son onaylanmış temas tarihine veya idari sansür tarihine kadar takip edildi; hangisi önce gerçekleşirse. Takip süresi aylar içinde kaydedildi ve her son nokta için olay göstergesi ile ilgili olay veya sansürleme tarihi korundu. Sonuçlar, radyoloji raporları, onkoloji kliniği dokümantasyonu, yatarak yatan yatak kayıtları ve gerektiğinde telefon takibi dahil olmak üzere elektronik tıbbi kayıtların yapılandırılmış soyutlanması yoluyla belirlendi. Önceden belirlenmiş bir vaka raporu formu kullanıldı ve tek tip kaynak hiyerarşi kuralları uygulandı. Tarihler veya sınıflandırmalar kayıtlar arasında farklılık gösterdiğinde, tutarsızlıklar çağdaş radyoloji raporları ve tedavi karar notlarının önceliklendirilmesiyle çözüldü; nihai karar verilen değer ve destekleyici kaynaklar belgelendi. Takip kayıplarını en aza indirmek ve izlenebilirliği sağlamak için görüntüleme tarihleri, tedavi geçişleri, hastaneye yatışlar ve temas girişimlerini kaydeden bir takip günlüğü tutuldu.
Tümör yanıtı, ölçülebilir hastalığı olan hastalarda RECIST versiyon 1.1'e göre değerlendirildi. En iyi genel yanıt tam yanıt, kısmi yanıt, stabil hastalık veya profesyonel hastalık olarak sınıflandırıldı. Nesnel yanıt oranı tam veya kısmi yanıt olarak, hastalık kontrol oranı ise tam yanıt, kısmi yanıt veya stabil hastalık olarak tanımlandı. Yanıt ve ilerleme tarihleri en erken belgelenmiş kanıtlara dayanarak atandı.
İlerlessiz sağkalma (PFS), indeks tarihinden hastalık ilerlemesi veya herhangi bir nedenle ölümün ilk görülmesine kadar olan aralık olarak tanımlanmıştır; hangisi önce olursa ol. İlerleme esas olarak RECIST 1.1'e göre ilerlemeyi belgeleyen radyoloji raporlarından belirlenmiştir. Klinik bozulma sırasında radyoloji mevcut olmadığında, klinisyen tarafından belgelenen ilerleme, tümör yükünün kötüleşmesiyle açıkça bağlantılıysa ve antikanser yönetiminde değişiklik gerektiriyorsa kabul edilmiştir. Son nesnel değerlendirme tarihinde bir olay olmayan hastalar sansürlenerek ilerleme eksikliği doğrulandı. Eğer ilerleme açıkça belgelenmeden yeni bir sistemik tedavi hattı başlatılırsa, görüntüleme gözden geçirilir ve çağdaş klinik dokümantasyon sağlanır. İlerleme doğrulanamazsa, hastalar tedavi değişikliğinden önceki son radyografik değerlendirmede sansürlenir ve uygulanan karar kuralı kaydedilirdi.
Genel sağlık, indeks tarihinden herhangi bir nedenle ölüme kadar olan aralık olarak tanımlanmıştır. Hayati durum, hastane kayıtları ve ayaktan tedavi takip notları kullanılarak belirlendi, gerektiğinde yapılandırılmış telefon onayıyla desteklendi. Ölüm tarihi, tıbbi kayıtta belgelenmiş olarak veya mevcut olmadığı durumlarda aile tarafından takip temasında onaylanan tarih olarak kaydedilmiş ve destekleyici belgeler takip günlüğünde kaydedilmiştir. Son telaş tarihinde hayatta olan hastalar sansürlendi.
Rutin bakım yollarıyla uyumlu standartlaştırılmış bir takip iş akışı uygulandı. Aktif sistemik tedavi sırasında, her tedavi döngüsünde klinik değerlendirmeler belgelendi ve klinik protokolle belirlenen düzenli aralıklarla radyografik yeniden değerlendirmeler kaydedildi; görüntüleme yöntemi ve her değerlendirme için tarih kaydedildi. İlk basamak tedavisi tamamlandıktan veya ameliyat sonrası gözetim sırasında, takip ziyaretleri ve görüntüleme değerlendirmeleri kurumsal programa göre kaydedildi. Yüz yüze takip tamamlanamayınca, tedavinin devam ettiğini doğrulamak, aralıklı hastaneye yatışları belgelemek, harici görüntüleme ile belgelenen hastalık durumunu doğrulamak ve sağlıklanma durumunu doğrulamak için yapılandırılmış bir telefon takibi yapıldı. Tüm kaçırılmış ziyaretler, ulaşılamayan girişimler ve takip durdurulma nedenleri belgelendi. Bir hasta takibe kaybedilmiş olarak sınıflandırmadan önce, farklı günlerde en az 2 kez daha temas denendi ve her deneme kaydedildi.
Biyobelirteç değerlendirmesi ile sonuç belirleme arasındaki prosedürel ayrım korundu. Serum MMP-12 ölçümü ve CDH13 puanlaması yapan personel klinik sonuçlara kör edildi. Sonuç soyutlama, mümkün olduğunda biyobelirteç sonuçlarına erişim olmadan gerçekleştirildi. İlerleme ve yanıt noktaları için iki aşamalı bir karar süreci uygulandı. Eğitimli bir özetleyici, önceden belirlenmiş kurallar kullanılarak olay sınıflandırması ve tarihleri atadı, ardından kıdemli bir klinisyen ödevleri bağımsız olarak incelerdi. Tutarsızlıklar, orijinal radyoloji raporu, onkoloji notları ve tedavi zaman çizelgesinin ortak incelenmesiyle çözüldü ve tüm karar kararlarının denetim izi tutuldu.
İndeks tarihinden önceki olaylar, ilgili değerlendirmeler olmadan tedavi geçişleri veya destekleyici belge olmadan ölüm tarihleri dahil olmak üzere inanılmaz dizileri belirlemek için tutarlılık kontrolleri yapıldı. İşaretlenen vakalar, kaynak belgelere geri dönülüp veri setini, değişikliğin nedenini ve destekleyici kanıtları belirten tarihli bir düzeltme notuyla güncellenerek uzlaştırıldı.
İstatistiksel analiz
İstatistiksel analizler SPSS (sürüm 26.0) ve R (sürüm 4.3.0) kullanılarak gerçekleştirildi. Sürekli değişkenler uygun ± ortalama standart sapma veya medyan (çeyrekler arası aralık) olarak sunuldu, kategorik değişkenler ise sayılar ve yüzdeler olarak sunuldu. Grup karşılaştırmalarında uygun olarak parametrik veya parametrik olmayan testler, kategorik veriler için ki-kare veya Fisher'ın kesin testleri kullanıldı. Tüm testler iki taraflıydı ve P < 0.05 istatistiksel olarak anlamlı olarak kabul edildi.
Kovaryatlar klinik önem ve önceki kanıtlara dayanarak önceden seçildi ve karşılaştırılabilirliği desteklemek için aynı kovaryat kümesi ilgili modellerde uygulandı. Temel ayarlama değişkenleri yaş, cinsiyet, sigara maruziyeti, TNM evresi, ECOG performans durumu ve histolojik alt tip içeriyordu; ayrıca tedavi grubu için ek ayarlama yapıldı; eğer analiz hedefi tedavi edilen popülasyonlarda moleküler alt tip ise ise ek ayarlama yapıldı. Çok kollineerlik, varyans enflasyon faktörleri kullanılarak değerlendirildi ve sorunlu kollineerlik önceden belirlenmiş değişken indirgeme kurallarıyla ele alındı. %95 güven aralıkları ve iki taraflı P değerleri ile düzeltilmiş oranlar rapor edildi. Çok değişkenli lojistik ve Cox regresyon modellerinde yer alan kovaryat sayısı, aşırı uyum riskini en aza indirmek için sonuç olaylarının sayısına göre önceden belirlenmiş ve sınırlandırılmıştır. Değişken başına olay oranı tüm modeller için kabul edilebilir (≥10) olarak kaldı. Çok kategorili moleküler alt tip sonuçları için ya çok nomel lojistik regresyon modelleri yerleştirildi ya da önceden belirlenmiş referans kategorisi kullanılarak ikili lojistik karşılaştırmalar yapıldı ve modelleme stratejisi açıkça belirtildi.
İlerlemesiz hayatta kalma ve genel hayatta kalma Kaplan–Meier tahminleri kullanılarak analiz edildi ve hayatta kalma eğrileri log-rank testi kullanılarak karşılaştırıldı. Biyobelirteçler ile sonuçlar arasındaki ilişkiler, Cox orantılı risk regresyonu kullanılarak nicelendirildi ve %95 güven aralıklarıyla risk oranları bildirildi. Çok değişkenli Cox modelleri, moleküler alt tip ve tedavi kategorisi dahil olmak üzere önceden belirlenmiş klinikopatopatolojik kovaryatlar kullanılarak kişiselleştirilmiş tedavi için sonuçları değerlendirmek için oluşturulmuştur. Orantılı tehlike varsayımı Schoenfeld kalıntı tanıları ve log-minus-log hayatta kalma grafikleri kullanılarak doğrulandı. Orantılı tehlike varsayımı bir kovaryant için ihlal edildiyse, sorun önceden belirlenmiş bir yaklaşımla ele alındı; örneğin o kovaryant üzerinde stratifikasyon veya zamana bağlı bir etkileşim teriminin dahil edilmesi gibi, ve nihai model spesifikasyonu rapor edildi.
Eksik veriler önceden belirlenmiş bir stratejiyle ele alındı. Eksiklik minimum olduğunda, tam vaka analizleri yapıldı; aksi takdirde, analitik modellerdeki tüm değişkenler dahil olmak üzere zincirli denklemlerle çoklu hesaplama kullanılmıştır. On atışıltılı veri seti oluşturuldu ve Rubin kuralları kullanılarak toplu tahminler hesaplandı. Birden fazla alt tip karşılaştırması veya birden fazla uç noktayı içeren analizlerde, yanlış keşif oranı önceden belirlenmiş bir prosedürle kontrol edildi veya analizler çokluluk konusunda şeffaflık sağlamak için açıkça keşif amaçlı olarak belirlendi.
Analiz veri seti, model uyumundan önce kilitlendi ve her değişkeni, birimi, kodlama şemasını ve izin verilen aralığı tanımlayan kapsamlı bir veri sözlüğü tutuldu. Levhalar arası değişkenliği nicelendirmek ve kaymayı izlemek için analiz plakaları arasında tekrarlanan kalite kontrol örnekleri dahil edildi. İmmünohistokimya puanlamasında puanlama kriteriği, kör tutma prosedürleri ve gözlemciler arası anlaşma değerlendirmesi belgelenmiş, tutarsız vakalar için karar kayıtları tutulmuştur. Programlanmış aralık kontrolleri ve ana değişkenler arasında mantıksal tutarlılık kontrolleri, örneğin indeks tarihi, örnek toplama tarihi, tedavi başlangıç tarihi ve sonuç tarihleri uygulandı. Tüm istatistiksel betikler ve sürüm kontrollü çıktı logları analitik iş akışının tam çoğaltılmasını sağlamak için korundu.