Bu çalışmada kullanılan deneysel protokoller, Hainan Genel Hastanesi Etik Komitesi tarafından onaylandı (protokol no. 2021-239). ABD Ulusal Sağlık Enstitüleri'nin Laboratuvar Hayvanlarının Bakımı ve Kullanımı Rehberi ve Helsinki Bildirgesi, tüm deneysel işlemlerde sıkı sıkıya uygulandı. Bu çalışmada kullanılan reaktifler ve ekipmanlar Malzeme Tablosu'nda listelenmiştir.
1. Hayvan Modeli ve Deneysel Tasarım
Bu çalışmada 36 erkek C57BL/6J fare (4 haftalık, yaklaşık 20 g) kullanıldı. Tüm fareler standart laboratuvar koşullarında (20–25 °C, %50–%65 göreli nem, 12 saat ışık/karanlık döngü) ve yiyecek ile suya imkansız erişim sağlandı. 7 günlük bir aklimatlaşma döneminin ardından fareler rastgele iki gruba ayrıldı (grup başına n=18): demir aşırı yük grubu (Model grup), 4 hafta boyunca haftada iki kez intraperitoneal demir dekstran (0,2 g/kg) enjeksiyonu aldı; ve kontrol grubu, intraperitoneal enjeksiyon yoluyla eşdeğer miktarda normal salin alıyordu. 4 hafta sonra fareler ötenazi edildi ve pankreas dokuları sonraki analiz için alındı.
2. Serum Demir Ölçümü
Kan örnekleri, diestrus sırasında %1 pentobarbital anestezi altında retro-orbital sinüsten alındı. Oda sıcaklığında 1 saat bekletildikten sonra kan, 4 °C, 3.000 rpm'de 15 dakika santrifüjlendi. Serum ayrılarak -80 °C sıcaklıkta saklandı. Serum demir konsantrasyonları, üreticinin protokolüne uygun olarak demir kolorimetrik test kiti kullanılarak belirlendi.
3. Histolojik Analiz
Pankreas dokusu örnekleri fiksasyon için %4 paraformaldehit içine batırıldı, ardından bölüm hazırlığından önce parafin gömüldü. 4–5 μm kalınlığında seri doku kesitleri elde edilip standart deparafinizasyon ve rehidrasyon prosedürleriyle işlendi. Histomorfolojik muayene daha sonra hematoksilin ve eosin boyama kullanılarak yapıldı; pankreas dokularında demir birikimi ise geleneksel histolojik boyama protokollerine göre Prusya mavisi boyama ile değerlendirildi.
4. Hücre kültürü ve küçük interferensiyalı ribonüklein asit transfeksiyonu
MIN6 fare pankreas β-hücreleri, yüksek glikozlu Dulbecco'nun modifiye Eagle ortamında %15 fetal sığır serumu, 100 U/mL penisillin, 100 μg/mL streptomisin, 10 mM HEPES, 50 mM sodyum piruvat ve 50 μmol/L β-merkaptoetanol takviyesinde kültürlendi. Tüm deneyler %80 hücre birleşiminde gerçekleştirildi. Her hücre kültürü sırasında 6–8 ml kültür ortamı alınır. Hücreler, %5 CO₂ nemli atmosferde 37 °C'de tutuldu. Fonksiyonel çalışmalar için, logaritmik büyüme fazındaki MIN6 hücreleri, mikroarray sonuçlarına dayalı seçilmiş lncRNA'yı hedefleyen lncRNA-spesifik küçük interferension (si)RNA ile transfekte edildi; İnhibörü grubu) veya üreticinin talimatlarına göre Lipofectamine 2000 kullanılarak negatif kontrol siRNA (İnhibörü NC grubu) ile karşılaştırılabilir. 24 saat kültürden sonra, hücreler kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu (qRT-PCR) veya western blot ile analiz edilerek köndürme verimliliği belirlendi. Bu siRNA'nın hedef dizileri şu şekildeydi: siMEG3: GCGUCUUCCUGUGCCAUUUTTAAAUGGCACAGGAAGACGCTT; siNC: UUCUCCGAACGUGUCACUTTACGUGACACGUUGGAGAATT. Her deney üçlü olarak yapıldı ve üç kez tekrarlandı.
5. Ters Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu Testi
Toplam RNA, üreticinin talimatlarına göre pankreas dokusu örneklerinden ve MIN6 hücrelerinden ticari olarak bulunan fenol bazlı RNA izolasyon reaktifi kullanılarak çıkarıldı. Tamamlayıcı DNA, toplam 20 μL reaksiyon hacminde ters transkripsiyon kiti kullanılarak sentezlendi. Ters transkripsiyonun ardından, örnek nicelendirme analizine göre çoğu örneğin cDNA konsantrasyonu yaklaşık 1 μg/μL idi. Daha sonra, 1 μL cDNA şablonu nicel gerçek zamanlı PCR amplifikasyonu için kullanıldı. qRT-PCR, aşağıdaki döngü koşullarında SYBR Yeşil tabanlı PCR tespit kiti kullanılarak gerçekleştirilmiştir: 30 saniye için 95 °C, 15 saniye için 90 °C, 34 saniye için 60 °C ve 30 saniye için 68 °C. Göreli gen ifade seviyeleri, karşılaştırmalı eşik döngüsü yöntemi (2-ΔCT yöntemi) kullanılarak belirlenmiştir. GAPDH, gerçek zamanlı PCR verilerinin normalizasyonu için dahili referans gen olarak kullanıldı. Tüm deneysel prosedürler ilgili üreticilerin protokollerine göre gerçekleştirildi ve her deney bağımsız olarak en az üç kez tekrarlandı. Bu çalışmada kullanılan primer dizileri, Ek Tablo 1 ve Tablo 2'de listelenmiştir.
6. Hücre Sayma Kiti 8 Testi
Hücre proliferasyon kapasitesi, üreticinin yönergelerine uygun olarak hücre sayma kiti 8 testiyle belirlendi. Kısaca, MIN6 hücreleri, si-MEG3 veya si-NC ile transfeksiyon sonrası her kuyu başına 5 x 103 hücre yoğunluğunda 96 kuyruklu kültür plakalarında örtülen ve 24 saat boyunca korunmuştur. Belirlenen zaman noktalarında, her kuyuya 10 μL hücre canlılık reaktifi yerleştirildi ve plakalar 37 °C'de 2 saat kuluçka edildi. Absorbans değerleri daha sonra mikroplaka okuyucu kullanılarak 450 nm olarak ölçüldü. Hücre canlılığı kontrol grubuna göre yüzde olarak hesaplandı.
7. Akış Sitometrisiyle Apoptoz Tespiti
MIN6 hücrelerindeki apoptotik değişiklikler, üreticinin talimatlarına göre Annexin V-FITC/PI apoptoz tespit kiti kullanılarak incelendi. 48 saatlik siRNA transfeksiyonunun ardından hücreler hasat edildi, soğuk fosfatla tamponlanmış tuzlu su ile iki kez yıkanmış ve bağlanma tamponunda yeniden süspansiye alınmıştır. Daha sonra, hücreler 5 μL Annexin V-FITC ve 5 μL propidium iyodid ile oda sıcaklığında, karanlık koşullarda 15 dakika kuluçka altına alındı. Boyamadan hemen sonra, örnekler akış sitometrisiyle analiz edildi. Erken ve geç apoptotik hücre popülasyonları, akış sitometrik analiz yazılımı kullanılarak nicelendirilmiştir. Apoptotik hücrelerin oranı daha sonra gruplar arası karşılaştırmalar için hesaplandı. Her deney bağımsız olarak üç kez gerçekleştirildi.
8. Western Blot Analizi
Western blot deneyleri, daha önce bildirilenprotokollere göre gerçekleştirildi 18. Hücreler önce tripsin ile sindirildi, toplandı ve radyoimmünoprecipitasyon testi liz tamponu kullanılarak buz üzerinde lizleştirildi. Protein konsantrasyonları nicelendirildi ve eşdeğer miktarda protein, poliviniliden florür membranlarına aktarılmadan önce %10 sodyum dodesil sülfat-poliakrilamid jel elektroforez jellerinde ayrılmaya tabi tutuldu. Membran bloklamasının ardından, gösterilen seyreltme oranlarında NF-κB (1:1000), Bcl-2 (1:1000), Bax (1:1000), kaspaz-3 (1:1000) ve gliseraldehit-3-fosfat dehidrojenaza (GAPDH) (1:2000) ile primer antikorlarla kuluçka yapıldı, ardından yaban turması peroksidaz bağlantılı ikincil antikorlarla kuluçka yapıldı. Protein sinyalleri kemilyünesans sistemi kullanılarak tespit edildi ve ImageJ yazılımıyla nicelendirildi. GAPDH iç yük kontrolü olarak kullanıldı ve protein ifade seviyeleri kontrol grubuna göre katlanma değişiklikleri olarak ifade edildi.
9. İstatistiksel analiz
Veriler, ortalama ± standart sapma (SD) olarak ifade edildi. Gruplar arasındaki karşılaştırmalar, istatistiksel analiz kullanılarak Mann–Whitney U testi19 kullanılarak gerçekleştirildi. <0.05 p-değeri istatistiksel olarak anlamlı olarak kabul edildi.