ZeLan ekstraktının PCOS klinik fenotipleri üzerindeki etkileri
Sıçanlarda DHEA uygulaması, Kontrol grubuyla karşılaştırıldığında vücut ağırlığı, serum testosteron konsantrasyonu, LH/FSH oranı ve açlık insülin seviyelerinde meydana gelen anlamlı artışlarla kanıtlandığı üzere PCOS benzeri endokrin ve metabolik fenotipler oluşturmuştur (tüm P < 0.05). Shapiro-Wilk testi kullanılarak yapılan dağılım değerlendirmesi, Tablo 1'de özetlenen temel vücut ağırlığı ve hormon uç noktaları için parametrik analizi desteklemiştir. 28 gün boyunca ZeLan ekstraktı ile yapılan tedavi, bu metabolik ve hormonal bozuklukları anlamlı düzeyde iyileştirmiştir. Vücut ağırlığı, 7 günlük aklimatizasyon dönemi dahil olmak üzere protokolün 56. gününde, tedavi süresinin sonunda kaydedilmiştir. Tablo 1'de sunulduğu üzere, Model grubundaki vücut ağırlığı (291.12 ± 15.35 g), Kontrol grubundakinden (227.45 ± 10.12 g, P < 0.05) önemli ölçüde daha yüksekken, ZeLan tedavisi vücut ağırlığını anlamlı şekilde 245.25 ± 10.21 g'a düşürmüştür (Model grubuna kıyasla P < 0.05). PCOS model sıçanlarında serum testosteron seviyeleri, kontrollere (0.51 ± 0.05 ng/mL) kıyasla belirgin şekilde yüksek bulunmuş (1.85 ± 0.21 ng/mL) ve ZeLan müdahalesi testosteronu 0.92 ± 0.12 ng/mL'ye indirmiştir. LH/FSH oranı, Model grubunda Kontrole (1.25 ± 0.11) göre anlamlı düzeyde artmış (3.28 ± 0.25) ve ZeLan tedavisi ile kısmen normalize edilmiştir (1.85 ± 0.15). Açlık insülin seviyeleri model hayvanlarda yükselmiş (kontrollerde 12.55 ± 1.12 mIU/L'ye karşı 28.95 ± 2.35 mIU/L) ve ZeLan uygulamasının ardından anlamlı şekilde azalmıştır (18.82 ± 1.55 mIU/L) (Şekil 2). Bu bulgular, endokrin-metabolik PCOS benzeri bir fenotipin başarıyla oluşturulduğunu doğrulamıştır; ancak bu çalışmada ovaryen histopatoloji, folikül sayımları, korpus luteum analizi ve östrus döngüsü izlemi yapılmamıştır.
ZeLan ekstresi bağırsak mikrobiyota alfa çeşitliliğini geri kazandırdı
Alfa çeşitlilik indekslerinin analizi, PCOS ve tedavisi ile ilişkili olarak bağırsak mikrobiyal topluluk yapısında önemli değişiklikler olduğunu ortaya koymuştur. Tablo 2 ve Şekil 3'te gösterildiği üzere, Shannon çeşitlilik indeksi PCOS model sıçanlarda (4.19 ± 0.35), sağlıklı kontrollere (6.51 ± 0.28; P < 0.05) göre anlamlı derecede düşük bulunmuştur; bu durum hastalık durumunda mikrobiyal alfa çeşitliliğinin azaldığını göstermektedir. ZeLan tedavisi, Shannon indeksinin 5.79 ± 0.26'ya yükselmesiyle (Model grubuna kıyasla P < 0.05) mikrobiyal çeşitliliği kısmen geri kazandırmıştır. Simpson indeksi için de benzer sonuçlar gözlemlenmiş; bu indeks kontrollerde 0.98 ± 0.01 iken model hayvanlarda 0.82 ± 0.03'e düşmüş ve ZeLan müdahalesi sonrası 0.93 ± 0.02'ye yükselmiştir. Tür zenginliğini yansıtan Chao1 tahmincisi de benzer bir örüntü sergilemiştir: PCOS indüksiyonu Chao1 değerini 1215.3 ± 45.4'ten 665.8 ± 52.1'e önemli ölçüde düşürürken, ZeLan tedavisi zenginliği 963.5 ± 38.6'ya çıkarmıştır. Bu bulgular toplu olarak, PCOS'un azalmış alfa çeşitliliği ve zenginliği ile karakterize edilen bağırsak mikrobiyal disbiyozu ile ilişkili olduğunu ve ZeLan ekstraktının mikrobiyal topluluk yapısını kısmen Kontrol profiline doğru geri döndürebildiğini göstermektedir.
Bağırsak mikrobiyota kompozisyonundaki değişiklikler
Filum düzeyindeki taksonomik profilleme, deney grupları arasında belirgin kompozisyonel farklılıklar ortaya çıkarmıştır. Şekil 4'te gösterildiği üzere, Firmicutes ve Bacteroidetes tüm gruplarda baskın filumlar olup, toplam bakteri topluluğunun %85'inden fazlasını oluşturmuştur. Model grubu, Kontrol grubuna kıyasla (Firmicutes yaklaşık %40, Bacteroidetes yaklaşık %45), önemli ölçüde yüksek Firmicutes bolluğu (yaklaşık %75) ve buna eşlik eden düşük Bacteroidetes oranı (yaklaşık %15) sergilemiş; bu durum, metabolik disbiozun karakteristik özelliği olan belirgin şekilde artmış bir Firmicutes-Bacteroidetes (F/B) oranıyla sonuçlanmıştır. ZeLan tedavisi bu dengesizliği modüle ederek Firmicutes bolluğunu yaklaşık %52'ye indirmiş, Bacteroidetes oranını ise yaklaşık %35'e çıkarmış ve böylece F/B oranını kısmen kontrol seviyelerine doğru normalize etmiştir.
Kontrol ve Model gruplarını birbirinden ayıran ve böylece hastalıkla ilişkili mikrobiyal imzayı tanımlayan bakteriyel taksonları belirlemek için LEfSe analizi kullanılmıştır. Şekil 5'te gösterildiği üzere, cins düzeyinde, PCOS Model grubu, genel olarak daha önceden metabolik disfonksiyon ve inflamasyonla ilişkilendirilmiş olan Bacteroides (LDA skoru > 3.5), Prevotella (LDA skoru > 3.0) ve Escherichia (LDA skoru > 2.5) cinslerinde anlamlı derecede artmış bolluk göstermiştir. Buna karşılık, Kontrol grubu, her ikisi de bağırsak bariyer bütünlüğünün korunması ve kısa zincirli yağ asitleri gibi faydalı metabolitlerin üretilmesindeki rolleriyle bilinen Lactobacillus (LDA skoru > 3.0) ve Ruminococcus (LDA skoru > 2.5) dahil olmak üzere faydalı cinslerin zenginleşmesini sergilemiştir. ZeLan grubu, bu analiz hastalığı sağlıktan ayıran taksonlara odaklandığı için Şekil 5'te ayrı bir LEfSe sınıfı olarak gösterilmemiştir; ZeLan ile ilgili etkiler, Kontrol profiline doğru gerçekleşen bolluk kaymalarından ve mikrobiyom-metabolom korelasyonlarından yorumlanmıştır.
Metabolomik profilleme ve diferansiyel metabolit tanımlama
Hedeflenmemiş metabolomik analizi, PCOS ile ilişkili ve ZeLan ekstresi ile tedavisine bağlı önemli metabolik pertürbasyonları belirlemiştir. Şekil 6'daki volcano grafiği, Model ve Kontrol grupları arasındaki metabolit özelliklerinin dağılımını göstermekte olup, yukarı ve aşağı regüle olan özellikler kat değişimi yönü ve istatistiksel anlamlılık ile vurgulanmıştır. Model ve Kontrol karşılaştırması için eksiksiz metabolomik raporlama tablosunda toplam 52 adet tanımlanmış metabolit özelliği tutulmuştur. Metabolit adı, HMDB tanımlayıcısı, biyokimyasal sınıfı, log2 kat değişimi, P değeri ve regülasyon yönünü içeren tam liste Ek Tablo 1 olarak sunulmuştur. Tablo 3, PCOS ile biyolojik ilgisi yüksek olan temsili tanımlanmış metabolitleri sunmaktadır.
Tablo 3, yüksek VIP skorlarına sahip ve PCOS patofizyolojisi ile biyolojik ilgisi olan temsili temel diferansiyel metabolitleri özetlemektedir. Testosteron (VIP = 2.56, P < 0.001) ve androstenedion (VIP = 2.34, P < 0.001) dahil olmak üzere steroid hormonlar, bu durumun karakteristik özelliği olan hiperandrojenik durumla uyumlu olarak, PCOS model hayvanlarında anlamlı şekilde yükselmiştir. Palmitik asit (VIP = 2.12) ve araşidonik asidin (VIP = 1.89) anlamlı artışlar göstermesiyle yağ asidi metabolizması da bozulmuş, proinflamatuar lipid medyatörü prostaglandin E2 benzer şekilde yukarı regüle olmuştur (VIP = 2.05). Aksine, faydalı bağırsak mikrobiyal aktivitesi ile ilişkili metabolitler PCOS hayvanlarında azalmıştır: mikrobiyal biyotransformasyon yoluyla üretilen sekonder bir safra asidi olan litokolik asit (VIP = 2.45) ve kısa zincirli yağ asidi bütirik asit (VIP = 2.21) önemli ölçüde azalmıştır. Ek olarak, Model grubunda süksinik asit ve esansiyel amino asit L-tryptophan azalma göstermiş, bu durum mikrobiyal fermantasyonun bozulduğuna ve amino asit metabolizmasının değiştiğine işaret etmiştir.
KEGG yolak zenginleştirme analizi
KEGG veritabanı kullanılarak yapılan yol zenginleştirme analizi, PCOS'te belirgin şekilde bozulmuş ve ZeLan tedavisiyle modüle edilmiş birkaç serum metabolik yolunu ortaya çıkarmıştır. Şekil 7'de gösterildiği gibi, steroid hormon biyosentezi, PCOS'in hiperandrojenik fenotipiyle tutarlı olarak en belirgin şekilde zenginleşen yol olarak ortaya çıkmıştır (Rich Factor = 0.80, P < 0.01). Ovaryen steroidogenez yolu da benzer şekilde yüksek düzeyde zenginleşmiş olup (Rich Factor = 0.75, P < 0.01), bu durum ovaryen disfonksiyonda değişmiş androjen sentezinin rolünü yansıtmaktadır. Primer safra asidi biyosentezi belirgin bir zenginleşme göstermiş (Rich Factor = 0.62, P < 0.02), bu da bağırsak mikrobiyotasındaki değişikliklerle ilişkili olabilecek bozulmuş enterohepatik safra asidi dolaşımına işaret etmiştir. Araşidonik asit metabolizması (Rich Factor = 0.56, P < 0.03) ve insülin direnci yolu (Rich Factor = 0.40, P < 0.04) da belirgin şekilde zenginleşerek PCOS'in karakteristik özelliği olan enflamatuar ve metabolik bozuklukların varlığını desteklemiştir. Yağ asidi biyosentez yolu ise düşük düzeyde zenginleşme (Rich Factor = 0.30) göstermiş ve lipid metabolik disregülasyonunun etkili olduğunu düşündürmüştür.
Mikrobiyom-metabolom korelasyon analizi
Bağırsak mikrobiyota kompozisyonu ile metabolik değişimler arasındaki fonksiyonel ilişkileri değerlendirmek amacıyla, farklı bolluk gösteren bakteri cinsleri ile temel metabolitler arasında, yanlış keşif oranı (false-discovery rate) kontrollü Spearman korelasyon analizi gerçekleştirilmiştir. Hiyerarşik olarak kümelenmiş korelasyon ısı haritası, [burada] sunulmuştur. Şekil 8 mikrobiyota-metabolom ilişkilerinin belirgin kalıplarını ortaya koymaktadır. Lactobacillus ve Ruminococcus dahil olmak üzere yararlı bakteriler, litokolik asit (sırasıyla r = 0,72 ve 0,68) ve bütirik asit (sırasıyla r = 0,65 ve 0,60) ile güçlü pozitif korelasyonlar sergilerken; testosteron (r = -0,75 ve -0,80) ve androstenedion (r = -0,68 ve -0,72) ile negatif korelasyonlar göstermiştir. Bu bulgular, taksonomik analizde tanımlanan yararlı bakterilerin, androjenle ilişkili metabolitler ve SCFA ile ilişkili metabolik aktivite ile ilişkili olduğunu göstermektedir.
Aksine, PCOS ile ilişkili Bacteroides, Prevotella ve Escherichia cinsleri zıt korelasyon modelleri sergilemiştir. Bu bakterilerin testosteron (sırasıyla r = 0.85, 0.82 ve 0.60), androstenedion (r = 0.78, 0.75 ve 0.55) ve palmitik asit (r = 0.65, 0.60 ve 0.45) ile pozitif korelasyon gösterdiği, litokolik asit ve bütirik asit dahil olmak üzere faydalı metabolitlerle ise negatif korelasyon sergilediği görülmüştür. Bu korelasyon modelleri, belirli bağırsak mikrobiyal taksonları ile PCOS'un karakteristik metabolik bozuklukları arasındaki fonksiyonel ilişkileri desteklemektedir, ancak doğrudan bir nedensellik kurmamaktadır.
Veri Kullanılabilirliği:
Bu çalışma sırasında oluşturulan ve analiz edilen veri setleri; örnek meta verilerini, fenotip kaynak verilerini, 16S alfa-çeşitlilik indekslerini, filum düzeyindeki bolluk özetlerini, diferansiyel bakteriyel taksa sonuçlarını, metabolomik diferansiyel analiz tablolarını, temsili metabolit sonuçlarını, KEGG yolak zenginleştirme sonuçlarını ve mikrobiyota-metabolit korelasyon matrisini içermektedir. Bu temel kaynak veriler, beraberindeki Ek Dosya 1 olarak sunulmuştur. İşlenmiş diferansiyel metabolit veri seti ise Ek Tablo 1 olarak sunulmuştur.

Şekil 1: Deneysel tasarım ve tedavi zaman çizelgesi. 7 günlük alıştırma süresini, 21 günlük DHEA veya araç enjeksiyon süresini, 28 günlük ZeLan ekstresi veya araç tedavisini ve protokolün 56. gününde serum ve dışkı örneklerinin nihai toplamayı gösteren deneysel iş akışının şematik illüstrasyonu. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 2: ZeLan ekstraktının endokrin ve metabolik parametreler üzerindeki etkileri. Müdahale dönemi sonrasında Kontrol, Model ve ZeLan tedavi gruplarındaki (A) serum testosteron konsantrasyonunu, (B) LH/FSH oranını ve (C) vücut ağırlığını gösteren kutu grafikleri. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 3: Bağırsak mikrobiyota alfa çeşitliliği. Kontrol, Model ve ZeLan tedavi grupları arasındaki Shannon çeşitlilik indeksinin karşılaştırılması, bağırsak mikrobiyota alfa çeşitliliğindeki farklılıkları göstermektedir. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 4: Filum düzeyinde bağırsak mikrobiyota kompozisyonu. Kontrol, Model ve ZeLan tedavi gruplarının bağırsak mikrobiyotasındaki baskın bakteriyel filumların göreceli bolluğunu gösteren yığılmış sütun grafiği. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayınız.

Şekil 5: LEfSe analizi ile belirlenen farklı bakteriyel taksonlar. Kontrol ve Model gruplarını ayıran bakteriyel cinsleri belirleyen doğrusal diskriminant analizi etki büyüklüğü (LEfSe). LDA skorları, farklı bolluktaki taksonların etki büyüklüğünü göstermektedir. ZeLan ile ilişkili değişiklikler, Model grubuna göre bolluk kaymaları temel alınarak Sonuçlar bölümünde açıklanmıştır. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 6Diferansiyel metabolit profilleme. Model ve Kontrol grupları arasındaki diferansiyel metabolit özelliklerini gösteren volkan grafiği. Kırmızı ve mavi noktalar, kat değişimi (fold change) ve istatistiksel anlamlılığa bağlı olarak sırasıyla anlamlı düzeyde artmış ve azalmış metabolit özelliklerini temsil etmektedir. Lütfen bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için buraya tıklayın.

Şekil 7KEGG yolak zenginleştirme analizi. Diferansiyel metabolitlerden belirlenen anlamlı düzeyde zenginleşmiş metabolik yolakları gösteren balon grafiği. Balon boyutu eşleşen metabolit sayısını, balon rengi ise yolak zenginleşmesinin istatistiksel anlamlılığını (P-değeri) temsil etmektedir. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 8: Bağırsak mikrobiyotası ile serum metabolitleri arasındaki korelasyon. Diferansiyel bolluğa sahip bakteri cinsleri ile temsili serum metabolitleri arasındaki Spearman korelasyon katsayılarını gösteren hiyerarşik kümelenmiş ısı haritası. Kırmızı pozitif korelasyonları, mavi ise negatif korelasyonları göstermektedir. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
| Grup | N | Vücut Ağırlığı (g) | Testosteron (ng/mL) | LH/FSH Oranı | İnsülin (mIU/L) |
| Kontrol | 8 | 227.45 ± 10.12 | 0.51 ± 0.05 | 1.25 ± 0.11 | 12.55 ± 1.12 |
| Model | 8 | 291.12 ± 15.35a | 1.85 ± 0.21a | 3.28 ± 0.25a | 28.95 ± 2.35a |
| ZeLan | 8 | 245.25 ± 10.21b | 0.92 ± 0.12b | 1.85 ± 0.15b | 18.82 ± 1.55b |
| Not: Veriler Ortalama ± SD olarak sunulmuştur. a = p < Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında 0,05; b = p < Model grubu ile karşılaştırıldığında 0,05. |
Tablo 1: PKOS sıçanlarında endokrin ve metabolik parametreler. Kontrol, Model ve ZeLan tedavi gruplarında vücut ağırlığı, serum testosteron, LH/FSH oranı ve açlık insülin seviyeleri ölçülmüştür. Veriler ortalama ± SD olarak sunulmuştur.
| Grup | Shannon İndeksi | Simpson İndeksi | Chao1 Tahmincisi |
| Kontrol | 6.51 ± 0.28 | 0.98 ± 0.01 | 1215.3 ± 45.4 |
| Model | 4.19 ± 0.35a | 0.82 ± 0.03a | 665.8 ± 52.1a |
| ZeLan | 5.79 ± 0.26b | 0.93 ± 0.02b | 963.5 ± 38.6b |
| Not: Veriler Ortalama ± SD olarak sunulmuştur. a = p < Kontrol grubu ile karşılaştırıldığında 0,05; b = p < Model grubuyla karşılaştırıldığında 0,05. |
Tablo 2: Bağırsak mikrobiyota alfa çeşitlilik indeksleri. Kontrol, Model ve ZeLan tedavi grupları arasındaki Shannon indeksi, Simpson indeksi ve Chao1 tahmincisinin karşılaştırılması. Veriler ortalama ± SD olarak sunulmuştur.
| Metabolit Adı | HMDB Kimliği | Sınıf | Trend (Model ile Kontrol Karşılaştırması) | p-değeri | VIP Skoru |
| Testosteron | HMDB0000286 | Steroid | Yukarı ↑ | < 0.001 | 2.56 |
| Androstenedion | HMDB0000055 | Steroid | Yukarı ↑ | < 0.001 | 2.34 |
| Palmitik asit | HMDB0000220 | Yağ Asidi | Yukarı ↑ | < 0.001 | 2.12 |
| Araşidonik asit | HMDB0001043 | Yağ Asidi | Yukarı ↑ | 0.003 | 1.89 |
| Prostaglandin E2 | HMDB0001036 | Lipid | Yukarı ↑ | < 0.001 | 2.05 |
| Litokolik asit | HMDB0000752 | Safra Asidi | Aşağı ↓ | < 0.001 | 2.45 |
| Bütirik asit | HMDB0000039 | Kısa Zincirli Yağ Asitleri | Aşağı ↓ | < 0.001 | 2.21 |
| Süksinik asit | HMDB0000254 | Organik Asit | Aşağı ↓ | 0.021 | 1.65 |
| L-Triptofan | HMDB0000929 | Amino Asit | Aşağı ↓ | 0.015 | 1.58 |
| Not: VIP = Projeksiyonda Değişken Önemi (Variable Importance in Projection) > 1 anlamlı kabul edildi). | | |
Tablo 3: Temsili diferansiyel serum metabolitleri. HMDB tanımlayıcıları, metabolit sınıfı, regülasyon eğilimi, P-değeri ve VIP skorunu içeren, PCOS ile ilişkili ve ZeLan ekstresi tarafından regüle edilen temsili açıklanmış metabolitler. Açıklanmış 52 metabolit özelliğinin tam listesi Ek Tablo 1'de sunulmuştur.
Ek Tablo 1: Tam açıklanmış metabolit veri seti. Metabolit adı, HMDB tanımlayıcı, biyokimyasal sınıf, kat değişimi (fold change), P-değeri ve regülasyon yönü dahil olmak üzere, metabolomik raporlama için tutulan 52 açıklanmış metabolit özelliğinin tam listesi.Bu dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayın.
Ek Dosya 1: Deneysel, mikrobiyom ve metabolomik analizleri destekleyen kaynak veriler. Bu çalışma kitabı; makalede sunulan şekil ve tabloların oluşturulmasında kullanılan örnek bilgilerini, klinik fenotip ölçümlerini, 16S rRNA sekanslama çeşitlilik indekslerini, filum düzeyindeki mikrobiyal bağıl bolluğu, LEfSe diferansiyel takson analizini, metabolomik diferansiyel analizini, temsili metabolitleri, KEGG yolak zenginleştirme analizini, korelasyon matrisi verilerini ve veri doğrulama özetini içermektedir.Lütfen bu dosyayı indirmek için buraya tıklayınız.