Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Araştırma makalesi
Bu çalışma, ağ farmakolojisi, moleküler kenetleme ve sıçan kaudal disk ponksiyon modeli kullanarak Yi Qi Huo Xue Decoction'un bel disk dejenerasyonu üzerindeki potansiyel preklinik etkilerini araştırdı; odak olarak AKT1, BCL2 ve STAT3 gibi aday hedefler ile PI3K-AKT sinyalizasyonu gibi yollar üzerine odaklandı.
Bu çalışmada, bel disk dejenerasyonunda (LDD) Yi Qi Huo Xue Decoction (YQHXD)'nin farmakolojik temeli ve potansiyel moleküler mekanizmaları araştırılmak için ağ farmakolojisi, moleküler kenetlenme, moleküler dinamik simülasyonu ve deneysel doğrulama kullanıldı. Toplam 678 aktif bileşik ilişkili YQHXD hedefi ve 296 potansiyel LDD ile ilişkili terapötik hedef tespit edildi. Protein-protein etkileşim ağı analizi ve topolojik analiz, AKT1, IL6, TNF, BCL2 ve STAT3 dahil olmak üzere birkaç aday hedef belirlemiştir. Gen Ontolojisi ve Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi kullanılarak yapılan zenginleştirme analizleri, aday hedeflerin protein bağlanması ve ATP bağlanması gibi fonksiyonlarla bağlantılı olduğunu, PI3K-AKT sinyalizasyonunu da içeren yol zenginleştirmesi olduğunu gösterdi. Moleküler kenetlenme, quercetin, Tetraneurin A ve isorhamnetin gibi seçilmiş aktif bileşikler ile çekirdek hedefler arasındaki etkileşimleri öngördü. Moleküler dinamik simülasyonları ise en düşük enerjili komplekslerin stabil kaldığını da göstermiştir. Yetmiş erkek Sprague-Dawley sıçanı, kontrol, sahte ameliyat edilen, model, pozitif kontrol ve düşük, orta ve yüksek dozlu YQHXD gruplarına rastgele atandı. Model, pozitif kontrol ve YQHXD gruplarında koksigeal intervertebral disk ponksiyon modeli oluşturulduktan sonra, farelere 8 hafta boyunca oral garajla YQHXD veya celecoxib verildi, kontrol ve sahte ile yapılan gruplara ise normal salin verildi. Histopatolojik değerlendirme, bu modelde YQHXD tedavisinin omurgalar arası disk dejenerasyonunun azalmasıyla ilişkili olduğunu göstermiştir. Enzimle bağlantılı immünosorbent testi, polimeraz zincir reaksiyonu ve western blot analizleri, AKT1, BCL2 ve STAT3 dahil olmak üzere seçilen hedeflerin mRNA ve protein ifade seviyelerinde değişiklikler gösterdi. Bu bulgular, YQHXD'nin iltihaplanma ve apoptozla ilgili mekanizmaları içeren çok bileşenli ve çok hedefli düzenlemeler yoluyla LDD'de preklinik koruyucu etkiler gösterebileceğini göstermektedir. Bu çalışma, YQHXD'nin LDD için daha fazla araştırılmasını destekleyen ön preklinik kanıtlar sunmaktadır.
Bel diski dejenerasyonu (LDD), geç başlangıç, tedavi zorluğu, yüksek nüks ve engellilikle karakterize edilen yaşa bağlı yaygın bir ortopedik durumdur. LDD, intervertebral diskte (IVD) katabolik ve anabolik metabolizma (ECM) metabolizması arasındaki dengesizlikle ilişkili dejeneratif patolojik değişiklikleri içerir ve bel ağrısı (LBP) ile yakından ilişkilidir1. Epidemiyolojik çalışmalar, LBP'nin klinik uygulamada engelliliğin başlıca nedenlerinden biri olduğunugöstermektedir 2.
1990'dan 2017'ye kadar küresel vaka sayısı 42,5 milyondan 64,9milyona yükseldi 3, günlük yaşamı etkiledi ve önemli bir sosyal ve ekonomik yük oluşturdu. Bu nedenle, LDD'nin etkili tedavisi klinik olarak önemli olmaya devam etmektedir. Klinik uygulamada, LDD genellikle konservatif veya cerrahi semptomatik tedavilerle yönetilir; bu tedaviler semptomları hafifletebilir ancak genellikle intervertebral disk dejenerasyonunu (IVDD) tersine çevirmez. Konservatif tedavi için yaygın olarak kullanılan oral nonsteroid anti-inflamatuar ilaçlar, böbrek, gastrointestinal ve kardiyovasküler yan etkilerle de ilişkili olabilir.
Geleneksel Çin Tıbbı (TCM) uzun süredir hastalık yönetiminde kullanılmaktadır4. Bitkisel bileşikler ve bireysel bileşenlerin IVDD ilerlemesini geciktirdiği ve doku yenilenmesini teşvik ettiğibildirilmiştir 5. Klinik uygulamada, TCM formülleri dejeneratif kemik ve eklem hastalıkları için konservatif yönetim stratejilerinin bir parçası olarak da kullanılmaktadır. Suzhou bölgesindeki Wu aile tıp fakültesi, bel IVD bozuklukları için temel reçete olarak Yi Qi Huo Xue Demlemesini (YQHXD) kullanmıştır; ancak LDD'deki potansiyel rolünü netleştirmek için daha fazla mekanik kanıta ihtiyaç vardır.
Önceki çalışmalar, YQHXD'nin hücresel otofajini teşvik ederek ve yaşlanma karşıtı etkiler uygulayarak IVDD'yigeciktirebileceğini göstermiştir 6,7. Ancak, YQHXD'nin LDD'yi etkileyebileceği farmakolojik mekanizmalar belirsizdir ve etki biçiminin sistematik analizi hâlâ eksiktir. Bu çalışmada, YQHXD'nin çok bileşenli ve çok hedefli özelliklerini LDD ile ilişkili olarak analiz etmek için ağ farmakolojisi kullanılmıştır. Moleküler kenetlenme bileşikler ile hedef proteinler arasındaki etkileşimleri değerlendirmek için kullanıldı, ardından moleküler dinamik simülasyonları yapıldı. Bu tahminler, daha sonra LDD8'de YQHXD'nin potansiyel mekanizmalarını incelemek için bir sıçan kaudal disk ponksiyon modeli kullanılarak değerlendirildi. Şekil 1'de gösterildiği üzere, bu çalışma YQHXD'nin AKT1, BCL2 ve STAT3 gibi genleri ve proteinleri modüle ederek LDD ile ilgili süreçleri etkileyebileceğine, PI3K-Akt sinyal iletimi ve diğer hastalıkla ilgili yol kategorilerini içeren yol zenginleştirmesi ile etkileyebileceğine dair preklinik kanıtlar sunmaktadır.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tüm deneyler, Nanjing Çin Tıp Üniversitesi Kurumsal İnceleme Kurulu (Protokol Kodu: 202501A018) tarafından onaylanmış ve Ulusal Sağlık Enstitüleri (NIH) Laboratuvar Hayvanlarının Bakımı ve Kullanımı Rehberi'ne uygun olarak gerçekleştirilmiştir. Tüm deneysel prosedürler ARRIVE yönergelerine uydu.
Deneysel ilaçlar
YQHXD örnek çözeltisi 20 g Astragalus membranaceus kökü, 20 g Angelica sinensis kökü, 15 g Ligusticum chuanxiong köksüzü, 6 g Stephania tetrandra kökü, 15 g Chaenomeles speciosa meyvesi ve 10 g Sinapis alba olgun tohumu içeriyordu ve reçete başına toplam ham ilaç ağırlığı 86 g olarak belirleniyordu. Tüm bitkisel materyaller, Guangxi Çin Tıp Üniversitesi'ne bağlı Ruikang Hastanesi Eczacılık Departmanı tarafından Çin Farmakopeesi'ne (2020 baskısı) doğrulmuştur. YQHXD numune çözeltisi su kaynatma yöntemiyle hazırlanmıştır. Toplam ham ilaç hacminin 8 katı olan steril damıtılmış su eklendi ve otlar 30 dakika boyunca tamamen suya batırıldı. Karışım daha sonra kaynatıldı ve filtrelenmeden önce 30 dakika boyunca düşük ateşte dekokote edildi. Kalıntılar aynı işlem sonucunda aynı hacimde steril damıtılmış su ile tekrar çıkarıldı. İki ekstraksiyondan elde edilen filtratlar, yuvarlanmış buharlaştırma kullanılarak azaltılmış basınçta 55,5 mL'ye konsantre edilip YQHXD stok çözeltisi elde edildi. Toplam ham ilaç ağırlığına göre, nihai ham ilaç konsantrasyonu 1,55 g/mL olup, ekstraksiyon verimi yaklaşık %64,5'ti. Deneysel sıçanlara uygulanan doz, vücut yüzeyi normalizasyon yöntemiyle klinik yetişkin dozundan dönüştürüldü. İnsanlar ile sıçanlar arasındaki dönüşüm katsayısı yaklaşık 6,3'tü; Bu nedenle, fare dozu (mg/kg) insan dozu (mg/kg) olarak hesaplandı × 6.3. Yüksek dozlu grup referans doz olarak 15,48 g/kg/gün alırken, orta ve düşük doz grupları sırasıyla 7,74 g/kg ve 3,87 g/kg aldı. 10 mL/kg gavaj hacmi için, yüksek dozlu, orta ve düşük dozlu gruplar için karşılık gelen çalışma konsantrasyonları sırasıyla 1.548, 0.774 ve 0.387 g/mL idi. Stok çözeltisi, uygulanmadan önce her deneysel grup için hedef dozu elde etmek üzere buna göre seyreltilmiştir. Hazırlandıktan sonra, demlemeler soğutuldu, steril koşullarda alikotasyon yapıldı ve −40 °C'de saklanarak kullanılana kadar saklandı.
Ağ farmakolojisi analizi
Aktif bileşen hedef proteinlerinin tahmini
24 Kasım 2025'te, aktif bileşikler TCMSP veritabanından "Huangqi, Angelica, Chuanxiong, Stephania, Mugua ve Jiezi" arama terimleriyle alındı. Bileşikler, oral biyoyararlanılım (OB ≥% %30) ve ilaç benzerliği (DL ≥ 0.18) temelinde tarandı.9. Bu eşiklerin gerekçesi şöyledir: TCMSP veritabanı, PubChem, ChEMBL ve ChemSpider gibi yetkili kaynaklardan gelen bileşik verileri entegre eder ve ağızdan biyoyararlanım dahil olmak üzere ADME ile ilgili parametreler sağlar. Ağızdan verilen biyoyararlanıllık, ağızdan verilen dozun sistemik dolaşıma değişmeden ulaşan oranını ifade eder ve yüksek OB biyoaktif moleküllerin tanımlanması için gereklidir. İlaç benzerliği, bileşiklerin ilaçlanabilirliğini değerlendirmek ve çözünürlüğünü ile stabilitelerini tahmin etmek için kullanılan bir göstergedir. Bu çalışmada, ağızdan soğurma ve farmakokinetik profillere sahip aday bileşiklerin belirlenmesi için veritabanında önerilen değeri (%≥%20) aşan daha katı bir kadın doğum eşiği (%≥%30) uygulanmıştır. Bu arada, bileşiklerin ilaç benzeri potansiyelini tahmin etmek için DL kullanıldı ve geleneksel Çin tıp bileşiklerinde gözlemlenen ortalama DL değerine göre DL ≥ 0.18 kesintisi benimsendi. Seçilen aktif bileşikler PubChem veritabanından SMILES formatında alındı ve hedef tahmini için SwissTargetPrediction veritabanına aktarıldı; tür Homo sapiens olarak ayarlandı. Hedef proteinler resmi gen sembolleri kullanılarak standartlaştırıldı ve tahmin güvenilirliğini artırmak için yalnızca olasılık değerleri 0'dan büyük olan hedefler tutuldu. Tahmin edilen hedefi olmayan bileşikler sonraki ağ analizinden hariç tutuldu. Tüm hedefler birleştirildikten sonra, her hedefin nihai veri setinde yalnızca bir kez temsil edilmesi için tekrarlanan girişler elektronik tablo yazılımı kullanılarak kaldırıldı.
Ana hedeflerin toplanması
Hastalıkla ilgili genler, GeneCard10, OMIM11 ve TTD12 veritabanlarından "lumber disk dejenerasyonu" anahtar kelimesiyle alındı. Toplanan gen hedefleri birleştirildi ve hastalıkla ilişkili hedeflerin nihai seti elde edilmek için tekrarlanan girişler çıkarıldı.
LDD tedavisinde YQHXD'nin potansiyel hedefleri
Venny 2.1.0 platformu, LDD'deki YQHXD'nin potansiyel hedeflerini belirlemek için kullanıldı. Daha sonra aktif bileşenler ile tahmin edilen hedefler arasındaki ilişkileri göstermek için bir ağ oluşturuldu. Temel aktif bileşenler, ağdaki derece değerlerine göre seçildi.
İlaç bileşenleri ve hastalık kesişim hedeflerinin ağ inşası
TCM formülü YQHXD'den aktif bileşenler, hedef proteinler ve LDD ile ilgili genler, Cytoscapeyazılımı 13'e ithal edilerek ilaç bileşeni-hedef-hastalık ağ diyagramı oluşturuldu.
PPI ağının inşası ve ana temel hedeflerin belirlenmesi
Kesişen hedefler analiz için STRINGplatformu 14'e gönderildi ve organizma Homo sapiens olarak ayarlandı. Protein-protein etkileşim (PPI) ağını oluşturmak için, etkileşim puan eşiği >0.4 olarak belirlendi, bağlantısı kopuk düğümler saklandı ve diğer tüm ayarlar varsayılan olarak bırakıldı. Ortaya çıkan veriler yazılıma aktarıldı ve burada NetworkAnalyzer aracı kullanılarak topolojik özellikleri değerlendirildi ve düğüm dereceleri hesaplandı. Dereceye göre sıralanan ilk beş düğüm, ana merkez hedefleri olarak belirlendi.
Çekirdek hedeflerin zenginleştirme analizi
Kesişen hedefler, Gen Ontolojisi (GO) fonksiyonel açıklaması ve Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KEGG) yol zenginleştirme analizi için DAVIDveritabanı 15'e yüklendi. Organizma arka planı Homo sapiens olarak belirlenmiş, zenginleştirme kesme sınırı varsayılan DAVID parametrelerine göre tanımlanmıştır; bunlar arasında EASE eşiği 0.1 < ve Sayı eşiği 2 ≥ dahildir. Gen evreni, DAVID tarafından sağlanan varsayılan tüm genom arka planına dayanıyordu. Çoklu testler, yanlış keşif oranını (FDR) kontrol etmek için Benjamini-Hochberg yöntemiyle düzeltildi ve DAVID sonuçları bu temelde ayarlandı. Zenginleştirilmiş yollar, Sayı değerine göre azalan sırayla sıralanmıştır. GO ve KEGG zenginleştirme çubukları çevrimiçi bir biyoinformatik platformu kullanılarak üretilmiştir.
Moleküler kenetleme
YQHXD'nin temel aktif bileşenleri ile LDD'nin temel hedefleri arasındaki etkileşimleri tahmin etmek için bu çalışmada moleküler kenetlenme analizi yapıldı. Ağ topolojik derece değerleri ve hedef ilgisine göre sıralanan en önemli beş aktif bileşik ligand olarak seçilirken, ilgili çekirdek hedef proteinler reseptör olarak kullanıldı. Ligand SDF dosyaları PubChem'den alındı ve hedef proteinlerin üç boyutlu yapıları Protein Veri Bankası'ndan (PDB) indirildi. CB-Dock2 platformunda kenetlenme analizi, tam otomatik kör kenetlenme protokolü kullanılarak gerçekleştirildi. Protein yapıları yüklendikten sonra, platform küçük moleküller, iyonlar ve su molekülleri dahil olmak üzere heteroatomları otomatik olarak çıkardı ve eksik atomları ve hidrojen atomlarını onardı. Otomatik Kör Kenetlenme modu kullanıldı. Bu modda, CB-Dock2, eğrilik tabanlı bir boşluk tespit algoritmasıyla potansiyel protein yüzeyi bağlanma ceplerini belirler ve ardından entegre AutoDock Vinamotoru 16 kullanarak kenetlenme hesaplamaları yapar. Kenetlenme işlemi sırasında proteinler sert yapılar olarak ele alınırken, ligandlar esnek kabul edildi ve tüm kenetlenme parametreleri platformun varsayılan değerlerine ayarlandı. Kenetlenme sonuçları, CB-Dock217'nin yerleşik araçları kullanılarak üç boyutlu görselleştirme ve etkileşim analizine tabi tutuldu ve bağlanma enerjileri, aktif bileşikler ile hedef proteinler arasındaki öngörülen bağlanma eğilimlerini tahmin etmek için hesaplandı.
Moleküler dinamik simülasyonu
Hedef protein-ligand kompleksi için moleküler dinamik simülasyonları GROMACS 2022.2 kullanılarak gerçekleştirildi. Protein, Amber14SB kuvvet alanı ile modellendi ve çözücü sistemi TIP3P su modeliyle temsil edildi. Ligand atom yükleri, Antechamber'de uygulanan AM1-BCC yöntemiyle hesaplandı, ardından GAFF2 atom tipleri atandı. Ortaya çıkan topoloji dosyaları, ACPYPE kullanılarak GROMACS uyumlu bir formata dönüştürüldü. TIP3P su modeliyle uyumlu iyon parametreleri, Joung-Cheatham parametre setine göre atanmıştır. Başlangıç kompleksi, protein yüzeyi ile kutu kenarı arasında en az 1,2 nm mesafe olan kesiklenmiş bir dodekaedral simülasyon kutusuna yerleştirildi. Sistemi solitlemek için TIP3P su molekülleri eklendi ve sistem yükünü nötralize etmek ve iyon gücünü 0,15 M'ye ayarlamak için Na+ ve Cl− iyonları eklendi. Enerji en dik iniş algoritmasıyla maksimum kuvvet 1.000 kJ·mol−1·nm−1'in altına düşene kadar en yüksek iniş algoritması ile gerçekleştirildi. Sistem daha sonra NVT topluluğu altında 298 K ve 1 bar ile 100 ps olarak dengelendi. Dengeleme sonrası NPT topluluğu altında 2 fs zaman adımıyla 100 ns üretim simülasyonu yapıldı. Bağsız etkileşimler Verlet kesme sistemi ile yönetildi. Elektrostatik etkileşimler, parçacık ağı Ewald (PME) yöntemiyle hesaplandı ve hem van der Waals hem de Coulomb etkileşimleri için 1.2 nm kesim kullanıldı. Hidrojen içeren bağlar LINCS algoritması ile sınırlandırılmıştır. Sıcaklık Nosé-Hoover termostatı ile kontrol edilirken, basınç Parrinello-Rahman barostatı ile kontrol edilir ve sistem 298 K ve 1 bar olarak kalınırdı. Her 10 ps'te bir yörüngeler kaydedildi. Yapısal dinamikler ve moleküller arası etkileşimler, yerleşik GROMACS araçları, VMD ve PyMOL kullanılarak analiz edildi. Bağlanma serbest enerjisi, uygun olduğunda gmx_MMPBSA ile tahmin edildi.
Hayvan çalışmaları
Hayvan yetiştiriciliği
3–8 haftalık yetmiş erkek Sprague-Dawley (SD) faresi, bilgisayar tarafından oluşturulan rastgele sayılarla yedi deneysel gruba (n = 10) bilgisayar oluşturulmuş rastgele sayılar kullanılarak yerleştirildi; böylece gruplar arasında temel vücut ağırlığında istatistiksel olarak anlamlı farklar olmamasını sağladı. Tüm hayvanlar kontrollü koşullarda (22 ± 1 °C, %10 bilgili nem, 12 ±saat ışık/karanlık döngü) ve ücretsiz yiyecek ve suya erişim sağlandı. Her kafes değişikliğinde çevresel önyargıyı en aza indirmek için kafes pozisyonları rastgele yapıldı. 1 haftalık aklimatizasyonun ardından, model gruplardaki fareler dejenerasyonu indüklemek için kaudal IVD ponksiyonu geçirdiler. Ağrıyı azaltmak için ameliyat öncesinde bupivakain ile lokal infiltrasyon anestezisi uygulandı. Hayvanlar ameliyat sırasında ve ameliyat sonrası iyileşme sürecinde yakından izlendi. Ameliyat sonrası gözlemler arasında iyileşme süresi, spontan aktivitenin geri kazanılması, yiyecek ve su alımı ile vücut ağırlığı değişiklikleri yer aldı. Model kurulduktan bir hafta sonra, her gruptan iki fare ameliyat sonrası dijital radyografi (DR) görüntüleme ve hematoksilin ile eozin (HE) boyama için rastgele seçildi. Radyografik analizler, kaudal IVD yüksekliğinin azaldığını gösterirken, HE boyama nucleus pulposus (NP) notokordal hücrelerinde belirgin bir azalma ve annulus fibrosus lamellaryapısının 18 düzensizliğini göstererek başarılı model kurulduğunu doğruladı. Ameliyattan sekiz hafta sonra, fareler izofluran aşırı dozunun solumasıyla ötenazi edildi ve kuyruk dokusu ile kan örnekleri alındı. Ön doğrulamadan sonra, nihai histoloji, ELISA, PCR ve western blot analizleri için önceden belirlenmiş kalite kriterlerini karşılayan her grup başına üç bağımsız örnek kullanıldı. Histolojik kesitler tek kör koşullarda değerlendirildi ve slaytlar yalnızca hayvan kimlik numaralarıyla etiketlendi. ELISA, PCR ve western blot testleri için, örnek aliquote ve etiketleme sırasında kör kodlama uygulandı ve tüm örneklerin test sırası deneylerden önce rastgele yapıldı. Ham veriler, soğurma değerleri, Ct değerleri ve bant yoğunlukları dahil olmak üzere, deneysel gruplama veya örneklem işleme ile ilgilenmeyen bir istatistikçi tarafından grup kimliklerine çözüldü ve ardından istatistiksel personel tarafından analiz edildi. Tüm istatistiksel analizler, deneysel gruplama veya örneklem işleme dahil olmayan istatistikçiler tarafından yapılmıştır. Yara enfeksiyonu, açılma, kanama veya şiddetli halsizlik gibi herhangi bir yan etki hemen kaydedilip değerlendirildi. Hafif durumlar yakından izlenerek geliştirilmiş destekleyici bakım sağlandı. Sıçanlarda vücut kilosu kaybı başlangıçtan %20'nin üzerinde kayb, şiddetli ağrı ağrı ile giderilmemiş, hareket kabiliyeti kaybı, yiyecek veya suya erişememe, enfeksiyon, nekroz, diğer ciddi ameliyat sonrası komplikasyonlar, solunum sıkıntısı veya hayatı tehdit eden herhangi bir durum varsa insancıl son noktalar uygulanmıştır. Bu tür durumlarda, hayvanlar aşırı doz izofluran solunmasıyla insancıl bir şekilde ötenazi edilirdi.
Deneysel modelleme
Fareler solulan izofluran ile anestezi edilip yatağa yatırıldı. Co6/7, Co7/8 ve Co8/9 kuyruk IVD'leri X-ışını floroskopik rehberliğinde konumlandırıldı. 21 G'lik bir iğne, derinin karşı tarafına ulaşana kadar IVD'ye dikey olarak iğne iğnesi iğnesinin ucu çekilerek kuyruğun merkezine doğru çekilirdi. İkinci bir iğne pozisyon referansı olarak kullanıldı. Sürekli IVD dejenerasyonu için iğne 360° döndürüldü, 30 saniye yerinde tutuldu ve ardından çıkarıldı. Sham grubunda, deri ve kas üzerinden geçen delme derinliği yaklaşık 2 mm idi ve IVD'ye zarar vermedi. Diğer gruplarda ise iğne, kan damarlarından kaçınarak IVD'nin merkezine doğru 5 mm ilerledi. Yerleştirdikten sonra iğne 360° döndürüldü ve 30 saniye yerinde bırakıldı. Delik bölgesi dezenfekte edildi, işaretlendi ve steril gazlı bezle korundu. Modellemeden bir hafta sonra, kaudal omurganın röntgen görüntülemesinde IVD yüksekliğinde azalma gösterdi. HE boyama, NP notokordal hücrelerinde önemli bir azalma ve halka şekilli lamel yapısının düzensizliğini ortaya koyarak başarılı model oluşmasını doğruladı. Başarılı modellemeden sonra, TCM tedavisi alan gruplar ve pozitif kontrol (PC) grubu, insan ve sıçanlar arasındaki vücut yüzey alanı oranına göre hesaplanan uygun dozlar verildi.
Gruplama ve müdahale
Bu deneyde 3–8 haftalık toplam 70 erkek SD sıçan kullanıldı ve yedi gruba ayrıldı:
(1) Kontrol grubu (Ctrl): Bu gruptaki fareler, deneysel gruplarla aynı zamanda ve aynı koşullarda rastgele olarak atanmıştır. Bireysel kafeslerde, standart yemek ve içme suyuna ücretsiz erişimi olan SPF seviyesinde bir hayvan tesisinde barındırıldılar.
(2) Sahte grup: Fareler izofluran solumasıyla anestezi edildi. Anestezi sağlandıktan sonra, kuyruk derisi povidon-iyot ile dezenfekte edildi ve fareler yatağa yerleştirildi. Co6/7 ve Co7/8 IVD'ler X-ışını floroskopik rehberliğinde bulundu. İğne, IVD'ye zarar vermeden deri ve kas boyunca yaklaşık 2 mm ilerletildi. 8 hafta boyunca günde bir kez damıtılmış su (10 mL/kg) garajla verildi.
(3) Model grubu: Fareler solulan izofluran ile anestezi edildi. Anestezi sağlandıktan sonra, kuyruk derisi povidon-iyot ile dezenfekte edildi ve fareler yatağa yerleştirildi. X-ışını floroskopik rehberliğinde Co6/7, Co7/8 ve Co8/9 IVD'ler bulundu. 21 G'lik bir iğne, derinin karşı tarafına ulaşana kadar IVD'ye dikey olarak iğne iğnesi çıkarıldı ve ardından kuyruğun ortasına doğru çekildi.
İkinci bir iğne pozisyonsal referans olarak kullanıldı. İğne 360° döndürüldü ve IVD'nin sürekli dejenerasyonuna neden olmak için 30 saniye yerinde tutuldu. 8 hafta boyunca her gün damıtılmış su (10 mL/kg) garajla verildi ve ameliyattan sonra farelerin iyileşmesi yakından izlendi.
(4) PC grubu: Pozitif kontrol grubu, Model grubuyla aynı modelleme prosedürüne tabi tutuldu ve ardından 8 hafta boyunca %0,5 sodyum karboksimetilselüloz (CMC-Na) içinde süspansiyon olarak hazırlanmış oral celecoxib (20 mg/kg/gün) gaajı aldı ve 10 mL/kg vücut ağırlığı gawage hacmi oldu.
(5) YQHXD düşük doz grubu [YQHXD(L)]: Modelleme Model grubundaki gibi gerçekleştirildi. Fareler, 8 hafta boyunca garaj yoluyla günde 3,87 g/kg ile YQHXD aldılar; garaj hacmi 10 mL/kg ve çalışma konsantrasyonu 0,387 g/mL idi.
(6) YQHXD orta doz grubu [YQHXD(M)]: Modelleme Model grubundaki gibi yapılmıştır. Fareler, 8 hafta boyunca garaj ile 7,74 g/kg/gün YQHXD aldı, garaj hacmi 10 mL/kg ve çalışma konsantrasyonu 0,774 g/mL oldu.
(7) YQHXD yüksek dozlu grup [YQHXD(H)]: Modelleme Model grubundaki gibi gerçekleştirildi. Fareler, 8 hafta boyunca garaj yoluyla 15,48 g/kg/gün olarak YQHXD aldı; garaj hacmi 10 mL/kg ve çalışma konsantrasyonu 1,548 g/mL oldu.
Patolojik değişiklikler
Fare kaudal IVD dokusu cerrahi olarak izole edildi ve IVD ile çevresindeki kas dokularında değişiklikler gözlemlendi. Toplanan doku daha sonra patolojik kesitlere işlenmiş, örnekler morfolojik gözlem için boyuna kesitlerde hazırlanmıştır. 96 saat formaldehitte sabitlenen kaudal omurga IVD, dekalsifikaedici bir çözelti kullanılarak hızla kalsifikasyon sağlandı, derecelendirilmiş bir alkol serisi ile kurutuldu ve ksilen ile temizlendi. Parafine gömüldükten sonra 5 μm parafin kesitleri hazırlandı. Ksilen ile deparafinizasyon ve bir dizi alkol gradyanıyla dehidrasyon yapıldıktan sonra, bölümler hematoksilin ve eosin ile boyandı. Daha sonra susuz bırakıldılar, temizlendiler ve binildiler. Örnekler, gruplar arasında kaudal IVD yapısındaki morfolojik değişiklikleri incelemek için optik mikroskop altında gözlemlendi. Daha sonra, Masson'ın trikrom boyaması yapıldı. Kesitler 3 dakika boyunca potasyum dikromat çözeltisi ve hematoksilin ile sıralı boyandı, ardından asidik etanol ile farklılaştırıldı ve ardından 10 dakika boyunca Picrosirius Red ile boyandı. 10 dakika fosfortungstik asit ile işlem yaptıktan sonra, bölümler 5 dakika boyunca toluidin mavisiyle boyandı. Susuz kaldıktan sonra, bölümler ksilen ile temizlendi, monte edildi ve kaudal IVD'deki değişiklikleri incelemek için mikroskop altında gözlemlendi.
Serum hedef proteinlerinin ELISA tespiti
Ameliyattan sekiz hafta sonra, fareler inhalasyon izofluranla anestezi edildi ve karın aort kanı toplandı. Çevresel kan örnekleri oda sıcaklığında 1 saat tutuldu ve 1.400 × g sıcaklığında 10 dakika santrifüjlendi. Serum ayrılarak −80 °C'de saklandı ve kullanılana kadar saklandı. Serum AKT1, STAT3 ve Bcl-2 seviyeleri enzim bağlantılı immünosorbent testi (ELISA) ile nicelendirildi. Testler üreticilerin protokollerine göre yapıldı. Soğurma 450 nm'de okundu ve konsantrasyonlar standart eğrilerden belirlendi. AKT1, STAT3 ve BCL-2 için tespit aralıkları sırasıyla 0.625–40 ng/mL, 31.25–1000 pg/mL ve 0.16–10 ng/mL idi; hassasiyetler 0.1 ng/mL, 10 pg/mL ve 0.1 ng/mL idi. Tüm serum örnekleri seyreltilmeden analiz edildi ve tüm sonuçlar ilgili standart eğri aralıkları içinde yer aldı. Tüm örnekler ve standartlar çift olarak analiz edildi ve normalizasyon eşit serum hacimlerine göre gerçekleştirildi.
Gen ifade seviyelerinin PCR tespiti
Fare kuyruk omurlarından omurlararası disk dokuları ayrıldı ve her örnekten yaklaşık 20 mg alındı. Dokular sıvı azotta ezildi ve 15 dakika boyunca 500 μL enzimatik olmayan liz tamponunda lizedildi. Toplam RNA daha sonra çıkarıldı ve konsantrasyonu ile saflığı bir spektrofotometre ile ölçüldü. A260/A 280 değerleri 1.8–2.0 olan örnekler analiz için kabul edildi ve RNA konsantrasyonları 500 ng/μL olarak ayarlandı. Ters transkripsiyon üretici protokolüne göre gerçekleştirildi. Akt1, Bcl-2 ve Stat3 mRNA ekspresyonunu ölçmek için gerçek zamanlı PCR sisteminde nicel PCR (qPCR) gerçekleştirildi. Giriş dizileri Tablo 1'de verilmiştir. PCR programı, ilk denaturasyondan oluşuyordu ve 95 °C'de 30 saniye (yaklaşık 30 saniye) sıcaklıkta 40 döngü boyunca 95 °C ve 30 saniye boyunca 60 °C sıcaklıklarla gerçekleştirildi. Ürün özgüllüğünü doğrulamak için amplifikasyondan sonra erime eğrisi analizi yapıldı. Gapdh referans gen olarak kullanıldı ve tüm örnekler üçlü olarak analiz edildi. Primer amplifikasyon verimliliği %90–%110 arasındadır. Göreli gen ifadesi 2−ΔΔCt yöntemiyle hesaplandı.
Protein ifade seviyeleri için Western blotting
Her gruptan fare kaudal omurgalar arası disk dokularından toplam protein izole edildi. Dokular, proteaz inhibitörleriyle desteklenen RIPA tamponunda lizedilmişti. Protein konsantrasyonu BCA protein test kiti kullanılarak ölçüldü ve 2 μg/μL olarak ayarlandı. Eşit protein miktarları (örnek başına 15 μg) %10 SDS-PAGE ile ayrıldı ve 90 dakika boyunca 300 mA sabit akımda ıslak transfer sistemi kullanılarak poliviniliden diflorid (PVDF) zarlarına aktarıldı. Zarlar daha sonra oda sıcaklığında %5 yağsız sütle 1 saat boyunca bloklandı ve AKT1 (1:5.000), STAT3 (1:6.000), Bcl-2 (1:1.500) ve β-aktine (1:4.000) karşı primer antikorlarla 4 °C'de gece boyunca kuluçka altına alındı. TBST yıkamasından sonra, zarlar oda sıcaklığında 1:5.000 derecesinde 1:5.000 seyreltme ile yadağ peroksidaz (HRP) ile konjuge ikincil antikorlarla kuluçka edildi. Protein bantları, geliştirilmiş kemimilüminesans (ECL) reaktifi kullanılarak tespit edildi ve aynı maruz kalma koşullarında jel görüntüleme sistemi ile görüntüler alındı. Bant yoğunlukları ImageJ kullanılarak ölçüldü ve β-aktine normalize edilip göreceli protein ekspresyonunu belirlendi. Her deney bağımsız olarak üçlü olarak gerçekleştirildi ve her örnek farklı bir hayvandan alındı.
İstatistikler
Sonuçlar ortalama ± standart sapma (SD) olarak ifade edilir. Gruplar arasındaki farklar, tek yönlü varyans analizi (ANOVA) ile değerlendirildi, ardından en az anlamlı fark (LSD) sonrası test yapıldı. İstatistiksel anlamlılık P < 0.05 olarak tanımlandı.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Çalışmadan çıkarılan sonuçlar
Bu çalışma, YQHXD'nin LDD'ye karşı potansiyel koruyucu etkilerini araştırmak için ağ farmakolojisi, moleküler kenetlenme, moleküler dinamik simülasyonları ve in vivo deneyleri bir araya getirdi. Sonuçlar, YQHXD'nin en azından kısmen AKT1/STAT3/BCL-2 sinyal ekseninin düzenlenmesiyle etki gösterebileceğini göstermektedir; bu ekspresyon azalmış STAT3 ekspresyonu ve artan AKT1 ile Bcl-2 ifadesiyle karakterize edilmiştir. Histolojik v...
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Geleneksel Çin bitkisel ilaçlarının anti-inflamatuar, analjezik ve kan dolaşımı teşvik edici aktiviteler dahil farmakolojik etkiler gösterdiğibildirilmiştir 19. Önceki çalışmalar, YQHXD'nin öncü formülü olan Xiaosui Huahe Demlendirmesinin, çekirdek pulposus (NP) rezorpsiyonunu ve IVD emilimini etkileyerek kütle IVD fıtığının rezorpsiyonunuteşvik edebileceğini öne sürmüştür 20; ancak altta yatan moleküler mekanizmalar belirsizdir. Mevcut çal...
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yazarların beyan edecek çıkar çatışmaları yoktur.
Bu çalışmanın tüm aşamalarında yardımları için Suzhou TCM Hastanesi Bağlı Suzhou TCM Hastanesi'nden Dr. Jintao Liu'ya teşekkür ederiz. Bu çalışma, Çin Ulusal Doğa Bilimleri Vakfı (82474529) tarafından alınan bir hibe ile desteklendi; Liu 2024, Çin Ulusal Doğa Bilimleri Vakfı Projesi (82374220); Jiang 2023, Jiangsu Eyaleti Doğa Bilimleri Vakfı (NO. BK20250396); Jiangsu eyaleti Geleneksel Çin Tıbbı Bilim ve Teknoloji Geliştirme Planı Projesi (NO. QN202419); Suzhou Uygulamalı Temel Araştırma (tıp ve sağlık) bilim ve teknoloji yeniliği projesi (NO. SYWD2024154); Jiangsu Eyaleti Geleneksel Çin Tıbbı Teknolojisi Geliştirme Projesi (MS2022080); Jiangsu Eyaleti'nde geleneksel Çin Tıbbında Önde Gelen Yeteneklerin Üçüncü Grubu (Su TCM Science and Education [2023] No. 17); Jiangsu Eyaleti Bilim ve Eğitim Yetenek Geliştirme Projesi: Jiangsu Eyaleti Tıbbi Anahtar Disiplin ve Tıbbi Anahtar Laboratuvar İnşaat Projesi (Suwei Bilim ve Eğitim [2022] No. 17); Jiangsu Eyaleti Doğa Bilimleri Vakfı Projesi (No: BK20241802); 2022 Suzhou Bilim ve Teknoloji Geliştirme Planı'nın 29. Partisi (Yeni Anahtar Laboratuvar İnşası) Projesi (SZS2022019); Guangxi Üniversitesi Genç ve Orta Yaşlı Öğretmenlerin Temel Araştırma Yeteneği Geliştirme Projesi Yuan Chai'ye (2024KY0300); Guangxi Zhuang Özerk Bölgesi Geleneksel Çin Tıbbı İdaresi Kendi Kendini Finanse Eden Bilimsel Araştırma Projesi (GXZYA20240113); Guangxi Geleneksel Çin Tıbbı Üniversitesi Üniversite düzeyindeki Araştırma Projesi'nden Yuan Chai'ye (2023QN010) verilen bir hibe; Guangxi Zhuang Özerk Bölgesi'nde Üniversite Öğrencileri için Yenilik Eğitim Projesi'nden Yongyuan Li'ye (202410600022) bir hibe verildi; Guangxi Çin Tıbbı Üniversitesi öğrencileri için Yenilik Eğitim Projesi'nden Sujie Liu'ya (X202410600062) bir hibe verildi; Guangxi Çin Tıp Üniversitesi öğrencileri için Yenilik Eğitim Projesi'nden Mengfei Lin'e (S202410600084) bir hibe
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| %0,5 sodyum karboksimetilselüloz (CMC-Na) | Belirtilmedi | Celecoxib süspansiyonunu gavaj için hazırlamak için kullanılan araç. | |
| 21 G iğne | Belirtilmedi | Kaudal omurlararası disk ponksiyonu için kullanılır. | |
| 2&Times; Evrensel Mavi SYBR Yeşil qPCR Master Mix | Servicebio Technology Co., Ltd., Wuhan | G3326 | qPCR amplifikasyon reaktifi. |
| %30 akrilamid/bis-akrilamid jel çözeltisi (29:1) | Solarbio Co., Ltd. | SDS-PAGE için jel hazırlama çözeltisi; Orijinal malzemeler tablosunda %30/29:1 jel çözeltisi olarak listelenmiştir. | |
| 3D donmuş öğütme makinesi | Servicebio Technology Co., Ltd., Wuhan | Doku homojenizasyonu/öğütme için kullanılır. | |
| 4 kez; SDS-PAGE konsantre jel tamponu (pH 6.8) | Solarbio Co., Ltd. | Western blot jel hazırlama reaktiv. | |
| Asidik etanol | Belirtilmedi | Histolojik boyama farklılaştırma için kullanılır. | |
| ACPYPE | ACPYPE projesi | Ligand topoloji dosyalarını GROMACS uyumlu bir formata dönüştürmek için kullanılır. | |
| AKT1 ELISA kiti | Hangzhou UpingBio Technology Co., Ltd. | SYP-R1928 | Serum AKT1 seviyelerini ölçmek için kullanılır; tespit aralığı 0.625&nNDash; 40 ng/mL. |
| AM1-BCC şarj yöntemi | Anteroom/AMBER Tools | Ligand atom yükü hesaplaması için kullanılır. | |
| Amber14SB kuvvet alanı | AMBER kuvvet alanı | Moleküler dinamik simülasyonunda kullanılan protein kuvvet alanı. | |
| Angelica sinensis kökü | Jianshou Eczanesi, Nanning, Guangxi, Çin | Parti No. 20250503 | YQHXD botanik bileşeni; Reçete başına 20 gram. |
| Ansusuz etanol | Tianjin Aopusheng Kimya Şirketi, Ltd. | Doku işleme/dehidrasyonda kullanılır. | |
| Anteroom | AMBER Tools | Ligand yükü hesaplaması ve atom tipleme için kullanılır. | |
| Anti-AKT1 antikor | Wuhan Sanying Co., Ltd. | Western blotting için birincil antikor; seyreltme 1:5.000. | |
| Anti-Bcl-2 antikor | Wuhan Sanying Co., Ltd. | Western blotting için birincil antikor; seyreltme 1:1.500. | |
| Anti-STAT3 antikor | Wuhan Sanying Co., Ltd. | 10253-2-AP | Western blotting için birincil antikor; Sulandırma 1:6.000. |
| APS reaktifi | Beyotime/Biyuntian Şirketi. | Western blot jel polimerizasyon reaktifi. | |
| Astragalus membranaceus kökü | Jianshou Eczanesi, Nanning, Guangxi, Çin | Parti No. 20250405 | YQHXD botanik bileşeni; Reçete başına 20 gram. |
| Otoklav | SANYO, Japonya | Sterilizasyon ekipmanı. | |
| AutoDock Vina motoru | AutoDock/Vina projesi | CB-Dock2 içinde kullanılan kenetlenme motoru. | |
| BCA protein test kiti | Solarbio Co., Ltd. | Western blotting'den önce protein konsantrasyonunu belirlemek için kullanılır. | |
| BCL-2 ELISA kiti | Wuhan İnce Biyoteknoloji A.Ş., Ltd. | PMK1545 | Serum Bcl-2 seviyelerini ölçmek için kullanılır; tespit aralığı 0.16&nNNTT.; 10 ng/mL. |
| Bupivakain | Belirtilmedi | Ameliyat öncesi kullanılan lokal infiltrasyon anestezi. | |
| CB-Dock2 | CB-Dock2 web sunucusu | Otomatik kör moleküler kenetlenme platformu. | |
| Celecoxib | Sichuan New Ston İlaç Şirketi, Ltd. | H20233911 | Pozitif kontrol ilaç; Gavaj ile günde 20 mg/kg. |
| Chaenomeles speciosa meyvesi | Jianshou Eczanesi, Nanning, Guangxi, Çin | Parti No. 231001 | YQHXD botanik bileşeni; Reçete başına 15 g. |
| Sitoscape | Sitoscape Konsorsiyumu | Sürüm 3.9.0 | Ağ diyagramları oluşturmak ve analiz etmek için kullanılır. |
| DAB kromojenik reaktif kiti (20 kez;) | Pekin Zhongshan Altın Köprü Biyoteknoloji Şirketi, Ltd. | Mevcut materyaller tablosunda listelenmiştir. | |
| DAVID | Ulusal Kanser Enstitüsü | Sürüm 6.8 | Açıklama, Görselleştirme ve Entegre Keşif Veritabanı; GO ve KEGG zenginleştirme analizi için kullanılır. |
| Kireçlenme çözümü | Pekin Zhongshan Altın Köprü Biyoteknoloji Şirketi, Ltd. | Kuyruk omurgalı IVD dokusunun kalsifikasyonu için kullanılır. | |
| Renk giderme çalkalayıcı | Liu Yi Biyoteknoloji A., Ltd., Pekin | Laboratuvar sarsıcısı. | |
| DEPC su | Wuhan Sanying Co., Ltd. | RNA çalışması/reaktif hazırlığı. | |
| Dijital radyografi görüntüleme sistemi | Belirtilmedi | Ameliyat sonrası radyografik model doğrulaması için kullanılır. | |
| Distile su | Belirtilmedi | Araç/kontrol gavaji ve YQHXD dekoksiyon hazırlığı. | |
| ECL kemimilüminesans substrat | Biosharp Co. | Western Blot sinyal algılama reagenti. | |
| EDTA antijen geri alma çözeltisi (pH 8.0) | Pekin Zhongshan Altın Köprü Biyoteknoloji Şirketi, Ltd. | Mevcut materyaller tablosunda listelenmiştir. | |
| Elektroforez cihazı | Belirtilmedi | SDS-PAGE elektroforezi için kullanılır. | |
| Elektroforez tamponu | Servicebio Co. | Western blot elektroforezi çözeltisi. | |
| FM40 buz makinesi | Changliu Bilimsel Aletler A., Ltd., Pekin | Buz yapıcısı. | |
| Formaldehit | Belirtilmedi | Kaudal omur IVD dokusu için kullanılan fiksator. | |
| GAFF2 atom türleri | AMBER Tools | Moleküler dinamik simülasyonlarında kullanılan ligand atom tipleri. | |
| Jel görüntüleme sistemi | Tianen Scientific, Şanghay | Western blot görüntüleri yakalamak için kullanıldı. | |
| GeneCards | Weizmann Bilim Enstitüsü | Sürüm 5.26 | Hastalıkla ilişkili hedefleri almak için kullanılan insan gen veritabanı. |
| gmx_MMPBSA | gmx_MMPBSA projesi | Uygun olduğunda MM-PBSA bağlama serbest enerji tahmini için kullanılır. | |
| GraphPad Prizması | GraphPad Yazılımı | Sürüm 8.0 | Yazarların önceki el yazması versiyonunda listelenen istatistik/grafik yazılımı. |
| Boncukları öğütme | Servicebio Technology Co., Ltd., Wuhan | Doku öğütme/homojenleştirme için kullanılır. | |
| GROMACS | GROMACS geliştirme ekibi | Sürüm 2022.2 | Moleküler dinamik simülasyonları için kullanılır. |
| Hematoksilin ve eozin boyama reaktifleri | Belirtilmedi | Kuyruk IVD kesitlerinin HE boyamasında kullanılır. | |
| Yüksek hızlı santrifüj | Eppendorf, Almanya | Laboratuvar santrifüj. | |
| Yüksek hızlı düşük sıcaklıklı doku öğütücü | Servicebio, Çin | Düşük sıcaklıkta doku öğütme için kullanılır. | |
| Yatay silkeleyici | Chirinbell Şirketi | Laboratuvar sarsıcısı. | |
| HRP etiketli keçi anti-tavşan antikoru | Servicebio Co. | Western blotting için ikincil antikor; seyreltme 1:5.000. | |
| HyperScript III RT SuperMix için gDNA Çıkarıcı ile qPCR | Servicebio Technology Co., Ltd., Wuhan | Ters transkripsiyon reaktifi mevcut materyal tablosunda listelenmiştir. | |
| Buz yapıcı | SIMAG, Çin | Buz yapıcısı. | |
| ImageJ | Ulusal Sağlık Enstitüleri | Western blot bandı yoğunluğu ölçmesi için kullanılır. | |
| Ters biyolojik mikroskop | Olimpos, Japonya | Lekeli kesitlerin mikroskopisi için kullanılır. | |
| İzofluran | Belirtilmedi | Shalasyon anestezi/ötenazi ajanı. | |
| İzopropanol reaktifi | Çin Ulusal İlaç Grubu Kimyasal Reaktif Şirketi, Ltd. | RNA ekstraksiyon reaktifi. | |
| Joung-Cheatham iyon parametreleri | Geçerli değil | Moleküler dinamik simülasyonları için kullanılan iyon parametre seti. | |
| Ligusticum chuanxiong köksapı | Jianshou Eczanesi, Nanning, Guangxi, Çin | Parti No. 20250301 | YQHXD botanik bileşeni; Reçete başına 15 g. |
| Sıvı azot | Belirtilmedi | RNA çıkarımından önce doku öğütmek için kullanılır. | |
| Düşük hızlı santrifüj | Eppendorf, Almanya | Serum ayırma ve diğer düşük hızlı santrifüj adımları için kullanılır. | |
| Masson'ın trikrom boyama çözümü | Belirtilmedi | Kuyruk IVD kesitlerinin Masson boyamasında kullanılır. | |
| Mikroplaka okuyucu (TECAN) | TECAN, İsviçre | 450 nm'de absorbans ölçümü için kullanılır; Mevcut materyaller tablosunda listelenmiştir. | |
| Mikroplaka okuyucu (Thermo Fisher Scientific) | Thermo Fisher Scientific, ABD | Çok fonksiyonlu mikroplaka okuyucu, mevcut malzemeler tablosunda listelenmiştir. | |
| Microsoft Excel/elektronik tablo yazılımı | Microsoft | Tekrarlanan hedef girişleri kaldırmak ve tablo verileri yönetmek için kullanılır. | |
| NanoDrop 2000 spektrofotometre | Thermo Fisher Scientific, ABD | RNA konsantrasyonu ve saflığını ölçmek için kullanılır. | |
| Enzimatik olmayan lizis tamponu | Belirtilmedi | RNA çıkarımından önce doku lizisi için kullanılır. | |
| OMIM | Johns Hopkins Üniversitesi Tıp Fakültesi | Çevrimiçi Mendel Mirası İnsan; hastalıkla ilişkili hedefleri almak için kullanılır. | |
| Çevrimiçi biyoinformatik çizim platformu | Belirtilmedi | GO ve KEGG çubuk grafikleri oluşturmak için kullanılırdı. | |
| PAGE jel polimerizasyon ajanı | Solarbio Co., Ltd. | Western blot jel hazırlama reaktiv. | |
| Parafin | Belirtilmedi | Histolojik kesitler için gömülü ortam. | |
| Akt1, Bcl-2, Stat3 ve Gapdh için PCR primerleri | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd. | Primer dizileri Tablo 1'de listelenmiştir. | |
| PDB | RCSB PDB | Protein Veri Bankası; hedef proteinlerin 3D yapılarını elde etmek için kullanılır. | |
| Fosforil/proteaz inhibitörleri | Servicebio Co. | Protein ekstraksiyonu için RIPA liz tamponuna eklendi. | |
| Fosfortungstik asit | Belirtilmedi | Masson boyamasında kullanılır. | |
| Picrosirius Red | Belirtilmedi | Masson boyamasında kullanılır. | |
| Poliviniliden diflorür membranı (0.45 μ m) | Servicebio Co. | Western blot transferi için kullanılan PVDF zarı. | |
| Pozitif kontrollü ilaç aracı | Belirtilmedi | Celecoxib için %0,5 CMC-Na süspansiyon araç. | |
| Povidon-iyot | Belirtilmedi | Cerrahi bölge dezenfeksiyonu için kullanılır. | |
| Protein belirteci | Thermo Fisher Scientific, ABD | Western blotting için moleküler ağırlık belirteci. | |
| Protein transfer cihazı | Bio-Rad, ABD | Western blotting için ıslak transfer ekipmanı. | |
| Protein transfer modülü (ıslak transfer) | Bio-Rad, ABD | Western Blot ıslak transfer modülü. | |
| PubChem | Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi (NCBI) | Bileşik yapıların SMILES/SDF dosyalarını elde etmek için kullanılır. | |
| Saf su hazırlama sistemi | Le Feng Biotechnology Co., Ltd., Şanghay | Saf su hazırlamak için kullanılır. | |
| PyMOL | Schrö dinger, LLC | Moleküler dinamikler/kenetlenme çıktılarının görselleştirmesi ve analizi için kullanılır. | |
| qPCR gerçek zamanlı PCR sistemi | Uygulamalı Biyosistemler QuantStudio, ABD | Nicel PCR amplifikasyonu için kullanılır. | |
| RIPA doku/hücre lizis tamponu | Solarbio Co., Ltd. | Toplam protein ekstraksiyonu için kullanılır. | |
| RNA çözünürtme çözümü | Servicebio Technology Co., Ltd., Wuhan | RNA reaktifi işliyor. | |
| Döner evaporatör | Belirtilmedi | Birleşik YQHXD filtratlarını azaltılmış basınç altında konsantre etmek için kullanılır. | |
| Sinapis alba olgunlaşan tohumlar | Jianshou Eczanesi, Nanning, Guangxi, Çin | Parti No. 20240801 | YQHXD botanik bileşeni; Reçete başına 10 gram. |
| Sprague-Dawley fareleri | Şanghay Slack Deneysel Hayvan Şirketi, Ltd. | SCXK (Şanghay) 2022-0004 | Yetmiş erkek fare, 3 yaşında; 8 hafta, kaudal disk ponksiyon modeli için kullanıldı. |
| SPSS | IBM, ABD | Sürüm 21.0 | Yazarların önceki el yazması versiyonunda listelenen istatistiksel yazılım. |
| STAT3 ELISA kiti | Hangzhou UpingBio Technology Co., Ltd. | SYP-R1555 | Serum STAT3 seviyelerini ölçmek için kullanılır; tespit aralığı 31.25&NDASH; 1000 pg/mL. |
| Stephania tetrandra kökü | Jianshou Eczanesi, Nanning, Guangxi, Çin | Parti No. 230301 | YQHXD botanik bileşeni; Reçete başına 6 g. |
| Steril gazlı bez | Belirtilmedi | Modelleme sonrası delme noktasını korumak için kullanıldı. | |
| STRING | STRING Konsorsiyumu | Sürüm 12.0 | Protein-protein etkileşim ağı platformu. |
| SweScript All-in-One RT SuperMix for qPCR | Servicebio Technology Co., Ltd., Wuhan | G3337 | Ters transkripsiyon reaktifi mevcut materyal tablosunda listelenmiştir. |
| SwissTargetTahmini | SIB İsviçre Biyoinformatik Enstitüsü | Bileşik potansiyel hedeflerini tahmin etmek için kullanılır. | |
| TBST tamponu | Belirtilmedi | Western blotting sırasında membran yıkama için kullanılır. | |
| TCMSP | Biyoinformatik Merkezi, Yaşam Bilimleri Fakültesi, Kuzeybatı A& F Üniversitesi | Sürüm 2.3 | Geleneksel Çin Tıp Sistemleri Farmakoloji Veritabanı; Çin bitkisel bileşiklerinin aktif bileşenlerini elde etmek için kullanılır. |
| TIP3P su modeli | Geçerli değil | Moleküler dinamik simülasyonlarında kullanılan su modeli. | |
| Toluidin mavisi | Belirtilmedi | Masson boyamasında kullanılır. | |
| Transfer tamponu | Servicebio Co. | Western blot transfer buffer. | |
| TriQuick reaktifi | Servicebio Technology Co., Ltd., Wuhan | RNA ekstraksiyon reaktifi. | |
| TRIzol reaktifi | Belirtilmedi | El yazmasında bahsedilen toplam RNA ekstraksiyon reaktifi. | |
| TTD | Hong Kong Çin Üniversitesi (IDRBLab) | Terapötik Hedef Veritabanı; hastalıkla ilişkili hedefleri almak için kullanılır. | |
| Venny | BioinfoGP, CNB-CSIC | Sürüm 2.1.0 | YQHXD ve LDD arasında örtüşen hedefleri belirlemek için kullanılır. |
| Verlet kesme şeması | GROMACS | Moleküler dinamik simülasyonlarında kullanılan bağsız etkileşim şeması. | |
| Dikey elektroforez cihazı | Bio-Rad, ABD | SDS-PAGE için kullanılır. | |
| VMD | Illinois Üniversitesi Urbana-Champaign | Moleküler dinamik çıktılarının görselleştirmesi ve analizi için kullanılır. | |
| Islak transfer sistemi | Bio-Rad, ABD | Western blotting'de protein transferi için kullanılır. | |
| X-ışını floroskopi sistemi | Belirtilmedi | Punkin modelleme sırasında kaudal IVD seviyelerini belirlemek için kullanılır. | |
| Ksilen | Belirtilmedi | Histoloji sırasında deparafinizasyon/temizleme için kullanılır. | |
| β-aktin primer antikor | Wuhan Sanying Co., Ltd. | Western blotting için yükleme kontrol birincil antikor; seyrelme 1:4.000. |