d2EGFP-T2A-hTERT modRNA, destabilize edilmiş bir EGFP (d2EGFP) raporunun, kendi kendini kesen bir T2A peptidi aracılığıyla insan TERT'e bağlandığı hibrit bir açık okuma çerçevesi olarak tasarlanmıştır. Tüm konstrüktların tam nükleotid ve protein dizileri Ek Dosya 1'de verilmiştir. Translasyonel verimliliği ve mRNA stabilitesini artırmak için kodlama dizisi, sentetik bir 5′ çevrilmeyen bölge (UTR) ve insan β-globinin 3′ UTR'si ile çevrelenmiştir (Şekil 1A). Ekspresyon kaseti ayrıca T7 polimeraz prosesivitesini iyileştirmek ve erken transkripsiyon sonlanmasını azaltmak için tasarlanmış sentetik bir enzim stabilize edici dizi (Es) ve sentetik bir transkripsiyon artırıcı dizi (TEs) içermektedir. Bir T7 promotörünün aşağısına klonlanmayı takiben, anti-reverse cap analoğu (ARCA) ve modifiye nükleotidler (m5CTP ve ΨUTP) kullanılarak in vitro transkripsiyon gerçekleştirilmiş, ardından başlığı olan, poliadenile edilmiş, yüksek bütünlüklü d2EGFP-T2A-hTERT modRNA üretmek için enzimatik poli(A) kuyruğu eklemesi (yaklaşık 120–20 nt) yapılmıştır (Şekil 1A).
Otomatik elektroforetik RNA analizi, transkriptin verimli bir şekilde sentezlendiğini doğrulamış ve farklı girdi miktarları genelinde, minimal degredasyon ürünleri ile birlikte beklenen boyutta baskın bir RNA türü olduğunu ortaya koyarak tam uzunlukta modRNA'nın başarıyla üretildiğini göstermiştir (Şekil 1B). Erken senesens aşamasındaki LF1 fibroblastlarının 2 µg/mL d2EGFP-T2A-hTERT modRNA ile transfeksiyonunun ardından, hTERT proteini 24 saat içinde saptanabilir hale gelmiş ve 48–96 saat boyunca yüksek seviyelerde kalmaya devam ederek sentetik transkriptin sürekli translasyona uğradığını göstermiştir (Şekil 1C). Bağlı d2EGFP raporerinin analizi, ters transfeksiyondan sonra güçlü bir floresan sinyal ortaya koyarken, düz transfeksiyon sonrasında önemli ölçüde daha düşük floresans gözlemlenmiştir (Şekil 1D,E). Bu bulgular, erken senesens aşamasındaki LF1 fibroblastlarında ters transfeksiyon yaklaşımının kullanılmasıyla hTERT modRNA'nın iletim ve ekspresyonunun arttığını göstermektedir.
Erken senesen LF1 fibroblastlarının d2EGFP-T2A-hTERT modRNA ile 5 günlük aralıklarla tekrarlanan ileri transfeksiyona (FT) tabi tutulması, monokrom multipleks kantitatif PCR (MMqPCR) ile ölçüldüğü üzere, yalancı transfekte edilmiş kontrollere kıyasla ortalama telomer uzunluğunda (rT/S) kademeli bir artış sağlamıştır (Şekil 2A). rT/S oranı her FT döngüsünden sonra artmış ve istatistiksel anlamlılık *P < 0,05'ten **P < 0,01'e yükselmiştir.
Aynı dozaj programının ters transfeksiyon (RT) kullanılarak uygulanması, telomer uzunluğunda daha belirgin bir artışla sonuçlanmıştır. rT/S oranı her RT döngüsü sonrası artmış ve yalancı transfekte kontrollere kıyasla yüksek düzeyde anlamlı farklara ulaşmıştır (*P < 0.05 ile ****P < 0.001 arası) (Şekil 2B). Üç tedavi döngüsü sonrası FT ve RT'nin doğrudan karşılaştırılması, her iki yaklaşımın da yalancı transfekte kontrollere kıyasla rT/S değerlerini anlamlı şekilde artırdığını göstermiştir; ancak, özdeş dozaj ve zamanlama koşulları altında RT, FT'den daha fazla artış sağlamıştır (*P < 0.05, ***P < 0.001, ****P < 0.01) (Şekil 2C).
Uzun süreli büyüme analizi, hTERT modRNA'nın tekrarlı iletiminin replikatif yaşam süresini uzattığını daha detaylı bir şekilde göstermiştir (Şekil 2D). Bir, iki veya üç tedavi döngüsü alan hücreler, yalancı transfekte kontrol gruplarına kıyasla kademeli olarak daha fazla kümülatif popülasyon katlanması sergilemiştir. Üç tur hTERT modRNA tedavisi alan kültürler, özellikle RT yoluyla, yaklaşık 250 gün boyunca kontrol büyüme eğrilerinden en büyük sapmayı göstermiştir (****P < 0.001'e kadar). Popülasyon katlanması hesaplamaları Ek Dosya 2'de gösterilmektedir.
d2EGFP-T2A-hTERT modRNA ile transfekte edilen erken senesent LF1 fibroblastları, transfeksiyondan 48 sa sonra güçlü TRAP merdivenleşmesi gösterirken; mock ve eGFP-modRNA ile işlem görmüş hücreler sadece arka plan sinyali sergilemiştir, bu da telomeraz aktivitesinin ekzojen hTERT ekspresyonundan kaynaklandığını göstermektedir (Şekil 3A). Isıl ön işlem merdivenleşme paternini ortadan kaldırmış ve böylece assay spesifikliğini doğrulamıştır (Şekil 3B).
Zaman seyri analizi, telomeraz aktivitesinin transfeksiyondan sonra 24 ila 48 saat arasında zirveye ulaştığını ve ardından azalarak 72–96 saat civarında neredeyse bazal seviyelere döndüğünü göstermiştir (Şekil 3C). hTERT modRNA konsantrasyonunun 50'den 3.0 ng/mL'ye çıkarılması, TRAP sinyal yoğunluğunda buna paralel bir artış sağlamış ve doza bağlı telomeraz aktivasyonunu kanıtlamıştır (Şekil 3D).
Yabani tip, katalitik olarak inaktif (CI) ve nükleer lokalizasyon sinyali eksik (ΔNLS) hTERT konstrüktları kullanılarak yapılan fonksiyonel analizler, yalnızca yabani tip hTERT'nin güçlü telomeraz aktivitesi oluşturduğunu göstermiştir. Benzer iletim koşullarına rağmen, hem CI hem de ΔNLS varyantları karşılaştırılabilir bir aktivite indüklemede başarısız olmuştur (Şekil 3E). Bu bulgularla tutarlı olarak, MMqPCR analizi, ortalama telomer uzunluğunda belirgin bir artışın (rT/S ≈ 1,4) yalnızca yabani tip hTERT modRNA alan hücrelerde meydana geldiğini ortaya koymuştur. CI-hTERT, ΔNLS-hTERT veya mock işlem uygulanan hücreler bazal seviyelerde kalmıştır (rT/S ≈ 0,3; ****P < 0,01) (Şekil 3F).
5 günlük aralıklarla hTERT modRNA ile gerçekleştirilen üç ardışık ters transfeksiyon döngüsü, senesans ilişkili β-galaktosidaz pozitif hücrelerin oranını önemli ölçüde azaltmıştır. Pozitif hücrelerin yüzdesi, son transfeksiyondan 15 gün sonra, mock-işlem görmüş kültürlerdeki yaklaşık %85'ten, hTERT-işlem görmüş kültürlerde yaklaşık %40'a düşmüştür (***P < 0.01) (Şekil 4A).
Konfokal immünboyama, üç tur hTERT ters transfeksiyonu uygulanan hücrelerde, sham işlem görmüş kontrollere kıyasla artmış Ki67 ekspresyonu ortaya koyarak proliferatif aktivitenin arttığını göstermiştir (Şekil 4B). RT-qPCR analizi, hTERT tedavisi sonrası yaşlanma ile ilişkili belirteçler olan p16 ve p21'in ekspresyonunun azaldığını daha ayrıntılı olarak göstermiştir. Sham işlem görmüş erken evre senesent hücrelere kıyasla, p16 ekspresyonu yaklaşık 2,3 katdan 0,7 kata, p21 ekspresyonu ise yaklaşık 1 katdan 6 kata düşmüştür (**P < 0,01; ****P < 0,01) (Şekil 4C,D). Ek Şekil 1, yalnızca klorokin (CQ) veya Y-27632 ile yapılan tedavinin, sham transfekte edilmiş hücrelerde p16 veya p21 ekspresyonunu anlamlı düzeyde değiştirmediğini ayrıca göstermektedir. Buna karşın, üç tur hTERT ters transfeksiyonu sırasında CQ ve Y-27632 kombinasyonunun kullanımı, yalnızca hTERT ters transfeksiyonuna veya her bir ajanın tek başına kullanımına kıyasla hem p16 hem de p21 ekspresyonunda en büyük azalmayı sağlamış; tekil ajan tedavileri ise orta düzeyde etkiler oluşturmuştur. Bu bulgular, CQ ve Y-27632'nin kombine kullanımının, hTERT mRNA ters transfeksiyonu sonrası yaşlanma ile ilişkili belirteç ekspresyonundaki azalmayı artırdığını göstermektedir. Birlikte değerlendirildiğinde bu bulgular, tekrarlanan hTERT mRNA ters transfeksiyonunun telomer uzamasını teşvik ettiğini, yaşlanma ile ilişkili belirteçleri azalttığını ve erken senesent LF1 fibroblastlarında proliferatif özellikleri artırdığını kanıtlamaktadır.

Şekil 1: Erken senese evresindeki LF1 fibroblastlarında d2EGFP‑T2A‑ hTERT mRNA'nın tasarımı, sentezi ve fonksiyonel doğrulanması. (A) hTERT ve destabilize edilmiş EGFP'nin eş zamanlı ekspresyonu için T2A peptitine bağlı d2EGFP kasetini içeren hibrit hTERT mRNA konstrüktünün şematik tasarımı. d2EGFP-T2A-hTERT ORF, insan β globin geninin (HBB) 3' UTR bölgesi ve sentetik 5' UTR bölgesi ile çevrelenmiştir. mRNA, modifiye edilmiş nükleotidler kullanılarak sentezlenmiş ve son olarak bir poli (A) kuyruğu eklenmiştir. (B) ... kullanılarak yüksek bütünlüğe sahip d2EGFP-T2A-hTERT mRNA'sının etkin sentezi in vitro otomatik elektroforetik RNA analizi ile analiz edilen transkripsiyon. (C) ...transfeksiyonu sonrası otomatik kapiler tabanlı bir immunassay kullanılarak hTERT protein ekspresyonunun zaman seyri analizi 2 µg/mL d2EGFP-T2A-hTERT mRNA'sının. (Dİleri transfection (FT) ve ters transfection (RT) arasındaki EGFP ekspresyonu ile değerlendirilen d2EGFP-T2A-hTERT mRNA transfection'ın etkinliği ve ekspresyonu, erken senesen primer diploid fibroblastlarda (LF1) incelenmiştir. Ölçek çubuğu = 10 µm. (E) Doğru veya ters transfeksiyondan sonra eGFP sinyalinin ortalama floresan yoğunluğu (MFI) kantifikasyonu. Her koşul için, 5 biyolojik tekrardan 4 farklı alanı kapsayan toplam 20 bireysel görüntü analiz edilmiştir. Veriler ortalama ± SD olarak sunulmuştur. **P < 0,01; Welch düzeltmeli eşleştirilmemiş t-testi ile değerlendirilmiştir. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 2Erken senesen LF1 fibroblastlarında tekrarlanan ileriye yönelik ve tersine hTERT mRNA transfeksiyonu sonrası telomer uzunluğu dinamikleri ve proliferatif yaşam süresi. (AOrtalama telomer uzunlukları (rT/S), Telomere MMqPCR kullanılarak belirlenmiştir. Erken senesans evresindeki fibroblastlar, Populasyon İkiye Katlanma (PD) #76'dan başlayarak 5 günlük aralıklarla art arda üç kez d2EGFP-T2A-hTERT mRNA ile ileri transfeksiyona (FT) tabi tutulmuştur. Hata çubuğu SEM'i göstermektedir; n = 5 biyolojik tekrardır; *P < 0.05, **P < 0,01; yalnızca mock ile işlem görmüş hücrelerle karşılaştırıldığında. (B) şuna benzer (A), erken senesen hücreler Populasyon İkiye Katlanma (PD) #76'dan başlayarak 5 günlük aralıklarla üst üste üç kez d2EGFP-T2A-hTERT mRNA ile transfekte edildiğinde (RT) rT/S değerleri değerlendirildi. Hata çubuğu SEM'i temsil etmektedir; n = 7 biyolojik tekrar; *P < 0.05, ****P < yalnızca mock ile işlem görmüş hücrelerle karşılaştırıldığında 0,001 (C) 5 günlük aralıklarla art arda gerçekleştirilen 3 ileri ve geri transfeksiyondan veya sadece yalancı (mock) uygulamadan sonraki ortalama telomer uzunluğu (rT/S) karşılaştırması. Hata çubuğu SEM'i temsil etmektedir; n = 10 biyolojik replika; *P < 0.05, ***P < 0.001, ****P < 0.0001. (D) ile transfekte edilmiş LF1 fibroblastlarının büyüme eğrileri 2 µg/ml PD# 76'dan başlayarak 5 günlük aralıklarla bir, iki veya üç kez ardışık olarak d2EGFP-T2A-hTERT mRNA veya sadece mock uygulaması. Siyah oklar tedavi zamanlarını göstermektedir. Büyüme eğrileri, her popülasyon üç paralel kültürde yetiştirilmek üzere üç kez tekrarlanmıştır. Biyolojik örnek başına 3 teknik tekrarlanma yapılmış olup veriler ortalama ± SD olarak sunulmuştur. *P < 0.05, **P < 0.01; ****P < Brown-Forsythe ve Welch’in ANOVA testi ile değerlendirildiği üzere 0,01 Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 3Katalitik olarak aktif, nükleusa lokalize hTERT mRNA'sı, erken senesens aşamasındaki LF1 fibroblastlarında ölçülebilir telomer uzamasını teşvik etmek için tek başına yeterli olan, geçici ve doz bağımlı bir telomeraz aktivite artışını tetikler. (AErken senesans evresindeki hücreler; mock, eGFP veya d2EGFP-T2A-hTERT mRNA ile transfekte edildi. Transfeksiyondan 48 saat sonra 20.0 hücreden hücre ekstraktı hazırlandı ve TRAP analizine tabi tutuldu. Reaksiyon ürünleri native PAGE üzerinde yürütüldü ve SYBR Green ile boyandı.B) TRAP analizi kullanılarak ölçülen ısı aracılı telomeraz inaktivasyonu. (ChTERT mRNA transfeksiyonu sonrası erken senesent LF1 hücrelerinde telomeraz aktivitesinin zaman içindeki analizi, aktivitenin 72 saat içinde bazal seviyeye döndüğünü göstermiş ve bu durum geçici enzim aktivasyonuna işaret etmiştir.DErken senese fazındaki LF1 hücrelerine farklı miktarlarda d2EGFP-T2A-hTERT mRNA'sı (0–3.00 ng/mL) uygulanmış ve doza paralel olarak artan telomeraz aktivitesi gözlemlenmiştir.E) Teslimatı 2 µg/ml TERT, erken senesans evresindeki LF1 hücrelerinde telomeraz aktivitesini artırmıştır. ΔNLS, sitoplazmada görev yapıp çekirdeğe transloke olmadığı için telomer uzamasını tetiklemeden telomeraz aktivitesini kısmen artırırken, CI TERT mRNA'sı bu etkiyi oluşturmamış ve bunun farklı fonksiyonel sonuçlara işaret ettiği görülmüştür.F) Fonksiyonel TERT, nükleer lokalizasyon sinyali eksik (ΔNLS) ve katalitik olarak inaktif (CI) TERT ters transfeksiyonunun, erken senesen LF1 hücrelerinin ortalama telomer uzunlukları (rT/S) üzerindeki etkisi; nükleer yerleşimli katalitik olarak aktif TERT'in telomer uzaması üzerindeki önemini göstermektedir. Hata çubuğu SD'yi temsil etmektedir; n = 7 biyolojik tekrar; ****P < Welch düzeltmeli tek yönlü ANOVA ile değerlendirildiğinde, yalnızca mock işlem görmüş hücrelere kıyasla 0,001 olarak belirlenmiştir. RTA%-Relatif telomeraz aktivitesi (kontrolün %'si) her şeridin altında belirtilmiştir. TRAP örnek merdivenleri ile ITAS bandının (iç kontrol- IC) yoğunluk seviyeleri oranı, her şerit için aşağıdaki formül ile hesaplanmıştır: Aktivite normalize edilmiş = Merdiven yoğunluğu/ IC yoğunluğu ve her örnek, aşağıdaki formül kullanılarak pozitif kontrole göre yüzde olarak normalize edilmiştir (pozitif kontrol; H129 2.50 hücre): Göreceli aktivite (%) = Aktivite normalleştirilmiş (örnek)/ Aktivite normalize edilmiş (referans). Her adımda arka plan çıkarma işlemi uygulandı. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.

Şekil 4Optimize edilmiş hTERT mRNA ters transfeksiyonu, erken senesens aşamasındaki LF1 fibroblastlarında senesensle ilişkili fenotipleri kısmen tersine çevir ve proliferatif markerları geri kazandırır. (A) Modifiye hTERT mRNA'sının 5 günlük aralıklarla art arda 3 kez transfekte edilmesinin ardından, β-gal eksprese eden erken senesent LF1 hücrelerinin temsilci görüntüleri. Ölçek çubuğu = 100 µmβ-gal ekspresyonu, son transfeksiyondan 15 gün sonra analiz edildi. Deneyler, üç kez şu şekilde gerçekleştirildi: >Örnek başına 10 hücre manuel olarak değerlendirildi.B) Proliferasyon belirteci Ki67 ile boyanmış, erken evre senesent LF1 hücrelerinin temsilci konfokal (20x büyütme) görüntüleri. Ölçek çubuğu = 100 µmhTERT ile 3 tur ters transfeksiyondan sonra Ki-67 ekspresyonunda belirgin artış. Ki67-pozitif çekirdeklerin yüzdesi 3× hTERT (RT) sonrası önemli ölçüde artar. Grafik, Mock-transfekte edilen duruma göre normalize edilmiş Ki67-pozitif çekirdek sayısının ortalama ± standart sapmasını (SD) temsil etmektedir. Her bir durum için, n = 3 biyolojik replikanın her birinden 6 farklı alan seçilerek toplam 18 görüntü incelenmiştir. ****P < 0.0001. (C) RT-qPCR ile değerlendirilen 3× hTERT aracılı kısmi gençleştirme sonrası senesans belirteç ekspresyonu (n = 6). Tüm veriler ortalama ± SD olarak sunulmuştur. **P < 0.01; ****P < Welch düzeltmeli eşleşmemiş t-testi ile değerlendirildiğinde 0,01. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
| Bileşen | Hacim/Final Konsantrasyon |
| PCR kalıp DNA'sı | 20 –10 ng |
| 10× IVT Tamponu | 2 μL |
| ATP (100 mM) | 2 μL (final konsantrasyon 10 mM) |
| GTP (10 mM) | 1.5 μL (7,5 mM final) |
| CTP (10 mM) | 2 μL (10 mM son konsantrasyon) |
| m1Ψ-5′-TP (10 mM) | 2 μL (10 mM nihai konsantrasyon) (Normal UTP'yi 1:4-2:2 oranında (m1Ψ-5′-TP:UTP) ekleyerek psödo-UTP inklüzyonunu artırabilirsiniz.) |
| ARCA (10 mM) | 4 μL (final 2 mM) |
| RNaz İnhibitörü (40 U/μL) | 0.5 μL (20 U) |
| T7 RNA Polimeraz (50 U/μL) | 2 μL (10 U) |
| Nükleaz içermeyen H₂O | 20 μL |
Tablo 1: Nükleozit-modifiye hTERT mRNA sentezi için in vitro transkripsiyon (IVT) reaksiyonunun bileşimi. ARCA-capped IVT sentezi için kullanılan reaksiyon bileşenleri ve nihai miktarlar listelenmiştir.
| Bileşen | Hacim/Final Konsantrasyon |
| ...ye kadar saflaştırılmış mRNA 5 μg | ≤20 μL |
| 10× Poly(A) Kuyruk ekleme Tamponu | 5 μL |
| ATP (10 mM | 5 μL (1 mM final konsantrasyon) (Zaten tamponun içinde bulunmasına rağmen, ekstra ekleme polia stabilizasyonuna yardımcı olur.) |
| Poly(A) Polimeraz (5 U/μL) | 1 μL (5 U) |
| Nükleaz içermeyen H₂O | Toplamına 50 μL |
Tablo 2: hTERT mRNA'sının post-transkripsiyonel modifikasyonu için kullanılan poly(A)-kuyruklama reaksiyonunun bileşimi. 120–20 nükleotidlik bir poly(A) kuyruğu oluşturulması için gereken reaktif hacimleri ve reaksiyon koşulları gösterilmiştir.
| Parametre | 12 Kuyucuklu Format | 6 Kuyucuklu Format |
| Büyüme Yüzey Alanı | ~3,8 cm² | ~9,5 cm² |
| Kuyu Başına Besiyeri | 1,0 mL | 2,0 mL |
| Hücre Ekim Sayısı | 5× 104–6.5× 104 Hücre/ml | 2,0–2,5 × 10⁵ |
| Ortalama Hücre sayısı (%10 konfluensle) | 5.7× 104–7.2× 104 Hücre/ml | 2,9–3 × 10⁵ |
| mRNA transfeksiyon miktarı | 750 –10 ng | 20–350 ng |
| mRNA transfeksiyon ajanı | 1.5 – 3.0 µL | 4.75 – 7 µL |
| Opti-MEM içindeki mRNA + transfeksiyon ajanının final hacmi | 50 µL | 200 µL |
Tablo 3: 6 kuyucuklu ve 12 kuyucuklu kültür formatlarında hTERT mRNA iletimi için önerilen transfeksiyon parametreleri. İleri ve ters transfeksiyon deneyleri için kullanılan hücre ekim yoğunlukları, mRNA miktarları, transfeksiyon reajanı hacimleri ve kompleks oluşum hacimleri özetlenmiştir.
Ek Şekil 1: Tekrarlanan hTERT mRNA ters transfeksiyonu sonrası yaşlanma ile ilişkili p16 ve p21 ekspresyonu üzerinde klorokin ve Y-27632'nin etkisi. (A) Belirtildiği üzere klorokin (CQ), Y-27632 veya bunların kombinasyonu ile tedavi edilen mock-işlem görmüş ve 3× hTERT ters transfekte (RT) edilmiş LF1 fibroblastlarında p16 mRNA ekspresyonunun kantitatif RT-PCR analizi. (B) Aynı deneysel koşullar altında p21 mRNA ekspresyonunun kantitatif RT-PCR analizi. Transkript seviyeleri RpL13a'ya göre normalize edilmiş ve genç kontrol hücrelerine (PD#12) göreceli olarak ifade edilmiştir. Münferit veri noktaları biyolojik tekrarları temsil etmektedir. Veriler, biyolojik tekrar başına 5 teknik tekrar ile n = 2 biyolojik tekrardan elde edilen ortalamalar ± SD değerlerini temsil etmektedir. İstatistiksel anlamlılık şekilde belirtilmiştir; ns, anlamlı değil. Brown–Forsythe ve Welch'in ANOVA testi ile belirlenen *P < 0.05, **P < 0.01, ****P < 0.01. Kısaltmalar: CQ, klorokin; RT, ters transfeksiyon; Y-27632, Rho-ilişkili protein kinaz (ROCK) inhibitörü.Bu dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayın.
Ek Dosya 1: hTERT ekspresyon konstrüktlerinin DNA ve protein dizileri.Bu dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayın.
Ek Dosya 2: Popülasyon katlanması (PD) hesaplaması. Popülasyon katlanmaları (PD), N₀ ekilen hücre sayısı ve Nf hasat edilen canlı hücre sayısı olmak üzere PD = log₂ (Nf/N₀) formülü kullanılarak hesaplanmıştır. Kümülatif PD, pasajlar boyunca PD değerlerinin toplanmasıyla belirlenmiştir.Bu dosyayı indirmek için lütfen buraya tıklayın.