Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Araştırma makalesi
Bu çalışma, ağ farmakolojisi, moleküler kenetlenme ve moleküler dinamik (MD) simülasyonlarını entegre ederek otizm spektrum bozukluğunda (ASD) Kongsheng Zhenzhong Dan'ın (KSZZD) temel aktif bileşenlerini ve terapötik hedeflerini aydınlatıyor, alanin taraması yoluyla ana bağlanma kalıntılarını belirliyor ve valproik asit kaynaklı ASD sıçan modelinde etkileri doğrulamaktadır.
Otizm spektrum bozukluğu (ASD), karmaşık bir nörogelişimsel bozukluktur ve patogenezi kronik nöroinflamasyonla yakından ilişkilidir. Klasik geleneksel Çin tıbbı (TCM) formülü olan Kongsheng Zhenzhong Dan (KSZZD), bildirilen nöroprotektif etkileri nedeniyle nörogelişimsel ve hafıza bozuklukları için kullanılır, ancak ASD'deki spesifik moleküler mekanizması belirsizdir. Bu çalışma, ağ farmakolojisi, moleküler kenetleme analizi ve MD simülasyonunu entegre ederek KSZZD'nin ASD için temel aktif bileşenlerini ve aday terapötik hedeflerini hem sistemik hem de atomik düzeyde sistematik olarak açıklamaktadır. Daha sonra, ana bağlanma kalıntıları alanin esnek tarama ile tanımlanır ve biyolojik etkiler valproik asit (VPA) kaynaklı ASD fare modeli kullanılarak değerlendirilir. Ağ farmakoloji analizi, KSZZD'nin önemli bir bileşeni olan kuversetinin, kısmen TNF-α aracılı inflamatuar sinyal yolunu düzenleyerek etkili olabileceğini ortaya koymuştur. Moleküler kenetlenme sonuçları, KSZZD'nin temel bileşenlerinin hedeflerine bağlanma enerjilerinin hepsinin -5.0 kcal/mol'den düşük olduğunu ve bunların arasında quercetinin TNF'ye en güçlü bağlanma eğilimini gösterdiğini (-8.52 kcal/mol) gösterdi. MD simülasyonu, quercetinin TNF-α'nin aktif cebine stabil bağlanmayı sürdürebileceğini gösterdi ve alanin taraması, GLU104 ve GLN102'yi kompleksin yapısal stabilitesini korumak için önemli amino asit kalıntıları olarak daha da belirledi. In vivo deneyler, quercetin müdahalesinin VPA kaynaklı ASD sıçanlarında lokomotor ve keşif davranışlarını anlamlı şekilde iyileştirdiğini ve serum ile beyin dokusunda TNF-α ekspresyon seviyelerini etkili şekilde azalttığını göstermiştir. Bu bulgular, quercetinin KSZZD'nin öngörülen etkilerine, en azından kısmen, TNF-α sinyal yolunun inhibisyonu yoluyla katkıda bulunabileceğini göstermektedir.
Otizm Spektrum Bozukluğu (ASD), sosyal iletişimin bozulması, sınırlı ilgi alanları ve tekrarlayan stereotip davranışlarla karakterize edilen karmaşık bir nörogelişimselbozukluktur 1. ASD'nin patolojik mekanizması son derece karmaşıktır; genetik varyasyonlar, epigenetik düzenleme ve çevresel faktörlerin etkileşimini içerir; bu da nihayetinde sinaptik plastisitenin bozulmasına ve anormal sinirsel devrebağlantısına yol açar 2,3. Merkezi sinir sistemindeki (MSS) kronik iltihaplanma, ASD'nin patogenezinde merkezi bir rol oynar ve nöroinflamasyonu hedefleyen ....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Ağ farmakolojisi analizi
"Otizm" anahtar kelimesi olarak GeneCards veritabanında (https://www.genecards.org/) otizmle ilgili hedefler12,13,14 aramalarında kullanılmıştır. Veritabanlarından alınan hedefler, tekrarlanan girişler kaldırıldıktan sonra birleştirildi. Veritabanı tahminleriyle yakalanmayan aktif bileşenlerin bilinen hedefleri, literatür raporlarına dayanarakdesteklenmiştir 15. Hastalık hedefleri ve ilaç bileşenlerinin potansiyel hedefleri, UniProt protein veritaban....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Otizm tedavisinde KSZZD üzerine ağ farmakolojisi çalışmasının sonuçlarının analizi
GeneCards veritabanından toplam 15.770 otizmle ilgili hedef alındı. İlgi puanı 4.21 ≥ olan hedefler otizm için potansiyel hedef olarak seçildi ve 1014 hastalık hedefi ortaya çıktı. KSZZD'nin 827 hedefi, 1.014 otizm hedefiyle kesiştirildi ve 125 ortak hedef elde edildi. Görselleştirme, SRplotplatformu 31 (https://www.bioinformatics.com.cn/.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Kritik bir soru, neden diğer temel bileşenler yerine quercetin'in deneysel doğrulama için seçildiği ve KSZZD'nin bütünsel etkilerini temsil edip edemeyeceğidir. Bu seçim, aşağıdaki yakınsal kanıt çizgilerine dayandı: (i) prenatal VPA kaynaklı bir fare modelinde, quercetin sosyal etkileşim eksikliklerini ve oksidatif beyin hasarını önemli ölçüdeönledi 29; (ii) propionik asit kaynaklı otizm modelinde, oral quercetin beyin TNF-α seviyelerini azalttı ve otistik benzer.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yazarların beyan edecek çıkar çatışmaları yoktur.
Bu çalışma, No.: Zun Shi Ke He HZ Zi (2024) No. 54'ün bir parçasıdır. Proje Başlığı: BDNF-ERK-CREB Sinyal Yolu temelinde Jiawei Kongsheng Zhenzhong Dan'ın Otizm Üzerindeki Terapötik Etkisi Üzerine Çalışma.
....Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| 0.5% CMC-Na normal saline solution | Elde belirtilmemiş | Belirtilmemiş | Boş/model grupları ve quercetin süspansiyonu için kullanılan araç. |
| 0.9% normal saline | Elde belirtilmemiş | Belirtilmemiş | Boş kontrol maternal enjeksiyonları için araç. |
| PBS içindeki %4 Paraformaldehit | Thermo Scientific Chemicals | J61899.AK | Beyin dokusunun fiksasyonu için kullanılır. |
| %75 alkol | Elde belirtilmemiş | Belirtilmemiş | Açık alan cihazının hayvanlar arasında temizlenmesi için kullanılır. |
| Mutlak etanol | Elde belirtilmemiş | Belirtilmemiş | Katılaştırma öncesi doku kurutma için kullanılır. |
| Alkalin su | Elde belirtilmemiş | Belirtilmemiş | Hematoksilin boyamalı kesitleri maviye çevirmek için kullanılır. |
| Amber14SB protein kuvvet alanı | Elde belirtilmemiş | Uygulanmaz | Moleküler dinamik simülasyonlar için kullanılan protein kuvvet alanı. |
| BATMAN-TCM veritabanı | Elde belirtilmemiş | Uygulanmaz | Online hedef tarama veritabanı: http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/ |
| BCA Protein Assay Kit | Thermo Scientific | 23225 | Doku homojenatlarının protein tayini için kullanılır. |
| Mavileme reaktifi | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | 7301 | Hematoksilin boyama sonrası çekirdeklerin mavilenmesi için kullanılır. |
| CDOCKER modülü | Elde belirtilmemiş | Uygulanmaz | Moleküler dokunma için kullanılan yarı esnek dokunma modülü. |
| Temizleme / mumlama çözeltisi | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | Clear-Rite 3, 6901 | Histoloji iş akışlarında temizleme ve deparafinleme için kullanılabilir. |
| CytoNCA eklentisi | Elde belirtilmemiş | Uygulanmaz | Derece merkeziyet analizi için kullanılan Cytoscape eklentisi. |
| Cytoscape yazılımı | Elde belirtilmemiş | Sürüm 3.10.0 | Ağ görselleştirme ve protein-protein etkileşim analizi için kullanılır. |
| Discovery Studio yazılımı | Elde belirtilmemiş | Sürümler 2019 ve 2021 | Reseptör ön işleme, dokunma ve alanin taraması için kullanılır. |
| Draw Venn Diagram çevrimiçi aracı | Elde belirtilmemiş | Uygulanmaz | Venn diyagramları için çevrimiçi araç: http://bioinformatics.psb.ugent.be |
| Eozin-Y (alkolik) | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | 7111 | H&E boyamada sitoplazmik karşı boyama için kullanılır. |
| Tam otomatik dehidratör | Elde belirtilmemiş | Belirtilmemiş | Fiksasyonlu beyin dokusunun gradyan dehidrasyonu için kullanılır. |
| GeneCards veritabanı | Elde belirtilmemiş | Uygulanmaz | Otizmle ilgili hedefleri almak için kullanılan çevrimiçi veritabanı: https://www.genecards.org/ |
| GraphPad Prism yazılımı | Elde belirtilmemiş | Sürüm 9.5 | İstatistiksel analiz ve grafik oluşturma için kullanılır. |
| Hematoksilin boyama çözeltisi | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | 7211 | H&E boyamada nükleer boyama için kullanılır. |
| HERB veritabanı | Elde belirtilmemiş | Uygulanmaz | Tamlayıcı bileşik taraması için kullanılan çevrimiçi veritabanı: http://herb.ac.cn |
| Hidroklorik asit alkol | Elde belirtilmemiş | Belirtilmemiş | H&E boyama sırasında farklılaştırma için kullanılır. |
| Metascape platformu | Elde belirtilmemiş | Uygulanmaz | GO ve KEGG zenginleştirme analizi için kullanılan çevrimiçi platform. |
| Mikroplate okuyucu | Thermo Scientific | Multiskan FC, 51119000 | 450 nm'de absorbans okunması için kullanılır. |
| Mikroskop | Elde belirtilmemiş | Belirtilmemiş | H&E boyamalı beyin kesitlerini gözlemlemek için kullanılır. |
| Microsoft Excel yazılımı | Microsoft | Belirtilmemiş | RANDBETWEEN fonksiyonu ile sıçanları rastgele seçmek için kullanılır. |
| Montaj ortamı | Thermo Scientific Richard-Allan Scientific | 4111 | Boyalı kesitlerin kapaklanması ve kalıcı montajı için kullanılır. |
| Açık alan test cihazı | Elde belirtilmemiş | Belirtilmemiş | Davranış testi için kullanılan 50 cm x 50 cm x 30 cm kutu. |
| Parafin | Elde belirtilmemiş | Belirtilmemiş | Beyin dokusunun parafinle kaplanması için kullanılır. |
| Fosfat tamponlu salin (PBS), pH 7.4 | Gibco | 10010023 | Doku homojenizasyonu için soğutulmuş tampon olarak kullanılır. |
| PLIP etkileşim parmak izi | Elde belirtilmemiş | Uygulanmaz | Protein-ligand etkileşim parmak izi analizi için kullanılır. |
| PubChem veritabanı | Elde belirtilmemiş | Uygulanmaz | SMILES tanımlayıcılarını almak için kullanılan çevrimiçi veritabanı: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ |
| Quercetin | Elde belirtilmemiş | Belirtilmemiş | 100 mg/kg/gün dozda sonda ile verilir. |
| Rat TNF-α ELISA Kit | Invitrogen | ERA56RB | Serum ve doku homojenatı TNF-α tayini için uygundur. |
| Soğutmalı santrifüj | Thermo Scientific | Sorvall ST 16R, 75004383 | Serum ve doku homojenatı santrifüjlendirme için kullanılır. |
| Schrödinger Suite yazılımı | Schrödinger, LLC | Sürüm 2024 | Moleküler dinamik simülasyon sisteminin oluşturulması için |