Tüm hayvan prosedürleri, National Academies of Sciences tarafından yayınlanan Laboratuvar Hayvanlarının Bakımı ve Kullanımı Kılavuzu'na uygun olarak gerçekleştirilmiştir. Protokol, Nanjing Çin Tıbbı Üniversitesi Bağlı Hastanesi Hayvan Etik Kurulu tarafından onaylanmıştır (onay No. 2023DW-059-01). Bu çalışmada kullanılan tüm malzemelerin, reaktiflerin, araçların ve yazılımların kapsamlı bir listesi Malzemeler Tablosu'nda ayrıntılı olarak verilmiştir.
Deney hayvanları ve gruplandırma
Sağlıklı dişi BALB/c fareler (SPF sınıfı, 8–10 haftalık), Nanjing Çin Tıbbı Üniversitesi Deney Hayvanları Merkezi'nden (lisans No. SYXK (Su) 2018-0049) temin edildi. Hayvanlar, 24–26 °C sıcaklıkta, 12 saatlik ışık/karanlık döngüsü içeren standart koşullar altında barındırıldı. Steril yem ve suya ad libitum olarak erişim sağlandı, altlıklar düzenli olarak değiştirildi ve kafesler rutin olarak temizlendi. 7 günlük adaptasyon süresinin ardından fareler rastgele altı gruba ayrıldı (n = 7/grup): Normal grup, model grup, CGRP grubu, BIBN-4096 grubu, KAST grubu ve KAST + CGRP grubu. Hayvanlar, bilgisayar tarafından oluşturulan rastgele bir sayı tablosu kullanılarak gruplara atanmış oldu. Grup dağılımı, müdahaleler atanana kadar araştırmacılardan gizlendi. Doku kullanımını optimize etmek amacıyla, randomize edilmiş kohorttan (grup başına n = 7) alınan akciğer örnekleri sistematik olarak farklı işlem yollarına ayrıldı; spesifik histolojik ve moleküler analizler için kullanılan kesin analiz edilen örnek boyutları (n = 5, 4 veya 3), ilgili şekil alt yazılarında açıkça belirtilmiştir. Analiz dışı bırakılan herhangi bir veri bulunmamaktadır.
KAST formülasyonunun hazırlanması
Formülasyon, Nanjing Çin Tıbbı Üniversitesi Bağlı Hastanesi Eczacılık Bölümü tarafından hazırlanmıştır22. Dokuz geleneksel Çin tıbbi bitkisi kullanılmıştır: Semen Brassicae (2 kısım), Rhizoma Corydalis (2 kısım), sirke ile işlenmiş Radix Kansui (1 kısım), Asarum (1 kısım), Ephedra (1 kısım), Semen Lepidii (1 kısım), Karanfil (1 kısım), Tarçın kabuğu (1 kısım) ve Gleditsia sinensis (1 kısım). Her bir bitki ince toz haline getirilmiş ve 80 mesh'lik bir elekten geçirilmiştir. Her 100 g karışık toz için 70 mL taze zencefil suyu ve 30 mL sıvı parafin eklenmiş, iyice karıştırılmış ve 0,5 cm çapında 0,3 g ± %5'lik yamalar haline getirilmiştir. Özellikle, tüm bitkisel içerikler ve taze zencefil, Baş Eczacı Lin-gang Zhao tarafından onaylanmış ve kullanım öncesinde 4 °C'de, karanlık ve kuru bir ortamda saklanmıştır9. Müdahale tekrarlanabilirliğini ve partiler arası stabiliteyi garanti etmek için, ekibimizin oluşturduğu UPLC-Q-TOF-MS ve HPLC yöntemlerine dayalı titiz bir kalite kontrol standardı uygulanmış ve sinapine thiocyanate gibi temel aktif markerların tutarlı varlığı doğrulanmıştır23. Uygulamada, optimal transdermal iletimi sağlamak amacıyla 0,5 cm'lik yamalar, 2,5 cm × 5,5 cm boyutlarında tıbbi, nefes alabilen hipoalerjenik yapışkan bant kullanılarak sabitlenmiştir.
AA fare modelinin oluşturulması
AA modeli, literatürdeki yerleşik bir protokole uygun olarak OVA duyarlılığı ve intranazal challenge yöntemi kullanılarak oluşturulmuştur24. Normal grup hariç tüm fareler, 0. ve 12. günlerde 100 µg OVA ve 2 mg alüminyum hidroksit içeren 200 µL salinle intraperitonyal enjeksiyon yapılarak duyarlı hale getirilmiştir. 18. günden 23. güne kadar farelere, günde bir kez 50 µL salin içinde 50 µg OVA ile intranazal challenge uygulanmıştır. 24. günden 53. güne kadar, gün aşırı olarak intranazal OVA uygulanmıştır. 54. günde, fareler tartıldıktan sonra servikal dislokasyon yoluyla ötanazi gerçekleştirilmiş ve dokular toplanmıştır. Ardından, toplam akciğer ağırlığının vücut ağırlığına bölünmesiyle akciğer katsayısı belirlenmiştir.
Müdahaleler
40. ile 53. günler arasında, KAST grubu ve KAST + CGRP grubu farelerinin 3 cm × 6 cm'lik dorsal alanı tıraşlandı. Bilateral Feishu (BL13), Geshu (BL17), Pishu (BL20) ve Shenshu (BL23) akupunktur noktalarının üzerine yamalar uygulandı ve bu yamalar 14 gün boyunca günde bir kez 1,5 saat boyunca yapışkan bantla sabitlendi. CGRP ve KAST + CGRP gruplarındaki farelere, 40. günden 53. güne kadar gün aşırı olarak 10 µL Kalsitonin/CALCA çözeltisi (1 pg/µL) intranazal olarak verildi. BIBN-4096 grubundaki farelere, gün aşırı 10 µL BIBN-4096 çözeltisi (0,3 mg/mL, CGRP reseptör antagonisti) intranazal olarak uygulandı. Normal ve model grupları müdahale olmaksızın standart besleme ile beslendi. KAST, alerjik havayolu inflamasyonunun oluşumundan sonra (18. gündeki ilk OVAye maruziyetten 22 gün sonrası olan 40. günde başlayarak) 40. günden 53. güne kadar uygulandı. Bu nedenle, bu çalışmadaki KAST, profilaktik bir müdahaleden ziyade terapötik bir müdahale olarak uygulanmıştır.
Cilt hazırlığı için, belirlenen dorsal bölgedeki tüyler elektrikli tüy alma makinesi kullanılarak temizlendi. Akupunktur noktalarının lokalizasyonunda, Çin Akupunktur-Moksibüsyon Derneği tarafından yayınlanan Laboratuvar Hayvanları için Akupunktur Noktalarının Standart Adlandırması ve Lokalizasyonu - Bölüm 3: Fareler (T/CAAM 0002-2020) kılavuzuna kesin olarak bağlı kalındı. Bilateral dört çift dorsal bölge hassasiyetle işaretlendi ve şu şekilde tanımlandı: Feishu (BL13: 3. torakal vertebra spinöz çıkıntısının altındaki kaburgaların arası, posterior orta hattın 3 mm laterali), Geshu (BL17: 7. torakal vertebra spinöz çıkıntısının altı, orta hattın 3 mm laterali), Pishu (BL20: 12. torakal vertebra spinöz çıkıntısının altı, orta hattın 3 mm laterali) ve Shenshu (BL23: 2. lomber vertebra spinöz çıkıntısının altı, orta hattın 3 mm laterali). 1.5 h süren tutma süresi boyunca yamanın kaymasını veya ikincil cilt erozyonunu önlemek amacıyla, stabil bir yapışma sağlamak için 3M bant sıkıca sarıldı.
CGRP/CALCA (1 pg/µL, fare başına 10 µL) ve BIBN-4096 (0,3 mg/mL, fare başına 10 µL) dozları, yayınlanmış çalışmalara25 dayanarak seçilmiştir. Spesifik olarak, CGRP müdahalesi için, 1 mg BSA'nın 1 mL ddH2O içinde çözülmesiyle %0,1'lik bir BSA çözeltisi hazırlanmış ve final konsantrasyonun 1 mg/mL olması için vorteks uygulanmıştır. Rekonstitüsyon öncesinde, liyofilize Kalsitonin/CALCA protein tozu, 4 °C'de 30 s boyunca 12.000 × g hızında santrifüj edilmiştir. Ardından, 1 µg/µL'lik bir stok çözelti elde etmek için hazırlanan %0,1'lik BSA çözeltisinden 20 µL eklenmiştir. Protein rekonstitüsyonunun tam gerçekleşmesini sağlamak için vial nazikçe birkaç kez ters yüz edilmiş (vorteks uygulanmadan), birkaç saniye santrifüjle çöktürülmüş ve oda sıcaklığında birkaç dakika bekletilmiştir. Yönetilemeyecek kadar büyük bir tek aşamalı hacim oluşturmadan 1 pg/µL'lik çalışma çözeltisini hazırlamak için standart iki aşamalı seri dilüsyon uygulanmıştır: Öncelikle, 1 ng/µL'lik bir ara çözelti formüle etmek için 1 µg/µL'lik stok çözeltiden 1 µL, 999 µL steril salin içinde dilüye edilmiş ve ardından bu ara çözeltiden 1 µL, final 1 pg/µL'lik çalışma çözeltisini elde etmek için başka bir 999 µL steril salin ile karıştırılmıştır. Çalışma çözeltisi 4 °C'de tutulmuş, kalan alikotlar ise -20 °C'de 2-3 aya kadar saklanmıştır. BIBN-4096 grubu için, 3 mg/mL'lik bir stok çözelti elde etmek amacıyla 1 mg BIBN-4096 tozu, 333 µL ddH2O içinde çözülmüş, vial başına 50 µL'lik alikotlara ayrılmış ve -80 °C'de saklanmıştır. 0,3 mg/mL'lik çalışma çözeltisini hazırlamak için, stok çözeltinin her 50 µL'lik alikotu 450 µL steril salin ile iyice karıştırılmıştır. 40. günden 53. güne kadar, her bir fareye gün aşırı olarak, anestezi uygulanmadan nazikçe sabitlenmiş halde 10 µL hacminde 1 pg/µL CGRP çözeltisi veya 0,3 mg/mL BIBN-4096 çözeltisi intranazal olarak uygulanmıştır.
Sonuç ölçümleri ve tespit yöntemleri
Davranışsal testler
Son intranazal maruziyetin ardından 53. günde, burun kaşıma ve hapşırma epizotlarının frekansları bir dijital video sistemi kullanılarak 10 dakikalık bir süre boyunca izlendi ve kaydedildi. Videolardaki davranış frekansları, iki araştırmacı tarafından çift-kör yöntemle bağımsız olarak sayıldı. Sayımlar arasında önemli bir tutarsızlık olması durumunda, video üçüncü bir araştırmacı tarafından yeniden değerlendirildi ve istatistiksel analiz için nihai olarak en yüksek tutarlılığa sahip veriler seçildi.
Bronşiyal provokasyon testi
Son challenge sonrası 24 saat içerisinde, 0, 5, 10, 20 ve 40 mg/mL konsantrasyonlarda nebülize asetilkolin (ACh) kullanılarak (konsantrasyon başına 300 µL, 1 dk boyunca nebülize edilerek) hava yolu yanıtı değerlendirildi. Hava yolu daralmasını ampirik olarak belirtmek ve hava yolu hiperreaktivitesini (AHR) değerlendirmek için kullanılan boyutsuz bir indeks olan gelişmiş duraklama (Penh) değerleri, her nebülizasyondan sonra 5 dk boyunca non-invaziv tüm vücut pletismografisi kullanılarak kaydedildi. Fareler, kayıt öncesinde 10 dk boyunca hazneye alıştırıldı. Penh, ekspiratuar/inspiratuar süreyi ve pik akışları dengeleyen ampirik formüle göre, entegre manuel depolama/akış sistem yazılımı kullanılarak otomatik olarak hesaplandı.
Histopatoloji (HE boyama)
%4 paraformaldehit ile fikse edilen akciğer dokuları, dereceli bir alkol serisi ileydehidre edilmiş, ksilen ile şeffaflaştırılmış ve otomatik bir işlemci kullanılarak parafin bloklara gömülmüştür. Bloklar 4 µm kalınlığında kesilmiş, 42 °C'lik su banyosunda yüzdürülmüş ve cam slaytlara monte edilmiştir. Slaytlar 80 °C'de 2 saat boyunca fırınlanmış ve oda sıcaklığına soğutulmadan önce gece boyunca kurutulmuştur. Boyama için kesitler, ksilen ile deparafimize edilmiş (I ve II, her biri 20 dk), dereceli bir etanol serisi ile rehidre edilmiş (100% I/II ve 75%, her biri 5 dk) ve musluk suyu ile durulanmıştır. Slaytlar 3–5 dk boyunca hematoksilen ile boyanmış, %1'lik asit alkol ile diferansiye edilmiş ve bir maviye çevirme çözeltisinde mavileştirilmiştir. Yıkamanın ardından kesitler, %85 ve %95 etanol (her biri 5 dk) ileydehidre edilmiş ve 5 dk boyunca eozin ile karşı boyanmıştır. Son olarak slaytlar, mutlak etanolde (I, II ve III, her biri 5 dk)ydehidre edilmiş, ksilenle (I ve II, her biri 5 dk) şeffaflaştırılmış, nötr balsam ile kapatılmış ve havada kurutulmuştur. Görüntüler, bir ışık mikroskobu ve CaseViewer sistemi kullanılarak 200× büyütmede rastgele alanlardan yakalanmıştır. Akciğer inflamasyonu ve epitelyal kalınlaşma, 0–4 ölçeğinde körleme yöntemiyle derecelendirilmiştir: 0, inflamasyon yok; 1, nadir inflamatuar hücreler; 2, az sayıda (<3) inflamatuar odak; 3, çok sayıda (≥3) inflamatuar odak; 4, akciğer boyunca diffüz infiltrasyon. Epitelyal kalınlaşma şu şekilde skorlanmıştır: 0, normal; 1, belirgin kalınlaşma; 2, kısmi hava yolu kalınlaşması; 3, neredeyse tam tıkanma; 4, normal yapının kaybı. Her deney grubu için, ham histopatolojik skorları elde etmek amacıyla toplam 20 rastgele mikroskobik alan görüntülenmiş ve değerlendirilmiştir. Her dört alandan elde edilen veriler, tek bir bağımsız veri noktası oluşturmak için ortalaması alınmış ve istatistiksel analiz için grup başına n = 5 tekrar şeklinde nihai bir örneklem boyutu elde edilmiştir. Skorlama körleme yöntemiyle gerçekleştirilmiştir.
RNA-seq
Toplam RNA, üretici protokolüne uygun olarak TRIzol reaktifi kullanılarak fare akciğer dokularından ekstre edilmiştir. RNA saflığı, konsantrasyonu ve bütünlüğü, bir spektrofotometre ve mikroakışkan tabanlı bir platform kullanılarak değerlendirilmiştir. Transkriptom kütüphaneleri, ticari bir kütüphane hazırlama kiti kullanılarak oluşturulmuş ve 150 bp çift uçlu okumalar üretmek için yüksek kapasiteli bir dizileme platformunda dizilenmiştir. Ham veriler, temiz okumalar elde etmek amacıyla uygun filtreleme yazılımları ile kalite kontrolden geçirilmiş ve ekleme farkındalıklı (splice-aware) bir hizalama aracıyla referans genomla eşleştirilmiştir. Gen ekspresyon seviyeleri FPKM olarak hesaplanmış ve okuma sayıları bir okuma sayma aracıyla derlenmiştir. Diferansiyel ekspresyon analizi, eşik değerleri |log2 Fold Change| ≥ 1 ve düzeltilmiş p < 0,05 olarak belirlenmiş özel bir istatistik paketi kullanılarak gerçekleştirilmiştir.
ELISA
Taze fare akciğer dokuları hassas bir şekilde tartılmış ve 20 mg dokuya 200 µL tampon şeklinde kesin bir oranda PBS tamponunda homojenize edilmiştir. Protein süpernatanlarını toplamak için homojenatlar, 4 °C'de 10 dakika boyunca yaklaşık 13,400 × g hızında santrifüj edilmiştir. Normalizasyon için, süpernatanların ham protein içeriği BCA yöntemi kullanılarak kalibre edilmiştir. ELISA prosedürü, üretici protokolüne uygun olarak ticari kitler kullanılarak teknik üçte bir (triplicate) şeklinde gerçekleştirilmiştir. Kısaca, antikor kaplı 96 kuyucuklu plakalara 50 µL standart dilüsyon veya 50 µL ön seyreltilmiş örnek (5 katlık bir nihai dilüsyon elde etmek için 10 µL protein örneğinin 40 µL örnek dilüenti ile karıştırılmasıyla) eklenmiştir. Plakalar kapatılmış ve 37 °C'de 30 dakika boyunca inkübe edilmiştir. 1:30 oranında seyreltilmiş yıkama tamponu ile beş kez yıkandıktan sonra, her kuyucuğa (boş kuyucuklar hariç) 50 µL enzim bağlı konjuge reaktif eklenmiş ve karışım 37 °C'de 30 dakika inkübe edilmiştir. Beş yıkama daha yapıldıktan sonra, her kuyucuğa 50 µL kromojen çözelti A ve 50 µL kromojen çözelti B eklenmiş ve plaka karanlıkta, 37 °C'de 10 dakika boyunca inkübe edilmiştir. Reaksiyon, rengi maviden sarıya çeviren 50 µL durdurma çözeltisinin eklenmesiyle durdurulmuştur. Her kuyucuğun absorbsansı (OD değeri), 15 dakika içinde bir mikroplaka okuyucu kullanılarak 450 nm'de ölçülmüştür. Dört parametreli lojistik veya doğrusal regresyon modeli (R2 > 0.99 olacak şekilde) kullanılarak standart eğriler çizilmiş ve akciğer dokusu homojenatlarındaki hedef protein konsantrasyonları bu eğriler üzerinden hesaplanmıştır.
Akış sitometrisi
Akciğer dokuları eksize edildi, kıyıldı ve %10 FBS, 50 µL Liberase TM ve 5 µL DNase I içeren 5 mL RPMI-1640 içerisinde, 37 °C'de 80 rpm çalkalama ile 45 dakika boyunca digere edildi. Digere edilen süspansiyon 400-mesh hücre süzgecinden geçirildi ve 4 °C'de 10 dakika boyunca 300 × g hızında santrifüjlendi. Pelet, oda sıcaklığında karanlıkta 10 dakika boyunca 2 mL eritrosit lizis tamponunda resüspande edildi. Yıkama işleminden sonra hücreler, ölü hücrelerin dışlanması için 4 °C'de karanlıkta 20 dakika boyunca Ghost Dye Red 780 (örnek başına 1.25 µL) ile resüspande edildi ve boyandı. Yıkamanın ardından hücreler, 4 °C'de 10 dakika boyunca 10 µL FcR Bloklama Reaktifi ile bloklandı. Ardından hücreler, 4 °C'de 30 dakika boyunca şu florokrom-konjuge antikorlarla yüzey boyamasına tabi tutuldu: FITC anti-mouse CD45 (0.5 µL), PE anti-mouse/human KLRG1 (1.25 µL), BB700 rat anti-mouse CD90.2 (0.5 µL) ve anti-mouse CD3ε, CD4, CD8a, CD11b, CD11c, CD49b, TER-119, Ly-6G/Ly-6C (Gr-1) (her biri 0.5 µL) ve anti-mouse CD19 (2 µL) içeren biyotinize lineage karışımı. Yıkama sonrası hücreler, 4 °C'de 30 dakika boyunca Brilliant Violet 605 Streptavidin (2 µL) ile inkübe edildi. Veriler bir BD akım sitometre platformunda elde edildi ve FlowJo yazılımı kullanılarak analiz edildi. Floresans taşma kompanzasyon matrisleri, cihazın kalibre edilmiş veri toplama yazılımı tarafından otomatik olarak izlendi ve ayarlandı. Pulmoner ILC2'leri tanımlamak için kullanılan hiyerarşik gating stratejisi sırasıyla şu şekilde uygulandı: önce forward/side scatter (FSC-A/SSC-A) morfolojisi aracılığıyla toplam lenfositler izole edildi ve ardından singlet gating (FSC-H/FSC-A) yoluyla dublet ayrımı yapıldı. Canlı hücreler daha sonra ölü hücre dışlaması (Ghost Dye-) ile tanımlandı ve ardından CD45+ ve Lineage- popülasyonlarını seçmek için standart gate'ler aşamalı olarak uygulandı. Canlı CD45+ Lineage- gating penceresi içerisinde pulmoner ILC2'ler, CD90.2+ ve KLRG1+ kümelerinin ardışık pozitif kaskad gate'lerine dayanarak açıkça tanımlandı ve sayıldı.
İmmünofloresans (IF)
Dondurulmuş akciğer kesitleri oda sıcaklığında 15–30 dk boyunca çözülmüş ve OCT bileşiğini uzaklaştırmak için PBST (0.05% Tween-20 içeren PBS) ile her biri 6 dk sürecek şekilde üç kez yıkanmıştır. Fazla sıvı kurutulduktan sonra, bir immünohistokimya kalemi kullanılarak doku etrafına hidrofobik bir bariyer çizilmiştir. Kesitler, %0.3 Triton X-100 ve %5 keçi serumu içeren bir bloklama ve permeabilizasyon tamponunda 37 °C'de 100 dk boyunca inkübe edilmiş, ardından primer antikor ile 4 °C'de gece boyu (16–20 sa) inkübasyona bırakılmıştır. Ertesi gün, kesitler oda sıcaklığında 30 dk boyunca dengelenmiş, PBST ile üç kez yıkanmış ve türle eşleşmiş florofor-konjuge sekonder antikor ile 37 °C'de karanlıkta 60–90 dk boyunca inkübe edilmiştir. Üç ek PBST yıkamasının ardından, çekirdekler oda sıcaklığında karanlıkta 8 dk boyunca DAPI (PBS içinde 1:1 veya 2:1 oranında seyreltilmiş) ile karşıt boyanmıştır. Son PBST yıkama turundan (3 × 6 dk) sonra, kesitler anti-fade montaj medyumu ile kapatılmış, hava kabarcığı oluşumunu önlemek için mühürlenmiş ve karanlıkta saklanmıştır. Görüntüler, konfokal mikroskop kullanılarak 400× büyütmede yakalanmıştır. Alan başına pozitif hücre sayısı Leica LAS X yazılımı kullanılarak manuel olarak sayılmıştır. Ham hücre sayılarını elde etmek için her deney grubu için toplam 15 rastgele mikroskobik alan görüntülenmiştir. Tek bir bağımsız veri noktası elde etmek için her üç alanın verilerinin ortalaması alınmış ve böylece istatistiksel analiz için grup başına n = 5 tekerrürden oluşan nihai bir örneklem büyüklüğüne ulaşılmıştır. Sayım işlemi körleme yöntemiyle gerçekleştirilmiştir.
İmmünohistokimya (IHC)
Parafin kesitler, üç kez değiştirilen ksilenle (her biri 15 dk) deparafine edildi, dereceli bir etanol serisiyle (iki kez %100, %85 ve %75; her biri 5 dk) yeniden hidrate edildi ve distile su ile durulandı. Antijen geri kazanımı, bir düdüklü tencere kullanılarak sitrat tamponunda (pH 6.0) gerçekleştirildi (kaynama sonrası yüksek basınçta 3 dk), ardından soğutma ve PBS'de (pH 7.4) üç kez 5 dakikalık yıkama yapıldı. Endojen peroksidaz, oda sıcaklığında karanlıkta 15 dk boyunca %3 H2O2 ile bloke edildi. Yıkamanın ardından kesitler, hidrofobik bir kalemle çevrelendi ve %3 keçi serumu ile 30 dk boyunca bloke edildi. Kesitler daha sonra, PBS içinde dilüe edilmiş primer antikorlarla (anti-IL-4 (1:400), anti-IL-5 (1:300) veya anti-IL-13 (1:150)) 4 °C'de gece boyunca inkübe edildi. Ertesi gün, kesitler yıkandı ve HRP-konjuge sekonder antikorlar (IL-4 için anti-mouse; IL-5 ve IL-13 için anti-rabbit) ile oda sıcaklığında 50 dk boyunca inkübe edildi. Sinyaller, mikroskobik kontrol altında taze hazırlanmış DAB çözeltisi kullanılarak görselleştirildi ve musluk suyu ile sonlandırıldı. Son olarak kesitler hematoksilin ile karşıt boyandı, diferansiye edildi, mavileştirildi, dereceli alkoller ve ksilen iley dehidrate edildi ve mikroskobik inceleme için nötral balsam ile lamella ile kapatıldı. Ortalama optik yoğunluk (IOD/Alan), bir görüntü analiz yazılım platformu kullanılarak 200× büyütmede nicelendirildi. Her deneysel grup için, ham değerleri elde etmek amacıyla toplam 15 rastgele mikroskobik alan görüntülendi. Her üç alanın verileri, tek bir bağımsız veri noktası elde etmek için ortalandı ve böylece istatistiksel analiz için grup başına n = 5 tekrardan oluşan nihai bir örneklem büyüklüğü sağlandı. Puanlama, iki kör gözlemci tarafından gerçekleştirildi.
Western blot (WB)
Numune hazırlığı için, fare akciğer dokuları (yaklaşık 30 mg) ince kıyılmış ve %1 proteaz/fosfataz inhibitör kokteyli ile desteklenmiş, önceden soğutulmuş 300 µL RIPA lizis tamponu içinde homogenize edilmiştir. Homojenizasyon, bir doku homojenizörü kullanılarak 60 Hz'de dört döngü boyunca (döngü başına 60 s) gerçekleştirilmiştir. Ardından, süpernatantı toplamak için lizatlar yaklaşık 13.400 × g hızında, 4 °C'de 15 dakika santrifüj edilmiştir. Toplam protein konsantrasyonları, standart bir BCA protein analiz kiti aracılığıyla belirlenmiştir. Numuneler daha sonra normalize edilmiş, 4:1 hacim oranında 5x yükleme tamponu ile karıştırılmış ve 95 °C'de 7 dakika boyunca denatüre edilmiştir. SDS-PAGE için, protein numuneleri (hat başına 20 µg) önceden boyanmış bir protein moleküler ağırlık markeri ile birlikte yüklenmiş, 80 V sabit voltajda 20 dakika boyunca ayrıştırılmış ve ardından 120 V'a ayarlanarak 70 dakika boyunca işleme devam edilmiştir. Proteinler daha sonra bir buz banyosunda 300 mA sabit akımda 120 dakika boyunca 0,22 µm PVDF membranlara ıslak transfer edilmiştir. Membranlar, oda sıcaklığında 1 saat boyunca TBST içinde %5 BSA ile bloke edilmiş ve CGRP (1:500) ve GAPDH (1:2000) karşıt primer antikorlar ile 4 °C'de gece boyunca (18 saate kadar) inkübe edilmiştir. Üç kez TBST ile yıkama işleminden sonra (her biri 10 dakika), membranlar oda sıcaklığında 1–2 saat boyunca horseradish peroksidaz konjugeli sekonder antikorlar (1:10000) ile inkübe edilmiştir. Diğer üç yıkama işleminin ardından, protein bantları bir VILBER Fusion FX görüntüleme sistemi içinde geliştirilmiş kemilüminesans (ECL) substrat kullanılarak görselleştirilmiştir. Bant yoğunlukları ImageJ 1.8 kullanılarak nicelendirilmiş ve hedef protein ekspresyonu GAPDH iç kontrolüne göre normalize edilmiştir.
İstatistiksel analiz
Tüm deneysel veriler ortalama ± standart sapma (SD) olarak ifade edilmiştir. Veri analizi ve istatistiksel çizimler, özel bir istatistik yazılım platformu kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Gruplar arası karşılaştırmalar öncesinde, veri setleri sistematik olarak normallik testine tabi tutulmuştur. Homojen varyanslara sahip normal dağılımlı veriler için tek yönlü veya iki yönlü varyans analizi (ANOVA) uygulanmış, ardından çoklu ikili karşılaştırmalar için Tukey, Šídák, Holm-Šídák veya Fisher'ın LSD post hoc testleri yapılmıştır. Birden fazla grubun tek bir kontrol grubuyla karşılaştırıldığı durumlarda Dunnett testi uygulanmıştır. Heterojen varyanslara sahip veri setleri için Brown-Forsythe ANOVA kullanılmış, ardından Dunnett's T3 post-hoc testi uygulanmıştır. Normalliğe uygun olmayan veri setleri için nonparametrik Kruskal-Wallis testi kullanılmış, ardından çoklu karşılaştırmalar için Dunn's post hoc testi yapılmıştır. P değeri < 0.05, istatistiksel olarak anlamlı farkları belirtmek için temel alınmıştır. Farklı anlamlılık düzeyleri dinamik olarak *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001 ve ****p < 0.0001 şeklinde belirtilmiştir. Histolojik skorlama, akış sitometrisi analizi ve görüntü kantifikasyonu dahil olmak üzere tüm deneysel sonuç değerlendirmeleri tamamen körleme yöntemiyle yürütülmüştür.