Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Araştırma makalesi
* These authors contributed equally
Bu çalışma, kolorektal kanserde miR-192-5p'yi değerlendirmek için halka açık veri setlerini, eşleştirilmiş doku doğrulamasını, hücre göçü deneylerini, hedef ağ tahminini ve immün imza analizini entegre etmektedir. Bulgular, TCGA/GDC ekspresyon verileri ile yerel qRT-PCR sonuçları arasındaki uyumsuzluğu vurgulamakta ve miR-192-5p'nin tanısal, prognostik, fonksiyonel ve immünlikle ilgili öneminin aşırı yorumlanmaması gerektiği konusunda uyarıda bulunmaktadır.
Kolorektal kanser (KRK), mikroRNA'ların tümör progresyonuna ve biyobelirteç keşfine katkıda bulunabildiği heterojen bir malignitedir. Bu çalışma; TCGA/GDC ve GEO biyoinformatik analizleri, eşleşmiş doku qRT-PCR doğrulaması, hedef tahmini, immün imza analizi ve HT29 yara iyileşmesi deneylerini entegre ederek miR-192-5p'nin KRK'deki klinik önemini, immün ilişkilerini ve fonksiyonel ağını değerlendirmiştir. TCGA/GDC miRNA-seq verilerinin yeniden analizi 616 tümör ve 11 normal COADREAD örneğini kapsamış ve tümör örneklerinde veritabanı düzeyinde hsa-mir-192 sinyalinin normal örneklere göre daha yüksek olduğunu göstermiştir (Mann-Whitney p = 9.96 x 10-8). Benzer eğilim 11 eşleşmiş TCGA vakasında da gözlemlenmişken (medyan tümör-normal farkı = 3.13 log2[RPM + 1], Wilcoxon p = 0.0029), eşleşmiş klinik dokularda yapılan yerel qRT-PCR, KRK dokularında olgun miR-192-5p ekspresyonunun daha düşük olduğunu desteklemiştir. TCGA tabanlı ROC analizi güçlü bir tümör-normal ayrımı göstermiş, ancak dengeli yeniden örnekleme ve bir-normali-dışarıda-bırakma analizleri, normal örnek sayısının sınırlı olması nedeniyle bu sonucun dikkatli yorumlanması gerektiğini doğrulamıştır. Klinikopatolojik analiz, TCGA kohortunda N evresi ve yaş ile ilişkiler olduğunu öne sürmüş; ancak özet tabloda T evresi ve M evresi anlamlı bulunmamış ve genel sağkalım analizi anlamlı bir prognostik ilişki göstermemiştir. TCGA RNA-seq kullanılarak yapılan aday hub-gen analizleri keşifsel ekspresyon, korelasyon ve sağkalım kanıtları sağlamış ancak doğrudan miR-192-5p hedeflemesini ortaya koymamıştır. İmmün imza analizi heterojen ve çoğunlukla zayıf korelasyonlar göstermiştir. Fonksiyonel olarak, miR-192-5p mimik transfeksiyona HT29 yara kapanması azalmıştır. Bu bulgular, miR-192-5p'nin KRK ile biyolojik olarak ilişkili olduğunu, ancak ekspresyon yönünün ve klinik yorumunun platforma bağlı olduğunu ve daha fazla deneysel doğrulama gerektirdiğini göstermektedir.
Kolorektal kanser (KRK), dünya genelinde en yaygın malignitelerden biridir ve kansere bağlı ölümlerin önde gelen nedenleri arasında yer almaya devam etmektedir1,2. Kolonoskopi, dışkıda immünokimyasal testler, SEPT9 metilasyon testi, dolaşan tümör belirteçleri ve moleküler profilleme, KRK tespitini ve klinik yönetimi iyileştirmiş olsa da3,4, tümör biyolojisinde, tedavi yanıtında ve hasta sonuçlarında önemli bir heterojenlik sürmektedir5,6,7. Bu nedenle, KRK biyolojisinin karakterize edilmesine yardımcı olan biyobelirteçler, risk stratifikasyonuna ve daha bireyselleştirilmiş terapötik stratejilerin geliştirilmesine katkıda bulunabilir8.
MikroRNA'lar (miRNA'lar), yaklaşık 19–24 nükleotit uzunluğunda olan ve gen ekspresyonunu temel olarak post-transkripsiyonel mekanizmalar aracılığıyla düzenleyen küçük kodlama yapmayan RNA'lardır9. miRNA ekspresyonundaki düzensizlikler; kanser hücresi proliferasyonunu, migrasyonunu, invazyonunu, apoptozunu, immün etkileşimleri ve tedavi yanıtını etkileyebilir10. miR-192-5p'nin farklı hastalıklar ve kanserlerde, doku tipine, moleküler arka plana ve deneysel sisteme bağlı olarak onkogenik veya tümör baskılayıcı ilişkilerle, bağlama bağımlı bir şekilde hareket ettiği bildirilmiştir11,12,13,14,15,16. CRC'de önceki çalışmalar, klinik örneklerde değişmiş miRNA profilleri ve kolon kanseri hücrelerinde malign fenotiplerin fonksiyonel düzenlemesini bildirmiştir12,14,15. Ancak, genel veri tabanı analizleri her zaman aynı ekspresyon yönünü göstermeyebilir; miR-192-5p'nin CRC'deki klinik önemi, hedef ağı ve immün ilişkileri dikkatli bir değerlendirme gerektirmektedir.
Bu çalışma, TCGA/GDC ve GEO biyoinformatik analizleri, eşleşmiş klinik dokularda qRT-PCR doğrulaması, in vitro migrasyon deneyleri, aday hedef gen öngörüsü, yol zenginleştirme ve immün imza korelasyon analizlerini entegre ederek CRC'de miR-192-5p'yi değerlendirmiştir. Çalışma, olgun miR-192-5p'nin CRC dokularında düşük eksprese edilebileceği ve tümör baskılayıcı bir etki gösterebileceği hipotezine dayanmaktadır. Yeniden analiz edilen TCGA/GDC miRNA-seq sinyali karşıt bir ekspresyon yönü gösterdiğinden, sonuçlar tek bir kesin ekspresyon paterninden ziyade keşifsel ve platforma bağımlı olarak yorumlanmıştır.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Bu çalışma, Helsinki Deklarasyonu'na uygun olarak yürütülmüştür. Onay, 21 Ekim 2021 tarihinde İç Moğolistan Tıp Üniversitesi Etik Kurulu tarafından verilmiştir. Çalışmaya dahil edilen tüm katılımcılardan yazılı bilgilendirilmiş onam alınmıştır.
Klinik numune toplama
Aralık 2017 ve Şubat 2020 tarihleri arasında radikal rezeksiyon uygulanan 45 hastadan eşleştirilmiş CRC ve komşu kanserli olmayan dokular toplandı. Hastaların hiçbiri preoperatif radyoterapi veya kemoterapi almadı ve diğer maligniteleri olan hastalar çalışma dışı bırakıldı. Komşu kanserli olmayan dokular, tümör sınırından en az 5 cm uzaklıktan toplandı. Örnekler, cerrahi olarak çıkarıldıktan hemen sonra donduruldu ve RNA ekstraksiyonuna kadar sıvı azot içerisinde saklandı. Kohort, 27 erkek ve 18 kadın hastayı içermekteydi; 13 hasta 60 yaşın altında, 32 hasta ise 60 yaş ve üzerindeydi. Klinikopatolojik değişkenler arasında tümör çapı, TNM evresi, diferansiyasyon, vasküler tümör trombusu, lenf nodu metastazı ve preoperatif CEA seviyesi yer aldı.
Kamuya açık veri toplama ve ön işleme
TCGA-COAD ve TCGA-READ için açık erişimli miRNA-seq, RNA-seq ve klinik veriler Genomic Data Commons portalından elde edilmiştir. Primer tümörler ve normal solid doku örnekleri, GDC örnek tipine göre belirlenmiştir. Metastatik ve tekrarlayan tümör örnekleri, tümör-normal diferansiyel ekspresyon analizinden hariç tutulmuştur. TCGA miRNA-seq dosyaları için bu analizde tespit edilen veri tabanı düzeyi girdi hsa-mir-192 olmuştur; ekspresyon değerleri, RPM'nin milyon başına eşleşmiş miRNA okumalarını belirttiği log2(RPM + 1) şeklinde analiz edilmiştir. Eşleşmiş örneklerin mevcut olduğu durumlarda hem eşleşmemiş hem de eşleşmiş tümör-normal analizleri gerçekleştirilmiştir. Aday hedef gen taraması için GSE89076 ve GSE156355 GEO veri setleri kullanılmıştır. GEO'dan elde edilen diferansiyel eksprese genler, düzeltilmiş p < 0,05 ve mutlak log2 kat değişimi ≥ 2 kriterleri kullanılarak taranmıştır. Veri seti isimleri, makale boyunca tutarlılık açısından kontrol edilmiştir.
Tanısal, klinikopatolojik ve sağkalım analizleri
TCGA-COAD, TCGA-READ ve birleştirilmiş COADREAD kohortunda keşifsel tümör-normal ayrımını değerlendirmek için Alıcı İşletim Karakteristiği (ROC) analizi kullanılmıştır. Normal örnek sayısı az olduğu için, 5.000 iterasyonlu dengeli tümör-normal yeniden örnekleme ve bir-normal-örnek-çıkarma analizi dahil olmak üzere ek duyarlılık analizleri gerçekleştirilmiştir. Klinikopatolojik ilişki analizleri için, primer tümör örnekleri medyan TCGA miR-192 ekspresyon seviyesine göre yüksek ve düşük ekspresyon gruplarına ayrılmıştır. Örneklem büyüklüğünün izin verdiği durumlarda analizler, birleştirilmiş COADREAD kohortu için ve COAD ile READ için ayrı ayrı tekrarlanmıştır. Genel sağkalım, log-rank testi ve tek değişkenli Cox regresyonu ile birlikte Kaplan-Meier analizi kullanılarak değerlendirilmiştir. Prognostik sonuçların abartılmasını önlemek için tanısal, klinikopatolojik ve sağkalım analizleri ayrı ayrı raporlanmıştır.
Aday hedef-gen ve merkez-gen (hub-gene) analizleri
Aday hedef genler, miRWalk tahmini ile GSE89076 ve GSE156355'ten elde edilen diferansiyel olarak ifade edilen genlerin entegre edilmesiyle belirlenmiştir. Bu üç kaynak arasındaki örtüşme, sonraki keşifsel analizler için saklanmıştır. STRING kullanılarak bir protein-protein etkileşim ağı oluşturulmuş ve Cytoscape tabanlı cytoHubba ve MCODE analizleri kullanılarak düğüm derecesi ve modül bağlantısına göre hub genler seçilmiştir. Elde edilen hub genler (KIF20A, TPX2, CDCA5, CCNB1, CDK1, PLP1, NRXN1, GRIK3 ve KIF5C), TCGA RNA-seq verileri kullanılarak daha detaylı değerlendirilmiştir. Tümör-normal ekspresyon farkları, TCGA miR-192 ekspresyonu ile Spearman korelasyonları ve genel sağkalım ilişkileri, ek keşifsel analizler olarak özetlenmiştir. Bu genler yalnızca aday hedefler olarak değerlendirilmiştir; biyoinformatik verilerden herhangi bir doğrudan bağlanma, kurtarma etkisi veya alt protein düzeyinde regülasyon çıkarımı yapılmamıştır.
GO ve KEGG zenginleştirme analizi
Aday gen seti ve anlamlı ağ modülleri için Gen Ontolojisi (GO) ve Kyoto Gen ve Genom Ansiklopedisi (KEGG) zenginleştirme analizleri gerçekleştirilmiştir. GO terimleri; biyolojik süreç, hücresel bileşen ve moleküler fonksiyon kategorileri altında gruplandırılmıştır. p < 0.05 olan zenginleştirme sonuçları istatistiksel olarak dikkate değer kabul edilmiş ve deneysel olarak doğrulanmış mekanizmalardan ziyade hipotez üretici yolak sinyalleri olarak yorumlanmıştır.
RNA ekstraksiyonu ve qRT-PCR analizi
Toplam RNA, üreticinin protokolüne uygun olarak TRIzol reaktifi kullanılarak 45 çift CRC ve komşuluktaki kanserli olmayan doku örneğinden ekstrakte edildi. RNA saflığı ve konsantrasyonu spektrofotometrik olarak değerlendirildi ve A260/A280 değerleri 1.8 ile 2.1 arasında olan örnekler ters transkripsiyon için kullanıldı. qRT-PCR, TransGen Biotech marka bir miRNA ters transkripsiyon sistemi ve SYBR Green tabanlı miRNA qPCR reaktifleri kullanılarak gerçekleştirildi. Ters transkripsiyon ve qPCR amplifikasyonu, reaktif üreticisinin talimatlarına göre yapıldı. Her bir qRT-PCR reaksiyonu teknik olarak üçte bir oranında (triplikle) çalıştırıldı. RNU6B internal referans olarak kullanıldı. miR-192-5p primerleri 5'-GGGGCTGACCTATGAATTGA-3' (ileri) ve 5'-CAGTGCAGGGTCCGAGGT-3' (geri) şeklindeydi. RNU6B primerleri 5'-ATTGGAACGATACAGAGAAGATT-3' (ileri) ve 5'-GGAACGCTTCACGAATTTG-3' (geri) şeklindeydi. qPCR platformu desteklediğinde, amplifikasyon spesifikliğini değerlendirmek için erime eğrisi (melt-curve) analizi kullanıldı. Göreceli ekspresyon, 2-ΔΔCt yöntemi kullanılarak hesaplandı. Eşleşmiş tümör ve komşu doku sonuçları, eşleşmiş klinik ölçümler olarak analiz edildi.
Hücre kültürü ve transfeksiyon
İnsan CRC hücre hattı HT29, yazarların laboratuvar hücre stokundan temin edilmiş olup kimliği doğrulanmış ve mikoplazma kontaminasyonu içermediği onaylanmıştır. HT29 hücreleri, %10 fetal bovine serum, 100 U/mL penisilin ve 100 µg/mL streptomisin ile takviye edilmiş McCoy's 5A ortamında, 37 oC sıcaklıkta ve %5 CO2 atmosferinde kültüre edilmiştir. Hücreler yaklaşık %80 konfluense ulaştıklarında pasajlanmıştır. miR-192-5p mimikleri ve negatif kontrol oligonükleotid con238, Sangon Biotech'ten (Şanghay, Çin) satın alınmış ve geçici transfeksiyon için kullanılmıştır. HT29 hücreleri 6 kuyucuklu plakalara ekilmiş ve hücre yoğunluğu yaklaşık %20–30'a ulaştığında, 50 nM final oligonükleotid konsantrasyonu ve reaktif üreticisinin talimatlarına göre uygulanan lipid tabanlı bir transfeksiyon protokolü kullanılarak transfekte edilmiştir. Tam reaktif-oligonükleotid oranı ve reaktif miktarı, yazarların laboratuvar kayıtlarında kullanılan üretici tarafından önerilen protokol takip edilerek belirlenmiştir. Hücreler, standart kültür koşulları altında transfeksiyon kompleksleri ile inkübe edilmiş ve transfeksiyon sonrası görüntüleme ile yara iyileşme analizleri deneysel takvime uygun olarak gerçekleştirilmiştir. Mevcut çalışmaya yalnızca HT29 hücre verileri dahil edilmiştir.
Yara iyileşme deneyi
Transfekte edilmiş HT29 hücreleri 6 kuyucuklu plaklara ekilmiş ve konfluent bir monolayer oluşana kadar kültüre edilmişlerdir. Steril bir 200 µL pipet ucu kullanılarak doğrusal bir çizik oluşturulmuş ve ayrılan hücreler PBS ile yıkanarak uzaklaştırılmıştır. Migrasyon değerlendirmesi sırasında proliferasyonla ilişkili etkileri azaltmak için besiyeri, serumsuz besiyeri ile değiştirilmiştir. Yara görüntüleri 0 sa, 24 sa ve 48 sa zaman noktalarında yakalanmıştır. Yara iyileşmesi analizi, üç bağımsız biyolojik replikatta gerçekleştirilmiş ve her grup ile zaman noktası için birden fazla mikroskobik alan ölçülmüştür. Yara genişliği, görüntü analiz yazılımı kullanılarak mikroskopi görüntülerinden nicelleştirilmiştir; orijinal ölçümler için kullanılan kesin yazılım sürümü kaynak kayıtlarda mevcut değildir. Yara iyileşme hızı, [(0 sa'daki yara genişliği - belirtilen zaman noktasındaki yara genişliği) / 0 sa'daki yara genişliği] x 100% şeklinde hesaplanmıştır. Mevcut taslak veriler ayrı bir proliferasyon kontrol deneyi içermediğinden, yara iyileşmesi sonuçları migrasyonla ilişkili olarak yorumlanmış ancak proliferasyon etkileri tamamen dışlanmamıştır.
İmmün imza korelasyon analizi
TCGA miR-192 ekspresyonu ile immün ilişkili imzalar arasındaki ilişki, primer tümör RNA-seq verileri kullanılarak yeniden değerlendirilmiştir. İmza-skor korelasyon analizine, eşleşmiş miRNA ve RNA-seq verilerine sahip toplam 425 tümör örneği dahil edilmiştir. Yanlış keşif oranı (FDR) düzeltmesi sonrası miR-192 ekspresyonunun; Tfh hücreleri (rho = -0.205, FDR = 0.00049), aktive dendritik hücreler (rho = -0.186, FDR = 0.00098), Treg hücreleri (rho = -0.185, FDR = 0.00098), plazmasitoid dendritik hücreler (rho = -0.169, FDR = 0.0027) ve makrofajlar (rho = -0.149, FDR = 0.0092) dahil olmak üzere birkaç immün imza ile istatistiksel olarak anlamlı ancak zayıf negatif korelasyonlar gösterdiği görülmüştür. Pozitif korelasyonlar temel olarak eozinofil (rho = 0.139, FDR = 0.0155) ve Th17 hücresi imzaları (rho = 0.121, FDR = 0.0296) için gözlemlenmiştir. Bu bulgular, tek tip bir pozitif immün infiltrasyon paterninden ziyade, heterojen ve genellikle zayıf immün ilişkiler olduğunu göstermektedir.
İstatistiksel analiz
İstatistiksel analizler GraphPad Prism 9.0, SPSS 25.0 ve R yazılımı 3.6.3 kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Sürekli değişkenler, uygun olduğu şekilde ortalama ± standart sapma veya medyan ile çeyrekler arası aralık olarak özetlenmiştir. Tümör ve komşu doku örnekleri eşleştirildiğinde, eşleştirilmiş doku karşılaştırmaları eşleştirilmiş testler kullanılarak analiz edilmiştir. Normallik varsayımları karşılanmadığında nonparametrik testler kullanılmıştır. Keşifsel diyagnostik ayrım için ROC eğrileri, dengeli yeniden örnekleme ve leave-one-normal-out analizi kullanılmıştır; kategorik klinikopatolojik ilişkiler için Ki-kare testleri; sağkalım analizleri için log-rank ve Cox modelleri; immün ve hub-gen analizleri için ise Spearman korelasyonu kullanılmıştır. İki yönlü p < 0.05 istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiş olup, immün imza korelasyonları için yanlış keşif oranı düzeltmesi bildirilmiştir.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Kamu veri setlerinde ve eşleştirilmiş klinik dokularda ekspresyon analizi
miR-192'nin ekspresyon paterni, GDC kaynaklı TCGA-COAD ve TCGA-READ miRNA-seq verileri kullanılarak yeniden değerlendirilmiştir (Şekil 1). Bu dosyalarda, veri tabanı düzeyindeki giriş doğrudan olgun hsa-miR-192-5p türü yerine hsa-mir-192 olarak tanımlanmıştır; bu nedenle, bu genel veri tabanı sonucu bir TCGA miR-192 sinyali olarak yorumlanmıştır. Birleştirilmiş COADREAD koho...
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Bu çalışma; kamuya açık veri seti analizi, lokal doku doğrulaması, hedef ağ tahmini, immün imza analizi ve in vitro migrasyon deneylerini birleştirerek, CRC'de miR-192-5p'nin klinik ve biyolojik önemini değerlendirmiştir. Analizlerde doğrulanmış TCGA örnek tanımlamaları kullanılmış, mümkün olan yerlerde COAD ve READ ayrımı yapılmış, log2(RPM + 1) miRNA değerleri kullanılmış, eşleşmiş ve eşleşmemiş karşıştırmalar ayırt edilmiş, ROC sağlamlığı test edilmiş ve hub-gen RNA-seq duyarlılık analizleri eklenmiştir. Temel bulgu, ...
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yazarların beyan edeceği herhangi bir çıkar çatışması yoktur.
Yazarlar, teknik destekleri için İç Moğolistan Tıp Üniversitesi Tümör Moleküler Tanı Laboratuvarına teşekkür ederler. Bu çalışma, makale işlem ücretini de karşılayan Yancheng Belediye Sağlık Komisyonu Bilimsel Araştırma Projesi (Hibe No. YK2023101) tarafından desteklenmiştir.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| 0.25%+2:60 trypsin-EDTA | Biological Industries | 03-054-1 | Hücre sindirimi/pasajlama |
| 10% amonyum persülfat | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | A8090 | SDS-PAGE reaktifi |
| 10% sodyum dodesil sülfat | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | SIS1070 | SDS-PAGE reaktifi |
| 4x protein yükleme tamponu | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | P1016 | Protein örnek hazırlama |
| -80 C ultra düşük sıcaklık dondurucusu | Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd. | https://www.haiermedical.com/ | Örnek saklama |
| Anti-Myc mikoplazma giderme reaktifi | Wuhan Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | P-CMR-001 | Mikoplazma dekontaminasyonu |
| ARL2, BATF2, MEN1 ve beta-actin primer setleri | Sangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, China | Özel sentezlenmiş | mRNA qPCR primerleri |
| Otomatik mikroplaka okuyucu | PerkinElmer, USA | VICTOR Nivo | Absorbans ölçümü |
| BCA Protein Assay Kit | Thermo Fisher Scientific | 23225 | Protein kantifikasyonu |
| Biyogüvenlik kabini / temiz bench | Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd. | https://www.haiermedical.com/ | Aseptik hücre kültürü |
| Hücre sayım odası / hemositometre | Shanghai Qiujing Biochemical Reagent Instrument Co., Ltd. | http://www.shqiujing.net/ | Hücre sayımı |
| Cell Counting Kit-8 (CCK-8) | Biosharp | BS350B | Hücre proliferasyonu/sitotoksisite analizi |
| Hücre kültürü flaskları, kültür plakaları, santrifüj tüpleri ve pipet uçları | Corning | https://www.corning.com/in/en.html | Genel hücre kültürü sarf malzemeleri |
| Cell Cycle and Apoptosis Detection Kit | Meilun Biotechnology Co., Ltd., Dalian, China | https://www.chemicalbook.com/ShowSupplierProductsList13366/0_EN.htm | Akış sitometrik hücre döngüsü/apoptoz analizi |
| CO2 hücre inkübatörü | Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd. | https://www.haiermedical.com/ | Hücre kültürü |
| con238 negatif kontrol oligonükleotid | Sangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, China | Özel sentezlenmiş | Transfeksiyon kontrolü |
| Cytoscape yazılımı | Cytoscape Consortium | https://cytoscape.org/ | Ağ modülü ve hub-gen görselleştirme |
| Dijital termostatik manyetik karıştırıcı | Changzhou Saipu Experimental Instrument Factory | https://czxtyq.en.alibaba.com/ | Çözelti hazırlama |
| Elektrikli termostatik blast kurutma fırını | Nanjing Wohuan Technology Industry Co., Ltd. | https://www.wtsensor.com/about-wt/aboutwt/ | Kurutma/sterilizasyon desteği |
| Elektroforez sistemi | Bio-Rad Laboratories | Mini-PROTEAN 3 Cell | Jel elektroforezi |
| Elektrotransfer sistemi | Hoefer | TE77XP | Protein transferi |
| Fetal sığır serumu | Biological Industries | 04-001-1ACS | Hücre kültürü takviyesi |
| Akış sitometresi | ACEA Biosciences | NovoCyte | Akış sitometrisi |
| Floresan ters mikroskop | Ningbo Sunny Instruments Co., Ltd. | https://www.sunny-instrument.com/en | Hücre ve yara görüntüleme |
| GDC/TCGA portalı | National Cancer Institute | Açık erişim veri tabanı | Kamuya açık miRNA-seq, RNA-seq ve klinik veriler |
| GEO veri tabanı | National Center for Biotechnology Information | GSE89076 ve GSE156355 | Kamuya açık gen ekspresyon veri setleri |
| GraphPad Prism | GraphPad Software | Versiyon 9 | İstatistiksel analiz ve grafikleme |
| Yüksek hızlı soğutmalı santrifüj | Shanghai Huxiangyi Centrifuge Instrument Co., Ltd. | https://www.bioridgecentrifuge.com/ | Örnek hazırlama |
| HT29 hücreleri | Yazarların laboratuvar hücre stoğu | Uygulanamaz | İnsan kolorektal kanser hücre hattı |
| Görüntü analiz yazılımı | ImageJ | Uygulanamaz | Yara genişliği kantifikasyonu |
| Görüntüleme sistemi | Tanon Science & Technology Co., Ltd. | Tanon-5200 | Jel/blot görüntüleme |
| IncuCyte S3 dinamik hücre gözlem ve fonksiyonel analiz sistemi | Beijing Sensi Wantong Technology Co., Ltd. | IncuCyte S3 | Canlı hücre görüntüleme/fonksiyon analizi |
| Akıllı termostatik su banyosu | Leica | HI1210 | Sıcaklık kontrollü inkübasyon |
| Lentivirüs ve enfeksiyon reaktifi | Shanghai GeneChem Co., Ltd. | https://synapse.patsnap.com/organization/04ffbf33ff2a6311226a8fa05498cec4 | Stabil hücre transduksiyonu |
| Manuel pipetler | Gilson | PIPETMAN P | Sıvı taşıma |
| McCoy's 5A bazal medyum | Wuhan Procell Life Science & Technology Co., Ltd. | PM150710 | HT29 hücre kültürü medyumu |
| Medikal santrifüj | Zhuhai üreticisi belirtilmemiş | 3200 | Örnek hazırlama |
| Medikal buzdolabı-dondurucu | Qingdao Haier Biomedical Co., Ltd. | https://www.haiermedical.com/ | Reaktif/örnek saklama |
| Meilunbio Fixer Süper Hassas ECL Kemilüminesans Substratı | Meilun Biotechnology Co., Ltd., Dalian, China | MA0186 | İmmunoblot tespiti |
| Mini santrifüj | Beijing DLAB Scientific Co., Ltd. | https://www.dlabsci.com/ | Örnek hazırlama |
| miR-192-5p ve U6 primer setleri | TIANGEN Biotech Co., Ltd., Beijing, China | Özel sentezlenmiş | miRNA qPCR primerleri |
| miR-192-5p mimik | Sangon Biotech Co., Ltd., Shanghai, China | Özel sentezlenmiş | Geçici transfeksiyon oligonükleotid |
| miRcute Enhanced miRNA First-Strand cDNA Synthesis Kit | TIANGEN Biotech Co., Ltd., Beijing, China | KR211 | miRNA ters transkripsiyonu |
| miRcute Enhanced miRNA Fluorescence Quantitation Kit (SYBR Green FP) | TIANGEN Biotech Co., Ltd., Beijing, China | FP411 | miRNA qPCR |
| miRWalk | Kamu veri tabanı | Web veri tabanı | miRNA-hedef tahmin veri tabanı |
| Nitrokselüloz membran | Millipore | HATF00010 | Protein transfer membranı |
| Yağsız kuru süt | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | D8340 | İmmunoblot bloklama reaktifi |
| Eşleştirilmiş kolorektal kanser ve bitişik kanser dışı dokular | Yazarların kurumu | Uygulanamaz | Klinik örnekler |
| PCR tüpleri | Corning | PCR-02-C | PCR/qRT-PCR kurulumu |
| Penisilin-streptomisin çözeltisi | Biological Industries | 03-031-1B | Hücre kültürü antibiyotiği |
| PerfectStart Uni RT&qPCR Kit | TransGen Biotech Co., Ltd., Beijing, China | AUQ-01 | mRNA ters transkripsiyonu ve qPCR |
| Fosfat tamponlu salin (PBS) | Biological Industries | 02-023-1A | Hücre yıkama tamponu |
| Ön boyanmış protein markörü | Fermentas | 26619 | Protein moleküler ağırlık markörü |
| Saf su hazırlama sistemi | China Moer | Mevcut değil | Saf su hazırlama |
| Puromisin | Phygene | PH1143 | Transdukt edilmiş hücrelerin seçimi |
| R yazılımı | R Foundation for Statistical Computing | Versiyon 3.6.3 | İstatistiksel analiz ve biyoinformatik |
| Hızlı transfer tamponu | Crisbio | Uygulanamaz | Protein elektrotransferi |
| Gerçek zamanlı floresan kantitatif PCR sistemi | Applied Biosystems (ABI), USA | Mevcut değil | qRT-PCR tespiti |
| RIPA lizis tamponu | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | R0020 | Protein ekstraksiyonu |
| RNaz-free mikro santrifüj tüpleri | Corning | 3208 | RNA taşıma |
| Serumsuz hücre kriyoprezervasyon medyumu | New Cell & Molecular Biotech Co., Ltd. | C40100 | Hücre kriyoprezervasyonu |
| SPSS Statistics | IBM | Versiyon 25 | İstatistiksel analiz |
| Stabilize antikor dilüenti | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | Uygulanamaz | Primer/sekonder antikor dilüsyonu |
| Steril pipet uçları | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd. | TP-10-C | Yara iyileşme çizme aracı |
| STRING veri tabanı | STRING Consortium | Web veri tabanı | Protein etkileşim ağı analizi |
| TEMED | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | T8090 | SDS-PAGE reaktifi |
| TransZol Up | TransGen Biotech Co., Ltd., Beijing, China | ET111-01 | RNA ekstraksiyonu |
| Tris-HCl tamponu, pH 6.8 | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | T1020 | SDS-PAGE istifleme-jel tamponu |
| Tris-HCl tamponu, pH 8.8 | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | T1010 | SDS-PAGE ayırıcı-jel tamponu |
| Tween-20 | Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | T8220 | İmmunoblot yıkama reaktifi |
| Dikey basınçlı buhar sterilizatörü | Shanghai Boxun Medical Biological Instrument Corp. | BXM-30R | Sterilizasyon |
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.