Epifiz bezi, omurgalı beyninin dorsal orta hattında yer alan küçük bir nöroendokrin yapı olup, melatonin hormonunun ritmik salınımı aracılığıyla sirkadiyen fizyolojinin düzenlenmesinde merkezi bir rol oynar1,2. Memeli embriyogenezi sırasında epifiz bezi, gelişmekte olan ön beynin dorsal orta hattından köken alır. Farelerde epifiz gelişimi, dorsal diensefalik nöroepitelyumun özelleşmiş bir bölgesinin epifiz anlage/epifiz resessini oluşturmasıyla başlar; bu yapı daha sonra embriyonik gün (E) 14,5'te dışa doğru büyüyerek epifiz divertikülünü oluşturur3,4,5. Bu divertikül, diensefalonun tavanına yapışıktır ve çift telensefalik veziküller arasında görülür. Gelişim ilerledikçe, bu divertikül beynin dorsal orta hattındaki üst yapılarla, özellikle de ön beynin dorsal yüzeyi boyunca uzanan venöz kanallar olan superior sagittal sinüs (SSS) ve transvers sinüs (TS) ile yakın ilişki kurar6. Gelişmekte olan epifiz bezi, SSS ve TS'nin kesişim noktasının hemen altında yer alır ve dorsal diensefalona olan hassas bağlantısı, beyni kafa kemerinden çıkarmak için üzerindeki vasküler-meningeal yapıların kaldırıldığı sırada özellikle savunmasızdır7. Bu durum, kafa kemeri beyin çıkarma işlemi için açıldığında epifiz bezinin kopma ihtimali nedeniyle, bezin hasara karşı özellikle hassas olmasına yol açar. Sonuç olarak, epifiz bezi rutin diseksiyonlar sırasında sıklıkla kaybedilir; bu da sağlam preparasyonlarda bezin yapısının ve moleküler kompozisyonunun analiz edilmesini kısıtlar.
Burada, pineal bezin ve diensefalon tavanına olan bağlantısının korunduğu fare beyni diseksiyonu için adım adım bir protokol sunuyoruz. Bu yöntem, E16.5'ten erken postnatal aşamalara (P7) kadar olan embriyonik evrelere uygulanabilir ve in situ hibridizasyon, immünohistokimya ve mekansal transkriptomik kullanılarak yapılan pineal bez gelişim çalışmaları için uygundur. Alt uygulamaların bir göstergesi olarak, pineal bezde zenginleşen marker CRX için in situ hibridizasyon ve immünohistokimya sunulmuştur.
Bu yöntemdeki temel yenilik, beyin kafatası boşluğundan çıkarıldığında epifiz bezinin kopmasına neden olacak fiziksel bağlantıların dikkatle uzaklaştırılmasıyla, orta hat yapıları üzerindeki stresin minimize edilmesidir. Bu, standart prosedüre göre bir iyileştirmedir.
Bu diseksiyon yöntemi P7 evresine kadar olan aşamalarla sınırlıdır; çünkü erken postnatal gelişim sırasında kafa kubbesinin ilerleyici kemikleşmesi, kafatasının sertliğini artırır ve meningeal ve vasküler yapılarla olan bağını güçlendirir. Yetişkin kemirgenlerde epifiz bezi diseksiyon prosedürlerini tanımlayan birçok çalışma olsa da8, bezin özellikle kırılgan olduğu ve beyin izolasyonu sırasında hasara karşı hassas olduğu embriyonik ve erken postnatal evrelerde epifiz bezinin korunmasına odaklanan çok az çalışma bulunmaktadır.