Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.

Araştırma makalesi

Çinli Bir Klinik Kohortta Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanserinde m6A Okuyucu Protein YTHDC2'nin Ekspresyonu

75 görüntülenme

⸱

DOI:

10.3791/72012

⸱

14 Ağustos 2026

 ,  , 
1The First School of Clinical Medicine, Hainan Medical University, 2School of Basic Medical Sciences, Hainan Medical University

Bu makalede

Özet

Bu çalışma, biyoinformatik ve qRT-PCR kullanarak küçük hücreli dışı akciğer kanserinde YTHDC2 ekspresyonunu değerlendirmektedir. Veritabanı analizleri downregülasyona ve prognostik öneme işaret ederken, klinik doğrulama anlamlı bir fark göstermemiştir. Bulgular, tutarsızlıkları vurgulayarak sınırlı tanısal doğruluğa işaret etmekte ve klinik uygulama öncesinde daha fazla doğrulamaya ihtiyaç olduğunu belirtmektedir.

Özet

Küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK), erken tanı ve prognoz için mevcut biyobelirteçlerin sınırlı olmasıyla birlikte, dünya genelinde kansere bağlı ölümlerin önde gelen nedenlerinden biri olmaya devam etmektedir. N6-metiladenozin (m6A) RNA modifikasyonu ve YTHDC2 gibi okuyucu proteinleri, gen düzenlenmesinde ve tümör oluşumunda kritik roller oynamaktadır. Bu çalışma, biyoinformatik ve kantitatif gerçek zamanlı PCR (qRT-PCR) kullanarak KHDAK dokularındaki YTHDC2 ekspresyon profilini değerlendirmeyi, YTHDC2 ile klinikopatolojik özellikler arasındaki ilişkiyi saptamayı ve gelecekteki araştırmalar için potansiyel klinik ve biyolojik önemini araştırmayı amaçlamaktadır. Prognostik doğruluk için veri tabanlarından elde edilen gen ekspresyonu ve sağkalım verileri analiz edilmiştir. Çinli bir klinik kohorttaki KHDAK dokularında YTHDC2 ekspresyonu kantifiye edilmiş ve klinikopatolojik özellikler analiz edilmiştir. Kamu veri tabanı analizleri, YTHDC2'nin KHDAK dokularında düşük eksprese olduğunu (p < 0.05) ve prognostik performansı düşük olmasına rağmen (AUC ≈ 0.5) hasta sağkalımı ile ilişkili olduğunu göstermiştir. 19 çift tümör ve komşu normal dokunun qRT-PCR analizi, kanserli ve komşu dokular arasında YTHDC2 ekspresyonunda istatistiksel olarak anlamlı bir fark (p = 0.537) olmadığını göstermiştir. Toplu olarak, kamu veri tabanı analizleri YTHDC2'nin KHDAK'da düşük eksprese olabileceğini ve potansiyel prognostik öneme sahip olabileceğini düşündürse de, kohortumuzdaki bağımsız klinik doğrulama anlamlı bir diferansiyel ekspresyonu onaylamamıştır. Bu bulgular, büyük ölçekli veri setleri ile gerçek dünya kohortları arasındaki önemli heterojenliği vurgulayarak, YTHDC2'nin tek başına güvenilir bir diyagnostik veya prognostik biyobelirteç olarak hizmet etme olasılığının düşük olduğunu ve klinik uygulanabilirlik için ek moleküler belirteçlerle entegrasyon gerektirebileceğini göstermektedir.

Giriş

Skuamöz hücreli karsinom ve adenokarsinomu kapsayan küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK), en sık teşhis edilen akciğer kanseri türüdür ve küresel kanser ölümlerinin önde gelen nedenlerinden biridir1. Küresel kanser istatistikleri, akciğer kanserinin kansere bağlı ölümlerin temel nedenlerinden biri olduğunu göstermektedir2. Teşhis, cerrahi, radyoterapi ve moleküler hedefli tedavideki son gelişmeler, KHDAK'nin prognozunu önemli ölçüde iyileştirmemiştir; çünkü ilk teşhis geç evrede konulmakta ve hastalık erken evrelerde genellikle asemptomatik seyretmektedir3. Bu durum, KHDAK hastalarında hastalığı tanımlamak, prognozunu belirlemek ve tedavi etkinliğini değerlendirmek için yeni biyobelirteçlere duyulan ihtiyacı vurgulamaktadır.

m6A, ökaryotlarda tanımlanan ilk ve en bol bulunan RNA modifikasyonudur; RNA stabilitesi, translasyon ve transkripsiyon ile ilişkili olduğu bilinmektedir4. m6A modifikasyonları; metiltransferazlar (yazıcılar), demetilazlar (siliciler) ve spesifik bağlanma proteinleri (okuyucular) aracılığıyla gerçekleştirilen dinamik ve tersinir süreçlerdir5. Bunlar arasında, temel bir m6A okuyucu protein olan YTHDC2, RNA stabilitesini ve translasyon hızını modüle eder6. Güncel çalışmalar, YTHDC2'nin hücre büyümesini ve invazyonunu baskılayarak veya hücre ölümünü tetikleyerek birçok kanser türünün regülasyonunda rol oynadığını göstermektedir7. Çalışmalar ayrıca, YTHDF1, YTHDF2 ve YTHDC1 dahil olmak üzere diğer m6A okuyucu proteinlerin akciğer kanseri progresyonu, immün regülasyon ve prognoz üzerindeki klinik önemini vurgulamış; bu durum, bağımsız hasta kohortlarında bireysel m6A okuyucuların sistematik olarak değerlendirilmesinin önemini ortaya koymuştur8,9,10. NSCLC'de YTHDC2 seviyeleri anlamlı derecede düşüktür ve bu durum yüksek tümör evreleri, lenf nodu metastazı ve hastalar için kötü prognoz ile ilişkilendirilmiş olup, YTHDC2'nin anti-tümör bir faktör olabileceğine işaret etmektedir11. In vitro ve in vivo deneyler de YTHDC2'nin yüksek ekspresyonunun akciğer kanserinde hücre proliferasyonunu ve metastazını inhibe ettiğini ortaya koymaktadır7.

Bu çalışmada, NSCLC'de YTHDC2 regülasyonu, entegre hesaplamalı analizler ve qRT-PCR aracılığıyla deneysel doğrulama yoluyla incelenmiştir. YTHDC2 ekspresyonu ile klinikopatolojik özellikler ve hasta prognozu arasındaki ilişki de araştırılmıştır. Genel veri tabanlarından gelen ve NSCLC'de YTHDC2 disregülasyonuna işaret eden kanıtlar artsa da, yayınlanmış çalışmalar YTHDC2 disregülasyonunun büyüklüğü ve klinik önemi konusunda tutarsız bulgular rapor etmiştir ve özellikle Asya popülasyonlarında, iyi karakterize edilmiş gerçek dünya klinik kohortlarındaki bağımsız doğrulamalar sınırlı kalmıştır. Ayrıca, önceki çalışmaların çoğu ağırlıklı olarak genel transkriptomik veri setlerine veya deneysel modellere dayanmış, biyoinformatik bulguları bağımsız klinik doğrulama ile entegre eden çalışmalar nispeten az sayıda olmuştur. Büyük ölçekli genel transkriptomik analizleri, Çinli bir klinik kohorttaki bağımsız qRT-PCR doğrulamasıyla birleştirerek, bu çalışma önceki bulguların tekrarlanabilirliğini değerlendirmeyi ve genel veri tabanı analizleri ile gerçek dünya klinik örnekleri arasındaki translasyonel boşluğu gidermeyi amaçlamıştır. Bu nedenle, bu çalışma entegre biyoinformatik ve klinik doğrulama yaklaşımlarını kullanarak YTHDC2 ekspresyonunu sistematik olarak değerlendirmeyi ve NSCLC'deki potansiyel biyolojik ve klinik ilişkisini belirlemeyi hedeflemiştir. YTHDC2 ekspresyonunun NSCLC'de disregüle olduğu ve biyoinformatik analizlerin bağımsız klinik doğrulama ile entegre edilmesinin, tanısal ve prognostik önemi hakkında her iki yaklaşımdan tek başına daha güvenilir bir değerlendirme sağlayacağı hipotezi kurulmuştur.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

Çalışma, Hainan Tıp Üniversitesi Etik Kurulu tarafından onaylanmış (onay numarası HMC1984.24) ve Helsinki Deklarasyonu (2013 revizyonu) ile uyumlu olarak yürütülmüştür.

Çalışma denekleri

Hainan Eyaleti'ndeki Sanya Merkez Hastanesi'nde 2017 ve 2024 yılları arasında teşhis konulmuş 50 akciğer kanseri hastası üzerinde, Çin Tıp Birliği'nin Akciğer Kanseri Tanı ve Tedavi Klinik Kılavuzları (2024 Baskısı) kullanılarak bir çalışma yürütülmüştür. Çalışmalar arası karşılaştırılabilirliği sağlamak amacıyla, Çin kohortlarında doğrulandığı üzere12, CSCO evrelemesi (2024) AJCC 8. Baskı ile uyumlu hale getirilmiş ve tutarlılığı sağlamak için iki bağımsız onkolog tarafından incelenmiştir. Hasta seçim süreci, doku mevcudiyeti, RNA kalite değerlendirmesi ve qRT-PCR analizi için nihai örnek dahil etme işlemleri Şekil 1'de özetlenmiştir.

Çalışma verileri

Bu çalışmada, NSCLC'deki YTHDC2 ekspresyon seviyelerini ve bunların klinikopatolojik özelliklerle ilişkisini analiz etmek ve potansiyel mekanizmalara dair içgörüler sunmak için biyoinformatik yöntemler kullanılmıştır. Biyoinformatik analizler, münhasıran GDC Veri Portalı (https://portal.gdc.cancer.gov/) üzerinden indirilen; akciğer adenokarsinomu (LUAD), akciğer skuamöz hücreli karsinomu (LUSC) ve ilgili normal akciğer dokusu örneklerini içeren The Cancer Genome Atlas (TCGA) halka açık RNA sekanslama verileri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. İndirilen veri seti, uygun TCGA-LUAD ve TCGA-LUSC vakaları için RNA sekanslama ekspresyon verilerinin yanı sıra mevcut klinik değişkenleri (hasta kimliği, örnek kimliği, yaş, cinsiyet, patolojik evre, sağkalım durumu ve genel sağkalım süresi) içermektedir. Gen ekspresyonu veya sağkalım bilgisi eksik olan örnekler, sonraki sağkalım ve ROC analizlerinden hariç tutulmuştur. Bu çalışmada kullanılan veri seti Ek Dosya 1 olarak sunulmuştur. Biyoinformatik analizler için Sanya Central Hospital'da toplanan herhangi bir klinik örnek kullanılmamıştır. GEPIA, Kaplan–Meier Plotter ve survivalROC analizlerine ilişkin ayrıntılı prosedürler, aşağıdaki Biyoinformatik analiz bölümünde verilmiştir. Veri edinimi, ön işleme, gen ekspresyon analizi, sağkalım analizi ve ROC analizini içeren eksiksiz biyoinformatik iş akışı Şekil 2'de özetlenmiştir.

Dahil etme ve hariç tutma kriterleri

Hastaların dahil edilme ve hariç tutulma kriterleri Tablo 1'de sunulmuştur. İstatistiksel güç analizi yazılımı kullanılarak yapılan güç analizi, grup başına en az 26 vakanın orta düzeyde bir etki boyutunu (d = 0.8, α = 0.05, çift kuyruklu) saptamak için %80 güç sağlayacağını belirlemiştir. Başlangıçtaki kayıt hedefi akciğer kanseri grubu için 50 çift olsa da, doku veya RNA kalitesi nedeniyle yapılan elemelerden sonra nihai qRT-PCR analizine 30 tümör örneği ve 19 normal komşu doku örneği dahil edilmiştir. Örneklem sayısındaki bu azalma, gerçek dünyadaki klinik kısıtlamaları yansıtmakta ve translasyonel çalışmalarda RNA bütünlüğünün ve doku mevcudiyetinin önemini vurgulamaktadır. Karşılaştırmalar için n = 19 olduğunda, saptanabilir minimum etki boyutu d = 1.0'dir (%80 güç, α = 0.05). Bu nedenle deney, YTHDC2 ekspresyonundaki büyük farkları saptamak için yeterli güce sahipti ancak küçük ila orta düzeydeki farkları saptamak için yeterli değildi.

Doku örnekleri ve kantitatif gerçek zamanlı PCR (qRT-PCR)

Patolojik tanılar, iki farklı patolog tarafından çift kör yöntemle belirlenmiştir. Tümör saflığı patologlar tarafından tahmin edilmiş (>%70 malign hücre) ve ESTIMATE (TCGA) aracılığıyla doğrulanmıştır. Stromal kontaminasyonu en aza indirmek için bitişik normal dokular makrodiseksiyon ile ayrılmıştır. Akciğer kanserinin histolojik tipleri arasında akciğer adenokarsinomu ve skuamöz hücreli karsinom yer almış olup, 26 akciğer adenokarsinomu ve 4 skuamöz hücreli karsinom vakası bulunmaktadır. 50 akciğer kanseri hastasının klinik evrelemesi, “Chinese Medical Association Clinical Guidelines for Lung Cancer (2024 Edition)” kılavuzunda belirtilen evreleme kriterlerine göre yapılmıştır. Patolojik olarak doğrulanmış NSCLC örnekleri (n = 50), tipik klinik dağılımları temsil etmektedir (bakınız Tablo 2). Başlangıçta dahil edilen 50 hastadan 30 tümör doku örneği ve 19 eşleştirilmiş bitişik normal doku örneği RNA kalite kriterlerini karşılamıştır. Eşli istatistiksel analiz, aynı hastadan alınan eşleştirilmiş örnekler gerektirdiğinden, tümör ile bitişik normal doku ekspresyonunun karşılaştırılması mevcut 19 eşleştirilmiş çift kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bu klinik örnekler yalnızca qRT-PCR ile deneysel doğrulama için kullanılmış ve biyoinformatik analizler için kullanılan halka açık TCGA veri setlerinden bağımsız olarak analiz edilmiştir. Seçilen bu örnekler, patolojik doğrulamadan hemen sonra işlenmiş ve RNA ekstraksiyonu öncesinde RNaz-free koşullar altında muhafaza edilmiştir. Bu alt küme, hem yeterli doku miktarının hem de yüksek kaliteli toplam RNA'nın (RNA bütünlük numarası, RIN >7.0) elde edilebildiği vakaları yansıtmaktadır. Ters transkripsiyon öncesinde toplam RNA konsantrasyonu ve saflığı ölçülmüş ve yalnızca yeterli RNA kalitesine (RIN >7.0) sahip örnekler sonraki analizlere dahil edilmiştir. Kantitatif PCR öncesinde, üretici protokolüne uygun olarak eşit miktarlarda toplam RNA, komplemanter DNA'ya (cDNA) ters transkribe edilmiştir. Bu işlem, analiz edilen gen ekspresyon verilerinin geçerliliğini sağlamıştır. qRT-PCR deneyleri, bir real-time PCR termosiklatöründe, prob tabanlı bir kantitatif PCR testi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Analitik tekrarlanabilirliği sağlamak amacıyla tüm reaksiyonlar, şablon kontrol (no-template control) örnekleri ile birlikte üç tekrarlı (triplicate) olarak yürütülmüştür. PCR amplifikasyonu aşağıdaki döngü koşulları altında gerçekleştirilmiştir: 95°C'de 10 dk başlangıç enzim aktivasyonu/denatürasyon adımı, ardından 95°C'de 15 sn denatürasyon ve 60°C'de 60 sn tavlama/uzama şeklinde 40 döngü. Floresan sinyalleri her amplifikasyon döngüsünün sonunda alınmıştır. Tüm reaktifler ve sarf malzemeleri ticari tedarikçilerden temin edilmiştir (bakınız Malzemeler Tablosu). qRT-PCR'da kullanılan primer ve prob dizileri Tablo 3'te sunulmuştur.

Biyoenformatik analiz

YTHDC2 gen ekspresyonunun GEPIA veri tabanı analizi

NSCLC'de YTHDC2 ekspresyonunu analiz etmek için GEPIA veri tabanı kullanıldı. GEPIA web sunucusuna (http://gepia.cancer-pku.cn/) bir web tarayıcısı aracılığıyla erişildi. Expression DIY modülü seçildi, "YTHDC2" gen sembolü girildi, LUAD ve LUSC veri setleri seçildi, varsayılan normalizasyon parametreleri korundu ve diferansiyel ekspresyon kutu grafikleri doğrudan GEPIA arayüzü üzerinden oluşturuldu. İstatistiksel anlamlılık p < 0.05 olarak tanımlandı.

Akciğer kanseri hastalarının sağkalım analizi için Kaplan-Meier plotter veri tabanı

Çalışmada, Kaplan-Meier Plotter veri tabanı kullanılarak akciğer kanseri hastalarında YTHDC2 ekspresyonu ile prognoz arasındaki ilişki analiz edilmiştir. Akciğer kanseri veri seti seçilmiş, "YTHDC2" gen sembolü girilmiş, otomatik seçilen en iyi eşik değeri (best cutoff) seçeneği uygulanmış ve varsayılan analiz ayarları kullanılarak genel sağkalım ile progresyon sonrası sağkalım için Kaplan-Meier eğrileri oluşturulmuştur. Hastalar, Kaplan-Meier Plotter platformu tarafından belirlenen optimal eşik değeri kullanılarak otomatik olarak yüksek ve düşük ekspresyon gruplarına ayrılmış ve platformun varsayılan ayarları kullanılarak karşılık gelen %95 güven aralıklarıyla birlikte hazard oranları hesaplanmıştır.

ROC eğrisi çizimi için R yazılımında R paketlerinin çalıştırılması

Uygun TCGA-LUAD ve TCGA-LUSC vakaları için RNA sekanslama ekspresyon verileri ve bunlara karşılık gelen klinik metadata GDC Veri Portalı'ndan indirilmiştir. İndirilen veri setleri hasta tanımlayıcılarına göre birleştirilmiş ve sonraki analizler için R ortamına aktarılmıştır. 1, 3 ve 5 yıllık öngörü zaman noktalarında zamana bağlı ROC eğrileri oluşturmak için survivalROC paketi kullanılmış ve YTHDC2 ekspresyonunun prognostik performansını değerlendirmek için ilgili eğri altındaki alan (AUC) değerleri hesaplanmıştır. Sağkalım ROC analizine yalnızca RNA-seq ekspresyon ve sağkalım bilgileri mevcut olan TCGA-LUAD ve TCGA-LUSC hastaları dahil edilmiştir. Uzun süreli takip verileri mevcut olmadığı için yerel klinik kohort sağkalım öngörüsü için kullanılmamıştır.

qRT-PCR ile doku YTHDC2 ekspresyonu

Gen ekspresyon seviyelerini analiz etmek için qRT-PCR gerçekleştirildi. Üreticinin önerdiği reaksiyon koşullarına göre her reaksiyona eşit hacimlerde cDNA eklendi. Amplifikasyon, prob tabanlı bir kantitatif PCR analizi kullanılarak gerçekleştirildi ve floresan verileri her amplifikasyon döngüsünün sonunda otomatik olarak toplandı. Kısaca RNA ekstraksiyon süreci; numune hazırlama, deparafinizasyon, kalıntı sıvının uzaklaştırılması, proteinaz K sindirimi, inkübasyon, santrifüj, DNaz işlemi, DNaz I eklenmesi ve etanol çöktürmesi dahil olmak üzere birkaç adımdan oluştu. Numune daha sonra silika tabanlı bir RNA saflaştırma kolonuna bağlandı ve 8.000 × g hızda 30 s boyunca santrifüj edildi. Kolon daha sonra yıkama tamponu 1, yıkama tamponu 2 ve etanol ile seyreltilmiş yıkama tamponu 2 ile yıkandı ve 13.000 × g hızda 2 dk boyunca kurutuldu. Ardından, kolon membranının merkezine 70 µL RNase-Free Water eklenerek ve ardından 13.000 × g hızda 1 dk santrifüj edilerek RNA elüe edildi. Her primer çifti, bağıl gen ekspresyonu hesaplanmadan önce erime eğrisi analizi ile doğrulanan tek bir amplifikasyon ürünü sergiledi. Primer verimliliği (%90–110), numune analizinden önce standart eğriler kullanılarak doğrulandı. Erime eğrisi analizleri, tekil amplikonların varlığını ve primer dimerlerinin yokluğunu onayladı. Bağıl YTHDC2 ekspresyonu, Ct değerlerinin endojen referans gen GAPDH'ye normalize edildiği 2-ΔCt yöntemi kullanılarak hesaplandı. Ekspresyon değerleri, bir kalibratör numuneye göre kat değişimleri yerine normalize edilmiş ekspresyon seviyeleri olarak sunulduğu için sonuçlar 2−ΔCt değerleri olarak rapor edilmiştir. GAPDH, m6A çalışmalarındaki referans gen seçim kriterleriyle uyumlu olarak, test edilen alternatiflere (ACTB, CV = %12; 18S rRNA, CV = %18) kıyasla ekspresyonu minimum değişkenlik (CV < %5) gösterdiği için housekeeping gen olarak seçilmiştir.

İstatistiksel analiz

Grafik ve şemaların oluşturulması da dahil olmak üzere istatistiksel analizler, istatistiksel yazılımlar kullanılarak gerçekleştirilmiştir. NSCLC hastalarında YTHDC2 gen ekspresyonuna ilişkin nicel ve kategorik verileri analiz etmek için biyoinformatik analizler ve ROC eğrisi oluşturma aşamalarında R yazılımı kullanılmıştır. Sağkalımı öngörmede YTHDC2 ekspresyonunun tanısal performansını değerlendirmek için ROC eğrileri ve AUC kullanılmıştır. Regresyon tabanlı analizler için, uygun olan yerlerde ilgili %95 güven aralıklarıyla birlikte etki tahminleri (odds oranları) raporlanmıştır. Eşleşmiş tümör ve komşu normal doku örnekleri arasındaki YTHDC2 ekspresyonunu karşılaştırmak için Wilcoxon işaretli sıra testi kullanılırken, YTHDC2 ekspresyonu ile klinikopatolojik özellikler arasındaki ilişkiyi değerlendirmek için Pearson korelasyon analizi kullanılmıştır. Korelasyon katsayıları (r) ve ilgili p-değerleri raporlanmıştır. qRT-PCR verileri aynı hastalardan alınan eşleşmiş tümör ve komşu normal doku örneklerinden oluştuğu ve gen ekspresyon verileri normal dağılmadığı için, eşleşmiş dokular arasındaki YTHDC2 ekspresyon seviyelerini karşılaştırmak amacıyla Wilcoxon işaretli sıra testi kullanılmıştır. Bu test, verilerin normalliğini varsaymaz ve çarpık biyolojik veriler için yaygın olarak kullanılır. Tüm istatistiksel testler çift yönlüdür ve p <0,05 istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. Sürekli değişkenler analizden önce normallik açısından değerlendirilmiştir. Sürekli değişkenler, uygun şekilde ortalama ± standart sapma veya medyan (çeyrekler arası aralık) olarak sunulmuştur.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

TCGA veri tabanına göre tümörlerde YTHDC2 geni ekspresyonu

Şekil 3, TCGA veri tabanındaki GDC aracı kullanılarak farklı kanser türlerindeki YTHDC2 ekspresyon seviyeleri incelenerek, NSCLC ile YTHDC2 arasındaki ilişkiyi göstermektedir.

GEPIA veri tabanında NSCLC'de YTHDC2 geninin ekspresyonu

GEPIA veri tabanındaki akciğer adenokarsinomu (LUAD) ve akciğer skuamöz hücreli karsin...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

YTH ailesindeki en büyük N6-metiladenozin (m6A) bağlayıcı protein olan YTHDC2, ATP'ye bağımlı RNA helikaz aktivitesi ile benzersizdir ve bu özelliği onu RNA metabolizmasının temel bir düzenleyicisi olarak ayırır13. Diğer YTH ailesi üyelerinin aksine, YTHDC2 hem çekirdekte hem de sitoplazmada bulunur ve burada mRNA translasyonunu ve RNA stabilitesini düzenler14. Önceki deneysel çalışmalar, YTHDC2'nin ADIRF ve MRPL12 mRNA ekspresyonunu inhibe ederek, apoptozu artırarak ve hüc...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

Yazarların beyan edilecek herhangi bir finansal veya finansal olmayan çıkar çatışması bulunmamaktadır.

Teşekkürler

Bu çalışma Hainan Eyalet Doğa Bilimleri Vakfı (No. 821RC735) tarafından desteklenmiştir.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
Özel Primerler ve ProblarSangon Biotech Co., Ltd., Şanghay, ÇinÖzel sentezPrimer ve prob sekansları Tablo 6'da listelenmiştir
DNase IMagen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ÇinDNase I (HiPure FFPE RNA Kit)Genomik DNA kontaminasyonunun giderilmesi
ESTIMATE algoritmasıYoshihara et al.R paketi (Versiyon 1.0.13)Tümör saflığı tahmini
FFPE RNA Ekstraksiyon KitiMagen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ÇinHiPure FFPE RNA Kit (R4130-02)FFPE dokudan RNA ekstraksiyonu
GDC Veri PortalıNational Cancer Institute (NCI), NIH, ABDhttps://portal.gdc.cancer.govTCGA veri setlerinin indirilmesi
GEPIA web sunucusuPekin Üniversitesi, Çinhttp://gepia.cancer-pku.cnGen ekspresyon analizi
Kaplan–Meier PlotterSemmelweis Üniversitesi, Macaristanhttps://kmplot.comSağkalım analizi
MikrosantrifüjEppendorf AG, Hamburg, Almanya5424 RRNA saflaştırma prosedürleri
NanoDrop SpektrofotometreThermo Fisher Scientific, Waltham, MA, ABDNanoDrop 2000/2000cRNA kantifikasyonu
Prob tabanlı qPCR Master MixThermo Fisher Scientific, Waltham, MA, ABDTaqMan Universal PCR Master Mix II (4440040)Kantitatif PCR amplifikasyonu
R İstatistik YazılımıR Foundation for Statistical Computing, Viyana, AvusturyaVersiyon 4.4.1İstatistiksel analizler ve ROC analizi
Real-time PCR SistemiBio-Rad Laboratories, Hercules, CA, ABDCFX Opus 96Kantitatif real-time PCR
Ters Transkripsiyon KitiThermo Fisher Scientific, Waltham, MA, ABDRevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit (K1622)cDNA sentezi
RNA Saflaştırma KolonuMagen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ÇinHiPure Mini Column ISilika membran RNA saflaştırma kolonu
RNase-Free SuMagen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ÇinRNase-Free WaterRNA elüsyonu
SPSS StatisticsIBM Corp., Armonk, NY, ABDIBM SPSS Statistics Versiyon 27.0İstatistiksel analizler
survivalROC paketiCRAN (R Foundation for Statistical Computing)Versiyon 1.0.3.1Zamana bağlı ROC analizi
TCGA veri tabanıNational Cancer Institute (NCI), NIH, ABDhttps://portal.gdc.cancer.govKamuya açık kanser genomik veri tabanı
Yıkama Tamponu RW1Magen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ÇinBuffer RW1RNA saflaştırma yıkama tamponu
Yıkama Tamponu RW2Magen Biotechnology Co., Ltd., Guangzhou, ÇinBuffer RW2RNA saflaştırma yıkama tamponu

Kaynaklar

  1. Shen, Y., Chen, J. Q., Li, X. P. Differences between lung adenocarcinoma and lung squamous cell carcinoma: Driver genes, therapeutic targets, and clinical efficacy. Genes Dis. 12 (1), 101374 (2025).
  2. Cao, W., Qin, K., Li, F., Chen, W. Comparative study of cancer profiles between 2020 and 2022 using global cancer statistics (GLOBOCAN). J. Natl. Cancer Cent. 4 (2), 128-134 (2024).
  3. Alduais, Y., Zhang, H., Fan, F., Chen, J., Chen, B. Non-small cell lung cancer (NSCLC): A review of risk factors, diagnosis, and treatment. Medicine (Baltimore). 102 (13), e32899 (2023).
  4. Sun, H., Li, K., Liu, C., Yi, C. Regulation and functions of non-m6A mRNA modifications. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 24 (11), 714-731 (2023).
  5. Zhang, W., Qian, Y., Jia, G. The detection and functions of RNA modification m6A based on m6A writers and erasers. J. Biol. Chem. 297 (2), 100973 (2021).
  6. Li, Y. et al. Autophagy activation is required for N6-methyladenosine modification to regulate ferroptosis in hepatocellular carcinoma. Redox Biol. 69, 102971 (2024).
  7. Wang, J. et al. Downregulation of m6A reader YTHDC2 promotes the proliferation and migration of malignant lung cells via the CYLD/NF-κB pathway. Int. J. Biol. Sci. 17 (10), 2633-2651 (2021).
  8. Koh, Y. W., Han, J. H., Haam, S., Lee, H. W. Prognostic and predictive value of YTHDF1 and YTHDF2 and their correlation with tumor-infiltrating immune cells in non-small cell carcinoma. Front. Oncol. 12, 996634 (2022).
  9. Tsuchiya, K. et al. YTHDF1 and YTHDF2 are associated with better patient survival and an inflamed tumor-immune microenvironment in non-small-cell lung cancer. Oncoimmunology. 10 (1), 1962656 (2021).
  10. Diao, H. et al. The m6A reader YTHDF1 promotes lung carcinoma progression via regulating ferritin-mediated ferroptosis in an m6A-dependent manner. Pharmaceuticals (Basel). 16 (2), 185 (2023).
  11. Sun, S. et al. Downregulation of m6A reader YTHDC2 promotes tumor progression and predicts poor prognosis in non-small cell lung cancer. Thorac. Cancer. 11 (11), 3269-3279 (2020).
  12. Chen, S., Wang, Z., Sun, B. Chinese Society of Clinical Oncology Non-small Cell Lung Cancer (CSCO NSCLC) guidelines in 2024: Key update on the management of early and locally advanced NSCLC. Cancer Biol. Med. In Press (2025). doi:10.20892/j.issn.2095-3941.2024.0592. (2025).
  13. Fan, S., Xu, X., Chen, J., Yin, Y., Zhao, Y. Genome-wide identification, characterization, and expression analysis of m6A readers-YTH domain-containing genes in alfalfa. BMC Genomics. 25, 18 (2024).
  14. Shi, R. et al. Linking the YTH domain to cancer: The importance of YTH family proteins in epigenetics. Cell Death Dis. 12 (4), 346 (2021).
  15. Wu, X. et al. The biological function of the N6-methyladenosine reader YTHDC2 and its role in diseases. J. Transl. Med. 22, 490 (2024).
  16. Teng, Y., Zhao, X., Xi, Y., Fu, N. N6-methyladenosine-regulated ADIRF impairs lung adenocarcinoma metastasis and serves as a potential prognostic biomarker. Cancer Biol. Ther. 24 (1), 2249173 (2023).
  17. Ma, L. et al. The m6A reader YTHDC2 inhibits lung adenocarcinoma tumorigenesis by suppressing SLC7A11-dependent antioxidant function. Redox Biol. 38, 101801 (2021).
  18. Ma, L. et al. Targeting SLC3A2 subunit of system XC− is essential for m6A reader YTHDC2 to be an endogenous ferroptosis inducer in lung adenocarcinoma. Free Radic. Biol. Med. 168, 25-43 (2021).
  19. Lin, Y. et al. Pan-cancer analysis reveals m6A variation and cell-specific regulatory network in different cancer types. Genomics Proteomics Bioinformatics. 22 (4), qzae052 (2024).
  20. Li, L. et al. Bioinformatic analysis of m6A "reader" YTH family in pan-cancer as a clinical prognosis biomarker. Sci. Rep. 13, 17350 (2023).
  21. Sun, Y., Liu, Y., Wang, P., Chang, L., Huang, J. The m6A reader YTHDC2 suppresses lung adenocarcinoma tumorigenesis by destabilizing MRPL12. Mol. Biotechnol. 66 (8), 1051-1061 (2024).
  22. Hajian-Tilaki, K. Receiver operating characteristic (ROC) curve analysis for medical diagnostic test evaluation. Caspian J. Intern. Med. 4 (2), 627-635 (2013).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Etiketler

YTHDC2 Ekspresyonum6A RNA ModifikasyonuOkuyucu ProteinlerGen Reg lasyonuT m rijenezKantitatif Real Time PCRPrognostik Biyobelirte lerKlinikopatolojik zelliklerBiyoenformatik Analiz
Bize Ulaşın
Kütüphaneye Öner

Gizlilik

Kullanım Koşulları

Politikalar

Telif Hakkı © 2026 MyJoVE Corporation. Tüm hakları saklıdır.