Tüm hayvan deney prosedürleri, Dr. Can Biotechnology (Zhejiang) Co., Ltd. Hayvan Deneyleri Etik İnceleme Kurulu tarafından incelenmiş ve onaylanmıştır. Çalışma, laboratuvar hayvanlarının bakımı ve kullanımıyla ilgili kurumsal yönergelerle uyumlu olarak yürütülmüştür. Hayvan etiği onay numarası DRK-20251015210'dur.
Hayvanlar ve Hücre Hatları
Etik onay, 20 SPF düzeyinde Sprague–Dawley sıçağın kullanımını kapsamıştır. Mevcut çalışmaya, deney başlangıcında 6–8 haftalık ve 280–300 g ağırlığında olan toplam 12 erkek SPF düzeyinde Sprague–Dawley sıçan dahil edilmiştir. Sıçanlar, Hangzhou Ziyuan Laboratory Animal Technology Co., Ltd.'den (Hangzhou, Çin; Üretim Lisans No. SCXK [Zhejiang] 2024-0004) temin edilmiş ve her grupta altı sıçan olacak şekilde kontrol ve klopidogrel tedavili gruplara rastgele atanmıştır. Sıçanlar, yaklaşık 22°C'de, 12 saatlik ışık/karanlık döngüsü altında, standart yeme ve sterilize içme suyuna serbest erişimi olacak şekilde kontrollü bir ortamda barındırılmıştır. Tüm sıçanların deneyden önce bir hafta boyunca aklimatize olmasına izin verilmiştir. Klopidogrel hidrojensülfat, 0,781 mg/mL konsantrasyonda %0,5 sodyum karboksimetil selüloz (CMC-Na) içerisinde süspanse edilmiştir. Klopidogrel tedavili gruptaki sıçanlar, 3 ardışık gün boyunca günde bir kez, vücut ağırlığı başına 10 mL/kg (1 mL/100 g vücut ağırlığına ve 7,81 mg/kg doza eşdeğer) oral gavaj yoluyla klopidogrel hidrojensülfat almışlardır. Kontrol grubundaki sıçanlar ise eşit hacimde %0,5 CMC-Na almışlardır. Doz ve 3 günlük tedavi süresi, daha önce raporlanmış kısa süreli oral klopidogrel uygulaması sıçan modeline dayanarak seçilmiştir. 3. gündeki son gavajın ardından, su ad libitum olarak sağlanırken, yem 12 saat boyunca verilmemiştir. Sıçanlar, bir indüksiyon odasında oksijen içinde %3 izofluran ile anestezi altına alınmış ve anestezi, bir burun konisi aracılığıyla iletilen %1,5–2,0 izofluran ile sürdürülmüştür. Yeterli anestezi derinliği, korneal ve pedal çekilme reflekslerinin yokluğu ile doğrulanmıştır. Kan, derin anestezi altında terminal kardiyak ponksiyon ile toplanmıştır. Sıçanlar derin anestezi halindeyken, eksanguinasyon ve ardından bilateral torakotomi ile ötanize edilmiştir. Ölüm, korneal ve pedal çekilme reflekslerinin yokluğuyla birlikte, en az 5 dakika boyunca spontan respirasyon ve kardiyak aktivitenin olmamasıyla doğrulanmıştır. Ardından mide hızla çıkarılmış, büyük kurvatur boyunca açılmış ve buz gibi soğuk salin ile nazikçe durulanmıştır.
İnsan gastrik mukoza epitel hücre hattı GES-1, iCell Bioscience Inc.'den (Şanghay, Çin; Kat. No. iCell-h062) temin edilmiş ve tedarikçi tarafından kısa tandem tekrar profillemesi ile doğrulanmıştır. Hücreler, %10 fetal bovine serum (FBS) ve %1 penisilin–streptomisin ile desteklenmiş RPMI-1640 besiyerinde, %5 CO₂ içeren, nemlendirilmiş bir inkübatörde 37°C'de kültüre edilmiştir. Deneyler için pasaj 3 ile 10 arasındaki erken pasaj hücreleri kullanılmıştır. Hücre konfluensi yaklaşık %80%–90'a ulaştığında, hücreler 1:3 ayırma oranıyla pasajlanmıştır. Sonraki deneyler için logaritmik büyüme fazındaki hücreler kullanılmıştır. CCK-8 analizi için hücreler, 96 kuyucuklu plakalara 6 × 103 hücre/kuyucuk yoğunluğunda ekilmiştir. Apoptoz ve hücre döngüsü analizleri için hücreler, 6 kuyucuklu plakalara yaklaşık 5 × 105 hücre/kuyucuk yoğunluğunda ekilmiş ve klopidogrel uygulaması öncesinde yapışmaları beklenmiştir.
Kimyasallar ve Çözeltiler
Hayvan ve hücre deneyleri için klopidogrel hidrojensülfat (Kat. No. C874834; saflık ≥ 99%) kullanılmıştır. 100 mg klopidogrel tozunun dimetil sülfoksitte (DMSO) çözülmesiyle 1 M stok çözelti şeklinde klopidogrel stok çözeltisi hazırlanmıştır. Stok çözelti, kullanımdan önce gerekli çalışma konsantrasyonlarına kadar seyreltilmiştir. 1 M stok çözelti, 10, 100, 200, 400, 600, 800 ve 1000 mM konsantrasyonlarında 1000× dozlama çözeltileri hazırlamak için DMSO ile seri olarak seyreltilmiştir. Uygulamadan hemen önce, sırasıyla 0.01, 0.1, 0.2, 0.4, 0.6, 0.8 ve 1.0 mM nihai klopidogrel konsantrasyonları elde etmek için her bir 1000× dozlama çözeltisi, tamamlayıcı kültür ortamına 1:1000 (v/v) oranında eklenmiştir. Araç kontrol grubu, klopidogrel içermeyen eşit hacimde DMSO almıştır. Böylece, tüm gruplarda nihai DMSO konsantrasyonu %0.1 (v/v) düzeyinde tutulmuştur. Kültüre edilmiş GES-1 hücreleri, klopidogrelin hepatik sitokrom P450 aracılı biyovaktivasyonunu yeniden üretmemektedir. Bu nedenle, doğrudan klopidogrel tedavisi, keşifsel bir ana bileşik maruziyet modeli olarak kullanılmıştır. Konsantrasyon aralığı, deneysel koşullar altında konsantrasyona bağlı hücresel yanıtları karakterize etmek için seçilmiştir ve klinik olarak ulaşılabilir plazma veya mide dokusu konsantrasyonlarına eşdeğer olarak yorumlanmamalıdır.
Hücre Alt Kültürü
Bazal kültür ortamı FBS ve penisilin-streptomisin ile desteklenerek tam besiyeri hazırlandı. Hücre konfluenslemesi yaklaşık %80'e ulaştığında, kültür ortamı uzaklaştırıldı ve hücreler steril fosfat tamponlu salin (PBS) ile üç kez yıkandı. Ardından hücreler, yaklaşık 1-2 dk boyunca tripsin-etilendiaminotetraasetik asit (EDTA) solüsyonu ile sindirildi. Hücrelerin kısmi ayrılması sonrası, sindirimi sonlandırmak için tam besiyeri eklendi. Hücre süspansiyonu 1.200 × g'de 3 dk santrifüj edildi. Süpernatan uzaklaştırıldıktan sonra, hücre peleti 1-2 mL tam besiyerinde yeniden süspanse edildi ve deneysel gereksinimlere göre yeni kültür kaplarına ekildi.
CCK-8 Hücre Canlılık Analizi
Logaritmik büyüme aşamasındaki GES-1 hücreleri, 96 kuyucuklu plakalara kuyucuk başına 6 × 103 hücre olacak şekilde ekildi ve hücrelerin yapışması için gece boyunca kültüre edildi. Yapışma gerçekleştikten sonra hücreler, farklı konsantrasyonlarda clopidogrel (0, 0.01, 0.1, 0.2, 0.4, 0.6, 0.8 ve 1.0 mM) ile 24 sa boyunca işleme tabi tutuldu. Kontrol grubu, aynı nihai konsantrasyonda taşıyıcı madde aldı. İşlem sonrası, her kuyucuğa CCK-8 solüsyonu eklendi ve kit talimatlarına uygun olarak 37°C'de inkübe edildi. 450 nm'deki absorbans, bir mikroplaka okuyucu kullanılarak ölçüldü. Hücre canlılığı, kontrol grubunun yüzdesi olarak hesaplandı. Konsantrasyon-yanıt sonuçlarına dayanarak, sonraki apoptoz, hücre döngüsü, qPCR ve Western blot analizleri için 24 saat boyunca 0.1 mM clopidogrel uygulaması seçildi.
Akış Sitometrisi Analizi
GES-1 hücreleri 6 kuyucuklu plakalara ekildi ve hücre yapışması gerçekleştikten sonra 24 saat boyunca 0,1 mM clopidogrel ilele işleme tabi tutuldu. İşlem sonrası, hem yüzen hem de yapışık hücreler toplandı. Yapışık hücreler EDTA içermeyen tripsin ile digeste edildi, soğuk PBS ile iki kez yıkandı ve bağlanma tamponunda yeniden süspanse edildi. Hücreler, üretici talimatlarına uygun olarak Annexin V-FITC/PI Apoptosis Kit kullanılarak boyandı. Oda sıcaklığında ve karanlıkta inkübasyon sonrası, apoptotik hücreler RaiseCyte 2L6C akış sitometresi kullanılarak tespit edildi. Veriler RaiseFlower veri toplama yazılımı ile elde edildi ve FlowJo yazılımı (versiyon 10.8.1) kullanılarak analiz edildi. Erken apoptotik, geç apoptotik ve toplam apoptotik hücre popülasyonları FlowJo yazılımı ile nicelendirildi.
Hücre Döngüsü Dağılımının Akış Sitometrik Analizi
GES-1 hücreleri 6 kuyucuklu plakalara ekildi ve 24 saat boyunca 0,1 mM klopidogrel ilele işleme tabi tutuldu. İşlemden sonra hücreler toplandı, PBS ile yıkandı ve 4°C'de önceden soğutulmuş %70 etanol ile fikse edildi. Fikse edilen hücreler, kalıntı etanolü uzaklaştırmak için yıkandı ve üretici talimatlarına uygun olarak karanlıkta RNase A ve propidyum iyodür boyama çözeltisi ile inkübe edildi. Hücre döngüsü dağılımı, bir akış sitometresi kullanılarak analiz edildi. Veriler, veri toplama yazılımı kullanılarak elde edildi ve FlowJo yazılımı ile analiz edildi. Hücre döngüsü dağılımları Watson modeli kullanılarak fit edildi ve G0/G1, S ve G2/M fazlarındaki hücrelerin yüzdeleri hesaplandı.
Kantitatif Gerçek Zamanlı PCR (qPCR)
Toplam RNA, bir RNA ekstraksiyon kiti kullanılarak kit talimatlarına uygun olarak GES-1 hücrelerinden ve sıçan mide dokusu örneklerinden ekstrakte edildi. Doku örnekleri için gastrik mukoza dokuları hızla toplandı, düşük sıcaklık koşulları altında homojenize edildi ve RNA ekstraksiyonuna tabi tutuldu. RNA konsantrasyonu ve saflığı, 260 ve 280 nm'deki absorbans ölçülerek belirlendi. Eşit miktardaki RNA, genomik DNA uzaklaştırma özellikli bir ters transkripsiyon kiti kullanılarak komplemanter DNA'ya (cDNA) ters transkribe edildi. Kantitatif gerçek zamanlı PCR, SYBR Green tabanlı bir PCR master mix kullanılarak gerçekleştirildi. Her reaksiyon; 10 µL 2× master mix, 1 µL cDNA, 0,4 µL ileri primer, 0,4 µL geri primer ve 8,2 µL RNase-free ddH₂O içeren toplam 20 µL hacimde gerçekleştirildi. Termal döngü koşulları şu şekildeydi: 95°C'de 10 dk başlangıç denatürasyonu, ardından 95°C'de 10 sn denatürasyon, 60°C'de 30 sn bağlanma ve 72°C'de 30 sn uzama şeklinde 40 döngü. CHOP, ATF5, Bcl-2 ve Bax ekspresyon seviyeleri belirlendi. İç referans gen olarak GAPDH kullanıldı. Relatif gen ekspresyonu 2−ΔΔCt yöntemi kullanılarak hesaplandı. Primer dizileri Ek Tablo 1'de listelenmiştir.
Western Blot
GES-1 hücrelerinden ve sıçan mide dokusu örneklerinden toplam protein ekstraksiyonu yapıldı. Hücre örnekleri için, işlem görmüş GES-1 hücreleri soğuk PBS ile yıkandı ve proteaz inhibitörü içeren radioimmunoprecipitation assay (RIPA) lizis tamponu kullanılarak lizlendi. Doku örnekleri için, mide mukozal dokuları düşük sıcaklık koşullarında RIPA tamponunda homojenize edildi ve ardından süpernatantı toplamak için santrifüj edildi. Protein konsantrasyonları BCA protein analizi ile belirlendi. Her şeride toplam 20 µg protein, sodyum dodesil sülfat-poliakrilamid jel elektroforezi (SDS-PAGE) ile ayrılarak poliviniliden diflorür (PVDF) membranlara aktarıldı. Sığır serum albümini (BSA) ile bloklama işleminden sonra membranlar; CHOP (1:1000), ATF5 (1:1000), Bcl-2 (1:1000), Bax (1:1000) ve β-actin (1:5000) karşıtı primer antikorlar ile 4°C'de gece boyunca inkübe edildi. Yıkamanın ardından membranlar, ilgili yaban turpu peroksidaz-konjuge sekonder antikorlar (1:10000) ile inkübe edildi. Protein bantları, geliştirilmiş kemilüminesans reaktifi kullanılarak görselleştirildi ve bir kemilüminesans görüntüleme sistemi ile kaydedildi. Bant yoğunlukları görüntü analiz yazılımı kullanılarak nicelendirildi ve β-actin'e göre normalize edildi.
Histopatolojik Değerlendirme
Gastrik doku örnekleri, klopidogrel tedavisi sonrası Sprague–Dawley sıçanlarından toplandı ve %10 nötr tamponlu formalinle sabitlendi. Örnekler dehidrate edildi, şeffaflaştırıldı, parafine gömüldü ve 4 µm kalınlığında kesildi. Parafin kesitler hematoksilin ve eozin ile boyandı. Histopatolojik değişiklikler; mukoza morfolojisi, epitelyal bütünlük, ödem ve inflamatuar hücre infiltrasyonu baz alınarak bir ışık mikroskobu altında kalitatif olarak değerlendirildi. Temsili görüntüler kaydedildi. Herhangi bir histolojik skorlama sistemi uygulanmadı.
İmmünohistokimya
Parafine gömülü mide dokusu kesitleri ksilen ile deparafine edildi ve dereceli bir etanol serisi aracılığıyla yeniden hidrate edildi. Isı ile uyarılmış antijen geri kazanımı sitrat tamponunda gerçekleştirildi. Endojen peroksidaz aktivitesi %3 hidrojen peroksit ile 10 dk boyunca bloke edildi ve spesifik olmayan bağlanma, oda sıcaklığında 30 dk boyunca normal keçi serumu ile bloke edildi. Kesitler daha sonra CHOP, ATF5, Bcl-2 ve Bax'a karşı primer antikorlarla birlikte 4°C'de gece boyu inkübe edildi. PBS ile yıkamanın ardından kesitler, uygun yaban turbası peroksidaz-konjuge ikincil antikorla inkübe edildi. İmmünreaktif sinyaller DAB kromojenik çözeltisi kullanılarak görselleştirildi ve ardından hematoksilin ile karşıt boyama yapıldı. Kesitlerledehidrate edildi, şeffaflaştırıldı, lam üzerine monte edildi ve bir ışık mikroskobu altında incelendi. Temsili görüntüler yakalandı ve pozitif boyama alanı görüntü analiz yazılımı kullanılarak nicelendirildi.
İmmünofloresan Boyama
Parafin gömülü mide doku kesitleri deparafine edildi, rehidre edildi ve sitrat tamponunda ısı ile tetiklenen antijen geri kazanım işlemine tabi tutuldu. Normal keçi serumu ile 30 dk boyunca bloklama yapıldıktan sonra kesitler; CHOP (1:50), ATF5 (1:100), Bcl-2 (1:50) ve Bax (1:200) karşıtı primer antikorlarla 4°C'de gece boyunca inkübe edildi. PBS ile yıkamanın ardından kesitler, uygun floresan sekonder antikorlar (1:500) ile oda sıcaklığında, karanlıkta 1 saat boyunca inkübe edildi ve ardından DAPI ile karşı boyama yapıldı. Görüntüler, bir floresan mikroskobu kullanılarak ×200 büyütmede kaydedildi. Her hayvandan rastgele seçilen, birbiriyle örtüşmeyen üç alan Image-Pro Plus 6.0 kullanılarak analiz edildi ve floresan yoğunluğu IOD/Area olarak ifade edildi. Analize grup başına üç hayvan dahil edildi.
Enzim Bağlı İmmunosorbent Deneyi (ELISA)
Kan örnekleri, tedavi sonrası Sprague–Dawley sıçanlarından toplandı ve oda sıcaklığında pıhtılaşmaya bırakıldı. Serum, santrifüj ile ayrıldı ve analiz edilene kadar −80°C'de saklandı. IL-1β, IL-6 ve TNF-α serum düzeyleri, kit talimatlarına uygun olarak ELISA kitleri kullanılarak ölçüldü. Absorbans, bir mikroplaka okuyucu ile ölçüldü ve sitokin konsantrasyonları standart eğrilerle hesaplandı.
İstatistiksel Analiz
İstatistiksel analizler, istatistiksel analiz yazılımı kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Veriler, ortalama ± SD olarak sunulmuştur. Normalite ve varyans homojenliği, sırasıyla Shapiro–Wilk testi ve Levene testi kullanılarak değerlendirilmiştir. İki grup arasındaki karşılaştırmalar Student's t-testi ile yapılmıştır. Birden fazla grup arasındaki karşılaştırmalar, tek yönlü varyans analizi ve ardından Dunnett post hoc testi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. P < 0.05 değeri istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. Tüm hücre deneyleri, en az üç bağımsız biyolojik tekrarlı olarak yürütülmüştür.