EEG ön işleme, öznitelik çıkarımı ve sınıflandırma iş akışının şematik bir genel görünümü Şekil 1'de gösterilmiştir. Çalışmada kullanılan materyaller ve yazılımlar Materyal Tablosunda listelenmiştir.

Şekil 1: EEG ön işleme, özellik çıkarımı ve sınıflandırma hattının iş akışı. EEG veri doğrulaması, bant geçiren filtreleme ve yeniden referanslama, karekök ortalama (RMS), güç spektral yoğunluğu (PSD) ve entropi özelliklerinin çıkarılması, yaş bilgisinin eklenmesi, eğitim-test ayırımı, Random Forest model geliştirme, özellik kararlılık analizi, SHAP analizi, Cohen’s d etki büyüklüğü analizi, entegre özellik seçimi, entropi-özellik ablasyonu, modelin yeniden eğitimi ve performans değerlendirmesini içeren çalışma iş akışının şematik genel görünümü. Bu şeklin daha büyük bir versiyonunu görüntülemek için lütfen buraya tıklayın.
1. Veri toplama
Halka açık dinlenme durumu EEG veri seti OpenNeuro deposundan (veri seti ds004504, versiyon 1.0.9) elde edildi33. Katılımcı etiketleri ve demografik bilgiler doğrulandı. Veri seti; 36'sı Alzheimer hastalığı (AD), 23'ü frontotemporal demans (FTD) olan katılımcıları ve 29 sağlıklı kontrolü (HC) olmak üzere toplam 88 katılımcıdan oluşmaktaydı.
2. EEG kayıtlarının içe aktarılması
Her katılımcı için EEG kaydı, MNE-Python kütüphanesi kullanılarak yüklendi. Her EEG dosyasının erişilebilir olduğu, başarıyla içe aktarılabildiği ve geçerli bir katılımcı tanımlayıcısı içerdiği kontrol edildi. Eksik veya bozuk dosyaları olan kayıtlar çalışma dışı bırakıldı. Bu aşamada 500 Hz olan orijinal EEG örnekleme frekansı korundu. Hesaplama yükünü azaltmak amacıyla, çalışmanın klinik açıdan ilgili tüm EEG bilgilerini koruyacak şekilde sinyallerin örnekleme hızı düşürüldü.
3. Bant geçiren filtreleme
Sürekli EEG kayıtları, düşük kesim frekansı 0.5 Hz ve yüksek kesim frekansı 40 Hz olan dördüncü derece bir bant geçiren filtre kullanılarak filtrelendi.
4. Ortak ortalama referanslama ve epoklama
Filtrelenmiş EEG kayıtlarına ortak ortalama referanslama (CAR) uygulandı. Her bir zaman örneğinde, mevcut tüm EEG kanalları genelindeki ortalama sinyal hesaplandı ve her bir kanaldan çıkarıldı. Referanslanmış EEG sinyalleri sonraki analizler için saklandı. Her bir referanslanmış EEG kaydı, MNE-Python'daki make_fixed_length_epochs() fonksiyonu kullanılarak sabit uzunlukta epoklara ayrıldı. 0 s çakışmalı 10 s'lik bir epok süresi kullanıldı.
5. Epok doğrulaması
Her katılımcı için yalnızca tamamlanmış 10s epoklar tutuldu. Bir kaydın sonunda kalan 10 s'den kısa olan tüm EEG segmentleri atıldı. Tutulan her bir epok, daha sonra öznitelik çıkarımı için bireysel bir örnek olarak kullanıldı.
6. Öznitelik hazırlığı
Kaynak veri setinde Mini-Mental Durum Muayenesi (MMSE) verileri mevcut olsa da, bunlar mevcut analizden hariç tutulmuştur. Çıkartılan EEG öznitelikleri, participants.csv meta veri dosyasından alınan yaş ve tanı etiketleri dahil olmak üzere katılımcı demografik bilgileriyle birleştirilmiştir. Katılımcı tanımlayıcı ortak anahtar olarak kullanılmış ve yalnızca hem EEG öznitelik kayıtları hem de karşılık gelen demografik bilgileri olan katılımcılar tutulmuştur.
Çok bölgeli özellik matrisi; beş kare kök ortalama (RMS) özelliğini (delta_rms, theta_rms, alpha_rms, beta_rms ve gamma_rms), beş güç spektral yoğunluğu (PSD) özelliğini (delta_psd, theta_psd, alpha_psd, beta_psd ve gamma_psd) ve beş entropi özelliğini (delta_entropy, theta_entropy, alpha_entropy, beta_entropy ve gamma_entropy) içermekteydi. Yaş, tamamlayıcı bir demografik değişken olarak eklenmiştir. Yaş dağılımları tanı grupları arasında farklılık gösterebileceğinden, demografik karıştırıcı etkiler tamamen dışlanamamıştır. AD, HC veya FTD olarak tanımlanan tanı grubu, hedef etiket olarak atanmıştır.
7. Veri ön işleme ve eğitim-test bölümlendirmesi
Ön işleme sırasında, ilgili EEG frekans bilgileri korunurken hesaplama gereksinimlerini azaltmak için kayıtlar 500 Hz'den 250 Hz'e düşürülmüştür.
Veri seti, gruplandırılmış bölme stratejisi kullanılarak denek düzeyinde eğitim (%80) ve test (%20) alt kümelerine ayrılmıştır. Denek düzeyindeki tahminler, daha sonra her bir katılımcıya ait tahmin edilen epoklar arasında çoğunluk oylaması yoluyla elde edilmiştir. Temel değerlendirmede, aynı katılımcıya ait epokların her iki alt kümede birden yer almasını önlemek için denek düzeyinde gruplandırılmış eğitim-test bölmesi kullanılmıştır. Denek düzeyindeki tahminler, her bir katılımcıya ait tahmin edilen epoklar arasında çoğunluk oylaması yapılarak elde edilmiştir. Veri seti eksik değerler açısından incelenmiş ve eksik gözlemler uygun şekilde kaldırılmış veya doldurulmuştur. Tanı etiketleri kodlanmıştır. Eğitim verileri üzerinde bir StandardScaler fit edilmiş ve ardından hem eğitim hem de test veri setlerine uygulanmıştır.
8. Rastgele orman model geliştirme
80 ağaç, 10 maksimum ağaç derinliği, maksimum dört özellik, yaprak başına minimum beş örnek ve 42 rastgele durum kullanılarak bir Rastgele Orman sınıflandırıcısı başlatıldı. Sınıflandırıcı, standardize edilmiş eğitim veri seti kullanılarak eğitildi.
9. Model değerlendirmesi
Hem eğitim hem de test veri setleri için sınıf etiketleri tahmin edildi. Bir hata matrisi oluşturuldu ve sınıflandırma raporuyla birlikte doğruluk, kesinlik, duyarlılık ve F1-skoru hesaplandı. Eğitim ve test doğruluk oranları kaydedildi.
Katılımcı bazlı değerlendirme için, belirli bir katılımcıya ait tüm epokların yalnızca eğitim veya test alt kümesinden birine atandığından emin olun. Random Forest sınıflandırıcısı, birincil analizdekilerle aynı hiperparametreler kullanılarak eğitilmiştir.
10. Çapraz doğrulama
Ek bir model değerlendirme prosedürü olarak, shuffle = True ve random_state = 30 kullanılarak beş katlı tabakalı çapraz doğrulama gerçekleştirilmiştir. Beş kat arasındaki ortalama doğruluk ve standart sapma hesaplanmıştır. Bu analiz, temel denek düzeyindeki ayırma (holdout) değerlendirmesinden ayrı olarak değerlendirilmiştir.
11. Özellik kararlılık analizi
Özellik kararlılığı, 0'dan 9'a kadar rastgele tohumlar kullanılarak Random Forest eğitimi 10 kez tekrarlanarak değerlendirilmiştir. Her çalıştırma için test doğruluğu ve özellik önem puanları kaydedilmiştir. Her bir öngördürücü için özellik önem puanının ortalaması ve standart sapması 10 çalıştırma boyunca hesaplanmış ve öngördürücüler kararlılıklarına göre sıralanmıştır. Bu analiz, birincil denek düzeyindeki değerlendirmenin yerine geçmekten ziyade, özellik sıralamalarının tutarlılığını değerlendirmek için kullanılmıştır.
12. Açıklanabilir yapay zeka analizi
Eğitilmiş Random Forest modeline SHAP TreeExplainer uygulandı. Her bir özelliğin model tahminlerine olan katkısını tahmin etmek için SHAP değerleri hesaplandı. Her özellik için ortalama mutlak SHAP değeri hesaplandı ve özellikler SHAP katkılarına göre sıralandı. Sürekli düşük SHAP değerlerine sahip özellikler belirlenerek özellik stabilitesi ve Cohen’s d analizlerinin sonuçlarıyla karşılaştırıldı. Sürekli düşük katkı gösteren özellikler, sonraki ablasyon ve model yeniden eğitimi işlemleri için seçildi.
13. İstatistiksel etki büyüklüğü analizi
AD karşısında HC, AD karşısında FTD ve FTD karşısında HC karşılaştırmaları için her bir EEG biyobelirteci adına Cohen’s d hesaplandı. Etki büyüklüğü değerleri; küçük etki için 0,20, orta etki için 0,50 ve büyük etki için 0,80 eşik değerleri kullanılarak yorumlandı.
14. Entegre özellik seçimi
Random Forest özellik önem analizi, SHAP analizi ve Cohen’s d analizi sonuçları karşılaştırıldı. Tutarlı bir şekilde düşük özellik önemi, düşük SHAP katkısı ve küçük etki büyüklükleri sergileyen öngörücüler, çıkarılacak adaylar olarak belirlendi.
15. Özellik ablasyonu
Entropi özellikleri keşifsel bir ablasyon analizinde değerlendirildi ve RMS, PSD ve yaş içeren indirgenmiş bir özellik matrisi oluşturuldu. Random Forest sınıflandırıcısı, aynı hiperparametreler kullanılarak yeniden eğitildi. Model eğitimi, testi, çapraz doğrulama ve alıcı işletim karakteristikleri (ROC) analizi, indirgenmiş özellik seti kullanılarak tekrarlandı.
16. ROC analizi
Sınıf olasılıkları, optimize edilmiş Random Forest sınıflandırıcısından elde edilmiştir. Çok sınıflı ROC eğrileri, tekli-karşı-dinlenme stratejisi. Sınıfa özgü eğri altındaki alan (AUC) değerleri ve ortalama AUC hesaplandı.
17. Performans karşılaştırması
Tam özellik modelinin performansı, entropi özelliği ablasyonu sonrası elde edilen indirgenmiş özellik modelinin performansıyla karşılaştırılmıştır.