Bu çalışma, Zhangjiakou First Hospital Etik Kurulu tarafından onaylanmıştır (onay No. 2024-KY-18). Tüm katılımcılar, çalışma amaçları ve potansiyel riskler hakkında bilgilendirilmiş ve kayıt öncesinde yazılı onam formunu imzalamıştır. Venöz kan örnekleri, sağlıklı kontrol grubundan rutin fiziksel muayeneler sırasında, SCI'lı hastalardan ise hastaneye yatışın hemen ardından toplanmıştır. Laboratuvar ölçümleri hastanenin klinik laboratuvarı tarafından gerçekleştirilmiştir. Bu protokolde kullanılan araştırma araçları Materyaller Tablosu'nda listelenmiştir.
1. Denekler
Ocak 2023 ile Ocak 2025 tarihleri arasında Zhangjiakou Birinci Hastanesi'nden toplam 75 SCI hastası dahil edilmiştir. Dahil edilme kriterleri, bilgisayarlı tomografi (CT) veya manyetik rezonans görüntüleme (MRI) ile doğrulanmış SCI ve yaralanma ile hastaneye yatış süresinin ≤ 12 h olmasıdır. Hariç tutma kriterleri ise son 6 ay içinde omurilik veya beyin travması veya cerrahi öyküsü; miyokard enfarktüsü veya aritmi dahil olmak üzere şiddetli kardiyovasküler hastalık; gebelik veya laktasyon; malign tümörler, bozulmuş karaciğer veya böbrek fonksiyonu, şiddetli serebrovasküler hastalık veya enfeksiyöz hastalıklardır.
Amerikan Omurga Yaralanması Derneği (ASIA) nörolojik sınıflandırma standartlarına göre26, SCI hastası olan 75 kişi; normal nörolojik fonksiyon (n = 21), inkompleks SCI (n = 36) ve komple SCI (n = 18) gruplarına ayrılmıştır. Yaralanma bölgelerinin dağılımı şu şekildedir: servikal, %36,0; torakal, %30,7 ve lomber, %33,3. Kontrol grubu olarak görev yapmak üzere, çalışma popülasyonu ile eşleştirilmiş 30 sağlıklı birey rastgele seçilmiştir. Tüm katılımcılar için başlangıç klinik bilgileri toplanmıştır. Sağlıklı bireyler için dahil edilme kriterleri; omurilik veya beyin travması, cerrahi müdahale veya nörolojik bozukluk öyküsünün olmaması; kronik inflamatuar hastalıklar, otoimmün bozukluklar veya malignite öyküsünün olmaması; ağır kardiyovasküler, hepatik veya renal hastalığın olmaması; önceki 4 hafta içinde akut veya kronik enfeksiyonun bulunmaması; hamilelik veya laktasyon durumunun olmaması; yaş ve cinsiyet açısından SCI grubu ile eşleşmiş olmasıdır.
Günlük aktivitelerdeki fonksiyonel bağımsızlığı değerlendirmek için Fonksiyonel Bağımsızlık Ölçümü (FIM) kullanılmıştır. Maksimum FIM puanı 126'dır. Duyusal ve motor fonksiyonları değerlendirmek için dokunma duyusu, akmeztezi ve motor puanlar kullanılmıştır. Maksimum dokunma duyusu ve akmeztezi puanları 112, maksimum motor puan ise 100'dür. Daha düşük puanlar, daha şiddetli nörolojik bozukluğa işaret eder.
2. Hücre kültürü, model oluşturma ve transfeksiyon
Ölümsüzleştirilmiş fare mikroglial BV2 hücreleri, Şanghay Biyoteknoloji Enstitüsü Hücre Kaynak Merkezi'nden temin edildi. Hücreler; %10 fetal sığır serumu (FBS), penisilin (100 U/mL) ve streptomisin (100 U/mL) ile desteklenmiş yüksek glukozlu Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM) içerisinde kültüre edildi. Hücreler, %5 CO₂ içeren nemlendirilmiş bir inkübatörde 37 °C'de tutuldu.
Model oluşturma için, BV2 hücreleri 24 saat boyunca 0, 10, 20, 50, 100, 150 veya 200 ng/mL lipopolisakkarit (LPS) ile stimüle edildi. Optimal LPS konsantrasyonu, deneysel sonuçlara göre belirlendi.
Transfeksiyon için BV2 hücreleri 6 kuyucuklu plakalara ekilmiş ve uygun konfluens düzeyine ulaştıklarında transfekte edilmiştir. Üretici talimatlarına uygun olarak, kuyucuk başına 1,5 µL transfeksiyon reaktifi kullanılmıştır. 6 saat sonra kültür ortamı taze ortamla değiştirilmiş ve hücreler 24 saat daha kültüre edilmiştir. LINC00707 nakavt konstrüktü, ilgili negatif kontrol, miR-145-5p oligonükleotiti ve ilgili kontrol oligonükleotitinin her biri, kuyucuk başına 50 nM konsantrasyonda kullanılmıştır. Tüm transfeksiyon deneyleri, her bağımsız deneyde 3 paralel replika olacak şekilde en az 5 kez bağımsız olarak tekrarlanmıştır. Veriler, en az 5 bağımsız deneyin sonuçları kullanılarak istatistiksel olarak analiz edilmiştir.
3. ELISA
Transfekte edilmiş ve LPS ile stimüle edilmiş BV2 hücrelerinin kültür süpernatantları 12,000 × g'de 10 dk santrifüjle toplandı ve interleukin-1β (IL-1β), IL-6 ve tümör nekroz faktör-α (TNF-α) seviyeleri ilgili ELISA kitleri kullanılarak ölçüldü. Kısaca analiz, üretici talimatlarına uygun olarak biyotinize bir antikor, bir HRP-streptavidin konjugatı ve bir TMB substratı ile sırayla inkübe edilerek gerçekleştirildi. Absorbans, bir mikroplaka okuyucu kullanılarak 450 nm'de kaydedildi. Sitokin seviyeleri standart eğrilerden belirlendi. Her örnek üç paralel ölçümde analiz edildi ve 6 bağımsız deney gerçekleştirildi.
4. ROS ölçümü
LPS ile stimüle edilmiş BV2 hücrelerindeki hücre içi ROS seviyeleri, bir reaktif oksijen türleri analiz kiti kullanılarak ölçülmüştür. Kısaca, hücreler 37 °C'de 20 dk boyunca 10 µmol/L DCFH-DA ile inkübe edilmiştir. İnkübasyon sonrası süpernatant uzaklaştırılmış ve fazla hücre dışı probu temizlemek için hücreler fosfat tamponlu salin (PBS) ile 3 kez yıkanmıştır. Floresans yoğunluğu, bir mikroplaka okuyucu kullanılarak sırasıyla 488 nm eksitasyon ve 525 nm emisyon dalga boylarında ölçülmüştür. Bağıl ROS seviyeleri, floresans yoğunluğuna göre hesaplanmıştır. Tüm örnekler üç paralel olarak analiz edilmiş ve tüm deney en az 5 kez bağımsız olarak tekrarlanmıştır.
5. Malondialdehit, süperoksit dismutaz ve glutatyon tayini
İşlem görmüş BV2 hücreleri toplandı ve hücre homojenatları hazırlandı. Süpernatantı elde etmek için örnekler 4 °C'de 10 dk boyunca 12,000 × g hızında santrifüj edildi. Hücre süpernatantlarındaki düzeylerini belirlemek için malondialdehit (MDA), süperoksit dismutaz (SOD) ve glutatyon (GSH) için ticari tespit kitleri, üreticinin talimatlarına uygun olarak kullanıldı. Tüm örnekler üç paralel olarak analiz edildi ve tüm deney en az 5 kez bağımsız olarak tekrarlandı.
6. Çift lüsiferaz raporlayıcı testi
Tahmin edilen miR-145-5p bağlanma bölgelerini içeren LINC00707 ve TRAF6 3' çevrilmeyen bölge (3' UTR) fragmanları, karşılık gelen mutant dizilerle birlikte; vahşi tip (WT-LINC00707 ve WT-TRAF6) ve mutant (MUT-LINC00707 ve MUT-TRAF6) raporlayıcı konstrüktlar oluşturmak amacıyla pmirGLO lüsiferaz raporlayıcı vektörüne klonlandı. BV2 hücreleri, raporlayıcı konstrüktlar ve miR-145-5p oligonükleotidleri ile birlikte ko-transfekte edildi ve 24 sa boyunca kültüre edildi. Ardından hücreler toplandı ve bir mikroplaka okuyucu kullanılarak firefly ve Renilla lüsiferaz aktiviteleri ölçüldü.
7. RT-qPCR
Toplam RNA, bir RNA ekstraksiyon reaktifi kullanılarak ekstrakte edildi. RNA kalitesi, 1,8 ile 2,0 arasındaki değerler kabul edilebilir sayılarak OD₂₆₀/OD₂₈₀ oranıyla değerlendirildi. Yaklaşık 1 µg toplam RNA, bir ters transkripsiyon kiti kullanılarak cDNA'ya ters transkripte edildi. Gen ekspresyonu, SYBR Green PCR master mix kullanılarak RT-qPCR ile kantitatif olarak belirlendi. Ters transkripsiyon 42 °C'de 15 dk boyunca gerçekleştirildi ve ardından ters transkriptaz inaktivasyonu 95 °C'de 3 dk boyunca yapıldı. Sentezlenen cDNA, analiz edilene kadar −20 °C'de saklandı. Kantitatif gerçek zamanlı PCR, 95 °C'de 1 dk ön-denatürasyonu takiben, 95 °C'de 5 sn denatürasyon ve 60 °C'de 15 sn tavlama ve uzama şeklinde 40 döngü olarak gerçekleştirildi. Floresan sinyalleri, her tavlama ve uzama adımının sonunda toplandı. Erime eğrisi analizi 95 °C'de 15 sn, ardından 60 °C'de 1 dk boyunca yapıldı. Göreceli ekspresyon seviyeleri 2⁻ΔΔCt yöntemi kullanılarak hesaplandı. Gen ekspresyon normalizasyonu için iç referans olarak GAPDH veya 5S kullanıldı. Primer dizileri şu şekildeydi: LINC00707, ileri 5'-CCAACAGGGTATCAGAATTCTC-3' ve geri 5'-TGCTGACAATAGCCATTAGG-3'; miR-145-5p, ileri 5'-GCCGAGGTCCAGTTTTCCCA-3' ve geri 5'-CTCAACTGGTGTCGTGGA-3'; TRAF6, ileri 5'-ATTACAACTGAGGTGCTTCT-3' ve geri 5'-GCATCTGGTTCTGTTATAGGA-3'; GAPDH, ileri 5'-ATCCCATCACCATCTTCCAGG-3' ve geri 5'-CGCCCCACTTGATTTTGG-3'; ve 5S, ileri 5'-TCGTCTGATCTCGGAAGCTAA-3' ve geri 5'-AAGCCTACAGCACCCGGTAT-3'.
8. İstatistiksel analiz
İstatistiksel analizler, istatistiksel yazılımlar kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Veri dağılımının normalliği, P > 0,05 değerinin normal dağılımı belirttiği Shapiro-Wilk testi ile değerlendirilmiştir. Normal dağılan veriler ortalama ± SD şeklinde, normal dağılmayan veriler ise medyan (P25, P75) olarak sunulmuştur. Normal dağılım gösteren sürekli değişkenler için 2 grup arasındaki karşılaştırmalar Student's t-testi ile, çoklu gruplar arasındaki karşılaştırmalar ise tek yönlü ANOVA ve ardından Tukey post hoc testi ile yapılmıştır. Normal dağılmayan veriler için 2 grup karşılaştırmalarında Mann-Whitney U testi, çoklu grup karşılaştırmalarında ise Kruskal-Wallis testi kullanılmıştır. Gruplar arasındaki kategorik değişkenlerin analizi için ki-kare testi kullanılmıştır. LINC00707 ekspresyonu ile ilişkili klinik faktörleri değerlendirmek için tek değişkenli ve çok değişkenli lojistik regresyon analizleri kullanılmıştır. Sürekli değişkenler, kohort medyanına göre ikiye ayrılmıştır (yüksek değer grubu = 1; düşük değer grubu = 0). Tek değişkenli lojistik regresyon analizinde P < 0,05 olan değişkenler, çok değişkenli lojistik regresyon analizine dahil edilmiştir. Sonuçlar, OR > 1 pozitif ilişkiyi ve OR < 1 negatif ilişkiyi belirttiği şekilde, %95 güven aralıkları (CI) ile birlikte odds oranları (OR) olarak sunulmuştur. Tüm hücre fenotip deneyleri, biyolojik replika başına 3 teknik replika olmak üzere en az 4 bağımsız biyolojik replika içermiştir. P < 0,05 değeri istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir.