Guest Editors
Venkata Chirasani
The University of North Carolina at Chapel Hill
Dr. Chirasani, proteinlerin ve protein-ligand komplekslerinin moleküler modellemesi ve moleküler dinamiği (MD) konularında uzmanlığa sahiptir. Hesaplamalı yaklaşımlar kullanarak, kanser ve kardiyovasküler hastalıklar gibi karmaşık insan hastalıklarının etiyolojilerini ve çeşitli biyolojik süreçlerin altında yatan moleküler mekanizmaları incelemektedir. Dr. Campbell'ın laboratuvarındaki mevcut araştırma hedefi, RAS proteinleri, Actin-Vt ve Actin-MVt kompleksleri gibi biyomoleküllerin uzaysal ve zamansal evrimini araştırmaktır.
Prasanna Revanasiddappa
Siddaganga Institute of Technology
Dr. Prasanna D R, Hindistan'ın Tumakuru şehrinde bulunan Siddaganga Teknoloji Enstitüsü Biyoteknoloji Bölümü'nde Doçent olarak görev yapmaktadır. Moleküler dinamik simülasyonları, bilgisayar destekli ilaç tasarımı, büyük veri analizi ve genomik alanlarında 12 yıllık öğretim ve altı yıllık araştırma deneyimine sahiptir. Halihazırda kardiyovasküler hastalıklar, G-kuadrupleksler, Metallo beta-laktamaz ve SAICAR sentaz enzimi alanlarında aktif olarak araştırmalar yürütmektedir. Birçok fonlanmış projesi ve hakemli dergilerde yayınlanmış makaleleri bulunmaktadır. Şu an kendi mentorluğundaki Hesaplamalı Biyofizik laboratuvarında yer almakta olup, "Kolesteril Ester Transfer Proteini için Küçük Moleküler İnhibitörlerin Sentezi, Metal İyonlarının Varlığında Antiparalel G-Kuadrupleksin Stabilizasyonu" ve "SAICAR Sentaz Enzimi Üzerine Yapısal Bilgiler ve Metallo-beta-laktamazı İnhibe Etmek İçin Yeni Bir Stratejinin Ortaya Çıkarılması" projelerini denetlemektedir. Grubu ayrıca, virüs kapsidinin farklı çevresel koşullar altındaki davranışını anlamakla da ilgilenmektedir.
Collection Overview
Hepatit B, hepatit B virüsünün (HBV) neden olduğu kronik bir viral enfeksiyondur. HBV dünya çapında 300 milyondan fazla insanı enfekte etmektedir ve bu enfeksiyon ilerleyişle birlikte siroz ve karaciğer kanserinden ölüme yol açar. Kronik hepatit B enfeksiyonunun teşhis ve tedavisi için çeşitli virolojik ve serolojik testler mevcut olsa da, tedavi yalnızca virüsün replikasyonunu baskılayabilmektedir. Bu nedenle, virüs enzimleri ve kapsidleri gibi farklı hedefler seçerek HBV enfeksiyonuyla mücadele edecek gelişmiş terapötiklerin geliştirilmesine acil bir ihtiyaç vardır. Yapı çözümleme teknikleri HBV'nin moleküler düzeydeki yapısı ve işlevi konusundaki anlayışımızı aydınlatmış olsa da, bu deneysel tekniklerin doğasındaki sınırlamalar, viral partiküllerin esnek kısımlarının çözümlenmesini sağlayamamıştır.
Bu bağlamda, kaba taneli (CG) moleküler dinamik simülasyonları, büyük biyomoleküler sistemlerin yapısını ve dinamiğini incelemek için önemli bir araç haline gelmiştir. Bu çalışmada tam HBV üzerinde gerçekleştirilen CG simülasyonlarından elde edilen temel bulgular, HBV yüzeyindeki gizli ceplerin/yarıkların araştırılmasında kullanılacaktır. Yenilikçi hesaplamalı yaklaşımımız, HBV kapsidindeki ilaçla hedeflenebilir bölgelere karşı küçük inhibitörler tasarlamak ve test etmek için yapılan deneysel çalışmalarla tamamlanarak yeni bir anti-HBV terapötik sınıfının keşfedilmesini sağlayacaktır.