Name: Çevre transkriptomik kullanarak Deniz Mikrobiyal Toplulukları Gen İfade Analizi (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-02-18T00:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 51 s
Description: Keşfedin çevre transkriptomik yöntemiyle deniz mikrobiyal topluluklarından cDNA sentezi ve gen ifade analizi. Bu hesaplamalı biyoloji tekniği, ekosistem süreçlerini anlamak için güçlü bir araç sunar.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Finansman Gordon ve Betty Moore Vakfı hibe ve Ulusal Bilim Vakfı Hibe MCB-0702125 tarafından sağlanmıştır.

<ol><li>Liang, P., Pardee, A. B. Science. 257 (5072), 967-967 (1992).</li>
<li>Belasco, J. G. Control of messenger RNA stability. Belasco, J. G., Brawerman, G. , Academic Press. San Diego. 3-11 (1993).</li>
<li>Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. 71 (7), 4121-4121 (2005).</li>
<li>Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).</li>
<li>Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).</li>
<li>Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).</li>
<li>Poretsky, R. S., Hewson, I., Sun, S., Allen, A. E., Zehr, J. P., Moran, M. A. Environ Microbiol. 11 (6), 1358-1375 (2009).</li>
</ol>

Gen ekspresyonu doğal mikrobiyal topluluklar tarafından soruşturma mikroorganizmaların ekolojik rolleri ve fonksiyonları keşfetmek için bir araç olarak son yıllarda yaygın hale gelmiştir. Deniz mikroorganizmaların tespiti, ölçme ve karakterizasyonu ile birlikte kullanıldığında, gen ekspresyon analizi, doğal mikrobiyal topluluklar fonksiyonu filogeni bağlantı kullanılabilir. Fonksiyonel gen ekspresyonu hedefleyen için pek çok teknikler dizisi bilinen genler için tasarlanmış spesifik problar veya primer setleri güveniyor....

<table><tbody><tr><td>PowerSoil Bead Tüpleri</td><td>kit</td><td>MoBio</td><td>12866-25-PBT</td><td></td></tr><tr><td>RNeasy Mini Kit</td><td>kit</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td></td></tr><tr><td>TURBO DNA-&lt;em&gt;free&lt;/em&gt;</td><td>kit</td><td>Ambion</td><td>AM1907</td><td></td></tr><tr><td>mRNA-ONLY Prokaryotik mRNA İzolasyon Kiti</td><td>kit</td><td>Epicentre Biotechnologies</td><td>MOP51010/MOP51024</td><td></td></tr><tr><td>MICROB&lt;em&gt;Express&lt;/em&gt; Bakteriyel mRNA Zenginleştirme Kiti</td><td>kit</td><td>Ambion</td><td>AM1905</td><td></td></tr><tr><td>MICROB&lt;em&gt;Enrich&lt;/em&gt; kiti</td><td>kit</td><td>Ambion</td><td>AM1901</td><td></td></tr><tr><td>MessageAmp II-Bakteri RNA Amplifikasyon Kiti</td><td>kit</td><td>Ambion</td><td>AM1790</td><td></td></tr><tr><td>Universal RiboClone cDNA Sentez Sistemi</td><td>kit</td><td>Promega Corp.</td><td>C4360</td><td></td></tr><tr><td>Wizard DNA Temizleme Sistemi</td><td>kit</td><td>Promega Corp.</td><td>A7280</td><td></td></tr></tbody></table>

Çevre transkriptomik kullanarak deniz mikrobiyal toplulukları gen İfade analizi

Analyzing Gene Expression from Marine Microbial Communities using Environmental Transcriptomics

Metagenomics benzer, çevre transkriptomik (metatranscriptomics) alır ve topluluk ifade ne olabilir genler hakkında önceden bilgi sahibi olmadan bir mikrobiyal birleşmesi dizileri çevre mRNA&#39;ların. Böylece toplum gen ekspresyonu en tarafsız bir bakış açısı sağlar<em&gt; In situ</em&gt;. Çevre transkriptomik protokolleri prokaryotik mRNA&#39;ların genellikle oldukça basit bir ökaryotik mesajları izolasyonu poli (A) kuyrukları eksikliği bu yana teknik olarak zor<sup&gt; 1</sup&gt; Çünkü mRNA&#39;ların nispeten kısa yarım hayatımızın<sup&gt; 2</sup&gt;. Buna ek olarak, mRNA&#39;ların toplam RNA özleri rRNA göre çok daha az bol, böylece bir rRNA arka plan genellikle mRNA sinyalleri bunaltıyor. Ancak, bu zorlukların üstesinden gelmek için teknikleri geliştirilmiştir. Ters yazıya ve çevresel mRNA&#39;ların yükseltmek için rastgele primerler kullanılarak klon kütüphaneler oluşturarak çevresel transcriptomes analiz için bir prosedür son zamanlarda iki farklı doğal ortamlarda başarılı oldu tarif edilmiştir, ancak sonuçları cDNA sentezi başlatmak için kullanılan rastgele primerler seçimi önyargılı<sup&gt; 3</sup&gt;. MRNA doğrusal amplifikasyon gelişmeler amplifikasyon adımda rastgele primerler için ihtiyaç bırakmayacak ve mümkün numune toplama ve işleme süresini azaltarak ve böylece RNA bozulması en aza indirerek daha az başlangıç ​​materyali kullanmak<sup&gt; 4</sup&gt;.<em&gt; In vitro</em&gt; Yükseltme mRNA transkripsiyon yöntemleri mRNA polyadenylating ve transkript, 3 ucuna bir T7 organizatörü içeren içerir. Amplifiye RNA (Arna) pyrosequencing sonra rastgele hekzamer kullanarak mahsur cDNA çift dönüştürülecek ve doğrudan sıralı.<sup&gt; 5</sup&gt;. Bu yöntemin ilk kullanımı İstasyonu ALOHA mikrobiyal topluluğun gen ekspresyonu tanımlamak için kendi programını gösterdi<sup&gt; 6</sup&gt;.

Biz çevre mRNA cDNA üreten için bir yöntem sunuyoruz. Genel olarak, toplam RNA ilk çevreden toplanan, rRNA seçici kaldırılır mRNA seçici yükseltilir ve zenginleştirilmiş mRNA havuzu sentezlenen cDNA dizisi. Kurtarılan dizileri ifade genleri tanımlamak için standart biyoinformatik teknikleri kullanarak açıklamalı olabilir.

Çevre transkriptomik kullanarak Deniz Mikrobiyal Toplulukları Gen İfade Analizi

Metagenomiğe benzer şekilde, çevresel transkriptomik (metatranskriptomik), mikrobiyal bir topluluktaki çevresel mRNA'ları geri kazanır ve diziler...

Bu prosedür, denizel mikrobiyal biyokütlenin su örneklerinden beş ve üç mikrometrelik filtrelerle ön filtrasyon yapılması ve ardından 0,22 mikrometrelik bir filtre üzerine toplanmasıyla başlar. Daha sonra, 0,22 mikrometrelik filtrede tutulan organizmalardan toplam RNA ekstre edilir. Toplam RNA'dan, seçici enzimatik yıkım ve subtraktif hibridizasyon yoluyla OUR RNA'sı uzaklaştırılır ve zenginleştirilmiş Mr.N, polyA kuyruklama ve in vitro transkripsiyon aracılığıyla lineer olarak amplifiye edilir.Amplifiye edilen antisense RNA, ardından rastgele hekzameler kullanılarak çift zincirli cDNA'ya dönüştürülür. Elde edilen cDNA klonlanıp dizilenebilir veya doğrudan pirosekvanzlanabilir. Merhaba, ben University of Georgia Deniz Bilimleri Bölümü'nden Dr. Marianne Moran'ın laboratuvarından Rachel Persky.Bugün size çevresel örneklerdeki gen ifadesinin incelenmesine yönelik bir prosedür göstereceğiz. Çevresel metatranskriptomik yöntemini kullanarak, Scott Gifford çevresel örneklerin RNA toplama işlemi için nasıl hazırlanacağını size gösterecek.Örneklerden RNA ekstraksiyonunu ve Johanna RIN değerlerini nasıl belirleyeceğinizi göstereceğim. AON, RNA uzaklaştırma işlemini uygulamalı olarak gösterec

analyzing-gene-expression-from-marine-microbial-communities-using

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Bakteriyel Gen İfadesi Analizi Mikroarray&#39;ler Kullanımı

Mevsimsel hipoksik fiyort dikey derinliği süreklilik çevre genomik DNA izole bir fosmid kütüphane inşaatı açıklanmıştır. Çıkan klon kütüphanesi 384-kuyucuğu içine aldı ve mansap sıralama ve fonksiyonel tarama, otomatik bir koloni toplama sistemi uygulama tarafından arşivlenir.

Büyük Ekle Çevre Genomik Kütüphane Üretim

Mikrobiyal planktonik toplulukların metaboliti çıkarımı için bir yöntem sunulmaktadır. Tüm topluluk örnekleme özel hazırlanmış filtreler üzerine filtrasyon sağlanır. Liyofilizasyon sonra, sulu çözünür metabolitleri ekstre edilir. Bu yaklaşım doğal ya da deneysel mikrobiyal toplulukların trans-omik araştırmalar çevre metabolomik uygulaması için izin verir.

Nükleer Manyetik Rezonans Spektroskopisi ile Çevre metabolomik için düşük yoğunluklu Planktonik topluluklardan Metabolitlerinin Konsantrasyon

Mikrobiyal topluluğu karakterize etmek, çevresel mikrobiyolojide uzun süredir devam eden bir hedef olmuştur. Yeni nesil dizileme yöntemleri artık mikrobiyal toplulukların minimum maliyet ve iş gücü ile benzeri görülmemiş bir derinlikte karakterizasyonuna izin veriyor. Burada, bir tezgah üstü dizileyici kullanarak bakteriyel 16S ribozomal RNA genlerini dizileme yaklaşımımızı detaylandırıyoruz.

16S Ribozomal RNA Gen amplikonlarının nesil Sıralama

Burada, uzak deniz ortamlarında organik ve inorganik besin mevcudiyetini ve mikrobiyal ve viral toplulukların bolluğunu ve yapısını değerlendirmek için kapsamlı bir protokol sunuyoruz.

Su Kimya ve Deniz Mikrobiyoloji A Field Guide - Okyanusu&#39;nda gaybı Oyuncular çözülüyor

Bu el yazması, DNA mikrodizileri tarafından sağlanan en son teknolojinin kullanımını açıklamaktadır. Mikrodiziler, belirli bir koşul altında bakterilerde meydana gelen transkriptomik değişikliklere genel bir bakış sağlar. Ayrıca, şirket içinde geliştirilen uygun yazılım paketleri kullanılarak büyük miktarda verinin analiz edilebilmesinin kolaylığını vurguluyoruz.

Bakteriyel Transkriptom Analizi Vaka çalışması için A Hızlı ve Güvenilir Boru Hattı: Serin bağımlı Gen Yönetmelik<em&gt; Streptococcus pneumoniae</em

Bu protokol, deniz suyundan toplanan mikrobiyal biyokütleden protein ve DNA'nın ekstraksiyonu ve konsantrasyonu ve ardından tandem kütle spektrometresi tabanlı proteomik analiz için uygun triptik peptitlerin üretilmesi içindir.

Bir Aquatic Mikrobiyal Metaproteomics İş Akışı: Tandem Kütle Spektrometre tabanlı analiz için uygun Triptik Peptitler için Hücreleri itibaren

Bir enfeksiyon sırasında patojen gen ekspresyon profili oluşturmak için hızlı, hassas ve tekrarlanabilir bir protokol geliştirdik.

Dijital Çizgi-kodlama Platform&#39;u kullanarak bulaşmasını Mikroplar Gen İfadesi profil

Gerçek zamanlı PCR aracılığıyla kıyı çökeltilerinden bakteriyel 16S rRNA genlerini ve transkriptlerini ölçmek için bir protokol sağlanır. Metodoloji, DNA ve RNA'nın birlikte ekstraksiyonunu içerir; DNA'sız RNA'nın hazırlanması; ve standart eğri yapısı dahil olmak üzere RT-q-PCR yoluyla 16S rRNA geni ve transkript miktar tayini.

Gerçek zamanlı PCR ile Kıyı tortulları ve Niceleme 16S rRNA Genler ve Transkriptler eşzamanlı DNA-RNA Ekstraksiyon

Burada, hidrolik kırılmanın su ve tortu mikrobiyal topluluklarını analiz ederek yakındaki akarsular üzerindeki etkilerini araştırmak için bir protokol sunuyoruz.

Hidrolik Çatlatmanın Akışlar Üzerindeki Etkisini Mikrobiyal Moleküler İmzalar Kullanarak Değerlendirmek

Protokol, Güney Teksas kıyı sulak alanlarındaki temel metan döngüsü genlerini tespit eder ve bu dinamik ekosistemlerdeki metan düzenlemesi ve çevresel etkilerinin anlaşılmasını geliştirmek için mekansal dağılımlarını görselleştirir.

Kıyı Sulak Alanlarında Metan Döngülü Mikrobiyal Dinamiklerin Görselleştirilmesi

Keşfedin çevre transkriptomik yöntemiyle deniz mikrobiyal topluluklarından cDNA sentezi ve gen ifade analizi. Bu hesaplamalı biyoloji tekniği, ekosistem süreçlerini anlamak için güçlü bir araç sunar.

Çevre transkriptomik kullanarak Deniz Mikrobiyal Toplulukları Gen İfade Analizi

Daha fazla video keşfet