Name: Termit Gut Mikroplar (Zootermopsis Angusticollis) DNA ayıklanıyor ve Gut Mikroplar görselleştirme (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2007-05-28T00:00:00.000+00:00
Duration: 15 min 27 s
Description: Keşfedin termit bağırsak mikroplarından DNA izolasyonu ve görselleştirme yöntemlerini. Zootermopsis angusticollis türünde mikrobiyal ekoloji ve biyokimyasal yolları inceleyerek enerji metabolizmasındaki rolü anlayın.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Termit tam-bağırsak DNA ekstraksiyonu için Usul özeti: <ol><li> Chill termitler, buz üzerinde steril cımbız kullanarak gut kaldırmak ve tampon bağırsak örnekleri stabilize. </li><li> PVPP / SDS / fenol tampon numune homojenize. </li><li> Qiagen DNeasy sütunlarını kullanarak ham lizat DNA Özü ve arındırmak. </li></ol> Protokol: <ol><li> Buz, steril forseps kullanarak işçi kast termitler cesareti çıkarın. </li><li> 50 mcL buz 1x moleküler biyoloji sınıf TE tampon içeren steril, nükleaz içermeyen tüp hemen cesareti ve içeriğini transfer (1 mM Tris-HCl, 0.1 mM EDTA, pH 8.0). -20 ° C&#39;de örnekleri Dondurma, ya da doğrudan homojenizasyon ile devam edin. </li><li> Transfer bağırsak örnekleri ve tampon steril, nükleaz içermeyen 2 ml vidalı kapaklı tüp, 500 mg ile% 1 w / v polyvinylpolypyrrolidone (PVPP içeren steril zirkon / silis boncuk (0.1 mm) ve 700 ul 1x TE tampon önceden yüklenmiş .) </li><li> 50 ul% 20 Sodyum dodesil sülfat (SDS) ve 500 ul örnekleri fenol ekleyin. </li><li> 30 sn homojenizasyon üç kür ve buz üzerinde tüyler ürpertici 30 saniye ile en yüksek ayarı (boncuk yendi) karıştırılır. </li><li> 1 dakika için 8.000 x g Tortu çözünmez malzeme. </li><li> Ham lizat arıtma için açıklanan yöntemi kullanarak Qiagen DNeasy sütunları ile sulu (üst) tabakasının 300-ul alikotları arındırın. </li><li> Daha sonra kullanmak için -20 ° C&#39;de nükleik asit içeriği ve dondurma örnekleri sayısal olarak. </li></ol>

<ol><li>Berthelet, M., Whyte, L. G., Greer, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid%2C+Direct+Extraction+of+DNA+from+Soils+for+PCR+Analysis+using+Polyvinylpolypyrrolidone+Spin+Columns%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol.+Lett%22%5BJournal%5D)">Rapid, Direct Extraction of DNA from Soils for PCR Analysis using Polyvinylpolypyrrolidone Spin Columns.</a> FEMS Microbiol. Lett. 138, 17-22 (1996).</li>
<li>Kudo, T., Ohkuma, M., Moriya, S., Noda, S., Ohtoko, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Molecular+Phylogenetic+Identification+of+the+Intestinal+Anaerobic+Microbial+Community+in+the+Hindgut+of+the+Termite%2C+Reticulitermes+Speratus%2C+without+Cultivation%5BTitle%5D)+AND+%22Extremophiles%22%5BJournal%5D)">Molecular Phylogenetic Identification of the Intestinal Anaerobic Microbial Community in the Hindgut of the Termite, Reticulitermes Speratus, without Cultivation.</a> Extremophiles. 2, 155-161 (1998).</li>
<li>Moré, M. I., Herrick, J. B., Silva, M. C., Ghiorse, W. C., Madsen, E. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitative+Cell+Lysis+of+Indigenous+Microorganisms+and+Rapid+Extraction+of+Microbial+DNA+from+Sediment%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Quantitative Cell Lysis of Indigenous Microorganisms and Rapid Extraction of Microbial DNA from Sediment.</a> Appl. Environ. Microbiol. 60, 1572-1580 (1994).</li>
<li>Odelson, D. A., Breznak, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Volatile+Fatty+Acid+Production+by+the+Hindgut+Microbiota+of+Xylophagous+Termites%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Volatile Fatty Acid Production by the Hindgut Microbiota of Xylophagous Termites.</a> Appl. Environ. Microbiol. 45, 1602-1613 (1983).</li>
<li>Ottesen, E. A., Hong, J. W., Quake, S. R., Leadbetter, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microfluidic+Digital+PCR+Enables+Multigene+Analysis+of+individual+Environmental+Bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Microfluidic Digital PCR Enables Multigene Analysis of individual Environmental Bacteria.</a> Science. 314, 1464-1467 (2006).</li>
<li>Purdy, K. J., Embley, T. M., Takii, S., Newdell, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+Extraction+of+DNA+and+rRNA+from+Sediments+by+a+Novel+Hydroxyapatite+Spin-Column+Method%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Rapid Extraction of DNA and rRNA from Sediments by a Novel Hydroxyapatite Spin-Column Method.</a> Appl. Environ. Microbiol. 62, 3905-3907 (1996).</li>
<li>Salmassi, T. M., Leadbetter, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+Genes+of+Tetrahydrofolate-Dependent+Metabolism+from+Cultivated+Spirochaetes+and+the+Gut+Community+of+the+Termite+Zootermopsis+Angusticollis%5BTitle%5D)+AND+%22Microbiology%22%5BJournal%5D)">Analysis of Genes of Tetrahydrofolate-Dependent Metabolism from Cultivated Spirochaetes and the Gut Community of the Termite Zootermopsis Angusticollis.</a> Microbiology. 149, 2529-2537 (2003).</li>
<li>Schmitt-Wagner, D., Friedrich, M. W., Wagner, B., Brune, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phylogenetic+Diversity%2C+Abundance%2C+and+Axial+Distribution+of+Bacteria+in+the+Intestinal+Tract+of+Two+Soil-Feeding+Termites+%28Cubitermes+spp%29%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Phylogenetic Diversity, Abundance, and Axial Distribution of Bacteria in the Intestinal Tract of Two Soil-Feeding Termites (Cubitermes spp).</a> Appl. Environ. Microbiol. 69, 6007-6017 (2003).</li>
<li>Tsai, Y. L., Olson, B. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+Method+for+Separation+of+Bacterial+DNA+from+Humic+Substances+in+Sediments+for+Polymerase+Chain+Reaction%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Rapid Method for Separation of Bacterial DNA from Humic Substances in Sediments for Polymerase Chain Reaction.</a> Appl. Environ. Microbiol. 58, 2292-2295 (1992).</li>
</ol>

Bizim tecrübelerimize göre, Zootermopis nevadensis gibi ahşap besleme termit türlerinin mikrobiyal topluluklar çıkarılan DNA ekstraksiyonu ve saflaştırma bir turdan sonra, PCR şablon için yeterince saf. Ancak, çöp besleme ve toprak besleme türleri gibi bazı termitler, bağırsak içeriği hümik asit daha yüksek bir konsantrasyon ve bağırsak mikrobiyal DNA ek arıtma gerekebilir. Toplam 5 Z. nevadensis işçilerin cesareti DNA verimi 10-30 mikrogram aralığında. Önemli ölçüde daha küçük veya daha büyük bu türün termit türleri için, daha fazla veya d...

<table><tbody><tr><td>PVPP/SDS/fenol</td><td>Tampon</td><td></td><td></td><td>homojenizasyon tamponu</td></tr><tr><td>DNeasy Tissue Kit</td><td>Kit</td><td>Qiagen</td><td>77607</td><td>Kaba lizatlardan genomik DNA izolasyonu protokolüne göre kullanılmıştır (Ek H, ürün kılavuzu versiyonu: Temmuz 2003)</td></tr><tr><td>TE</td><td>Tampon</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>T9285</td><td>100x konsantradan hazırlanan 1x tampon (1 mM Tris-HCl, 0.1 mM EDTA, pH 8.0)</td></tr><tr><td>zirkonya/silika boncuklar</td><td>Sarf Malzemeleri</td><td>Biospec Products</td><td>11079101z</td><td>0.1 mm</td></tr><tr><td>PVPP</td><td>Reaktif</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>P6755</td><td>Kuru reaktiften TE tamponu içinde 1x süspansiyon olarak hazırlanan %1 w/v polivinilpolipirolidon</td></tr><tr><td>Zootermopsis nevadensis</td><td>Hayvan</td><td></td><td></td><td>Termitler</td></tr><tr><td>SDS</td><td>Reaktif</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>L4390</td><td>Kuru reaktiften suda hazırlanmış %20 sodyum dodesil sülfat çözeltisi</td></tr><tr><td>Fenol</td><td>Reaktif</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>77607</td><td>TE-doymuş, ~%73</td></tr><tr><td>MiniBeadbeater-8</td><td>Araç</td><td>Biospec Products</td><td>963</td><td></td></tr><tr><td>BSS</td><td>Tamponlu Tuz Çözeltisi, pH 7.2</td><td></td><td></td><td>Litre başına formülasyon: 2.5 g K&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;HPO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;, 1.0 g KH&lt;sub&gt;2&lt;/sub&gt;PO&lt;sub&gt;4&lt;/sub&gt;, 1.6 g KCl, 1.4 g NaCl, 0.075 g CaCl, 1 g MgCl ve 10 mL 1 M NaHCO&lt;sub&gt;3&lt;/sub&gt; çözeltisi</td></tr><tr><td>AxioPlan-2</td><td>Mikroskop</td><td>Carl Zeiss, Inc.</td><td></td><td>40x objektif, 1.6x optivar ve 10x oküler lenslerle donatılmıştır. Örnekler faz kontrast aydınlatma kullanılarak incelenmiştir</td></tr></tbody></table>

termit gut mikroplar (zootermopsis angusticollis) dna ayıklanıyor ve gut mikroplar görselleştirme

Extracting DNA from the Gut Microbes of the Termite (Zootermopsis Angusticollis) and Visualizing Gut Microbes

Termitler sadece alıcı ahşap geçinmeye kapasitesine sahip olduğu bilinen en az sayıda hayvan arasında yer almaktadır. Termit bağırsak yolu, ağırlıklı olarak asetat lignoselüloz bozulması yardımcı, yoğun ve türler zengin bir mikrobiyal nüfusun bulunduğu, termit metabolizma alevlendiren kilit besin (Odelson &amp; Breznak, 1983). (&quot;Düşük&quot;) bazı termitler de ökaryotik protozoa, bakteri, metan arkelerin ve bu mikrobik popülasyonları içinde. Böylece, termitler mükemmel araştırma konuları mikrobiyal türler ve ev sahibi yararına yapmak birçok biyokimyasal fonksiyonları arasındaki etkileşimleri çalışmak için. Termit bağırsaklar gibi çeşitli biyokimyasal süreçlerde yer alan anahtar genlerin mikrobiyal popülasyonların tür bileşimi, moleküler teknikler kullanılarak (Schmit-Wagner ve ark, 2003; Salmassi &amp; Leadbetter, 2003 Kudo ve ark, 1998) incelenmiştir. Bu teknikler, termit bağırsak ortamından yüksek kalitede nükleik asitlerin ekstraksiyonu ve saflaştırma bağlıdır. Berthelet ve ark, 1996; Purdy ve ark, 1996; Salmassi &amp; Leadbetter Bu video açıklanan çıkarma tekniği çevre örnekleri (Mor ve ark, 1994 nükleik asitlerin ekstraksiyonu ve saflaştırılması için geliştirilen protokoller değiştirilmiş bir derleme 2003;. Ottesen ve ark 2006) ve DNA polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) için şablon olarak kullanmak için uygun termit hindgut malzeme üretir.

Bu video termit hindgut ikamet mikropların türünün DNA ayıklamak için teknik göstermektedir. Bağırsak mikrobiyal topluluk görüntülenmesi için yararlı bir ıslak montaj kaydırağı, hazırlık da gösterilmiştir ve türler açısından zengin bir bağırsak ortamı üzerinden bir tur verilir.

Termit Gut Mikroplar (Zootermopsis Angusticollis) DNA ayıklanıyor ve Gut Mikroplar görselleştirme

Termitler, yalnızca odun tüketerek hayatta kalma kapasitesine sahip olduğu bilinen az sayıdaki hayvandan biridir. Termit bağırsak kanalı, yoğun ve ...

Burada, bu ortama verdiğiniz tepki benzersiz değil. Bilim insanı olmayanlar bile çoğu insan oldukça büyüleniyor. Evet. Çeşitlilik ve karmaşıklık karşısında.Merhaba, benim adım Eric Matson ve California Institute of Technology'deki Çevre ve Bilim Mühendisliği Bölümü'nde doktora sonrası araştırmacıyım. Profesör Jared Ledbetter yönetimindeki çalışmalarım, termitlerin arka bağırsağında yaşayan türlerin mikrobiyal etkileşimleri ve çeşitliliği üzerine odaklanmaktadır. Özellikle, gerçekleşen bazı biyokimyasal yolaklar ile ilgileniyoruz ve özellikle, bu mikropların hidrojen ve CO2 gazlarını tüketerek bunları termit konakçısının enerji metabolizmasının temel bir besini olan asetat ile dönüştürdükleri asetogenez süreci üzerinde duruyoruz.Laboratuvardaki diğer kişilerle birlikte, bu yolaktaki kilit enzimleri değerlendirebilmek için hedefli primer setleri geliştirdik. Ancak bunu yapabilmek için, bu sürecin hedefleri olarak kullanabileceğimiz, topluluğa ait temiz DNA örnekleri üretmemiz gerekiyor. Bu nedenle bugün, bahsettiğimiz termit türlerini nasıl parçaladığımızı, arka bağırsaktan DNA'yı nasıl ekstrakte ettiğimizi ve ardından daha sonraki incelemelerde kullanmak üzere nasıl saflaştırdığımız

extracting-dna-from-gut-microbes-termite-zootermopsis-angusticollis

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Jared Leadbetter termit-bağırsak mikrobiyal topluluk mikrop arasındaki karmaşık etkileşimler çalışmak için mükemmel bir sistem neden açıklar. Ana böcek ve lignoselüloz-aşağılayıcı bağırsak mikrop arasındaki simbiyotik bir ilişki mevcut yanı sıra, aşağılayıcı bitki biyokütle ve biyoyakıt üreten endüstriyel kullanımlar için bu mikropların olarak açıklanmıştır.

Röportaj - Termit Hindgut Mikrobiyal Topluluk incelenmesi

Jared Leadbetter termit hindgut yaşam ikamet çeşitliliği ile bir doğa yürüyüşü için bize 250 farklı tür içeren bir mikro dünyada başka yerde bulundu. Jared çok katmanlı ve bu sistem tarafından sergilenen simbiyoz termit ve gut sakinleri arasında bir ilişki sadece içerir, ama aynı zamanda bağırsaktaki mikropların kendi aralarında simbiyoz karmaşık bir web içerir ortaya koymaktadır.

Symbiosis Katmanları - Termit Hindgut Mikrobiyal Topluluk görselleştirme

Ligandlar protozoa Formosan litik peptitler ile birleştiğinde floresan mikroskopi ve bu ligandlar kullanılarak yeraltı termitler bağırsak protozoa öldürmek selüloz sindiren bu yüzey membran bağlamak gösteren prosedürleri...

Protozoa Termit Gut Karşı Ligandla litik Peptitler Protozoacidal Aktivitesi Test In vitro (Protozoa Kültür) ve In vivo (Mikroenjeksiyon içine Termit Hindgut)

Spodoptera littoralis gut ile ilişkili aktif bakteriyel topluluk, piro sıralamadır bağlanmış kararlı-izotop-tarama (SIP) ile belirlenmiştir. Bu yöntemi kullanarak, toplum içinde aktif metabolik bakteri türlerinin belirlenmesi, yüksek çözünürlük ve hassasiyet ile yapıldı.

Kültürlü ve Gut metabolik Aktif Bakterilerin Tanımlanması<em&gt; Spodoptera littoralis</em&gt; DNA Kararlı İzotop yoluyla kullanma Probing<sup&gt; 13</sup&gt; C = Glukoz

Burada, toprak, rizosferde ve kök endosphere microbiomes amplicon sıra verileri elde etmek için bir protokol açıklayın. Bu bilgiler kompozisyon ve çeşitlilik bitki ilişkili mikrobiyal toplulukların araştırmak için kullanılan ve bitki türlerinin geniş bir kullanım için uygundur.

Kök Microbiome keşfetmek: toprak, rizosferde ve kök Endosphere bakteriyel topluluk verileri ayıklama

Burada, dağınık şekilde ve geçici kene cesaret bir değiştirilmiş bütün-mount In situ hibridizasyon yaklaşım kullanarak uygun microbiota varlığı değerlendirmek için bir protokol mevcut.

Kene bağırsaklar tarafından bütün-mount Situ hibridizasyon Microbiota görselleştirme

Bu kolaylaştırılmış protokol, karmaşık doku örneklerindeki bakterileri tespit etmek ve görüntülemek için, dokuyu sabitlemekten floresan in situ hibridizasyonlu mikropları boyamaya kadar bir iş akışını detaylandırıyor.

Floresan In Situ Hibridizasyon, Lectin Boyama ve Görüntüleme Yoluyla Gut Mikrobiyota-konak Etkileşimlerinin Görselleştirilmesi

Yabani Caenorhabditis nematodları, genellikle bağırsak lümeninde veya bağırsağı enfekte eden birçok mikropla ilişkilidir. Bu protokol, dauer lütikülün direncinden yararlanarak bağırsağı kolonlaştıran kültürsüz mikropları zenginleştirmek için bir yöntemi detaylandırıyor.

Bağırsak Mikrobiyom Bakterileri İçin Zenginleştirmek için Yabani Caenorhabditis Nematodlarının Seçici Temizliği

Aksenik bir böcek elde etmek için, yumurta yüzeyi sterilize edilir ve yumurtadan çıkan larva daha sonra aksenik yapraklar kullanılarak yetiştirilir. Bu yöntem, antibiyotik uygulamadan veya diğer yaprak yiyen böceklere de uygulanabilen yapay bir diyet geliştirmeden aksenik böcek preparatı için etkili bir yol sağlar.

Yaprak Böceğinin Host-Gut Mikrobiyota Etkileşim Çalışmaları için Doku Kültürlü Fidanlarla Aksenik Böceklerin Hazırlanması ve Yetiştirilmesi

Kompost mikrokozmosları, Caenorhabditis elegans'ta mikrobiyom araştırmalarını kolaylaştırmak için doğada bulunan mikrobiyal çeşitliliği laboratuvara getirir. Burada, çevresel mikrobiyal çeşitlilik ile solucan bağırsak mikrobiyom bileşimi arasındaki ilişkileri keşfetmek için çevresel mikrobiyal çeşitliliği modüle etme yeteneğini gösteren deneylerle mikrokozmos deneyleri kurmak için protokoller verilmiştir.

Caenorhabditis elegans'ta Mikrobiyom Araştırmaları için Mikrobiyal Çeşitliliğe Sahip, Doğal Benzeri Ortamlar Olarak Kompost Mikrokozmoslar

Mikrobiyota ve biyofilm ile birlikte bitki ve mantar biyokütlesi içeren oldukça heterojen ve hassas numuneleri görselleştirmek için optimize edilmiş bir Taramalı Elektron Mikroskobu protokolü öneriyoruz. Bu protokol, mikrobiyota organizasyonunun mekansal boyutlarının tanımlanmasına izin verir.

Attine Karıncalarının Bahçelerinin Mikrobiyotası: Elektron Mikroskobunu Tarayarak Mikrobiyal Bir Manzarayı Görselleştirmek

Keşfedin termit bağırsak mikroplarından DNA izolasyonu ve görselleştirme yöntemlerini. Zootermopsis angusticollis türünde mikrobiyal ekoloji ve biyokimyasal yolları inceleyerek enerji metabolizmasındaki rolü anlayın.

Termit Gut Mikroplar (Zootermopsis Angusticollis) DNA ayıklanıyor ve Gut Mikroplar görselleştirme

Daha fazla video keşfet