Name: Uzun menzilli DNA Etkileşimleri belirlenmesi için İlişkili Kromozom Tuzak (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-04-23T14:00:00.000+00:00
Duration: 14 min 49 s
Description: Öğrenin uzun menzilli DNA etkileşimlerini belirlemek için ilişkili kromozom tuzak (ACT) yöntemini. Bu teknik, insan promiyelositik lösemi hücrelerinde gen düzenlemesini anlamaya yardımcı olur.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Biz onların 3C protokol paylaşımı için çok Adelle Murell ve Kurt Reik teşekkürler. Bu çalışma ve Gazi İşleri Departmanı Araştırma Servisi Savunma Bakanlığı tarafından desteklenmiştir.

1. Uzun menzilli kromatin etkileşimleri formaldehit fiksasyonu <ol><li> % 5 CO 2 ile birlikte bir kuluçka% 15 FBS ve% 80-90 izdiham 1 x penisilin / streptomisin Kültür insan hücre hattı RPMI1640 orta HL-60, 37 ° C </li><li> Hücreler 1200 rpm'de 15 dakika boyunca 50 ml Nunc tüp, santrifüj içine toplayın ve sonra aspirasyon orta kaldırmak </li><li> Hücre pelletleri tekrar süspansiyon ve hemasitometre kullanarak hücreleri saymak için 5 ml kültür ortamı ekleyin. RPMI1640 /% 10 FBS, 40 ml hacmi yaklaşık 1 x 10 7 hücreler, daha sonra seyreltilmiş kromatin düzeltmek için 1.7 ml% 37 formaldehit ekleyin. </li><li> Nazik sallayarak 10 dakika oda sıcaklığında inkübe edin ve sonra 2.4 ml 2M glisin ile soğutun. 1200 rpm'de 15 dakika santrifüj 4 ° C ve süpernatant kaldırmak. Pelet 40 ml buz PBS ile bir kez yıkayın, sonra pelet aşağı spin ve PBS kaldırmak. </li></ol> 2. Çekirdekleri izole etmek için hücre parçalama <ol><li> 40 ml taze proteaz inhibitörleri (1:500 seyreltme) ve 0.1 mM PMSF buz lizis tamponu (10 mM Tris-HCl, pH8.0, 10 mM NaCl,% 0.2 NP-40) yeniden süspanse edin hücreleri. 90 dakika, 15 dakika 2500 rpm'de santrifüj rotasyon ile soğuk bir odaya inkübe ve supernatant çıkarın. </li></ol> 3. BGL II Kısıtlama enzim sindirimi <ol><li> 1 x NEB tampon 3 0.5 ml çekirdekleri süspanse edin ve 15 μlof% 10 SDS ekleyin. Sallayarak ile 1 saat boyunca 37 ° C'de inkübe edin, sonra Triton X-100 SDS ayırmak için% 20 45 ul ekleyin. Ile 37 ° C 'de 1 saat süreyle sallayarak inkübe edin. </li><li> Restriksiyon enzimi sindirim için 1 x 10 6 çekirdek (yaklaşık 15 mg, özgün hücrelere onda biri) bir kısım kullanın. Adım 3.1 'den 55 ul çekirdekleri çözüm çıkarın ve 1 x NEB tampon BGL II (50U/ul) 3 ve 12 ul ul 433 ile 500 ul makyaj. 37 ° ° C'de bir gece inkübe edin. </li></ol> 4. Etkileşim DNA segmentleri ligasyonu <ol><li> Restriksiyon enzimi inaktive 65 ısıtarak 95% 10 SDS ul ve doğasını ekleyerek ° C su banyosunda 20 dakika. </li><li> 1 x ligasyonu tamponu (30 mM Tris-HCl, pH 8.0, 10 mM MgCl 2, 10 mM DTT, 1 mM ATP) ve% 20 Triton X-100 360 ul 7 ml ve 1 saat süreyle 37 ° C'de inkübe . </li><li> 16 daha düşük sıcaklığa ° C ve 400 U / ml T4 DNA ligaz 50 ul ekleyin. 4 saat 30 dakika sonra oda sıcaklığında numune 16 ° C'de inkübe edin ve. </li></ol> 5. DNA Saflaştırma <ol><li> Proteinaz K 300 mg ekleyin ve 65 ° C'de bir gece inkübe edin. </li><li> 37 A ve inkübe ° C 30 dakika boyunca 5 mg RNaz ekle </li><li> Izopropanol fenol / kloroform ekstraksiyon ve çökelti DNA DNA arındırın. DNA 150 ul steril distile su ile çözülür. </li></ol> 6. Msp I Sindirim ve oligonükleotid linkers ile ligasyon <ol><li> 4-6 saat için 37 ° C Msp I 5 adet saflaştırılmış DNA 2μg inkübe edin. 65 yaşında ben Msp inaktive ° C de 10 dakika sonra 5 mg / ml glikojen 1 ul etanol içinde DNA hızlandırabilir . DNA pelet 50 ul steril distile su ile çözülür. </li><li> 20 mcM linker oligonükleotid L 2 ul ile 50 ul Msp I ile tedavi edilen DNA Mix (5'-gctgaccctgaattcgcacgtgcctgtcgttagcggacacagggcgattcac-3 '), 1 ul 20 mcM oligonükleotid S (5'-cggtgaatc 3'), 1 ul steril distile su ve 10 x T4 DNA ligaz tamponu 6 ul. Karışımı sıvı balmumu ile kaplayın. </li><li> Doğasını oligonükleotidler 50 ° C ° C 1 dakika ve 10 ile yavaş yavaş soğumasını bekleyin termal cycler 0.5 ° C / dakika degrade. </li><li> 400 U / ml T4 DNA ligaz 1 ul ekleyin ve 15 ° C gecede inkübe. Linker bağlanan QIAquick PCR Arıtma kiti kullanılarak DNA ve steril distile su ile 50 ul Zehir arındırın. </li></ol> 7. PCR ve dizi analizi <ol><li> DNA uzun menzilli etkileşimler (yani, 'yem') incelemek için istediğiniz belirli bir bölge için bir astar seçin. Bu örnekte, biz ABL-1 kullanır. </li><li> Gerçekleştirmek için 20 mcM 1 ul kullanarak ilk turda PCR ABL -1 özel astar # 4656 (5'-gttcaagcgattctcctgcctcga-3 '), 20 mcM 1 ul linker özel astar # 2963 (1 ul saflaştırılmış DNA 5'- gctgaccctgaattcgcacgtgcct-3 '), 3 x Klen Taq DNA polimeraz I kokteyl ve steril distile su ile 3 ul 3μl. 32 P-dCTP İki ul ul PCR önce 3 x Klen Taq DNA polimeraz I kokteyl 100 eklenir. Son uzatma 95 18 döngüleri ° C, 20 saniye boyunca 65 ° C 40 saniye ve 72 ° C 1 dakika boyunca; sıcak bir başlangıç ​​PCR için termal döngüsü 72 ° C 2 dk, 95 ° Cfor 2 dakika 72 ° C5 dakika. </li><li> 30 ul steril distile su QIAquick PCR Arıtma kiti ve Zehir DNA kullanarak ilk tur PCR ürünleri arındırın. </li><li> 20 mcM 1 ul ABL-1 spesifik primer # 4626 (5'-ggagaatttttatctgcctctgtga-3 ') (Şekil 1a), 1 ul ekleyerek iç içe primerler kullanılarak PCR ikinci turda gerçekleştirmek için ilk PCR ürünü seyreltilmiş 100 x 1 ul atın 20 mcM linker özel astar # 2961 (5'-gtcgttagcggacacagggcgattc-3 '), steril distile su ul 3 x Klen Taq DNA polimeraz I kokteyli ve 3 3 ul. Termal bisiklet programı 25 devir 95 ° C, 20 saniye boyunca 67 ° C 40 saniye ve 72 ° C, 72 ° C'de 5 dakika uzatma takip 1 dakika. </li><li> PCR ürünleri% 5 üre-PAGE jel çalışan ve bir PhosphoImager maruz ekran (Şekil 1b) tarama gözünüzde canlandırın. Her PCR bant Eppendorf tüp içinde 60 ul steril distile su içeren bir jel şeritler çözme ve 95 ° C'de 5 dakika inkübe jel geri dönüştürülebilir. Tüm örnekleri toplamak için 10 saniye boyunca 10.000 rpm kısaca santrifüjleyin. Yukarıda açıklandığı gibi aynı koşullar kullanarak primer çifti 2961/4626 PCR işlemi gerçekleştirmek için DNA şablon olarak kullanmak için 1 ul çıkarın. Dizi analizleri QIAquick PCR Arıtma kiti kullanılarak arıtma sonra yapılabilir. </li><li> Http://genome.ucsc.edu (Şekil 1c): DNA dizilerinin web sitesinde kendi kromozomal konumunu belirlemek için bir online araç kullanılarak analiz edilmektedir. 'Blat' bir DNA dizisi yapıştırmak için olanak sağlayan yeni bir pencere girmek için tıklayın, yeni bir pencere 'to' tıkladıktan sonra görünür ve 'Blat Arama Sonuçları' gösterir. DNA dizisi yerini göstermek için bir sonraki pencerede girmek için% 100 kimliği ile hit 'tarayıcı' tıklayın. </li></ol> 8. Temsilcisi Sonuçlar 1. ABL-1 bölge yem olarak kullanarak, uzun menzilli DNA etkileşimleri belirlemek için ACT testinin Şekil 1a, iki BGL II siteleri ve bir BamH I site gösterildiği gibi ACT tayini için seçilmiştir. PCR ikinci turda, astar 4626/2961 ABL-M1 yükseltmek için kullanılan set, 4630/2961 ABL-M2 için kullanılan ve 4636/2961 ABL-M3 için kullanılmıştır. Tipik bir jel desen çeşitli gruplarda (Şekil 1b) birini gösterir. Parçanın bir ACT testi her iki kombine DNA segmentleri oluşur: ikinci segment yem bölge segmentinde ilk restriksiyon enzim tanıma dizisi katıldı ilişkili ortağı gelen bir kesimi, yem DNA bölgesi türetilmiştir. Ikinci enzim tanıma dizisi ilişkili ortağı dizisi (Şekil 1c) sonunda görünecektir. Klonlanmış ABL-M1 parçası +133,592,306-133,592,399 gelen kromozom 9q32.4 bulunan ABL1 bölgenin DNA içerir ve ilgili ortak +71,869,882-71,870,107 gelen kromozom 3p13 yer almaktadır. Ilgili ortakların kimlikleri UCSC genom tarayıcı (GRCh7/hg19 Şubat ayında yayınlanan, 2009) kullanarak kendi dizilerini patlatma tarafından keşfedildi. PROK2 chr3p13 lokustaki ilişkili ortağı olarak tespit edilmiştir. Benzer şekilde, klon ABL-M3 ABL-1 lokusu yakınındaki kromozom-içi bir dernek olarak tespit edilmiştir ABL-M2 ilişkili ortağı, chr5q21.1 lokalize idi. 2. ACT testinin daha az yaygın olan uzun menzilli etkileşimlerinin belirlenmesi 3C dayalı Diğer deneyleri, Şekil 1 ve Igf2 / H19 lokus 12 daha göstermiştir daha pek çok etkileşim ortakları bildirdin . Biz ana hatlarıyla olduğunu metodoloji en yaygın uzun menzilli etkileşimleri seçecektir. Ancak, PCR döngüleri sayısını artırarak, ek, daha az sıklıkta dernekler belirlemek de (Şekil 2) mümkündür. 3. Normal dokulara göre, kanser hücrelerinin uzun menzilli etkileşimleri farklar. ACT testi, normal hücreler ve kanser hücreleri (Şekil 3) arasındaki nükleer mimari farklılıkları ve uzun menzilli etkileşimleri de tanımlamak için kullanılır. Bu farklılıklar hücre dönüşümü sırasında meydana gelen nükleer mimari değişiklikleri yansıtmak ve böylece bu testte sonuçta tanısal amaçlı olabilir. Normal ve kanserli dokuların hem de ortaya çıkan benzer jel desen ACT testi güvenilir ve tekrarlanabilir olduğunu belirtti. ACT testi, FISH ve ChIP deneyleri gibi uzun menzilli DNA ortakları, daha fazla analiz, uzak merkezi arasında belirlenen derneklerin varlığını doğrulamak için gerekli olan belirleyebilir. Genetik, fizyolojik ve biyokimyasal çalışmalar, daha sonra bu uzun menzilli DNA dernek biyolojik etkileri aydınlatmak için yapılabilir. <img src="/files/ftp_upload/2621/2621fig1.jpg" alt="Şekil 1" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Şekil 1"> Şekil 1 ACT testinin HL-60 hücrelerinde DNA yem olarak ABL-1 bölge. a. DNA yapısıABL-1 bölgede ure. ACT tayininde kullanılan ilk restriksiyon enzimini BGL II. Ikinci turu için PCR primerleri da oklar ve ilgili astar numaraları tarafından etiketlenir. b. % 5 üre-PAGE ACT testinin Gel desen. Primer çifti 4626/2961 nested PCR ABL-M1 klon yükseltme için kullanılan, 4630/2961 klonlamak ABL-M2 için kullanılan ve 4636/2961 klon ABL-M3 için kullanılır. c. Klon ABL-M1 DNA dizisi. ABL-1 yem DNA DNA parçası kırmızı etiketli ve ilgili DNA ortağı camgöbeği etiketlenir. BGL II sitesinde (AGACTC), yeşil etiketli ve Msp sitesi (CCGG) mor etiketlenir . <img src="/files/ftp_upload/2621/2621fig2.jpg" alt="Şekil 2" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Şekil 2"> Şekil 2 PCR döngüleri ACT testinin sonuçlarını etkileyebilir. Fare fibroblast hücreleri yem DNA olarak Igf2/H19 lokustaki imprinting kontrol bölgesi (ICR) kullanarak, farklı bisiklet programları ACT tayininde birinci ve ikinci tur PCR uygulandı. PCR ilk turda 18-20 döngüleri görüntülenebilmekte için yeterli sinyal yükseltmek değildi. Net bantlarında ikinci PCR sonuçları yirmi beş döngüleri, ikinci tur için PCR döngü sayısını artırırken, daha fazla bantlara ek olarak bir karalama deseni neden olmuştur. <img src="/files/ftp_upload/2621/2621fig3.jpg" alt="Şekil 3" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Şekil 3"> Şekil 3 ACT testinin normal kolon doku ve kolon kanseri dokusu arasında nükleer mimarisinde farklılıklar Algılama a. ICR bölge IGF2/H19 lokus ve Igf2 gen DNA yapısı. ACT tayini için DPN II siteleri etiketlenir. Ikinci turda PCR kullanılan Astarlar karşılık, bu rakam panel b her kulvarın farklı renklerde oklar ve numaralarına göre etiketlenir. b. % 5 üre-PAGE ACT testinin Gel desen. Normal kolon dokusundan MAD03-1423 ve kolon kanseri dokusu MAD04-149 Kooperatif İnsan Doku Ağı (CHTN) Batı Bölümü elde edildi. Her kolon dokusundan homojenize edildikten sonra, ACT testinin Burada açıklanan prosedürleri takip yapıldı. Lane 1 primer çifti paneli pembe etiketli 2961and # 4161 # (5'-tctgcgccatcagggcagtgagac-3 ') kullanarak PCR sonuçları temsil eder; şeritli 2 primer çifti # 2961 # 4163 (5'-gccgcgcggccacttccgattcc-3 kullanılarak PCR sonuçları temsil eder ') paneli turuncu etiketli; 3 şeritli primer çifti # 2961 # 5145 (5'-gccatgcaggtaggatttgagctg-3 kullanılarak PCR sonuçları temsil eder' paneli mavi etiketli); şeritli 4, # 2961 primer çifti kullanılarak PCR sonuçları temsil eder. # 5151 (5'-gtctcaaataggggccagctagcttgg-3 ') panel a. yeşil etiketli Benzersiz bantlar normal kolon dokusunda sadece görünen sarı oklarla etiketli olup, sadece kolon kanseri dokusu ortaya çıktı bu bantları kırmızı oklar etiketlenir. ICR, basma kontrolü bölge; DMR, farklı metil bölge.

<ol><li>Dekker, J., Rippe, K., Dekker, M., Kleckner, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Capturing+chromosome+conformation%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Capturing chromosome conformation.</a> Science. 295, 1306-1311 (2002).</li>
<li>Apostolou, E., Thanos, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Virus+Infection+Induces+NF-kappaB-dependent+interchromosomal+associations+mediating+monoallelic+IFN-beta+gene+expression%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Virus Infection Induces NF-kappaB-dependent interchromosomal associations mediating monoallelic IFN-beta gene expression.</a> Cell. 134, 85-96 (2008).</li>
<li>Duan, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+three-dimensional+model+of+the+yeast+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">A three-dimensional model of the yeast genome.</a> Nature. 465, 363-367 (2010).</li>
<li>Lomvardas, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interchromosomal+interactions+and+olfactory+receptor+choice%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Interchromosomal interactions and olfactory receptor choice.</a> Cell. 126, 403-413 (2006).</li>
<li>Murrell, A., Heeson, S., Reik, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interaction+between+differentially+methylated+regions+partitions+the+imprinted+genes+Igf2+and+H19+into+parent-specific+chromatin+loops%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Interaction between differentially methylated regions partitions the imprinted genes Igf2 and H19 into parent-specific chromatin loops.</a> Nat Genet. 36, 889-893 (2004).</li>
<li>Schoenfelder, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preferential+associations+between+co-regulated+genes+reveal+a+transcriptional+interactome+in+erythroid+cells%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genet%22%5BJournal%5D)">Preferential associations between co-regulated genes reveal a transcriptional interactome in erythroid cells.</a> Nat Genet. 42, 53-61 (2010).</li>
<li>Spilianakis, C. G., Lalioti, M. D., Town, T., Lee, G. R., Flavell, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Interchromosomal+associations+between+alternatively+expressed+loci%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Interchromosomal associations between alternatively expressed loci.</a> Nature. 435, 637-645 (2005).</li>
<li>Vakoc, C. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proximity+among+distant+regulatory+elements+at+the+beta-globin+locus+requires+GATA-1+and+FOG-1%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell%22%5BJournal%5D)">Proximity among distant regulatory elements at the beta-globin locus requires GATA-1 and FOG-1.</a> Mol Cell. 17, 453-462 (2005).</li>
<li>Xu, N., Tsai, C. L., Lee, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transient+homologous+chromosome+pairing+marks+the+onset+of+X+inactivation%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Transient homologous chromosome pairing marks the onset of X inactivation.</a> Science. 311, 1149-1152 (2006).</li>
<li>Lieberman-Aiden, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comprehensive+mapping+of+long-range+interactions+reveals+folding+principles+of+the+human+genome%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome.</a> Science. 326, 289-293 (2009).</li>
<li>Berkum, N. L. van <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hi-C%3A+a+method+to+study+the+three-dimensional+architecture+of+genomes%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Hi-C: a method to study the three-dimensional architecture of genomes.</a> J Vis Exp. , (2010).</li>
<li>Ling, J. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((CTCF+mediates+interchromosomal+colocalization+between+Igf2%2FH19+and+Wsb1%2FNf1%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">CTCF mediates interchromosomal colocalization between Igf2/H19 and Wsb1/Nf1.</a> Science. 312, 269-272 (2006).</li>
<li>Dekker, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+three+%27C%27s+of+chromosome+conformation+capture%3A+controls%2C+controls%2C+controls%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">The three 'C's of chromosome conformation capture: controls, controls, controls.</a> Nat Methods. 3, 17-21 (2006).</li>
</ol>

Dekker ve arkadaşları, iki genomik lokusların 1 arasındaki etkileşimi frekansı tespit etmek için kromozom konformasyon yakalama (3C) yaklaşımı geliştirdi ve 3C, memeli hücrelerinde 2 bilinen iki DNA bölgeleri arasında, intra-kromozomal ve inter-kromozomal dernekler araştırmak için yaygın olarak kullanılmaya başlanmıştır -9. Hi-C yeni geliştirilen metodoloji genom DNA dernek çalışması için uygulanabilir olsa da, ACT testinin hala lokus spesifik DNA etkileşimi 10-11 çalışması için etkili bir tekniktir . Biz bu yaklaşımı, kültürlü, fare ve insan hücreleri (Şekil 1) bilinen bir DNA bölgesi ile ilgili bilinmeyen DNA bölgeleri belirlemek için değiştirdiniz. Biz, bize bilinen bir hedef DNA bölgesi 12 ile ilişkilendirmek roman bilinmeyen DNA ortakları belirlemek için güvenilir ve tekrarlanabilir bir yöntem olarak ilişkili kromozom tuzak (ACT) testi bu yöntem adında . ACT testinin 13 roman yönlerini çalıştırmadan önce gerekli kontrolleri ile başarılı bir 3C tahlil yapılır. Mümkün olduğunca çok sayıda ilgili DNA bölgeleri olarak tofind amacıyla, birinci ve ikinci kısıtlama enzimlerin çeşitli kombinasyonları kullanmak için gerekli. Bu, ilk 3C ligasyonu adımı gerçekleştirmeniz CpG metilasyon duyarsız restriksiyon enzimleri kullanmak için özellikle önemlidir. Protein bağlama ve DNA metilasyon kısıtlama enzim sindirimi verimliliği etkileyen ve belli bir restriksiyon enzimi sindirimler için ilgili DNA bölgeleri ligasyonu yetmezliğine yol açabilir. Intra-ve inter-kromozomal ligasyonu oluşumu, protein-DNA çapraz bağlama ve ilgili DNA bölgeleri hem de uygun fiziksel haritalar bağlıdır. Bu nedenle, bazı ön deneyler ACT testinin uygulanabilir bir etkin formaldehit konsantrasyonu ve tedavi süresi kurmak için gerekli. Formaldehit (from1.5% 2%) son konsantrasyonlarda bir dizi sırasında çeşitli laboratuvarlarında tahlil 7,9 3C kısmı kullanılmıştır. Alternatif olarak, linkers olarak kullanılan oligonükleotidler ikinci restriksiyon enzimi ile kesilen yapışkan son maç için dizayn edilebilir. 18-20, ikinci turda PCR PCR ve 20-25 döngüleri ilk turda döngüleri açık bantları sağlayabilir bulundu rağmen, her bir deney (Şekil 2) için en iyi PCR koşulları kurmak için gerekli. Molekül içi 5&#39;-end ve 3&#39;-ucundaki tamamlayıcı bir DNA iplikçik PCR oluşabilir adaptörü dizisi arasındaki tavlama, DNA molekülü ile tavlama adaptörü özel astar engeller ve ilk birkaç döngüleri çok düşük amplifikasyon verimliliğini sonuçlandı. Döngüleri için hedef DNA amplifiye sonra, miktarı bu nonspesifik reaksiyonlar çok daha büyük olabilir ve astar hedef DNA molekülleri tavlama rekabet kolaylaştırabilir. Arka plan amplifikasyon ve neden ilk turda PCR ürünü, PCR ikinci turda arka plan azaltmak için PCR reaksiyonu fazla primerleri kaldırmak için önemli arka plan amplification.It azaltmak için seyreltilerek neden bu aynı zamanda. PCR tabanlı tüm deneylerde olduğu gibi, insan ve fare DNA çoğunluğu oluşturan Tekrar dizisi bölgelerinde bulunmayan primerler tasarımı için hayati önem taşımaktadır. Hi-C yeni geliştirilen metodoloji genom DNA dernek çalışması için uygulanabilir olsa da, ACT testinin hala lokus spesifik DNA etkileşimi çalışması için etkili bir tekniktir.

<table><tbody><tr><td>RPMI1640 besiyeri</td><td>Invitrogen</td><td>22400-105</td><td></td></tr><tr><td>akrilamid</td><td>Invitrogen</td><td>15512-023</td><td></td></tr><tr><td>ATP çözeltisi, 10mM</td><td>Invitrogen</td><td>AM8110G</td><td></td></tr><tr><td>fetal sığır serumu</td><td>Invitrogen</td><td>16000-044</td><td></td></tr><tr><td>penisilin-streptomisin</td><td>Invitrogen</td><td>15140-122</td><td></td></tr><tr><td>1M Tris pH8.0</td><td>Invitrogen</td><td>AM9856</td><td></td></tr><tr><td>RNaz A</td><td>Invitrogen</td><td>12091-039</td><td></td></tr><tr><td>SDS</td><td>Invitrogen</td><td>15525-017</td><td></td></tr><tr><td>üre</td><td>Invitrogen</td><td>15505-035</td><td></td></tr><tr><td>&lt;em&gt;BamH&lt;/em&gt; I</td><td>New England Biolabs</td><td>R0136T</td><td></td></tr><tr><td>&lt;em&gt;Bgl&lt;/em&gt; II</td><td>New England Biolabs</td><td>R0144M</td><td></td></tr><tr><td>&lt;em&gt;Dpn&lt;/em&gt; II</td><td>New England Biolabs</td><td>R0543T</td><td></td></tr><tr><td>&lt;em&gt;Msp&lt;/em&gt; I</td><td>New England Biolabs</td><td>R0106S</td><td></td></tr><tr><td>dNTP'ler</td><td>New England Biolabs</td><td>N0447L</td><td></td></tr><tr><td>proteinaz K</td><td>New England Biolabs</td><td>P8102S</td><td></td></tr><tr><td>T4 DNA ligaz</td><td>New England Biolabs</td><td>M0202T</td><td></td></tr><tr><td>%37 formaldehit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>F8775</td><td></td></tr><tr><td>Bis-akrilamid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>146072</td><td></td></tr><tr><td>ditiyotreitol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>43815</td><td></td></tr><tr><td>glisin</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>50046</td><td></td></tr><tr><td>PMSF</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>93482</td><td></td></tr><tr><td>proteinaz inhibitörü</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>S8830</td><td></td></tr><tr><td>Nonidet P-40</td><td>Roche Group</td><td>11754599001</td><td></td></tr><tr><td>KlenTaq1</td><td>Ab peptides</td><td>1001</td><td></td></tr><tr><td>dCTP alfa P32</td><td>PerkinElmer, Inc.</td><td>BLU513H250UC</td><td></td></tr><tr><td>PTC-100 Termal Döngüleyici</td><td>MJ Research</td><td>mjptc100</td><td></td></tr><tr><td>Güç Kaynağı</td><td>Bio-Rad</td><td>164-5056</td><td></td></tr><tr><td>OmniPAGE Maxi</td><td>Aurogene Life Science</td><td>VS20D</td><td></td></tr><tr><td>Typhoon 9400</td><td>GE Healthcare</td><td>63-0055-78</td><td></td></tr></tbody></table>

uzun menzilli dna etkileşimleri belirlenmesi için İlişkili kromozom tuzak

Associated Chromosome Trap for Identifying Long-range DNA Interactions

Genetik bilgi DNA tarafından kodlanan karmaşık ve oldukça düzenli bir kromatin yapısı içinde organize edilir. Her kromozom, geliştirme veya hücre döngüsü evresine göre değişebilir belirli bir bölge, kaplar. Gen ifadesi, özel transkripsiyonel fabrikalarda oluşabilir uzak aynı kromozom üzerinde farklı kromozomlar veya mevcut DNA segmentleri co-lokalizasyon kromatin segmentlerinde lider, çeşitli kromozom topraklarından döngü çıkışı. Associated Kromozom Trap (ACT), tahlil, tarafsız bir biçimde uzanan ve kromozom konformasyon yakalama tekniğini değiştirerek bu uzun menzilli DNA dernekler tanımlamak için etkili bir yöntem sağlar. ACT testi trans transkripsiyonel düzenleme mekanizmalarının araştırılması için mümkün kılar ve normal fizyoloji ve hastalık durumlarında sırasında nükleer mimarisi gen ekspresyonu arasındaki ilişkiyi açıklamaya yardımcı olabilir.

Ilişkili kromozom tuzak (ACT) tayini uzun menzilli DNA etkileşimleri belirlemek için bir romanı tarafsız bir yöntemdir. Uzun menzilli DNA etkileşimleri karakterizasyonu gen ekspresyonu normal fizyoloji hem de hastalıklı devletlerin nükleer mimari ilişkiyi belirlemek için izin verecektir.

Uzun menzilli DNA Etkileşimleri belirlenmesi için İlişkili Kromozom Tuzak

DNA tarafından kodlanan genetik bilgi, karmaşık ve yüksek düzeyde düzenlenmiş bir kromatin yapısı şeklinde organize edilmiştir. Her kromozom belirli bir bölge kaplar, ...

Aşağıdaki deneyin genel amacı, uzun menzilli ilişkili DNA partnerlerini keşfetmek ve tanımlamaktır. Bu işlem; fikse etme, hücre lizizi ve ardından ilk restriksiyon enzimi ile DNA sindirimi ve sonrasında iki ilişkili genden gelen segmentlerden oluşan kimerik bir DNA oluşturmak için ligasyon ile gerçekleştirilir. Daha sonra, amplifikasyonu kolaylaştırmak amacıyla ikinci restriksiyon sindiriminden sonra kimerik DNA'ya linkerlar eklenir; ilişkili DNA fragmanlarından yeterli miktarda elde etmek için linker ve yem DNA'ya özgü primerler kullanılarak PCR amplifikasyonu yapılır. Amplifiye edilen DNA fragmanlarının sekans analizi temel alınarak, yem DNA ile uzun menzilli ilişkili DNA partnerlerini gösteren sonuçlar elde edilir.Bu tekniğin, kromozom onay yakalama veya 3C gibi mevcut yöntemlere göre temel avantajı, ACTSA'nın bilinmeyen uzun menzilli ilişkili DNA partnerlerini etkili bir şekilde tanımlamak için kullanılabilmesidir. Buna karşın 3C, yalnızca önceden şüphelenilen etkileşimlerin doğrulanması için geliştirilmiştir. Bu protokole başlamak için, insan hücrelerini 37 °C sıcaklıkta ve %5 karbondioksit sağlanan bir inkübatörde, %80 ila %90 konfluens seviyesine ulaşana kadar kültüre edin.Bu gösterim için insan pro-Mlemiyel lösemi hücreleri kullanılmıştır. Hücreleri 50 mililitrelik bir NOC tüpüne aktararak toplayın ve 1200 RPM'de 15 dakika boyunca santrifüjleyin. Santrifüj işleminin ardından, besiyerini aspirasyon yoluyla uzaklaştırın.Hücre peletlerini yeniden süspansiyona getirmek için beş mililitre kültür ortamı ekleyin. Hücreleri bir hemositometre ile saydıktan sonra, yaklaşık 1 × 10⁷ hücreyi %10 FBS içeren RPMI 1640 ortamı ile 40 mililitre hacme tamamlayın. Ardından, seyreltilmiş kromatini fikse etmek için 1,7 mililitre %37 formaldehit ekleyin.Numuneyi oda sıcaklığında 10 dakika boyunca hafifçe çalkalayarak inkübe edin. İnkübasyonun ardından, reaksiyonu 2,4 mililitre iki molar glisin ile durdurun. Ardından, numuneyi 1200 RPM'de ve dört derece celsius sıcaklıkta 15 dakika boyunca santrifüjleyin.Süpernatan alındıktan sonra, peleti bir kez 40 mililitre buz gibi soğuk PBS ile yıkayın ve yıkanmış hücre peletini geri kazanmak için örneği santrifüjleyin; elde edilen peleti, yeni eklenmiş proteaz inhibitörleri ve 0,1 milimolar PMSF içeren 40 mililitre buz gibi soğuk lizis tamponu içinde yeniden süspanse edin ve örneği soğuk odada rotasyonla 90 dakika boyunca inkübe edin. Son olarak, örneği 2.500 RPM'de 15 dakika boyunca santrifüjleyip süpernatanı uzaklaştırın ve izole edilmiş çekirdekleri elde edin. Çekirdekleri 0,5 mililitre 1X NEB tampon üç içinde yeniden süspanse edin ve 15 mikrolitre %10 SDS ekleyin.Numuneyi 37 °C'de bir saat boyunca çalkalayarak inkübe edin. Ardından, SDS'yi sekestre etmek için 45 µL %20 Triton X 100 ekleyin ve tekrar 37 °C'de bir saat boyunca çalkalayarak inkübe edin ve 1 × 10⁶'lık alikotlar alın. Restriksiyon enzimi sindirimi için 55 µL çekirdek çözeltisine yaklaşık 15 µg çekirdek kullanılır.433 µL 1X NEB tampon çözelti 3 ve 12 µL BGL 2 ekleyin. Toplam sindirim reaksiyon hacmini 500 µL'ye tamamlayarak reaksiyonu 37 °C'de gece boyunca inkübe edin. Ertesi gün, 95 µL %10 SDS ekleyerek restriksiyon enzimini inaktive edin ve enzimi 65 °C'de 20 dakika ısıtarak denatüre edin.Bir su banyosunda, yedi mililitre 1x ligasyon tamponu ve 360 µL %20 Triton X 100 ekleyin. Örneği 37 °C'de bir saat inkübe edin. Sıcaklığı 16 °C'ye düşürün ve 400 unit/µL konsantrasyonda 50 µL ekleyin.T dört DNA Ligaz ekleyin. Ligasyon reaksiyonunun dört saat boyunca 16 °C'de ve ardından 30 dakika boyunca oda sıcaklığında inkübe edilmesini sağlayın. Ligasyon tamamlandıktan sonra, 300 µg proteinaz K ekleyin ve gece boyunca 65 °C'de inkübe edin.Ardından beş µg RNAA ekleyin ve 37 °C'de 30 dakika boyunca inkübe edin. DNA'yı fenol kloroform ekstraksiyonu ile saflaştırın ve DNA'yı izopropanolde çöktürün; çöken DNA'yı 150 µL steril distile su içerisinde çözün. Kimera DNA'ya linker eklemek için, öncelikle iki µg saflaştırılmış DNA'yı beş ünite MspI ile 37 °C'de dört ila altı saat inkübe ederek DNA'yı sindirin; sindirim işleminin ardından, MspI'yi 65 °C'de 10 dakika boyunca inaktive edin.Ardından, DNA'yı 5 mg/mL glikojenin 1 µL'si ile etanol içinde çöktürün. Elde edilen DNA peletini 50 µL steril distile su içerisinde çözün. Daha sonra, 50 µL MSP1 ile işlenmiş DNA'yı 2 µL 20 µM linker oligonükleotid L ve 1 µL 20 µM oligonükleotid S ile karıştırın; ardından 1 µL steril distile su ve 6 µL 10X T4 DNA Ligaz tamponu ekleyin.Karışımın üzerini sıvı mum ile kapatın. Oligonükleotidleri 50 °C'de bir dakika boyunca denatüre edin ve dakikada 0,5 °C gradyanla 10 °C'ye kadar kademeli olarak soğumaya bırakın. Bir termal döngüleyici kullanarak, 400 units/µL konsantrasyonunda 1 µL T4 DNA ligaz ekleyin ve reaksiyonu 15 °C'de gece boyunca inkübe edin.Ertesi gün, linker ligasyonu yapılmış DNA'yı bir kaya quick PCR saflaştırma kiti kullanarak saflaştırın ve 50 µL steril distile su içinde elüe edin. Uzun menzilli etkileşimler açısından incelenecek spesifik DNA bölgesi için bir primer seçin. Bu örnekte, primer veya yem olarak Abel kullanılacaktır.Saflaştırılmış DNA'yı, bir mikrolitre saflaştırılmış DNA ile bir mikrolitre 20 mikromolar able bir spesifik primer (46 56) ve bir mikrolitre 20 mikromolar linker spesifik primeri (29 63) birleştirerek ilk tur PCR için hazırlayın. Ardından, yazılı protokole göre önceden 32 P-D-C-T-P ile karıştırılmış üç mikrolitre 3x ClinTech, DNA polimeraz 1 kokteyli ve ardından üç mikrolitre steril distile su ekleyin. PCR döngüsü tamamlandıktan sonra, yazılı protokolde açıklanan hot start PCR termal döngüsü kullanılarak PCR amplifikasyonunu gerçekleştirin.Birinci tur PCR ürünlerini kaya hızlı PCR saflaştırma kiti kullanarak saflaştırın. 30 µL steril distile su içinde elüye edin. İç içe geçmiş (nested) primerler kullanarak ikinci tur PCR'ı gerçekleştirmek için, 100 kat seyreltilmiş birinci PCR ürününden 1 µL kullanın; buna 1 µL 20 µM able one spesifik primeri (46 26) ve 1 µL 20 µM linker spesifik primeri (29 61) ekleyin.Tekrar, üç mikrolitre 3x ClinTech, DNA polimeraz, tek kokteyl ve üç mikrolitre steril distile su ekleyin. PCR'ın ikinci turunu; 95 °C'de 20 saniye, 67 °C'de 40 saniye ve 72 °C'de bir dakika şeklinde 25 döngülük bir termal döngü programı kullanarak gerçekleştirin ve ardından 72 °C'de beş dakikalık bir uzatma aşaması uygulayın.%5 üre sayfa jeli çalıştırarak PCR ürünlerini görselleştirin ve ardından pozlanmış ekranı bir fosfor imaj cihazında tarayın. Her bir PCR bandı, jel şeritlerinin 60 µL steril distile su içeren bir eppendorf tüpünde çözülmesi ve 95 °C'de beş dakika inkübe edilmesiyle jelden geri kazanılabilir. Çözünmüş jel ürünlerini 10.000 RPM'de 10 saniye boyunca kısa süreliğine santrifüjleyin.Tüm numuneleri toplamak için. Prime repair ile PCR gerçekleştirmek amacıyla DNA kalıbı olarak kullanmak üzere bir mikrolitre alın. 29 61 46 26.Yukarıda açıklanan koşullar kullanılarak, saflaştırma ve sekanslama analizinden sonra kromozomal konumu belirlemek için bir çevrimiçi araç kullanılabilir. Genom biyoinformatik sitesine girdiğinizde, yeni bir pencere açmak için blatt seçeneğine tıklayın ve DNA sekansını yapıştırın. DNA sekansı gönderildikten sonra, BLATT arama sonuçları görünecektir.DNA dizisinin konumunu ortaya çıkarmak için %100 benzerliğe sahip vuruşa tıklayarak tarayıcıyı açın. Uzun menzilli DNA etkileşimlerini belirlemek için able one bölgesi yem olarak kullanıldı. İkinci tur PCR primer seti için iki BGL II bölgesi ve bir BAM HI bölgesi ACT analizi için seçildi; able M1'i amplifiye etmek için 46 26 29 61, able M2 için 46.30 29 61 ve able M3 için 46, 36 29 61 kullanıldı.Tipik bir jel paterni, burada able M1, able M two ve able M three için gösterildiği gibi bir veya birkaç bandı ortaya çıkarır. Clone able M1'in DNA dizisi, bir A CT analizinden elde edilen her bir fragmanın iki birleşik DNA segmentinden oluştuğunu göstermek için sunulmuştur. Segmentlerden biri yem DNA bölgesinden türetilmişken, ikinci segment ilişkili partnerden gelmektedir.Segmentler, birinci restriksiyon enzimi tanıma dizisi ile birbirine bağlanır. İkinci enzim tanıma dizisi, ilişkili partner dizisinin sonunda yer alacaktır. Klonlanabilir M1 fragmanı, kromozom 9 q 32.4'te bulunan ABLE 1 bölgesinden DNA içerir ve ilişkili partneri, proc 2 olarak tanımlanan kromozom 3 p 3'te yer alır.Benzer şekilde, able M iki ilişkili partneri kromozom beş Q 21.1'e lokalize edilirken, clone able M üç, üç C analizlerinin aksine, ABLE bir lokusu yakınında bir intra kromozomal etkileşim olarak tanımlanmıştır. Bu videoda özetlenen metodoloji, en yaygın uzun menzilli etkileşimleri seçecektir. Bununla birlikte, PCR R döngü sayısı artırılarak, fare fibroblast hücrelerinde IGF iki H 19 lokusundaki imprinting ve kontrol bölgesi veya ICR'yi yem DNA olarak kullanarak, daha az yaygın olan ek etkileşimlerin belirlenmesi de mümkündür; A CT analizinde PCR'nin birinci ve ikinci turlarında farklı döngü programları uygulanmıştır.A CT analizi, normal hücreler ile kanser hücreleri arasındaki nükleer mimari ve uzun menzilli etkileşimlerdeki farklılıkları belirlemek için de kullanılabilir. Normal kolon dokusu ve kolon kanseri dokusu homojenize edilmiş ve A CT analizi burada açıklanan prosedürler takip edilerek gerçekleştirilmiştir. Burada, IGF two H 19 lokusundaki ICR bölgesinin ve IGF two geni dpn'nin DNA yapısı gösterilmektedir.A CT analizi için iki bölgede, ikinci tur PCR'da kullanılan işaretli primerler farklı renklerde oklar ve sayılarla belirtilmiştir. A CT analizinin jel paterni; 29 61 primerinin 41, 61, 41 63, 51 45 ve 51 51 primer çiftlerinden herhangi biriyle kullanıldığı PCR sonuçlarını temsil etmektedir. Sadece normal kolon dokusunda görülen özgün bantlar sarı oklarla, geliştirmesinin ardından sadece kolon kanseri dokusunda görülen bantlar ise kırmızı oklarla işaretlenmiştir.Bu teknik, market biyolojisi alanındaki araştırmacıların nükleer mimariyi ve gen düzenlemesini üç boyutlu bir şekilde keşfetmelerinin yolunu açmaktadır.

associated-chromosome-trap-for-identifying-long-range-dna-interactions

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Hi-C yöntemi kromatin etkileşimler (1) tarafsız, genom kimlik sağlar. Hi-C çiftler yakınlık ligasyonu ve güçlü paralel sıralama. Ortaya çıkan veriler farklı ölçeklerde genomik mimarlık eğitimi için kullanılabilir: ilk sonuçlar, kromozom toprakları, segregasyon, açık ve kapalı kromatin ve megabase ölçekte kromatin yapısı gibi özellikleri tespit.

Hi-C: genomların Üç boyutlu Mimari Eğitim Bir Yöntem.

Paired-end Tag Dizileme (Chia-PET) ile Kromatin Etkileşim Analizi için kullanılan bir...

Kromatin Etkileşimler haritalama ve Transkripsiyon Yönetmelik anlamak için paired-end Tag Dizileme (Chia-PET) ile Kromatin Etkileşim Analizi

Kitlesel paralel DNA dizileme teknolojilerine dayalı genom dizilimleri genellikle oldukça parçalıdır. Fiziksel kromozom haritalarının geliştirilmesi, genom dizilimlerini potansiyel olarak iyileştirebilir. Burada, fiziksel harita geliştirme verimliliğini önemli ölçüde artıran kromozom hazırlama, floresan in situ hibridizasyon ve görüntüleme yöntemlerine yönelik yenilikçi yaklaşımları sunmaktayız.

Otomatik kullanarak Kromozomlar Yüksek throughput Fiziksel Haritalama<em&gt; In situ</em&gt; Hibridizasyon

Kanser hastalarının kanından dolaşımdaki tümör hücrelerinin (CTC) izolasyonu ve karakterizasyonu, invaziv olmayan bir sıvı biyopsi türüdür ve nüks ve hastalığın ilerlemesi ile ilişkilidir. Bu video, ilgilenilen belirli bir geni incelemek için tıbbi bir tel üzerinde yakalanan CTC'ler üzerinde DNA floresan yerinde hibridizasyon (DNA FISH) tekniğini açıklamaktadır.

3D DNA FISH: Bir Kromozom Üzerinde Belirli Bir Geni Bulmak İçin Bir Teknik

Burada 3D mikroskopi ve analizler (3D immuno-DNA FISH) izledi DNA FISH immünofloresan ve DNA dizileri tarafından histon modifikasyonları eşzamanlı tespiti için bir protokol açıklar.

3D Nükleer teşkilatında değişiklikler Eğitim için 3D-korunmuş Tane Çekirdekle ilgili Kombine İmmünofloresan ve DNA FISH

Genom hedefleme moleküllerinin doğrudan hedefleri belirlenmesi önemli bir sorun olmaya devam etmektedir. DNA bağlama molekülleri genomu meşgul anlamak için, kromatin izole etmek için küçük moleküllerin çapraz bağlama dayanan bir yöntem (COSMIC) geliştirdi.

COSMIC ile Hücrelerde İlaç-DNA Etkileşimlerinin genom Haritalama (Küçük moleküllerinin çapraz bağlanmasını Kromatin yalıtmak için)

Kromatin döngü gen düzenlemesi içinde önemli bir rol oynar; Ancak, kromatin döngüler seçici ve tersinir değişikliği için izin hiçbir teknolojik gelişmeler olmuştur. Burada biz kromatin döngü yeniden yapılanma için güçlü bir sistemi tarif CRISPR-dCas9 (CLOuD9), seçmeli olarak ve geri dönülebilir olarak gen ekspresyonu, modüle gösterdi kullanarak hedef loci.

Kromatin döngü yapısı yeniden yapılanma CRISPR-aracılı

Embriyonik kök hücrelerden üretilen embriyoid cisimlerde yüksek iş eldeli sıralamanın ardından kantitatif kromozom konformasyon yakalama uygulamasını rapor ediyoruz. Bu teknik, embriyonik kök hücre farklılaşması sırasında belirli bir genin putatif arttırıcılar ve promotör bölgeleri arasındaki temasları tanımlamaya ve quantitate sağlar.

Kantitatif Kromozom Konformasyon Yakalama (4C) ile Embriyoid Cisimlerde Arttırıcı-Organizatör Kontalarının Belirlenmesi

Hi-C 3.0, sinyal-gürültü oranını ve kromatin etkileşimi algılamasının çözünürlüğünü artırmak için formaldehit ve dissüksinimidil glutarat çapraz bağlayıcılarını DpnII ve DdeI kısıtlama enzimlerinin bir kokteyli ile birleştiren geliştirilmiş bir Hi-C protokolüdür.

Uzunluk Ölçekleri Arasında Kromozom Konformasyonunu Yakalama

Bu protokol, topolojik olarak ilişkili alanların (TAD'ler) sınırları ve düzenleyici ve diğer DNA dizisi elemanları arasındaki uzun menzilli kromatin etkileşimleri de dahil olmak üzere, mega tabanlı boyutlu hedeflenen genomik bölgelerin 3D organizasyonunu yüksek çözünürlükte karakterize etmek için kullanılan Capture Hi-C yöntemini açıklar.

Yüksek Çözünürlüklü 3D Kromatin Organizasyonunun Capture Hi-C ile Deşifre Edilmesi

Burada, RNA ile ilişkili kromatin DNA-DNA etkileşimlerini yakalamak için RNA ile ilişkili üç boyutlu genom organizasyonunu haritalamak için bir protokol sunuyoruz.

RNA ile İlgili Kromatin DNA-DNA Etkileşim Yöntemi

Öğrenin uzun menzilli DNA etkileşimlerini belirlemek için ilişkili kromozom tuzak (ACT) yöntemini. Bu teknik, insan promiyelositik lösemi hücrelerinde gen düzenlemesini anlamaya yardımcı olur.

Uzun menzilli DNA Etkileşimleri belirlenmesi için İlişkili Kromozom Tuzak

Daha fazla video keşfet