Konsantrasyon belirlenmesi Micro hacimli Bio-spec Nano Spektrofotometre Nükleik Asitler ve Proteinler
February 17th, 2011
Bu iletişim, doğruluk ve tekrarlanabilirlik dsDNA ve protein kantitatif BioSpec-nano UV-VIS spektrofotometre veri sunmaktadır. Ultra-küçük birimler bile otomatik silme fonksiyonu, hacmi ve daha kesin sonuçlar için en az taşınmasını sonuçları artırıyor (1 ila 2 L), tekrarlanabilirlik, mükemmel.
Bu prosedürün genel amacı, bir mikro hacim spektrofotometresi kullanarak nükleik asitlerin ve proteinlerin konsantrasyonlarını doğru ve tekrarlanabilir bir şekilde belirlemektir. Bu, önce ölçülecek numune için uygun yol uzunluğunun seçilmesiyle gerçekleştirilir. Prosedürün ikinci adımı, bir boşluğu ölçmektir.
Daha sonra, DNA veya protein örneği ölçülür. Prosedürün son adımı, verileri PDF veya CSV formatında kaydetmektir. Sonuçta, DNA ve protein için yüksek oranda tekrarlanabilir sonuçlar.
Bu yöntemle kantitasyon hızlı ve doğru bir şekilde elde edilebilir. Bu tekniğin temel avantajı hızlı, kesin ve tekrarlanabilir olmasıdır. DNA Kantitasyon prosedürüne başlamak için BIOS özellikli nano spektrofotometreyi açın.
BIOS spec nano yazılımını PC masaüstünden açın. Basit nükleik asit D-S-D-N-A sekmesine tıklayın. Yazılım, cihazla iletişim kuracak ve bir başlatma dizisi çalıştıracaktır.
Bu, cihazın spesifikasyonlara göre performans gösterdiğini doğrular. Ardından, yol uzunluğunu seçin. Yol uzunluğu kaydırıcısında.
Mikrolitre hacimli numuneler için üç seçenek mevcuttur. 0,2 milimetre veya 0,7 milimetre kullanılabilir. Ve seyreltik numuneler için, beş milimetre yol uzunluğunda bir vete kullanma seçeneği vardır.
Bu gösterimde, iki mikrolitrelik bir numuneyi ölçmek için 0,7 milimetre seçilmiştir. Tüm hesaplamalar seçilen yol uzunluğuna göre yapılır. Yazılımda bir sonraki kurulum sekmesine tıklayın ve otomatik silme kurulumunu seçin.
Bir silme işlemi için birini seçin. Numune ölçümünden önce veya her yeni yol uzunluğu seçildiğinde, boş bir ölçüm gereklidir 0,7 milimetrelik bir yol uzunluğu için kaide üzerine iki mikrolitre su veya tampon pipetleyin. Boş ölçüm için boşa tıklayın.
Üst pencere, numune damlacığı ile temas etmek için hareket edecek ve ksenon flaşları gözlemlenebilecektir. Ölçüm tamamlandığında, silecek numuneyi otomatik olarak silecektir. Şimdi numune ölçülebilir.
Çözünmemiş partikül varlığı olarak homojen bir numune çözeltisinin kullanılması önemlidir. Numune partikülü, tekrarlanamaz verilere neden olacaktır. Hava kabarcıklarının girmesini önlemek için, numuneden iki mikrolitreyi dikkatlice aspire edin ve ardından numuneyi pipet ucundan kaide üzerine eşit şekilde pipetleyin.
Enstrüman üzerindeki başlat düğmesine basın. Daha önce olduğu gibi, üst pencere numune damlacığı ile temas etmek için hareket edecek ve tekrarlanabilirliği belirlemek için ksenon flaşları gözlemlenebilir.ampile aynı numunenin ölçümü üç kez tekrarlanır, kaydedilen tüm veriler otomatik olarak bir BUD dosyası olarak kaydedilir. PDF veya CCSV dosyası olarak kaydetmek için P-D-F-C-S-V'yi kaydet'i tıklatın.
Sonuçlar, kaydet sekmesindeki uygun seçim kullanılarak bir CSV dosyası olarak da kaydedilebilir. Protein miktarı, absorbans iki 80 yöntemi kullanılarak yapılabilir. Protein miktar tayini için protein miktar tayini sekmesini seçin.
Biliniyorsa sönme katsayısı epsilon two 80'i girin, Epsilon two 80 bilinmiyorsa, üç mikrolitrelik bir numuneyi ölçmek için yol uzunluğu kaydırıcısında Epsilon two 80 calc select 0.2 milimetre kullanarak hesaplayın. Yazılımda bir sonraki kurulum sekmesine tıklayın ve otomatik silme kurulumunu seçin. Herhangi bir numune taşınmasını önlemek ve doğru bir okuma sağlamak için iki mendil için iki tane seçin.
Kaide üzerine üç mikrolitre su veya tampon içeren boş bir pipeti ölçmek için, boş ölçüm için boş'a tıklayın. Ardından, üç mikrolitre protein örneğini kaide üzerine dikkatlice pipetleyin. Numuneyi ölçmeye başlamak için herhangi bir hava kabarcığı oluşturmadan, yazılımda başlat'a tıklayın veya cihazdaki başlat düğmesine basın.
Gösterilen tekrarlanabilirliği belirlemek için aynı numunenin ölçümünü üç kez tekrarlayın. İşte tipik bir çift sarmallı DNA örneği üzerindeki ölçümlerden elde edilen veriler. DNA konsantrasyonunu hesaplamak için kullanılan formül, numune konsantrasyonunun DF çarpı OD iki 60 eksi OD üç 20 kat NACF'ye eşit olmasıdır, burada DF, numune seyreltme faktörüne ve NACF, nükleik asit konsantrasyon faktörüne eşittir.
Nükleik asit konsantrasyon faktörü, seçilen analite göre ayarlanır. Hesaplanan nükleik asit konsantrasyonu ve OD 2 62 80 oranı belirtilmiştir. Bu tablo, DNA kantitasyonu için tekrarlanabilirlik testi sonuçlarını içerir.
Veriler birlikte, %0,26'lık düşük nispi standart sapmadan da anlaşılacağı gibi, yüksek oranda tekrarlanabilir sonuçlar göstermektedir. BSA için bir protein konsantrasyonu analizinden elde edilen temsili sonuçlar burada gösterilmektedir. Mililitre başına mikrogram protein konsantrasyonu, Epsilon iki 80 değerine dayanmaktadır. Son olarak, bu tablo protein kantitasyonunun tekrarlanabilirlik analizini göstermektedir.
%0,51'lik bağıl standart sapma, BIOS spec nano'nun sadece DNA için değil, aynı zamanda proteinler için de doğru ölçüm yaptığını gösterir. Bir kez ustalaştıktan sonra, bir dakika içinde birden fazla numune analiz edilebilir.
Genel Bakış
Bu çalışma, dsDNA ve proteinleri kantitasyon etmek için BioSpec-nano UV-VIS spektrofotometresinin doğruluğunu ve tekrarlanabilirliğini değerlendirir. Yöntem, ultra küçük numune hacimleri ile bile mükemmel tekrarlanabilirlik gösterir ve minimum geçiş ile verimliliği artırır.
Çalışmanın Temel Bileşenleri
Bilim Alanı
- Biyokimya
- Analitik Kimya
- Biyoteknoloji
Arka Plan
- Nükleik asitlerin ve proteinlerin doğru kantitasyonu biyolojik araştırmalarda kritik öneme sahiptir.
- Mikro hacimli spektrofotometri, minimum numune gereksinimleri ile analiz yapılmasını sağlar.
- Otomatik fonksiyonlar ölçüm verimliliğini ve doğruluğunu artırabilir.
- Tekrarlanabilirlik, güvenilir deneysel sonuçlar için gereklidir.
Çalışmanın Amacı
- BioSpec-nano spektrofotometresinin nükleik asit ve protein kantitasyonu için performansını değerlendirmek.
- Küçük numune hacimleri kullanarak doğru ölçümler için bir protokol oluşturmak.
- Tekrarlanan ölçümlerle sonuçların güvenilirliğini göstermek.
Kullanılan Yöntemler
- Numune ölçümü için uygun yol uzunluğunun seçilmesi.
- Numune analizi öncesinde boş ölçüm yapılması.
- Numneler arasında geçişin önlenmesi için otomatik silme.
- Daha ileri analiz için verilerin PDF veya CSV formatlarında kaydedilmesi.
Ana Sonuçlar
- DNA kantitasyonu için 0.26%'lık bir göreceli standart sapma ile yüksek tekrarlanabilir sonuçlar.
- Protein kantitasyonu da 0.51% göreceli standart sapma ile yüksek doğruluk göstermiştir.
- BioSpec-nano ile hızlı ve hassas ölçümler elde edilebilir.
- Birden fazla numune hızlı bir şekilde analiz edilebilir, bu da verimliliği artırır.
Sonuçlar
- BioSpec-nano spektrofotometresi hem dsDNA hem de proteinler için güvenilir kantitasyon sağlar.
- Otomatik özellikler ölçüm verimliliğini önemli ölçüde artırır.
- Bu yöntem biyolojik araştırmalarda yüksek verimli uygulamalar için uygundur.
Sıkça Sorulan Sorular
Executive Industry Relevance
Accurate and reproducible quantification of nucleic acids and proteins is essential for target validation and assay development in early drug discovery. The BioSpec-nano micro-volume spectrophotometer enables high-throughput, low-sample-consumption measurements with automated sample handling, reducing variability and improving data reliability for lead identification workflows. Its rapid measurement cycle and low relative standard deviation support predictive confidence in downstream screening and translational applications.
Strategic Applications in Biopharma R&D
Early Discovery & Target Validation
- Scientific Value: Enables precise quantification of nucleic acid and protein samples to support target expression analysis and pathway interrogation.
- Operational Value: Reduces sample consumption and manual handling steps, increasing throughput for hypothesis testing in discovery biology.
- Predictive Value: Low relative standard deviation (0.26% for DNA, 0.51% for protein) enhances confidence in quantitative data used for go/no-go decisions.
Screening & Assay Development
- Scientific Value: Provides reproducible absorbance measurements (OD260-OD320 for DNA, OD280 for protein) suitable for assay standardization and reagent qualification.
- Operational Value: Automated wiping and blanking minimize carryover and ensure measurement consistency across plates or batches.
- Scalability: Three-second measurement time enables rapid screening of sample libraries or fractionation outputs.
Translational & Preclinical Research
- Translational Continuity: Supports biomarker quantification and pharmacokinetic sample analysis where low-volume, high-precision detection is required.
- Mechanistic De-risking: Accurate protein concentration data (via ε280 calculation from Trp, Tyr, Cys-S-S residues) enables correct dosing in functional assays.
- Workflow Integration: Outputs in PDF/CSV format facilitate data tracking and cross-functional sharing between discovery and preclinical teams.
Pipeline & Workflow Integration
The BioSpec-nano fits within the discovery continuum from initial target validation through assay development and into preclinical sample analysis, particularly where sample conservation and measurement reproducibility are critical.
- Discovery Biology: Supports hypothesis-driven quantification of nucleic acids (e.g., gene expression constructs) and proteins (e.g., purified targets, antibodies) for target validation.
- Screening: Enables QC of sample inputs and reaction outputs in biochemical or cell-based assays with minimal volume requirements.
- Analytics: Delivers quantitative OD-based readouts with automated pathlength correction and extinction coefficient calculation for proteins.
- Translational Research: Compatible with low-volume preclinical samples (e.g., plasma, tissue lysates) requiring accurate concentration normalization.
- Enterprise Reuse: Functions as a shared core lab resource for standardized quantitation across multiple projects and modalities.
Operational & Enterprise Impact
- Scientific Value: Improves data quality and reproducibility in nucleic acid and protein quantitation, reducing false negatives/positives in early screening.
- Operational Value: Automation of sample contact, measurement, and cleaning reduces user variability and increases lab efficiency.
- Strategic Value: Enables faster iteration in lead optimization by providing reliable quantification for structure-activity relationship (SAR) studies.
- Portfolio Impact: Supports risk-adjusted resource allocation by delivering trustworthy quantitative data for target prioritization.
Implementation Considerations
- Requires familiarity with spectrophotometer principles and pathlength selection based on sample concentration.
- Needs access to a PC with BioSpec-nano software and periodic maintenance of optical surfaces.
- Benefits from standardized SOPs for blanking, wiping, and sample application to ensure cross-user consistency.
- Adaptable to various sample types (DNA, protein, other analytes) via software configuration and pathlength adjustment.
- Limited to absorbance-based quantification; not suitable for fluorescent or luminescent assays without additional instrumentation.
