Name: Kolorektal Kanser Hücre Yüzey Protein Profil Antikor Mikroarray ve Floresans Multiplexing (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-09-25T14:00:00.000+00:00
Duration: 15 min 17 s
Description: Keşfedin, kolorektal kanser dokularında yüzey antijenlerinin DOT scan antikor mikroarray ve floresan multiplexing ile profillenmesini. Canlı hücre yakalama ve hücre alt popülasyonlarının tanımlanması yöntemleriyle prognostik biyobelirteçleri belirleyin.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Royal Prince Alfred ve Concord ÇHS ve normal bağırsak mukozasında taze örnekleri toplamak için ülkesine geri gönderilme Hastaneler Anatomik Patoloji Laboratuvarları personel teşekkür ederim. Iş Kanser Enstitüsü Yeni Güney Galler Translasyonel Programı Hibe tarafından finanse edildi.

<img src="/files/ftp_upload/3322/3322fig1.jpg" alt="Şekil 1" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Şekil 1"> Şekil 1: CRC cerrahi örnek canlı hücreleri süspansiyon hazırlamak için İş akışı. 1. Klinik örnek ayrıştırılmasıyla Tüm numuneler X08-164 No'lu Protokol'ün altında bilgilendirilmiş onam ile Royal Prince Alfred Hastanesi (Camperdown, NSW, Avustralya) ve Concord Repatriation Hastanesi (Concord Batı, NSW, Avustralya) toplanmıştır. <ol><li> Kolorektal kanser (CRC), taze veya adenom numuneler ve normal bağırsak mukozasında tümörün en az 10 cm toplayın. 4 Hank dengeli tuz solüsyonu pH 7,3 (HBSS) ° C kadar rezeksiyon sonrası 12 saat için saklayın örnekleri. </li><li> Biyolojik güvenlik kabini sınıf II, tüm klinik örneklerde süreci, insan patojenler için emniyet kurallarına uyunuz. Iki neşter bıçak kullanarak bir Petri kabındaki 2 mm küp numuneler parçalara ayır. </li><li> 37 az 60 dakika zaman zaman nazik karıştırma ayrı Eppendorf tüpleri tümör ve normal doku inkübe ° C,% 2 kollajenaz tip 4 (Worthington, Lakewood, New Jersey, ABD) ve 0.1 (v / v) içeren RPMI 1640 orta eşit hacimde sığır pankreas% (w / v) deoksiribonükleaz (DNAz, Sigma-Aldrich). </li><li> Force 10 ml şırınga pistonu kullanarak, bir ince tel örgü süzgeç ile doku yarı sindirilmiş HBSS ile yıkama hücreleri yoluyla. </li><li> Hücre agrega kaldırmak için 200 mikron ve 50 mikron Filcon filtreler (BD Biosciences) ile hücre süspansiyonu sonucu iletin. DNA, mukus ve hücre agrega çoğu sızmalarından bu dizi kaldırılır. </li><li> Hücre süspansiyonları, 5 dakika boyunca 20 ° 400 xg'de santrifüjleyin. </li><li> % 10 dimetil sulphoxide (DMSO) içeren ısı ile inaktive edilmiş FCS yeniden süspanse hücre pelletleri, -80 ° cryovials ve mağaza yavaş dondurma. Dondurma işlemi örnek mukus azaltmak eğilimindedir ve kırmızı kan hücreleri lyses. </li></ol> 2. Hücre yakalamak için örnek hazırlama <ol><li> 37 ° 10 ml DMSO yıkayın HBSS bir su banyosu ve tekrar süspansiyon hücreleri hızla örnekleri çözülme. </li><li> 5 dakika boyunca 20 ° 410 xg'de hücre süspansiyonları santrifüjleyin. </li><li> Süpernatantı Durusu ve HBSS 500 mcL hücre pelletini tekrar süspansiyon haline getirin. </li><li> % 0,1 (w / v) oda sıcaklığında 20 dakika DNAz I ile örnek davranın. </li><li> Tripan mavi eşit hacmi ile her bir hücre süspansiyonu 10 mcL karıştırın ve karışımı 10 mcL hemasitometre içine yüklemek. 100 kat büyütme bir ışık mikroskobu kullanarak ölü hücrelerden boya alırken, tripan mavi dışlanma nedeniyle net görünen canlı hücreleri, saymak. En az 4 x 10 6 canlı hücreler mikroarray hücre yakalamak için gereklidir. </li><li> DNAz tedaviden sonra, 5 dakika boyunca 20 ° 410 xg'de 10 ml HBSS ve santrifüj hücre süspansiyonu tekrar süspansiyon haline getirin. </li><li> RPMI 1640 süpernatantlar ve tekrar süspansiyon hücre pelletleri son hacim 200 mcL Durusu. </li></ol> 3. Antikor mikroarray hücre yakalama <ol><li> DotScan antikor mikroarray nitroselüloz bölümünde fosfat içine batırarak ıslatın yaklaşık 20 s için tamponlu salin (PBS) Dikkatle nitroselüloz bölümünde dokunmaktan kaçınarak, katlanmış Kimwipes mikroarray cam kenarları silin. </li><li> Nemli bir oda sağlamak için mikroarray inkübasyon tepsisine su ekleyin. Mikroarray odasına yerleştirin ve nemli nitroselüloz bölümünde üzerine RPMI 1640 yılında hücre süspansiyonu pipetle. Pipet bile hücrelerinin yayılmasını sağlamak için nitroselüloz her köşesinde düşer. </li><li> 1 saat boyunca 37 ° C'de inkübe mikroarray'ler Kuluçka hücrelerinin mikroarray antikorlar ile temas yerleşmek ve gelecek sağlar. Arazi antikorlar karşılık gelen yüzey antijenlerini eksprese eden hücrelerin Çekilecek. </li><li> Inkübasyondan sonra, bağlanmamış hücreleri (yıkama başına 20 sn) yıkayın için en az 15 ml PBS içeren üç olukları içine yavaşça ve dikey mikroarray'ler daldırma. </li><li> Çapraz bağlayarak hücreleri ve antikor düzeltmek için% 3.7 (w / v) PBS içinde formaldehit hazırlayın. Yavaşça mikroarray nitroselüloz bölümü kapsayan yaklaşık 1 ml pipetle. Oda sıcaklığında 20 dakika inkübe edin. </li><li> Sonraki daldırma mikroarray'ler PBS (15 ml, her biri) 30 s 3 değişiklik içine fazla formaldehit yıkayın. </li><li> Kenarlar ve arka cam slayt Kimwipes ile silin ve mikroarray DotScan tarayıcı süre kullanarak tarama, nitroselüloz bölümünde nemli. Optik tarama, karışık bir hücre popülasyonu örneğin CRC hücreleri, lökositler ve diğer stromal hücreler tümör antijeni ifade desen sağlar. </li></ol> 4. Çoğullama Floresan <ol><li> Mikroarray tarayıcıdan çıkarın ve engelleme tampon (% 2 w / v BSA ısı ile inaktive edilmiş insan AB serum, PBS, pH 7.3,% 2) 200 mcL uygulayın. Mikroarray tepsi 20 dakika oda sıcaklığında inkübe edin. </li><li> Multip hazırlayın(Biolegend, Eppendorf tüp, 10 mcL Alexa Fluor 647-anti-EpCAM, 20 mcL Fikoeritrin-anti-CD3 (1/7.5 son seyreltme Beckman Coulter, Gladesville, NSW, Avustralya, # IM12824): alüminyum folyo ile kaplanmış bir çözüm lexing San Diego, CA, ABD; 1 / 15 dilüsyon), ısı ile inaktive edilmiş insan AB serumu (Sigma-Aldrich, Castle Hill, NSW, Avustralya) ve engelleme tampon 118 mcL 2 mcL. </li><li> Mikroarray fazla engelleme tampon boşaltın ve düzgün yayılan nitroselüloz bölüm üzerine çoğullama çözüm pipetle. Oda sıcaklığında karanlıkta 30 dakika inkübe edin. </li><li> 15 ml taze PBS üç olukları içine dikey mikroarray batırın (her biri 30 sn). </li><li> Karanlık ve mağaza mikroarray'ler kurumasını bekleyin, 4 ° C slayt kutusunda. Mikroarray floresan kaybı olmadan, 3 ay kadar karanlık saklanabilir. </li><li> Typhoon FLA 9000 - 50 çözünürlüğe sahip bir tarayıcı (GE Healthcare, Rydalmere, NSW, Avustralya) kullanılarak kuru mikroarray Tarama (532 nm lazer, PE 580 BP30 emisyon filtresi. Alexa 647 633 nm lazer ve 670 BP30 emisyon filtresi). Mikroarray'ler nitroselüloz tarafı cam tarayıcı tepsi üzerindeki aşağı bakacak şekilde taranır. </li><li> TIFF dosyaları olarak floresan görüntü ve Photoshop seti kullanarak görüntü boyutu kaydet 17 x 25 cm ve çözünürlüğü 72 piksel / cm. Nokta yoğunluğu ile analiz etmek, DotScan analiz yazılımı görüntü alma. </li><li> DotReader nokta bağlayıcı deseni dijital bir görüntüsünü yakalar ve bir 8 bit grilik skalası (1-256 arası U) her bir antikor nokta hücre bağlanma yoğunluğu rakamlarla. Ara sıra non-spesifik izotip kontrol bağlanma ilgili immünglobulin isotypes antikorları için bağlayıcı değerler çıkarılır. % 100 yoğunlukta parlak nokta karşı her mikroarray Nokta floresan yoğunlukları normalize edildi. Sinyal / spot gücü bir xml dosyası (ham veri) ya da bir çubuk grafik olarak temsil edildi. Pdf dosyası (son rapor) </li><li> Mikroarray heatsmaps ve hiyerarşik kümeleme TM4 Mikroarray Software Suite (MultiExperiment Viewer (MeV) sürüm 4.4 kullanılarak yapılmıştır <a href="http://www.tm4.org/mev.html">http://www.tm4.org/mev.html</a> ). Hiyerarşik kümeleme tam bağlantı analizi ile MeV kullanarak arka plan arındırılmış veriler yapıldı. Öklid mesafe benzerlik ölçmek için kullanılır oldu. Eşit varyans ile 2-kuyruklu Student t-test sonuçlarının istatistiksel önemini belirlemek için kullanılmıştır. </li></ol> 5. Temsilcisi Sonuçlar: DotScan mikroarray Sonuçlar yinelenen dizileri arasında tutarlı hücre bağlayıcı desen göstermelidir. Güçlü hizalama nokta bağlama (CD44/CD29) dizi alana yerleştirilmiş olmak için bir kılavuz sağlar. Şekil 2, optimum hücre yakalama ve çoğullama bir örnek gösterir. Şekil 3 hücre yakalama ve olası çözümleri sırasında karşılaşılan bazı ortak sorunları gösterir. Mikroarray hücre bağlayıcı sonuçlar 1 ile 256 arasında değişen bir grilik ölçekte ifade nokta yoğunlukları ölçerek belirlenebilir. Şekil 4 hiyerarşik kümeleme ile İlgi haritası EpCAM-Alexa 647 antikor ile boyandı 58 cerrahi CRC örneklerinden sayısal veriler, gösterir. Numune sayısı sınırlı olsa da, aynı sahnede CRC aynı grupta küme eğilimindedir. <img src="/files/ftp_upload/3322/3322fig2.jpg" alt="Şekil 2" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Şekil 2"> Şekil 2 klinik kolorektal kanser tümörü (Avustralya Klinik-Patolojik Evreleme, ACP evre B1) Hücre bağlayıcı desen. Yinelenen mikroarray (özetlendiği gibi) sol yarısı için antikor yerlerini gösteren (a) DotScan antikor anahtarı. Üst bölümde DotScan lösemi mikroarray orijinal 82 antikorlar içerir. Spesifik yüzey antijenleri ilgili ek bir 40 antikorlar, bir CRC 'uydu' mikroarray olarak eklendi, literatürde up-regüle bulundu. Alt kısmında izotip kontrol antikorlar mikroarray bağlayıcı CRC hücrelerinin (b) Optik görüntü oluşur. T-hücrelerinin (c) CD3 floresan görüntü. (D) CRC hücreleri gösteren EpCAM floresan görüntü. <img src="/files/ftp_upload/3322/3322fig3.jpg" alt="Şekil 3" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Şekil 3"> Şekil 3, kötü DotScan sonuçları ve olası çözümleri örnekleri . (A) Düşük hücre bağlayıcı çözüm:; mikroarray üzerinde kuluçka önce en aza indirmek için örnek ısı ile inaktive edilmiş insan AB serum eklemek çözüm en azından 4x106 canlı hücreler (b) bağlayıcı İzotip kontrolü bağlayıcı ve non-spesifik bir hücre dizisi üzerinde emin olun. izotip kontrol bağlayıcı. Bazen, nitroselüloz hücreleri non-spesifik bağlayıcı bir miktar CRC örnekleri ile ortaya çıkar ve sonuçları önemli ölçüde etkilemez. (C) Selülozik inkübasyon sırasında kuruma; çözüm: örnek tüm nitroselüloz bölümü kapsar ve mikroarray düz bir yüzey üzerinde inkübe sağlamak. (D) Yüksek arka plan eserler; çözüm: sağlamakmikroarray aşağıdaki inkübasyon iyice yıkanır. <img src="/files/ftp_upload/3322/3322fig4.jpg" alt="Şekil 4" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Şekil 4"> Şekil 4 DotScan analiz yazılımı, 1 ile 256 arasında değişen bir grilik ölçekte bağlayıcı hücre yoğunlukları temsil eden çubuk grafikler oluşturulur. Eksen üzerinde Sayılar CD antijenleri bakın. Κ, λ, immünglobulin hafif zincirleri;; sIg, yüzey immünglobulin; DCC, kolorektal kanser protein silinir; EGFR, epidermal büyüme faktörü reseptörü; FAP, fibroblast aktivasyonu protein, HLA-A, B, Diğer kısaltmalar TCR, T-hücre reseptör A, B, C, sırasıyla C HLA-DR, insan lökosit antijenleri DR ve; MİKA, MHC sınıf I zincir-ilişkili protein A, MMP-14, matris metallopeptidase 14; PIGR, polimerik immünglobulin reseptör; TSP-1, trombospondin-1; Mabthera, insanlara anti-CD20 <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/3322/3322fig4large.jpg">büyük resim görmek için buraya tıklayın</a> .

<ol><li>Steinert, R., Buschmann, T., vander Linden, M., Fels, L. M., Lippert, H., Reymond, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+role+of+proteomics+in+the+diagnosis+and+outcome+prediction+in+colorectal+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22Technol.+Cancer.+Res.+Treat%22%5BJournal%5D)">The role of proteomics in the diagnosis and outcome prediction in colorectal cancer.</a> Technol. Cancer. Res. Treat. 1, 297(2002).</li>
<li>Eifel, P., Axelson, J. A., Costa, J., Crowley, J., Curran, W. J., Deshler, A., Fulton, S., Hendricks, C. B., Kemeny, M., Kornblith, A. B., Louis, T. A., Markman, M., Mayer, R., Roter, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((National+Institutes+of+Health+Consensus+Development+Conference+Statement%3A+adjuvant+therapy+for+breast+cancer%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Natl.+Canc.+Inst%22%5BJournal%5D)">National Institutes of Health Consensus Development Conference Statement: adjuvant therapy for breast cancer.</a> J. Natl. Canc. Inst. 93, 979(2001).</li>
<li>Swerdlow, S. H., Campo, E., Harris, H. L., Jaffe, E. S., Pileri, S. A., Stein, H., Thiele, J., Vardiman, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((WHO+classification+of+tumour+of+haematopoietic+and+lymphoid+tissues%5BTitle%5D)+AND+%22IARC+WHO+Classification+of+Tumours%22%5BJournal%5D)">WHO classification of tumour of haematopoietic and lymphoid tissues.</a> IARC WHO Classification of Tumours. 2, Fourth, (2008).</li>
<li>Xiao, G. G., Recker, R. R., Deng, H. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Recent+advances+in+proteomics+and+cancer+biomarker+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Med.+Oncol%22%5BJournal%5D)">Recent advances in proteomics and cancer biomarker discovery.</a> Clin. Med. Oncol. , (2008).</li>
<li>Belov, L., Mulligan, S. P., Barber, N., Woolfson, A., Scott, M., Stoner, K., Chrisp, J. S., Sewell, W. A., Bradstock, K. F., Bandall, L., Pascovici, D. S., Thomas, M., Erber, W., Huang, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+human+leukaemias+and+lymphomas+using+extensive+immunophenotypes+from+an+antibody+microarray%5BTitle%5D)+AND+%22Br.+J.+Haematol%22%5BJournal%5D)">Analysis of human leukaemias and lymphomas using extensive immunophenotypes from an antibody microarray.</a> Br. J. Haematol. 135, 184(2006).</li>
<li>Belov, L., Huang, P., Barber, N., Mulligan, S. P., Christopherson, R. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+repertories+of+surface+antigens+on+leukemias+using+an+antibody+microarray%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Identification of repertories of surface antigens on leukemias using an antibody microarray.</a> Proteomics. 3, 2147(2003).</li>
<li>Zhou, J., Belov, L., Huang, P. Y., Shin, J., Solomon, M. J., Chapuis, P. H., Bokey, L., Chan, C., Clarke, C., Clarke, S. J., Christopherson, R. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Surface+antigen+profiling+of+colorectal+cancer+using+antibody+microarrays+with+fluorescence+multiplexing%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Immunol.+Methods%22%5BJournal%5D)">Surface antigen profiling of colorectal cancer using antibody microarrays with fluorescence multiplexing.</a> J. Immunol. Methods. 355 (1-2), 40-51 (2010).</li>
<li>Ellmark, P., Belov, L., Huang, P., Lee, C. S., Solomon, M. J., Morgan, D. K., Christopherson, R. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multiplex+detection+of+surface+molecules+on+colorectal+cancers%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Multiplex detection of surface molecules on colorectal cancers.</a> Proteomics. 6, 1791(2006).</li>
<li>Pearson, J. P., Allen, A., Hutton, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rheology+of+mucin%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol.+Biol%22%5BJournal%5D)">Rheology of mucin.</a> Methods Mol. Biol. 125, 99(2000).</li>
<li>Yang, Y. H., Dudoit, S., Luu, P., Lin, D. M., Peng, V., Ngai, J., Speed, T. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Normalization+for+cDNA+microarray+data%3A+a+robust+composite+method+addressing+single+and+multiple+slide+systematic+variation%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Normalization for cDNA microarray data: a robust composite method addressing single and multiple slide systematic variation.</a> Nucleic Acids Res. 30, 15(2002).</li>
<li>Al Saeed,, et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((TMA%3A+A+free%2C+open-source+system+for+microarray+data+management+and+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22BioTechniques%22%5BJournal%5D)">TMA: A free, open-source system for microarray data management and analysis.</a> BioTechniques. 34, 374-378 (2003).</li>
</ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

Bu video, DotScan antikor mikroarray CRC doku hücre popülasyonlarının için yüzey antijeni profillerini incelemek için basit, yarı-kantitatif bir şekilde nasıl kullanılabileceğini göstermektedir. İnkübasyon sırasında bütün hücrelerin antikor nokta firma bağlanma için gerekli olan enerji bağımlı süreçler (örn., antijen kapak kapatma ve / veya pseudopodia oluşumu) görünür, çünkü doku yaşayabilir bir tek hücre süspansiyonu elde etme, deneyin başarısı için kritik öneme sahiptir ölü hücreler daha ...

The author's email has been corrected in the publication of <a href="http://www.jove.com/video/3322">Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing</a>. There was an error with the author, Jerry Zhou's, email. The author's email has been updated to:
j.zhou@uws.edu.au
from:
jzho7551@mail.usyd.edu.au

Erratum: Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing

<table border="1"><tbody><tr><th> Reaktif ya da ekipman Adı </th><th> Şirket </th><th> Katalog numarası </th><th> Yorumlar </th></tr><tr><td> Hanks &#39;dengeli tuz solüsyonu </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> H6136-10X1L </td><td> 25 mM HEPES (Sigma # H3375) ile tamponlanmış </td></tr><tr><td> Airpure biyolojik güvenlik kabini sınıf II </td><td> Westinghouse </td><td> 1687-2340/612 </td><td></td></tr><tr><td> Cerrahi bıçaklar </td><td> Livingstone </td><td> 090609 </td><td> 100 adetlik ambalaj </td></tr><tr><td> 2 mM HEPES RPMI 1640 </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> R4130-10X1L </td><td></td></tr><tr><td> Kollajenaz tip 4 </td><td> Worthington </td><td> 4188 </td><td></td></tr><tr><td> Deoksiribonükleaz 1 </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> DN25-1G </td><td></td></tr><tr><td> Terumo Şırınga (10 mL) </td><td> Terumo </td><td> SS 10 L </td><td> 100 Kutu </td></tr><tr><td> Filcon filtre (200 mikron) </td><td> BD Biosciences </td><td> 340615 </td><td></td></tr><tr><td> Filcon filtresi (50 mikron) </td><td> Filcon filtresi (50 mikron) </td><td> Filcon filtresi (50 mikron) Filcon filtresi (50 mikron) 340.603 </td><td></td></tr><tr><td> Fetal buzağı serumu </td><td> Gibco / Invitrogen </td><td> 10099-141 </td><td></td></tr><tr><td> 5810 R Santrifüj </td><td> Eppendorf </td><td> 7017 </td><td></td></tr><tr><td> Dimetil sulphoxide </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> D2650 </td><td></td></tr><tr><td> Tripan mavi </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> T8154 </td><td></td></tr><tr><td> Hemocymeter Technocolor Neubar </td><td> Hirschmann </td><td> mevcut değil </td><td></td></tr><tr><td> Işık mikroskobu </td><td> Nikon </td><td> Nikon TMS </td><td></td></tr><tr><td> Cyrovial tüpler </td><td> Greiner biyo-bir </td><td> 121278 </td><td></td></tr><tr><td> Cryo dondurma contrainer </td><td> Nalgene </td><td> 5100-0001 </td><td></td></tr><tr><td> DotScan antikor mikroarray kiti </td><td> Medsaic </td><td> mevcut değil </td><td></td></tr><tr><td> DotScan mikroarray yıkama tepsisi </td><td> Medsaic </td><td> mevcut değil </td><td></td></tr><tr><td> Kimwipes </td><td> Kimberly-Clark </td><td> 4103 </td><td></td></tr><tr><td> 37% Formaldehit </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> F1635-500ML </td><td></td></tr><tr><td> DotReaderTM </td><td> Medsaic </td><td> mevcut değil </td><td></td></tr><tr><td> Sığır serum albumini </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> A9418-10G </td><td></td></tr><tr><td> Isı ile inaktive AB serum% 2 </td><td> Invitrogen </td><td> 34005100 </td><td></td></tr><tr><td> Fikoeritrin-konjuge CD3 </td><td> Beckman Coulter </td><td> ET386 </td><td></td></tr><tr><td> AlexaFluor647-konjuge EpCAM </td><td> BioLegend </td><td> 324212 </td><td></td></tr><tr><td> Typhoon FLA 9000 </td><td> GE Healthcare </td><td> 28-9558-08 </td><td> 532 nm lazer, PE 580 BP30 emisyon filtresi. 633 nm lazer ve BP30 Alexa647 için 670 emisyon filtresi </td></tr><tr><td> MultiExperiment Görüntüleyici v4.4 </td><td> TM4 Mikroarray Software Suite </td><td> Open - kaynak yazılım (Ref 11) </td><td></td></tr></tbody></table>

kolorektal kanser hücre yüzey protein profil antikor mikroarray ve floresans multiplexing

Colorectal Cancer Cell Surface Protein Profiling Using an Antibody Microarray and Fluorescence Multiplexing

ÇHS geçerli prognoz ve sınıflandırma sistemleri evreleme histopatolojik ve klinik bulgular entegre dayanır. Ancak, ÇHS vakaların çoğunda protein ekspresyonu ve post-translasyonel değişiklik 1 değişiklik sayısız mutasyonlar, hücre disfonksiyonu sonucu. CRC potansiyel prognostik veya metastatik biyobelirteçleri farklılaşmasını (CD) antijenlerinin küme de dahil olmak üzere hücre yüzey antijenleri, bir dizi olarak tespit edilmiştir. Bu antijenler genellikle kendi ifadesi olarak tümör progresyonu veya diğer hücre türleri gibi ile etkileşim değişiklikleri ideal biyobelirteçleri yapmak tümör infiltre eden lenfositler (TILs) ve tümör ilişkili makrofajlar (TAM). Kanseri alt sınıflandırma ve prognoz tahmini için immünhistokimyasal (İHK) kullanımı bazı tümör tiplerinde 2,3 için kurulmuştur. Ancak, tek bir &#39;işaretleyici&#39; den büyük klinik-patolojik prognostik önemi gösterilen veya rutin patoloji raporlama tüm CRC durumlarda kullanılmak üzere geniş bir kabul görmüştür. Hastalık fenotipleri prognostik tabakalaşma bir daha yeni bir yaklaşım, birden çok &#39;işaretleyicileri kullanarak yüzey protein profilleri dayanmaktadır. ITRAQ olarak proteomik teknikler kullanarak tümörlerin ifade profil biomarkers4 keşfi için güçlü bir araç olmasına rağmen, teşhis laboratuvarlarında rutin kullanımı için en uygun değildir ve karışık bir nüfus farklı hücre tipleri ayırt edemez. Buna ek olarak, tümör dokusu büyük miktarda bu yöntemlerle saflaştırılmış plazma zarı glikoproteinler profil için gereklidir. Bu video DotScan CRC antikor mikroarray kullanarak ayrıştırılmış CRC örneklerinden canlı hücreler yüzey proteom profil için basit bir yöntem tanımlanmıştır. 122-antikor mikroarray KRK için 40 potansiyel prognostik belirteçlerin tespiti için bir uydu bölge ile birlikte, bir dizi özel soyundan lökosit belirteçler, adezyon moleküllerinin, reseptörleri ve enflamasyon ve immün yanıt 5 belirteçleri tanıyan standart bir 82-antikor bölgesi oluşur . Hücreler, yalnızca ilgili antijen ifade antikorlar yakalanır. Nokta başına optik tarama tarafından belirlenen hücre yoğunluğu, bu antijen, antijen ve antikor 6 yakınlık ifade düzeyi ifade hücrelerinin oranını yansıtır. CRC doku ya da normal bağırsak mukoza hücrelerinin karışık nüfusu, optik taramaları immünfenotip yansıtmaktadır. Floresan çoğullama sonra dizi yakalanan ilgi hücreleri seçilen alt popülasyonlarda profil kullanılabilir. Örneğin, Alexa 647 anti-epitel hücre adezyon molekülü (EpCAM CD326) Fikoeritrin-anti-CD3, kullanılmış iken, CRC hücreleri ve normal bağırsak mukozasında epitel hücreleri algılamak için kullanılan bir pan-epitelyal farklılaşma antijen T-hücrelerinin 7 infiltre algılamak için. DotScan CRC mikroarray anatomik tabanlı CRC evreleme sistemi için bir tanı alternatif prototip olmalıdır.

Kolorektal kanser (CRC) uygulanabilir tek bir hücre üretmek için, daha sonra yüzey antijenleri (DotScan ÇHS mikroarray) tanıyan özelleştirilmiş antikor mikrodizinlerinde yakalanır ayrıştırılmasıyla için bir prosedür nitelendirdi. Mikroarray bağlı hücrelerin alt popülasyonlarda floresan boya ile monoklonal antikorlar kullanılarak floresans çoklama profilli olabilir.

Kolorektal Kanser Hücre Yüzey Protein Profil Antikor Mikroarray ve Floresans Multiplexing

CRC'nin güncel prognozu ve sınıflandırması, histopatolojik ve klinik bulguları birleştiren evreleme sistemlerine dayanmaktadır. Ancak, çoğunlukta...

Aşağıdaki deneyin genel amacı, kolorektal kanser dokusundaki yüzey antijenlerinin moleküler profilini çıkarmak için DOT tarama antikor mikro-dizisi kullanmaktır. Ayrıca, karışık popülasyon içindeki belirli profillere sahip hücre tiplerini ayırt etmek için floresan multipleksleme yöntemi uygulanmaktadır. Diferansiyasyon kümeleri veya CD antijenleri, kolorektal kanserde potansiyel prognostik veya metastatik biyobelirteçler olarak tanımlanmıştır.Bu antijenler, ekspresyonları genellikle tümör progresyonuyla veya diğer hücre tipleriyle etkileşimle değiştiği için ideal biyobelirteçler oluşturur. Bu videoda, eksprese edilen yüzey antijenleri aracılığıyla canlı hücreleri yakalamak için DOT scan antikor mikro dizisini kullanıyoruz. DOT scan antikor mikro dizisi, nitrocelluloz tabakasına sahip bir lamdan oluşur.DOT tarama antikor mikro-dizi paneli, CD 29 ve CD 44'ten oluşan hizalama noktalarıyla çevrelenmiştir. Dizinin her iki yanına aynı zamanda kopya diziler noktalanmıştır. İlk panel, DOT tarama lösemi mikro-dizisinin orijinal 82 antikorundan oluşur ve kolorektal kanser uydu mikro-dizisi olarak prognostik potansiyele dayalı olarak ek 40 antikor seçilmiştir.Son panel ise izotip kontrol antikorlarından oluşmaktadır. Burada, kolorektal kanser dokusu ve normal intestinal mukoza, canlı tek hücreli süspansiyon elde etmek için sindirilir ve filtrelenir. Süspansiyon, daha sonra kullanılmak üzere dondurulabilir veya saklanabilir.Hücre süspansiyonu, bir DOT tarama antikor mikro-dizisi üzerinde hücre yakalama işlemi için kullanılır; farklı hücre alt tiplerinde eksprese edilen antijenler floresan multipleksleme ile profillenir. Elde edilen ekspresyon profilleri, kolorektal kanser hücreleri ile normal intestinal mukoza arasında antijen ekspresyonunda anlamlı bir değişiklik olduğunu göstermektedir. Bu fark, tümörle ilişkili lökosit popülasyonuna da yansımaktadır.Çeşitli tümör profillerinin hiyerarşik kümelenmesi, hastalık imzalarının kolorektal kanser evreleri ile kümelendiğini göstermektedir. Merhaba, ben Avustralya'daki Sidney Üniversitesi Moleküler Biyobilim Okulu'ndan Jerry; bugün size kolorektal kanser dokusundaki yüzey antijenlerinin profillenmesine yönelik bir deney göstereceğim. Dot scan antikor mikroarray ve floresan multipleksleme kullanan Dot scan mikroarray'ler, canlı kanser hücreleri ve ilişkili inflamatuar lökositler üzerindeki yaklaşık 140 yüzey antijeninin profillenmesini sağlar.Mikrodizilerde yakalanan hücre alt kümeleri, ilgilenilen hücreler üzerinde yüksek düzeyde eksprese edilen bir marker antijene bağlanan floresan işaretli antikorlar kullanılarak ayırt edilebilir. Üç farklı spesifiteye sahip antikorlar üzerinde uygun floresan etiketler kullanılarak, tek bir mikrodizide üç farklı hücre alt kümesine kadar profil çıkarma işlemi gerçekleştirilebilir. DOT tarama mikrodizi testi nispeten basit bir yöntemdir ve halihazırda birçok kanser türünün hücre yüzey profillemesi için kullanılmıştır.DOT taramanın temel özelliği, canlı hücreleri yüzey antijenleri aracılığıyla yakalayabilme yeteneğidir; dolayısıyla elde ettiğimiz bağlanma paterni, hücrenin yüzey profilinin bir yansımasıdır. Yüzey antijenleri, tümör gelişimi ve metastazda ve kanserle mücadele eden inflamatuar yanıtta önemli bir rol oynar. Kapsamlı yüzey profilleri veya immünofenotipler, kanser sınıflandırmasını geliştirmek için hastalık imzaları olarak kullanılabilir ve ameliyat sonrası optimal tedaviyi mümkün kılar.Tamam, başlayalım. Burada gösterilen deneyde, A'dan D'ye kadar derecelendirilmiş klinik kolorektal kanser tümör örnekleri Hank'in tamponuna toplanır. Başlamak için, iki skalpel kullanarak tümörü dikkatlice bir milimetre kalınlığında dilimler halinde kesin.Kesitleri, sindirim için %2 kollagenaz tip dört ve %10 DNA çözeltisine yerleştirin. Aynı hastanın normal bağırsak mukozasından alınan kesitler, primer tümör bölgesinden 10 santimetre uzaklıktan toplanır. Bu örnek kontrol grubu olarak işlev görür ve tümör örneği ile aynı şekilde işlenir.Bağ dokusunun parçalanmasını sağlamak için tümör sindirimi 37 °C'de bir saat boyunca gerçekleştirilir; DNase, hasarlı hücrelerden kaynaklanan DNA'ları temizler. İnkübasyonu takiben, doku süspansiyonu tel örgü filtreden geçirilir; bu sırada örnek üzerine Hanks tamponu dökülürken, hücrelerin filtreden geçmesine yardımcı olmak için 10 mL'lik bir şırınga pistonu kullanılır. Bu işlem, hücrelerin çoğu tel örgüden geçene kadar birkaç kez tekrarlanır.Elek, hücreleri sindirilmemiş bağ dokularından ayırır. Ardından, hücre süspansiyonunu 10 M şırınga ile çekip önce 200 µm'lik bir fcon filtreden, ardından 50 µm'lik bir fil con filtreden geçirerek daha ileri düzeyde süzün. Bu daha ince filtreler, fazla mukusun veya DNA'nın uzaklaştırılmasını sağlamalı ve canlı tek hücreli bir süspansiyon elde etmek için hücre kümelerini dağıtmalıdır.Aynı işlem normal mukoza için de uygulanır. Normal mukozanın daha fazla bağ dokusu içerme eğiliminde olduğunu ve sonuç olarak, 20 °C'de beş dakika boyunca 410 G'de mesh santrifüj hücre süspansiyonuna geçmesi için biraz daha fazla yıkama gerektiğini tespit ettik. Soğuk saklama hazırlığı için, hücre peletini 750 µL fetal calf serum ile süspanse ettik ve ardından DMS içeren fetal calf serum ile eş hacimlerde seyreltme yaptık.Çözeltiyi bu DMS'ye ekleyin. Sabit karıştırma altında çözeltiyi damla damla ekleyin, süpernatandan bir miktar alarak kriyotüpe aktarın ve yalıtkan bir kaba yerleştirin. Bu örnekler -80 °C'de bir yıla kadar saklanabilir.İzolasyon ve DMSO, hücrelerin parçalanmadan yavaşça çözünmesini sağlamalıdır. Saklamanın bir yan etkisi, kırmızı kan hücresi popülasyonunun lizisidir. Şanslıyız ki, bunlara ihtiyaç yoktur.Deney için; örnekleri saklama alanından çıkarın ve hızla aktarın. 37 °C'lik bir su banyosunda, hücre süspansiyonunu 10 mL Hank's tamponu içinde yeniden süspanse edin; tampon çözelti, %10 DMSO ve fetal calf serumu seyreltmeye yardımcı olmalıdır; ardından hücreleri 20 °C'de 410 ×g'de beş dakika boyunca santrifüjleyin.Ardından, süpernatantı dökün ve 500 µL Hank's tamponunda yeniden süspande edin; dondurma ve çözme işlemi sırasında bazı hücreler parçalanabilir ve bu durum süspansiyona DNA salınımına neden olabilir. Bu sorunu gidermek için örneği oda sıcaklığında %0,1 DNAs ile inkübe edin. Bu süre zarfında bir hücre canlılık sayımı gerçekleştirilebilir.Eşit miktardaki triam blue'u 10 µL hücre süspansiyonu ile karıştırın ve bu karışımdan 10 µL'yi bir hücre sayaca pipetleyin. Mikroskop altında sağlıklı ve canlı hücreler şeffaf görünür. Öte yandan, membranları bozulmuş canlı olmayan hücreler mavi görünecektir.DOT scan antikoru ile hücre yakalama işlemi için minimum 4 milyon canlı hücre gereklidir. MICRORAY çöktürülür. DNA işlemi sonrası hücreler, 10 ml Hank's tamponu ile ikinci kez yıkanır ve 20 °C'de, 410 G'de beş dakika boyunca santrifüj edilir.Son hücre paletini 200 µL RPMI besiyeri ile süspanse ediyoruz. Bu besiyeri, Hanks tamponuna göre nispeten daha fazla besin içerir ve hücre canlılığını korurken antikor mikro-diziliminde hücre yakalamayı kolaylaştırmak için kullanılır. Kolorektal kanser nokta tarama antikor mikro-dizilimi, nitroselüloz üzerinde çoğaltılmış 140 farklı antikor noktasından oluşur.Dizideki her bir nokta, hücre yüzeyi antijenine karşı 10 nanolitre monoklonal antikor içerir. Antikor mikro-dizisini hazırlamak için, nitrocellulozu nemlendirmek amacıyla diziyi bir PBS tepsisine batırın ve dizinin cam kenarını Kim wipes ile silin. Nitrocelluloz bölüme dokunmamaya dikkat ederek mikro-diziyi bir tepsiye yerleştirin ve hücre süspansiyonunu nitrocelluloz üzerine pipetleyin.Hücre süspansiyonunun eşit şekilde yayılması, tüm antikorların hücreleri yakalama potansiyeline sahip olmasını sağlayacaktır. Mikro-diziyi 37 °C'de bir saat boyunca inkübe edin. İnkübasyon sırasında, farklı hücreler aşağı doğru süzülerek dizideki hücreler üzerindeki antikorlarla temas edecektir.Antikoruna karşılık gelen yüzey antijenlerini sunan hücreler, inkübasyonun ardından bağlanacak ve yakalanacaktır. Bağlanmayan hücreleri, dizileri üç kez taze PPS içine nazikçe daldırarak yıkayın. Sıçrayan hücreleri %10'luk dış yükseklik ve PPS çözeltisi içinde sabitleyin.Nitro selüloz yükleme bölgesini kaplayacak miktarda fiksatifi nazikçe pipetle ekleyin. Oda sıcaklığında 20 dakika boyunca inkübe edin. Ardından, mikro dizileri taze PBS içine üç kez daldırın.Fazla yüksekliğin floresan multiplekslemeyi etkileyebileceği nedeniyle, her yıkamada dizileri 30 saniye boyunca PBS içinde bekletin. Çok daha hassas bir analiz için bir mikro-diziyi ışık altında tutarak hücre bağlanmasının gerçekleşip gerçekleşmediğini kontrol edebiliriz. DOT tarayıcı ve analiz yazılımı, bağlanma örüntüsünü taramamıza ve karışık bir hücre popülasyonundaki antijen ekspresyonunun nicel sonuçlarını üretmemize olanak tanır.Yazılım, hücre bağlanma yoğunluğunu sekiz bitlik bir gri tonlama ölçeğinde arka plan gürültüsüne karşı karşılaştırır. Yoğunluk birimleri maksimum 256 değerine normalize edilmiştir. Bir dizi arasındaki karşılaştırmayı kolaylaştırmak için, herhangi bir pozitif izotip kontrol bağlanması, karşılık gelen IG izotiplerine sahip antikorlardan çıkarılır.Mikrodiziye 200 µL bloklama tamponu ekleyin ve oda sıcaklığında 20 dakika inkübe edin. Floresan multipleksleme hazırlığı için, 118 µL bloklama tamponuna 10 µL konjuge CD3 ve 20 µL Alexa konjuge epam ekleyin. Ayrıca, spesifik olmayan bağlanmayı önlemek için karışıma 2 µL ısı ile inaktive edilmiş serum ekleyin.Bloklama işlemi tamamlandığında, bloklama tamponu multipleksleme çözeltisi ile değiştirilir ve 30 dakika boyunca karanlıkta inkübe edilir. İnkübasyon sırasında oda sıcaklığında, CD3 konjuge antikorlar dizideki CD3 eksprese eden T hücrelerine bağlanırken, EPAM konjuge antikor dizideki epitel hücrelerine veya kolorektal kanser hücrelerine bağlanacaktır. Ardından, mikro diziyi taze PBS ile üç kez yıkayın ve floresan tarama işleminden önce karanlıkta kurumalarını bekleyin.Floresans, bir Typhoon FLA 9.000 tarayıcı ile tespit edilir. FICO profilinin taraması 523 nanometre lazer ve 580 BP 30 emisyon filtresi kullanılarak gerçekleştirilir; Alexa 647'nin taraması ise 633 nanometre lazer ve 670 BP 30 emisyon filtresi kullanılarak yapılır. Elde edilen floresan görüntüler, analiz için tif formatına dönüştürülür.Bir DOT tarama yazılımı kullanılarak. Floresan multipleksleme, aynı doku örneği içindeki farklı hücre popülasyonlarının antijen profillerini ayırt etmemize olanak tanır. Burada gösterilen görüntüler bir kolorektal kanser örneğine aittir.Bu üç görüntü; bir optik taramanın, CD3 eksprese eden hücreler için floresan taramanın ve EPAM eksprese eden hücreler için floresan taramanın görüntüleridir. DOT tarama mikro-diziliminden elde edilen sonuçlar, iki kopya lam arasında tutarlı hücre bağlanma modelleri göstermelidir. Lamın kenarı boyunca yoğun dizilim noktası bağlanması, yeterli miktarda hücrenin yakalandığını gösterir.Hücre bağlanmasına yönelik kantitatif değerler elde etmek için bir PDF raporu oluşturulabilir. Hücre bağlanmasını gösteren sütun grafiği, normal mukoza ile tümör örneği arasındaki antijen ekspresyonu farkını ortaya koymaktadır.Optik sonuçlar örnekteki tüm hücre tipleri üzerindeki antijen ekspresyonunun genel bir temsilini verirken, AAM multipleks sonuçları normal epitelyal hücreler ile kanser hücreleri arasındaki antijen ekspresyon farkına dair daha net bir tablo sunmaktadır. Diferansiyel eksprese olan antijenlerin çoğu grup olarak bilinen kolorektal kanser biyobelirteçleri olsa da, stratifikasyon için tek bir biyobelirtecin ulaşabileceğinden çok daha doğru bir hastalık imzası sağlarlar. CD3 multipleks sonuçları, normal örneğe kıyasla kanser örneğinde daha fazla T hücresi olduğunu göstermektedir.Kanser T hücreleri genellikle aktivasyon belirteçleri eksprese ederler; bu durum, söz konusu T hücrelerinin tümöre sızan lenfositler veya inflamasyonla ilişkili T hücreleri olma olasılığını doğurur. Büyük ölçekli analizler, açık kaynaklı bir ısı haritası ve veri analiz yazılımı olan multi experiment viewer versiyon 4.4 ile gerçekleştirilebilir. Kolorektal kanser örneklerinin hiyerarşik kümelemesi, hastalık evresi veya hasta prognozu ile ilişkilendirmek için kullanılabilir.Kapsamlı bir hastalık imzası kütüphanesi, kolorektal kanser hastalarında prognoz öngörüsünde veya ameliyat sonrası tedavi sürecinin belirlenmesinde değerli bir araçtır; DOT scan antikor mikro dizisi ve floresan çoklu analizini kullanarak, kolorektal kanser dokusundaki karışık bir hücre popülasyonunda yüzey antijen ekspresyonunun profillenmesi için gereken prosedürü göstermiş olduk. Bu deneyde unutulmaması gereken önemli bir husus, her zaman taze doku kullanılması gerektiği ve deneyin başarılı olması için en az 4 milyon canlı hücrenin gerekli olduğudur. Bu videoyu izlediğiniz için teşekkür eder, deneylerinizde başarılar dileriz.

colorectal-cancer-cell-surface-protein-profiling-using-an-antibody

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

İmmünoloji ve Enfeksiyon

Bu çalışmada, özel proteinlerin glikozilasyon profil kullanılabilir lektin saptama yöntemi ile çoklanır yüksek verim antikoru mikroarray için geliştirilmiş bir protokol açıklanmaktadır. Bu protokol, yeni, güvenilir reaktif özellikleri ve önemli ölçüde daha önceki prosedüre göre zaman, maliyet ve laboratuar ekipmanları gereksinimlerini azaltır.

Kompleks Örnekleri spesifik protein Glikozilasyon arasında Multiplexed Yüksek verim Profilleme için Kimyasal-bloke Antikor Mikroarray

Bu videoda, spesifik gen ekspresyonunu ölçmek için antikor mikrodizisi kullanarak miRNA transfekte edilmiş akciğer kanseri hücrelerindeki protein ekspresyonunu inceleme tekniği açıklanmaktadır. Özellikli protokolde, hücre döngüsünü ve anjiyogenezi durdurmada kombinatoryal bir miRNA tedavisinin aktivitesinin tanımlanması için antikor mikrodizisi gerçekleştiriyoruz.

Antikor mikrodizisi: miRNA ile tedavi edilen akciğer kanseri hücrelerinin protein ekspresyonunu incelemek için bir teknik

Bu protokol hücre sinyal çalışmalar ve biyolojik belirteç tespiti potansiyel uygulamalar ile büyük ölçekli imalat, mültipleksli iki boyutlu DNA veya antikor dizisi, özetlemektedir.

Yüksek yoğunluklu Barkod Antikor Mikroarray Akışı-desen Rehberli Fabrikasyon

Detaylı bir iletişim kuralı için bir altı-marker multiplex ayirt panel en iyi duruma getirilmiş ve gerçekleştirilen, daha tutarlı sonuçlar ve daha kısa işlem süresi için bir otomatik stainer kullanarak. Bu yaklaşım doğrudan IMMUNO-Onkoloji araştırmalar amaçlı herhangi bir laboratuvar tarafından adapte edilebilir.

IMMUNO-Onkoloji araştırmalar Formalin sabit Karsinomu doku örnekleri Multiplex ayirt Panel otomatik

Multiplex floresan immünhistokimya, bozulmamış formalin-sabit, parafin katıştırılmış (FFPE) dokusu içinde birden fazla hücre türlerinin görselleştirilmesini sağlayan gelişmekte olan bir teknolojidir. Sunulan başarılı bir 7-renk Multiplex antikor ve reaktifler optimize etmek için talimatlar, slaytlar, tasarım ve ortak sorunları önlemek için ipuçları hazırlanması sağlamak için yönergeler vardır.

Manuel Multiplex floresan Immünhistokimya 'da optimizasyon, tasarım ve kaçınarak tuzaklar

Çok katlı barkodlama görüntü analizi son zamanlarda tümör mikroçevresinin karakterizasyonunu geliştirmiş ve hücre kompozisyonu, fonksiyonel durum ve hücre-hücre etkileşimleri hakkında kapsamlı çalışmalara izin vermiştir. Burada, oligonükleotid konjuge antikorların barkodlamasını ve siklus görüntülemeyi kullanarak, yüksek boyutlu bir görüntü analiz tekniğinin kullanılmasına izin veren bir boyama ve görüntüleme protokolünü tanımlıyoruz.

Parafin doku örneklerinin tek hücreli analizinde immünoprofilleme ve mekansal haritalama karakterizasyonu için çoklanmış barkodlama görüntü analizi

Bu makalede, manuel tiramid sinyal amplifikasyonu (TSA) multipleks immünofloresan (mIF) protokolü ile birlikte görüntü analizi ve uzamsal analiz anlatılmaktadır. Bu protokol, laboratuvarda bulunan slayt tarayıcısına bağlı olarak slayt başına iki ila altı antijenin boyanması için formalin sabit parafin gömülü (FFPE) bölümlerle birlikte kullanılabilir.

Multipleks İmmünofloresan, Tümör Mikroçevresinin Klinik ve Biyolojik Değerlendirmesi için Uzamsal Görüntü Analizi ile Kombine Edildi

Bu protokol, kanserlerin glikobiyolojisini daha iyi anlamak için gerekli olan karmaşık tümör mikro ortamlarındaki heterojen glikoproteom hakkında kapsamlı bilgiler sunan entegre bir omik teknolojisi olan glikomik kılavuzlu glikoproteomik yöntemini detaylandırır.

Glikomik kılavuzluğunda glikoproteomikler, karmaşık tümör mikro ortamlarında glikoproteomun kapsamlı profilini kolaylaştırır 

Bu rapor, otomatik bir slayt boyayıcı üzerinde multipleks immünofloresan (mIF) testleri için otomatik bir protokolü açıklar. Translasyonel araştırmalarda çok sayıda doku slaytında özel mIF tahlilleri için ideal olan standart yüksek verimli doku otomatik boyalayıcıları ve tam slayt floresan görüntüleyiciler üzerinde uzamsal proteomiklerin yüksek tekrarlanabilirliğini gösterir.

Translasyonel Araştırmalar için Yüksek Verimli Otomatik Multipleks İmmünofloresan Testleri

Bu protokol, murin FFPE melanom dokularının DNA barkod tabanlı görüntülenmesi için bir multipleks immünofloresan antikor paneli tasarlamak için adım adım bir kılavuz sağlar. Ayrıca, murin melanom tümörü bağışıklık mikro ortamına ilişkin uzamsal proteomik içgörüler oluşturmak için açık kaynaklı araçlar kullanan bir görüntü analizi boru hattını da açıklıyoruz.

Genetik Olarak Yeniden Programlanmış Murin Melanomundan FFPE Örneklerini Analiz Etmek için DNA Barkod Tabanlı Multipleks İmmünofloresan Görüntüleme

Bu protokol, formalin sabit parafine gömülü doku kesitlerinde protein görüntüleme kütle sitometrisi ile multipleks mRNA tespiti için bir metodolojiyi detaylandırır.

Çift modaliteli Moleküler Kartografi: Multipleks mRNA Tespitinin Protein Görüntüleme Kütle Sitometrisi ile Entegre Edilmesi

Keşfedin, kolorektal kanser dokularında yüzey antijenlerinin DOT scan antikor mikroarray ve floresan multiplexing ile profillenmesini. Canlı hücre yakalama ve hücre alt popülasyonlarının tanımlanması yöntemleriyle prognostik biyobelirteçleri belirleyin.

Kolorektal Kanser Hücre Yüzey Protein Profil Antikor Mikroarray ve Floresans Multiplexing

Daha fazla video keşfet