Name: Uygulamalarda Kantitatif Karşılaştırılması Cis-Regulatory Element (CRE) Etkinlikler Drosophila melanogaster /em (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-12-19T12:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 19 s
Description: Öğrenin Drosophila melanogaster metamorfik gelişiminde cis-regülatör elemanların gen düzenleyici aktivitelerini kantitatif olarak ölçme yöntemini. Reporter transgenler ve konfokal mikroskopi kullanılarak gen ifade desenleri analiz edilir.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Biz teşekkür ederiz: Nicolas Gompel ve bu protokolün gelişmesine katkılarından dolayı Benjamin Prud&#39;homme; Melissa Williams ve el yazması üzerinde yorum yapmak için dört anonim değerlendirenler; SAVAŞ için araştırma bursları için Dayton Enstitüsü Üniversitesi ve Dayton Üniversitesi Biyoloji Bölümü ve Araştırma Enstitüsü (UDRI) TMW için araştırma desteği. Bu çalışma TMW, Amerikan Kalp Birliği Hibe 11BGIA7280000 tarafından desteklenmiştir.

<ol><li>Davidson, E. H. The Regulatory Genome. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aDavidson%2C+EH+%22Gene+Regulatory+Networks+in+Development+and+Evolution%22">Gene Regulatory Networks in Development and Evolution</a>. , Academic Press. (2006).</li>
<li>Wray, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+evolutionary+significance+of+cis-regulatory+mutations%5BTitle%5D)+AND+%22Nat.+Rev.+Genet%22%5BJournal%5D)">The evolutionary significance of cis-regulatory mutations.</a> Nat. Rev. Genet. 8, 206-216 (2007).</li>
<li>Stern, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolutionary+developmental+biology+and+the+problem+of+variation%5BTitle%5D)+AND+%22Evolution%22%5BJournal%5D)">Evolutionary developmental biology and the problem of variation.</a> Evolution. 54, 1079-1091 (2000).</li>
<li>Carroll, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evo-devo+and+an+expanding+evolutionary+synthesis%3A+a+genetic+theory+of+morphological+evolution%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Evo-devo and an expanding evolutionary synthesis: a genetic theory of morphological evolution.</a> Cell. 134, 25-36 (2008).</li>
<li>Sethupathy, P., Collins, F. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MicroRNA+target+site+polymorphisms+and+human+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Genet%22%5BJournal%5D)">MicroRNA target site polymorphisms and human disease.</a> Trends Genet. 24, 489-497 (2008).</li>
<li>Visel, A., Rubin, E. M., Pennacchio, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Genomic+views+of+distant-acting+enhancers%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Genomic views of distant-acting enhancers.</a> Nature. 461, 199-205 (2009).</li>
<li>Spradling, A. C., Rubin, G. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transposition+of+cloned+P+elements+into+Drosophila+germ+line+chromosomes%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Transposition of cloned P elements into Drosophila germ line chromosomes.</a> Science. 218, 341-347 (1982).</li>
<li>Bischof, J., Maeda, R. K., Hediger, M., Karch, F., Basler, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+optimized+transgenesis+system+for+Drosophila+using+germ-line-specific+phiC31+integrases%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.+S.+A%22%5BJournal%5D)">An optimized transgenesis system for Drosophila using germ-line-specific phiC31 integrases.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 104, 3312-3317 (2007).</li>
<li>Groth, A. C., Fish, M., Nusse, R., Calos, M. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Construction+of+transgenic+Drosophila+by+using+the+site-specific+integrase+from+phage+phiC31%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">Construction of transgenic Drosophila by using the site-specific integrase from phage phiC31.</a> Genetics. 166, 1775-1782 (2004).</li>
<li>Venken, K. J., He, Y., Hoskins, R. A., Bellen, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((P%5Bacman%5D%3A+a+BAC+transgenic+platform+for+targeted+insertion+of+large+DNA+fragments+in+in+D.+melanogaster%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">P[acman]: a BAC transgenic platform for targeted insertion of large DNA fragments in in D. melanogaster.</a> Science. 314, 1747-1751 (2006).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Exploiting+position+effects+and+the+gypsy+retrovirus+insulator+to+engineer+precisely+expressed+transgenes%22">Exploiting position effects and the gypsy retrovirus insulator to engineer precisely expressed transgenes</a>. Markstein, M., Pitsouli, C., Villalta, C., Celniker, S. E., Perrimon, N. , United States. (2008).</li>
<li>Rebeiz, M., Pool, J. E., Kassner, V. A., Aquadro, C. F., Carroll, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Stepwise+modification+of+a+modular+enhancer+underlies+adaptation+in+a+Drosophila+population%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Stepwise modification of a modular enhancer underlies adaptation in a Drosophila population.</a> Science. 326, 1663-1667 (2009).</li>
<li>Williams, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+regulation+and+evolution+of+a+genetic+switch+controlling+sexually+dimorphic+traits+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">The regulation and evolution of a genetic switch controlling sexually dimorphic traits in Drosophila.</a> Cell. 134, 610-623 (2008).</li>
<li>Shirangi, T. R., Dufour, H. D., Williams, T. M., Carroll, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Rapid+evolution+of+sex+pheromone-producing+enzyme+expression+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+biology%22%5BJournal%5D)">Rapid evolution of sex pheromone-producing enzyme expression in Drosophila.</a> PLoS biology. 7, e1000168-e1000168 (2009).</li>
<li>Barolo, S., Carver, L. A., Posakony, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((GFP+and+beta-galactosidase+transformation+vectors+for+promoter%2Fenhancer+analysis+in+Drosophila%5BTitle%5D)+AND+%22BioTechniques%22%5BJournal%5D)">GFP and beta-galactosidase transformation vectors for promoter/enhancer analysis in Drosophila.</a> BioTechniques. 29, 726-732 (2000).</li>
<li>Fish, M. P., Groth, A. C., Calos, M. P., Nusse, R. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aFish%2C+MP+%22Creating+transgenic+Drosophila+by+microinjecting+the+site-specific+phiC31+integrase+mRNA+and+a+transgene-containing+donor+plasmid%22">Creating transgenic Drosophila by microinjecting the site-specific phiC31 integrase mRNA and a transgene-containing donor plasmid</a>. , England. (2007).</li>
<li><a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=%22Drosophila%3A+A+laboratory+handbook%22">Drosophila: A laboratory handbook</a>. Ashburner, M., Golic, K. G., Hawley, R. S. , Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor. (2005).</li>
<li>Abramoff, M. D., Magelhaes, P. S., Ram, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Image+Processing+with+ImageJ%5BTitle%5D)+AND+%22Biophotonics+International%22%5BJournal%5D)">Image Processing with ImageJ.</a> Biophotonics International. 11, 36-42 (2004).</li>
<li>Musunuru, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((From+noncoding+variant+to+phenotype+via+SORT1+at+the+1p13+cholesterol+locus%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">From noncoding variant to phenotype via SORT1 at the 1p13 cholesterol locus.</a> Nature. 466, 714-721 (2010).</li>
</ol>

Biz ifşa etmek başka bir şey var.

cis-düzenleyici unsurlar, gen ekspresyonu ve böylece 1 geliştirme süreci belirten genomik programı kodlamak ve morfolojik evrim 2-4 insan özellikleri için 5,6,19 ve fenotipik varyasyon altında yatan iki mutasyonlar için önde gelen yerlerdir. Bu önem rağmen, Cres için düzenleyici bir mantık yeterince anlaşılamamıştır. Bu anlayış açığının önde gelen nedeni, kantitatif Cres fonksiyonel dizileri karşılaştırmak için uygun yöntemler eksikliği olmuştur. Burada D. melanogaster ...

uygulamalarda kantitatif karşılaştırılması cis</emtransgenik>-regulatory element (cre) etkinlikler drosophila melanogaster</em

Quantitative Comparison of cis-Regulatory Element (CRE) Activities in Transgenic Drosophila melanogaster

Gen ekspresyonu arttırıcılar veya cis-düzenleyici modülleri de denir cis-düzenleyici element (CRE) dizileri, tarafından belirlenir. Tipik bir CRE için bağlayıcı siteleri nerede ve ne düzeyde düzenlenmiş gen (ler) ifade edildiği zaman, belirten bir düzenleme mantığı ile görevlendirebilir birkaç transkripsiyon faktörü proteinleri bir düzenleme sahiptir. Tam bir hayvan genom içinde Cres organizmanın gelişimi 1, ve ampirik için program, teorik çalışmaların yanı sıra Cres mutasyonlar morfolojik evrim 2-4 önemli bir rol oynadığını göstermektedir kodlar . Ayrıca, insan genomunun geniş dernek çalışmaları Cres bu genetik varyasyon fenotipik varyasyon 5,6 önemli ölçüde katkıda göstermektedir. Böylece, düzenleyici mantığını anlamak ve nasıl mutasyonların böyle bir mantık etkileyen genetik merkezi bir hedeftir. Muhabir transgenlerin in vivo işlev çalışmak için güçlü bir yöntem sağlarCres TION. Burada bilinen ya da şüphelenilen bir CRE dizisi heterolog organizatörü ve kodlama kolayca gözlemlenebilir bir protein ürünü bir muhabir gen için kodlama dizileri birleştirilmiştir. Bir muhabir transgen bir konak organizma içine takıldığında, CRE faaliyet kodlanmış muhabiri protein formunda görünür hale gelir. Meyve sineği türleri Drosophila (D.) melanogaster 7 P-eleman aracılı transgenesis transgenlerin genomik yerleştirme rastgele olmasına rağmen, onlarca yıldır bu model organizma içine muhabiri transgenlerin tanıtmak için kullanılır olmuştur. Bu nedenle, muhabir gen aktivitesi güçlü olmayı niteliksel CRE karşılaştırmalar sınırlayan yerel Kromatin ve gen çevre tarafından etkilenir. Son yıllarda, phiC31 tabanlı entegrasyon sistemi, belirli bir genomu iniş siteleri 8-10 transgenlerin eklemek için D. melanogaster kullanım için adapte edilmiştir. Bu yetenek CRE faaliyet 11-13 fe gen kantitatif ölçümü yapılmış ve, ilgili, buradaasible. Transgenik meyve sinekleri üretim ihtiyacını ortadan kaldırarak, pahalı donanımları ve / satın almak veya uzman transgen enjeksiyon protokolleri yeterlilik, phiC31 tabanlı entegrasyon dahil, dış kaynaklı olabilir. Burada, genel bir protokol kantitatif bir CRE faaliyet değerlendirmek ve bu yaklaşım, bir CRE faaliyet tanıtıldı mutasyon etkilerini ölçmek ve orthologous Cres faaliyetlerini karşılaştırmak için nasıl kullanılabileceğini göstermek için sunuyoruz. CRE aktif meyve sineği metamorfoz sırasında verilen örnekler olmasına rağmen, bu yaklaşım diğer gelişim evreleri, meyve sineği türleri, ya da model organizmalar uygulanabilir. Sonuçta, çalışma Cres bu yaklaşımı daha yaygın kullanımı, düzenleyici mantık bir anlayış geliştirmek ve nasıl mantık değişebilir ve gelişebilir.

Özellikler için Fenotipik varyasyon cis-düzenleyici element (CRE) dizileri kontrol eden gen ekspresyonu mutasyonlar sonucu. Drosophila melanogaster kullanmak için türetilmiş yöntemler kantitatif değişiklikte ya da doğal olarak meydana gelen CRE türevleri aracılı gen ekspresyonu mekansal ve zamansal kalıplarının seviyelerini karşılaştırmak.

Uygulamalarda Kantitatif Karşılaştırılması Cis</emTransgenik>-Regulatory Element (CRE) Etkinlikler Drosophila melanogaster</em

Gen ekspresyon paternleri, enhancerlar veya cis-düzenleyici modüller olarak da adlandırılan cis-düzenleyici element (CRE) dizileri tarafından belirlenir. Tipik bir CRE ...

Bu prosedürün genel amacı, drosophila melan gastro metamorfik gelişimi sırasında aktif olan CIS düzenleyici elementlerin veya CRE'lerin gen düzenleyici aktivitelerini nicel olarak ölçmektir. Reporter transgenler olarak transgenik olarak yerleştirilmiş CRE hatları oluşturmak için bölgeye özgü entegrasyon yöntemleriyle başlayın. Bir stereo mikroskop kullanarak, doğru gelişim evresindeki transgenik örnekleri elde edin.Örnekleri dıştaki tüpten çıkarın ve cam mikroskop lamına monte edin. Tüm montajlı örneklerdeki floresan raporlayıcı protein ekspresyonunun düzeyini ve örüntüsünü konfokal mikroskopik analiz ile kaydetmek için işleme devam edin. Son olarak, kaydedilen konfokal görüntüler için floresan raporlayıcı protein ekspresyon düzeyini Image J yazılım aracı kullanarak nicelendirin.Bu sonuçlar, düzenleyici elementlerin belirlenmesine yardımcı olmak ve modifiye edilmiş CRE versiyonları üzerinde daha ileri karşılaştırmalı gen ekspresyon çalışmaları yürütmeyi kolaylaştırmak amacıyla bir gen düzenleyici aktivite seviyesi atar. Bu prosedür, gen düzenlemesi ve bu gen düzenlemesinin nasıl kodlandığıyla ilgilenenler için temel soruların yanıtlanmasına yardımcı olabilir. DNA, gelişimsel ve evr

quantitative-comparison-cis-regulatory-element-cre-activities

Research

JoVE Journal

Biology

Biyoloji

Bu protokol ile fare retina eksplant elektroporasyon yaşayan cis-düzenleyici unsurlar (yani artırıcı / rehberleri) aktivitesini ölçmek için basit ve ucuz bir şekilde açıklamaktadır. DNA hazırlığı, retina diseksiyonu, elektroporasyon, retina eksplant kültür ve fiksasyonu sonrası analizi ve ölçülmesi açıklanmıştır.

Aktivitesi miktarının Cis</emEksplant Elektroporasyon Fare Retina> Düzenleme Elemanları

Drosophila melanogaster, doğuştan gelen bağışıklık sistemlerini ve enfeksiyon ve hastalığın fizyolojik sonuçlarını incelemek için olağanüstü bir model organizmadır. Bu protokol, D. melanogaster'e sağlam ve kantitatif olarak tekrarlanabilir bakteriyel enfeksiyonların nasıl sağlanacağını ve daha sonra enfeksiyon şiddetinin nasıl ölçüleceğini ve konak immün yanıtının nasıl ölçüleceğini açıklar.

Sistemik Bakteriyel Enfeksiyon ve Bağışıklık Savunma FENOTİPİ içinde<em&gt; Drosophila melanogaster</em

Bu çalışmada, aktif geliştiricilerin nasıl tanımlanabileceğine ve deneysel olarak doğrulanabileceğine dair deneysel bir iş akışı sağlıyoruz.

Tahmin ve Gen Düzenleme Elementlerin Doğrulama Retinoik Asit Kaynaklı Embriyonik sırasında Aktif Hücre Farklılaşma Kök

Bu protokol Drosophila göz / antennal hayali diskleri (EAD) floresan işaretli, genetik olarak tanımlanmış klonal tümörleri oluşturmak için nasıl gösterir. Üçüncü evre larvaları ve nasıl görselleştirmek ve gen ifadesi değişikliklerini ve tümör yayılmasını ölçmek için bunları işlemek için EAD ve beyin teşrih açıklamaktadır.

<em&gt; Drosophila</em&gt; Hayali Disk Tümör Modeli: Genetik Mozaikler kullanma Gen İfade ve Tümör invazivliğinin Görselleştirme ve

Kromatin çevre düzenlenmesi uygun gen ekspresyonu için gerekli temel bir işlemdir. Burada, biz gen ekspresyonu kromatin değiştirme alımı yoluyla kontrol etmek için bir yöntem tarif gene özgü ve geri dönüşümlü bir şekilde makine.

Kimyasal epigenetik değiştiriciler ile hücresel makine yeniden yönlendirerek Gen transkripsiyonu bastırmak

Drosophila doku homojenlerinde bozulmamış mitokondriyal kütlenin nicelleştirilmesi için sitrat sintaz aktivitesinin kolorimetrik testi için bir protokol sönmesin.

Drosophila Melanogaster'de Sitrat Synthase Aktivitesinin Kolorimetrik Tsöplini

Bu makalede, sineklerde RNA hedefleme cas13d enzimini (RfxCas13D) kullanmak için ayrıntılı bir protokol özetlenmiştir.

CRISPR/CasRx kullanarak Drosophila Melanogaster'da Her Yerde ve Dokuya Özgü RNA Hedeflemesi

Bu makale, Drosophila'daki phiC31 integraz aracılı transgenezi örnek olarak almakta ve transgenik sinekler oluşturmak için çok önemli bir adım olan embriyo mikroenjeksiyonu için optimize edilmiş bir protokol sunmaktadır.

Drosophila'da Transgenez için Embriyo Mikroenjeksiyonu

Bu protokol, yeni ortaya çıkan geliştirici transkriptleri ölçmek için kolaylaştırılmış bir hesaplama hattı sağlar. Kromatin erişilebilirliğini, kromatin özelliğini ve transkripsiyonel verileri entegre ederek, karmaşık intragenik bölgelerdeki güçlendirici aktivitenin doğru tespitine ve ipliğe özgü analizine olanak tanırken, kapsamlı biyoinformatik eğitimi olmayan araştırmacılar için de erişilebilir olmaya devam eder.

Fare Embriyonik Kök Hücrelerinde İntergenik/İntojenik Güçlendirici RNA Miktar Tayini için Hesaplamalı Bir Boru Hattı

Bu yazıda, merkezi sinir sistemi incelemek için nasıl üçüncü instar Drosophila larvaları göstermektedir.

Drosophila melanogaster Larvaların MSS diseksiyonu

Öğrenin Drosophila melanogaster metamorfik gelişiminde cis-regülatör elemanların gen düzenleyici aktivitelerini kantitatif olarak ölçme yöntemini. Reporter transgenler ve konfokal mikroskopi kullanılarak gen ifade desenleri analiz edilir.

Uygulamalarda Kantitatif Karşılaştırılması Cis-Regulatory Element (CRE) Etkinlikler Drosophila melanogaster

Daha fazla video keşfet