Name: Bir Lollipop-Like Ultrafiltrasyon Probe Kullanımı İnsan Yerli Tükürük Peptidome Örnekleme: Klinik Kütle Spektrometresi için Peptid Algılama basitleştirin ve geliştirin (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-08-07T13:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 37 s
Description: Öğrenin, lolipop benzeri ultrafiltrasyon probu kullanarak tükürük peptidom örnekleme ve NanoLC-LTQ kütle spektrometrisi ile doğrudan analiz yöntemini. Bu yaklaşım, düşük yoğunluklu peptidlerin klinik teşhis için tespitini kolaylaştırır.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Bu çalışma Sağlık Hibeler National Institutes (R01-AI067395-01, R21-R022754-01 ve R21-I58002-01) tarafından desteklenmiştir. Biz yazının eleştirel okuma C. Niemeyer teşekkür ederim.

<ol><li>Denny, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+proteomes+of+human+parotid+and+ubmandibular%2Fsublingual+gland+salivas+collected+as+the+ductal+secretions%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">The proteomes of human parotid and ubmandibular/sublingual gland salivas collected as the ductal secretions.</a> J. Proteome Res. 7, 1994-2006 (2008).</li>
<li>Hu, S., Loo, J. A., Wong, D. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Human+saliva+proteome+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Ann.+N.Y.+Acad.+Sci%22%5BJournal%5D)">Human saliva proteome analysis.</a> Ann. N.Y. Acad. Sci. 1098, 323-329 (2007).</li>
<li>Ng, D. P., Koh, D., Choo, S. G., Ng, V., Fu, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+storage+conditions+on+the+extraction+of+PCR-quality+genomic+DNA+from+saliva%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chim.+Acta%22%5BJournal%5D)">Effect of storage conditions on the extraction of PCR-quality genomic DNA from saliva.</a> Clin. Chim. Acta. 343, 191-194 (2004).</li>
<li>Wade, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+oral-diffusion-sink+device+for+extended+sampling+of+multiple+steroid+hormones+from+saliva%5BTitle%5D)+AND+%22Clin.+Chem%22%5BJournal%5D)">An oral-diffusion-sink device for extended sampling of multiple steroid hormones from saliva.</a> Clin. Chem. 38, 1878-1882 (1992).</li>
<li>Hu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Large-scale+identification+of+proteins+in+human+salivary+proteome+by+liquid+chromatography%2Fmass+spectrometry+and+two-dimensional+gel+electrophoresis-mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Large-scale identification of proteins in human salivary proteome by liquid chromatography/mass spectrometry and two-dimensional gel electrophoresis-mass spectrometry.</a> Proteomics. 5, 1714-1728 (2005).</li>
<li>Huang, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+proteomic+analysis+of+human+whole+saliva%5BTitle%5D)+AND+%22Arch.+Oral+Biol%22%5BJournal%5D)">Comparative proteomic analysis of human whole saliva.</a> Arch. Oral Biol. 49, 951-962 (2004).</li>
<li>Guerrier, L., Lomas, L., Boschetti, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+simplified+monobuffer+multidimensional+chromatography+for+high-throughput+proteome+fractionation%5BTitle%5D)+AND+%22J+Chromatogr.+A%22%5BJournal%5D)">A simplified monobuffer multidimensional chromatography for high-throughput proteome fractionation.</a> J Chromatogr. A. 1073, 25-33 (2005).</li>
<li>Huang, C. M., Wang, C. C., Kawai, M., Barnes, S., Elmets, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Surfactant+sodium+lauryl+sulfate+enhances+skin+vaccination%3A+molecular+characterization+via+a+novel+technique+using+ultrafiltration+capillaries+and+mass+spectrometric+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Mol.+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Surfactant sodium lauryl sulfate enhances skin vaccination: molecular characterization via a novel technique using ultrafiltration capillaries and mass spectrometric proteomics.</a> Mol. Cell Proteomics. 5, 523-532 (2006).</li>
<li>Huang, C. M., Wang, C. C., Kawai, M., Barnes, S., Elmets, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+protein+sampling+using+capillary+ultrafiltration+semi-permeable+hollow+fiber+and+protein+identification+via+mass+spectrometry-based+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chromatogr.+A%22%5BJournal%5D)">In vivo protein sampling using capillary ultrafiltration semi-permeable hollow fiber and protein identification via mass spectrometry-based proteomics.</a> J. Chromatogr. A. 1109, 144-151 (2006).</li>
<li>Huang, C. M., Wang, C. C., Barnes, S., Elmets, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+detection+of+secreted+proteins+from+wounded+skin+using+capillary+ultrafiltration+probes+and+mass+spectrometric+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">In vivo detection of secreted proteins from wounded skin using capillary ultrafiltration probes and mass spectrometric proteomics.</a> Proteomics. 6, 5805-5814 (2006).</li>
<li>Huang, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Mass+spectrometric+proteomics+profiles+of+in+vivo+tumor+secretomes%3A+capillary+ultrafiltration+sampling+of+regressive+tumor+masses%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Mass spectrometric proteomics profiles of in vivo tumor secretomes: capillary ultrafiltration sampling of regressive tumor masses.</a> Proteomics. 6, 6107-6116 (2006).</li>
<li>Ahmed, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+approach+to+remove+albumin+for+the+proteomic+analysis+of+low+abundance+biomarkers+in+human+serum%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">An approach to remove albumin for the proteomic analysis of low abundance biomarkers in human serum.</a> Proteomics. 3, 1980-1987 (2006).</li>
<li>Michishige, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+saliva+collection+method+on+the+concentration+of+protein+components+in+saliva%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Med.+Invest%22%5BJournal%5D)">Effect of saliva collection method on the concentration of protein components in saliva.</a> J. Med. Invest. 53, 140-146 (2006).</li>
<li>Kruger, C., Breunig, U., Biskupek-Sigwart, J., Dorr, H. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Problems+with+salivary+17-hydroxyprogesterone+determinations+using+the+Salivette+device%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.+J.+Clin.+Chem.+Clin.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Problems with salivary 17-hydroxyprogesterone determinations using the Salivette device.</a> Eur. J. Clin. Chem. Clin. Biochem. 34, 926-929 (1996).</li>
<li>Luque-Garcia, J. L., Neubert, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sample+preparation+for+serum%2Fplasma+profiling+and+biomarker+identification+by+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Chromatogr.+A%22%5BJournal%5D)">Sample preparation for serum/plasma profiling and biomarker identification by mass spectrometry.</a> J. Chromatogr. A. 1153, 259-276 (2007).</li>
<li>Ramstrom, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Depletion+of+high-abundant+proteins+in+body+fluids+prior+to+liquid+chromatography+fourier+transform+ion+cyclotron+resonance+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Proteome.+Res%22%5BJournal%5D)">Depletion of high-abundant proteins in body fluids prior to liquid chromatography fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry.</a> J. Proteome. Res. 4, 410-416 (2005).</li>
<li>Messana, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Characterization+of+the+human+salivary+basic+proline-rich+protein+complex+by+a+proteomic+approach%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Proteome.+Res%22%5BJournal%5D)">Characterization of the human salivary basic proline-rich protein complex by a proteomic approach.</a> J. Proteome. Res. 3, 792-800 (2004).</li>
<li>Li, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Possible+release+of+an+ArgGlyArgProGln+pentapeptide+with+innate+immunity+properties+from+acidic+proline-rich+proteins+by+proteolytic+activity+in+commensal+streptococcus+and+actinomyces+species%5BTitle%5D)+AND+%22Infect.+Immun%22%5BJournal%5D)">Possible release of an ArgGlyArgProGln pentapeptide with innate immunity properties from acidic proline-rich proteins by proteolytic activity in commensal streptococcus and actinomyces species.</a> Infect. Immun. 68, 5425-5429 (2000).</li>
<li>Davtyan, T. K., Manukyan, H. A., Mkrtchyan, N. R., Avetisyan, S. A., Galoyan, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Hypothalamic+proline-rich+polypeptide+is+a+regulator+of+oxidative+burst+in+human+neutrophils+and+monocytes%5BTitle%5D)+AND+%22Neuroimmunomodulation%22%5BJournal%5D)">Hypothalamic proline-rich polypeptide is a regulator of oxidative burst in human neutrophils and monocytes.</a> Neuroimmunomodulation. 12, 270-284 (2005).</li>
<li>Jonsson, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Gln-Gly+cleavage%3A+correlation+between+collision-induced+dissociation+and+biological+degradation%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Am.+Soc.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Gln-Gly cleavage: correlation between collision-induced dissociation and biological degradation.</a> J. Am. Soc. Mass Spectrom. 12, 337-342 (2001).</li>
<li>Gibbons, R. J., Hay, D. I., Schlesinger, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Delineation+of+a+segment+of+adsorbed+salivary+acidic+proline-rich+proteins+which+promotes+adhesion+of+Streptococcus+gordonii+to+apatitic+surfaces%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Delineation of a segment of adsorbed salivary acidic proline-rich proteins which promotes adhesion of Streptococcus gordonii to apatitic surfaces.</a> Infect Immun. 59, 2948-2954 (1991).</li>
<li>Li, T., Johansson, I., Hay, D. I., Stromberg, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Strains+of+Actinomyces+naeslundii+and+Actinomyces+viscosus+exhibit+structurally+variant+fimbrial+subunit+proteins+and+bind+to+different+peptide+motifs+in+salivary+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">Strains of Actinomyces naeslundii and Actinomyces viscosus exhibit structurally variant fimbrial subunit proteins and bind to different peptide motifs in salivary proteins.</a> Infect Immun. 67, 2053-2059 (1999).</li>
<li>Hardt, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Toward+defining+the+human+parotid+gland+salivary+proteome+and+peptidome%3A+identification+and+characterization+using+2D+SDS-PAGE%2C+ultrafiltration%2C+HPLC%2C+and+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Toward defining the human parotid gland salivary proteome and peptidome: identification and characterization using 2D SDS-PAGE, ultrafiltration, HPLC, and mass spectrometry.</a> Biochemistry. 44, 2885-2899 (2005).</li>
<li>Wilmarth, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-dimensional+liquid+chromatography+study+of+the+human+whole+saliva+proteome%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Two-dimensional liquid chromatography study of the human whole saliva proteome.</a> J. Proteome Res. 3, 1017-1023 (2004).</li>
<li>Saitoh, E., Isemura, S., Sanada, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Complete+amino+acid+sequence+of+a+basic+proline-rich+peptide%2C+P-D%2C+from+human+parotid+saliva%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Complete amino acid sequence of a basic proline-rich peptide, P-D, from human parotid saliva.</a> J. Biochem. 93, 495-502 (1983).</li>
<li>Slomiany, B. L., Piotrowski, J., Czajkowski, A., Shovlin, F. E., Slomiany, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+expression+of+salivary+mucin+bacterial+aggregating+activity+with+caries+status%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Differential expression of salivary mucin bacterial aggregating activity with caries status.</a> Int. J. Biochem. 25, 935-940 (1993).</li>
<li>Juarez, Z. E., Stinson, M. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+extracellular+protease+of+Streptococcus+gordonii+hydrolyzes+type+IV+collagen+and+collagen+analogues%5BTitle%5D)+AND+%22Infect+Immun%22%5BJournal%5D)">An extracellular protease of Streptococcus gordonii hydrolyzes type IV collagen and collagen analogues.</a> Infect Immun. 67, 271-278 (1999).</li>
<li>Lo, C. S., Hughes, C. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+characterization+of+a+protease+from+Streptococcus+oralis+C104%5BTitle%5D)+AND+%22Oral+Microbiol.+Immunol%22%5BJournal%5D)">Identification and characterization of a protease from Streptococcus oralis C104.</a> Oral Microbiol. Immunol. 11, 181-187 (1996).</li>
<li>Harrington, D. J., Russell, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+and+characterisation+of+two+extracellular+proteases+of+Streptococcus+mutans%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol.+Lett%22%5BJournal%5D)">Identification and characterisation of two extracellular proteases of Streptococcus mutans.</a> FEMS Microbiol. Lett. 121, 237-241 (1994).</li>
<li>Huang, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vivo+secretome+sampling+technology+for+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics+Clin.+Appl%22%5BJournal%5D)">In vivo secretome sampling technology for proteomics.</a> Proteomics Clin. Appl. 1, 953-962 (2007).</li>
<li>Skepo, M., Linse, P., Arnebrant, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coarse-grained+modeling+of+proline+rich+protein+1+%28PRP-1%29+in+bulk+solution+and+adsorbed+to+a+negatively+charged+surface%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Phys.+Chem.+B%22%5BJournal%5D)">Coarse-grained modeling of proline rich protein 1 (PRP-1) in bulk solution and adsorbed to a negatively charged surface.</a> J. Phys. Chem. B. 110, 12141-12148 (2006).</li>
<li>Losic, D., Rosengarten, G., Mitchell, J. G., Voelcker, N. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pore+architecture+of+diatom+frustules%3A+potential+nanostructured+membranes+for+molecular+and+particle+separations%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Nanosci.+Nanotechnol%22%5BJournal%5D)">Pore architecture of diatom frustules: potential nanostructured membranes for molecular and particle separations.</a> J. Nanosci. Nanotechnol. 6, 982-989 (2006).</li>
<li>Linhares, M. C., Kissinger, P. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pharmacokinetic+monitoring+in+subcutaneous+tissue+using+in+vivo+capillary+ultrafiltration+probes%5BTitle%5D)+AND+%22Pharm+Res%22%5BJournal%5D)">Pharmacokinetic monitoring in subcutaneous tissue using in vivo capillary ultrafiltration probes.</a> Pharm Res. 10, 598-602 (1993).</li>
<li>Li, W., Hendrickson, C. L., Emmett, M. R., Marshall, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+intact+proteins+in+mixtures+by+alternated+capillary+liquid+chromatography+electrospray+ionization+and+LC+ESI+infrared+multiphoton+dissociation+Fourier+transform+ion+cyclotron+resonance+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Chem%22%5BJournal%5D)">Identification of intact proteins in mixtures by alternated capillary liquid chromatography electrospray ionization and LC ESI infrared multiphoton dissociation Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry.</a> Anal. Chem. 71, 4397-4402 (1999).</li>
<li>Whitelegge, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein-Sequence+Polymorphisms+and+Post-translational+Modifications+in+Proteins+from+Human+Saliva+using+Top-Down+Fourier-transform+Ion+Cyclotron+Resonance+Mass+Spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Mass+Spectrom%22%5BJournal%5D)">Protein-Sequence Polymorphisms and Post-translational Modifications in Proteins from Human Saliva using Top-Down Fourier-transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometry.</a> Int. J. Mass Spectrom. 268, 190-197 (2007).</li>
<li>Castro, P., Tovar, J. A., Jaramillo, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Adhesion+of+Streptococcus+mutans+to+salivary+proteins+in+caries-free+and+caries-susceptible+individuals%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Odontol.+Latinoam%22%5BJournal%5D)">Adhesion of Streptococcus mutans to salivary proteins in caries-free and caries-susceptible individuals.</a> Acta Odontol. Latinoam. 19, 59-66 (2006).</li>
<li>Challacombe, S. J., Sweet, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Oral+mucosal+immunity+and+HIV+infection%3A+current+status%5BTitle%5D)+AND+%22Oral+Dis%22%5BJournal%5D)">Oral mucosal immunity and HIV infection: current status.</a> Oral Dis. 8, 55-62 (2002).</li>
<li>Jensen, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Salivary+acidic+proline-rich+proteins+in+rheumatoid+arthritis%5BTitle%5D)+AND+%22Ann.+N.Y.+Acad.+Sci%22%5BJournal%5D)">Salivary acidic proline-rich proteins in rheumatoid arthritis.</a> Ann. N.Y. Acad. Sci. 842, 209-211 (1998).</li>
</ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

Biz pek çok peptid fragmanları insan sindirilmemiş tükürük var olduğunu bulduk. Bunlar, peptit parçaları prolin-zengin proteinler, aktin, alfa amilaz, alfa 1 globin, beta globin, histain 1, keratin 1, musin 7, polimerik immünoglobulin reseptörü, satherin, S100A9 çeşitli formları arasından türevleridir. Saptanmamış yarılma bölgeleri olan peptitler üretimine katkıda bulunan bir çok faktör var olabilir. Örneğin bazı peptit parçaları insan tam tükürük doğal olarak mevcut olabilir. C-termini-PQ sahip birçok peptidleri <stron...

<table border="1"><tbody><tr><td> Reaktif Adı </td><td> Şirket </td><td> Katalog numarası </td><td> Yorumlar </td></tr><tr><td> Polyethersulfone membranlar </td><td> Pall Corporation </td><td></td><td> 30 kDa MWCO </td></tr><tr><td> Teflon florlu etilen propilen tüp </td><td> Upchurch Bilimsel </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Mavi dekstran </td><td> Sigma </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Nano LC sistemi </td><td> Eksigent </td><td></td><td></td></tr><tr><td> C18 tuzak sütun </td><td> Agilent </td><td> 5065-9913 </td><td></td></tr><tr><td> LTQ doğrusal iyon tuzağı kütle spektrometresi </td><td> Thermo Fisher </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Sorcerer 2 </td><td> Adaçayı-N Research </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Asetonitril-% 0.1 formik asit </td><td> JT Baker </td><td> 9832-03 </td><td> LC / MS notu </td></tr><tr><td> Suda% 0.1 formik asit </td><td> JT Baker </td><td> 9834-03 </td><td> LC / MS notu </td></tr></tbody></table>

bir lollipop-like ultrafiltrasyon probe kullanımı İnsan yerli tükürük peptidome Örnekleme: klinik kütle spektrometresi için peptid algılama basitleştirin ve geliştirin

Sampling Human Indigenous Saliva Peptidome Using a Lollipop-Like Ultrafiltration Probe: Simplify and Enhance Peptide Detection for Clinical Mass Spectrometry

Insan tükürük proteom ve peptidome 1-2 ortaya sürülmüş olsa da onlar majorly triptik tükürük proteinleri sindirir identifiye edildi. Insan tükürük yerli peptidler, hastalığın tanısında hastalığın ilerlemesini tahminde ve terapötik etkinlik izlenmesi için potansiyel değerlerini sağlamak yana eksojen enzimler ile önceden sindirim olmadan insan tükürük yerli peptidome belirlenmesi, önem kazanmaktadır. Uygun örnekleme insan yerli tükürük peptidome belirlenmesi geliştirilmesi için önemli bir adımdır. 3-4 enkaz kaldırmak için santrifüj içeren insan tükürük örnekleme Geleneksel yöntemler çok zaman alıcı klinik kullanım için geçerli olması olabilir. Ayrıca, santrifüj enkaz kaldırma enfekte patojenlerin en temiz ve genellikle düşük bolluk peptidome belirlenmesine engel yüksek bolluk proteinleri kaldırmak mümkün olabilir. Konvansiyonel proteomik yaklaşımlar priin-jel sindirim ile konjugasyon Marily kullanan iki boyutlu jel elektroforezi (2-DE) jeller birçok tükürük proteinleri 5-6 belirleme yeteneğine sahiptirler. Ancak, bu yaklaşım genellikle düşük bolluk peptid / protein tespit etmek için yeterince duyarlı değildir. Sıvı kromatografisi-kütle spektrometresi (LC-MS) tabanlı proteomik önce 2-DE ayrımı olmadan proteinler tespit edebilir bir alternatiftir. Bu yaklaşım, yüksek hassasiyeti sağlasa da, genel olarak önceden Örnek ön-fraksiyonasyon 7 ve zor bir hale getirir klinik kullanım için tripsin ile ön-sindirim ihtiyacı vardır. Numune hazırlama nedeniyle kütle spektrometresi de engel aşmak için, kılcal ultrafiltrasyon (CUF) probları 8-11 denen bir teknik geliştirdik. Laboratuvar verileri CUF probları dinamik ve minimal invaziv şekilde 8 hayvanlarda çeşitli mikro gelen in vivo protein yakalama yeteneğine sahip olduğunu gösterdi -11. Negatif basınç numune alma sırasında çekilerek sadece şırınga ile oluşturulan bu yana hiçbir santrifüj gereklidir. LC-MS ile birlikte CUF probları başarıyla triptik-sindirilmiş protein 8-11 belirledik. Bu çalışmada, kolaylıkla insan oral kavite sığabilecek bir lolipop benzeri ultrafiltrasyon (LLUF) prob oluşturarak ultrafiltrasyon örnekleme tekniği yükseltti. Tripsin sindirim olmaksızın LC-MS ile doğrudan analizi keşif sahasında insan tükürük çeşitli proteinlerin elde edilen pek çok peptid fragmanları içerir gösterdi. LLUF problar ile tükürük Örnekleme santrifüj kaçınılması ama etkili birçok büyük ve yüksek bolluk proteinler kaldırıldı. Bizim kitle spektrometrik sonuçlar çok düşük bolluk peptitler LLUF problar ile daha büyük proteinler filtreleyerek sonra saptanabilir hale geldiği gösterilmiştir. Düşük bolluk tükürük peptidlerin Algılama kromatografisi ile birden fazla adım örnek ayrılması bağımsız oldu. Klinik uygulama için, LLUF probları dahilLC-MS ile d potansiyel tükürük hastalığın ilerlemesini izlemek için gelecekte kullanılabilir.

Gelecekteki klinik uygulama için tükürük örnekleme göz önüne alındığında, bir lolipop gibi ultrafiltrasyon (LLUF) prob insan oral kavite sığacak şekilde imal edilmiştir. NanoLC-LTQ kütle spektrometresi tarafından sindirilmemiş tükürük Direkt analizi büyük proteinler ve yüksek bolluk proteinler kaldırmak ve düşük bol peptidler daha tespit yapmak LLUF probların yeteneğini göstermiştir.

Bir Lollipop-Like Ultrafiltrasyon Probe Kullanımı İnsan Yerli Tükürük Peptidome Örnekleme: Klinik Kütle Spektrometresi için Peptid Algılama basitleştirin ve geliştirin

İnsan tükürük proteomu ve peptidomu ortaya çıkarılmış olsa da1-2 bunlar ağırlıklı olarak tükürük proteinlerinin tripsin sindirimleri aracılığıyla tanımlanmıştır. Tanımlama...

Tükürük peptidlerini inceleyen bu çalışmada, lolipop benzeri bir ultrafiltrasyon probu ve ardından doğrudan nano LC LT Q kütle spektrometrisi analizi kullanılmaktadır. İlk olarak, bir polieter sülfon membran ve bir etilen propilen tüp kullanarak LLUF probunu monte edin. Ardından, gönüllülerden tükürük örnekleri toplayın ve tükürükten örnekleme yapmak için bu örnekleri LLUF probundan geçirin.Ardından doğrudan nano L-C-L-T-Q kütle spektrometresine geçiniz ve LLUF prob işlemi uygulanmış ve uygulanmamış tükürük örneklerinden elde edilen verileri analiz ediniz. Nihayetinde, L-C-M-S-S verileri analiz edilerek ve iki örnek arasında tanımlanan peptitler karşılaştırılarak tükürük peptidi elde edilebilir. Doğrudan nano lc LTQ kütle spektrometresi analizine bağlı, lolipop benzeri bir ultrafiltrasyon probu kullanan bu yaklaşım, tükürük proteinlerinin peptitlere sindirilmesi gibi diğer yöntemlere göre temel avantajlar sunmaktadır.Kütle spektrometrisi analizini takiben LUF PRO, klinik uygulama için tüm tükürükteki peptitlerin MS tespitini kolaylaştırıp temizler ve aynı zamanda artırır. Epoksi yapıştırıcı kullanarak polieter hücre telefonu membranlarını üçgen polipropilen küreklerin kenarlarına mühürleyin. Ardından, bir Teflon florlanmış etilen propilen tüpü bir üçgenin silindir çıkışına takın.Polipropilen kürek; sızdırmazlığın uygunluğunu değerlendirmek için probları %70 alkol ile gece boyunca sterilize edin, LLUF problarını iki saat boyunca 50 mg/mL mavi dekstran çözeltisine daldırın. Toplanan numunelerde mavi dekstran bulunmadığını doğrulayın.20 ile 40 yaş arası sağlıklı gönüllüler belirleyin. Su ile ağız çalkalamasının ardından, denekten tüm tükürük örneklerini buzla soğutulmuş bir kaba tükürmesini isteyin. Tüm örnekleri birleştirin ve buz üzerinde saklayın.Toplamanın hemen ardından, LLUF probları ile örnekleme yapmak için 200 µL tükürük ile 4 °C sıcaklıktaki bir odaya geçiniz. Şimdi, bir kültür kabındaki insan tükürüğüne polieter hücre telefonu membranını batırınız. Tükürükten örnekleme yapmak amacıyla ultrafiltrasyon işlemini simüle etmek için bir şırıngayı geri çekerek negatif basınç oluşturunuz.Ardından, protein konsantrasyonlarını belirleyin. Nano LC kütle spektrometrisi analizi için tükürük protein örneklerini mikrolitre başına bir mikrogram olacak şekilde hazırlayın. Örnek analizi için, Finnegan LTQ kütle spektrometresi ile çevrimiçi olarak eşleştirilmiş bir Exigent nano LC kullanıyoruz. İlk olarak, sindirilmemiş tükürük örneklerinden beş mikrolitreyi otomatik örnekleyici aracılığıyla nano LC sisteminin tuzak kolonuna yükleyin.Yıkama adımının ardından valfi değiştirin ve tuzağa ve C 18 ayırma kolonuna %0'dan %50'ye doğrusal bir tampon B gradyanı uygulayın. Excalibur'un veri bağımlı (data dependent) modunu kullanarak, 1x10⁴ yoğunluğun üzerindeki en güçlü dört MS iyonunun ms/ms spektrumlarını toplayın. Her örnek için, üç farklı ayrı hazırlığın çift çalışmasını gerçekleştirin.Ardından veri dosyasını Sequester Sorcerer 2 sistemine aktarın; enzim özgüllüğü kullanmadan, uygun bir insan NCBI protein veri tabanında arama yapacak şekilde seçimi gerçekleştirin. Sequester araması tamamlandıktan sonra sonuçlar otomatik olarak filtrelenir, doğrulanır ve Sequester sonuçlarına dayanarak peptid profili ve protein profili şeklinde görüntülenir. Peptid profili, bir peptid atamasının yanlış olmasına kıyasla doğru olma olasılığına dair kapsamlı bir P skoru tahmin eder ve ayrıca her bir peptid dizisi hakkında ek bilgiler tanımlar.Protein profit, Ms.Ms Spektralara atanan peptidlerin temelinde her bir protein için sıfırdan bire kadar bir olasılık skoru hesaplar. Bu bölüm, bakteriyel tespit kültürü için LLUF problarının oral bakterileri uzaklaştırma kapasitesini belirler; aerobik bakteri testi için LLUF prob toplama öncesi ve sonrası tükürük örnekleri agar plakalara ekilir. Bir gün boyunca 37 °C'de antibiyotiksiz LB agar plakaları kullanın ve anaerobik bakteriler için kültürleme işleminde gaz paketi kullanın.Örnek, anaerobik koşullar altında 37 °C'de bir gün boyunca BHI besiyeri ve agar plaklarında inkübe edilir. Lolipop benzeri ultrafiltrasyon cihazlarının imalatı, taklit edilmiş bir oral ortamda tükürük örneklemesini kolaylaştırır. Bu sistemde, 30 kilodalton moleküler ağırlık kesim değerine sahip negatif yüklü bir polieter sülfon membran, bir polipropilen pede yapıştırılır ve tükürükteki daha büyük proteinleri filtrelemek için LLUF probunun önüne yerleştirilir.İnsan ağız ortamını taklit etmek amacıyla, bir sünger şırınga kullanılarak tükürüğe batırılır. Tükürük filtrelenir ve bağlı tüp aracılığıyla toplanır. LLUF örneklemesi öncesi ve sonrası tükürüklerin lc kromatogramlarının karşılaştırılması, nano L-C-L-T-Q kütle spektrometrisi ile yerli tükürük peptidlerinin tanımlanmasını sağlamıştır.Bu diferansiyel kromatogramlar kimyasal veya enzimatik sindirim olmadan elde edildiğinden, klinik amaçlar için numune hazırlama sürecini basitleştirirler. Bu numunede, farklı protein kompozisyonlarının LLUF ile aydınlatılmasının ardından sindirilmemiş tükürükte 131 peptid tanımlanmıştır.Bu peptitler, çeşitli prolin bakımından zengin proteinlerden türetilmiş fragmanlardır. Aktin alfa amilaz alfa bir globin beta globin, his sustain bir keratin, bir müsin yedi polimerik immünglobulin reseptörü serin ve S 100. LLUF probları ile filtreleme sonrası tükürükte tanımlanan 26 benzersiz peptit, temel olarak çeşitli prolin bakımından zengin proteinlerden türetilmiş fragmanlardır.Alfa amilazdan türetilen bu peptit, LLUF probları ile toplama yapılmayan bir tükürük örneğinde münhasıran tespit edilmiş olup, bu durum LLUF problarının büyük proteinleri uzaklaştırma kapasitesini göstermektedir. En ilgi çekici olanı, büyük proteinler uzaklaştırıldıktan sonra LLUF probu ile örneklenen tükürükte birçok sekans peptidi tespit edilebilmiş; özellikle ultrafiltrasyon LLUF problarından sonraki örneklerde prolin açısından zengin C-terminallere sahip peptidler tanımlanmıştır. Artık kütle spektrometrisi için basit tükürük örneklerinde A-L-L-L-L-U-F PRO'nun nasıl kullanılacağı konusunda iyi bir anlayışa sahip olmalısınız.Tutarlı koşullar altında basit tükürük örnekleri toplamak için daha iyi bir analiz çok önemlidir. Bu teknik bir kez kavrandığında, üç saat içerisinde uygun şekilde gerçekleştirilebileceğine inanıyorum. Lolipop benzeri ultrafiltrasyon probunun doğrudan nano L-C-L-T-Q-M-S, spektrum zincir analizi ile birleştirildiği bu yaklaşım, insan hastalıklarının teşhisinde biyobelirteçlerin klinik uygulamalarını kolaylaştırmaktadır.

sampling-human-indigenous-saliva-peptidome-using-lollipop-like

Research

JoVE Journal

Medicine

Tıp

Kararlı İzotop Standartlar ve Anti-Peptid Antikorlar (SISCAPA) kendi proteinler için vekilleri olarak peptidler kantitatif ölçüm sağlamak için kararlı izotop dilüsyon kütle spektrometresi (MRM-MS) ile peptitler çiftler yakınlık zenginleştirme yakalayın. Burada kısmen otomatik bir biçimde manyetik parçacıklar kullanarak protokol açıklar.

Proteinler Peptid immunoaffiniti Zenginleştirme kullanarak Niceleme Kütle Spektrometresi ile birleştiğinde

Endojen peptidler insan beyin-omurilik sıvısı (bos) kitle spektrometrik analizi için bir yöntem sunulur. Moleküler ağırlık kesme filtrasyon, Kromatografik ön ayırma, kitle spektrometrik analizi ve peptid kimlik stratejileri sonraki bir arada istihdam ederek, yaklaşık on göre bilinen CSF peptidome genişletmek olası Önceki çalışmalar için.

İnsan serebrospinal sıvı Endopeptidomic analiz için numune hazırlama

Kompleks biyolojik örneklerden her yerde bulunan proteinlerden kaynaklanan diGly peptidlerin arıtılmı, saptanması ve tanımlanması için bir yöntem salıyoruz. Sunulan yöntem çoğaltılabilir, sağlam ve ubiquitinome analizinin derinliği düzeyine göre yayınlanmış yöntemleri geride bırakır.

Peptit Zenginleştirme ve Kütle Spektrometresi ile Protein Ubiquitinasyon Sitelerinin Saptanması

Bu makalede, ortam kütle spektrometresi dayalı benzersiz bir gerçek zamanlı analitik yöntem için örnek hazırlama yöntemleri tanıtılmaktadır. Bu yöntem, herhangi bir özel ön işlem olmadan in vivo biyolojik moleküllerin gerçek zamanlı analizini yapmamızı sağlar.

Probuelektrosprey Iyonizasyon Kütle Spektrometresi için Örnek Hazırlama

Bu protokol, gelişmiş özellik ekstraksiyonu ve biyoinformatik analiz yazılımı ile birlikte sıvı kromatografi kütle spektrometresi kullanılarak peptidoglikan bileşiminin ayrıntılı bir analizini kapsar.

Peptidoglikanın Sıvı Kromatografisi, Kütle Spektrometrisi ve Biyoinformatik ile Yarı Kantitatif Analizi

Burada, aşağıdakiler hakkında ayrıntılı bilgi içeren optimize edilmiş bir filtre sindirim protokolü sunuyoruz: protein sindirimi, peptit saflaştırma ve veri bağımsız edinme analizi. Bu strateji, eksprese edilen prostat salgıları-idrar örneklerinin analizine uygulanır ve üriner proteomların yüksek proteom kapsama alanına ve düşük eksik değer etiketsiz profillemesine izin verir.

FASP Sindirimi ve Veriden Bağımsız Analiz yoluyla EPS-İdrarın Proteomik Profili

Post-translasyonel modifikasyonlar (PTM'ler) protein yapılarını ve fonksiyonlarını değiştirir. Birden fazla PTM tipinin aynı anda zenginleştirilmesi yöntemleri, analizlerde kapsama alanını en üst düzeye çıkarabilir. Çift fonksiyonlu Ti(IV)-immobilize metal afinite kromatografisini ve ardından pankreas dokularında protein N-glikozilasyon ve fosforilasyonun eşzamanlı zenginleştirilmesi ve analizi için kütle spektrometresini kullanan bir protokol sunuyoruz.

İnsan pankreas dokularından N-glikopeptitler ve fosfopeptitlerin eşzamanlı analizi için spin-tip zenginleştirme stratejisi

Biyobelirteç progastrin salgılayan peptid (ProGRP) ile örneklenen kurutulmuş serum örneklerinden düşük bollukta biyobelirteçlerin belirlenmesi için bir protokol sunulmuştur. Antikor kaplı manyetik boncuklar, proteotipik bir ProGRP peptidinin seçici temizliği ve zenginleştirilmesi için kullanılır. Yakalanan peptit daha sonra sıvı kromatografi-tandem kütle spektrometrisi ile analiz edilir.

Düşük Bolluktaki Proteinlerin Hedeflenen Kütle Spektrometrisine Dayalı Protein Analizinde Mikro Örnekleme

Proteomik deneyler için uygun hücre dışı vezikül izolasyonu gerçekleştirmek için polikarbonat ultrasantrifüj tüplerinin temizlenmesi ve yeniden kullanılması için ayrıntılı bir protokol sağlanmıştır.

Polikarbonat Ultrasantrifüj Tüpünün Hücre Dışı Veziküllerin Proteomik Analizlerinde Yeniden Kullanımı

Bu yazıda, klinik bakım, kronik sağlık sorunları olan yaşayan hastalar için adil bir süreç ulaşmak klinik bilgi boşlukları aydınlatmak, daha iyi tedavi ilişkiler kurma ve iyileşmesi için hasta-merkezli hedefleri ve olanakları belirlemek için yenilikçi bir görsel yaklaşım göstermektedir (photovoice ya da fotoğraf ortaya çıkarma) .

Klinik Bakımı Fuar Süreci elde Görsel ve Anlatı Yöntemlerle

Öğrenin, lolipop benzeri ultrafiltrasyon probu kullanarak tükürük peptidom örnekleme ve NanoLC-LTQ kütle spektrometrisi ile doğrudan analiz yöntemini. Bu yaklaşım, düşük yoğunluklu peptidlerin klinik teşhis için tespitini kolaylaştırır.

Bir Lollipop-Like Ultrafiltrasyon Probe Kullanımı İnsan Yerli Tükürük Peptidome Örnekleme: Klinik Kütle Spektrometresi için Peptid Algılama basitleştirin ve geliştirin (Video) | JoVE Journal

Bir Lollipop-Like Ultrafiltrasyon Probe Kullanımı İnsan Yerli Tükürük Peptidome Örnekleme: Klinik Kütle Spektrometresi için Peptid Algılama basitleştirin ve geliştirin

Daha fazla video keşfet